Repository 'hmmer_hmmalign'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/hmmer_hmmalign

Changeset 4:ca0b674e895b (2018-06-11)
Previous changeset 3:a9c62fc8187b (2018-04-07) Next changeset 5:b2453ee52845 (2020-06-16)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/hmmer3 commit 7c3ac4ad5a64b737e1b8f73c522e006097596f1d
modified:
macros.xml
test-data/MADE1.hmm
test-data/MADE1.nhmmscan_out
test-data/MADE1.nhmmscan_out.aliscoresout
test-data/MADE1.nhmmscan_out.dfamtblout
test-data/MADE1.nhmmscan_out.tblout
test-data/MADE1.out
test-data/MADE1.out.domtblout
test-data/MADE1.out.pfamtblout
test-data/MADE1.out.tblout
test-data/fn3.hmm
test-data/globins-masked.sto
test-data/globins.domtblout
test-data/globins.pfamtblout
test-data/globins.tblout
test-data/globins4-emit-1.sto
test-data/globins4-emit.sto
test-data/globins4.hmm
test-data/globins4.hmm2
test-data/jackhmmer.domtblout
test-data/jackhmmer.out
test-data/jackhmmer.tblout
test-data/nhmmer.out
test-data/nhmmer.out.dfamtblout
test-data/nhmmer.out.tblout
test-data/phmmer.domtblout
test-data/phmmer.out
test-data/phmmer.pfamtblout
test-data/phmmer.tblout
test-data/uniprot_globins_match.out
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b macros.xml
--- a/macros.xml Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/macros.xml Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
b
@@ -6,7 +6,7 @@
       <yield/>
     </requirements>
   </xml>
-  <token name="@TOOL_VERSION@">3.1b2</token>
+  <token name="@TOOL_VERSION@">3.2</token>
   <xml name="stdio">
     <stdio>
       <!-- Anything other than zero is an error -->
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/MADE1.hmm
--- a/test-data/MADE1.hmm Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.hmm Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
b'@@ -1,264 +1,267 @@\n-HMMER3/f [3.1b2 | February 2015]\n+HMMER3/f [3.2 | June 2018]\n NAME  MADE1\n ACC   DF0000629.2\n DESC  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n LENG  80\n-MAXL  425\n+MAXL  369\n ALPH  DNA\n RF    yes\n MM    no\n CONS  yes\n CS    no\n MAP   yes\n-DATE  Sat Jun 25 17:24:24 2016\n+DATE  Fri Jun  8 12:16:29 2018\n NSEQ  1997\n EFFN  3.911818\n CKSUM 3015610723\n+GA    15.98\n+TC    32.00\n+NC    15.90\n STATS LOCAL MSV       -8.5408  0.71858\n-STATS LOCAL VITERBI   -9.6224  0.71858\n-STATS LOCAL FORWARD   -3.4150  0.71858\n+STATS LOCAL VITERBI   -9.6095  0.71858\n+STATS LOCAL FORWARD   -3.4185  0.71858\n HMM          A        C        G        T   \n             m->m     m->i     m->d     i->m     i->i     d->m     d->d\n-  COMPO   1.24533  1.59094  1.62722  1.16493\n+  COMPO   1.24273  1.59618  1.63103  1.16152\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.21058  4.11281  1.75146  1.46634  0.26236  0.00000        *\n+          0.03960  3.94183  3.94183  1.46634  0.26236  0.00000        *\n       1   2.69765  2.44396  2.81521  0.24089      1 t x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03960  3.94183  3.94183  1.46634  0.26236  1.10301  0.40327\n+          0.03960  3.94183  3.94183  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n       2   2.72939  2.37873  2.85832  0.24244      2 t x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03725  4.00179  4.00179  1.46634  0.26236  1.21367  0.35255\n+          0.03725  4.00179  4.00179  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n       3   0.16099  3.16370  2.87328  2.99734      3 a x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03604  4.03416  4.03416  1.46634  0.26236  1.32877  0.30762\n+          0.03604  4.03416  4.03416  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n       4   1.98862  2.42132  0.42649  2.10770      4 g x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03539  4.05203  4.05203  1.46634  0.26236  1.35213  0.29933\n+          0.03539  4.05203  4.05203  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n       5   1.96369  2.69532  0.36534  2.32099      5 g x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03764  4.06427  3.92372  1.46634  0.26236  1.00259  0.45717\n+          0.03764  4.06427  3.92372  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n       6   2.56994  2.11239  2.71946  0.30571      6 t x - -\n           1.37159  1.41129  1.39124  1.37159\n-          0.03806  3.89715  4.07214  1.50442  0.25122  1.12269  0.39364\n+          0.03806  3.89715  4.07214  1.48830  0.25587  1.07889  0.41548\n       7   2.58388  2.10353  2.64646  0.31253     12 t x - -\n           1.38764  1.38524  1.38764  1.38465\n-          0.03494  4.03864  4.09125  1.40070  0.28293  1.44046  0.27026\n+          0.03494  4.03864  4.09125  1.43264  0.27270  1.09736  0.40609\n       8   2.18552  2.70201  0.28821  2.64645     14 g x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03628  4.09157  3.96779  1.46634  0.26236  1.26997  0.32967\n+          0.03628  4.09157  3.96779  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n       9   2.16916  2.82142  0.28427  2.60854     15 g x - -\n           1.38091  1.39033  1.38365  1.39033\n-          0.03566  4.00237  4.08886  1.38021  0.28972  1.26961  0.32981\n+          0.03566  4.00237  4.08886  1.42105  0.27636  1.08174  0.41401\n      10   2.45517  2.15232  2.42886  0.34277     18 t x - -\n           1.39065  1.39065  1.39065  1.37335\n-          0.03536  4.01212  4.09576  1.39554  0.28462  1.25024  0.33748\n+          0.03536  4.01212  4.09576  1.42916  0.27379  1.09844  0.40555\n      11   2.10260  2.95484  0.28160  2.64222     21 g x - -\n           1.36740  1.40555  1.40555  1.36740\n-          0.03843  3.92069  4.02468  1.44733  0.26814  1.15789  0.37709\n+          0.03843  3.92069  4.02468  1.45555  0.26562  1.09860  0.40547\n      12   2.54740  0.30185  2.61355  2.21647     26 c x - -\n           1.38748  1.38276  1.38748  1.38748\n-          0.03457  4.05446  4.09623  1.40847  0.28040  1.17686  0.36852\n+ '..b'28010  1.10667  0.40146\n      65   2.16380  2.11332  2.18714  0.42765   1073 t x - -\n           1.38764  1.38471  1.38519  1.38764\n-          0.03603  4.05405  4.01529  1.40080  0.28289  1.06383  0.42332\n+          0.03575  4.05376  4.03073  1.43270  0.27268  1.08530  0.41219\n      66   2.79349  2.39141  2.87271  0.23478   1075 t x - -\n           1.37227  1.39101  1.39101  1.39101\n-          0.03884  4.01734  3.90722  1.39017  0.28639  1.09574  0.40690\n+          0.03597  4.01447  4.05827  1.42619  0.27473  1.09128  0.40915\n      67   2.82488  2.47749  2.93179  0.21887   1078 t x - -\n           1.38141  1.39112  1.38915  1.38353\n-          0.03675  3.99492  4.03549  1.35958  0.29675  1.21867  0.35044\n+          0.03661  3.99477  4.04370  1.40962  0.28003  1.10594  0.40182\n      68   2.77679  2.30433  2.90694  0.24425   1081 t x - -\n           1.37593  1.38989  1.45520  1.32825\n-          0.04566  3.68855  3.93098  1.76176  0.18843  1.07133  0.41939\n+          0.04447  3.68736  3.99242  1.66809  0.20900  1.07378  0.41811\n      69   2.47698  3.17398  0.19595  2.95437   1093 g x - -\n           1.38264  1.38264  1.39734  1.38264\n-          0.05482  3.96677  3.36946  1.40348  0.28202  1.13963  0.38557\n+          0.05358  3.96553  3.40487  1.43194  0.27292  1.08430  0.41270\n      70   2.84327  0.27906  2.97336  2.00890   1097 c x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03475  4.08873  4.05197  1.46634  0.26236  0.79234  0.60291\n+          0.03412  4.08811  4.08811  1.46634  0.26236  0.97936  0.47089\n      71   0.21870  2.83638  2.69251  2.65798   1098 a x - -\n           1.37446  1.37942  1.39640  1.39509\n-          0.04066  3.94379  3.88865  1.41905  0.27700  1.24551  0.33939\n+          0.03670  3.93983  4.09935  1.43996  0.27041  1.09889  0.40532\n      72   2.35233  0.46085  2.23804  1.78715   1103 c x - -\n           1.38536  1.38781  1.38781  1.38421\n-          0.03885  4.04214  3.88532  1.39310  0.28542  1.30851  0.31501\n+          0.03493  4.03822  4.09272  1.42863  0.27396  1.09816  0.40569\n      73   2.57111  0.32543  2.74124  1.98892   1105 c x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03403  4.09710  4.08422  1.46634  0.26236  1.37004  0.29316\n+          0.03381  4.09688  4.09688  1.46634  0.26236  1.09814  0.40570\n      74   0.27014  2.61416  2.53262  2.47636   1106 a x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03889  4.09695  3.83874  1.46634  0.26236  1.37489  0.29151\n+          0.03461  4.09267  4.05587  1.46634  0.26236  1.09839  0.40558\n      75   0.52873  2.16549  1.91736  1.90409   1107 a x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.04237  4.09207  3.69758  1.46634  0.26236  1.41112  0.27954\n+          0.03426  4.08396  4.08396  1.46634  0.26236  1.09364  0.40796\n      76   2.33134  0.38082  2.65861  1.90055   1108 c x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.04659  4.08459  3.55121  1.46634  0.26236  1.54765  0.23921\n+          0.03466  4.07266  4.07266  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n      77   2.20588  0.45134  2.35553  1.84373   1109 c x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.05904  4.07266  3.21140  1.46634  0.26236  1.68734  0.20458\n+          0.03550  4.04912  4.04912  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n      78   2.69018  2.22054  2.82311  0.26898   1110 t x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.08061  4.04912  2.81320  1.46634  0.26236  1.91269  0.15980\n+          0.03711  4.00561  4.00561  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n      79   0.16248  3.15867  2.86159  2.98963   1111 a x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.12592  4.00561  2.30158  1.46634  0.26236  2.22059  0.11490\n+          0.04048  3.92018  3.92018  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n      80   0.17484  3.04770  2.86638  2.88183   1112 a x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n           0.02045  3.90014        *  1.46634  0.26236  0.00000        *\n'
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/MADE1.nhmmscan_out
--- a/test-data/MADE1.nhmmscan_out Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.nhmmscan_out Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
b'@@ -1,12 +1,12 @@\n # nhmmscan :: search DNA sequence(s) against a DNA profile database\n-# HMMER 3.1b2 (February 2015); http://hmmer.org/\n-# Copyright (C) 2015 Howard Hughes Medical Institute.\n-# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3).\n+# HMMER 3.2 (June 2018); http://hmmer.org/\n+# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.\n+# Freely distributed under the BSD open source license.\n # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -\n-# query sequence file:             /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_2.dat\n-# target HMM database:             /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_1.dat\n-# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_4.dat\n-# hits output in Dfam format:      /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_5.dat\n+# query sequence file:             /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_41.dat\n+# target HMM database:             localref.hmm\n+# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_43.dat\n+# hits output in Dfam format:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_44.dat\n # max ASCII text line length:      unlimited\n # Vit filter P threshold:       <= 0.001\n # Fwd filter P threshold:       <= 1e-05\n@@ -18,35 +18,35 @@\n Scores for complete hit:\n     E-value  score  bias  Model     start    end  Description\n     ------- ------ -----  --------  -----  -----  -----------\n-    1.2e-10   38.6   7.4  MADE1    302390 302466  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n-    7.8e-08   29.6   8.3  MADE1    174456 174498  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n-    1.2e-07   28.9   6.0  MADE1    302466 302390  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n-    7.2e-06   23.3   7.0  MADE1    174493 174456  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n+    8.7e-11   39.2   7.4  MADE1    302390 302466 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n+    6.4e-08   30.0   8.3  MADE1    174456 174498 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n+    9.3e-08   29.5   6.1  MADE1    302466 302390 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n+    6.3e-06   23.7   7.0  MADE1    174493 174456 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n   ------ inclusion threshold ------\n-        1.4    6.3   7.0  MADE1    304073 304104  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n+        1.4    6.5   7.0  MADE1    304073 304104 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n \n \n Annotation for each hit  (and alignments):\n >> MADE1  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n     score  bias    Evalue   hmmfrom    hmm to     alifrom    ali to      envfrom    env to      mod len      acc\n    ------ ----- ---------   -------   -------    --------- ---------    --------- ---------    ---------    ----\n- !   38.6   7.4   1.2e-10         4        80 .]    302390    302466 ..    302387    302466 ..        80    0.87\n+ !   39.2   7.4   8.7e-11         4        80 .]    302390    302466 ..    302387    302466 ..        80    0.87\n \n   Alignment:\n-  score: 38.6 bits\n+  score: 39.2 bits\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx....xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n                           MADE1      4 ggttggtgcaaaagtaattgcggtttttgccattacttttaatggc....aaaaaccgcaattacttttgcaccaacctaa 80    \n-                                       ggt ggtgcaaaa  aattg ggtttttgccatt cttttaat gc    a aaa  g a  t ctttt caccaa ctaa\n-  humanchr1/239220001-239550000 302390 GGTCGGTGCAAAATCAATTGTGGTTTTTGCCATTGCTTTTAATTGCttttA-AAA--GTA-ATGCTTTTACACCAATCTAA 302466\n-                                       899******************************************955533.443..334.4689***********99986 PP\n+                                       ggt ggtgcaaaa  aattg ggtttttgccatt cttttaat gc    a aaa  g  a t ctttt caccaa ctaa\n+  humanchr1/239220001-2395500'..b'     1        77 [.    302466    302390 ..    302466    302387 ..        80    0.74\n+ !   29.5   6.1   9.3e-08         1        77 [.    302466    302390 ..    302466    302387 ..        80    0.74\n \n   Alignment:\n-  score: 28.9 bits\n+  score: 29.5 bits\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx................xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n                           MADE1      1 ttaggttggtgcaaaagtaattgcggtttttgccattactttt................aatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaacc 77    \n                                        ttag ttggtg aaaag                cattactttt                aatggcaaaaacc caatt  ttttgcacc acc\n   humanchr1/239220001-239550000 302466 TTAGATTGGTGTAAAAG----------------CATTACTTTTaaaagcaattaaaagcAATGGCAAAAACCACAATTGATTTTGCACCGACC 302390\n-                                       68999999999999998................5666777776222222222222222268****************************9998 PP\n+                                       68999999999999998................4666777765222222222222222268****************************9998 PP\n \n >> MADE1  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n     score  bias    Evalue   hmmfrom    hmm to     alifrom    ali to      envfrom    env to      mod len      acc\n    ------ ----- ---------   -------   -------    --------- ---------    --------- ---------    ---------    ----\n- !   