Repository 'gmx_sim'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/gmx_sim

Changeset 9:a97dcfc23b4b (2020-05-20)
Previous changeset 8:4b4232c98b6e (2020-05-08) Next changeset 10:f197e34c33a9 (2020-10-20)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs commit 7a25958195ccc8f448dd64ddcc36e8f5e5979d8b"
modified:
macros.xml
sim.xml
test-data/complex.gro
test-data/complex.top
test-data/index.ndx
test-data/md.mdp
test-data/minim.mdp
test-data/newbox.gro
test-data/npt.cpt
test-data/npt.tpr
test-data/npt.xtc
test-data/nvt.xtc
test-data/posre_cl.itp
test-data/posres.itp
test-data/processed.gro
test-data/solv.gro
test-data/topol.top
test-data/topol_solv.top
test-data/trjcat.xtc
test-data/trjconv.xtc
added:
test-data/init.pdb
test-data/newbox.pdb
test-data/outp.edr
test-data/outp.tabular
test-data/outp.xvg
test-data/str_ions.gro
removed:
test-data/1AKI.pdb
test-data/em.edr
test-data/em.gro
test-data/em.tpr
test-data/em.trr
test-data/ions.mdp
test-data/ions.tpr
test-data/md_0_1.cpt
test-data/md_0_1.edr
test-data/md_0_1.gro
test-data/md_0_1.ndx
test-data/md_0_1.pdb
test-data/md_0_1.tabular
test-data/md_0_1.tpr
test-data/md_0_1.trr
test-data/md_0_1.xtc
test-data/md_0_1.xvg
test-data/npt.edr
test-data/npt.gro
test-data/npt.mdp
test-data/npt.pdb
test-data/npt.trr
test-data/nvt.cpt
test-data/nvt.edr
test-data/nvt.gro
test-data/nvt.mdp
test-data/nvt.pdb
test-data/nvt.tpr
test-data/nvt.trr
test-data/solv_ions.gro
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b macros.xml
--- a/macros.xml Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/macros.xml Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
@@ -1,8 +1,8 @@
 <macros>
-    <token name="@VERSION@">2019.1.5</token>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">2020.2</token>
     <xml name="requirements">
         <requirements>
-            <requirement type="package" version="2019.1">gromacs</requirement>
+            <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">gromacs</requirement>
         </requirements>
     </xml>
     <xml name="citations">
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b sim.xml
--- a/sim.xml Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/sim.xml Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
[
@@ -1,7 +1,8 @@
-<tool id="gmx_sim" name="GROMACS simulation" version="@VERSION@.1">
+<tool id="gmx_sim" name="GROMACS simulation" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@GALAXY_VERSION@">
     <description>for system equilibration or data collection</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
+        <token name="@GALAXY_VERSION@">0</token>
     </macros>
     <expand macro="requirements" />
     <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
@@ -43,8 +44,16 @@
             -o outp.tpr &>> verbose.txt &&
 
 
-        gmx mdrun -nt "\${GALAXY_SLOTS:-4}" -deffnm outp &>> verbose.txt

+        gmx mdrun
+            -nt "\${GALAXY_SLOTS:-4}"
+            ## GPU
+            #if "\${GROMACS_GPU:-0}" == 1:
+                -ntmpi 1
+                -nb gpu
+                -pme gpu
+            #end if
+            -deffnm outp &>> verbose.txt
+
         #if $outps.str == 'pdb' or $outps.str == 'both'
             && gmx editconf -f outp.gro -o outp.pdb &>> verbose.txt
         #end if
@@ -259,7 +268,7 @@
 
     <tests>
         <test expect_num_outputs="3">
-            <param name="gro_input" value="npt.gro" />
+            <param name="gro_input" value="str_ions.gro" />
             <param name="top_input" value="topol_solv.top" />
             <!-- <param name="cpt_bool" value="yes" /> -->
             <param name="cpt_in" value="npt.cpt" />
@@ -271,23 +280,27 @@
             <param name="tpr_out" value="true"/>
             <param name="ensemble" value="npt" />
             <!-- <param name="posres_bool" value="false" /> -->
-            <output name="output1" file="md_0_1.gro" ftype="gro" compare="sim_size"/>
-            <output name="output3" file="md_0_1.trr" ftype="trr" compare="sim_size"/>
-            <output name="output8" file="md_0_1.tpr" ftype="binary" compare="sim_size"/>
-            <!-- <output name="output1" ftype="gro">
+            <output name="output1" ftype="gro">
                 <assert_contents>
-                    <has_size value="2647999" />
+                    <has_size value="6537" />
+                    <has_n_lines n="97" />
+                    <has_line line="TEST in water" />
                 </assert_contents>
             </output>
             <output name="output3" ftype="trr">
                 <assert_contents>
-                    <has_size value="10132584" />
+                    <has_size value="26136" />
                 </assert_contents>
-            </output> -->
+            </output>
+            <output name="output8" ftype="binary">
+                <assert_contents>
+                    <has_size value="44164" />
+                </assert_contents>
+            </output>
         </test>
 
         <test expect_num_outputs="3">
-            <param name="gro_input" value="npt.gro" />
+            <param name="gro_input" value="str_ions.gro" />
             <param name="top_input" value="topol_solv.top" />
             <!-- <param name="cpt_bool" value="yes" /> -->
             <param name="cpt_in" value="npt.cpt" />
@@ -297,13 +310,30 @@
             <expand macro="test_params"/>
             <param name="ensemble" value="npt" />
             <!-- <param name="posres_bool" value="false" /> -->
-            <output name="output1" file="md_0_1.gro" ftype="gro" compare="sim_size"/>
-            <output name="output2" file="md_0_1.pdb" ftype="pdb" compare="sim_size"/>
-            <output name="output3" file="md_0_1.trr" ftype="trr" compare="sim_size"/>
+            <output name="output1" ftype="gro">
+                <assert_contents>
+                    <has_size value="6537" />
+                    <has_n_lines n="97" />
+                    <has_line line="TEST in water" />
+                </assert_contents>
+            </output>            
+            <output name="output2" ftype="pdb">
+                <assert_contents>
+                    <has_size value="7582" />
+                    <has_n_lines n="100" />
+                    <has_line line="TITLE     TEST in water" />
+                    <has_line line="REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX" />
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="output3" ftype="trr">
+                <assert_contents>
+                    <has_size value="26136" />
+                </assert_contents>
+            </output>
         </test>
 
         <test expect_num_outputs="3">
-            <param name="gro_input" value="npt.gro" />
+            <param name="gro_input" value="str_ions.gro" />
             <param name="top_input" value="topol_solv.top" />
             <!-- <param name="cpt_bool" value="yes" /> -->
             <param name="cpt_in" value="npt.cpt" />
@@ -314,13 +344,30 @@
             <expand macro="test_params"/>
             <param name="ensemble" value="npt" />
             <!-- <param name="posres_bool" value="false" /> -->
-            <output name="output1" file="md_0_1.gro" ftype="gro" compare="sim_size"/>
-            <output name="output2" file="md_0_1.pdb" ftype="pdb" compare="sim_size"/>
