Repository 'cardinal_mz_images'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/galaxyp/cardinal_mz_images

Changeset 13:a2b57ea6666e (2020-11-29)
Previous changeset 12:a95a82eb4d50 (2020-10-21) Next changeset 14:59e85306eae5 (2020-12-23)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/cardinal commit 39bd480e8813fa7a96b640150365577a69885d17-dirty"
modified:
mz_images.xml
test-data/Heatmaps_LM8_file16.pdf
test-data/Heatmaps_analyze75.pdf
test-data/Heatmaps_imzml.pdf
test-data/Heatmaps_processed.pdf
test-data/Heatmaps_rdata.pdf
test-data/centroids_proc.pdf
test-data/preprocessing_results1.ibd
test-data/preprocessing_results1.imzml
test-data/preprocessing_results1.imzml.txt
test-data/preprocessing_results1.pdf
test-data/preprocessing_results2.ibd
test-data/preprocessing_results2.imzml
test-data/preprocessing_results2.imzml.txt
test-data/preprocessing_results2.pdf
test-data/preprocessing_results3.ibd
test-data/preprocessing_results3.imzml
test-data/preprocessing_results3.imzml.txt
test-data/preprocessing_results3.pdf
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e mz_images.xml
--- a/mz_images.xml Wed Oct 21 22:58:11 2020 +0000
+++ b/mz_images.xml Sun Nov 29 23:23:01 2020 +0000
[
@@ -1,4 +1,4 @@
-<tool id="cardinal_mz_images" name="MSI mz images" version="@VERSION@.1">
+<tool id="cardinal_mz_images" name="MSI mz images" version="@VERSION@.2">
     <description>
         mass spectrometry imaging m/z heatmaps
     </description>
@@ -62,12 +62,19 @@
 
 ### only plot images when file has features and pixels: 
 par(mar=c(0,0,0,0), oma=c(0,0,0,1))## margin for image legend
+
+#if str($light_mode) == "white":
+    lightmode()
+#else
+    darkmode()
+#end if
+
 if (ncol(msidata)>0 & nrow(msidata) >0){
     if (length(inputmz) != 0){
         for (mass in 1:length(inputmz)){
 
                 print(image(msidata, mz=inputmz[mass],plusminus = $plusminus_dalton, normalize.image="$normalize_image", contrast.enhance = "$image_contrast", 
-                smooth.image = "$image_smoothing", colorkey=$colorkey, colorscale=$colorscale, ylim= c(maximumy,minimumy)))
+                smooth.image = "$image_smoothing", colorkey=$colorkey, colorscale=$colorscale, alpha.power=$alpha_power, ylim= c(maximumy,minimumy)))
                 title(inputnames[mass], adj = 0.5, line = 1)}
 
 
@@ -81,7 +88,12 @@
 
             svg(file="svg_pixel_output.svg", width=maximumx, height=maximumy)
             par(mar=c(0,0,0,0), oma=c(0,0,0,0))## no margin for svg
-            print(image(msidata, mz = inputmz[1],strip=FALSE, plusminus = $plusminus_dalton, colorscale=$colorscale, colorkey = FALSE,axes=FALSE, xlab=NA, ylab=NA,contrast.enhance = "$image_contrast", smooth.image = "$image_smoothing", normalize.image="$normalize_image"))
+     #if str($light_mode) == "white":
+         lightmode()
+     #else
+         darkmode()
+     #end if
+            print(image(msidata, mz = inputmz[1],strip=FALSE, plusminus = $plusminus_dalton,colorscale=$colorscale, colorkey = FALSE,axes=FALSE, xlab=NA, ylab=NA,contrast.enhance = "$image_contrast", smooth.image = "$image_smoothing", alpha.power=$alpha_power, normalize.image="$normalize_image"))
             dev.off()
         #end if
 
@@ -90,15 +102,14 @@
 
         #set $color_string = ','.join(['"%s"' % $color.feature_color for $color in $overlay_cond.colours])
         colourvector = c($color_string)
-            par(mar=c(0,0,0,0), oma=c(0,0,0,1))## margin for image legend
             print(image(msidata, mz=inputmz, 
                   plusminus = $plusminus_dalton,
-                  col=colourvector,
+                  col=colourvector, 
                   contrast.enhance = "$image_contrast", 
                   normalize.image="$normalize_image", 
                   smooth.image = "$image_smoothing",
                   superpose=TRUE, main="overlay of all m/z", 
-                  key=FALSE, 
+                  key=FALSE, alpha.power=$alpha_power,
                   ylim= c(maximumy,minimumy)))
 
              legend("$overlay_cond.legend_position",
@@ -121,7 +132,7 @@
         <expand macro="pdf_filename"/>
         <expand macro="reading_2_column_mz_tabular"/>
 
