Repository 'bio3d_pca'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/bio3d_pca

Changeset 0:f56fb2762abb (2018-10-08)
Next changeset 1:54dd1596e04e (2019-01-13)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/bio3d commit 580d80c3fd856bb3ae18ef7b5458eb3b5e2c7374
added:
macros.xml
pca.R
pca.xml
rmsd.R
rmsf.R
test-data/PC1_PDB.pdb
test-data/PCA_plot.png
test-data/PCA_raw_data.csv
test-data/RMSD_raw_data.csv
test-data/dccm_plot.png
test-data/dccm_raw_data.csv
test-data/rmsf_plot.png
test-data/rmsf_raw_data.csv
test-data/test.dcd
test-data/test.pdb
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Mon Oct 08 12:49:36 2018 -0400
b
@@ -0,0 +1,26 @@
+<macros>
+    <token name="@VERSION@">2.3</token>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="2.3_3">r-bio3d</requirement>
+            <requirement type="package" version="1.16">r-ncdf4</requirement>
+            <requirement type="package" version="0.20_35">r-lattice</requirement>
+            <yield/>
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="analysis_inputs">
+        <param format="dcd" name="dcdin" type="data" label="dcd trajectory input"/>
+        <param format="pdb" name="pdbin" type="data" label="pdb input"/>
+        <yield/>
+    </xml>
+    <xml name="tests_inputs">
+        <param name="dcdin" value="test.dcd" ftype="dcd"/>
+        <param name="pdbin" value="test.pdb" ftype="pdb"/>
+        <yield/>
+    </xml>
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btl461</citation>
+        </citations>
+    </xml>
+</macros>
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb pca.R
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/pca.R Mon Oct 08 12:49:36 2018 -0400
[
@@ -0,0 +1,61 @@
+#!/usr/bin/env Rscript
+
+options(stringAsfactors = FALSE)
+args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
+
+library(bio3d)
+
+dcdfile <- args[1]
+pdbfile <- args[2]
+
+dcd <- read.dcd(dcdfile)
+pdb <- read.pdb(pdbfile)
+
+method <- args[3]
+selection <- args[4]
+domain <- args[5]
+
+output <- args[6]
+pca_plot <- args[7]
+pca_cluster  <- args[8]
+pc1_rmsf <- args[9]
+
+
+if (selection == "string") {
+    inds <- atom.select(pdb, string = domain)
+} 
+if (selection == "elety") {
+    inds <- atom.select(pdb, elety = domain)
+}
+if (selection == "resid") {
+    inds <- atom.select(pdb, resid = domain)
+}
+if (selection == "segid") {
+    inds <- atom.select(pdb, segid = domain)
+}
+xyz <- fit.xyz(fixed=pdb$xyz, mobile=dcd, fixed.inds=inds$xyz, mobile.inds=inds$xyz)
+
+if (method == "FALSE") {
+    pc <- pca.xyz(xyz[,inds$xyz], use.svd=FALSE)
+}
+if (method == "TRUE") {
+    pc <- pca.xyz(xyz[,inds$xyz], use.svd=TRUE)
+}
+
+write.table(pc$au[,1:2:3], file = output, row.names = TRUE, col.names = FALSE, quote =FALSE, sep="\t")
+
+png(pca_plot)
+plot(pc, col=bwr.colors(nrow(xyz)) )
+dev.off()
+
+png(pca_cluster)
+hc <- hclust(dist(pc$z[,1:2]))
+grps <- cutree(hc, k=2)
+plot(pc, col=grps)
+dev.off()
+
+png(pc1_rmsf)
+plot.bio3d(pc$au[,1], ylab="PC1 (A)", xlab="Residue Position", typ="l")
+points(pc$au[,2], typ="l", col="blue")
+dev.off()
+
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb pca.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/pca.xml Mon Oct 08 12:49:36 2018 -0400
[
@@ -0,0 +1,151 @@
+<tool id="bio3d_pca" name="PCA" version="@VERSION@">
+    <description>Principle component analysis using Bio3D</description>    
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>   
+    <expand macro="requirements" />
+    <command detect_errors="exit_code">
+<![CDATA[ 
+   Rscript '$__tool_directory__/pca.R'
+        '$dcdin' 
+        '$pdbin'
+        '$method'
+        #if $pca.sele == 'calpha':
+          "string"
+           "calpha"
+        #end if
+        #if $pca.sele == 'cbeta':
+          "string"
+          '$pca.cbeta'
+        #end if
+        #if $pca.sele == 'backbone':
+          "string"
+          "backbone"
+        #end if
+        #if $pca.sele == 'sidechain':
+          "string"
+          "sidechain"
+        #end if
+        #if $pca.sele == 'protein':
+          "string"
+          "protein"
+        #end if
+        #if $pca.sele == 'ligand':
+          "string"
+          "ligand"
+        #end if
+        #if $pca.sele == 'nucleic':
+          "string"
+          "nucleic"
+        #end if
+        #if $pca.sele == 'elety':
+          "elety"
+          '$pca.elety'
+        #end if
+        #if $pca.sele == 'resid':
+          "resid"
+          '$pca.resid'
+        #end if
+        #if $pca.sele == 'segid':
+          "segid"
+          '$pca.segid'
+        #end if
+        '$output' 
+        '$pca_plot' 
+        '$pca_cluster' 
+        '$pc1_rmsf'
+    2>&1
+]]></command>
+    <inputs>
+        <expand macro="analysis_inputs"/>
+        <param name="method" type="boolean" truevalue="TRUE" falsevalue="FALSE" checked="false"
+            label="Use singular value decomposition (SVD) instead of default eigenvalue decomposition ?" help="Default: No" />
+        <conditional name="pca">
+           <param name="sele" type="select" label="Select domains">
+             <option value="calpha">Calpha</option>
+             <option value="cbeta">Cbeta</option>
+             <option value="backbone">Backbone</option>
+             <option value="sidechain">Sidechain</option>
+             <option value="protein">Protein</option>
+             <option value="ligand">Ligand</option>
+             <option value="nucleic">Nucleic Acids</option>
+             <option value="elety">Atom Names</option>
+             <option value="resid">Resid</option>
+             <option value="segid">Segid</option>
+           </param>
+           <when value="calpha">
+           </when>
+           <when value="cbeta">
+           </when>
+           <when value="backbone">
+           </when> 
+           <when value="sidechain">
+           </when>
+           <when value="protein">
+           </when>
+           <when value="ligand">
+           </when>
+           <when value="nucleic">
+           </when>
+          <when value="elety">
+            <param name="elety"  type="text" value="CA" label="Atom Name"/>
+          </when>
+          <when value="resid">
+            <param name="resid"  type="text" value="BGLC" label="Resid"/>
+          </when>
+          <when value="segid">
+            <param name="segid"  type="text" value="SUBS" label="Segid"/>
+          </when>
+        </conditional>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data format="tabular" name="output" label="PCA raw data"/>
+        <data format="png" name="pca_plot" label="PCA plot"/>
+        <data format="png" name="pca_cluster" label="PCA Cluster Plot"/>
+        <data format="png" name="pc1_rmsf" label="PC1 on RMSF"/>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <expand macro="tests_inputs"/>
+            <param name="method" value="false"/>
+            <param name="sele" value="calpha"/> 
+            <output name="output">
+              <assert_contents>
+                <has_n_columns n="4" />
+              </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+.. class:: infomark
+
+**What it does**
+
+PCA can be used to determine the relationship between statistically meaningful conformations (major global motions)
+sampled during the trajectory. 
