Repository 'cardinal_mz_images'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/galaxyp/cardinal_mz_images

Changeset 9:08ebd8da780c (2020-09-24)
Previous changeset 8:a69865da6f80 (2020-05-13) Next changeset 10:7828af552085 (2020-09-27)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/cardinal commit 6e8b69ee3aff3c93f745a5de11cc9169130f2e5e"
modified:
macros.xml
mz_images.xml
test-data/112_auto_combined.ibd
test-data/112_auto_combined.imzml
test-data/112_auto_combined.imzml.txt
test-data/112_auto_combined_QC.pdf
test-data/123_combined.ibd
test-data/123_combined.imzml
test-data/123_combined.imzml.txt
test-data/123_combined_QC.pdf
test-data/123_combined_auto.ibd
test-data/123_combined_auto.imzml
test-data/123_combined_auto.imzml.txt
test-data/123_combined_auto.pdf
test-data/12_combined.ibd
test-data/12_combined.imzml
test-data/12_combined.imzml.txt
test-data/12_combined_QC.pdf
test-data/2123_auto_combined.ibd
test-data/2123_auto_combined.imzml
test-data/2123_auto_combined.imzml.txt
test-data/2123_auto_combined_QC.pdf
test-data/Heatmaps_LM8_file16.pdf
test-data/Heatmaps_analyze75.pdf
test-data/Heatmaps_imzml.pdf
test-data/Heatmaps_processed.pdf
test-data/Heatmaps_rdata.pdf
test-data/Plot_analyze75.pdf
test-data/Plot_analyze75_allpixels.pdf
test-data/Plot_imzml.pdf
test-data/Plot_picked.pdf
test-data/Plot_processed.pdf
test-data/Plot_rdata.pdf
test-data/QC_analyze75.pdf
test-data/QC_empty_spectra.pdf
test-data/QC_imzml.pdf
test-data/QC_rdata.pdf
test-data/analyze75_filtered2.pdf
test-data/centroids_proc.pdf
test-data/centroids_rdata.pdf
test-data/cluster_skm.RData
test-data/imzml_filtered3.pdf
test-data/imzml_filtered4.pdf
test-data/imzml_filtered5.pdf
test-data/imzml_filtered8.pdf
test-data/kmeans_analyze.pdf
test-data/out3.ibd
test-data/out3.imzml
test-data/out3.imzml.txt
test-data/out4.ibd
test-data/out4.imzml
test-data/out4.imzml.txt
test-data/out5.ibd
test-data/out5.imzml
test-data/out5.imzml.txt
test-data/out6.ibd
test-data/out6.imzml
test-data/out6.imzml.txt
test-data/out7.ibd
test-data/out7.imzml
test-data/out7.imzml.txt
test-data/out8.ibd
test-data/out8.imzml
test-data/out8.imzml.txt
test-data/pca_imzml.pdf
test-data/picked.ibd
test-data/picked.imzml
test-data/picked.imzml.txt
test-data/picked_QC.pdf
test-data/preprocessing_results4.imzml
test-data/preprocessing_results4.imzml.txt
test-data/preprocessing_results4.pdf
test-data/rdata_notfiltered.pdf
test-data/test1.pdf
test-data/test2.pdf
test-data/test2.rdata
test-data/test3.pdf
test-data/test4.pdf
test-data/test4.rdata
test-data/test5.pdf
test-data/test6.pdf
test-data/test6.rdata
test-data/test7.pdf
test-data/test7.rdata
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c macros.xml
--- a/macros.xml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/macros.xml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
[
@@ -1,10 +1,10 @@
 <macros>
-    <token name="@VERSION@">2.4.0</token>
+    <token name="@VERSION@">2.6.0</token>
 
     <xml name="requirements">
         <requirements>
             <requirement type="package" version="@VERSION@">bioconductor-cardinal</requirement>
-            <requirement type="package" version="3.6.1">r-base</requirement>
+            <!--requirement type="package" version="3.6.1">r-base</requirement-->
             <yield/>
         </requirements>
     </xml>
@@ -175,7 +175,7 @@
 
             - imzml file (upload imzml and ibd file via the "composite" function) `Introduction to the imzml format <https://ms-imaging.org/wp/imzml/>`_
             - Analyze7.5 (upload hdr, img and t2m file via the "composite" function)
-            - Cardinal "MSImageSet" data saved as .RData
+            - Cardinal "MSImageSet" or "MSImagingExperiment" saved as .RData
     ]]></token>
     <token name="@MZ_TABULAR_INPUT_DESCRIPTION@"><![CDATA[
         - Optional tabular file with m/z values: 
@@ -243,7 +243,7 @@
             </param>
             <when value="no_processed"/>
             <when value="processed">
-                <param name="accuracy" type="float" value="50" label="Mass accuracy to which the m/z values will be binned" help="This should be set to the native accuracy of the mass spectrometer, if known"/>
+                <param name="accuracy" type="float" value="50" label="Mass accuracy to which the m/z values will be binned"/>
                 <param name="units" display="radio" type="select" label="Unit of the mass accuracy" help="either m/z or ppm">
                     <option value="mz" >mz</option>
                     <option value="ppm" selected="True" >ppm</option>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c mz_images.xml
--- a/mz_images.xml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/mz_images.xml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
[
@@ -64,7 +64,8 @@
         for (mass in 1:length(inputmz)){
 
                 print(image(msidata, mz=inputmz[mass],plusminus = $plusminus_dalton, normalize.image="$normalize_image", contrast.enhance = "$image_contrast", 
-                smooth.image = "$image_smoothing", strip=$strip, colorkey=$colorkey, colorscale=$colorscale, ylim= c(maximumy,minimumy)))}
+                smooth.image = "$image_smoothing", colorkey=$colorkey, colorscale=$colorscale, ylim= c(maximumy,minimumy)))
+                title(inputnames[mass], adj = 0.5, line = 1)}
 
 
         ## optional svg output with original coordinates
@@ -99,7 +100,7 @@
 
              legend("$overlay_cond.legend_position",
                        fill=colourvector,
-                      legend=as.numeric(sort(as.character(inputmz))))
+                      legend=as.numeric(inputmz))