23.3   7.0   7.2e-06        43        80 .]    174493    174456 ..    174513    174456 ..        80    0.91\n+ !   23.7   7.0   6.3e-06        43        80 .]    174493    174456 ..    174513    174456 ..        80    0.91\n \n   Alignment:\n-  score: 23.3 bits\n+  score: 23.7 bits\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n                           MADE1     43 taatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaacctaa 80    \n                                        taatg caaaaacc caattacttttgcac aacctaa\n   humanchr1/239220001-239550000 174493 TAATGACAAAAACCACAATTACTTTTGCACTAACCTAA 174456\n-                                       689********************************985 PP\n+                                       689********************************986 PP\n \n >> MADE1  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n     score  bias    Evalue   hmmfrom    hmm to     alifrom    ali to      envfrom    env to      mod len      acc\n    ------ ----- ---------   -------   -------    --------- ---------    --------- ---------    ---------    ----\n- ?    6.3   7.0       1.4        41        72 ..    304073    304104 ..    304053    304109 ..        80    0.85\n+ ?    6.5   7.0       1.4        41        72 ..    304073    304104 ..    304053    304109 ..        80    0.85\n \n   Alignment:\n-  score: 6.3 bits\n+  score: 6.5 bits\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n                           MADE1     41 tttaatggcaaaaaccgcaattacttttgcac 72    \n                                        tt a tgg aaaaa   ca tta ttttgca \n@@ -98,12 +98,12 @@\n -------------------------------------\n Query sequence(s):                         1  (660000 residues searched)\n Target model(s):                           1  (80 nodes)\n-Residues passing SSV filter:             61794  (0.0936); expected (0.02)\n-Residues passing bias filter:            46199  (0.07); expected (0.02)\n-Residues passing Vit filter:              2752  (0.00417); expected (0.001)\n-Residues passing Fwd filter:              2526  (0.00383); expected (1e-05)\n-Total number of hits:                        5  (0.000405)\n+Residues passing SSV filter:           63737  (0.0966); expected (0.02)\n+Residues passing bias filter:          44695  (0.0677); expected (0.02)\n+Residues passing Vit filter:            2309  (0.0035); expected (0.001)\n+Residues passing Fwd filter:            2041  (0.00309); expected (1e-05)\n+Total number of hits:                      5  (0.000405)\n # CPU time: 0.02u 0.00s 00:00:00.02 Elapsed: 00:00:00.02\n-# Mc/sec: 2640.00\n+# Mc/sec: 2407.09\n //\n [ok]\n'
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/MADE1.nhmmscan_out.aliscoresout
--- a/test-data/MADE1.nhmmscan_out.aliscoresout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.nhmmscan_out.aliscoresout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -1,17 +1,17 @@
 # target name        accession   query name                    accession  hmmfrom hmm to alifrom  ali to envfrom  env to  modlen strand   E-value  score  bias  description of target
 #-------------------  ----------          -------------------- ---------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------ --------- ------ ----- ---------------------
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                4      80  302390  302466  302387  302466      80    +     1.2e-10   38.6   7.4  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                1      43  174456  174498  174456  174518      80    +     7.8e-08   29.6   8.3  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                1      77  302466  302390  302466  302387      80    -     1.2e-07   28.9   6.0  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -               43      80  174493  174456  174513  174456      80    -     7.2e-06   23.3   7.0  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -               41      72  304073  304104  304053  304109      80    +         1.4    6.3   7.0  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                4      80  302390  302466  302387  302466      80    +     8.7e-11   39.2   7.4  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                1      43  174456  174498  174456  174518      80    +     6.4e-08   30.0   8.3  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                1      77  302466  302390  302466  302387      80    -     9.3e-08   29.5   6.1  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -               43      80  174493  174456  174513  174456      80    -     6.3e-06   23.7   7.0  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -               41      72  304073  304104  304053  304109      80    +         1.4    6.5   7.0  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
 #
 # Program:         hmmscan
-# Version:         3.1b2 (February 2015)
+# Version:         3.2 (June 2018)
 # Pipeline mode:   SCAN
-# Query file:      /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_2.dat
-# Target file:     /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_1.dat
-# Option settings: nhmmscan --tblout /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_4.dat --dfamtblout /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_5.dat --notextw -E 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --B1 110 --B2 240 --B3 1000 --cpu 1 /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_2.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpc_c3amjg/job_working_directory/000/3/working
-# Date:            Wed Apr  4 16:58:45 2018
+# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_41.dat
+# Target file:     localref.hmm
+# Option settings: nhmmscan --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_43.dat --dfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_44.dat --notextw -E 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --B1 110 --B2 240 --B3 1000 --cpu 1 localref.hmm /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_41.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/33/working
+# Date:            Fri Jun  8 12:19:16 2018
 # [ok]
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/MADE1.nhmmscan_out.dfamtblout
--- a/test-data/MADE1.nhmmscan_out.dfamtblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.nhmmscan_out.dfamtblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
b
@@ -3,8 +3,8 @@
 #
 # target name         acc                  query name                      bits   e-value  bias  hmm-st  hmm-en strand  ali-st  ali-en  env-st  env-en  modlen   description of target
 # ------------------- -------------------  -------------------           ------ --------- ----- ------- ------- ------ ------- ------- ------- ------- -------   ---------------------
-MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   38.6   1.2e-10   7.4       4      80    +    302390  302466  302387  302466      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   29.6   7.8e-08   8.3       1      43    +    174456  174498  174456  174518      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   28.9   1.2e-07   6.0       1      77    -    302466  302390  302466  302387      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   23.3   7.2e-06   7.0      43      80    -    174493  174456  174513  174456      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000    6.3       1.4   7.0      41      72    +    304073  304104  304053  304109      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   39.2   8.7e-11   7.4       4      80    +    302390  302466  302387  302466      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   30.0   6.4e-08   8.3       1      43    +    174456  174498  174456  174518      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   29.5   9.3e-08   6.1       1      77    -    302466  302390  302466  302387      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   23.7   6.3e-06   7.0      43      80    -    174493  174456  174513  174456      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000    6.5       1.4   7.0      41      72    +    304073  304104  304053  304109      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/MADE1.nhmmscan_out.tblout
--- a/test-data/MADE1.nhmmscan_out.tblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.nhmmscan_out.tblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -1,17 +1,17 @@
 # target name        accession   query name                    accession  hmmfrom hmm to alifrom  ali to envfrom  env to  modlen strand   E-value  score  bias  description of target
 #-------------------  ----------          -------------------- ---------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------ --------- ------ ----- ---------------------
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                4      80  302390  302466  302387  302466      80    +     1.2e-10   38.6   7.4  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                1      43  174456  174498  174456  174518      80    +     7.8e-08   29.6   8.3  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                1      77  302466  302390  302466  302387      80    -     1.2e-07   28.9   6.0  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -               43      80  174493  174456  174513  174456      80    -     7.2e-06   23.3   7.0  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -               41      72  304073  304104  304053  304109      80    +         1.4    6.3   7.0  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                4      80  302390  302466  302387  302466      80    +     8.7e-11   39.2   7.4  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                1      43  174456  174498  174456  174518      80    +     6.4e-08   30.0   8.3  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                1      77  302466  302390  302466  302387      80    -     9.3e-08   29.5   6.1  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -               43      80  174493  174456  174513  174456      80    -     6.3e-06   23.7   7.0  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -               41      72  304073  304104  304053  304109      80    +         1.4    6.5   7.0  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
 #
 # Program:         hmmscan
-# Version:         3.1b2 (February 2015)
+# Version:         3.2 (June 2018)
 # Pipeline mode:   SCAN
-# Query file:      /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_2.dat
-# Target file:     /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_1.dat
-# Option settings: nhmmscan --tblout /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_4.dat --dfamtblout /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_5.dat --notextw -E 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --B1 110 --B2 240 --B3 1000 --cpu 1 /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpc_c3amjg/files/000/dataset_2.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpc_c3amjg/job_working_directory/000/3/working
-# Date:            Wed Apr  4 16:58:45 2018
+# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_41.dat
+# Target file:     localref.hmm
+# Option settings: nhmmscan --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_43.dat --dfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_44.dat --notextw -E 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --B1 110 --B2 240 --B3 1000 --cpu 1 localref.hmm /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_41.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/33/working
+# Date:            Fri Jun  8 12:19:16 2018
 # [ok]
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/MADE1.out
--- a/test-data/MADE1.out Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.out Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
b'@@ -1,13 +1,13 @@\n # hmmscan :: search sequence(s) against a profile database\n-# HMMER 3.1b2 (February 2015); http://hmmer.org/\n-# Copyright (C) 2015 Howard Hughes Medical Institute.\n-# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3).\n+# HMMER 3.2 (June 2018); http://hmmer.org/\n+# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.\n+# Freely distributed under the BSD open source license.\n # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -\n-# query sequence file:             /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_20.dat\n-# target HMM database:             /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_19.dat\n-# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_22.dat\n-# per-dom hits tabular output:     /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_23.dat\n-# pfam-style tabular hit output:   /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_24.dat\n+# query sequence file:             /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat\n+# target HMM database:             localref.hmm\n+# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_22.dat\n+# per-dom hits tabular output:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_23.dat\n+# pfam-style tabular hit output:   /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_24.dat\n # max ASCII text line length:      unlimited\n # Vit filter P threshold:       <= 0.001\n # Fwd filter P threshold:       <= 1e-05\n@@ -20,54 +20,54 @@\n    --- full sequence ---   --- best 1 domain ---    -#dom-\n     E-value  score  bias    E-value  score  bias    exp  N  Model    Description\n     ------- ------ -----    ------- ------ -----   ---- --  -------- -----------\n-      1e-17   51.0  28.5    2.7e-12   33.7   0.7    9.6  5  MADE1     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n+    5.7e-18   51.8  27.9      2e-12   34.1   0.7    9.6  5  MADE1     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n \n \n Domain annotation for each model (and alignments):\n >> MADE1  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n    #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc\n  ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----\n-   1 ?   -4.2   0.1         1         1      30      54 ..   80044   80068 ..   80030   80073 .. 0.80\n+   1 ?   -4.5   0.0         1         1      30      54 ..   80044   80068 ..   80033   80072 .. 0.81\n    2 ?   -6.6   3.3         1         1      13      71 ..  154012  154072 ..  154011  154076 .. 0.75\n-   3 !   27.4   0.7   2.4e-10   2.4e-10       1      44 [.  174456  174514 ..  174456  174577 .. 0.62\n-   4 !   33.7   0.7   2.7e-12   2.7e-12       2      80 .]  302388  302466 ..  302387  302466 .. 0.86\n-   5 ?    2.9   0.7     0.011     0.011      27      75 ..  304060  304107 ..  304021  304109 .. 0.61\n+   3 !   27.4   0.7   2.4e-10   2.4e-10       1      43 [.  174456  174498 ..  174456  174577 .. 0.66\n+   4 !   34.1   0.7     2e-12     2e-12       2      80 .]  302388  302466 ..  302387  302466 .. 0.86\n+   5 ?    2.8   0.7     0.011     0.011      27      75 ..  304060  304107 ..  304022  304109 .. 