+
+_____
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Input**
+
+       - Input file in PDB format
+       - Input file in dcd format
+
+_____
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Output**
+
+       - Image (as PNG) of the pca plot
+       - Image (as PNG) of the pca clusterd plot
+       - Image (as PNG) of the PC1 plotted on RMSF
+       - Tab-separated file of raw data
+
+    ]]></help>
+    <expand macro="citations" />
+</tool>
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb rmsd.R
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/rmsd.R Mon Oct 08 12:49:36 2018 -0400
[
@@ -0,0 +1,67 @@
+#!/usr/bin/env Rscript
+
+options(stringAsfactors = FALSE)
+args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
+
+library(bio3d)
+
+dcdfile <- args[1]
+pdbfile <- args[2]
+selection <- args[3]
+
+dcd <- read.dcd(dcdfile)
+pdb <- read.pdb(pdbfile)
+
+
+if (selection == "string") {
+    domain <- args[4]
+    output <- args[5]
+    rmsd_plot <- args[6]
+    rmsd_hist <- args[7]
+    inds <- atom.select(pdb, string = domain)
+} 
+if (selection == "resno") {
+    res1 <- args[4]
+    res2 <- args[5]
+    output <- args[6]
+    rmsd_plot <- args[7]
+    rmsd_hist <- args[8]
+    inds <- atom.select(pdb, resno=res1:res2)
+} 
+if (selection == "elety") {
+    domain <- args[4]
+    output <- args[5]
+    rmsd_plot <- args[6]
+    rmsd_hist <- args[7]
+    inds <- atom.select(pdb, elety = domain)
+}
+if (selection == "resid") {
+    domain <- args[4]
+    output <- args[5]
+    rmsd_plot <- args[6]
+    rmsd_hist <- args[7]
+    inds <- atom.select(pdb, resid = domain)
+}
+if (selection == "segid") {
+    domain <- args[4]
+    output <- args[5]
+    rmsd_plot <- args[6]
+    rmsd_hist <- args[7]
+    inds <- atom.select(pdb, segid = domain)
+}
+
+xyz <- fit.xyz(fixed=pdb$xyz, mobile=dcd, fixed.inds=inds$xyz, mobile.inds=inds$xyz)
+
+rd <- rmsd(xyz[1,inds$xyz], xyz[,inds$xyz])
+
+write.table(rd, file = output, row.names = TRUE, col.names = FALSE, quote =FALSE, sep="\t")
+
+png(rmsd_plot)
+plot(rd, typ="l", ylab="RMSD (Å)", xlab="Frame No.")
+points(lowess(rd), typ="l", col="red", lty=2, lwd=2)
+dev.off()
+
+png(rmsd_hist)
+hist(rd, breaks=40, freq=FALSE, main="RMSD Histogram", xlab="RMSD")
+lines(density(rd), typ="l", col="red", lty=2, lwd=2)
+dev.off()
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb rmsf.R
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/rmsf.R Mon Oct 08 12:49:36 2018 -0400
[
@@ -0,0 +1,57 @@
+#!/usr/bin/env Rscript
+
+options(stringAsfactors = FALSE)
+args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
+
+library(bio3d)
+
+dcdfile <- args[1]
+pdbfile <- args[2]
+selection <- args[3]
+
+dcd <- read.dcd(dcdfile)
+pdb <- read.pdb(pdbfile)
+
+
+if (selection == "string") {
+    domain <- args[4]
+    output <- args[5]
+    rmsf_plot <- args[6]
+    inds <- atom.select(pdb, string = domain)
+} 
+if (selection == "resno") {
+    res1 <- args[4]
+    res2 <- args[5]
+    output <- args[6]
+    rmsf_plot <- args[7]
+    inds <- atom.select(pdb, resno=res1:res2)
+} 
+if (selection == "elety") {
+    domain <- args[4]
+    output <- args[5]
+    rmsf_plot <- args[6]
+    inds <- atom.select(pdb, elety = domain)
+}
+if (selection == "resid") {
+    domain <- args[4]
+    output <- args[5]
+    rmsf_plot <- args[6]
+    inds <- atom.select(pdb, resid = domain)
+}
+if (selection == "segid") {
+    domain <- args[4]
+    output <- args[5]
+    rmsf_plot <- args[6]
+    inds <- atom.select(pdb, segid = domain)
+}
+
+xyz <- fit.xyz(fixed=pdb$xyz, mobile=dcd, fixed.inds=inds$xyz, mobile.inds=inds$xyz)
+
+rf <- rmsf(xyz[,inds$xyz])
+
+write.table(rf, file = output, row.names = TRUE, col.names = FALSE, quote =FALSE, sep="\t")
+
+png(rmsf_plot)
+plot(rf, ylab="RMSF", xlab="Residue Position", typ="l")
+dev.off()
+
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb test-data/PC1_PDB.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/PC1_PDB.pdb Mon Oct 08 12:49:36 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,14791 @@\n+MODEL        1\n+ATOM      1  CA  ALA     1      24.197   5.292   5.774  1.00  0.05              \n+ATOM      2  CA  ALA     2      23.445   7.891   3.028  1.00  0.04              \n+ATOM      3  CA  ALA     3      24.995   9.213  -0.229  1.00  0.04              \n+ATOM      4  CA  ALA     4      24.439  12.164  -2.595  1.00  0.05              \n+ATOM      5  CA  ALA     5      25.954  11.194  -5.963  1.00  0.08              \n+ATOM      6  CA  ALA     6      22.514  11.125  -7.630  1.00  0.05              \n+ATOM      7  CA  ALA     7      20.153  14.073  -7.862  1.00  0.08              \n+ATOM      8  CA  ALA     8      17.482  13.463  -5.205  1.00  0.04              \n+ATOM      9  CA  ALA     9      14.490  15.817  -5.576  1.00  0.02              \n+ATOM     10  CA  ALA    10      11.052  14.708  -4.396  1.00  0.07              \n+ATOM     11  CA  ALA    11       8.198  15.513  -6.896  1.00  0.02              \n+ATOM     12  CA  ALA    12       5.822  18.263  -5.514  1.00  0.04              \n+ATOM     13  CA  ALA    13       2.245  17.206  -4.720  1.00  0.05              \n+ATOM     14  CA  ALA    14      -0.383  19.619  -3.321  1.00  0.04              \n+ATOM     15  CA  ALA    15      -3.326  18.616  -1.169  1.00  0.03              \n+ATOM     16  CA  ALA    16      -6.175  20.200   0.820  1.00  0.02              \n+ATOM     17  CA  ALA    17      -6.648  20.354   4.596  1.00  0.01              \n+ATOM     18  CA  ALA    18     -10.198  21.285   5.623  1.00  0.04              \n+ATOM     19  CA  ALA    19     -11.428  22.994   8.812  1.00  0.05              \n+ATOM     20  CA  ALA    20     -14.240  22.210  11.307  1.00  0.04              \n+ATOM     21  CA  ALA    21     -15.968  25.339   9.926  1.00  0.04              \n+ATOM     22  CA  ALA    22     -16.143  23.831   6.418  1.00  0.03              \n+ATOM     23  CA  ALA    23     -13.303  25.671   4.682  1.00  0.02              \n+ATOM     24  CA  ALA    24     -10.421  23.993   2.844  1.00  0.01              \n+ATOM     25  CA  ALA    25      -6.811  25.245   2.494  1.00  0.01              \n+ATOM     26  CA  ALA    26      -4.007  24.119   0.146  1.00  0.03              \n+ATOM     27  CA  ALA    27      -1.040  22.400   1.855  1.00  0.02              \n+ATOM     28  CA  ALA    28       2.156  21.854  -0.155  1.00  0.06              \n+ATOM     29  CA  ALA    29       4.028  18.533   0.065  1.00  0.06              \n+ATOM     30  CA  ALA    30       6.117  16.163  -2.035  1.00  0.04              \n+ATOM     31  CA  ALA    31       6.368  12.391  -2.616  1.00  0.03              \n+ATOM     32  CA  ALA    32       9.409  10.160  -1.944  1.00  0.01              \n+ATOM     33  CA  ALA    33      10.183   6.647  -3.273  1.00  0.01              \n+ATOM     34  CA  ALA    34      10.995   3.651  -1.004  1.00  0.01              \n+ATOM     35  CA  ALA    35      14.535   2.434  -0.203  1.00  0.03              \n+ATOM     36  CA  ALA    36      13.984  -0.881  -2.019  1.00  0.05              \n+ATOM     37  CA  ALA    37      13.549   0.773  -5.456  