         #end if
 
     } else {print("The input m/z were invalid")}
@@ -134,7 +135,6 @@
             <option value="plasma">plasma</option>
             <option value="inferno">inferno</option>
         </param>
-        <param name="strip" type="boolean" checked="True" truevalue="TRUE" falsevalue="FALSE" label="Display m/z value in plot"/>
         <param name="colorkey" type="boolean" checked="True" truevalue="TRUE" falsevalue="FALSE" label="Display colorkey in plot"/>
         <param name="normalize_image" type="boolean" truevalue="linear" falsevalue="none" label="Linear normalization of image"/>
         <param name="svg_pixelimage" type="boolean" label="Export first valid m/z from tabular file as SVG"/>
@@ -182,7 +182,6 @@
             <param name="plusminus_dalton" value="0.25"/>
             <param name="filename" value="Testfile_imzml"/>
             <param name="image_contrast" value="histogram"/>
-            <param name="strip" value="True"/>
             <param name="colorkey" value="True"/>
             <output name="plots" file="Heatmaps_imzml.pdf" ftype="pdf" compare="sim_size"/>
         </test>
@@ -195,7 +194,6 @@
             <param name="filename" value="Testfile_analyze75"/>
             <param name="colorscale" value="magma"/>
             <param name="image_smoothing" value="gaussian"/>
-            <param name="strip" value="False"/>
             <param name="colorkey" value="True"/>
             <param name="svg_pixelimage" value="True"/>
             <output name="plots" file="Heatmaps_analyze75.pdf" ftype="pdf" compare="sim_size"/>
@@ -207,7 +205,6 @@
             <param name="mz_column" value="1"/>
             <param name="name_column" value="2"/>
             <param name="plusminus_dalton" value="0.5"/>
-            <param name="strip" value="True"/>
             <param name="colorkey" value="True"/>
             <param name="filename" value="Testfile_rdata"/>
             <output name="plots" file="Heatmaps_rdata.pdf" ftype="pdf" compare="sim_size"/>
@@ -219,7 +216,6 @@
             <param name="name_column" value="1"/>
             <param name="plusminus_dalton" value="0.5"/>
             <param name="colorscale" value="plasma"/>
-            <param name="strip" value="True"/>
             <param name="colorkey" value="False"/>
             <param name="filename" value="Testfile_rdata"/>
             <output name="plots" file="Heatmaps_LM8_file16.pdf" ftype="pdf" compare="sim_size"/>
@@ -228,7 +224,7 @@
             <expand macro="processed_infile_imzml"/>
             <conditional name="processed_cond">
                 <param name="processed_file" value="processed"/>
-                <param name="accuracy" value="100"/>
+                <param name="accuracy" value="200"/>
                 <param name="units" value="ppm"/>
             </conditional>
             <param name="calibrant_file" value="inputpeptides.tabular" ftype="tabular"/>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/112_auto_combined.ibd
b
Binary file test-data/112_auto_combined.ibd has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/112_auto_combined.imzml
--- a/test-data/112_auto_combined.imzml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/112_auto_combined.imzml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -9,8 +9,8 @@
  <fileContent>
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000128" name="profile spectrum" value="" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="de720b1f-c3fa-4596-b054-284efaff29fc" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="040b9782d76e25ebe9a6b7c27fdda7e27e711674" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="23f1e1c8-aaa5-4d04-ab81-da14f7d24507" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="b2e009b6e72791420e704b751b4fc1a0f36bf420" />
  <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />
  </fileContent>
  </fileDescription>
@@ -42,7 +42,7 @@
  </sample>
  </sampleList>
  <softwareList count="1">
- <software id="Cardinal" version="2.4.0">
+ <software id="Cardinal" version="2.6.0">
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000799" name="custom unreleased software tool" value="" />
  </software>
  </softwareList>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/112_auto_combined.imzml.txt
--- a/test-data/112_auto_combined.imzml.txt Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/112_auto_combined.imzml.txt Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 556
--rw-r--r-- 1 meli meli 537552 Apr 21 12:46 ibd
--rw-r--r-- 1 meli meli  27497 Apr 21 12:46 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 537552 Aug 30 13:50 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli  27497 Aug 30 13:50 imzml
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/112_auto_combined_QC.pdf
b
Binary file test-data/112_auto_combined_QC.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/123_combined.ibd
b
Binary file test-data/123_combined.ibd has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/123_combined.imzml
--- a/test-data/123_combined.imzml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/123_combined.imzml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -9,8 +9,8 @@
  <fileContent>
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000128" name="profile spectrum" value="" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="c9f19079-a92c-4995-b4ee-48d2766994a8" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="889b1020d3d844330f13a360be4b2bd0b65d11a1" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="383dcc6e-fa4e-4ffe-8523-9cd0c3bd2571" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="2cd98028c7ab9bd53b698168b508a0ac74f256c9" />