-            <output name="output3" file="md_0_1.trr" ftype="trr" compare="sim_size"/>
+            <output name="output1" ftype="gro" compare="sim_size">
+                <assert_contents>
+                    <has_size value="6537" />
+                    <has_n_lines n="97" />
+                    <has_line line="TEST in water" />
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="output2" ftype="pdb" compare="sim_size">
+                <assert_contents>
+                    <has_size value="7582" />
+                    <has_n_lines n="100" />
+                    <has_line line="TITLE     TEST in water" />
+                    <has_line line="REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX" />
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="output3" ftype="trr" compare="sim_size">
+                <assert_contents>
+                    <has_size value="26136" />
+                </assert_contents>
+            </output>
         </test>
 
         <test expect_num_outputs="3">
-            <param name="gro_input" value="em.gro" />
+            <param name="gro_input" value="str_ions.gro" />
             <param name="top_input" value="topol_solv.top" />
             <!-- <param name="posres_bool" value="true" /> -->
             <param name="itp_in" value="posres.itp" />
@@ -332,9 +379,24 @@
             <param name="ensemble" value="nvt" />
             <expand macro="test_params"/>
             
-            <output name="output2" file="nvt.pdb" ftype="pdb" compare="sim_size"/>
-            <output name="output4" file="nvt.xtc" ftype="xtc" compare="sim_size"/>
-            <output name="output5" file="nvt.cpt" ftype="cpt" compare="sim_size"/>
+            <output name="output2" ftype="pdb">
+                <assert_contents>
+                    <has_size value="7582" />
+                    <has_n_lines n="100" />
+                    <has_line line="TITLE     TEST in water" />
+                    <has_line line="REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX" />
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="output4" ftype="xtc">
+                <assert_contents>
+                    <has_size value="4910" delta="20"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="output5" ftype="cpt">
+                <assert_contents>
+                    <has_size value="3350"  delta="20"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
         </test>
     </tests>
     
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/1AKI.pdb
--- a/test-data/1AKI.pdb Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,1436 +0,0 @@\n-HEADER    HYDROLASE                               19-MAY-97   1AKI              \n-TITLE     THE STRUCTURE OF THE ORTHORHOMBIC FORM OF HEN EGG-WHITE               \n-TITLE    2 LYSOZYME AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION                                 \n-COMPND    MOL_ID: 1;                                                            \n-COMPND   2 MOLECULE: LYSOZYME;                                                  \n-COMPND   3 CHAIN: A;                                                            \n-COMPND   4 EC: 3.2.1.17                                                         \n-SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            \n-SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: GALLUS GALLUS;                                  \n-SOURCE   3 ORGANISM_COMMON: CHICKEN;                                            \n-SOURCE   4 ORGANISM_TAXID: 9031;                                                \n-SOURCE   5 CELL: EGG                                                            \n-KEYWDS    HYDROLASE, GLYCOSIDASE                                                \n-EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION                                                     \n-AUTHOR    D.CARTER,J.HE,J.R.RUBLE,B.WRIGHT                                      \n-REVDAT   2   24-FEB-09 1AKI    1       VERSN                                    \n-REVDAT   1   19-NOV-97 1AKI    0                                                \n-JRNL        AUTH   P.J.ARTYMIUK,C.C.F.BLAKE,D.W.RICE,K.S.WILSON                 \n-JRNL        TITL   THE STRUCTURES OF THE MONOCLINIC AND ORTHORHOMBIC            \n-JRNL        TITL 2 FORMS OF HEN EGG-WHITE LYSOZYME AT 6 ANGSTROMS               \n-JRNL        TITL 3 RESOLUTION                                                   \n-JRNL        REF    ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.B      V.  38   778 1982              \n-JRNL        REFN                   ISSN 0108-7681                               \n-REMARK   1                                                                      \n-REMARK   2                                                                      \n-REMARK   2 RESOLUTION.    1.50 ANGSTROMS.                                       \n-REMARK   3                                                                      \n-REMARK   3 REFINEMENT.                                                          \n-REMARK   3   PROGRAM     : GPRLSA, X-PLOR                                       \n-REMARK   3   AUTHORS     : FUREY                                                \n-REMARK   3                                                                      \n-REMARK   3  DATA USED IN REFINEMENT.                                            \n-REMARK   3   RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 1.50                           \n-REMARK   3   RESOLUTION RANGE LOW  (ANGSTROMS) : 10.00                          \n-REMARK   3   DATA CUTOFF            (SIGMA(F)) : 1.000                          \n-REMARK   3   COMPLETENESS FOR RANGE        (%) : 91.1                           \n-REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 16327                          \n-REMARK   3                                                                      \n-REMARK   3  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT.                                     \n-REMARK   3   CROSS-VALIDATION METHOD          : NULL                            \n-REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SELECTION  : NULL                            \n-REMARK   3   R VALUE     (WORKING + TEST SET) : NULL                            \n-REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET) : 0.212                           \n-REMARK   3   FREE R VALUE                     : NULL                            \n-REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%) : NULL                            \n-REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT      : NULL                            \n-REMARK   3                                                                      \n-REMARK   3  FIT/AGREEMENT OF MODEL WITH ALL DATA.                               \n-REMARK   3   R VALUE   (WORKING + TEST SET,'..b'OH A 169      22.984  29.224  13.124  0.75 22.56           O  \n-HETATM 1043  O   HOH A 170      30.778   7.794  -3.514  0.65 21.58           O  \n-HETATM 1044  O   HOH A 171      42.965  14.657   4.991  0.63 23.91           O  \n-HETATM 1045  O   HOH A 172      36.927  17.948 -13.093  0.62 23.36           O  \n-HETATM 1046  O   HOH A 173      35.412  25.852 -11.575  0.58 23.42           O  \n-HETATM 1047  O   HOH A 174      37.428  32.540  -5.787  0.62 21.98           O  \n-HETATM 1048  O   HOH A 175      37.317   8.592   7.456  0.64 22.92           O  \n-HETATM 1049  O   HOH A 176       9.314  36.705 -11.546  0.69 23.77           O  \n-HETATM 1050  O   HOH A 177      39.972  23.760  -2.655  0.86 18.96           O  \n-HETATM 1051  O   HOH A 178      22.128  30.274  -0.543  0.76 18.78           O  \n-HETATM 1052  O   HOH A 179      22.244  15.813  10.000  0.68 19.66           O  \n-HETATM 1053  O   HOH A 180      40.729   9.223   0.292  0.64 20.15           O  \n-HETATM 1054  O   HOH A 181      12.500  15.267   4.097  0.56 20.12           O  \n-HETATM 1055  O   HOH A 182      20.372  28.618  -2.353  0.64 20.17           O  \n-HETATM 1056  O   HOH A 183      22.793  15.462  -6.673  0.63 20.60           O  \n-HETATM 1057  O   HOH A 184      23.138  31.809  15.121  0.55 20.90           O  \n-HETATM 1058  O   HOH A 185      22.671  38.691   8.245  0.48 21.16           O  \n-HETATM 1059  O   HOH A 186      33.966  33.112   6.837  0.59 19.45           O  \n-HETATM 1060  O   HOH A 187      19.572  25.423  -1.420  0.53 19.94           O  \n-HETATM 1061  O   HOH A 188      14.790  15.672   7.259  0.52 21.22           O  \n-HETATM 1062  O   HOH A 189      19.112  28.022 -14.647  0.49 19.83           O  \n-HETATM 1063  O   HOH A 190      17.302  39.059 -12.453  0.52 20.14           O  \n-HETATM 1064  O   HOH A 191      16.198  14.502   5.577  0.46 20.78           O  \n-HETATM 1065  O   HOH A 192      17.345  46.346  -7.080  0.50 18.13           O  \n-HETATM 1066  O   HOH A 193      14.992  31.300  -4.242  0.46 17.90           O  \n-HETATM 1067  O   HOH A 194      28.196  44.775  -3.148  0.44 18.15           O  \n-HETATM 1068  O   HOH A 195      29.479  13.863  -9.107  0.44 18.30           O  \n-HETATM 1069  O   HOH A 196      23.613  44.811   2.608  0.45 17.66           O  \n-HETATM 1070  O   HOH A 197      40.572  22.184  -6.358  0.42 18.06           O  \n-HETATM 1071  O   HOH A 198      12.475  31.860  -6.226  0.47 17.85           O  \n-HETATM 1072  O   HOH A 199      16.684  13.594  -5.832  0.31 18.51           O  \n-HETATM 1073  O   HOH A 200      27.534  38.059 -12.862  0.48 18.19           O  \n-HETATM 1074  O   HOH A 201      25.892  35.973  11.563  0.46 18.15           O  \n-HETATM 1075  O   HOH A 202      24.790  25.182  16.063  0.46 17.64           O  \n-HETATM 1076  O   HOH A 203      12.580  21.214   5.006  0.51 17.97           O  \n-HETATM 1077  O   HOH A 204      19.687  23.750  -4.851  0.37 18.08           O  \n-HETATM 1078  O   HOH A 205      27.098  35.956 -12.358  0.39 18.71           O  \n-HETATM 1079  O   HOH A 206      37.255   9.634  10.002  0.46 18.39           O  \n-HETATM 1080  O   HOH A 207      43.755  23.843   8.038  0.38 17.96           O  \n-CONECT   48  981                                                                \n-CONECT  238  889                                                                \n-CONECT  513  630                                                                \n-CONECT  601  724                                                                \n-CONECT  630  513                                                                \n-CONECT  724  601                                                                \n-CONECT  889  238                                                                \n-CONECT  981   48                                                                \n-MASTER      290    0    0    8    2    0    0    6 1079    1    8   10          \n-END                                                                             \n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/complex.gro
--- a/test-data/complex.gro Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/test-data/complex.gro Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
b'@@ -1,2218 +1,116 @@\n GROningen MAchine for Chemical Simulation\n- 2215\n-    1LYS      N    1   4.434   3.396   2.469\n-    1LYS     H1    2   4.510   3.450   2.431\n-    1LYS     H2    3   4.368   3.376   2.397\n-    1LYS     H3    4   4.390   3.448   2.542\n-    1LYS     CA    5   4.487   3.269   2.524\n-    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.451\n-    1LYS     CB    7   4.585   3.306   2.636\n-    1LYS    HB1    8   4.661   3.357   2.597\n-    1LYS    HB2    9   4.537   3.363   2.703\n-    1LYS     CG   10   4.643   3.187   2.711\n-    1LYS    HG1   11   4.574   3.151   2.773\n-    1LYS    HG2   12   4.668   3.116   2.644\n-    1LYS     CD   13   4.767   3.227   2.790\n-    1LYS    HD1   14   4.843   3.245   2.727\n-    1LYS    HD2   15   4.747   3.309   2.843\n-    1LYS     CE   16   4.804   3.113   2.883\n-    1LYS    HE1   17   4.739   3.108   2.959\n-    1LYS    HE2   18   4.804   3.026   2.834\n-    1LYS     NZ   19   4.940   3.139   2.937\n-    1LYS    HZ1   20   4.967   3.065   2.999\n-    1LYS    HZ2   21   5.006   3.144   2.861\n-    1LYS    HZ3   22   4.940   3.226   2.987\n-    1LYS      C   23   4.372   3.188   2.583\n-    1LYS      O   24   4.293   3.243   2.659\n-    2VAL      N   25   4.372   3.058   2.563\n-    2VAL      H   26   4.434   3.022   2.493\n-    2VAL     CA   27   4.288   2.962   2.634\n-    2VAL     HA   28   4.215   3.014   2.677\n-    2VAL     CB   29   4.212   2.865   2.544\n-    2VAL     HB   30   4.284   2.814   2.497\n-    2VAL    CG1   31   4.123   2.770   2.624\n-    2VAL   HG11   32   4.075   2.709   2.561\n-    2VAL   HG12   33   4.180   2.717   2.686\n-    2VAL   HG13   34   4.056   2.823   2.676\n-    2VAL    CG2   35   4.127   2.933   2.438\n-    2VAL   HG21   36   4.081   2.864   2.383\n-    2VAL   HG22   37   4.060   2.992   2.482\n-    2VAL   HG23   38   4.186   2.989   2.379\n-    2VAL      C   39   4.378   2.893   2.738\n-    2VAL      O   40   4.474   2.823   2.701\n-    3PHE      N   41   4.347   2.917   2.863\n-    3PHE      H   42   4.273   2.981   2.883\n-    3PHE     CA   43   4.417   2.852   2.975\n-    3PHE     HA   44   4.513   2.859   2.950\n-    3PHE     CB   45   4.395   2.925   3.108\n-    3PHE    HB1   46   4.303   2.964   3.109\n-    3PHE    HB2   47   4.404   2.860   3.183\n-    3PHE     CG   48   4.492   3.036   3.129\n-    3PHE    CD1   49   4.465   3.167   3.087\n-    3PHE    HD1   50   4.379   3.187   3.040\n-    3PHE    CD2   51   4.598   3.018   3.220\n-    3PHE    HD2   52   4.611   2.928   3.262\n-    3PHE    CE1   53   4.556   3.270   3.110\n-    3PHE    HE1   54   4.546   3.357   3.063\n-    3PHE    CE2   55   4.685   3.121   3.251\n-    3PHE    HE2   56   4.764   3.104   3.310\n-    3PHE     CZ   57   4.662   3.249   3.200\n-    3PHE     HZ   58   4.720   3.326   3.228\n-    3PHE      C   59   4.372   2.706   2.990\n-    3PHE      O   60   4.250   2.678   2.981\n-    4GLY      N   61   4.470   2.626   3.034\n-    4GLY      H   62   4.565   2.657   3.035\n-    4GLY     CA   63   4.435   2.490   3.080\n-    4GLY    HA1   64   4.360   2.454   3.024\n-    4GLY    HA2   65   4.514   2.430   3.073\n-    4GLY      C   66   4.390   2.504   3.225\n-    4GLY      O   67   4.428   2.602   3.289\n-    5ARG      N   68   4.303   2.416   3.270\n-    5ARG      H   69   4.269   2.346   3.207\n-    5ARG     CA   70   4.254   2.416   3.408\n-    5ARG     HA   71   4.196   2.496   3.415\n-    5ARG     CB   72   4.174   2.288   3.434\n-    5ARG    HB1   73   4.098   2.284   3.370\n-    5ARG    HB2   74   4.234   2.209   