0.62\n \n   Alignments for each domain:\n-  == domain 1  score: -4.2 bits;  conditional E-value: 1\n+  == domain 1  score: -4.5 bits;  conditional E-value: 1\n                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n-                          MADE1    30 ttgccattacttttaatggcaaaaa 54\n+                          MADE1    30 ttgccattacttttaatggcaaaaa 54   \n                                       t g catt  ttt aatggcaaa a\n   humanchr1/239220001-239550000 80044 TAGTCATTCATTTCAATGGCAAATA 80068\n-                                      45789****************9966 PP\n+                                      457899***************9865 PP\n \n   == domain 2  score: -6.6 bits;  conditional E-value: 1\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx......xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n-                          MADE1     13 aaaagtaattgcggtttttgccatt......ac'..b'agta tt +   ttttgc att      a  tttaa  gcaaa a +    tta  tttgca\n   humanchr1/239220001-239550000 154012 AAAAGTAGTTTTCAATTTTGCAATTtgaccaATATTTAAATGCAAATATT----TTATATTTGCA 154072\n-                                       78999999999999999999999984444444457777777899998876....77777888876 PP\n+                                       78999999999999999999999984444444457777777899988765....67777778776 PP\n \n   == domain 3  score: 27.4 bits;  conditional E-value: 2.4e-10\n-                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx...............x RF\n-                          MADE1      1 ttaggttggtgcaaaagtaattgcggtttttgccattactttt...............a 44\n-                                       ttaggtt gtgcaaaagtaattg+ggtttttg cattactttt               a\n-  humanchr1/239220001-239550000 174456 TTAGGTTAGTGCAAAAGTAATTGTGGTTTTTGTCATTACTTTTctgcatgctagaagtA 174514\n-                                       79***************************************964443333333333330 PP\n+                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n+                          MADE1      1 ttaggttggtgcaaaagtaattgcggtttttgccattactttt 43    \n+                                       ttaggtt gtgcaaaagtaattg+ggtttttg cattactttt\n+  humanchr1/239220001-239550000 174456 TTAGGTTAGTGCAAAAGTAATTGTGGTTTTTGTCATTACTTTT 174498\n+                                       79**************************************996 PP\n \n-  == domain 4  score: 33.7 bits;  conditional E-value: 2.7e-12\n-                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n-                          MADE1      2 taggttggtgcaaaagtaattgcggtttttgccattacttttaatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaacctaa 80\n-                                       t ggt ggtgcaaaa  aattg+ggtttttgccatt cttttaat gc    a  +  a t ctttt caccaa ctaa\n-  humanchr1/239220001-239550000 302388 TTGGTCGGTGCAAAATCAATTGTGGTTTTTGCCATTGCTTTTAATTGCTTTTAAAAGTAATGCTTTTACACCAATCTAA 302466\n-                                       56899******************************************963333233345578**************996 PP\n+  == domain 4  score: 34.1 bits;  conditional E-value: 2e-12\n+                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx...xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n+                          MADE1      2 taggttggtgcaaaagtaattgcggtttttgccattacttttaatggca...aaaaccgcaattacttttgcaccaacctaa 80    \n+                                       t ggt ggtgcaaaa  aattg+ggtttttgccatt cttttaat gc    aaaa  g  a t ctttt caccaa ctaa\n+  humanchr1/239220001-239550000 302388 TTGGTCGGTGCAAAATCAATTGTGGTTTTTGCCATTGCTTTTAATTGCTtttAAAA--G-TAATGCTTTTACACCAATCTAA 302466\n+                                       56899******************************************962223333..3.45578**************997 PP\n \n-  == domain 5  score: 2.9 bits;  conditional E-value: 0.011\n+  == domain 5  score: 2.8 bits;  conditional E-value: 0.011\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n-                          MADE1     27 tttttgccattacttttaatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaa 75\n+                          MADE1     27 tttttgccattacttttaatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaa 75    \n                                        tttt g c  ta  tt a tgg aaaaa ++ca tta ttttgca  aa\n   humanchr1/239220001-239550000 304060 TTTTAGACTATA-GTTAAGTGGGAAAAAATACACTTATTTTTGCATTAA 304107\n-                                       222222222222.3455779************************98765 PP\n+                                       222223222222.3556779************************98765 PP\n \n \n \n@@ -81,7 +81,7 @@\n Passed Fwd filter:                         1  (1); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                  1  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):               1  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.15u 0.00s 00:00:00.15 Elapsed: 00:00:00.16\n-# Mc/sec: 165.00\n+# CPU time: 0.14u 0.01s 00:00:00.15 Elapsed: 00:00:00.14\n+# Mc/sec: 177.58\n //\n [ok]\n'
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/MADE1.out.domtblout
--- a/test-data/MADE1.out.domtblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.out.domtblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -1,18 +1,18 @@
 #                                                                                      --- full sequence --- -------------- this domain -------------   hmm coord   ali coord   env coord
 # target name        accession    tlen query name                    accession   qlen   E-value  score  bias   #  of  c-Evalue  i-Evalue  score  bias  from    to  from    to  from    to  acc description of target
 #-------------------  ---------- -----          -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- ---------------------
-MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000     1e-17   51.0  28.5   1   5         1         1   -4.2   0.1    30    54 80044 80068 80030 80073 0.80 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000     1e-17   51.0  28.5   2   5         1         1   -6.6   3.3    13    71 154012 154072 154011 154076 0.75 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000     1e-17   51.0  28.5   3   5   2.4e-10   2.4e-10   27.4   0.7     1    44 174456 174514 174456 174577 0.62 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000     1e-17   51.0  28.5   4   5   2.7e-12   2.7e-12   33.7   0.7     2    80 302388 302466 302387 302466 0.86 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000     1e-17   51.0  28.5   5   5     0.011     0.011    2.9   0.7    27    75 304060 304107 304021 304109 0.61 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   5.7e-18   51.8  27.9   1   5         1         1   -4.5   0.0    30    54 80044 80068 80033 80072 0.81 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   5.7e-18   51.8  27.9   2   5         1         1   -6.6   3.3    13    71 154012 154072 154011 154076 0.75 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   5.7e-18   51.8  27.9   3   5   2.4e-10   2.4e-10   27.4   0.7     1    43 174456 174498 174456 174577 0.66 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   5.7e-18   51.8  27.9   4   5     2e-12     2e-12   34.1   0.7     2    80 302388 302466 302387 302466 0.86 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   5.7e-18   51.8  27.9   5   5     0.011     0.011    2.8   0.7    27    75 304060 304107 304022 304109 0.62 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
 #
 # Program:         hmmscan
-# Version:         3.1b2 (February 2015)
+# Version:         3.2 (June 2018)
 # Pipeline mode:   SCAN
-# Query file:      /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_2.dat
-# Target file:     /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_1.dat
-# Option settings: hmmscan --tblout /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_5.dat --pfamtblout /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_6.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_2.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpYWzicI/job_working_directory/000/3
-# Date:            Sat Jun 25 19:05:15 2016
+# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat
+# Target file:     localref.hmm
+# Option settings: hmmscan --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_22.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_23.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_24.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 localref.hmm /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/21/working
+# Date:            Fri Jun  8 12:17:53 2018
 # [ok]
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/MADE1.out.pfamtblout
--- a/test-data/MADE1.out.pfamtblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.out.pfamtblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -3,25 +3,25 @@
 #
 # name                  bits   E-value   n   exp  bias    description
 # ------------------- ------ --------- --- ----- -----    ---------------------
-MADE1                   51.0     1e-17   5   9.6  28.5    MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                   51.8   5.7e-18   5   9.6  27.9    MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
 
 # Domain scores
 # -------------
 #
 #  name                 bits   E-value   hit  bias env-st env-en ali-st ali-en hmm-st hmm-en     description
 # ------------------- ------ --------- ----- ----- ------ ------ ------ ------ ------ ------      ---------------------
-MADE1                   33.7   2.7e-12     4   0.7 302387 302466 302388 302466      2     80     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                   27.4   2.4e-10     3   0.7 174456 174577 174456 174514      1     44     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                    2.9     0.011     5   0.7 304021 304109 304060 304107     27     75     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                   -4.2         1     1   0.1  80030  80073  80044  80068     30     54     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                   34.1     2e-12     4   0.7 302387 302466 302388 302466      2     80     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                   27.4   2.4e-10     3   0.7 174456 174577 174456 174498      1     43     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                    2.8     0.011     5   0.7 304022 304109 304060 304107     27     75     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                   -4.5         1     1   0.0  80033  80072  80044  80068     30     54     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
 MADE1                   -6.6         1     2   3.3 154011 154076 154012 154072     13     71     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
 #
 # Program:         hmmscan
-# Version:         3.1b2 (February 2015)
+# Version:         3.2 (June 2018)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_2.dat
-# Target file:     /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_1.dat
-# Option settings: hmmscan --tblout /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_5.dat --pfamtblout /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_6.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpYWzicI/files/000/dataset_2.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpYWzicI/job_working_directory/000/3
-# Date:            Sat Jun 25 19:05:15 2016
+# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat
+# Target file:     localref.hmm
+# Option settings: hmmscan --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_22.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_23.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_24.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 localref.hmm /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/21/working
+# Date:            Fri Jun  8 12:17:53 2018
 # [ok]
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/MADE1.out.tblout
--- a/test-data/MADE1.out.tblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.out.tblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -1,14 +1,14 @@
 #                                                                         --- full sequence ---- --- best 1 domain ---- --- domain number estimation ----
 # target name        accession   query name                    accession    E-value  score  bias   E-value  score  bias   exp reg clu  ov env dom rep inc description of target
 #-------------------  ----------          -------------------- ---------- --------- ------ ----- --------- ------ -----   --- --- --- --- --- --- --- --- ---------------------
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -            7.1e-18   51.5  28.5     2e-12   34.0   0.7   9.6   5   0   0   5   5   5   2 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -            5.7e-18   51.8  27.9     2e-12   34.1   0.7   9.6   5   0   0   5   5   5   2 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
 #
 # Program:         hmmscan
-# Version:         3.1b1 (May 2013)
+# Version:         3.2 (June 2018)
 # Pipeline mode:   SCAN
-# Query file:      test-data/dna_target.fa
-# Target file:     test-data/MADE1.hmm
-# Option settings: hmmscan --tblout tblout --domtblout domtblout --pfamtblout pfamtblout test-data/MADE1.hmm test-data/dna_target.fa 
-# Current dir:     /home/users/cpt/cpt/esr/Projects/galaxy/tools-iuc/tools/hmmer
-# Date:            Tue Feb 10 14:40:35 2015
+# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat
+# Target file:     localref.hmm
+# Option settings: hmmscan --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_22.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_23.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_24.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 localref.hmm /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/21/working
+# Date:            Fri Jun  8 12:17:53 2018
 # [ok]
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/fn3.hmm
--- a/test-data/fn3.hmm Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/fn3.hmm Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -1,4 +1,4 @@
-HMMER3/f [3.1 | February 2013]
+HMMER3/f [3.2 | June 2018]
 NAME  fn3
 ACC   PF00041.13
 DESC  Fibronectin type III domain
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/globins-masked.sto
--- a/test-data/globins-masked.sto Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/globins-masked.sto Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
b
@@ -9,5 +9,5 @@
 HBA_HUMAN  ---------VLSPADKTNVKAAWGKVGA--HAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHV---D--DMPNALSALSDLHAHKL--RVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR------
 MYG_PHYCA  ---------VLSEGEWQLVLHVWAKVEA--DVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKK----K-GHHEAELKPLAQSHATKH--KIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
 GLB5_PETMA PIVDTGSVAPLSAAEKTKIRSAWAPVYS--TYETSGVDILVKFFTSTPAAQEFFPKFKGLTTADQLKKSADVRWHAERIINAVNDAVASM--DDTEKMSMKLRDLSGKHAKSF--QVDPQYFKVLAAVIADTVAAG---------DAGFEKLMSMICILLRSAY-------
-#=GC MM    .................mmmmmmmmmmm...........mmmmmmmmmmm.........................................................................................................................
+#=GC MM    .................mmmmmmmmmmm...............................................................................................................................................
