Repository 'cp_measure_image_area_occupied'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/bgruening/cp_measure_image_area_occupied

Changeset 1:c2d573d02afc (2020-04-09)
Previous changeset 0:c75596eadae1 (2020-03-26) Next changeset 2:534ed7b8ca34 (2020-04-16)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools commit 6a3036d24b5ec074936f8f8283b7e176f6f1ce70"
modified:
test-data/common.txt
test-data/convert_objects_to_image.txt
test-data/display_data_on_image.txt
test-data/enhance_or_suppress_features.txt
test-data/export_to_spreadsheet.txt
test-data/gray_to_color.txt
test-data/identify_primary_objects.txt
test-data/mask_image.txt
test-data/measure_granularity.txt
test-data/measure_image_area_occupied.txt
test-data/measure_image_intensity.txt
test-data/measure_image_quality.txt
test-data/measure_object_intensity.txt
test-data/measure_object_size_shape.txt
test-data/measure_texture.txt
test-data/relate_objects.txt
test-data/save_images.txt
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/common.txt
--- a/test-data/common.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/common.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/convert_objects_to_image.txt
--- a/test-data/convert_objects_to_image.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/convert_objects_to_image.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/display_data_on_image.txt
--- a/test-data/display_data_on_image.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/display_data_on_image.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/enhance_or_suppress_features.txt
--- a/test-data/enhance_or_suppress_features.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/enhance_or_suppress_features.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/export_to_spreadsheet.txt
--- a/test-data/export_to_spreadsheet.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/export_to_spreadsheet.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/gray_to_color.txt
--- a/test-data/gray_to_color.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/gray_to_color.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/identify_primary_objects.txt
--- a/test-data/identify_primary_objects.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/identify_primary_objects.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/mask_image.txt
--- a/test-data/mask_image.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/mask_image.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/measure_granularity.txt
--- a/test-data/measure_granularity.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/measure_granularity.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/measure_image_area_occupied.txt
--- a/test-data/measure_image_area_occupied.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/measure_image_area_occupied.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/measure_image_intensity.txt
--- a/test-data/measure_image_intensity.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/measure_image_intensity.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/measure_image_quality.txt
--- a/test-data/measure_image_quality.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/measure_image_quality.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/measure_object_intensity.txt
--- a/test-data/measure_object_intensity.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/measure_object_intensity.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/measure_object_size_shape.txt
--- a/test-data/measure_object_size_shape.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/measure_object_size_shape.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/measure_texture.txt
--- a/test-data/measure_texture.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/measure_texture.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/relate_objects.txt
--- a/test-data/relate_objects.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/relate_objects.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location:
b
diff -r c75596eadae1 -r c2d573d02afc test-data/save_images.txt
--- a/test-data/save_images.txt Thu Mar 26 17:46:10 2020 -0400
+++ b/test-data/save_images.txt Thu Apr 09 08:17:10 2020 -0400
[
@@ -18,7 +18,7 @@
     Metadata extraction method:Extract from file/folder names
     Metadata source:File name
     Regular expression to extract from file name:(?P<field1>.*)_(?P<field2>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field3>[a-zA-Z0-9]+)_(?P<field4>[a-zA-Z0-9]+)
-    Regular expression to extract from folder name:(?P<Date>[0-9]{4}_[0-9]{2}_[0-9]{2})$
+    Regular expression to extract from folder name:(?P<field1>.*)
     Extract metadata from:All images
     Select the filtering criteria:and (file does contain "")
     Metadata file location: