Repository 'mirplant2'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/big-tiandm/mirplant2

Changeset 38:45d9b0f6a0d6 (2014-07-31)
Previous changeset 37:9ae0d25e4169 (2014-07-31) Next changeset 39:2a5b751228a6 (2014-10-28)
Commit message:
Uploaded
added:
miRPlant.xml
b
diff -r 9ae0d25e4169 -r 45d9b0f6a0d6 miRPlant.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/miRPlant.xml Thu Jul 31 03:09:14 2014 -0400
b
@@ -0,0 +1,90 @@
+<tool id="plant_microRNA_v1" name="miRPlant" veision="1.0.0">
+  <description>tool for plant microRNA analisis</description>
+
+  <requirements>
+    <requirement type="set_environment">SCRIPT_PATH</requirement>
+    <requirement type="package" version="0.12.7">bowtie</requirement>
+    <requirement type="package" version="2.11.0">R</requirement>
+ <requirement type="package" version="0.0.13">fastx_toolkit </requirement>
+ <requirement type="package" version="2.1.7">ViennaRNA</requirement>
+  </requirements>
+
+  <!--command interpreter="perl">miPlant.pl -i $input -format $format -gfa $gfa -idx $index -pre $pre -mat $mat -rfam $rfam -idx2 $idx2 -D $D -a $a -M $M -min $min -max $max -mis $mis -e $e -f $f -v $v -r $r -dis $dis -flank $flank -mfe $mfe -t $t -o $output</command-->
+
+  <command interpreter="perl">miRPlant.pl 
+   ## Change this to accommodate the number of threads you have available.
+        -t \${GALAXY_SLOTS:-4}
+   ## Do or not delet rfam mapped tags
+    #if $params.delet_rfam == "yes":
+ -D 
+ #end if
+ -path \$SCRIPT_PATH
+
+    #for $j, $s in enumerate( $series )
+    ##rank_of_series=$j
+    -i ${s.input}
+    -tag ${s.tag}
+    #end for
+
+    -format $format -gfa $gfa -pre $pre -mat $mat -rfam $rfam  -a $a -M $mapnt -min $min -max $max -mis $mismatch -e $e -f $f -v $v -r $r -dis $dis -flank $flank -mfe $mfe
+  </command>
+
+  <inputs>
+
+   <repeat name="series" title="Series">
+     <param name="input" type="data" label="Raw data"/>
+     <param name="tag" type="text" data_ref="input" label="Sample name of raw data"/>
+   </repeat>
+
+ <conditional name="params">
+ <param name="delet_rfam" type="select" label="delet rfam mapped reads">
+   <option value="yes" selected="true">yes</option>
+   <option value="no">no</option>
+  </param>
+    </conditional> <!-- params -->
+
+ <!--param name="input" format="tabular"  type="data" label="input config file" /-->
+
+ <param name="format" type="select" lable="raw data format" multiple="false">
+   <option value="fastq">Raw data is fastq. format</option>
+   <option value="fasta">Raw data is fasta. format</option>
+ </param>
+
+ <param name="gfa"  type="data" label="genome sequence fasta file"/>
+ <!--param type="data" name="index" label="genome sequence bowtie index"/-->
+ <param name="mat" type="data" label="mature microRNA sequence file" />
+ <param name="pre" type="data" label="precursor microRNA sequence fie" />
+ <param name="rfam" type="data" label="rfam sequence file" />
+ <!--param type="data" name="idx2" label="rfam sequence bowtie index " -->
+ <param name="a" type="text" value="ATCTCGTATG" label="3' adapter sequence" />
+ <param name="mapnt" type="integer" value="8" label="minimum adapter map nts" />
+ <param name="min" type="integer" value="19" label="minimum microRNA length" />
+ <param name="max" type="integer" value="28" label="maximum microRNA length" />
+ <param name="mismatch" type="integer" value="0" label="number of allowed mismatches when mapping reads to precursors" />
+ <param name="e" type="integer" value="2" label="number of nucleotides upstream of the mature sequence to consider" />
+ <param name="f" type="integer" value="5" label="number of nucleotides downstream of the mature sequence to consider" />
+ <param name="v" type="integer" value="0" label="report end-to-end hits less than v mismatches"/>
+ <param name="r" type="integer" value="25" label="a read is allowed to map up to this number of positions in the genome" />
+ <param name="dis" type="integer" value="200" label="Maximal space between miRNA and miRNA*" />
+ <param name="flank" type="integer" value="10" label="Flank sequence length of miRNA precursor" />
+ <param name="mfe" type="float" value="-30" label="Maximal free energy allowed for a miRNA precursor" />
+ <param name="thread" type="integer" value="1" label="number of threads" />
+  </inputs>
+
+  <outputs>
+   <data format="txt" name="known microRNA express list" from_work_dir="miRPlant_out/known_microRNA_express.txt"/>
+   <data format="txt" name="known microRNA express alignment" from_work_dir="miRPlant_out/known_microRNA_express.aln"/>
+   <data format="txt" name="known microRNA moRs result" from_work_dir="miRPlant_out/known_microRNA_express.moRs"/>
+   <data format="txt" name="known microRNA precursor file" from_work_dir="miRPlant_out/known_microRNA_precursor.fa"/>
+   <data format="txt" name="known microRNA mature file" from_work_dir="miRPlant_out/known_microRNA_mature.fa"/>
+   <data format="txt" name="novel microRNA prediction file" from_work_dir="miRPlant_out/known_microRNA_mature.fa"/>
+   <data format="txt" name="novel microRNA express list" from_work_dir="miRPlant_out/novel_microRNA_express.txt"/>
+   <data format="txt" name="novel microRNA precursor file" from_work_dir="miRPlant_out/novel_microRNA_precursor.fa"/>
+   <data format="txt" name="novel microRNA mature sequence file" from_work_dir="miRPlant_out/novel_microRNA_mature.fa"/>
+   <data format="txt" name="analysis result" from_work_dir="miRPlant_out/result.html"/>
+  </outputs>
+
+ <help>
+
+ </help>
+ </tool>