Repository 'camera_annotate'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/lecorguille/camera_annotate

Changeset 14:225cb8347572 (2017-11-29)
Previous changeset 13:1c30ff90f3ae (2017-04-07) Next changeset 15:6139bfcc95cb (2018-03-01)
Commit message:
planemo upload commit 239d7043ccba9d1d1861d7d8ac353c77497e0880
modified:
README.rst
abims_CAMERA_annotateDiffreport.xml
macros.xml
b
diff -r 1c30ff90f3ae -r 225cb8347572 README.rst
--- a/README.rst Fri Apr 07 07:42:18 2017 -0400
+++ b/README.rst Wed Nov 29 10:03:27 2017 -0500
b
@@ -2,6 +2,10 @@
 Changelog/News
 --------------
 
+**Version 2.2.1 - 29/11/2017**
+
+- BUGFIX: To avoid issues with accented letter in the parentFile tag of the mzXML files, we changed a hidden mechanim to LC_ALL=C
+
 **Version 2.2.0 - 03/02/2017**
 
 - BUGFIX: the diffreport ids didn't convert the rt in minute as the other export
b
diff -r 1c30ff90f3ae -r 225cb8347572 abims_CAMERA_annotateDiffreport.xml
--- a/abims_CAMERA_annotateDiffreport.xml Fri Apr 07 07:42:18 2017 -0400
+++ b/abims_CAMERA_annotateDiffreport.xml Wed Nov 29 10:03:27 2017 -0500
b
@@ -1,4 +1,4 @@
-<tool id="abims_CAMERA_annotateDiffreport" name="CAMERA.annotate" version="2.2.0">
+<tool id="abims_CAMERA_annotateDiffreport" name="CAMERA.annotate" version="2.2.1">
 
     <description>CAMERA annotate function. Returns annotation results (isotope peaks, adducts and fragments) and a diffreport if more than one condition.</description>
 
@@ -424,6 +424,10 @@
 Changelog/News
 --------------
 
+**Version 2.2.1 - 29/11/2017**
+
+- BUGFIX: To avoid issues with accented letter in the parentFile tag of the mzXML files, we changed a hidden mechanim to LC_ALL=C
+
 **Version 2.2.0 - 28/03/2017**
 
 - BUGFIX: the diffreport ids didn't convert the rt in minute as the other export
b
diff -r 1c30ff90f3ae -r 225cb8347572 macros.xml
--- a/macros.xml Fri Apr 07 07:42:18 2017 -0400
+++ b/macros.xml Wed Nov 29 10:03:27 2017 -0500
b
@@ -16,7 +16,7 @@
     </xml>
 
     <token name="@COMMAND_CAMERA_SCRIPT@">
-        LANG=C Rscript $__tool_directory__/CAMERA.r
+        LC_ALL=C Rscript $__tool_directory__/CAMERA.r
     </token>
 
     <!-- raw file load for planemo test -->