3.420\n-    5ARG     CG   75   4.119   2.282   3.575\n-    5ARG    HG1   76   4.195   2.279   3.640\n-    5ARG    HG2   77   4.063   2.363   3.592\n-    5ARG     CD   78   4.036   2.162   3.595\n-    5ARG    HD1   79   4.002   2.161   3.689\n-    5ARG    HD2   80   3.958   2.167   3.532\n-    5ARG     NE   81   4.104   2.037   3.571\n-    5ARG     HE   82   4.100   2.002   3.478\n-    5ARG     CZ   83   4.171   1.963   3.657\n-    5ARG    NH1   84   4.182   1.995   3.786\n-    5ARG   HH11   85   4.137   2.078   3.820\n-    5ARG   HH12  '..b'15   1.652\n+    2VAL     HA   28   1.862   2.267   1.695\n+    2VAL     CB   29   1.859   2.118   1.562\n+    2VAL     HB   30   1.931   2.067   1.515\n+    2VAL    CG1   31   1.770   2.023   1.642\n+    2VAL   HG11   32   1.722   1.962   1.579\n+    2VAL   HG12   33   1.827   1.970   1.704\n+    2VAL   HG13   34   1.703   2.076   1.694\n+    2VAL    CG2   35   1.774   2.186   1.456\n+    2VAL   HG21   36   1.728   2.117   1.401\n+    2VAL   HG22   37   1.707   2.245   1.500\n+    2VAL   HG23   38   1.833   2.242   1.397\n+    2VAL      C   39   2.025   2.146   1.756\n+    2VAL      O   40   2.121   2.076   1.719\n+    3PHE      N   41   1.994   2.170   1.881\n+    3PHE      H   42   1.920   2.234   1.901\n+    3PHE     CA   43   2.064   2.105   1.993\n+    3PHE     HA   44   2.160   2.112   1.968\n+    3PHE     CB   45   2.042   2.178   2.126\n+    3PHE    HB1   46   1.950   2.217   2.127\n+    3PHE    HB2   47   2.051   2.113   2.201\n+    3PHE     CG   48   2.139   2.289   2.147\n+    3PHE    CD1   49   2.112   2.420   2.105\n+    3PHE    HD1   50   2.026   2.440   2.058\n+    3PHE    CD2   51   2.245   2.271   2.238\n+    3PHE    HD2   52   2.258   2.181   2.280\n+    3PHE    CE1   53   2.203   2.523   2.128\n+    3PHE    HE1   54   2.193   2.610   2.081\n+    3PHE    CE2   55   2.332   2.374   2.269\n+    3PHE    HE2   56   2.411   2.357   2.328\n+    3PHE     CZ   57   2.309   2.502   2.218\n+    3PHE     HZ   58   2.367   2.579   2.246\n+    3PHE      C   59   2.019   1.959   2.008\n+    3PHE      O   60   1.897   1.931   1.999\n+    4GLY      N   61   2.117   1.879   2.052\n+    4GLY      H   62   2.212   1.910   2.053\n+    4GLY     CA   63   2.082   1.743   2.098\n+    4GLY    HA1   64   2.007   1.707   2.042\n+    4GLY    HA2   65   2.161   1.683   2.091\n+    4GLY      C   66   2.037   1.757   2.243\n+    4GLY      O   67   2.075   1.855   2.307\n+    5ARG      N   68   1.950   1.669   2.288\n+    5ARG      H   69   1.916   1.599   2.225\n+    5ARG     CA   70   1.901   1.669   2.426\n+    5ARG     HA   71   1.843   1.749   2.433\n+    5ARG     CB   72   1.821   1.541   2.452\n+    5ARG    HB1   73   1.745   1.537   2.388\n+    5ARG    HB2   74   1.881   1.462   2.438\n+    5ARG     CG   75   1.766   1.535   2.593\n+    5ARG    HG1   76   1.842   1.532   2.658\n+    5ARG    HG2   77   1.710   1.616   2.610\n+    5ARG     CD   78   1.683   1.415   2.613\n+    5ARG    HD1   79   1.649   1.414   2.707\n+    5ARG    HD2   80   1.605   1.420   2.550\n+    5ARG     NE   81   1.751   1.290   2.589\n+    5ARG     HE   82   1.747   1.255   2.496\n+    5ARG     CZ   83   1.818   1.216   2.675\n+    5ARG    NH1   84   1.829   1.248   2.804\n+    5ARG   HH11   85   1.784   1.331   2.838\n+    5ARG   HH12   86   1.881   1.190   2.866\n+    5ARG    NH2   87   1.870   1.099   2.632\n+    5ARG   HH21   88   1.856   1.070   2.538\n+    5ARG   HH22   89   1.921   1.041   2.695\n+    5ARG      C   90   2.012   1.688   2.529\n+    5ARG     O1   91   2.012   1.780   2.615\n+    5ARG     O2   92   1.975   1.689   2.660\n+    6G5E     C1   93   6.456   3.250   2.707\n+    6G5E     C2   94   6.330   3.283   2.656\n+    6G5E     C3   95   6.321   3.361   2.541\n+    6G5E     C7   96   6.426   3.498   2.362\n+    6G5E    C10   97   6.449   3.677   2.236\n+    6G5E    C12   98   6.570   3.684   2.448\n+    6G5E    C13   99   6.707   3.692   2.422\n+    6G5E    C14  100   6.793   3.751   2.516\n+    6G5E    C15  101   6.742   3.801   2.635\n+    6G5E    C16  102   6.605   3.793   2.661\n+    6G5E     C4  103   6.438   3.406   2.478\n+    6G5E     C5  104   6.564   3.375   2.531\n+    6G5E     C6  105   6.572   3.297   2.645\n+    6G5E     N8  106   6.353   3.478   2.256\n+    6G5E     N9  107   6.368   3.590   2.173\n+    6G5E    N11  108   6.485   3.623   2.353\n+    6G5E    C17  109   6.519   3.734   2.568\n+    6G5E    S18  110   6.498   3.829   2.176\n+    6G5E    F19  111   6.755   3.642   2.306\n+    6G5E    O20  112   6.199   3.392   2.489\n+    6G5E    O21  113   6.465   3.175   2.819\n+   4.09123   4.09123   4.09123\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/complex.top
--- a/test-data/complex.top Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/test-data/complex.top Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
[
b"@@ -2,18 +2,18 @@\n ;\tFile 'topol.top' was generated\n ;\tBy user: unknown (1000)\n ;\tOn host: simon-notebook\n-;\tAt date: Wed Aug 28 14:35:18 2019\n+;\tAt date: Tue May 12 12:59:21 2020\n ;\n ;\tThis is a standalone topology file\n ;\n ;\tCreated by:\n ;\t                    :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:\n ;\t\n-;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx\n-;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/gmx\n-;\tWorking dir:  /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs\n+;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1/bin/gmx\n+;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1\n+;\tWorking dir:  /tmp/tmpg0ncnt9q/job_working_directory/000/10/working\n ;\tCommand line:\n-;\t  gmx pdb2gmx -f test-data/1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh\n+;\t  gmx pdb2gmx -f ./pdb_input.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh -merge all\n ;\tForce field was read from the standard GROMACS share directory.\n ;\n \n@@ -36,7 +36,7 @@\n \n [ moleculetype ]\n ; Name            nrexcl\n-Protein_chain_A     3\n+Protein             3\n \n [ atoms ]\n ;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB\n@@ -111,10 +111,10 @@\n     65   opls_140      4    GLY    HA2     21       0.06      1.008\n     66   opls_235      4    GLY      C     22        0.5     12.011\n     67   opls_236      4    GLY      O     22       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n-; residue   5 ARG rtp ARG  q +1.0\n+; residue   5 ARG rtp ARG  q  0.0\n     68   opls_238      5    ARG      N     23       -0.5    14.0067\n     69   opls_241      5    ARG      H     23        0.3      1.008\n-    70  opls_224B      5    ARG     CA     23       0.14     12.011\n+    70   opls_283      5    ARG     CA     23       0.04     12.011\n     71   opls_140      5    ARG     HA     23       0.06      1.008\n     72   opls_136      5    ARG     CB     24      -0.12     12.011\n     73   opls_140      5    ARG    HB1     24       0.06      1.008\n@@ -134,2001 +134,9 @@\n     87   opls_300      5    ARG    NH2     29       -0.8    14.0067\n     88   opls_301      5    ARG   HH21     29       0.46      1.008\n     89   opls_301      5    ARG   HH22     29       0.46      1.008\n-    90   opls_235      5    ARG      C     30        0.5     12.011\n-    91   opls_236      5    ARG      O     30       -0.5    15.9994   ; qtot 3\n-; residue   6 CYS rtp CYS2 q  0.0\n-    92   opls_238      