  <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />
  </fileContent>
  </fileDescription>
@@ -42,7 +42,7 @@
  </sample>
  </sampleList>
  <softwareList count="1">
- <software id="Cardinal" version="2.4.0">
+ <software id="Cardinal" version="2.6.0">
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000799" name="custom unreleased software tool" value="" />
  </software>
  </softwareList>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/123_combined.imzml.txt
--- a/test-data/123_combined.imzml.txt Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/123_combined.imzml.txt Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 452
--rw-r--r-- 1 meli meli 436764 Apr 21 12:41 ibd
--rw-r--r-- 1 meli meli  22855 Apr 21 12:41 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 436764 Aug 30 13:46 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli  22855 Aug 30 13:46 imzml
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/123_combined_QC.pdf
b
Binary file test-data/123_combined_QC.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/123_combined_auto.ibd
b
Binary file test-data/123_combined_auto.ibd has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/123_combined_auto.imzml
--- a/test-data/123_combined_auto.imzml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/123_combined_auto.imzml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -9,8 +9,8 @@
  <fileContent>
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000128" name="profile spectrum" value="" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="386d1a7c-e065-4bf1-96a6-019586133b29" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="9bdafd878211e7d0c8fd0ef11bd534cbacfe7d40" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="ae23e625-6ac2-4a33-be4a-b73af67bc0dd" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="1b81e4b14567ea9da1177c0490f636d0823b2aac" />
  <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />
  </fileContent>
  </fileDescription>
@@ -42,7 +42,7 @@
  </sample>
  </sampleList>
  <softwareList count="1">
- <software id="Cardinal" version="2.4.0">
+ <software id="Cardinal" version="2.6.0">
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000799" name="custom unreleased software tool" value="" />
  </software>
  </softwareList>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/123_combined_auto.imzml.txt
--- a/test-data/123_combined_auto.imzml.txt Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/123_combined_auto.imzml.txt Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 452
--rw-r--r-- 1 meli meli 436764 Apr 21 12:43 ibd
--rw-r--r-- 1 meli meli  22860 Apr 21 12:43 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 436764 Aug 30 13:48 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli  22860 Aug 30 13:48 imzml
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/123_combined_auto.pdf
b
Binary file test-data/123_combined_auto.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/12_combined.ibd
b
Binary file test-data/12_combined.ibd has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/12_combined.imzml
--- a/test-data/12_combined.imzml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/12_combined.imzml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -9,8 +9,8 @@
  <fileContent>
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000128" name="profile spectrum" value="" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="57f26041-833d-4843-ba25-0037f2c35f51" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="c271b37214900da9960cd3bcb748cc5bc377cfec" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="85ec7820-8e87-4fb2-b74a-5b9cd8cf24d6" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="d8a4e14091441873e8969f3b6b249f55b4d95146" />
  <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />
  </fileContent>
  </fileDescription>
@@ -42,7 +42,7 @@
  </sample>
  </sampleList>
  <softwareList count="1">
- <software id="Cardinal" version="2.4.0">
+ <software id="Cardinal" version="2.6.0">
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000799" name="custom unreleased software tool" value="" />
  </software>
  </softwareList>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/12_combined.imzml.txt
--- a/test-data/12_combined.imzml.txt Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/12_combined.imzml.txt Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 352
--rw-r--r-- 1 meli meli 335976 Apr 21 12:45 ibd
--rw-r--r-- 1 meli meli  18225 Apr 21 12:45 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 335976 Aug 30 13:49 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli  18225 Aug 30 13:49 imzml
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/12_combined_QC.pdf
b
Binary file test-data/12_combined_QC.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/2123_auto_combined.ibd
b
Binary file test-data/2123_auto_combined.ibd has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/2123_auto_combined.imzml
--- a/test-data/2123_auto_combined.imzml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/2123_auto_combined.imzml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -9,8 +9,8 @@
  <fileContent>
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000128" name="profile spectrum" value="" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="1c0a127a-8417-47ef-a049-553b9d56de81" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="5113bf7d09e0b1a584238aa6c5242f50eeef839b" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="d5abe155-9afd-4249-aaf3-8fc631c1fd10" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="3c93096f299dc50ca088d712feca19f8bf2d5152" />