1.00  0.03              \n+ATOM     38  CA  ALA    38      16.787   2.795  -4.941  1.00  0.04              \n+ATOM     39  CA  ALA    39      20.345   1.757  -5.847  1.00  0.07              \n+ATOM     40  CA  ALA    40      22.321   0.268  -2.894  1.00  0.05              \n+ATOM     41  CA  ALA    41      26.077   0.879  -3.164  1.00  0.03              \n+ATOM     42  CA  ALA    42      29.273   1.550  -1.211  1.00  0.03              \n+ATOM     43  CA  ALA    43      29.818   4.986   0.448  1.00  0.04              \n+ATOM     44  CA  ALA    44      33.171   5.621  -1.259  1.00  0.02              \n+ATOM     45  CA  ALA    45      32.479   4.215  -4.713  1.00  0.06              \n+ATOM     46  CA  ALA    46      29.962   3.090  -7.378  1.00  0.04              \n+ATOM     47  CA  ALA    47      30.361  -0.512  -6.123  1.00  0.03              \n+ATOM     48  CA  ALA    48      27.092  -2.453  -5.754  1.00  0.05              \n+ATOM     49  CA  ALA    49'..b'.271 -23.421  -6.056  1.00  0.05              \n+ATOM    386  CA  ALA   386     -18.831 -20.648  -6.522  1.00  0.07              \n+ATOM    387  CA  ALA   387     -20.917 -22.335  -3.781  1.00  0.07              \n+ATOM    388  CA  ALA   388     -18.422 -21.355  -1.011  1.00  0.09              \n+ATOM    389  CA  ALA   389     -19.049 -17.938   0.678  1.00  0.11              \n+ATOM    390  CA  ALA   390     -16.213 -15.339   0.421  1.00  0.09              \n+ATOM    391  CA  ALA   391     -14.237 -17.392  -2.120  1.00  0.05              \n+ATOM    392  CA  ALA   392     -15.125 -15.344  -5.236  1.00  0.04              \n+ATOM    393  CA  ALA   393     -13.819 -11.735  -5.068  1.00  0.04              \n+ATOM    394  CA  ALA   394     -14.186 -10.779  -8.753  1.00  0.04              \n+ATOM    395  CA  ALA   395     -14.563 -11.904 -12.357  1.00  0.03              \n+ATOM    396  CA  ALA   396     -10.865 -12.326 -13.334  1.00  0.02              \n+ATOM    397  CA  ALA   397      -9.716 -15.776 -14.545  1.00  0.02              \n+ATOM    398  CA  ALA   398      -7.731 -18.105 -12.223  1.00  0.03              \n+ATOM    399  CA  ALA   399      -5.424 -18.609 -15.234  1.00  0.04              \n+ATOM    400  CA  ALA   400      -4.283 -14.973 -14.844  1.00  0.02              \n+ATOM    401  CA  ALA   401      -2.147 -13.312 -12.122  1.00  0.04              \n+ATOM    402  CA  ALA   402       1.155 -13.783 -13.925  1.00  0.02              \n+ATOM    403  CA  ALA   403       3.548 -10.722 -13.835  1.00  0.02              \n+ATOM    404  CA  ALA   404       5.405 -11.613 -17.064  1.00  0.04              \n+ATOM    405  CA  ALA   405       2.104 -11.975 -18.956  1.00  0.04              \n+ATOM    406  CA  ALA   406       0.828  -8.568 -17.766  1.00  0.02              \n+ATOM    407  CA  ALA   407       4.203  -6.980 -18.675  1.00  0.08              \n+ATOM    408  CA  ALA   408       3.835  -8.287 -22.218  1.00  0.11              \n+ATOM    409  CA  ALA   409       0.169  -7.322 -22.591  1.00  0.07              \n+ATOM    410  CA  ALA   410      -0.257  -4.001 -20.729  1.00  0.04              \n+ATOM    411  CA  ALA   411       3.174  -2.365 -19.968  1.00  0.03              \n+ATOM    412  CA  ALA   412       2.097   1.289 -20.212  1.00  0.03              \n+ATOM    413  CA  ALA   413      -0.758   0.762 -17.730  1.00  0.01              \n+ATOM    414  CA  ALA   414      -0.921   3.400 -15.002  1.00  0.02              \n+ATOM    415  CA  ALA   415      -2.788   4.441 -11.864  1.00  0.01              \n+ATOM    416  CA  ALA   416      -3.627   8.153 -11.551  1.00  0.02              \n+ATOM    417  CA  ALA   417      -4.688   9.952  -8.356  1.00  0.04              \n+ATOM    418  CA  ALA   418      -5.878  13.552  -7.876  1.00  0.03              \n+ATOM    419  CA  ALA   419      -7.870  15.831  -5.583  1.00  0.03              \n+ATOM    420  CA  ALA   420      -6.649  14.822  -2.057  1.00  0.02              \n+ATOM    421  CA  ALA   421      -8.791  16.537   0.622  1.00  0.02              \n+ATOM    422  CA  ALA   422      -8.475  15.737   4.352  1.00  0.02              \n+ATOM    423  CA  ALA   423     -10.483  17.155   7.299  1.00  0.03              \n+ATOM    424  CA  ALA   424     -13.106  16.563  10.015  1.00  0.05              \n+ATOM    425  CA  ALA   425     -16.080  14.342   8.995  1.00  0.05              \n+ATOM    426  CA  ALA   426     -18.451  16.404   6.797  1.00  0.03              \n+ATOM    427  CA  ALA   427     -15.858  18.916   5.559  1.00  0.01              \n+ATOM    428  CA  ALA   428     -14.438  17.551   2.262  1.00  0.01              \n+ATOM    429  CA  ALA   429     -17.527  18.224   0.113  1.00  0.03              \n+ATOM    430  CA  ALA   430     -16.755  21.948   0.408  1.00  0.01              \n+ATOM    431  CA  ALA   431     -14.705  23.937  -2.210  1.00  0.07              \n+ATOM    432  CA  ALA   432     -10.871  23.713  -2.349  1.00  0.04              \n+ATOM    433  CA  ALA   433      -8.634  26.639  -1.246  1.00  0.00              \n+ENDMDL\n+END   \n'
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb test-data/PCA_plot.png
b
Binary file test-data/PCA_plot.png has changed
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb test-data/PCA_raw_data.csv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/PCA_raw_data.csv Mon Oct 08 12:49:36 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,433 @@\n+1\t0.047054686094184\t0.037444554009466\t0.0436373752498419\n+2\t0.0374612726835819\t0.0421940084118394\t0.0502594227984125\n+3\t0.0433756675554919\t0.0317325933130716\t0.0403625943915308\n+4\t0.0510257056296009\t0.0259167010959584\t0.0487038482874812\n+5\t0.0821599928173458\t0.0202843453895025\t0.0931097380090753\n+6\t0.0495229453182157\t0.0616870132943792\t0.036931846383537\n+7\t0.0772757510667949\t0.0547389711016673\t0.0480543163817793\n+8\t0.0406747587442514\t0.0302119768147152\t0.0399769016585532\n+9\t0.0244890463095143\t0.0319116007219823\t0.0684655636732839\n+10\t0.0672579099651296\t0.0548076048097413\t0.0256285115378148\n+11\t0.0153664392267895\t0.0310733561698423\t0.0426444512162961\n+12\t0.0394817828863475\t0.0254723443384889\t0.0434776653788169\n+13\t0.0464865338274322\t0.0281998031316707\t0.0465643919700792\n+14\t0.0393419705791136\t0.0141199609384353\t0.0396447853702283\n+15\t0.026577889009673\t0.0135787186184255\t0.0328220260483191\n+16\t0.0219563438480857\t0.0421017494399764\t0.0302159395225704\n+17\t0.010975439689373\t0.0466064360934659\t0.0288272078407575\n+18\t0.0378138617975345\t0.0291106157136003\t0.0370454227703895\n+19\t0.0453853224772918\t0.0618658932548866\t0.0635807430837699\n+20\t0.0447758169855008\t0.0650820018722237\t0.122445871065834\n+21\t0.0388549235037704\t0.049403731732436\t0.0870138170165552\n+22\t0.0336632944632125\t0.15224904615837\t0.0846243821293733\n+23\t0.0234394606993052\t0.0660872099476867\t0.0473701102445529\n+24\t0.0145374953929588\t0.0437544709819327\t0.0372129797260203\n+25\t0.010248927935897\t0.0438068166081511\t0.0509677856490063\n+26\t0.0257643545423895\t0.0250676685037629\t0.0197800056202805\n+27\t0.0207498391119746\t0.0289113732877244\t0