Repository 'mdanalysis_distance'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/mdanalysis_distance

Changeset 4:312f912de69d (2019-10-07)
Previous changeset 3:489b25966bb9 (2019-04-03) Next changeset 5:d540ea77b909 (2020-02-06)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/ commit 3b99f08f22b9e0c16c0a0adc82f8c16c1a25cedf"
modified:
angle.py
dihedrals.py
distance.py
distance.xml
hbonds.py
macros.xml
pca_cosine.py
ramachandran_plots.py
rdf.py
added:
test-data/Ramachandran_Plot_raw_data_gmx.tabular
test-data/test.gro
test-data/test.xtc
b
diff -r 489b25966bb9 -r 312f912de69d angle.py
--- a/angle.py Wed Apr 03 15:46:56 2019 -0400
+++ b/angle.py Mon Oct 07 12:52:40 2019 -0400
[
@@ -16,8 +16,10 @@
 
 def parse_command_line(argv):
     parser = argparse.ArgumentParser()
-    parser.add_argument('--idcd', help='input dcd')
-    parser.add_argument('--ipdb', help='input pdb')
+    parser.add_argument('--itraj', help='input traj')
+    parser.add_argument('--istr', help='input str')
+    parser.add_argument('--itrajext', help='input traj ext')
+    parser.add_argument('--istrext', help='input str ext')
     parser.add_argument('--isegid1', help='segid 1')
     parser.add_argument('--iresid1', help='resid 1')
     parser.add_argument('--iname1', help='name 1')
@@ -52,7 +54,8 @@
     return np.rad2deg(theta)
 
 
-u = mda.Universe(args.ipdb, args.idcd, topology_format="PDB", format="DCD")
+u = mda.Universe(args.istr, args.itraj,
+                 topology_format=args.istrext, format=args.itrajext)
 data = np.array([(u.trajectory.frame, theta(u)) for ts in u.trajectory])
 frame, theta = data.T
 
b
diff -r 489b25966bb9 -r 312f912de69d dihedrals.py
--- a/dihedrals.py Wed Apr 03 15:46:56 2019 -0400
+++ b/dihedrals.py Mon Oct 07 12:52:40 2019 -0400
[
@@ -16,8 +16,10 @@
 
 def parse_command_line(argv):
     parser = argparse.ArgumentParser()
-    parser.add_argument('--idcd', help='input dcd')
-    parser.add_argument('--ipdb', help='input pdb')
+    parser.add_argument('--itraj', help='input traj')
+    parser.add_argument('--istr', help='input str')
+    parser.add_argument('--itrajext', help='input traj ext')
+    parser.add_argument('--istrext', help='input str ext')
     parser.add_argument('--isegid1', help='segid 1')
     parser.add_argument('--iresid1', help='resid 1')
     parser.add_argument('--iname1', help='name 1')
@@ -56,7 +58,8 @@
     return np.rad2deg(psi)
 
 
-u = mda.Universe(args.ipdb, args.idcd, topology_format="PDB", format="DCD")
+u = mda.Universe(args.istr, args.itraj,
+                 topology_format=args.istrext, format=args.itrajext)
 data = np.array([(u.trajectory.frame, psi(u)) for ts in u.trajectory])
 frame, psi = data.T
 PSI = np.concatenate(psi, axis=0)
b
diff -r 489b25966bb9 -r 312f912de69d distance.py
--- a/distance.py Wed Apr 03 15:46:56 2019 -0400
+++ b/distance.py Mon Oct 07 12:52:40 2019 -0400
b
@@ -14,8 +14,10 @@
 
 def parse_command_line(argv):
     parser = argparse.ArgumentParser()
-    parser.add_argument('--idcd', help='input dcd')
-    parser.add_argument('--ipdb', help='input pdb')
+    parser.add_argument('--itraj', help='input traj')
+    parser.add_argument('--istr', help='input str')
+    parser.add_argument('--itrajext', help='input traj ext')
+    parser.add_argument('--istrext', help='input str ext')
     parser.add_argument('--isegid1', help='segid 1')
     parser.add_argument('--iresid1', help='resid 1')
     parser.add_argument('--iname1', help='name 1')
@@ -34,7 +36,8 @@
 atom2 = "(segid %s and resid %s and name %s)" % \
     (args.isegid2, args.iresid2, args.iname2)
 