6    CYS      N     31       -0.5    14.0067\n-    93   opls_241      6    CYS      H     31        0.3      1.008\n-    94  opls_224B      6    CYS     CA     31       0.14     12.011\n-    95   opls_140      6    CYS     HA     31       0.06      1.008\n-    96   opls_214      6    CYS     CB     32     0.0975     12.011\n-    97   opls_140      6    CYS    HB1     32       0.06      1.008\n-    98   opls_140      6    CYS    HB2     32       0.06      1.008\n-    99   opls_203      6    CYS     SG     32    -0.2175      32.06\n-   100   opls_235      6    CYS      C     33        0.5     12.011\n-   101   opls_236      6    CYS      O     33       -0.5    15.9994   ; qtot 3\n-; residue   7 GLU rtp GLU  q -1.0\n-   102   opls_238      7    GLU      N     34       -0.5    14.0067\n-   103   opls_241      7    GLU      H     34        0.3      1.008\n-   104  opls_224B      7    GLU     CA     34       0.14     12.011\n-   105   opls_140      7    GLU     HA     34       0.06      1.008\n-   106   opls_136      7    GLU     CB     35      -0.12     12.011\n-   107   opls_140      7    GLU    HB1     35       0.06      1.008\n-   108   opls_140      7    GLU    HB2     35       0.06      1.008\n-   109   opls_274      7    GLU     CG     36      -0.22     12.011\n-   110   opls_140      7    GLU    HG1     36       0.06      1.008\n-   111   opls_140      7    GLU    HG2     36       0.06      1.008\n-   112   opls_271      7    GLU     CD     37        0.7     12.011\n-   113   opls_272      7    GLU    OE1     37       -0.8    15.999"..b'     1    improper_O_C_X_Y\n- 1637  1641  1639  1640     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1641  1663  1661  1662     1    improper_O_C_X_Y\n- 1643  1646  1649  1647     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1646  1650  1647  1648     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1647  1652  1650  1651     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1652  1659  1655  1656     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1654  1653  1649  1657     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1655  1657  1659  1660     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1658  1657  1653  1659     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1661  1665  1663  1664     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1665  1687  1685  1686     1    improper_O_C_X_Y\n- 1673  1678  1676  1677     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1676  1679  1678  1682     1    improper_O_C_X_Y\n- 1678  1680  1679  1681     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1678  1683  1682  1684     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1685  1689  1687  1688     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1689  1701  1699  1700     1    improper_O_C_X_Y\n- 1691  1696  1694  1695     1    improper_O_C_X_Y\n- 1694  1697  1696  1698     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1699  1703  1701  1702     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1703  1725  1723  1724     1    improper_O_C_X_Y\n- 1711  1716  1714  1715     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1714  1717  1716  1720     1    improper_O_C_X_Y\n- 1716  1718  1717  1719     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1716  1721  1720  1722     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1723  1727  1725  1726     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1727  1735  1733  1734     1    improper_O_C_X_Y\n- 1733  1737  1735  1736     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1737  1757  1755  1756     1    improper_O_C_X_Y\n- 1755  1759  1757  1758     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1759  1764  1762  1763     1    improper_O_C_X_Y\n- 1762  1766  1764  1765     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1766  1778  1776  1777     1    improper_O_C_X_Y\n- 1776  1780  1778  1779     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1780  1790  1788  1789     1    improper_O_C_X_Y\n- 1782  1786  1785  1787     1    improper_O_C_X_Y\n- 1788  1792  1790  1791     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1792  1806  1804  1805     1    improper_O_C_X_Y\n- 1804  1808  1806  1807     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1808  1823  1821  1822     1    improper_O_C_X_Y\n- 1813  1818  1816  1817     1    improper_O_C_X_Y\n- 1816  1819  1818  1820     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1821  1825  1823  1824     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1825  1833  1831  1832     1    improper_O_C_X_Y\n- 1831  1835  1833  1834     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1835  1857  1855  1856     1    improper_O_C_X_Y\n- 1837  1840  1843  1841     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1840  1844  1841  1842     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1841  1846  1844  1845     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1846  1853  1849  1850     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1848  1847  1843  1851     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1849  1851  1853  1854     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1852  1851  1847  1853     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1855  1859  1857  1858     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1859  1876  1874  1875     1    improper_O_C_X_Y\n- 1874  1878  1876  1877     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1878  1900  1898  1899     1    improper_O_C_X_Y\n- 1886  1891  1889  1890     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1889  1892  1891  1895     1    improper_O_C_X_Y\n- 1891  1893  1892  1894     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1891  1896  1895  1897     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1898  1902  1900  1901     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1902  1907  1905  1906     1    improper_O_C_X_Y\n- 1905  1909  1907  1908     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1909  1917  1915  1916     1    improper_O_C_X_Y\n- 1915  1919  1917  1918     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1919  1941  1939  1940     1    improper_O_C_X_Y\n- 1927  1932  1930  1931     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1930  1933  1932  1936     1    improper_O_C_X_Y\n- 1932  1934  1933  1935     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1932  1937  1936  1938     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1939  1943  1941  1942     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1943  1959  1958  1960     1    improper_O_C_X_Y\n \n ; Include Position restraint file\n #ifdef POSRES\n@@ -18606,10 +1107,9 @@\n \n [ system ]\n ; Name\n-LYSOZYME\n+TEST\n \n [ molecules ]\n ; Compound        #mols\n-Protein_chain_A     1\n-SOL                78\n+Protein             1\n base     1\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/em.edr
b
Binary file test-data/em.edr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/em.gro