-        <param name="plusminus_dalton" value="0.25" type="float" label="m/z range" help="average of the m/z window will be computed"/>
+        <param name="plusminus_dalton" value="0.25" type="float" label="plusminus m/" help="m/z range to add on either side of the given m/z to create a window in which the mean of all intensities will be computed"/>
         <param name="image_contrast" type="select" label="Contrast enhancement" help="The 'histogram' equalization method flatterns the distribution of intensities. The hotspot 'suppression' method uses thresholding to reduce the intensities of hotspots">
             <option value="none" selected="True">none</option>
             <option value="suppression">suppression</option>
@@ -138,6 +149,11 @@
             <option value="plasma">plasma</option>
             <option value="inferno">inferno</option>
         </param>
+        <param name="light_mode" type="select" display="radio" label="Image Background">
+            <option value="white" selected="True">white</option>
+            <option value="black">black</option>
+        </param>
+        <param name="alpha_power" type="float" value="1" label="Alpha power" help="Opacity scaling factor (1 is linear)"/>
         <param name="colorkey" type="boolean" checked="True" truevalue="TRUE" falsevalue="FALSE" label="Display colorkey in plot"/>
         <param name="normalize_image" type="boolean" truevalue="linear" falsevalue="none" label="Linear normalization of image"/>
         <param name="svg_pixelimage" type="boolean" label="Export first valid m/z from tabular file as SVG"/>
@@ -233,6 +249,7 @@
             <param name="calibrant_file" value="inputpeptides.tabular" ftype="tabular"/>
             <param name="mz_column" value="1"/>
             <param name="name_column" value="2"/>
+            <param name="light_mode" value="black"/>
             <conditional name="overlay_cond">
                 <param name="overlay_selection" value="yes_overlay"/>
                 <repeat name="colours">
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/Heatmaps_LM8_file16.pdf
b
Binary file test-data/Heatmaps_LM8_file16.pdf has changed
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/Heatmaps_analyze75.pdf
b
Binary file test-data/Heatmaps_analyze75.pdf has changed
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/Heatmaps_imzml.pdf
b
Binary file test-data/Heatmaps_imzml.pdf has changed
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/Heatmaps_processed.pdf
b
Binary file test-data/Heatmaps_processed.pdf has changed
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/Heatmaps_rdata.pdf
b
Binary file test-data/Heatmaps_rdata.pdf has changed
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/centroids_proc.pdf
b
Binary file test-data/centroids_proc.pdf has changed
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/preprocessing_results1.ibd
b
Binary file test-data/preprocessing_results1.ibd has changed
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/preprocessing_results1.imzml
--- a/test-data/preprocessing_results1.imzml Wed Oct 21 22:58:11 2020 +0000
+++ b/test-data/preprocessing_results1.imzml Sun Nov 29 23:23:01 2020 +0000
b
b'@@ -9,8 +9,8 @@\n \t\t<fileContent>\n \t\t\t<cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />\n \t\t\t<cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000127" name="centroid spectrum" value="" />\n-\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="07177fdd-3760-4df6-8fe2-53d28b280ae8" />\n-\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="749fe32c8243da06001cf4643c5ce4f1ef5a98a8" />\n+\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="22bd3147-231d-4076-b6bd-67c1fa7c6ef3" />\n+\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="831eba0fc850529d1351bcbb1baf779fe0773e1b" />\n \t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />\n \t\t</fileContent>\n \t</fileDescription>\n@@ -86,15 +86,15 @@\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n \t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="5" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="20" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="8" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="32" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="36" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="5" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="20" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="48" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="8" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="32" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n@@ -115,15 +115,15 @@\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n \t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="5" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="20" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="8" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="32" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="56" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="5" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="20" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="80" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="8" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="32" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n@@ -144,15 +144,15 @@\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n \t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="5" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="20" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="exter'..b'upRef ref="mzArray" />\n \t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="5" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="20" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="8" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="32" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="156" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="5" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="20" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="240" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="8" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="32" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n@@ -289,15 +289,15 @@\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n \t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="5" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="20" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="8" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="32" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="176" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="5" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="20" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="272" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="8" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="32" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n@@ -318,15 +318,15 @@\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n \t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="5" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="20" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="8" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="32" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="196" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="5" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="20" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="304" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="8" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="32" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n'
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/preprocessing_results1.imzml.txt
--- a/test-data/preprocessing_results1.imzml.txt Wed Oct 21 22:58:11 2020 +0000
+++ b/test-data/preprocessing_results1.imzml.txt Sun Nov 29 23:23:01 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 24
--rw-rw-r-- 1 meli meli   216 Oct  5 19:57 ibd