-u = mda.Universe(args.ipdb, args.idcd, topology_format="PDB", format="DCD")
+u = mda.Universe(args.istr, args.itraj,
+                 topology_format=args.istrext, format=args.itrajext)
 x = u.select_atoms(atom1)
 y = u.select_atoms(atom2)
 
b
diff -r 489b25966bb9 -r 312f912de69d distance.xml
--- a/distance.xml Wed Apr 03 15:46:56 2019 -0400
+++ b/distance.xml Mon Oct 07 12:52:40 2019 -0400
[
@@ -1,5 +1,5 @@
 <tool id="mdanalysis_distance" name="Distance Analysis" version="@VERSION@">
-    <description>Time series using MDAnalysis</description>
+    <description>- time series using MDAnalysis</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
     </macros>   
@@ -7,8 +7,10 @@
     <command detect_errors="exit_code">
 <![CDATA[
      python '$__tool_directory__/distance.py' 
-        --idcd '$dcdin' 
-        --ipdb '$pdbin'
+        --itraj '$trajin' 
+        --istr '$strin'
+        --itrajext '$trajin.ext'
+        --istrext '$strin.ext'
         --isegid1 '$segid1' 
         --iresid1 '$resid1' 
         --iname1 '$name1'
@@ -21,11 +23,11 @@
 ]]></command>
     <inputs>
         <expand macro="analysis_inputs"/>
-        <param name="segid1"  type="text" value="PRO" label="Segid of atom 1"/>
-        <param name="resid1"  type="text" value="212" label="Resid of atom 1"/>
+        <param name="segid1"  type="text" value="PRO" label="Segment ID of atom 1"/>
+        <param name="resid1"  type="text" value="212" label="Residue ID of atom 1"/>
         <param name="name1"  type="text" value="OE2" label="Atom name of atom 1"/>
-        <param name="segid2"  type="text" value="HET" label="Segid of atom 2"/>
-        <param name="resid2"  type="text" value="3" label="Resid of atom 2"/>
+        <param name="segid2"  type="text" value="HET" label="Segment ID of atom 2"/>
+        <param name="resid2"  type="text" value="3" label="Residue ID of atom 2"/>
         <param name="name2"  type="text" value="C1" label="Atom name of atom 2"/>
     </inputs>
     <outputs>
@@ -43,13 +45,29 @@
             <param name="name2" value="C1"/>
             <output name="output" file="Distance_Analysis_raw_data.tabular" />
         </test>
+        <test>
+            <expand macro="tests_inputs_gmx"/>
+            <param name="segid1" value="SYSTEM"/>
+            <param name="resid1" value="212"/>
+            <param name="name1" value="OE2"/>
+            <param name="segid2" value="SYSTEM"/>
+            <param name="resid2" value="3"/>
+            <param name="name2" value="C1"/>
+            <output name="output">
+                <assert_contents>
+                    <has_n_columns n="2" />
+                    <has_line_matching expression="0\s+3.8.*" />
+                    <has_line_matching expression="14\s+3.2.*" />
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
     </tests>
     <help><![CDATA[
 .. class:: infomark
 
 **What it does**
         
-This tool calculates and plot distance between the two atoms.
+This tool calculates and plots the distance between the two atoms.
 