--- a/test-data/em.gro Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,38379 +0,0 @@\n-LYSOZYME in water\n-38376\n-    1LYS      N    1   4.422   3.406   2.462\n-    1LYS     H1    2   4.494   3.461   2.416\n-    1LYS     H2    3   4.354   3.379   2.393\n-    1LYS     H3    4   4.377   3.460   2.536\n-    1LYS     CA    5   4.475   3.284   2.524\n-    1LYS     HA    6   4.525   3.225   2.448\n-    1LYS     CB    7   4.578   3.317   2.635\n-    1LYS    HB1    8   4.664   3.365   2.589\n-    1LYS    HB2    9   4.537   3.390   2.705\n-    1LYS     CG   10   4.627   3.195   2.715\n-    1LYS    HG1   11   4.550   3.164   2.786\n-    1LYS    HG2   12   4.640   3.112   2.647\n-    1LYS     CD   13   4.759   3.218   2.790\n-    1LYS    HD1   14   4.838   3.237   2.718\n-    1LYS    HD2   15   4.751   3.306   2.854\n-    1LYS     CE   16   4.795   3.094   2.875\n-    1LYS    HE1   17   4.726   3.085   2.959\n-    1LYS    HE2   18   4.785   3.003   2.817\n-    1LYS     NZ   19   4.932   3.099   2.926\n-    1LYS    HZ1   20   4.942   3.016   2.986\n-    1LYS    HZ2   21   4.998   3.088   2.850\n-    1LYS    HZ3   22   4.950   3.185   2.977\n-    1LYS      C   23   4.358   3.203   2.578\n-    1LYS      O   24   4.272   3.260   2.645\n-    2VAL      N   25   4.356   3.072   2.555\n-    2VAL      H   26   4.430   3.030   2.497\n-    2VAL     CA   27   4.277   2.978   2.633\n-    2VAL     HA   28   4.200   3.028   2.690\n-    2VAL     CB   29   4.210   2.872   2.542\n-    2VAL     HB   30   4.288   2.814   2.492\n-    2VAL    CG1   31   4.121   2.775   2.623\n-    2VAL   HG11   32   4.069   2.705   2.558\n-    2VAL   HG12   33   4.179   2.716   2.694\n-    2VAL   HG13   34   4.045   2.829   2.680\n-    2VAL    CG2   35   4.125   2.937   2.432\n-    2VAL   HG21   36   4.075   2.863   2.371\n-    2VAL   HG22   37   4.049   3.000   2.477\n-    2VAL   HG23   38   4.185   3.000   2.365\n-    2VAL      C   39   4.378   2.913   2.729\n-    2VAL      O   40   4.480   2.858   2.686\n-    3PHE      N   41   4.350   2.923   2.858\n-    3PHE      H   42   4.262   2.968   2.884\n-    3PHE     CA   43   4.425   2.856   2.964\n-    3PHE     HA   44   4.532   2.858   2.942\n-    3PHE     CB   45   4.396   2.927   3.098\n-    3PHE    HB1   46   4.294   2.964   3.103\n-    3PHE    HB2   47   4.405   2.855   3.179\n-    3PHE     CG   48   4.489   3.043   3.132\n-    3PHE    CD1   49   4.468   3.171   3.079\n-    3PHE    HD1   50   4.385   3.188   3.012\n-    3PHE    CD2   51   4.595   3.021   3.221\n-    3PHE    HD2   52   4.609   2.923   3.263\n-    3PHE    CE1   53   4.556   3.276   3.112\n-    3PHE    HE1   54   4.541   3.375   3.072\n-    3PHE    CE2   55   4.683   3.126   3.256\n-    3PHE    HE2   56   4.764   3.108   3.324\n-    3PHE     CZ   57   4.663   3.254   3.200\n-    3PHE     HZ   58   4.730   3.335   3.226\n-    3PHE      C   59   4.376   2.711   2.977\n-    3PHE      O   60   4.258   2.680   2.956\n-    4GLY      N   61   4.465   2.625   3.025\n-    4GLY      H   62   4.562   2.656   3.035\n-    4GLY     CA   63   4.428   2.493   3.075\n-    4GLY    HA1   64   4.346   2.449   3.018\n-    4GLY    HA2   65   4.514   2.427   3.064\n-    4GLY      C   66   4.392   2.506   3.224\n-    4GLY      O   67   4.443   2.595   3.292\n-    5ARG      N   68   4.303   2.419   3.275\n-    5ARG      H   69   4.261   2.352   3.212\n-    5ARG     CA   70   4.249   2.422   3.412\n-    5ARG     HA   71   4.184   2.510   3.417\n-    5ARG     CB   72   4.163   2.296   3.436\n-    5ARG    HB1   73   4.079   2.296   3.367\n-    5ARG    HB2   74   4.221   2.208   3.410\n-    5ARG     CG   75   4.109   2.279   3.579\n-    5ARG    HG1   76   4.190   2.273   3.651\n-    5ARG    HG2   77   4.051   2.367   3.607\n-    5ARG     CD   78   4.021   2.154   3.596\n-    5ARG    HD1   79   3.975   2.151   3.694\n-    5ARG    HD2   80   3.938   2.157   3.525\n-    5ARG     NE   81   4.096   2.030   3.574\n-    5ARG     HE   82   4.077   1.988   3.482\n-    5ARG     CZ   83   4.166   1.961   3.666\n-    5ARG    NH1   84   4.183   2.007   3.790\n-    5ARG   HH11   85   4.151   2.100   3.820\n-    5ARG   HH12   86   4.226   1.946   3.8'..b'24   5.807\n-12240SOL     OW38291   6.209   6.418   7.023\n-12240SOL    HW138292   6.268   6.497   7.006\n-12240SOL    HW238293   6.264   6.336   7.032\n-12241SOL     OW38294   7.074   7.332   6.559\n-12241SOL    HW138295   7.101   0.064   6.495\n-12241SOL    HW238296   7.152   7.306   6.615\n-12242SOL     OW38297   6.297   6.153   7.291\n-12242SOL    HW138298   6.340   6.230   7.339\n-12242SOL    HW238299   6.350   6.070   7.309\n-12243SOL     OW38300   5.975   7.307   7.149\n-12243SOL    HW138301   5.904   0.039   7.142\n-12243SOL    HW238302   5.938   7.228   7.199\n-12244SOL     OW38303   7.272   6.459   6.820\n-12244SOL    HW138304   7.260   6.373   6.771\n-12244SOL    HW238305   7.241   6.535   6.762\n-12245SOL     OW38306   6.830   5.912   6.034\n-12245SOL    HW138307   6.887   5.829   6.032\n-12245SOL    HW238308   6.847   5.961   6.119\n-12246SOL     OW38309   6.173   6.323   6.254\n-12246SOL    HW138310   6.215   6.413   6.242\n-12246SOL    HW238311   6.103   6.310   6.184\n-12247SOL     OW38312   7.302   6.503   7.086\n-12247SOL    HW138313   7.339   6.594   7.103\n-12247SOL    HW238314   7.302   6.484   6.988\n-12248SOL     OW38315   6.439   6.955   5.624\n-12248SOL    HW138316   6.408   6.972   5.718\n-12248SOL    HW238317   6.471   7.040   5.583\n-12249SOL     OW38318   6.454   6.556   6.442\n-12249SOL    HW138319   6.506   6.478   6.478\n-12249SOL    HW238320   6.413   6.607   6.517\n-12250SOL     OW38321   6.663   6.579   5.671\n-12250SOL    HW138322   6.637   6.629   5.588\n-12250SOL    HW238323   6.741   6.519   5.650\n-12251SOL     OW38324   0.053   7.124   6.435\n-12251SOL    HW138325   7.317   7.105   6.372\n-12251SOL    HW238326   0.079   7.039   6.481\n-12252SOL     OW38327   5.680   6.816   6.247\n-12252SOL    HW138328   5.679   6.773   6.337\n-12252SOL    HW238329   5.745   6.769   6.187\n-12253SOL     OW38330   6.263   6.982   7.212\n-12253SOL    HW138331   6.190   6.923   7.247\n-12253SOL    HW238332   6.257   7.072   7.255\n-12254SOL     OW38333   7.331   5.751   6.842\n-12254SOL    HW138334   0.046   5.667   6.850\n-12254SOL    HW238335   0.006   5.793   6.752\n-12255SOL     OW38336   6.014   6.018   6.110\n-12255SOL    HW138337   6.052   5.951   6.047\n-12255SOL    HW238338   5.965   5.971   6.184\n-12256SOL     OW38339   5.916   6.142   6.875\n-12256SOL    HW138340   5.974   6.086   6.934\n-12256SOL    HW238341   5.932   6.117   6.779\n-12257SOL     OW38342   6.428   7.138   6.264\n-12257SOL    HW138343   6.414   7.218   6.207\n-12257SOL    HW238344   6.342   7.086   6.270\n-12258SOL     OW38345   7.019   5.813   6.706\n-12258SOL    HW138346   7.051   5.727   6.747\n-12258SOL    HW238347   6.963   5.862   6.774\n-12259SOL     OW38348   6.595   5.600   6.726\n-12259SOL    HW138349   6.534   5.541   6.673\n-12259SOL    HW238350   6.686   5.561   6.728\n-12260SOL     OW38351   6.363   6.915   5.901\n-12260SOL    HW138352   6.333   6.821   5.913\n-12260SOL    HW238353   6.444   6.932   5.958\n-12261SOL     OW38354   6.211   7.150   6.873\n-12261SOL    HW138355   6.213   7.218   6.947\n-12261SOL    HW238356   6.302   7.142   6.833\n-12262SOL     OW38357   6.949   5.635   5.749\n-12262SOL    HW138358   6.988   5.565   5.689\n-12262SOL    HW238359   6.855   5.609   5.774\n-12263SOL     OW38360   6.874   6.047   6.269\n-12263SOL    HW138361   6.819   6.131   6.269\n-12263SOL    HW238362   6.871   6.006   6.360\n-12264SOL     OW38363   7.183   5.810   6.483\n-12264SOL    HW138364   7.125   5.800   6.564\n-12264SOL    HW238365   7.144   5.878   6.422\n-12265SOL     OW38366   5.630   6.651   5.892\n-12265SOL    HW138367   5.728   6.649   5.873\n-12265SOL    HW238368   5.599   6.558   5.915\n-12266CL      CL38369   0.201   2.832   1.237\n-12267CL      CL38370   1.614   2.267   3.255\n-12268CL      CL38371   1.597   7.226   3.986\n-12269CL      CL38372   1.368   6.406   5.944\n-12270CL      CL38373   3.098   3.643   6.186\n-12271CL      CL38374   2.871   3.928   1.863\n-12272CL      CL38375   7.226   0.967   0.588\n-12273CL      CL38376   6.448   5.573   6.100\n-   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/em.tpr