 //
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/globins.domtblout
--- a/test-data/globins.domtblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/globins.domtblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -1,15 +1,15 @@
 #                                                                            --- full sequence --- -------------- this domain -------------   hmm coord   ali coord   env coord
 # target name        accession   tlen query name           accession   qlen   E-value  score  bias   #  of  c-Evalue  i-Evalue  score  bias  from    to  from    to  from    to  acc description of target
 #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- ---------------------
-sp|P02185|MYG_PHYCD  -            154 globins4             -            149   1.8e-70  222.7   3.2   1   1     2e-70     2e-70  222.6   3.2     2   149     2   148     1   148 0.99 Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
-sp|P02024|HBB_GORGO  -            147 globins4             -            149   9.2e-69  217.2   0.1   1   1     1e-68     1e-68  217.0   0.1     1   149     2   147     2   147 0.99 Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
+sp|P02185|MYG_PHYCD  -            154 dataset_x            -            149   1.8e-70  222.7   3.2   1   1     2e-70     2e-70  222.6   3.2     2   149     2   148     1   148 0.99 Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
+sp|P02024|HBB_GORGO  -            147 dataset_x            -            149   9.2e-69  217.2   0.1   1   1     1e-68     1e-68  217.0   0.1     1   149     2   147     2   147 0.99 Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
 #
 # Program:         hmmsearch
-# Version:         3.1b2 (February 2015)
+# Version:         3.2 (June 2018)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_1.dat
-# Target file:     /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_2.dat
-# Option settings: hmmsearch --tblout /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_5.dat --pfamtblout /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_6.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_2.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpJW6ntL/job_working_directory/000/3
-# Date:            Sat Jun 25 19:27:08 2016
+# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat
+# Target file:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat
+# Option settings: hmmsearch --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_28.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_29.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_30.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat
+# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/24/working
+# Date:            Fri Jun  8 12:18:13 2018
 # [ok]
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/globins.pfamtblout
--- a/test-data/globins.pfamtblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/globins.pfamtblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -15,11 +15,11 @@
 sp|P02024|HBB_GORGO    217.0     1e-68     1   0.1      2    147      2    147      1    149     Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
 #
 # Program:         hmmsearch
-# Version:         3.1b2 (February 2015)
+# Version:         3.2 (June 2018)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_1.dat
-# Target file:     /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_2.dat
-# Option settings: hmmsearch --tblout /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_5.dat --pfamtblout /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_6.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_2.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpJW6ntL/job_working_directory/000/3
-# Date:            Sat Jun 25 19:27:08 2016
+# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat
+# Target file:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat
+# Option settings: hmmsearch --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_28.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_29.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_30.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/24/working
+# Date:            Fri Jun  8 12:18:13 2018
 # [ok]
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/globins.tblout
--- a/test-data/globins.tblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/globins.tblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -1,15 +1,15 @@
 #                                                               --- full sequence ---- --- best 1 domain ---- --- domain number estimation ----
 # target name        accession  query name           accession    E-value  score  bias   E-value  score  bias   exp reg clu  ov env dom rep inc description of target
 #------------------- ---------- -------------------- ---------- --------- ------ ----- --------- ------ -----   --- --- --- --- --- --- --- --- ---------------------
-sp|P02185|MYG_PHYCD  -          globins4             -            1.8e-70  222.7   3.2     2e-70  222.6   3.2   1.0   1   0   0   1   1   1   1 Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
-sp|P02024|HBB_GORGO  -          globins4             -            9.2e-69  217.2   0.1     1e-68  217.0   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
+sp|P02185|MYG_PHYCD  -          dataset_x            -            1.8e-70  222.7   3.2     2e-70  222.6   3.2   1.0   1   0   0   1   1   1   1 Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
+sp|P02024|HBB_GORGO  -          dataset_x            -            9.2e-69  217.2   0.1     1e-68  217.0   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
 #
 # Program:         hmmsearch
-# Version:         3.1b2 (February 2015)
+# Version:         3.2 (June 2018)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_1.dat
-# Target file:     /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_2.dat
-# Option settings: hmmsearch --tblout /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_5.dat --pfamtblout /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_6.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_2.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpJW6ntL/job_working_directory/000/3
-# Date:            Sat Jun 25 19:27:08 2016
+# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat
+# Target file:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat
+# Option settings: hmmsearch --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_28.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_29.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_30.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat
+# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/24/working
+# Date:            Fri Jun  8 12:18:13 2018
 # [ok]
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/globins4-emit-1.sto
--- a/test-data/globins4-emit-1.sto Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/globins4-emit-1.sto Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
b
@@ -1,4 +1,4 @@
->globins4-sample1
+>dataset_x-sample1
 CLDDGAENDNVLTGVLDLNPDEPSEAEPLILILVQSAPTTKAHFQKFVLLTTNMQVEFDT
 EIKAHTTMIIGASRAILSSIVQNRMNYYLLLLAKENHSGKERATRKKTDRECLHILGEVI
 TITLKREFPMDSNPAHSSRDGTFDLLVSLYRKALRNLY
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/globins4-emit.sto
--- a/test-data/globins4-emit.sto Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/globins4-emit.sto Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
b
@@ -1,26 +1,26 @@
 # STOCKHOLM 1.0
 
-globins4-sample1  -.CLD.DgAENDNVL..TGV.LDLNPD...EPSEAEPLILILVQ.SAPTTK.AH...........FQKFVLLTTN.MQVEFDTEI..KAHT.T.MIIGASRAILSSI.VqNRMN.Y.YLLLLAkEnhsgkE.R..ATRKKTDRECLHILGEVITITL..KREFPMDSNPAHssrDGTFDLLVSLYRKALRNL.Y-.....
-globins4-sample2  K.PLS.P.AQKKTIR..SAW.LLPGHS...KNDLGQEALVHLDL.AVPAMQ.TMishmlllylhkFPQFEHLSPNvKKLAYAELM..RVGA.I.TTL--LSKQWDTLeA.DATR.R.IPLEEN.D.....V.H..LQKYGLIRKKLQVISALVAKVI..LAGHPENFGPKV...SSAF----IVFYKG--EI.YK.....
-globins4-sample3  S.MIS.K.RFKVLVE..NLW.LKV-AT...AGDIGSDQLVTFKA.VFTKIY.LT...........FDEFKGEKV-.---HREIAI..KLYTlS.AIAAILNPPLLNL.R.RIYN.H.ELSQLS.A.....L.H..CTQMQSNQEYFLV--NLTVDTI..YETKPTQYREKS...EASENKVTNLVSNALTAN.YR.....
-globins4-sample4  IsTEC.L.EENEAAK..DVRqEHIVSEmglVDVYSQLLGVLMTT.SIPPTElNR...........MKEKRKLMTR.AGMTTSYAI..RMRG.NhVIHEALSSSAGR-.N.--NQcD.DVVQLS.Q.....K.Y..VTKIYVHPQKIEHITRVLVII-..PYE---THAAEE...DANMEKAVLSVRSRIVTK.FD.....
-globins4-sample5  -.LIS.E.ASFPLVQnvEIW.VKVFNH...YAEAGNESLIKIVV.TYPDGS.KL...........NHCF-HGK-A.TTCQAANDW..KYDK.E.TFVSTLRKVLASR.K.TRFI.KgKILTVE.N.....E.H..KNSVSVALMRPKLGSNCT--TL..LEVIPSWAGPYE...ESAADKCIPLCASILTSE.YR.....
-globins4-sample6  -.ALPgD.TGKQYSH..VCW.AN-HAR...--ESGLDILVRYYL.SLPQTL.NF...........FPKFVDITPK.PIMTNNARL..KEEG.A.AVLDA-MNSLLKI.V.QTIE.N.QFWALK.K.....S.F..AHALHVD-KIYKMLNELLIVIV..AAMEPEHDRPHA...DTAMYKVLQKLRKQLGEGrSLiygfp
-globins4-sample7  P.KFH.N.STKGEVE..RSY.VKVVSK...VDNEGMEYLKDFLSfSRPHAQ.GK...........FGMLKSLQTL.PGLH-VESC..TTME.I.EVLQNLSTPVTGL.D.SQKG.N.EIKELC.R.....V.HldRRTAHVADETFKTYNNSTILRVaqKVHTMRRFDFAA...ADALESFLSYVPCLIEAQ.YQ.....
-globins4-sample8  V.ALS.K.MEQTRVK..ALY.YQV---...SARSGAQALAEMLVrAHPDSR.ML...........FNQAEVIQTR.LTLAENAQI.qRGWG.K.MVVKADSKNMTRV.EgEKHG.M.EPKASA.R.....N.H..IPRENVINGFFKLSALKVVKTV..DVELARGITFSG...NAPVCPYFKGFAAVLSEP.YE.....
-globins4-sample9  A.PLN.A.PGWQDVE..-IW.EYV---...-FHRTIRILRNLLK.EIPWER.RH...........FIKTSTVCLP.IICMGNAKLpwRDGG.T.QGRRALNPSVKQC.QfAKTS.G.SLRQCY.D.....R.QhvAIKDRVLINYFQIVGDLVVDYV..DVKLPQDFNPNL...EADIDRRLFISQRSLNCK.W-.....
-globins4-sample10 -.TLE.M.QLRTDLS..NVA.VKSLAD...LE-VGLEKLMKLYN.SAKLLH.ALr.........cFEPTTKIVTA.SAPKGLRFV..KHQG.T.KVMTAINQAFADM.E.TNYE.Q.KYQSLR.E.....KyK..IEELSIDPRNFQLLAGRVVVRS..AKPLPILLSRQF...ERVLEEHLHLIGKDLQHK.Y-.....
-#=GC RF           x.xxx.x.xxxxxxx..xxx.xxxxxx...xxxxxxxxxxxxxx.xxxxxx.xx...........xxxxxxxxxx.xxxxxxxxx..xxxx.x.xxxxxxxxxxxxx.x.xxxx.x.xxxxxx.x.....x.x..xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx..xxxxxxxxxxxx...xxxxxxxxxxxxxxxxxx.xx.....
+dataset_x-sample1  -.CLD.DgAENDNVL..TGV.LDLNPD...EPSEAEPLILILVQ.SAPTTK.AH...........FQKFVLLTTN.MQVEFDTEI..KAHT.T.MIIGASRAILSSI.VqNRMN.Y.YLLLLAkEnhsgkE.R..ATRKKTDRECLHILGEVITITL..KREFPMDSNPAHssrDGTFDLLVSLYRKALRNL.Y-.....
+dataset_x-sample2  K.PLS.P.AQKKTIR..SAW.LLPGHS...KNDLGQEALVHLDL.AVPAMQ.TMishmlllylhkFPQFEHLSPNvKKLAYAELM..RVGA.I.TTL--LSKQWDTLeA.DATR.R.IPLEEN.D.....V.H..LQKYGLIRKKLQVISALVAKVI..LAGHPENFGPKV...SSAF----IVFYKG--EI.YK.....
+dataset_x-sample3  S.MIS.K.RFKVLVE..NLW.LKV-AT...AGDIGSDQLVTFKA.VFTKIY.LT...........FDEFKGEKV-.---HREIAI..KLYTlS.AIAAILNPPLLNL.R.RIYN.H.ELSQLS.A.....L.H..CTQMQSNQEYFLV--NLTVDTI..YETKPTQYREKS...EASENKVTNLVSNALTAN.YR.....
+dataset_x-sample4  IsTEC.L.EENEAAK..DVRqEHIVSEmglVDVYSQLLGVLMTT.SIPPTElNR...........MKEKRKLMTR.AGMTTSYAI..RMRG.NhVIHEALSSSAGR-.N.--NQcD.DVVQLS.Q.....K.Y..VTKIYVHPQKIEHITRVLVII-..PYE---THAAEE...DANMEKAVLSVRSRIVTK.FD.....
+dataset_x-sample5  -.LIS.E.ASFPLVQnvEIW.VKVFNH...YAEAGNESLIKIVV.TYPDGS.KL...........NHCF-HGK-A.TTCQAANDW..KYDK.E.TFVSTLRKVLASR.K.TRFI.KgKILTVE.N.....E.H..KNSVSVALMRPKLGSNCT--TL..LEVIPSWAGPYE...ESAADKCIPLCASILTSE.YR.....
+dataset_x-sample6  -.ALPgD.TGKQYSH..VCW.AN-HAR...--ESGLDILVRYYL.SLPQTL.NF...........FPKFVDITPK.PIMTNNARL..KEEG.A.AVLDA-MNSLLKI.V.QTIE.N.QFWALK.K.....S.F..AHALHVD-KIYKMLNELLIVIV..AAMEPEHDRPHA...DTAMYKVLQKLRKQLGEGrSLiygfp
+dataset_x-sample7  P.KFH.N.STKGEVE..RSY.VKVVSK...VDNEGMEYLKDFLSfSRPHAQ.GK...........FGMLKSLQTL.PGLH-VESC..TTME.I.EVLQNLSTPVTGL.D.SQKG.N.EIKELC.R.....V.HldRRTAHVADETFKTYNNSTILRVaqKVHTMRRFDFAA...ADALESFLSYVPCLIEAQ.YQ.....
+dataset_x-sample8  V.ALS.K.MEQTRVK..ALY.YQV---...SARSGAQALAEMLVrAHPDSR.ML...........FNQAEVIQTR.LTLAENAQI.qRGWG.K.MVVKADSKNMTRV.EgEKHG.M.EPKASA.R.....N.H..IPRENVINGFFKLSALKVVKTV..DVELARGITFSG...NAPVCPYFKGFAAVLSEP.YE.....