 _____
 
@@ -60,8 +78,10 @@
 
        - Trajectory file  (DCD).
        - PDB file.
-       - Segids, resids and names of two atoms to calculate distances.
-     
+       - Segment IDs, Residue IDs and names of two atoms to calculate distances.
+
+Note that a MDAnalysis 'segment' is a larger organizational unit,  for example one protein or all the solvent molecules or simply the whole system.
+
 _____
 
         
b
diff -r 489b25966bb9 -r 312f912de69d hbonds.py
--- a/hbonds.py Wed Apr 03 15:46:56 2019 -0400
+++ b/hbonds.py Mon Oct 07 12:52:40 2019 -0400
b
@@ -4,6 +4,7 @@
 import csv
 import sys
 
+import MDAnalysis as mda
 import MDAnalysis.analysis.hbonds
 
 import pandas as pd
@@ -11,8 +12,10 @@
 
 def parse_command_line(argv):
     parser = argparse.ArgumentParser()
-    parser.add_argument('--idcd', help='input dcd')
-    parser.add_argument('--ipdb', help='input pdb')
+    parser.add_argument('--itraj', help='input traj')
+    parser.add_argument('--istr', help='input str')
+    parser.add_argument('--itrajext', help='input traj ext')
+    parser.add_argument('--istrext', help='input str ext')
     parser.add_argument('--isegid1', help='segid 1')
     parser.add_argument('--isegid2', help='segid 2')
     parser.add_argument('--idistance', help='cutoff distance')
@@ -31,8 +34,8 @@
 distance = float(args.idistance)
 angle = float(args.iangle)
 
-u = MDAnalysis.Universe(
-    args.ipdb, args.idcd, topology_format="PDB", format="DCD")
+u = mda.Universe(args.istr, args.itraj,
+                 topology_format=args.istrext, format=args.itrajext)
 
 h = MDAnalysis.analysis.hbonds.HydrogenBondAnalysis(
     u, selection1, selection2, distance=distance, angle=angle)
b
diff -r 489b25966bb9 -r 312f912de69d macros.xml
--- a/macros.xml Wed Apr 03 15:46:56 2019 -0400
+++ b/macros.xml Mon Oct 07 12:52:40 2019 -0400
b
@@ -1,14 +1,14 @@
 <macros>
-    <token name="@VERSION@">0.19</token>
+    <token name="@VERSION@">0.20</token>
     <xml name="requirements">
         <requirements>
-            <requirement type="package" version="0.19.2">mdanalysis</requirement>
+            <requirement type="package" version="0.20.1">mdanalysis</requirement>
             <yield/>
         </requirements>
     </xml>
     <xml name="analysis_inputs">
-        <param format="dcd" name="dcdin" type="data" label="dcd trajectory input"/>
-        <param format="pdb" name="pdbin" type="data" label="pdb input"/>
+        <param format="dcd,xtc" name="trajin" type="data" label="DCD/XTC trajectory input"/>
+        <param format="pdb,gro" name="strin" type="data" label="PDB/GRO input"/>
         <yield/>
     </xml>
     <xml name="sanitizer">
@@ -24,8 +24,13 @@
         <yield/>
     </xml>
     <xml name="tests_inputs">
-        <param name="dcdin" value="test.dcd" />
-        <param name="pdbin" value="test.pdb" />
+        <param name="trajin" value="test.dcd" ftype="dcd"/>
+        <param name="strin" value="test.pdb" ftype="pdb"/>
+        <yield/>
+    </xml>
+    <xml name="tests_inputs_gmx">
+        <param name="trajin" value="test.xtc" ftype="xtc"/>
+        <param name="strin" value="test.gro" ftype="gro"/>
         <yield/>
     </xml>
     <xml name="citations">
b
diff -r 489b25966bb9 -r 312f912de69d pca_cosine.py
--- a/pca_cosine.py Wed Apr 03 15:46:56 2019 -0400
+++ b/pca_cosine.py Mon Oct 07 12:52:40 2019 -0400
b
@@ -12,8 +12,10 @@
 
 def parse_command_line(argv):
     parser = argparse.ArgumentParser()
-    parser.add_argument('--idcd', help='input dcd')
-    parser.add_argument('--ipdb', help='input pdb')
+    parser.add_argument('--itraj', help='input traj')
+    parser.add_argument('--istr', help='input str')
+    parser.add_argument('--itrajext', help='input traj ext')
+    parser.add_argument('--istrext', help='input str ext')
     parser.add_argument('--icomponents', help='number of principle components')
     parser.add_argument('--iindex', help='index of the PC')
     parser.add_argument('--output', help='output')
@@ -23,7 +25,8 @@
 
 args = parse_command_line(sys.argv)
 