  <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />
  </fileContent>
  </fileDescription>
@@ -42,7 +42,7 @@
  </sample>
  </sampleList>
  <softwareList count="1">
- <software id="Cardinal" version="2.4.0">
+ <software id="Cardinal" version="2.6.0">
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000799" name="custom unreleased software tool" value="" />
  </software>
  </softwareList>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/2123_auto_combined.imzml.txt
--- a/test-data/2123_auto_combined.imzml.txt Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/2123_auto_combined.imzml.txt Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 656
--rw-r--r-- 1 meli meli 638340 Apr 21 12:46 ibd
--rw-r--r-- 1 meli meli  32132 Apr 21 12:46 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 638340 Aug 30 13:50 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli  32132 Aug 30 13:50 imzml
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/2123_auto_combined_QC.pdf
b
Binary file test-data/2123_auto_combined_QC.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/Heatmaps_LM8_file16.pdf
b
Binary file test-data/Heatmaps_LM8_file16.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/Heatmaps_analyze75.pdf
b
Binary file test-data/Heatmaps_analyze75.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/Heatmaps_imzml.pdf
b
Binary file test-data/Heatmaps_imzml.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/Heatmaps_processed.pdf
b
Binary file test-data/Heatmaps_processed.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/Heatmaps_rdata.pdf
b
Binary file test-data/Heatmaps_rdata.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/Plot_analyze75.pdf
b
Binary file test-data/Plot_analyze75.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/Plot_analyze75_allpixels.pdf
b
Binary file test-data/Plot_analyze75_allpixels.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/Plot_imzml.pdf
b
Binary file test-data/Plot_imzml.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/Plot_picked.pdf
b
Binary file test-data/Plot_picked.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/Plot_processed.pdf
b
Binary file test-data/Plot_processed.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/Plot_rdata.pdf
b
Binary file test-data/Plot_rdata.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/QC_analyze75.pdf
b
Binary file test-data/QC_analyze75.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/QC_empty_spectra.pdf
b
Binary file test-data/QC_empty_spectra.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/QC_imzml.pdf
b
Binary file test-data/QC_imzml.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/QC_rdata.pdf
b
Binary file test-data/QC_rdata.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/analyze75_filtered2.pdf
b
Binary file test-data/analyze75_filtered2.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/centroids_proc.pdf
b
Binary file test-data/centroids_proc.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/centroids_rdata.pdf
b
Binary file test-data/centroids_rdata.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/cluster_skm.RData
b
Binary file test-data/cluster_skm.RData has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/imzml_filtered3.pdf
b
Binary file test-data/imzml_filtered3.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/imzml_filtered4.pdf
b
Binary file test-data/imzml_filtered4.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/imzml_filtered5.pdf
b
Binary file test-data/imzml_filtered5.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/imzml_filtered8.pdf
b
Binary file test-data/imzml_filtered8.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/kmeans_analyze.pdf
b
Binary file test-data/kmeans_analyze.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out3.ibd
b
Binary file test-data/out3.ibd has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out3.imzml
--- a/test-data/out3.imzml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/out3.imzml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -9,8 +9,8 @@
  <fileContent>
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000128" name="profile spectrum" value="" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="7cde7a72-9a6b-4ed9-a809-79ca20bf45b4" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="4a26497a6ddfc9a61e9c0e463e4c246c5d734f80" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="c6cc990a-d910-4c17-aedd-ceb204b4d105" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="ef8c4f864d0386736c986ebb4d4eb29a726e42d4" />
  <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />
  </fileContent>
  </fileDescription>
@@ -42,7 +42,7 @@
  </sample>
  </sampleList>
  <softwareList count="1">
- <software id="Cardinal" version="2.4.0">
+ <software id="Cardinal" version="2.6.0">
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000799" name="custom unreleased software tool" value="" />
  </software>
  </softwareList>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out3.imzml.txt
--- a/test-data/out3.imzml.txt Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/out3.imzml.txt Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 24
--rw-r--r-- 1 meli meli 9616 Mär 24 20:25 ibd
--rw-r--r-- 1 meli meli 8958 Mär 24 20:25 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 9616 Aug 23 17:39 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 8958 Aug 23 17:39 imzml
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out4.ibd
b