+dataset_x-sample9  A.PLN.A.PGWQDVE..-IW.EYV---...-FHRTIRILRNLLK.EIPWER.RH...........FIKTSTVCLP.IICMGNAKLpwRDGG.T.QGRRALNPSVKQC.QfAKTS.G.SLRQCY.D.....R.QhvAIKDRVLINYFQIVGDLVVDYV..DVKLPQDFNPNL...EADIDRRLFISQRSLNCK.W-.....
+dataset_x-sample10 -.TLE.M.QLRTDLS..NVA.VKSLAD...LE-VGLEKLMKLYN.SAKLLH.ALr.........cFEPTTKIVTA.SAPKGLRFV..KHQG.T.KVMTAINQAFADM.E.TNYE.Q.KYQSLR.E.....KyK..IEELSIDPRNFQLLAGRVVVRS..AKPLPILLSRQF...ERVLEEHLHLIGKDLQHK.Y-.....
+#=GC RF            x.xxx.x.xxxxxxx..xxx.xxxxxx...xxxxxxxxxxxxxx.xxxxxx.xx...........xxxxxxxxxx.xxxxxxxxx..xxxx.x.xxxxxxxxxxxxx.x.xxxx.x.xxxxxx.x.....x.x..xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx..xxxxxxxxxxxx...xxxxxxxxxxxxxxxxxx.xx.....
 
-globins4-sample1  ...
-globins4-sample2  ...
-globins4-sample3  ...
-globins4-sample4  ...
-globins4-sample5  ...
-globins4-sample6  gmp
-globins4-sample7  ...
-globins4-sample8  ...
-globins4-sample9  ...
-globins4-sample10 ...
-#=GC RF           ...
+dataset_x-sample1  ...
+dataset_x-sample2  ...
+dataset_x-sample3  ...
+dataset_x-sample4  ...
+dataset_x-sample5  ...
+dataset_x-sample6  gmp
+dataset_x-sample7  ...
+dataset_x-sample8  ...
+dataset_x-sample9  ...
+dataset_x-sample10 ...
+#=GC RF            ...
 //
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/globins4.hmm
--- a/test-data/globins4.hmm Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/globins4.hmm Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -1,5 +1,5 @@
-HMMER3/f [3.1b1 | May 2013]
-NAME  globins4
+HMMER3/f [3.2 | June 2018]
+NAME  dataset_6
 LENG  149
 ALPH  amino
 RF    no
@@ -7,7 +7,7 @@
 CONS  yes
 CS    no
 MAP   yes
-DATE  Mon Feb  9 11:39:55 2015
+DATE  Fri Jun  8 12:16:18 2018
 NSEQ  4
 EFFN  0.964844
 CKSUM 2027839109
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/globins4.hmm2
--- a/test-data/globins4.hmm2 Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/globins4.hmm2 Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -1,12 +1,12 @@
-HMMER2.0  [converted from 3.1b2]
-NAME  globins4
+HMMER2.0  [converted from 3.2]
+NAME  dataset_x
 LENG  149
 ALPH  Amino
 RF    no
 CS    no
 MAP   yes
 NSEQ  4
-DATE  Mon Feb  9 11:39:55 2015
+DATE  Fri Jun  8 12:14:52 2018
 XT       -8455     -4  -1000  -1000  -8455     -4  -8455     -4
 NULT        -4  -8455
 NULE       656  -1722     98    419   -333    475  -1125    239    250    947  -1073   -271    -50   -338    114    451    113    430  -2131   -717
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/jackhmmer.domtblout
--- a/test-data/jackhmmer.domtblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/jackhmmer.domtblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
b'@@ -1,103 +1,103 @@\n #                                                                            --- full sequence --- -------------- this domain -------------   hmm coord   ali coord   env coord\n # target name        accession   tlen query name           accession   qlen   E-value  score  bias   #  of  c-Evalue  i-Evalue  score  bias  from    to  from    to  from    to  acc description of target\n #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- ---------------------\n-HBB_MANSP            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142   7.7e-69  221.6   0.1   1   1   8.6e-69   8.6e-69  221.5   0.1     1   142     6   145     6   145 0.99 -\n-HBB_URSMA            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142   4.1e-68  219.3   0.2   1   1   4.5e-68   4.5e-68  219.1   0.2     1   142     6   145     6   145 0.99 -\n-HBB_RABIT            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142   5.6e-67  215.6   0.5   1   1   6.3e-67   6.3e-67  215.4   0.5     1   142     6   145     6   145 0.99 -\n-HBB_CALAR            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142   1.5e-66  214.2   0.1   1   1   1.7e-66   1.7e-66  214.0   0.1     1   142     6   145     6   145 0.99 -\n-HBB_TACAC            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142     5e-66  212.5   0.3   1   1   5.6e-66   5.6e-66  212.4   0.3     2   142     7   145     6   145 0.99 -\n-HBB_COLLI            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142   5.2e-66  212.5   0.0   1   1   5.7e-66   5.7e-66  212.3   0.0     1   142     6   145     6   145 0.99 -\n-HBE_PONPY            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142   6.6e-66  212.1   0.2   1   1   7.4e-66   7.4e-66  212.0   0.2     1   142     6   145     6   145 0.99 -\n-HBB_SUNMU            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142   7.2e-66  212.0   0.1   1   1     8e-66     8e-66  211.9   0.1     1   142     6   145     6   145 0.99 -\n-HBB_ORNAN            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142     1e-65  211.5   0.0   1   1   1.2e-65   1.2e-65  211.3   0.0     2   142     7   145     6   145 0.99 -\n-HBB_SPETO            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142   1.5e-65  211.0   0.4   1   1   1.7e-65   1.7e-65  210.8   0.4     2   142     7   145     6   145 0.99 -\n-HBB_EQUHE            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142   1.6e-65  210.9   0.2   1   1   1.8e-65   1.8e-65  210.7   0.2     1   142     6   145     6   145 0.99 -\n-HBB_SPECI            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142   2.3e-65  210.4   0.9   1   1   2.5e-65   2.5e-65  210.2   0.9     2   142     7   145     6   145 0.99 -\n-HBB_LARRI            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142     3e-65  210.0   0.0   1   1   3.4e-65   3.4e-65  209.8   0.0     1   142     6   145     6   145 0.99 -\n-HBB_TRIIN            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142     8e-65  208.6   0.1   1   1   8.9e-65   8.9e-65  208.5   0.1     1   142     6   145     6   145 0.99 -\n-HBB_TUPGL            -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142   1.2e-62  201.6   0.0   1   1   1.3e-62   1.3e-62  201.5   0.0     1   142     6   145     6   145 0.99 -\n-HBA_MESAU            -            141 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142   1.5e-61  198.0   0.6   1   1   1.7e-61   1.7e-61  197.8   0.6     2   142     6   140     5   140 0.99 -\n-HBB1_VAREX           -            146 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142     3e-61  197.0   0.1   1   1   3.4e-61   3.4e-61  196.9   0.1     1   142     6   145     6   145 0.99 -\n-HBA_MACFA            -            141 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142     6e-61  196.1   1.1   1   1   6.6e-61   6.6e-61  195.9   1.1     2   142     6   140     5   140 0.99 -\n-HBA_MACSI            -            141 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            142   9.7'..b'2   0.5     4   146     2   140     1   141 0.98 -\n+HBA_TRIOC            -            141 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   2.7e-59  190.7   0.5   1   1   2.9e-59   2.9e-59  190.5   0.5     4   146     2   140     1   141 0.98 -\n+HBAD_CHLME           -            141 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   6.3e-59  189.4   0.5   1   1     7e-59     7e-59  189.3   0.5     4   146     2   140     1   141 0.98 -\n+HBAZ_HORSE           -            141 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   7.5e-59  189.2   0.1   1   1   8.2e-59   8.2e-59  189.1   0.1     4   146     2   140     1   141 0.98 -\n+HBA_COLLI            -            141 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   1.6e-58  188.1   0.2   1   1   1.8e-58   1.8e-58  188.0   0.2     4   146     2   140     1   141 0.98 -\n+HBAD_PASMO           -            141 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147     2e-58  187.8   0.1   1   1   2.2e-58   2.2e-58  187.7   0.1     4   146     2   140     1   141 0.98 -\n+MYG_SAISC            -            153 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   2.9e-57  184.1   1.0   1   1   3.2e-57   3.2e-57  183.9   1.0     4   146     2   146     1   147 0.98 -\n+MYG_LYCPI            -            153 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147     3e-57  184.0   1.9   1   1   3.3e-57   3.3e-57  183.9   1.9     4   146     2   146     1   147 0.97 -\n+MYG_PROGU            -            153 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   8.3e-57  182.6   0.2   1   1   9.2e-57   9.2e-57  182.4   0.2     4   146     2   146     1   147 0.97 -\n+MYG_ESCGI            -            153 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   8.8e-57  182.5   2.3   1   1   9.7e-57   9.7e-57  182.4   2.3     4   146     2   146     1   147 0.97 -\n+MYG_HORSE            -            153 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   2.5e-56  181.0   1.0   1   1   2.7e-56   2.7e-56  180.9   1.0     4   146     2   146     1   147 0.97 -\n+MYG_MOUSE            -            153 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   4.7e-56  180.1   0.3   1   1   5.2e-56   5.2e-56  180.0   0.3     4   146     2   146     1   147 0.97 -\n+HBA4_SALIR           -            142 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   7.5e-56  179.5   0.1   1   1   8.3e-56   8.3e-56  179.3   0.1     4   146     2   141     1   142 0.98 -\n+HBB2_TRICR           -            145 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   2.7e-55  177.7   0.0   1   1     3e-55     3e-55  177.5   0.0     2   146     1   145     1   145 1.00 -\n+MYG_MUSAN            -            148 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   4.6e-45  144.5   0.3   1   1   5.1e-45   5.1e-45  144.3   0.3     8   146     2   141     1   142 0.96 -\n #\n # Program:         jackhmmer\n-# Version:         3.1b2 (February 2015)\n+# Version:         3.2 (June 2018)\n # Pipeline mode:   SEARCH\n-# Query file:      /tmp/tmphb1nFG/files/000/dataset_1.dat\n-# Target file:     /tmp/tmphb1nFG/files/000/dataset_2.dat\n-# Option settings: jackhmmer -N 5 --tblout /tmp/tmphb1nFG/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmphb1nFG/files/000/dataset_5.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --fast --hand --symfrac 0.5 --wpb --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmphb1nFG/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmphb1nFG/files/000/dataset_2.dat \n-# Current dir:     /tmp/tmphb1nFG/job_working_directory/000/3\n-# Date:            Sat Jun 25 19:33:04 2016\n+# Query file:      /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_1.dat\n+# Target file:     /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_2.dat\n+# Option settings: jackhmmer -N 5 --tblout /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_5.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --wpb --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_2.dat \n+# Current dir:     /tmp/tmpw5_nj0/job_working_directory/000/3/working\n+# Date:            Mon Jun 11 17:59:06 2018\n # [ok]\n'
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/jackhmmer.out
--- a/test-data/jackhmmer.out Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/jackhmmer.out Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
b'@@ -1,18 +1,17 @@\n # jackhmmer :: iteratively search a protein sequence against a protein database\n-# HMMER 3.1b1 (May 2013); http://hmmer.org/\n-# Copyright (C) 2013 Howard Hughes Medical Institute.\n-# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3).\n+# HMMER 3.2 (June 2018); http://hmmer.org/\n+# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.\n+# Freely distributed under the BSD open source license.\n # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -\n-# query sequence file:             /tmp/tmpwsYozTfiles/000/dataset_31.dat\n-# target sequence database:        /tmp/tmpwsYozTfiles/000/dataset_32.dat\n-# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpwsYozTfiles/000/dataset_34.dat\n-# per-dom hits tabular output:     /tmp/tmpwsYozTfiles/000/dataset_35.dat\n+# query sequence file:             /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_1.dat\n+# target sequence database:        /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_2.dat\n+# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_4.dat\n+# per-dom hits tabular output:     /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_5.dat\n # max ASCII text line length:      unlimited\n # Vit filter P threshold:       <= 0.001\n # Fwd filter P threshold:       <= 1e-05\n-# model architecture construction: fast/heuristic\n # random number seed set to:       4\n-# number of worker threads:        2\n+# number of worker threads:        1\n # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -\n \n Query:       sp|P02185|MYG_PHYCD  [L=154]\n@@ -601,16 +600,16 @@\n \n Internal pipeline statistics summary:\n -------------------------------------\n-Query model(s):                              1  (154 nodes)\n-Target sequences:                           45  (6519 residues searched)\n+Query model(s):                            1  (154 nodes)\n+Target sequences:                         45  (6519 residues searched)\n Passed MSV filter:                        45  (1); expected 0.9 (0.02)\n Passed bias filter:                       45  (1); expected 0.9 (0.02)\n Passed Vit filter:                        45  (1); expected 0.0 (0.001)\n Passed Fwd filter:                        44  (0.977778); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                 45  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):              44  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.05u 0.00s 00:00:00.05 Elapsed: 00:00:00.13\n-# Mc/sec: 7.72\n+# CPU time: 0.03u 0.00s 00:00:00.03 Elapsed: 00:00:00.03\n+# Mc/sec: 31.40\n \n @@ New targets included:   44\n @@ New alignment includes: 45 subseqs (was 1), including original query\n@@ -619,660 +618,660 @@\n @@\n @@ Round:                  2\n @@ Included in MSA:        45 subsequences (query + 44 subseqs from 44 targets)\n-@@ Model size:             142 positions\n+@@ Model size:             154 positions\n @@\n \n Scores for complete sequences (score includes all domains):\n    --- full sequence ---   --- best 1 domain ---    -#dom-\n     E-value  score  bias    E-value  score  bias    exp  N  Sequence   Description\n     ------- ------ -----    ------- ------ -----   ---- --  --------   -----------\n-    6.1e-66  212.1   0.1    6.8e-66  211.9   0.1    1.0  1  HBB_MANSP   \n-    2.2e-65  210.2   0.1    2.5e-65  210.1   0.1    1.0  1  HBB_URSMA   \n-    1.2e-64  207.8   0.0    1.4e-64  207.7   0.0    1.0  1  HBB_COLLI   \n-    1.3e-64  207.7   0.3    1.5e-64  207.6   0.3    1.0  1  HBB_RABIT   \n-    2.5e-64  206.8   0.0    2.8e-64  206.7   0.0    1.0  1  HBB_SUNMU   \n-    3.6e-64  206.3   0.1    4.1e-64  206.1   0.1    1.0  1  HBB_EQUHE   \n-    5.1e-64  205.8   0.4    5.7e-64  205.7   0.4    1.0  1  HBB_SPECI   \n-    6.3e-64  205.5   0.2    7.1e-64  205.4   0.2    1.0  1  HBB_TACAC   \n-      7e-64  205.4   0.1    7.9e-64  205.2   0.1    1.0  1  HBE_PONPY   \n-    9.7e-64  204.9   0.2    1.1e-63  204.8   0.2    1.0  1  HBB_SPETO   \n-    1.6e-63  204.2   0.1    1.8e-63  204.1   0.1    1.0  1  HBB_CALAR   \n-    4.9e-63  202.7   0.0    5.4e-63  202.5   0.0    1.0  1  HBB_ORNA'..b'                  79*******************************************************************************************************************************************99 PP\n+  == domain 1  score: 177.5 bits;  conditional E-value: 3e-55\n+                             xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n+  sp|P02024|HBB_GORGO-i1   2 vhlsaeekalvkavwgkveadevGaeaLerllvvyPetkryFdkFkdlssedavkgsakvkahGkkvltalgeavkklddlkgalakLselHatklkvdpenfkllsevlvvvLaakfpkeftpevqaaldkllaavanalaakY 146\n+                             vhl+ae++++++a++gkv++d++G+++L+rl+vv P+++ryF++F+dlss+da+++++kv ahG+kv++++ ea k+ld+l++ +a+Ls +H+ k+ vdpenfkl+s +++v+La +++++f+++ q a++kl+++v++al++ Y\n+              HBB2_TRICR   1 VHLTAEDRKEIAAILGKVNVDSLGGQCLARLIVVNPWSRRYFHDFGDLSSCDAICRNPKVLAHGAKVMRSIVEATKHLDNLREYYADLSVTHSLKFYVDPENFKLFSGIVIVCLALTLQTDFSCHKQLAFEKLMKGVSHALGHGY 145\n+                             8**********************************************************************************************************************************************99 PP\n \n >> MYG_MUSAN  \n    #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc\n  ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----\n-   1 !  