-u = mda.Universe(args.ipdb, args.idcd, topology_format="PDB", format="DCD")
+u = mda.Universe(args.istr, args.itraj,
+                 topology_format=args.istrext, format=args.itrajext)
 
 components = int(args.icomponents)
 pca_index = int(args.iindex)
b
diff -r 489b25966bb9 -r 312f912de69d ramachandran_plots.py
--- a/ramachandran_plots.py Wed Apr 03 15:46:56 2019 -0400
+++ b/ramachandran_plots.py Mon Oct 07 12:52:40 2019 -0400
[
@@ -19,8 +19,10 @@
 
 def parse_command_line(argv):
     parser = argparse.ArgumentParser()
-    parser.add_argument('--idcd', help='input dcd')
-    parser.add_argument('--ipdb', help='input pdb')
+    parser.add_argument('--itraj', help='input traj')
+    parser.add_argument('--istr', help='input str')
+    parser.add_argument('--itrajext', help='input traj ext')
+    parser.add_argument('--istrext', help='input str ext')
     parser.add_argument('--isegid1', help='segid 1')
     parser.add_argument('--iresid1', help='resid 1')
     parser.add_argument('--iname1', help='name 1')
@@ -94,13 +96,16 @@
     return np.rad2deg(dihe)
 
 
-u = mda.Universe(args.ipdb, args.idcd, topology_format="PDB", format="DCD")
+u = mda.Universe(args.istr, args.itraj,
+                 topology_format=args.istrext, format=args.itrajext)
 
 phi_trajdata = np.array(
     [(u.trajectory.frame, calc_torsion(dihe_phi)) for ts in u.trajectory])
 psi_trajdata = np.array(
     [(u.trajectory.frame, calc_torsion(dihe_psi)) for ts in u.trajectory])
 
+print(phi_trajdata, psi_trajdata)
+
 phi_frame, phi_series = phi_trajdata.T
 psi_frame, psi_series = psi_trajdata.T
 
b
diff -r 489b25966bb9 -r 312f912de69d rdf.py
--- a/rdf.py Wed Apr 03 15:46:56 2019 -0400
+++ b/rdf.py Mon Oct 07 12:52:40 2019 -0400
b
@@ -16,8 +16,10 @@
 
 def parse_command_line(argv):
     parser = argparse.ArgumentParser()
-    parser.add_argument('--idcd', help='input dcd')
-    parser.add_argument('--ipdb', help='input pdb')
+    parser.add_argument('--itraj', help='input traj')
+    parser.add_argument('--istr', help='input str')
+    parser.add_argument('--itrajext', help='input traj ext')
+    parser.add_argument('--istrext', help='input str ext')
     parser.add_argument('--isegid1', help='segid 1')
     parser.add_argument('--iresid1', help='resid 1')
     parser.add_argument('--iname1', help='name 1')
@@ -42,7 +44,8 @@
 start = float(args.istart)
 end = float(args.iend)
 
-u = mda.Universe(args.ipdb, args.idcd, topology_format="PDB", format="DCD")
+u = mda.Universe(args.istr, args.itraj,
+                 topology_format=args.istrext, format=args.itrajext)
 x = u.select_atoms(atom1)
 y = u.select_atoms(atom2)
 