.0364473822536388\n+28\t0.0633574041489475\t0.0457624637907477\t0.0529484434030222\n+29\t0.0645264877783871\t0.0477434075674047\t0.0503393907553271\n+30\t0.0410543407824722\t0.0249707111202241\t0.056811946592756\n+31\t0.0329757183257431\t0.030529215455093\t0.0536359083287068\n+32\t0.0144768356314732\t0.0177762751352106\t0.0453713695228114\n+33\t0.00726235095718219\t0.014261882074373\t0.0217449550026648\n+34\t0.0115220248525844\t0.0183520262566761\t0.0173333732448174\n+35\t0.0343241145755693\t0.0174075910107145\t0.0266918760863228\n+36\t0.0460967573167652\t0.0233117921023779\t0.0192836721988975\n+37\t0.0340477144614674\t0.0268811760903813\t0.0353523585857448\n+38\t0.0354838097634601\t0.0212717321724172\t0.0525788512954211\n+39\t0.0690927323596705\t0.024969641785531\t0.0572005729718226\n+40\t0.0463401191673253\t0.0325739188502574\t0.0329354032350865\n+41\t0.033174992285762\t0.0299562299100976\t0.04849667162213\n+42\t0.0264325837736703\t0.0447085213379716\t0.0631332272839774\n+43\t0.0393618181854106\t0.0643630926612786\t0.047804796332516\n+44\t0.0154811052245312\t0.0888687402615369\t0.0355853673063155\n+45\t0.064203471305564\t0.0765191765217101\t0.056198612978836\n+46\t0.0398882307716378\t0.0534938725605389\t0.0523234525710228\n+47\t0.0337023863657773\t0.0125466270484919\t0.0403951002118661\n+48\t0.0512773347051046\t0.040980620761514\t0.0302537197494746\n+49\t0.0228762626643446\t0.0402695948573052\t0.0239460067368674\n+50\t0.0210164143116124\t0.0330384356463391\t0.0377750222564115\n+51\t0.0748447983498102\t0.0261362865381843\t0.0302444007400203\n+52\t0.0765216044363644\t0.0213581472795363\t0.0422974641922236\n+53\t0.038978707133341\t0.0262095613876111\t0.0630473365984147\n+54\t0.030385231909456\t0.0148950386779584\t0.0208081923767633\n+55\t0.0170325089028514\t0.0289904933590215\t0.0385860865803793\n+56\t0.0174383083383827\t0.0327798756568667\t0.0582594808854083\n+57\t0.0729809247575406\t0.0313483736871799\t0.0580061220949384\n+58\t0.0365484250313067\t0.0294509740166702\t0.0650665779931943\n+59\t0.024940913778825\t0.0588711265407226\t0.056242124797916\n+60\t0.0316430002100229\t0.0656525903169871\t0.05484061772312\n+61\t0.0685781041404429\t0.0799180910725266\t0.064081414730569\n+62\t0.0540679155817946\t0.0711834012480137\t0.0387292757722466\n+63\t0.0312844314977701\t0.0718039204477457\t0.0448057288741991\n+64\t0.0375636384696563\t0.102316385127181\t0.0407807427161319\n+65\t0.0487776964513693\t0.0944104026562651\t0.033032449709766\n+66\t0.0276642561352783\t0.0619172488252132\t0.0402257175'..b'6436\n+369\t0.0327067131348003\t0.0328514117412749\t0.0483068384808962\n+370\t0.0816451813634065\t0.0723589840447464\t0.0616419739570862\n+371\t0.0960242593301912\t0.0810213957123859\t0.0808261977757139\n+372\t0.0461077257973784\t0.0738574826706993\t0.095353001882528\n+373\t0.0290577868076998\t0.0396272970077043\t0.0753018355132944\n+374\t0.0451968471555777\t0.0235398962413966\t0.0408964457449849\n+375\t0.0632417117857562\t0.0299977544119108\t0.015922295863419\n+376\t0.0443888944771728\t0.0378394062391532\t0.037717982209393\n+377\t0.0208424921286551\t0.0205999207631271\t0.0352763295099375\n+378\t0.0236608400511204\t0.019675594397584\t0.0231004084789437\n+379\t0.0328782999122257\t0.0191059376075217\t0.0413185391747002\n+380\t0.0711437620367174\t0.0606041809509478\t0.0176377481547067\n+381\t0.104728053682563\t0.0378088892769319\t0.0371901129287555\n+382\t0.1079251849944\t0.044319340008037\t0.0423660430600816\n+383\t0.0791940160605305\t0.0374620044832845\t0.0405331449376568\n+384\t0.0605847854808395\t0.0250279247665912\t0.00685094030254738\n+385\t0.0477040868024281\t0.0332461826945654\t0.0393598149490871\n+386\t0.0737317194472677\t0.0498408318751618\t0.0272081865917124\n+387\t0.0745937771588014\t0.0452948345972303\t0.0474973468036219\n+388\t0.0930549517890915\t0.0598724881718477\t0.0328824779203484\n+389\t0.108886714895057\t0.060602649742014\t0.035469707899227\n+390\t0.0886210296923761\t0.0774452993915426\t0.0299896515399513\n+391\t0.0496932895058497\t0.0505855867362092\t0.0294763715056123\n+392\t0.0394115139853251\t0.0188322834866273\t0.0425536221510137\n+393\t0.0408208611524245\t0.0189470834290675\t0.0247693884875928\n+394\t0.0359347192914615\t0.032344593595802\t0.04932943561198\n+395\t0.033239373437095\t0.0324534714405929\t0.0368709563392347\n+396\t0.0185481331779979\t0.0304281379343391\t0.0510045165968631\n+397\t0.0246244036756985\t0.0582805842428899\t0.0436328911983327\n+398\t0.0283440109211938\t0.0245063233020521\t0.0369206993133835\n+399\t0.0387534015280088\t0.0737543765352868\t0.0767375558799032\n+400\t0.0164052346042237\t0.0399881095383189\t0.0733484738643714\n+401\t0.03608907142737\t0.0981507293542106\t0.150760195706147\n+402\t0.0243457400079534\t0.108107208348457\t0.0461236327183582\n+403\t0.0162969652691559\t0.079585543961126\t0.0578500863219819\n+404\t0.0405858212948549\t0.0941089614876254\t0.0713559549657677\n+405\t0.0433068150674698\t0.113551956264355\t0.0765452682115934\n+406\t0.0203479429422323\t0.0949389517814371\t0.0409312542349892\n+407\t0.0800944593519408\t0.0947042955466688\t0.060320125909439\n+408\t0.112820429608844\t0.0956209512151558\t0.10108774859435\n+409\t0.0722540486276906\t0.0882383084346954\t0.0490804655516016\n+410\t0.038046664574931\t0.062428383748833\t0.0251013672688867\n+411\t0.0284157799548429\t0.0661154626468726\t0.0231932633930966\n+412\t0.0281380487260166\t0.0827417970197115\t0.023788142534469\n+413\t0.0116064831564034\t0.0367444132435296\t0.0224441453772377\n+414\t0.0180616746581932\t0.0575489485636574\t0.0244537928927198\n+415\t0.0089709109877673\t0.0597034920804175\t0.011921828102604\n+416\t0.0163098768970852\t0.0503826188984707\t0.0232502170709251\n+417\t0.043169677266108\t0.126561096573347\t0.0360124102914864\n+418\t0.0259562839115752\t0.12381339192599\t0.0321617881394841\n+419\t0.029333561584791\t0.0404093238303602\t0.0350569045418453\n+420\t0.0238023706224343\t0.0172532357096332\t0.0243415866836097\n+421\t0.0164438338814252\t0.0119691449440208\t0.0272949331623209\n+422\t0.0190336245458057\t0.00902530660663473\t0.0544177863967794\n+423\t0.0311032554955338\t0.0176935885261446\t0.0321799203879992\n+424\t0.045563297295363\t0.0077311559432036\t0.0241315913252779\n+425\t0.0472012002073129\t0.0155440465089401\t0.0293494258944502\n+426\t0.032817520238095\t0.016278927780019\t0.0434651774259206\n+427\t0.0112784656676895\t0.00867506860267379\t0.0352806367969836\n+428\t0.0121221989805735\t0.0360467510884142\t0.0418156392437459\n+429\t0.032992657167336\t0.0692534224643054\t0.0526550268956959\n+430\t0.0135480387672979\t0.0591678975954087\t0.0525335361508873\n+431\t0.0660904820855133\t0.0724506585196891\t0.032569322190446\n+432\t0.0428224468098853\t0.0691213159641431\t0.0513939503573059\n+433\t0.00162790530191714\t0.0713694808434317\t0.0554225883342971\n'
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb test-data/RMSD_raw_data.csv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/RMSD_raw_data.csv Mon Oct 08 12:49:36 2018 -0400
b
@@ -0,0 +1,15 @@
+1 0
+2 0.211
+3 0.292
+4 0.347
+5 0.384
+6 0.405
+7 0.419
+8 0.421
+9 0.424
+10 0.427
+11 0.553
+12 0.589