143.2   0.3   1.1e-44   1.1e-44       5     143 .]       2     141 ..       1     141 [. 0.96\n+   1 !  144.3   0.3   5.1e-45   5.1e-45       8     146 ..       2     141 ..       1     142 [. 0.96\n \n   Alignments for each domain:\n-  == domain 1  score: 143.2 bits;  conditional E-value: 1.1e-44\n+  == domain 1  score: 144.3 bits;  conditional E-value: 5.1e-45\n                              xxxxxxxxxxxxxxx..xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n-  sp|P02024|HBB_GORGO-i1   5 ekalvkavwgkvead..evGaeaLerllvvyPetkryFdkFkdlssedavkgsakvkahgkkvltalgeavkklddlkgalakLselHatklkvdpenfkllsevlvvvLaakfpkeftpevqaaldkllaavanalaakY 143\n+  sp|P02024|HBB_GORGO-i1   8 ekalvkavwgkvead..evGaeaLerllvvyPetkryFdkFkdlssedavkgsakvkahGkkvltalgeavkklddlkgalakLselHatklkvdpenfkllsevlvvvLaakfpkeftpevqaaldkllaavanalaakY 146\n                              ++++v++vw+ ve+d  ++G+++L rl+++yPe++++F+kFk++s   ++k++a++ka++++vl+alg++vkk++++++ +++L+++H+t++k++p++f+ ++++ v vL++++p+e++++vqaa++ +++ + +++ ++Y\n                MYG_MUSAN   2 DWEKVNSVWSAVESDltAIGQNILLRLFEQYPESQNHFPKFKNKS-LGELKDTADIKAQADTVLSALGNIVKKKGSHSQPVKALAATHITTHKIPPHYFTKITTIAVDVLSEMYPSEMNAQVQAAFSGAFKIICSDIEKEY 141\n-                             7899********9886689**********************9998.667*************************************************************************************9999888 PP\n+                             7899********9886689**********************9998.667****************************************************************************************9999 PP\n \n \n \n Internal pipeline statistics summary:\n -------------------------------------\n-Query model(s):                              1  (143 nodes)\n-Target sequences:                           45  (6519 residues searched)\n+Query model(s):                            1  (147 nodes)\n+Target sequences:                         45  (6519 residues searched)\n Passed MSV filter:                        45  (1); expected 0.9 (0.02)\n Passed bias filter:                       45  (1); expected 0.9 (0.02)\n Passed Vit filter:                        45  (1); expected 0.0 (0.001)\n Passed Fwd filter:                        45  (1); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                 45  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):              45  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.34u 0.01s 00:00:00.35 Elapsed: 00:00:01.00\n-# Mc/sec: 0.93\n+# CPU time: 0.17u 0.00s 00:00:00.17 Elapsed: 00:00:00.17\n+# Mc/sec: 5.33\n \n @@ New targets included:   0\n @@ New alignment includes: 46 subseqs (was 46), including original query\n'
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/jackhmmer.tblout
--- a/test-data/jackhmmer.tblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/jackhmmer.tblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
b'@@ -1,103 +1,103 @@\n #                                                               --- full sequence ---- --- best 1 domain ---- --- domain number estimation ----\n # target name        accession  query name           accession    E-value  score  bias   E-value  score  bias   exp reg clu  ov env dom rep inc description of target\n #------------------- ---------- -------------------- ---------- --------- ------ ----- --------- ------ -----   --- --- --- --- --- --- --- --- ---------------------\n-HBB_MANSP            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            7.7e-69  221.6   0.1   8.6e-69  221.5   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_URSMA            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            4.1e-68  219.3   0.2   4.5e-68  219.1   0.2   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_RABIT            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            5.6e-67  215.6   0.5   6.3e-67  215.4   0.5   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_CALAR            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            1.5e-66  214.2   0.1   1.7e-66  214.0   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_TACAC            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -              5e-66  212.5   0.3   5.6e-66  212.4   0.3   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_COLLI            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            5.2e-66  212.5   0.0   5.7e-66  212.3   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBE_PONPY            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            6.6e-66  212.1   0.2   7.4e-66  212.0   0.2   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_SUNMU            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            7.2e-66  212.0   0.1     8e-66  211.9   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_ORNAN            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -              1e-65  211.5   0.0   1.2e-65  211.3   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_SPETO            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            1.5e-65  211.0   0.4   1.7e-65  210.8   0.4   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_EQUHE            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            1.6e-65  210.9   0.2   1.8e-65  210.7   0.2   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_SPECI            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            2.3e-65  210.4   0.9   2.5e-65  210.2   0.9   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_LARRI            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -              3e-65  210.0   0.0   3.4e-65  209.8   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_TRIIN            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -              8e-65  208.6   0.1   8.9e-65  208.5   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_TUPGL            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            1.2e-62  201.6   0.0   1.3e-62  201.5   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA_MESAU            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            1.5e-61  198.0   0.6   1.7e-61  197.8   0.6   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB1_VAREX           -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -              3e-61  197.0   0.1   3.4e-61  196.9   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA_MACFA            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -              6e-61  196.1   1.1   6.6e-61  195.9   1.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA_MACSI            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            9.7e-61  195.4   1.0   1.1e-60  195.2   1.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA2_BOSMU           -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            3.2e-60  193.7   0.9   3.6e-60  193.6   0.9   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA_PONPY            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            3.2e-60  193.7   2.0   3.6e-60  193.5   2.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA2_GALCR           -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            4.2e-60  193.3   1.5   4.7e-60  193.2   1.5   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA_AILME            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            5.7e-60  192.9   0.5   6.3e-60  192.7   0.5   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA_FRAPO            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            9.6e-60  192.2   0.6   1.1e-59  192.0   0.6   1.0   '..b'   -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            2.4e-60  194.0   0.1   2.7e-60  193.9   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBA_PROLO            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            3.3e-60  193.6   0.0   3.6e-60  193.5   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBA_ANSSE            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            3.9e-60  193.4   0.4   4.3e-60  193.2   0.4   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBA_PAGLA            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            4.1e-60  193.3   0.5   4.5e-60  193.2   0.5   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBA_TRIOC            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            2.7e-59  190.7   0.5   2.9e-59  190.5   0.5   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBAD_CHLME           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            6.3e-59  189.4   0.5     7e-59  189.3   0.5   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBAZ_HORSE           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            7.5e-59  189.2   0.1   8.2e-59  189.1   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBA_COLLI            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            1.6e-58  188.1   0.2   1.8e-58  188.0   0.2   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBAD_PASMO           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -              2e-58  187.8   0.1   2.2e-58  187.7   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_SAISC            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            2.9e-57  184.1   1.0   3.2e-57  183.9   1.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_LYCPI            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -              3e-57  184.0   1.9   3.3e-57  183.9   1.9   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_PROGU            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            8.3e-57  182.6   0.2   9.2e-57  182.4   0.2   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_ESCGI            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            8.8e-57  182.5   2.3   9.7e-57  182.4   2.3   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_HORSE            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            2.5e-56  181.0   1.0   2.7e-56  180.9   1.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_MOUSE            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            4.7e-56  180.1   0.3   5.2e-56  180.0   0.3   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBA4_SALIR           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            7.5e-56  179.5   0.1   8.3e-56  179.3   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBB2_TRICR           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            2.7e-55  177.7   0.0     3e-55  177.5   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_MUSAN            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            4.6e-45  144.5   0.3   5.1e-45  144.3   0.3   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n #\n # Program:         jackhmmer\n-# Version:         3.1b2 (February 2015)\n+# Version:         3.2 (June 2018)\n # Pipeline mode:   SEARCH\n-# Query file:      /tmp/tmphb1nFG/files/000/dataset_1.dat\n-# Target file:     /tmp/tmphb1nFG/files/000/dataset_2.dat\n-# Option settings: jackhmmer -N 5 --tblout /tmp/tmphb1nFG/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmphb1nFG/files/000/dataset_5.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --fast --hand --symfrac 0.5 --wpb --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmphb1nFG/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmphb1nFG/files/000/dataset_2.dat \n-# Current dir:     /tmp/tmphb1nFG/job_working_directory/000/3\n-# Date:            Sat Jun 25 19:33:04 2016\n+# Query file:      /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_1.dat\n+# Target file:     /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_2.dat\n+# Option settings: jackhmmer -N 5 --tblout /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_5.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --wpb --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_2.dat \n+# Current dir:     /tmp/tmpw5_nj0/job_working_directory/000/3/working\n+# Date:            Mon Jun 11 17:59:06 2018\n # [ok]\n'
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/nhmmer.out
--- a/test-data/nhmmer.out Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/nhmmer.out Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