b
diff -r 489b25966bb9 -r 312f912de69d test-data/Ramachandran_Plot_raw_data_gmx.tabular
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/Ramachandran_Plot_raw_data_gmx.tabular Mon Oct 07 12:52:40 2019 -0400
b
@@ -0,0 +1,15 @@
+0 -144.6049403672638 97.68547741778757
+1 -141.28378752267525 97.77436430526272
+2 -140.5507581701893 96.64897577753301
+3 -139.80360840706982 96.77167935748881
+4 -134.73236008867292 95.35031471736332
+5 -133.2788812847167 97.90764978970712
+6 -132.85758534848696 97.74270020478778
+7 -132.92861986639113 98.03936669749623
+8 -132.36160579612704 97.75307833579126
+9 -133.24942867028537 98.47767719548273
+10 -129.07281864740457 93.50325320406353
+11 -138.52555276641212 98.65922847590556
+12 -134.17197735904452 86.3334209333448
+13 -135.7743412592041 89.34890663035344
+14 -151.15173106037906 101.47282449338631
b
diff -r 489b25966bb9 -r 312f912de69d test-data/test.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/test.gro Mon Oct 07 12:52:40 2019 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,61652 @@\n+Glycine aRginine prOline Methionine Alanine Cystine Serine\n+61649\n+    2SER      N    1   2.371   0.440   0.529\n+    2SER    HT1    2   2.277   0.401   0.505\n+    2SER    HT2    3   2.399   0.406   0.623\n+    2SER    HT3    4   2.441   0.402   0.461\n+    2SER     CA    5   2.369   0.591   0.523\n+    2SER     HA    6   2.305   0.626   0.603\n+    2SER     CB    7   2.513   0.648   0.547\n+    2SER    HB1    8   2.550   0.611   0.645\n+    2SER    HB2    9   2.511   0.759   0.552\n+    2SER     OG   10   2.603   0.606   0.444\n+    2SER    HG1   11   2.693   0.638   0.465\n+    2SER      C   12   2.309   0.645   0.394\n+    2SER      O   13   2.229   0.574   0.331\n+    3ALA      N   14   2.342   0.767   0.352\n+    3ALA     HN   15   2.411   0.824   0.396\n+    3ALA     CA   16   2.294   0.828   0.229\n+    3ALA     HA   17   2.242   0.755   0.168\n+    3ALA     CB   18   2.201   0.948   0.258\n+    3ALA    HB1   19   2.251   1.022   0.324\n+    3ALA    HB2   20   2.109   0.913   0.308\n+    3ALA    HB3   21   2.172   0.998   0.164\n+    3ALA      C   22   2.415   0.875   0.151\n+    3ALA      O   23   2.517   0.908   0.207\n+    4CYS      N   24   2.401   0.875   0.017\n+    4CYS     HN   25   2.314   0.848  -0.026\n+    4CYS     CA   26   2.503   0.915  -0.077\n+    4CYS     HA   27   2.577   0.976  -0.027\n+    4CYS     CB   28   2.570   0.795  -0.148\n+    4CYS    HB1   29   2.626   0.829  -0.238\n+    4CYS    HB2   30   2.491   0.726  -0.185\n+    4CYS     SG   31   2.689   0.708  -0.041\n+    4CYS      C   32   2.434   1.003  -0.177\n+    4CYS      O   33   2.310   1.011  -0.185\n+    5THR      N   34   2.513   1.082  -0.251\n+    5THR     HN   35   2.612   1.073  -0.243\n+    5THR     CA   36   2.463   1.189  -0.334\n+    5THR     HA   37   2.359   1.168  -0.361\n+    5THR     CB   38   2.471   1.327  -0.267\n+    5THR     HB   39   2.436   1.406  -0.337\n+    5THR    OG1   40   2.605   1.358  -0.227\n+    5THR    HG1   41   2.654   1.352  -0.310\n+    5THR    CG2   42   2.379   1.330  -0.145\n+    5THR   