--rw-rw-r-- 1 meli meli 18090 Oct  5 19:57 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli   336 Nov 29 01:14 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 18092 Nov 29 01:14 imzml
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/preprocessing_results1.pdf
b
Binary file test-data/preprocessing_results1.pdf has changed
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/preprocessing_results2.ibd
b
Binary file test-data/preprocessing_results2.ibd has changed
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/preprocessing_results2.imzml
--- a/test-data/preprocessing_results2.imzml Wed Oct 21 22:58:11 2020 +0000
+++ b/test-data/preprocessing_results2.imzml Sun Nov 29 23:23:01 2020 +0000
b
@@ -9,8 +9,8 @@
  <fileContent>
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />
  <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000127" name="centroid spectrum" value="" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="503079b4-538a-4be6-b70d-e52542c66482" />
- <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="a597fe6a0184ef339105b3a932f58726a9af549b" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="ebbd9c5a-19a7-4db5-91e0-858065743606" />
+ <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="471a838ffd01331ad8e6d23a59004e05745bf39c" />
  <cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />
  </fileContent>
  </fileDescription>
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/preprocessing_results2.imzml.txt
--- a/test-data/preprocessing_results2.imzml.txt Wed Oct 21 22:58:11 2020 +0000
+++ b/test-data/preprocessing_results2.imzml.txt Sun Nov 29 23:23:01 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 64
--rw-rw-r-- 1 meli meli 37404 Oct  5 19:57 ibd
--rw-rw-r-- 1 meli meli 22796 Oct  5 19:57 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 37404 Nov 29 18:03 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 22796 Nov 29 18:03 imzml
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/preprocessing_results2.pdf
b
Binary file test-data/preprocessing_results2.pdf has changed
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/preprocessing_results3.ibd
b
Binary file test-data/preprocessing_results3.ibd has changed
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/preprocessing_results3.imzml
--- a/test-data/preprocessing_results3.imzml Wed Oct 21 22:58:11 2020 +0000
+++ b/test-data/preprocessing_results3.imzml Sun Nov 29 23:23:01 2020 +0000
b
b'@@ -9,9 +9,9 @@\n \t\t<fileContent>\n \t\t\t<cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000579" name="MS1 spectrum" value="" />\n \t\t\t<cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000127" name="centroid spectrum" value="" />\n-\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="be549a7e-87af-4413-9b4c-27221f55ee9a" />\n-\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="4ee7ca6fb3f60e1adbe196068f86bc3209bace58" />\n-\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000031" name="processed" value="" />\n+\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000080" name="universally unique identifier" value="476b127d-a8e1-4595-aae9-e9245db50d28" />\n+\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000091" name="ibd SHA-1" value="8a36ea2658fcfc8cfa9ae4d0dd73cd7ed2f5b96f" />\n+\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000030" name="continuous" value="" />\n \t\t</fileContent>\n \t</fileDescription>\n \t<referenceableParamGroupList count="4">\n@@ -86,15 +86,15 @@\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n \t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="64" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="36" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="144" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="80" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="16" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="64" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="160" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="36" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="144" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n@@ -114,16 +114,16 @@\n \t\t\t\t<binaryDataArrayList count="2">\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="144" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="5" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="20" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="36" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="144" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="164" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="5" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="20" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="304" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="36" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="144" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n@@ -143,16 +143,16 @@\n \t\t\t\t<binaryDataArrayList count="2">\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:100'..b'external offset" value="16" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="36" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="144" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="740" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="17" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="68" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="1024" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="36" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="144" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n@@ -288,16 +288,16 @@\n \t\t\t\t<binaryDataArrayList count="2">\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="808" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="8" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="32" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="36" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="144" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="840" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="8" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="32" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="1168" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="36" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="144" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n@@ -317,16 +317,16 @@\n \t\t\t\t<binaryDataArrayList count="2">\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="mzArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="872" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="11" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="44" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="16" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="36" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="144" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t\t<binaryDataArray encodedLength="0">\n \t\t\t\t\t\t<referenceableParamGroupRef ref="intensityArray" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="916" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="11" />\n-\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="44" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000102" name="external offset" value="1312" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000103" name="external array length" value="36" />\n+\t\t\t\t\t\t<cvParam cvRef="IMS" accession="IMS:1000104" name="external encoded length" value="144" />\n \t\t\t\t\t\t<binary />\n \t\t\t\t\t</binaryDataArray>\n \t\t\t\t</binaryDataArrayList>\n'
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/preprocessing_results3.imzml.txt
--- a/test-data/preprocessing_results3.imzml.txt Wed Oct 21 22:58:11 2020 +0000
+++ b/test-data/preprocessing_results3.imzml.txt Sun Nov 29 23:23:01 2020 +0000
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 imzML file:
 total 24
--rw-rw-r-- 1 meli meli   960 Oct  5 19:58 ibd
--rw-rw-r-- 1 meli meli 18112 Oct  5 19:58 imzml
+-rw-rw-r-- 1 meli meli  1456 Nov 29 18:04 ibd
+-rw-rw-r-- 1 meli meli 18133 Nov 29 18:04 imzml
b
diff -r a95a82eb4d50 -r a2b57ea6666e test-data/preprocessing_results3.pdf
b
Binary file test-data/preprocessing_results3.pdf has changed