+13 0.634
+14 0.646
+15 0.658
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb test-data/dccm_plot.png
b
Binary file test-data/dccm_plot.png has changed
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb test-data/dccm_raw_data.csv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/dccm_raw_data.csv Mon Oct 08 12:49:36 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,433 @@\n+1\t1\t0.691065292348727\t0.589348686585723\t0.236045354930272\t0.508465893991714\t0.638148301685826\t-0.118612984239529\t0.074398568020781\t0.31931172855844\t0.362902717327665\t-0.017572563799419\t0.0716229297232688\t0.207027241996555\t0.361347595494602\t0.444456724391505\t0.604147791091175\t0.440858723973506\t0.635717435448328\t0.520437233119161\t0.572698852601766\t0.457434611495687\t0.311683714540474\t0.325953235325702\t-0.0278297773976597\t0.178318301748013\t0.645902445562537\t0.585539281854591\t0.617377828843602\t0.483191062006719\t0.367408322677553\t0.630906964953702\t0.559965299474953\t0.310454319514787\t0.561967921854516\t0.560684792670568\t-0.095605949017911\t-0.315657375845226\t-0.362555771975301\t-0.554789074284164\t-0.368807463171367\t-0.420003869532898\t-0.234088460250867\t-0.273634264056952\t-0.341778492139645\t-0.121722349074338\t0.0352255556010277\t-0.468173152442156\t-0.274333642687358\t-0.298852275707273\t-0.262990657624251\t0.03211537349146\t0.0468561508716262\t-0.129638021283157\t0.00172387958140304\t0.351615170654175\t0.270152671269152\t0.418370735864703\t0.613338092447423\t0.314288674779987\t0.3543749947568\t0.571003695336638\t0.595918265542051\t0.45352500292653\t0.489447108851715\t0.348783695162753\t0.297848820677931\t0.434742117111048\t0.525100338816465\t0.194015211589618\t0.410642290165703\t0.535511296493425\t0.455724112683756\t0.351986582513224\t0.243161775206919\t0.211602167140901\t-0.080110678316493\t-0.295988039247886\t-0.494644339859034\t-0.252580708731552\t-0.116656924675669\t0.0855121384523548\t-0.325138020789515\t0.065082601852383\t-0.374651753933089\t-0.152379195464403\t-0.147212934425003\t0.489485714911069\t0.263573725106821\t0.357921093280349\t-0.00269226407194987\t-0.0613048555803488\t0.0852329020085634\t-0.0682174552469076\t-0.267787961327981\t0.283150668098537\t0.122415926985598\t0.363291442626958\t0.233705978336838\t0.28402182918335\t0.373786356066342\t0.454757678538932\t0.184486132542856\t-0.163144696978156\t-0.511567115094748\t-0.451470377721948\t-0.13839062891204\t0.306306705587112\t0.283531524464186\t0.222642002144808\t0.167534826605739\t0.21647851861147\t0.109791631067282\t-0.0829226559513794\t-0.0188140900739192\t0.0399766180375684\t0.0856721382160605\t0.18157885348754\t0.369341179262226\t-0.0880270301876759\t0.0267895289264952\t-0.0325532125601124\t0.424653174464704\t0.747470679190233\t0.723184339916161\t0.683342577899798\t0.499263889133231\t0.33941798050333\t0.214838694014554\t0.48094717153034\t0.147821159178738\t-0.216732984042635\t-0.0740188532640231\t0.0194997613320575\t0.195411499041323\t0.00808410251569634\t-0.230475682099327\t-0.0486184636650733\t-0.00635792527301932\t0.109990807591705\t0.19004028339286\t0.55920830114929\t-0.0857251616516385\t0.0150413525230384\t-0.09181627758015\t-0.0242909229955504\t-0.0761665956222262\t0.110942064118853\t0.0698639012926399\t0.155521284998874\t0.308464285993865\t0.419075003843005\t0.300031961565361\t0.129302034948055\t0.145754687838094\t-0.0516041775884171\t-0.138783335046635\t0.137655072834919\t0.371965438257243\t0.769498233237741\t0.725057867652452\t0.691928841326942\t0.548123851001296\t0.469651386512278\t-0.00762445621549315\t0.0786161283283888\t0.0685386316856345\t0.240028163694383\t0.415046859376105\t-0.136195724111187\t-0.185868324430484\t-0.206948008070853\t-0.155297551241779\t-0.169629740241712\t0.0491993370574139\t-0.029918543416564\t0.195565947405401\t0.119021804003802\t0.128024656292003\t-0.00940506129796816\t-0.239515966406606\t0.114663660033419\t-0.0455893322841633\t-0.263239716305761\t-0.0170588264330348\t0.13441369581192\t0.191654221666241\t0.044987599815751\t0.299731591181336\t0.572356412599861\t0.535179427348584\t0.614067042260617\t0.673436921520451\t0.506367257671702\t0.397116616254076\t0.372777028385428\t0.0741694012882695\t-0.014841599312226\t-0.0931138170518526\t-0.0368547632674478\t-0.0691921650735616\t0.426558661084511\t0.569697235398796\t0.464041336012978\t0.191335633539705\t-0.0784210662570731\t-0.147040364304878\t-0.106954353973774\t-0.323900776207675\t0.423668431533694\t0.545570142223395\t0.0225371379880099\t-0.0387764497303947\t-0.0228254131003033\t-0.256457800030217\t-0.229332585993936\t-0.4357536308881'..b'219305879964297\t-0.0444597949949684\t0.110470492441527\t0.0354893259118225\t-0.0542623479568549\t-0.118354789400282\t-0.0442732662575225\t0.228823411266244\t0.251019930723733\t0.430082225144962\t0.389687607395093\t0.176478247363987\t0.313753951398347\t0.29335998453316\t0.11946733076713\t0.180464121977935\t0.025911675367223\t0.033833249291114\t-0.0648565456843244\t0.0544858735562381\t-0.0327532023903155\t-0.117331890944758\t-0.0363544245289752\t0.00508195076574817\t0.09743640536316\t-0.212875043145732\t-0.145863497692209\t0.149312936819093\t0.264709664686738\t-0.0830243392595323\t-0.0485142275921093\t-0.069740573957625\t-0.00336413167279375\t-0.0730916747802738\t-0.0352551348834468\t0.34169340556366\t0.206624043077806\t0.194420945896388\t0.150154039516725\t0.0824333412838475\t0.0673084287946304\t-0.00482408643930676\t0.224051071542902\t0.0753083468696105\t-0.264201993094184\t-0.0899445037962083\t0.131663896086496\t0.297460881047363\t0.138692162331095\t-0.381175370420837\t-0.276290542328353\t-0.0584303361138974\t-0.0289153015948791\t-0.159444119726506\t-0.0180410312859126\t0.15096598234469\t-0.0990010031754609\t-0.147303195565708\t-0.216243228824751\t-0.305860473445989\t-0.328164848919479\t-0.265284913698305\t-0.1308772937736\t0.00106847418760199\t-0.202001193460282\t-0.0495198984861036\t-0.0781357176649343\t-0.14521895056896\t0.0269660142746056\t-0.220897607782362\t0.0145120859167517\t0.278048150506776\t0.342044396816221\t0.247086359956057\t0.225598357660605\t0.162106896014188\t0.140925223332897\t0.0125612665413359\t-0.0176723172651753\t0.0209277139172831\t0.150639400187633\t-0.0181289686626779\t-0.276575210237428\t-0.370410645226676\t-0.166741254824808\t-0.0898668956799076\t-0.189461468684446\t-0.269064007786356\t-0.356677324397102\t-0.334783903239909\t-0.376971557112733\t-0.575146032447791\t-0.495818514702907\t-0.225525033097601\t0.15110255982634\t0.275871797690726\t0.248737166531942\t0.0998839646713641\t-0.305462887493427\t-0.451328519390023\t-0.133741479341542\t-0.0270407422949509\t-0.13334081788784\t-0.206384886540445\t-0.104203009026448\t0.0776103476154815\t-0.0553130119109064\t-0.10524392493128\t-0.165075675544881\t-0.0729590077313766\t-0.0262955406696497\t0.0402592634562311\t-0.00988772191091675\t-0.024785566926755\t-0.0026417037669745\t0.0536038087465284\t0.100250989937831\t0.129552120841272\t-0.0731346232999123\t-0.0996332688429241\t-0.165689627398058\t0.123503358810847\t0.261071951499236\t-0.00536362036666087\t0.112517778393751\t0.128128591652414\t0.171