HG21   43   2.413   1.259  -0.066\n+    5THR   HG22   44   2.276   1.300  -0.175\n+    5THR   HG23   45   2.375   1.431  -0.100\n+    5THR      C   46   2.539   1.190  -0.465\n+    5THR      O   47   2.581   1.296  -0.511\n+    6LEU      N   48   2.559   1.072  -0.527\n+    6LEU     HN   49   2.522   0.985  -0.489\n+    6LEU     CA   50   2.613   1.064  -0.662\n+    6LEU     HA   51   2.693   1.135  -0.673\n+    6LEU     CB   52   2.664   0.921  -0.694\n+    6LEU    HB1   53   2.704   0.919  -0.798\n+    6LEU    HB2   54   2.578   0.850  -0.687\n+    6LEU     CG   55   2.774   0.867  -0.600\n+    6LEU     HG   56   2.733   0.865  -0.496\n+    6LEU    CD1   57   2.810   0.722  -0.638\n+    6LEU   HD11   58   2.849   0.716  -0.741\n+    6LEU   HD12   59   2.718   0.658  -0.631\n+    6LEU   HD13   60   2.885   0.680  -0.568\n+    6LEU    CD2   61   2.900   0.954  -0.602\n+    6LEU   HD21   62   2.877   1.056  -0.564\n+    6LEU   HD22   63   2.939   0.964  -0.705\n+    6LEU   HD23   64   2.979   0.910  -0.538\n+    6LEU      C   65   2.505   1.102  -0.763\n+    6LEU      O   66   2.529   1.158  -0.868\n+    7GLN      N   67   2.378   1.075  -0.725\n+    7GLN     HN   68   2.357   1.024  -0.641\n+    7GLN     CA   69   2.262   1.113  -0.801\n+    7GLN     HA   70   2.291   1.166  -0.890\n+    7GLN     CB   71   2.178   0.990  -0.840\n+    7GLN    HB1   72   2.098   1.021  -0.910\n+    7GLN    HB2   73   2.128   0.948  -0.749\n+    7GLN     CG   74   2.265   0.878  -0.901\n+    7GLN    HG1   75   2.333   0.834  -0.825\n+    7GLN    HG2   76   2.327   0.921  -0.984\n+    7GLN     CD   77   2.181   0.767  -0.962\n+    7GLN    OE1   78   2.190   0.744  -1.082\n+    7GLN    NE2   79   2.097   0.701  -0.879\n+    7GLN   HE21   80   2.085   0.731  -0.785\n+    7GLN   HE22   81   2.035   0.634  -0.921\n+    7GLN      C   82   2.183   1.207  -0.712\n+    7GLN      O   83   2.176   1.194  -0.590\n+    8SER      N   84   2.125   1.313  -0.770\n+    8SER     HN   85   2.120   1.326  -0.868\n+ '..b'68   1.454\n+   42SOD    SOD61564  -0.047   2.795  -1.594\n+   43SOD    SOD61565  -3.119   1.785  -0.175\n+   44SOD    SOD61566   3.692   3.565   2.568\n+   45SOD    SOD61567   1.160  -2.677   0.405\n+   46SOD    SOD61568   2.182   2.098  -4.358\n+   47SOD    SOD61569   2.499  -3.552   3.622\n+   48SOD    SOD61570  -3.150   2.637   2.545\n+   49SOD    SOD61571  -3.611  -1.369  -0.304\n+   50SOD    SOD61572   3.179   4.217  -1.914\n+   51SOD    SOD61573  -1.544   3.385   3.985\n+   52SOD    SOD61574   3.906   3.226   3.286\n+   53SOD    SOD61575  -1.400   1.258  -2.542\n+   54SOD    SOD61576   0.624   4.043   2.421\n+   55SOD    SOD61577  -0.572  -3.952   2.807\n+   56SOD    SOD61578  -2.287   2.496  -1.486\n+   57SOD    SOD61579  -4.296  -1.353   4.117\n+   58SOD    SOD61580   4.009   2.333  -1.543\n+   59SOD    SOD61581   3.981   3.781  -3.393\n+   60SOD    SOD61582  -2.801  -0.902   2.131\n+   61SOD    SOD61583   0.054   2.141  -3.123\n+   62SOD    SOD61584   1.742  -1.695  -3.684\n+   63SOD    SOD61585  -1.328   3.677   3.172\n+   64SOD    SOD61586   2.023  -1.550   