Binary file test-data/out4.ibd has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out4.imzml
--- a/test-data/out4.imzml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/out4.imzml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -9,8 +9,8 @@
  <fileContent>
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000128" name="profile spectrum" value="" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="b0dec95e-b66f-4c3f-86df-166d942f42c3" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="d9b557cf2c0e15a0cdd863e50897b07a55a26f31" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="78fa5a7c-8dc8-4ff1-ad77-b19714f285cb" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="64d40f8c65af1399e24d94569f4dd3fdbf43a901" />
  <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />
  </fileContent>
  </fileDescription>
@@ -42,7 +42,7 @@
  </sample>
  </sampleList>
  <softwareList count="1">
- <software id="Cardinal" version="2.4.0">
+ <software id="Cardinal" version="2.6.0">
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000799" name="custom unreleased software tool" value="" />
  </software>
  </softwareList>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out4.imzml.txt
--- a/test-data/out4.imzml.txt Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/out4.imzml.txt Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 44
--rw-r--r-- 1 meli meli 28792 Mär 24 19:23 ibd
--rw-r--r-- 1 meli meli 12046 Mär 24 19:23 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 28792 Aug 23 17:39 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 12046 Aug 23 17:39 imzml
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out5.ibd
b
Binary file test-data/out5.ibd has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out5.imzml
--- a/test-data/out5.imzml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/out5.imzml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -9,8 +9,8 @@
  <fileContent>
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000128" name="profile spectrum" value="" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="87b0ab73-abe6-4eb6-91ba-b6d493a343bc" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="9de3a02d0943ecda0717845511a8f7b8f58d1db7" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="30751422-deca-429e-9f8e-24639c108d6d" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="2c7f19c6447844039a112152c19f7cfd50dbf12e" />
  <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />
  </fileContent>
  </fileDescription>
@@ -42,7 +42,7 @@
  </sample>
  </sampleList>
  <softwareList count="1">
- <software id="Cardinal" version="2.4.0">
+ <software id="Cardinal" version="2.6.0">
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000799" name="custom unreleased software tool" value="" />
  </software>
  </softwareList>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out5.imzml.txt
--- a/test-data/out5.imzml.txt Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/out5.imzml.txt Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 20
--rw-r--r-- 1 meli meli   380 Mär 24 19:24 ibd
--rw-r--r-- 1 meli meli 13525 Mär 24 19:24 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli   380 Aug 23 17:40 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 13525 Aug 23 17:40 imzml
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out6.ibd
b
Binary file test-data/out6.ibd has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out6.imzml
--- a/test-data/out6.imzml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/out6.imzml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -9,8 +9,8 @@
  <fileContent>
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000128" name="profile spectrum" value="" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="8b625a26-987e-4e32-b7d4-729efe840814" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="78e6eb56507d789575ee0495e60f9d44a192c0dd" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="254b991f-92f5-46d5-8069-6f9ecd53b05a" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="0aaa784dc2a335da176a4bc2d12a43f2d18bdbf1" />
  <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />
  </fileContent>
  </fileDescription>
@@ -42,7 +42,7 @@
  </sample>
  </sampleList>
  <softwareList count="1">
- <software id="Cardinal" version="2.4.0">
+ <software id="Cardinal" version="2.6.0">
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000799" name="custom unreleased software tool" value="" />
  </software>
  </softwareList>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out6.imzml.txt
--- a/test-data/out6.imzml.txt Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/out6.imzml.txt Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 164
--rw-r--r-- 1 meli meli 146896 Mär 24 19:25 ibd
--rw-r--r-- 1 meli meli  18221 Mär 24 19:25 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 146896 Aug 23 17:41 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli  18221 Aug 23 17:41 imzml
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out7.ibd
b
Binary file test-data/out7.ibd has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out7.imzml
--- a/test-data/out7.imzml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/out7.imzml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -9,8 +9,8 @@
  <fileContent>
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000128" name="profile spectrum" value="" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="bf61653e-aa1a-4f9a-a84d-3ff3435ee7fe" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="352c33defde6728b7dfb83e18ed1c433fa4b8697" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="227ecc2e-a494-4018-afc5-45eaa790e812" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="e22162d1dd762607ca6d31c0b8892e0ae5a3a772" />