b'@@ -1,11 +1,11 @@\n-# nhmmer :: search a DNA model or alignment against a DNA database\n-# HMMER 3.1b2 (February 2015); http://hmmer.org/\n-# Copyright (C) 2015 Howard Hughes Medical Institute.\n-# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3).\n+# nhmmer :: search a DNA model, alignment, or sequence against a DNA database\n+# HMMER 3.2 (June 2018); http://hmmer.org/\n+# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.\n+# Freely distributed under the BSD open source license.\n # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -\n-# query file:                      /tmp/tmpprnvgs/files/000/dataset_1.dat\n-# target sequence database:        /tmp/tmpprnvgs/files/000/dataset_2.dat\n-# hits tabular output:             /tmp/tmpprnvgs/files/000/dataset_4.dat\n+# query file:                      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_36.dat\n+# target sequence database:        /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_37.dat\n+# hits tabular output:             /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_39.dat\n # hits output in Dfam format:      None\n # max ASCII text line length:      unlimited\n # SSV filter P threshold:       <= 0.02\n@@ -22,35 +22,35 @@\n Scores for complete hits:\n     E-value  score  bias  Sequence                       start    end  Description\n     ------- ------ -----  --------                       -----  -----  -----------\n-    1.2e-10   38.6   7.4  humanchr1/239220001-239550000 302390 302466  \n-    7.8e-08   29.6   8.3  humanchr1/239220001-239550000 174456 174498  \n-    1.2e-07   28.9   6.0  humanchr1/239220001-239550000 302466 302390  \n-    7.2e-06   23.3   7.0  humanchr1/239220001-239550000 174493 174456  \n+    8.7e-11   39.2   7.4  humanchr1/239220001-239550000 302390 302466 \n+    6.4e-08   30.0   8.3  humanchr1/239220001-239550000 174456 174498 \n+    9.3e-08   29.5   6.1  humanchr1/239220001-239550000 302466 302390 \n+    6.3e-06   23.7   7.0  humanchr1/239220001-239550000 174493 174456 \n   ------ inclusion threshold ------\n-        1.4    6.3   7.0  humanchr1/239220001-239550000 304073 304104  \n+        1.4    6.5   7.0  humanchr1/239220001-239550000 304073 304104 \n \n \n Annotation for each hit  (and alignments):\n >> humanchr1/239220001-239550000  \n     score  bias    Evalue   hmmfrom    hmm to     alifrom    ali to      envfrom    env to       sq len      acc\n    ------ ----- ---------   -------   -------    --------- ---------    --------- ---------    ---------    ----\n- !   38.6   7.4   1.2e-10         4        80 .]    302390    302466 ..    302387    302466 ..    330000    0.87\n+ !   39.2   7.4   8.7e-11         4        80 .]    302390    302466 ..    302387    302466 ..    330000    0.87\n \n   Alignment:\n-  score: 38.6 bits\n+  score: 39.2 bits\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx....xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n                           MADE1      4 ggttggtgcaaaagtaattgcggtttttgccattacttttaatggc....aaaaaccgcaattacttttgcaccaacctaa 80    \n-                                       ggt ggtgcaaaa  aattg ggtttttgccatt cttttaat gc    a aaa  g a  t ctttt caccaa ctaa\n-  humanchr1/239220001-239550000 302390 GGTCGGTGCAAAATCAATTGTGGTTTTTGCCATTGCTTTTAATTGCttttA-AAA--GTA-ATGCTTTTACACCAATCTAA 302466\n-                                       899******************************************955533.443..334.4689***********99986 PP\n+                                       ggt ggtgcaaaa  aattg ggtttttgccatt cttttaat gc    a aaa  g  a t ctttt caccaa ctaa\n+  humanchr1/239220001-239550000 302390 GGTCGGTGCAAAATCAATTGTGGTTTTTGCCATTGCTTTTAATTGCttttA-AAA--GT-AATGCTTTTACACCAATCTAA 302466\n+                                       899******************************************955533.443..33.44689************9986 PP\n \n >> humanchr1/239220001-239550000  \n     score  bias    Evalue   hmmfrom    hmm to     alifrom    ali to      envfrom    env to       sq len      acc\n    ------ ----- ---------   -------   -------    --------- ---------    --------- ---------    ---------    ----\n- ! '..b'.    302466    302387 ..    330000    0.74\n \n   Alignment:\n-  score: 28.9 bits\n+  score: 29.5 bits\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx................xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n                           MADE1      1 ttaggttggtgcaaaagtaattgcggtttttgccattactttt................aatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaacc 77    \n                                        ttag ttggtg aaaag                cattactttt                aatggcaaaaacc caatt  ttttgcacc acc\n   humanchr1/239220001-239550000 302466 TTAGATTGGTGTAAAAG----------------CATTACTTTTaaaagcaattaaaagcAATGGCAAAAACCACAATTGATTTTGCACCGACC 302390\n-                                       68999999999999998................5666777776222222222222222268****************************9998 PP\n+                                       68999999999999998................4666777765222222222222222268****************************9998 PP\n \n >> humanchr1/239220001-239550000  \n     score  bias    Evalue   hmmfrom    hmm to     alifrom    ali to      envfrom    env to       sq len      acc\n    ------ ----- ---------   -------   -------    --------- ---------    --------- ---------    ---------    ----\n- !   23.3   7.0   7.2e-06        43        80 .]    174493    174456 ..    174513    174456 ..    330000    0.91\n+ !   23.7   7.0   6.3e-06        43        80 .]    174493    174456 ..    174513    174456 ..    330000    0.91\n \n   Alignment:\n-  score: 23.3 bits\n+  score: 23.7 bits\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n                           MADE1     43 taatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaacctaa 80    \n                                        taatg caaaaacc caattacttttgcac aacctaa\n   humanchr1/239220001-239550000 174493 TAATGACAAAAACCACAATTACTTTTGCACTAACCTAA 174456\n-                                       689********************************985 PP\n+                                       689********************************986 PP\n \n >> humanchr1/239220001-239550000  \n     score  bias    Evalue   hmmfrom    hmm to     alifrom    ali to      envfrom    env to       sq len      acc\n    ------ ----- ---------   -------   -------    --------- ---------    --------- ---------    ---------    ----\n- ?    6.3   7.0       1.4        41        72 ..    304073    304104 ..    304053    304109 ..    330000    0.85\n+ ?    6.5   7.0       1.4        41        72 ..    304073    304104 ..    304053    304109 ..    330000    0.85\n \n   Alignment:\n-  score: 6.3 bits\n+  score: 6.5 bits\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n                           MADE1     41 tttaatggcaaaaaccgcaattacttttgcac 72    \n                                        tt a tgg aaaaa   ca tta ttttgca \n@@ -100,14 +100,14 @@\n \n Internal pipeline statistics summary:\n -------------------------------------\n-Query model(s):                              1  (80 nodes)\n-Target sequences:                            1  (660000 residues searched)\n-Residues passing SSV filter:             61794  (0.0936); expected (0.02)\n-Residues passing bias filter:            46199  (0.07); expected (0.02)\n-Residues passing Vit filter:              2752  (0.00417); expected (0.001)\n-Residues passing Fwd filter:              2526  (0.00383); expected (1e-05)\n-Total number of hits:                        5  (0.000405)\n-# CPU time: 0.03u 0.00s 00:00:00.03 Elapsed: 00:00:00.03\n-# Mc/sec: 1760.00\n+Query model(s):                            1  (80 nodes)\n+Target sequences:                          1  (660000 residues searched)\n+Residues passing SSV filter:           63737  (0.0966); expected (0.02)\n+Residues passing bias filter:          44695  (0.0677); expected (0.02)\n+Residues passing Vit filter:            2309  (0.0035); expected (0.001)\n+Residues passing Fwd filter:            2041  (0.00309); expected (1e-05)\n+Total number of hits:                      5  (0.000405)\n+# CPU time: 0.02u 0.00s 00:00:00.02 Elapsed: 00:00:00.02\n+# Mc/sec: 1854.66\n //\n [ok]\n'
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/nhmmer.out.dfamtblout
--- a/test-data/nhmmer.out.dfamtblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/nhmmer.out.dfamtblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -1,17 +1,17 @@
 # target name                 accession  query name           accession   hmmfrom hmm to alifrom  ali to envfrom  env to  sq len strand   E-value  score  bias  description of target
 #         ------------------- ---------- --------------------  ---------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------ --------- ------ ----- ---------------------
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       4      80  302390  302466  302387  302466  330000    +     1.2e-10   38.6   7.4  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      43  174456  174498  174456  174518  330000    +     7.8e-08   29.6   8.3  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      77  302466  302390  302466  302387  330000    -     1.2e-07   28.9   6.0  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      43      80  174493  174456  174513  174456  330000    -     7.2e-06   23.3   7.0  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      41      72  304073  304104  304053  304109  330000    +         1.4    6.3   7.0  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       4      80  302390  302466  302387  302466  330000    +     8.7e-11   39.2   7.4  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      43  174456  174498  174456  174518  330000    +     6.4e-08   30.0   8.3  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      77  302466  302390  302466  302387  330000    -     9.3e-08   29.5   6.1  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      43      80  174493  174456  174513  174456  330000    -     6.3e-06   23.7   7.0  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      41      72  304073  304104  304053  304109  330000    +         1.4    6.5   7.0  -
 #
 # Program:         nhmmer
-# Version:         3.1b2 (February 2015)
+# Version:         3.2 (June 2018)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpnpsbd_6p/files/000/dataset_1.dat
-# Target file:     /tmp/tmpnpsbd_6p/files/000/dataset_2.dat
-# Option settings: nhmmer --tblout /tmp/tmpnpsbd_6p/files/000/dataset_4.dat --dfamtblout None --notextw -E 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --dna --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpnpsbd_6p/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpnpsbd_6p/files/000/dataset_2.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpnpsbd_6p/job_working_directory/000/3/working
-# Date:            Fri Apr  6 16:39:46 2018
+# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_36.dat
+# Target file:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_37.dat
+# Option settings: nhmmer --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_39.dat --dfamtblout None --notextw -E 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --dna --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_36.dat /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_37.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/30/working
+# Date:            Fri Jun  8 12:18:56 2018
 # [ok]
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/nhmmer.out.tblout
--- a/test-data/nhmmer.out.tblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/nhmmer.out.tblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -1,17 +1,17 @@
 # target name                 accession  query name           accession   hmmfrom hmm to alifrom  ali to envfrom  env to  sq len strand   E-value  score  bias  description of target
 #         ------------------- ---------- --------------------  ---------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------ --------- ------ ----- ---------------------
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       4      80  302390  302466  302387  302466  330000    +     1.2e-10   38.6   7.4  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      43  174456  174498  174456  174518  330000    +     7.8e-08   29.6   8.3  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      77  302466  302390  302466  302387  330000    -     1.2e-07   28.9   6.0  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      43      80  174493  174456  174513  174456  330000    -     7.2e-06   23.3   7.0  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      41      72  304073  304104  304053  304109  330000    +         1.4    6.3   7.0  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       4      80  302390  302466  302387  302466  330000    +     8.7e-11   39.2   7.4  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      43  174456  174498  174456  174518  330000    +     6.4e-08   30.0   8.3  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      77  302466  302390  302466  302387  330000    -     9.3e-08   29.5   6.1  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      43      80  174493  174456  174513  174456  330000    -     6.3e-06   23.7   7.0  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      41      72  304073  304104  304053  304109  330000    +         1.4    6.5   7.0  -
 #
 # Program:         nhmmer
-# Version:         3.1b2 (February 2015)
+# Version:         3.2 (June 2018)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpnpsbd_6p/files/000/dataset_1.dat
-# Target file:     /tmp/tmpnpsbd_6p/files/000/dataset_2.dat
-# Option settings: nhmmer --tblout /tmp/tmpnpsbd_6p/files/000/dataset_4.dat --dfamtblout None --notextw -E 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --dna --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpnpsbd_6p/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpnpsbd_6p/files/000/dataset_2.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpnpsbd_6p/job_working_directory/000/3/working
-# Date:            Fri Apr  6 16:39:46 2018
+# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_36.dat
+# Target file:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_37.dat
+# Option settings: nhmmer --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_39.dat --dfamtblout None --notextw -E 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --dna --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_36.dat /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_37.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/30/working
+# Date:            Fri Jun  8 12:18:56 2018
 # [ok]
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/phmmer.domtblout
--- a/test-data/phmmer.domtblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/phmmer.domtblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -92,11 +92,11 @@
 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147 HBB2_TRICR           -            145   2.7e-46  144.3   0.0   1   1   1.5e-46     3e-46  144.1   0.0     1   145     2   146     2   146 0.98 Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
 #
 # Program:         phmmer
-# Version:         3.1b2 (February 2015)
+# Version:         3.2 (June 2018)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_1.dat
-# Target file:     /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_2.dat
-# Option settings: phmmer --tblout /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_5.dat --pfamtblout /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_6.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_2.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpqKBUss/job_working_directory/000/3
-# Date:            Sat Jun 25 19:48:26 2016
+# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_45.dat
+# Target file:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_46.dat
+# Option settings: phmmer --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_48.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_49.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_50.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_45.dat /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_46.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/36/working
+# Date:            Fri Jun  8 12:19:38 2018
 # [ok]
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/phmmer.out
--- a/test-data/phmmer.out Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/phmmer.out Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