743449682742\t0.326594803679252\t0.278838445891346\t0.172452752023524\t0.113346845863556\t0.124586282274444\t0.21337047713833\t0.261190611927687\t0.0788489545550375\t-0.040652758382319\t-0.0115349572946997\t0.136681299656741\t-0.156480587733185\t-0.123271937819693\t-0.219827705159146\t0.0629081080037182\t0.166942646690163\t0.115695069223652\t0.147561177588494\t0.0199666726411473\t-0.0119661484276707\t0.0616486292987622\t-0.42452142092258\t-0.269250574734781\t-0.0970487874258271\t-0.111139587958302\t-0.100367322843035\t-0.180834003899132\t-0.166990624217982\t-0.0116980668877147\t0.214774100338466\t0.169813274003922\t0.238629570138358\t0.0130783785494048\t0.197053779282129\t0.0556929552565427\t0.085175615431423\t0.0534139837016426\t0.102355884579083\t0.110954209688843\t-0.142316290167736\t-0.114697533745701\t-0.0705503167479355\t0.0389325805145664\t0.18483345990644\t0.137655312195245\t0.0826801838132693\t0.105521199753777\t-0.0818920944590143\t0.117786278095295\t0.129318940917122\t0.0541433443944766\t-0.39440807951543\t-0.249819863454614\t-0.359231975632395\t-0.238652930235249\t0.008724713135827\t-0.0691803996936798\t-0.0676946561609424\t-0.0848972586693942\t-0.345659025730268\t-0.502432683033737\t-0.331392508520788\t-0.3803103643823\t-0.554030954800098\t-0.53600036912743\t-0.529265314494861\t-0.368724195235902\t-0.186473169863008\t-0.0391954196027605\t0.0131009577086345\t0.00120361394559933\t0.241995744342467\t0.269612714222892\t-0.0382021132805446\t0.179699702491611\t0.336039443453962\t0.213397197799925\t0.232219400877843\t0.216534408200714\t-0.0237556320779854\t0.326886531704675\t0.57825797866882\t0.421463738849925\t0.710028627993382\t0.474843586584826\t0.744357653353685\t1\n'
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb test-data/rmsf_plot.png
b
Binary file test-data/rmsf_plot.png has changed
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb test-data/rmsf_raw_data.csv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/rmsf_raw_data.csv Mon Oct 08 12:49:36 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,433 @@\n+1\t0.297987337129276\n+2\t0.333267310147954\n+3\t0.311271122401796\n+4\t0.334870430432257\n+5\t0.528387423712457\n+6\t0.390851869842924\n+7\t0.455389204705507\n+8\t0.291680494069959\n+9\t0.299704161991946\n+10\t0.436685217455249\n+11\t0.230112723790802\n+12\t0.290448883222693\n+13\t0.299461703420314\n+14\t0.30702362600719\n+15\t0.260255785153153\n+16\t0.20682237551863\n+17\t0.184930189132988\n+18\t0.253382160687069\n+19\t0.359486839470906\n+20\t0.417297542173002\n+21\t0.351494323103995\n+22\t0.539289820507577\n+23\t0.299590271786537\n+24\t0.207612752611969\n+25\t0.216335239348221\n+26\t0.180901123454823\n+27\t0.185671575171861\n+28\t0.37796512959095\n+29\t0.412316285466422\n+30\t0.305573423359309\n+31\t0.271750167686276\n+32\t0.18757023678088\n+33\t0.175737909183764\n+34\t0.151224554098862\n+35\t0.236180440448514\n+36\t0.272743805395825\n+37\t0.282124745585872\n+38\t0.290778509704174\n+39\t0.421444968662592\n+40\t0.301306690752672\n+41\t0.252362126343665\n+42\t0.279264750816232\n+43\t0.302204158204142\n+44\t0.314897483784374\n+45\t0.446045756860666\n+46\t0.315854582612895\n+47\t0.249394775910134\n+48\t0.310384830578218\n+49\t0.250682074869805\n+50\t0.260728526908222\n+51\t0.422515486631638\n+52\t0.431580271382824\n+53\t0.279491560140915\n+54\t0.193424437982189\n+55\t0.211245051163425\n+56\t0.243432386992695\n+57\t0.440725547751142\n+58\t0.28030435226045\n+59\t0.269483412927543\n+60\t0.305985341553778\n+61\t0.473569425826849\n+62\t0.378525014252902\n+63\t0.311413916051023\n+64\t0.400713850666438\n+65\t0.393264351960655\n+66\t0.292743833636623\n+67\t0.304529873761004\n+68\t0.221665039230139\n+69\t0.36294264353966\n+70\t0.172939329176619\n+71\t0.22792096285341\n+72\t0.27902003279334\n+73\t0.357914680127667\n+74\t0.344242096926735\n+75\t0.358574832095879\n+76\t0.460356485281535\n+77\t0.180885368880294\n+78\t0.341967121411025\n+79\t0.261553192816823\n+80\t0.308391531832876\n+81\t0.304063447582183\n+82\t0.315147703436174\n+83\t0.202499297092062\n+84\t0.215194050004217\n+85\t0.322102773416694\n+86\t0.334732649261868\n+87\t0.250947110301593\n+88\t0.30250026213257\n+89\t0.213481371615684\n+90\t0.243455726249097\n+91\t0.229646567582163\n+92\t0.269158068085914\n+93\t0.268281845639885\n+94\t0.242090328669176\n+95\t0.30075175081956\n+96\t0.270085954605465\n+97\t0.310406128670361\n+98\t0.525119640435384\n+99\t0.613847028788694\n+100\t0.571218306657671\n+101\t0.429372301193073\n+102\t0.237314136159162\n+103\t0.363799131323265\n+104\t0.660143335505803\n+105\t0.403067594234117\n+106\t0.181854825120407\n+107\t0.164358061426996\n+108\t0.190939911932908\n+109\t0.214810722082187\n+110\t0.226644338580782\n+111\t0.254319469926517\n+112\t0.33121825703824\n+113\t0.332155680287261\n+114\t0.29639982307636\n+115\t0.269958810485102\n+116\t0.184549703059294\n+117\t0.295688253863394\n+118\t0.333902927134582\n+119\t0.367455042171288\n+120\t0.284297975086397\n+121\t0.187957225572693\n+122\t0.256210163649857\n+123\t0.319970907160602\n+124\t0.312551888770461\n+125\t0.232630343569012\n+126\t0.177158958638388\n+127\t0.161741457385716\n+128\t0.129892745693297\n+129\t0.178119358533639\n+130\t0.160886827174496\n+131\t0.191818931659557\n+132\t0.229556129214378\n+133\t0.259594691513546\n+134\t0.254500835154638\n+135\t0.340951495338226\n+136\t0.51745504483851\n+137\t0.291315012628519\n+138\t0.318242129797841\n+139\t0.286682316394194\n+140\t0.250349332321298\n+141\t0.23577643413187\n+142\t0.247061346109017\n+143\t0.168380094880305\n+144\t0.14715615433095\n+145\t0.146132785677022\n+146\t0.17432140538377\n+147\t0.190222785002515\n+148\t0.241825311610268\n+149\t0.262582395993517\n+150\t0.276853928460378\n+151\t0.212535601980882\n+152\t0.234957863553011\n+153\t0.346131071989799\n+154\t0.2558990236689\n+155\t0.272958893520652\n+156\t0.345589826314665\n+157\t0.296473876484475\n+158\t0.585825363141571\n+159\t0.793895052989605\n+160\t0.474109546251634\n+161\t0.43296339232002\n+162\t0.337707055734313\n+163\t0.187864255276728\n+164\t0.160989256204786\n+165\t0.188251225853332\n+166\t0.190136591926246\n+167\t0.17617132526522\n+168\t0.190435361643733\n+169\t0.341058606768324\n+170\t0.243240525270634\n+171\t0.163627228473892\n+172\t0.177597859096017\n+173\t0.1649882223171\n+174\t0.201524816185384\n+175\t0.37436800574028\n+176\t0.398138355426116\n+177\t0.298859841764117\n+178\t0.301025925945355\n+179\t0.34348244892'..b'96355798507\n+260\t0.426949815120718\n+261\t0.383512808826409\n+262\t0.269755442746046\n+263\t0.185537005375796\n+264\t0.257531459780598\n+265\t0.240619301222243\n+266\t0.198666294101455\n+267\t0.243013895908038\n+268\t0.298780925963984\n+269\t0.336153572175809\n+270\t0.375010988836113\n+271\t0.363207671104635\n+272\t0.263335571469556\n+273\t0.277551530356805\n+274\t0.351594550086135\n+275\t0.449993289786542\n+276\t0.39803939249606\n+277\t0.444973663982572\n+278\t0.367653262387619\n+279\t0.337441435723422\n+280\t0.301124144859869\n+281\t0.285671053762232\n+282\t0.288669230758546\n+283\t0.307446862334779\n+284\t0.276205876889033\n+285\t0.31145686452129\n+286\t0.274791562493817\n+