b
Binary file test-data/em.tpr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/em.trr
b
Binary file test-data/em.trr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/index.ndx
--- a/test-data/index.ndx Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/test-data/index.ndx Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
b'@@ -5,2559 +5,7 @@\n   46   47   48   49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60\n   61   62   63   64   65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75\n   76   77   78   79   80   81   82   83   84   85   86   87   88   89   90\n-  91   92   93   94   95   96   97   98   99  100  101  102  103  104  105\n- 106  107  108  109  110  111  112  113  114  115  116  117  118  119  120\n- 121  122  123  124  125  126  127  128  129  130  131  132  133  134  135\n- 136  137  138  139  140  141  142  143  144  145  146  147  148  149  150\n- 151  152  153  154  155  156  157  158  159  160  161  162  163  164  165\n- 166  167  168  169  170  171  172  173  174  175  176  177  178  179  180\n- 181  182  183  184  185  186  187  188  189  190  191  192  193  194  195\n- 196  197  198  199  200  201  202  203  204  205  206  207  208  209  210\n- 211  212  213  214  215  216  217  218  219  220  221  222  223  224  225\n- 226  227  228  229  230  231  232  233  234  235  236  237  238  239  240\n- 241  242  243  244  245  246  247  248  249  250  251  252  253  254  255\n- 256  257  258  259  260  261  262  263  264  265  266  267  268  269  270\n- 271  272  273  274  275  276  277  278  279  280  281  282  283  284  285\n- 286  287  288  289  290  291  292  293  294  295  296  297  298  299  300\n- 301  302  303  304  305  306  307  308  309  310  311  312  313  314  315\n- 316  317  318  319  320  321  322  323  324  325  326  327  328  329  330\n- 331  332  333  334  335  336  337  338  339  340  341  342  343  344  345\n- 346  347  348  349  350  351  352  353  354  355  356  357  358  359  360\n- 361  362  363  364  365  366  367  368  369  370  371  372  373  374  375\n- 376  377  378  379  380  381  382  383  384  385  386  387  388  389  390\n- 391  392  393  394  395  396  397  398  399  400  401  402  403  404  405\n- 406  407  408  409  410  411  412  413  414  415  416  417  418  419  420\n- 421  422  423  424  425  426  427  428  429  430  431  432  433  434  435\n- 436  437  438  439  440  441  442  443  444  445  446  447  448  449  450\n- 451  452  453  454  455  456  457  458  459  460  461  462  463  464  465\n- 466  467  468  469  470  471  472  473  474  475  476  477  478  479  480\n- 481  482  483  484  485  486  487  488  489  490  491  492  493  494  495\n- 496  497  498  499  500  501  502  503  504  505  506  507  508  509  510\n- 511  512  513  514  515  516  517  518  519  520  521  522  523  524  525\n- 526  527  528  529  530  531  532  533  534  535  536  537  538  539  540\n- 541  542  543  544  545  546  547  548  549  550  551  552  553  554  555\n- 556  557  558  559  560  561  562  563  564  565  566  567  568  569  570\n- 571  572  573  574  575  576  577  578  579  580  581  582  583  584  585\n- 586  587  588  589  590  591  592  593  594  595  596  597  598  599  600\n- 601  602  603  604  605  606  607  608  609  610  611  612  613  614  615\n- 616  617  618  619  620  621  622  623  624  625  626  627  628  629  630\n- 631  632  633  634  635  636  637  638  639  640  641  642  643  644  645\n- 646  647  648  649  650  651  652  653  654  655  656  657  658  659  660\n- 661  662  663  664  665  666  667  668  669  670  671  672  673  674  675\n- 676  677  678  679  680  681  682  683  684  685  686  687  688  689  690\n- 691  692  693  694  695  696  697  698  699  700  701  702  703  704  705\n- 706  707  708  709  710  711  712  713  714  715  716  717  718  719  720\n- 721  722  723  724  725  726  727  728  729  730  731  732  733  734  735\n- 736  737  738  739  740  741  742  743  744  745  746  747  748  749  750\n- 751  752  753  754  755  756  757  758  759  760  761  762  763  764  765\n- 766  767  768  769  770  771  772  773  774  775  776  777  778  779  780\n- 781  782  783  784  785  786  787  788  789  790  791  792  793  794  795\n- 796  797  798  799  800  801  802  803  804  805  806  807  808  809  810\n- 811  812  813  814  815  816  817  818  819  820  821  822  823  824  825\n- 826  827  828  829  830  8'..b' 1174 1175 1176 1177 1178 1179 1180 1181 1182 1183 1184 1185\n-1186 1187 1188 1189 1190 1191 1192 1193 1194 1195 1196 1197 1198 1199 1200\n-1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 1211 1212 1213 1214 1215\n-1216 1217 1218 1219 1220 1221 1222 1223 1224 1225 1226 1227 1228 1229 1230\n-1231 1232 1233 1234 1235 1236 1237 1238 1239 1240 1241 1242 1243 1244 1245\n-1246 1247 1248 1249 1250 1251 1252 1253 1254 1255 1256 1257 1258 1259 1260\n-1261 1262 1263 1264 1265 1266 1267 1268 1269 1270 1271 1272 1273 1274 1275\n-1276 1277 1278 1279 1280 1281 1282 1283 1284 1285 1286 1287 1288 1289 1290\n-1291 1292 1293 1294 1295 1296 1297 1298 1299 1300 1301 1302 1303 1304 1305\n-1306 1307 1308 1309 1310 1311 1312 1313 1314 1315 1316 1317 1318 1319 1320\n-1321 1322 1323 1324 1325 1326 1327 1328 1329 1330 1331 1332 1333 1334 1335\n-1336 1337 1338 1339 1340 1341 1342 1343 1344 1345 1346 1347 1348 1349 1350\n-1351 1352 1353 1354 1355 1356 1357 1358 1359 1360 1361 1362 1363 1364 1365\n-1366 1367 1368 1369 1370 1371 1372 1373 1374 1375 1376 1377 1378 1379 1380\n-1381 1382 1383 1384 1385 1386 1387 1388 1389 1390 1391 1392 1393 1394 1395\n-1396 1397 1398 1399 1400 1401 1402 1403 1404 1405 1406 1407 1408 1409 1410\n-1411 1412 1413 1414 1415 1416 1417 1418 1419 1420 1421 1422 1423 1424 1425\n-1426 1427 1428 1429 1430 1431 1432 1433 1434 1435 1436 1437 1438 1439 1440\n-1441 1442 1443 1444 1445 1446 1447 1448 1449 1450 1451 1452 1453 1454 1455\n-1456 1457 1458 1459 1460 1461 1462 1463 1464 1465 1466 1467 1468 1469 1470\n-1471 1472 1473 1474 1475 1476 1477 1478 1479 1480 1481 1482 1483 1484 1485\n-1486 1487 1488 1489 1490 1491 1492 1493 1494 1495 1496 1497 1498 1499 1500\n-1501 1502 1503 1504 1505 1506 1507 1508 1509 1510 1511 1512 1513 1514 1515\n-1516 1517 1518 1519 1520 1521 1522 1523 1524 1525 1526 1527 1528 1529 1530\n-1531 1532 1533 1534 1535 1536 1537 1538 1539 1540 1541 1542 1543 1544 1545\n-1546 1547 1548 1549 1550 1551 1552 1553 1554 1555 1556 1557 1558 1559 1560\n-1561 1562 1563 1564 1565 1566 1567 1568 1569 1570 1571 1572 1573 1574 1575\n-1576 1577 1578 1579 1580 1581 1582 1583 1584 1585 1586 1587 1588 1589 1590\n-1591 1592 1593 1594 1595 1596 1597 1598 1599 1600 1601 1602 1603 1604 