b'@@ -1,18 +1,18 @@\n # phmmer :: search a protein sequence against a protein database\n-# HMMER 3.1b1 (May 2013); http://hmmer.org/\n-# Copyright (C) 2013 Howard Hughes Medical Institute.\n-# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3).\n+# HMMER 3.2 (June 2018); http://hmmer.org/\n+# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.\n+# Freely distributed under the BSD open source license.\n # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -\n-# query sequence file:             test-data/globins45.fa\n-# target sequence database:        test-data/uniprot_matches.fasta\n-# per-seq hits tabular output:     test-data/phmmer.tblout\n-# per-dom hits tabular output:     test-data/phmmer.domtblout\n-# pfam-style tabular hit output:   test-data/phmmer.pfamtblout\n+# query sequence file:             /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_45.dat\n+# target sequence database:        /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_46.dat\n+# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_48.dat\n+# per-dom hits tabular output:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_49.dat\n+# pfam-style tabular hit output:   /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_50.dat\n # max ASCII text line length:      unlimited\n # Vit filter P threshold:       <= 0.001\n # Fwd filter P threshold:       <= 1e-05\n # random number seed set to:       4\n-# number of worker threads:        2\n+# number of worker threads:        1\n # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -\n \n Query:       MYG_ESCGI  [L=153]\n@@ -53,16 +53,16 @@\n \n Internal pipeline statistics summary:\n -------------------------------------\n-Query model(s):                              1  (153 nodes)\n-Target sequences:                            2  (301 residues searched)\n+Query model(s):                            1  (153 nodes)\n+Target sequences:                          2  (301 residues searched)\n Passed MSV filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.02)\n Passed bias filter:                        2  (1); expected 0.0 (0.02)\n Passed Vit filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.001)\n Passed Fwd filter:                         2  (1); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                  2  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):               2  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.03u 0.00s 00:00:00.03 Elapsed: 00:00:00.03\n-# Mc/sec: 1.54\n+# CPU time: 0.01u 0.00s 00:00:00.01 Elapsed: 00:00:00.01\n+# Mc/sec: 2.67\n //\n Query:       MYG_HORSE  [L=153]\n Scores for complete sequences (score includes all domains):\n@@ -102,16 +102,16 @@\n \n Internal pipeline statistics summary:\n -------------------------------------\n-Query model(s):                              1  (153 nodes)\n-Target sequences:                            2  (301 residues searched)\n+Query model(s):                            1  (153 nodes)\n+Target sequences:                          2  (301 residues searched)\n Passed MSV filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.02)\n Passed bias filter:                        2  (1); expected 0.0 (0.02)\n Passed Vit filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.001)\n Passed Fwd filter:                         2  (1); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                  2  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):               2  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.03u 0.00s 00:00:00.03 Elapsed: 00:00:00.04\n-# Mc/sec: 1.15\n+# CPU time: 0.02u 0.00s 00:00:00.02 Elapsed: 00:00:00.01\n+# Mc/sec: 2.81\n //\n Query:       MYG_PROGU  [L=153]\n Scores for complete sequences (score includes all domains):\n@@ -151,16 +151,16 @@\n \n Internal pipeline statistics summary:\n -------------------------------------\n-Query model(s):                              1  (153 nodes)\n-Target sequences:                            2  (301 residues searched)\n+Query model(s):                            1  (153 nodes)\n+Target sequences:                       '..b'                 2  (301 residues searched)\n+Query model(s):                            1  (146 nodes)\n+Target sequences:                          2  (301 residues searched)\n Passed MSV filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.02)\n Passed bias filter:                        2  (1); expected 0.0 (0.02)\n Passed Vit filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.001)\n Passed Fwd filter:                         2  (1); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                  2  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):               2  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.03u 0.00s 00:00:00.03 Elapsed: 00:00:00.03\n-# Mc/sec: 1.46\n+# CPU time: 0.02u 0.00s 00:00:00.02 Elapsed: 00:00:00.02\n+# Mc/sec: 1.75\n //\n Query:       HBB2_XENTR  [L=146]\n Scores for complete sequences (score includes all domains):\n@@ -2111,16 +2111,16 @@\n \n Internal pipeline statistics summary:\n -------------------------------------\n-Query model(s):                              1  (146 nodes)\n-Target sequences:                            2  (301 residues searched)\n+Query model(s):                            1  (146 nodes)\n+Target sequences:                          2  (301 residues searched)\n Passed MSV filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.02)\n Passed bias filter:                        2  (1); expected 0.0 (0.02)\n Passed Vit filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.001)\n Passed Fwd filter:                         2  (1); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                  2  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):               2  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.03u 0.00s 00:00:00.03 Elapsed: 00:00:00.03\n-# Mc/sec: 1.46\n+# CPU time: 0.03u 0.00s 00:00:00.03 Elapsed: 00:00:00.02\n+# Mc/sec: 1.82\n //\n Query:       HBBL_RANCA  [L=146]\n Scores for complete sequences (score includes all domains):\n@@ -2160,16 +2160,16 @@\n \n Internal pipeline statistics summary:\n -------------------------------------\n-Query model(s):                              1  (146 nodes)\n-Target sequences:                            2  (301 residues searched)\n+Query model(s):                            1  (146 nodes)\n+Target sequences:                          2  (301 residues searched)\n Passed MSV filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.02)\n Passed bias filter:                        2  (1); expected 0.0 (0.02)\n Passed Vit filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.001)\n Passed Fwd filter:                         2  (1); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                  2  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):               2  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.03u 0.00s 00:00:00.03 Elapsed: 00:00:00.03\n-# Mc/sec: 1.46\n+# CPU time: 0.02u 0.00s 00:00:00.02 Elapsed: 00:00:00.02\n+# Mc/sec: 1.80\n //\n Query:       HBB2_TRICR  [L=145]\n Scores for complete sequences (score includes all domains):\n@@ -2196,15 +2196,15 @@\n \n Internal pipeline statistics summary:\n -------------------------------------\n-Query model(s):                              1  (145 nodes)\n-Target sequences:                            2  (301 residues searched)\n+Query model(s):                            1  (145 nodes)\n+Target sequences:                          2  (301 residues searched)\n Passed MSV filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.02)\n Passed bias filter:                        2  (1); expected 0.0 (0.02)\n Passed Vit filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.001)\n Passed Fwd filter:                         1  (0.5); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                  2  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):               1  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.03u 0.00s 00:00:00.03 Elapsed: 00:00:00.04\n-# Mc/sec: 1.09\n+# CPU time: 0.02u 0.00s 00:00:00.02 Elapsed: 00:00:00.02\n+# Mc/sec: 1.87\n //\n [ok]\n'
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/phmmer.pfamtblout
--- a/test-data/phmmer.pfamtblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/phmmer.pfamtblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -673,11 +673,11 @@
 sp|P02024|HBB_GORGO    144.1     3e-46     1   0.0      2    146      2    146      1    145     Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
 #
 # Program:         phmmer
-# Version:         3.1b2 (February 2015)
+# Version:         3.2 (June 2018)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_1.dat
-# Target file:     /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_2.dat
-# Option settings: phmmer --tblout /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_5.dat --pfamtblout /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_6.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_2.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpqKBUss/job_working_directory/000/3
-# Date:            Sat Jun 25 19:48:26 2016
+# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_45.dat
+# Target file:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_46.dat
+# Option settings: phmmer --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_48.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_49.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_50.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_45.dat /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_46.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/36/working
+# Date:            Fri Jun  8 12:19:38 2018
 # [ok]
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/phmmer.tblout
--- a/test-data/phmmer.tblout Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/phmmer.tblout Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -92,11 +92,11 @@
 sp|P02024|HBB_GORGO  -          HBB2_TRICR           -            2.7e-46  144.3   0.0     3e-46  144.1   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
 #
 # Program:         phmmer
-# Version:         3.1b2 (February 2015)
+# Version:         3.2 (June 2018)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_1.dat
-# Target file:     /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_2.dat
-# Option settings: phmmer --tblout /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_5.dat --pfamtblout /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_6.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpqKBUss/files/000/dataset_2.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpqKBUss/job_working_directory/000/3
-# Date:            Sat Jun 25 19:48:26 2016
+# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_45.dat
+# Target file:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_46.dat
+# Option settings: phmmer --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_48.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_49.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_50.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_45.dat /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_46.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/36/working
+# Date:            Fri Jun  8 12:19:38 2018
 # [ok]
b
diff -r a9c62fc8187b -r ca0b674e895b test-data/uniprot_globins_match.out
--- a/test-data/uniprot_globins_match.out Sat Apr 07 03:48:42 2018 -0400
+++ b/test-data/uniprot_globins_match.out Mon Jun 11 15:51:03 2018 -0400
[
@@ -1,13 +1,13 @@
 # hmmsearch :: search profile(s) against a sequence database
-# HMMER 3.1b2 (February 2015); http://hmmer.org/
-# Copyright (C) 2015 Howard Hughes Medical Institute.
-# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3).
+# HMMER 3.2 (June 2018); http://hmmer.org/
+# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.
+# Freely distributed under the BSD open source license.
 # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-# query HMM file:                  /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_1.dat
-# target sequence database:        /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_2.dat
-# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_4.dat
-# per-dom hits tabular output:     /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_5.dat
-# pfam-style tabular hit output:   /tmp/tmpJW6ntL/files/000/dataset_6.dat
+# query HMM file:                  /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat
+# target sequence database:        /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat
+# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_28.dat
+# per-dom hits tabular output:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_29.dat
+# pfam-style tabular hit output:   /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_30.dat
 # max ASCII text line length:      unlimited
 # Vit filter P threshold:       <= 0.001
 # Fwd filter P threshold:       <= 1e-05
@@ -15,7 +15,7 @@
 # number of worker threads:        1
 # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
 
-Query:       globins4  [M=149]
+Query:       dataset_x  [M=149]
 Scores for complete sequences (score includes all domains):
    --- full sequence ---   --- best 1 domain ---    -#dom-
     E-value  score  bias    E-value  score  bias    exp  N  Sequence            Description
@@ -32,7 +32,7 @@
 
   Alignments for each domain:
   == domain 1  score: 222.6 bits;  conditional E-value: 2e-70
-             globins4   2 vLseaektkvkavWakveadveesGadiLvrlfkstPatqefFekFkdLstedelkksadvkkHgkkvldAlsdalakldekleaklkdLselHakklkvdpkyfkllsevlvdvlaarlpkeftadvqaaleKllalvakllaskYk 149
+            dataset_x   2 vLseaektkvkavWakveadveesGadiLvrlfkstPatqefFekFkdLstedelkksadvkkHgkkvldAlsdalakldekleaklkdLselHakklkvdpkyfkllsevlvdvlaarlpkeftadvqaaleKllalvakllaskYk 149
                           vLse+e++ v++vWakveadv+++G+diL+rlfks+P+t+e+F++Fk+L+te+e+k+s+d+kkHg++vl+Al+++l+k ++++ea+lk+L+++Ha+k+k+++ky++++se++++vl++r+p++f+ad+q+a++K+l+l++k++a+kYk
   sp|P02185|MYG_PHYCD   2 VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKK-KGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYK 148
                           8*****************************************************************************.99******************************************************************7 PP
@@ -44,7 +44,7 @@
 
   Alignments for each domain:
   == domain 1  score: 217.0 bits;  conditional E-value: 1e-68
-             globins4   1 vvLseaektkvkavWakveadveesGadiLvrlfkstPatqefFekFkdLstedelkksadvkkHgkkvldAlsdalakldekleaklkdLselHakklkvdpkyfkllsevlvdvlaarlpkeftadvqaaleKllalvakllaskYk 149
+            dataset_x   1 vvLseaektkvkavWakveadveesGadiLvrlfkstPatqefFekFkdLstedelkksadvkkHgkkvldAlsdalakldekleaklkdLselHakklkvdpkyfkllsevlvdvlaarlpkeftadvqaaleKllalvakllaskYk 149
                           v+L+++ek++v+a+W+kv  +v+e+G+++L rl++++P+tq+fFe+F+dLst+d+++++++vk+Hgkkvl+A+sd+la+ld +l++++++LselH++kl+vdp++fkll++vlv+vla++++keft++vqaa++K++a va++la+kY+
   sp|P02024|HBB_GORGO   2 VHLTPEEKSAVTALWGKV--NVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLD-NLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH 147
                           69****************..*************************************************************.******************************************************************7 PP
@@ -53,8 +53,8 @@
 
 Internal pipeline statistics summary:
 -------------------------------------
-Query model(s):                              1  (149 nodes)
-Target sequences:                            2  (301 residues searched)
+Query model(s):                            1  (149 nodes)
+Target sequences:                          2  (301 residues searched)
 Passed MSV filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.02)
 Passed bias filter:                        2  (1); expected 0.0 (0.02)
 Passed Vit filter:                         2  (1); expected 0.0 (0.001)
@@ -62,6 +62,6 @@
 Initial search space (Z):                  2  [actual number of targets]
 Domain search space  (domZ):               2  [number of targets reported over threshold]
 # CPU time: 0.00u 0.00s 00:00:00.00 Elapsed: 00:00:00.00
-# Mc/sec: inf
+# Mc/sec: 20.02
 //
 [ok]