287\t0.25394384798531\n+288\t0.202195569438698\n+289\t0.235286668491206\n+290\t0.225035326307658\n+291\t0.229395867079585\n+292\t0.20594788188431\n+293\t0.158880836739064\n+294\t0.352216941764785\n+295\t0.359696537510394\n+296\t0.341107544978593\n+297\t0.428128860311029\n+298\t0.389029233621474\n+299\t0.252853558826554\n+300\t0.300601452565498\n+301\t0.179552996028309\n+302\t0.19940837662337\n+303\t0.189801797590154\n+304\t0.239289252971349\n+305\t0.336189765940294\n+306\t0.687142965446944\n+307\t0.51977390741938\n+308\t0.357589080420604\n+309\t0.295064505471259\n+310\t0.28349822200988\n+311\t0.303446509721543\n+312\t0.325756637379169\n+313\t0.282679694169086\n+314\t0.320141107450976\n+315\t0.407839678106371\n+316\t0.32579275107835\n+317\t0.263302858815288\n+318\t0.319507812359497\n+319\t0.407605986882071\n+320\t0.274770777644933\n+321\t0.293393434225312\n+322\t0.268181528436771\n+323\t0.27076077889738\n+324\t0.279929272239877\n+325\t0.219007764225699\n+326\t0.243645421108678\n+327\t0.233256088501216\n+328\t0.245807328496019\n+329\t0.319381912125145\n+330\t0.432863268190724\n+331\t0.339024841170865\n+332\t0.489920020182216\n+333\t0.615181074512364\n+334\t0.479200449102116\n+335\t0.453227913600635\n+336\t0.450966466969519\n+337\t0.564562244688728\n+338\t0.828146318797381\n+339\t0.802950004703953\n+340\t0.385011888369838\n+341\t0.23630606789288\n+342\t0.420909444810309\n+343\t0.458234637499169\n+344\t0.352197517773999\n+345\t0.276259099903553\n+346\t0.262432954677859\n+347\t0.235497195526276\n+348\t0.221883239164572\n+349\t0.291373573159095\n+350\t0.196527750622056\n+351\t0.245785832991421\n+352\t0.27554563323477\n+353\t0.257467138360804\n+354\t0.248182841313077\n+355\t0.221411903812121\n+356\t0.27973659623654\n+357\t0.317668936097574\n+358\t0.520461394882418\n+359\t0.254276741795609\n+360\t0.155654051619131\n+361\t0.108135466637033\n+362\t0.137821615694858\n+363\t0.140085893327872\n+364\t0.181622311794188\n+365\t0.176849483401443\n+366\t0.226115426898414\n+367\t0.236834806604962\n+368\t0.228118903803107\n+369\t0.256207862456622\n+370\t0.509895563079016\n+371\t0.566239239311489\n+372\t0.381215544188434\n+373\t0.276422179758085\n+374\t0.280722242377169\n+375\t0.344250069404556\n+376\t0.276464884679607\n+377\t0.183681810163444\n+378\t0.167533827019681\n+379\t0.248831004375454\n+380\t0.423157472886395\n+381\t0.555684955178573\n+382\t0.578663627736018\n+383\t0.431947246884486\n+384\t0.32776311718548\n+385\t0.346595723763465\n+386\t0.429289622473973\n+387\t0.438310017636848\n+388\t0.523379463379175\n+389\t0.597695877606156\n+390\t0.524358617428733\n+391\t0.380609255208959\n+392\t0.309112096104178\n+393\t0.267992765058151\n+394\t0.284670354191378\n+395\t0.260438410597762\n+396\t0.203836686603944\n+397\t0.280362518185156\n+398\t0.276147339409583\n+399\t0.470141759750694\n+400\t0.367689831022287\n+401\t0.562011235550163\n+402\t0.399096421981492\n+403\t0.336759165177195\n+404\t0.387027931475728\n+405\t0.433467989937204\n+406\t0.392198457527475\n+407\t0.584077466041479\n+408\t0.732239942353191\n+409\t0.501601134519146\n+410\t0.322391096586451\n+411\t0.31664410892139\n+412\t0.322286787280548\n+413\t0.190230799197429\n+414\t0.260122392079373\n+415\t0.243082338952246\n+416\t0.231563287797589\n+417\t0.464480956663686\n+418\t0.410004998449431\n+419\t0.238560528525414\n+420\t0.167403930316267\n+421\t0.148858431561914\n+422\t0.18571595982438\n+423\t0.209147536840331\n+424\t0.264072320126197\n+425\t0.268710462933823\n+426\t0.231476254638188\n+427\t0.157672013528502\n+428\t0.240005252889388\n+429\t0.327537293348892\n+430\t0.255160728275347\n+431\t0.397647744685752\n+432\t0.356554889915099\n+433\t0.300770909322686\n'
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb test-data/test.dcd
b
Binary file test-data/test.dcd has changed
b
diff -r 000000000000 -r f56fb2762abb test-data/test.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/test.pdb Mon Oct 08 12:49:36 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,61655 @@\n+REMARK  FILENAME: MINIMIZE.INP                                                        \n+REMARK  PURPOSE:  SETUP PERIODIC BOUNDARY CONDITIONS AND ENERGY MINIMIZATION          \n+REMARK  AUTHOR:   THARINDU SENAPATHI                                                  \n+REMARK   DATE:     9/25/18     11:16:58      CREATED BY USER: galaxy                  \n+ATOM      1  N   SER     2      23.711   4.396   5.292  1.00  0.00      PRO \n+ATOM      2  HT1 SER     2      22.774   4.012   5.048  1.00  0.00      PRO \n+ATOM      3  HT2 SER     2      23.993   4.056   6.233  1.00  0.00      PRO \n+ATOM      4  HT3 SER     2      24.412   4.016   4.606  1.00  0.00      PRO \n+ATOM      5  CA  SER     2      23.692   5.909   5.232  1.00  0.00      PRO \n+ATOM      6  HA  SER     2      23.045   6.255   6.026  1.00  0.00      PRO \n+ATOM      7  CB  SER     2      25.129   6.479   5.468  1.00  0.00      PRO \n+ATOM      8  HB1 SER     2      25.502   6.112   6.451  1.00  0.00      PRO \n+ATOM      9  HB2 SER     2      25.108   7.590   5.522  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     10  OG  SER     2      26.032   6.062   4.445  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     11  HG1 SER     2      26.928   6.382   4.649  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     12  C   SER     2      23.087   6.445   3.945  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     13  O   SER     2      22.287   5.741   3.315  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     14  N   ALA     3      23.417   7.674   3.515  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     15  HN  ALA     3      24.112   8.236   3.961  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     16  CA  ALA     3      22.937   8.280   2.293  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     17  HA  ALA     3      22.421   7.554   1.681  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     18  CB  ALA     3      22.012   9.476   2.583  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     19  HB1 ALA     3      22.509  10.220   3.241  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     20  HB2 ALA     3      21.086   9.125   3.082  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     21  HB3 ALA     3      21.718   9.984   1.638  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     22  C   ALA     3      24.147   8.753   1.509  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     23  O   ALA     3      25.174   9.077   2.073  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     24  N   CYS     4      24.005   8.749   0.169  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     25  HN  CYS     4      23.142   8.478  -0.258  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     26  CA  CYS     4      25.025   9.149  -0.766  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     27  HA  CYS     4      25.769   9.761  -0.272  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     28  CB  CYS     4      25.700   7.948  -1.484  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     29  HB1 CYS     4      