1.871\n+   65SOD    SOD61587  -3.781   1.811   2.706\n+   66SOD    SOD61588  -1.564   0.724   2.624\n+   67SOD    SOD61589  -1.457  -1.438   1.916\n+   68SOD    SOD61590   3.938  -1.495  -0.104\n+   69SOD    SOD61591  -4.177   0.685  -3.156\n+   70SOD    SOD61592  -3.475  -2.557   3.364\n+   71SOD    SOD61593   3.843  -1.704   1.945\n+   72SOD    SOD61594  -3.065   1.131  -3.142\n+   73SOD    SOD61595   2.911   3.091   3.254\n+   74SOD    SOD61596  -0.146  -3.447  -3.468\n+   75SOD    SOD61597   4.142   1.150   2.128\n+    1CLA    CLA61598   3.723   3.931  -0.432\n+    2CLA    CLA61599   0.598  -3.410  -1.411\n+    3CLA    CLA61600   0.305  -4.033   0.027\n+    4CLA    CLA61601  -2.918  -1.991  -2.129\n+    5CLA    CLA61602   3.212   2.681  -1.461\n+    6CLA    CLA61603  -1.276   3.890   3.970\n+    7CLA    CLA61604  -4.135  -0.631  -2.109\n+    8CLA    CLA61605  -4.010   1.992   2.188\n+    9CLA    CLA61606  -3.787  -1.064  -2.665\n+   10CLA    CLA61607  -2.251   4.155   1.278\n+   11CLA    CLA61608   3.522   3.373  -3.509\n+   12CLA    CLA61609  -4.010   0.565  -0.240\n+   13CLA    CLA61610   3.902  -1.240  -4.037\n+   14CLA    CLA61611   1.826  -3.945   2.374\n+   15CLA    CLA61612   0.618   4.143  -3.510\n+   16CLA    CLA61613   2.436   1.511   3.939\n+   17CLA    CLA61614   0.689   2.163  -1.864\n+   18CLA    CLA61615   2.174   0.614   3.695\n+   19CLA    CLA61616   3.731  -0.836   3.639\n+   20CLA    CLA61617  -0.300  -2.083   2.310\n+   21CLA    CLA61618   0.286   1.863  -2.782\n+   22CLA    CLA61619   0.444  -1.592   4.280\n+   23CLA    CLA61620  -3.682  -0.965   2.751\n+   24CLA    CLA61621   3.059  -2.653  -1.385\n+   25CLA    CLA61622   0.268   1.480   3.096\n+   26CLA    CLA61623   2.985  -1.145  -1.289\n+   27CLA    CLA61624   4.257  -1.638   3.915\n+   28CLA    CLA61625   2.109   2.268   2.707\n+   29CLA    CLA61626   3.148   2.184  -0.946\n+   30CLA    CLA61627  -4.279   3.311  -4.200\n+   31CLA    CLA61628   4.121   2.646   2.804\n+   32CLA    CLA61629   3.133  -2.321   3.087\n+   33CLA    CLA61630  -1.188   2.475   1.768\n+   34CLA    CLA61631   4.251   4.197   2.967\n+   35CLA    CLA61632  -2.115  -2.591   4.099\n+   36CLA    CLA61633  -1.664   3.340  -2.049\n+   37CLA    CLA61634   2.401   1.685   0.376\n+   38CLA    CLA61635  -0.304  -2.623  -0.695\n+   39CLA    CLA61636  -2.524  -2.953  -1.453\n+   40CLA    CLA61637   3.494  -2.888  -3.669\n+   41CLA    CLA61638  -3.591  -0.671   0.327\n+   42CLA    CLA61639  -3.097   0.461  -3.295\n+   43CLA    CLA61640  -0.581   1.524   4.242\n+   44CLA    CLA61641   3.940   1.881  -1.383\n+   45CLA    CLA61642  -1.581   2.921  -3.738\n+   46CLA    CLA61643   0.009  -3.649  -3.486\n+   47CLA    CLA61644  -1.288  -4.010   3.837\n+   48CLA    CLA61645  -2.419   1.919   3.696\n+   49CLA    CLA61646   1.622  -1.819  -2.941\n+   50CLA    CLA61647   3.465  -0.771  -3.287\n+   51CLA    CLA61648  -2.032  -3.900   0.685\n+   52CLA    CLA61649  -2.845   0.061  -2.584\n+   0.00000   0.00000   0.00000\n'
b
diff -r 489b25966bb9 -r 312f912de69d test-data/test.xtc
b
Binary file test-data/test.xtc has changed