  <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />
  </fileContent>
  </fileDescription>
@@ -42,7 +42,7 @@
  </sample>
  </sampleList>
  <softwareList count="1">
- <software id="Cardinal" version="2.4.0">
+ <software id="Cardinal" version="2.6.0">
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000799" name="custom unreleased software tool" value="" />
  </software>
  </softwareList>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out7.imzml.txt
--- a/test-data/out7.imzml.txt Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/out7.imzml.txt Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 116
--rw-r--r-- 1 meli meli 95976 Mär 24 19:26 ibd
--rw-r--r-- 1 meli meli 18199 Mär 24 19:26 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 95976 Aug 23 17:41 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 18199 Aug 23 17:41 imzml
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out8.ibd
b
Binary file test-data/out8.ibd has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out8.imzml
--- a/test-data/out8.imzml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/out8.imzml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -9,8 +9,8 @@
  <fileContent>
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000128" name="profile spectrum" value="" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="ace74b18-25e2-4722-89f4-6eedc2b62ed8" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="41d580d8acf3e67df8b63f001fe941da7334861b" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="91ed729b-0b8d-49f6-b832-e4d3834fe733" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="efd09bddeebeb334efe9dffad3a4f3bed35442d1" />
  <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000031" name="processed" value="" />
  </fileContent>
  </fileDescription>
@@ -42,7 +42,7 @@
  </sample>
  </sampleList>
  <softwareList count="1">
- <software id="Cardinal" version="2.4.0">
+ <software id="Cardinal" version="2.6.0">
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000799" name="custom unreleased software tool" value="" />
  </software>
  </softwareList>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/out8.imzml.txt
--- a/test-data/out8.imzml.txt Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/out8.imzml.txt Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 348
--rw-r--r-- 1 meli meli 335976 Mär 24 19:27 ibd
--rw-r--r-- 1 meli meli  12402 Mär 24 19:27 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 335976 Aug 23 17:42 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli  12402 Aug 23 17:42 imzml
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/pca_imzml.pdf
b
Binary file test-data/pca_imzml.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/picked.ibd
b
Binary file test-data/picked.ibd has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/picked.imzml
--- a/test-data/picked.imzml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/picked.imzml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -8,8 +8,8 @@
  <fileDescription>
   <fileContent>
    <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum"/>
-   <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="{cb7c9edc-eee3-4159-a8a1-efdf5fc56a13}"/>
-   <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="f3e61f4699108e65bb678cfbbd6208be562f11c9"/>
+   <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="{19bd2a62-4cc1-4316-b173-25f1de3871f6}"/>
+   <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="ca84032e28aa3c04e4f41b74b85ccd1bd6e44107"/>
    <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000031" name="processed"/>
    <userParam name="MALDIquantForeign" value="MALDIquant object(s) exported to mzML"/>
   </fileContent>
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/picked.imzml.txt
--- a/test-data/picked.imzml.txt Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/picked.imzml.txt Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 192
--rw-r--r-- 1 meli meli 157984 Apr 21 12:42 ibd
--rw-r--r-- 1 meli meli  35012 Apr 21 12:42 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 157984 Aug 30 13:47 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli  35012 Aug 30 13:47 imzml
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/picked_QC.pdf
b
Binary file test-data/picked_QC.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/preprocessing_results4.imzml
--- a/test-data/preprocessing_results4.imzml Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/preprocessing_results4.imzml Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
b'@@ -9,8 +9,8 @@\n \t\t<fileContent>\n \t\t\t<cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />\n \t\t\t<cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000128" name="profile spectrum" value="" />\n-\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="c6122884-ceb5-46b6-9160-5d28e8862946" />\n-\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="03e4b58b8e63517605164e90b85fe93a851a9c5b" />\n+\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="9a685278-3bf0-48b5-b7c7-73a7a92625b2" />\n+\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="036c4b8bf3f2f5a42a223ffd0b895f08b0a65f36" />\n \t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />\n \t\t</fileContent>\n \t</fileDescription>\n@@ -42,7 +42,7 @@\n \t\t</sample>\n \t</sampleList>\n \t<softwareList count="1">\n-\t\t<software id="Cardinal" version="2.4.0">\n+\t\t<software id="Cardinal" version="2.6.0">\n \t\t\t<cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000799" name="custom