Repository 'openms_idmapper'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/galaxyp/openms_idmapper

Changeset 6:d92d43ce63ce (2018-01-11)
Previous changeset 5:ee74aa49131b (2017-10-28) Next changeset 7:f9dbe4e67097 (2018-02-12)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit 8a95bc868914fb41c7452907f73a9273b03286ab
modified:
IDMapper.xml
readme.md
b
diff -r ee74aa49131b -r d92d43ce63ce IDMapper.xml
--- a/IDMapper.xml Sat Oct 28 05:13:22 2017 -0400
+++ b/IDMapper.xml Thu Jan 11 17:51:56 2018 -0500
b
@@ -91,7 +91,7 @@
     </expand>
   </inputs>
   <outputs>
-    <data name="param_out" metadata_source="param_in" format="input"/>
+    <data name="param_out" metadata_source="param_in" format_source="param_in"/>
   </outputs>
   <help>Assigns protein/peptide identifications to features or consensus features.
 
b
diff -r ee74aa49131b -r d92d43ce63ce readme.md
--- a/readme.md Sat Oct 28 05:13:22 2017 -0400
+++ b/readme.md Thu Jan 11 17:51:56 2018 -0500
[
@@ -117,7 +117,14 @@
     [...]
     ]]>
     ```
-    

+ * In Xtandem Converter and probably in others:

+    ```
+    #if str($param_missed_cleavages) != '':
+    ```
+    This is because integers needs to be compared as string otherwise `0` becomes `false`.

  * In `MetaProSIP.xml` add `R` as a requirement:
  
    ```
@@ -164,7 +171,8 @@
     ```
     
 
- * These tools have multiple outputs (number of inputs = number of outputs) which is not yet supported in Galaxy-stable and are therefore in `SKIP_TOOLS_FILES.txt`:
+ * These tools have multiple outputs (number of inputs = number of outputs) which is not yet supported in
+   by the automatic conversion step and are therefore in `SKIP_TOOLS_FILES.txt`:
     * SeedListGenerator
     * SpecLibSearcher
     * MapAlignerIdentification