26.256   8.290  -2.382  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     30  HB2 CYS     4      24.907   7.257  -1.851  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     31  SG  CYS     4      26.887   7.076  -0.411  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     32  C   CYS     4      24.341  10.034  -1.774  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     33  O   CYS     4      23.104  10.106  -1.853  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     34  N   THR     5      25.135  10.817  -2.507  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     35  HN  THR     5      26.125  10.731  -2.426  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     36  CA  THR     5      24.625  11.886  -3.343  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     37  HA  THR     5      23.595  11.683  -3.608  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     38  CB  THR     5      24.715  13.266  -2.674  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     39  HB  THR     5      24.358  14.060  -3.371  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     40  OG1 THR     5      26.051  13.580  -2.272  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     41  HG1 THR     5      26.535  13.523  -3.104  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     42  CG2 THR     5      23.787  13.298  -1.447  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     43 HG21 THR     5      24.126  12.589  -0.663  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     44 HG22 THR     5      22.759  13.003  -1.749  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     45 HG23 THR     5      23.752  14.313  -1.003  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     46  C   THR     5      25.385  11.902  -4.645  1.00  0.00      PRO \n+ATOM     47  O   THR     5      25.810'..b' CLA CLA     2       5.975 -34.097 -14.115  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61600  CLA CLA     3       3.049 -40.330   0.268  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61601  CLA CLA     4     -29.182 -19.908 -21.287  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61602  CLA CLA     5      32.119  26.809 -14.613  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61603  CLA CLA     6     -12.762  38.902  39.703  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61604  CLA CLA     7     -41.352  -6.310 -21.092  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61605  CLA CLA     8     -40.105  19.915  21.883  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61606  CLA CLA     9     -37.875 -10.640 -26.651  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61607  CLA CLA    10     -22.511  41.548  12.784  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61608  CLA CLA    11      35.216  33.731 -35.093  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61609  CLA CLA    12     -40.102   5.647  -2.397  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61610  CLA CLA    13      39.024 -12.398 -40.371  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61611  CLA CLA    14      18.261 -39.450  23.742  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61612  CLA CLA    15       6.178  41.435 -35.101  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61613  CLA CLA    16      24.358  15.109  39.388  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61614  CLA CLA    17       6.888  21.632 -18.643  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61615  CLA CLA    18      21.744   6.136  36.952  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61616  CLA CLA    19      37.313  -8.363  36.386  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61617  CLA CLA    20      -2.999 -20.832  23.104  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61618  CLA CLA    21       2.857  18.626 -27.815  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61619  CLA CLA    22       4.436 -15.917  42.798  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61620  CLA CLA    23     -36.824  -9.651  27.515  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61621  CLA CLA    24      30.595 -26.534 -13.854  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61622  CLA CLA    25       2.683  14.798  30.965  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61623  CLA CLA    26      29.848 -11.446 -12.895  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61624  CLA CLA    27      42.574 -16.385  39.148  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61625  CLA CLA    28      21.090  22.680  27.072  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61626  CLA CLA    29      31.477  21.841  -9.460  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61627  CLA CLA    30     -42.789  33.106 -42.003  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61628  CLA CLA    31      41.212  26.460  28.038  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61629  CLA CLA    32      31.330 -23.211  30.873  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61630  CLA CLA    33     -11.882  24.746  17.676  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61631  CLA CLA    34      42.509  41.966  29.673  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61632  CLA CLA    35     -21.155 -25.909  40.988  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61633  CLA CLA    36     -16.645  33.397 -20.493  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61634  CLA CLA    37      24.008  16.848   3.761  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61635  CLA CLA    38      -3.042 -26.229  -6.954  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61636  CLA CLA    39     -25.242 -29.525 -14.531  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61637  CLA CLA    40      34.942 -28.883 -36.691  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61638  CLA CLA    41     -35.913  -6.707   3.266  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61639  CLA CLA    42     -30.968   4.607 -32.953  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61640  CLA CLA    43      -5.809  15.242  42.418  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61641  CLA CLA    44      39.399  18.809 -13.827  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61642  CLA CLA    45     -15.805  29.210 -37.376  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61643  CLA CLA    46       0.091 -36.491 -34.859  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61644  CLA CLA    47     -12.875 -40.099  38.366  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61645  CLA CLA    48     -24.191  19.188  36.959  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61646  CLA CLA    49      16.215 -18.186 -29.406  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61647  CLA CLA    50      34.647  -7.708 -32.869  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61648  CLA CLA    51     -20.320 -38.996   6.847  1.00  0.00      CLA \n+ATOM  61649  CLA CLA    52     -28.453   0.614 -25.838  1.00  0.00      CLA \n+TER   61650      CLA     52\n+END\n'