unreleased software tool" value="" />\n \t\t</software>\n \t</softwareList>\n@@ -86,15 +86,15 @@\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n \t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1581" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6324" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1567" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6268" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="6340" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1581" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6324" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="6284" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1567" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6268" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n@@ -115,15 +115,15 @@\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n \t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1581" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6324" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1567" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6268" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="12664" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1581" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6324" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="12552" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1567" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6268" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n@@ -144,15 +144,15 @@\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n '..b'2" name="external offset" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1581" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6324" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1567" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6268" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="44284" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1581" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6324" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="43892" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1567" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6268" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n@@ -289,15 +289,15 @@\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n \t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1581" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6324" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1567" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6268" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="50608" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1581" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6324" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="50160" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1567" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6268" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n@@ -318,15 +318,15 @@\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n \t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1581" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6324" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1567" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6268" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="56932" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1581" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6324" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="56428" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="1567" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="6268" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n'
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/preprocessing_results4.imzml.txt
--- a/test-data/preprocessing_results4.imzml.txt Wed May 13 14:27:51 2020 -0400
+++ b/test-data/preprocessing_results4.imzml.txt Thu Sep 24 11:35:54 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 84
--rw-r--r-- 1 meli meli 63256 Mai 10 17:40 ibd
--rw-r--r-- 1 meli meli 18199 Mai 10 17:40 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 62696 Sep 20 11:48 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 18199 Sep 20 11:48 imzml
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/preprocessing_results4.pdf
b
Binary file test-data/preprocessing_results4.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/rdata_notfiltered.pdf
b
Binary file test-data/rdata_notfiltered.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/test1.pdf
b
Binary file test-data/test1.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/test2.pdf
b
Binary file test-data/test2.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/test2.rdata
b
Binary file test-data/test2.rdata has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/test3.pdf
b
Binary file test-data/test3.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/test4.pdf
b
Binary file test-data/test4.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/test4.rdata
b
Binary file test-data/test4.rdata has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/test5.pdf
b
Binary file test-data/test5.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/test6.pdf
b
Binary file test-data/test6.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/test6.rdata
b
Binary file test-data/test6.rdata has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/test7.pdf
b
Binary file test-data/test7.pdf has changed
b
diff -r a69865da6f80 -r 08ebd8da780c test-data/test7.rdata
b
Binary file test-data/test7.rdata has changed