1605\n-1606 1607 1608 1609 1610 1611 1612 1613 1614 1615 1616 1617 1618 1619 1620\n-1621 1622 1623 1624 1625 1626 1627 1628 1629 1630 1631 1632 1633 1634 1635\n-1636 1637 1638 1639 1640 1641 1642 1643 1644 1645 1646 1647 1648 1649 1650\n-1651 1652 1653 1654 1655 1656 1657 1658 1659 1660 1661 1662 1663 1664 1665\n-1666 1667 1668 1669 1670 1671 1672 1673 1674 1675 1676 1677 1678 1679 1680\n-1681 1682 1683 1684 1685 1686 1687 1688 1689 1690 1691 1692 1693 1694 1695\n-1696 1697 1698 1699 1700 1701 1702 1703 1704 1705 1706 1707 1708 1709 1710\n-1711 1712 1713 1714 1715 1716 1717 1718 1719 1720 1721 1722 1723 1724 1725\n-1726 1727 1728 1729 1730 1731 1732 1733 1734 1735 1736 1737 1738 1739 1740\n-1741 1742 1743 1744 1745 1746 1747 1748 1749 1750 1751 1752 1753 1754 1755\n-1756 1757 1758 1759 1760 1761 1762 1763 1764 1765 1766 1767 1768 1769 1770\n-1771 1772 1773 1774 1775 1776 1777 1778 1779 1780 1781 1782 1783 1784 1785\n-1786 1787 1788 1789 1790 1791 1792 1793 1794 1795 1796 1797 1798 1799 1800\n-1801 1802 1803 1804 1805 1806 1807 1808 1809 1810 1811 1812 1813 1814 1815\n-1816 1817 1818 1819 1820 1821 1822 1823 1824 1825 1826 1827 1828 1829 1830\n-1831 1832 1833 1834 1835 1836 1837 1838 1839 1840 1841 1842 1843 1844 1845\n-1846 1847 1848 1849 1850 1851 1852 1853 1854 1855 1856 1857 1858 1859 1860\n-1861 1862 1863 1864 1865 1866 1867 1868 1869 1870 1871 1872 1873 1874 1875\n-1876 1877 1878 1879 1880 1881 1882 1883 1884 1885 1886 1887 1888 1889 1890\n-1891 1892 1893 1894 1895 1896 1897 1898 1899 1900 1901 1902 1903 1904 1905\n-1906 1907 1908 1909 1910 1911 1912 1913 1914 1915 1916 1917 1918 1919 1920\n-1921 1922 1923 1924 1925 1926 1927 1928 1929 1930 1931 1932 1933 1934 1935\n-1936 1937 1938 1939 1940 1941 1942 1943 1944 1945 1946 1947 1948 1949 1950\n-1951 1952 1953 1954 1955 1956 1957 1958 1959 1960\n+  93   94\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/init.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/init.pdb Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
@@ -0,0 +1,97 @@
+TITLE     TEST
+REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX
+CRYST1   59.062   68.451   30.517  90.00  90.00  90.00 P 1           1
+MODEL        1
+ATOM      1  N   LYS     1      35.360  22.340 -11.980  1.00  0.00            
+ATOM      2  H1  LYS     1      36.120  22.880 -12.360  1.00  0.00            
+ATOM      3  H2  LYS     1      34.700  22.140 -12.700  1.00  0.00            
+ATOM      4  H3  LYS     1      34.920  22.860 -11.250  1.00  0.00            
+ATOM      5  CA  LYS     1      35.890  21.070 -11.430  1.00  0.00            
+ATOM      6  HA  LYS     1      36.330  20.550 -12.160  1.00  0.00            
+ATOM      7  CB  LYS     1      36.870  21.440 -10.310  1.00  0.00            
+ATOM      8  HB1 LYS     1      37.630  21.950 -10.700  1.00  0.00            
+ATOM      9  HB2 LYS     1      36.390  22.010  -9.640  1.00  0.00            
+ATOM     10  CG  LYS     1      37.450  20.250  -9.560  1.00  0.00            
+ATOM     11  HG1 LYS     1      36.760  19.890  -8.940  1.00  0.00            
+ATOM     12  HG2 LYS     1      37.700  19.540 -10.230  1.00  0.00            
+ATOM     13  CD  LYS     1      38.690  20.650  -8.770  1.00  0.00            
+ATOM     14  HD1 LYS     1      39.450  20.830  -9.400  1.00  0.00            
+ATOM     15  HD2 LYS     1      38.490  21.470  -8.240  1.00  0.00            
+ATOM     16  CE  LYS     1      39.060  19.510  -7.840  1.00  0.00            
+ATOM     17  HE1 LYS     1      38.410  19.460  -7.080  1.00  0.00            
+ATOM     18  HE2 LYS     1      39.060  18.640  -8.330  1.00  0.00            
+ATOM     19  NZ  LYS     1      40.420  19.770  -7.300  1.00  0.00            
+ATOM     20  HZ1 LYS     1      40.690  19.030  -6.680  1.00  0.00            
+ATOM     21  HZ2 LYS     1      41.080  19.820  -8.060  1.00  0.00            
+ATOM     22  HZ3 LYS     1      40.420  20.640  -6.800  1.00  0.00            
+ATOM     23  C   LYS     1      34.740  20.260 -10.840  1.00  0.00            
+ATOM     24  O   LYS     1      33.950  20.810 -10.080  1.00  0.00            
+ATOM     25  N   VAL     2      34.740  18.960 -11.040  1.00  0.00            
+ATOM     26  H   VAL     2      35.360  18.600 -11.740  1.00  0.00            
+ATOM     27  CA  VAL     2      33.900  18.000 -10.330  1.00  0.00            
+ATOM     28  HA  VAL     2      33.170  18.520  -9.900  1.00  0.00            
+ATOM     29  CB  VAL     2      33.140  17.030 -11.230  1.00  0.00            
+ATOM     30  HB  VAL     2      33.860  16.520 -11.700  1.00  0.00            
+ATOM     31  CG1 VAL     2      32.250  16.080 -10.430  1.00  0.00            
+ATOM     32 1HG1 VAL     2      31.770  15.470 -11.060  1.00  0.00            
+ATOM     33 2HG1 VAL     2      32.820  15.550  -9.810  1.00  0.00            
+ATOM     34 3HG1 VAL     2      31.580  16.610  -9.910  1.00  0.00            
+ATOM     35  CG2 VAL     2      32.290  17.710 -12.290  1.00  0.00            
+ATOM     36 1HG2 VAL     2      31.830  17.020 -12.840  1.00  0.00            
+ATOM     37 2HG2 VAL     2      31.620  18.300 -11.850  1.00  0.00            
+ATOM     38 3HG2 VAL     2      32.880  18.270 -12.880  1.00  0.00            
+ATOM     39  C   VAL     2      34.800  17.310  -9.290  1.00  0.00            
+ATOM     40  O   VAL     2      35.760  16.610  -9.660  1.00  0.00            
+ATOM     41  N   PHE     3      34.490  17.550  -8.040  1.00  0.00            
+ATOM     42  H   PHE     3      33.750  18.190  -7.840  1.00  0.00            
+ATOM     43  CA  PHE     3      35.190  16.900  -6.920  1.00  0.00            
+ATOM     44  HA  PHE     3      36.150  16.970  -7.170  1.00  0.00            
+ATOM     45  CB  PHE     3      34.970  17.630  -5.590  1.00  0.00            
+ATOM     46  HB1 PHE     3      34.050  18.020  -5.580  1.00  0.00            
+ATOM     47  HB2 PHE     3      35.060  16.980  -4.840  1.00  0.00            
+ATOM     48  CG  PHE     3      35.940  18.740  -5.380  1.00  0.00            
+ATOM     49  CD1 PHE     3      35.670  20.050  -5.800  1.00  0.00            
+ATOM     50  HD1 PHE     3      34.810  20.250  -6.270  1.00  0.00            
+ATOM     51  CD2 PHE     3      37.000  18.560  -4.470  1.00  0.00            
+ATOM     52  HD2 PHE     3      37.130  17.660  -4.050  1.00  0.00            
+ATOM     53  CE1 PHE     3      36.580  21.080  -5.570  1.00  0.00            
+ATOM     54  HE1 PHE     3      36.480  21.950  -6.040  1.00  0.00            
+ATOM     55  CE2 PHE     3      37.870  19.590  -4.160  1.00  0.00            
+ATOM     56  HE2 PHE     3      38.660  19.420  -3.570  1.00  0.00            
+ATOM     57  CZ  PHE     3      37.640  20.870  -4.670  1.00  0.00            
+ATOM     58  HZ  PHE     3      38.220  21.640  -4.390  1.00  0.00            
+ATOM     59  C   PHE     3      34.740  15.440  -6.770  1.00  0.00            
+ATOM     60  O   PHE     3      33.520  15.160  -6.860  1.00  0.00            
+ATOM     61  N   GLY     4      35.720  14.640  -6.330  1.00  0.00            
+ATOM     62  H   GLY     4      36.670  14.950  -6.320  1.00  0.00            
+ATOM     63  CA  GLY     4      35.370  13.280  -5.870  1.00  0.00            
+ATOM     64  HA1 GLY     4      34.620  12.920  -6.430  1.00  0.00            
+ATOM     65  HA2 GLY     4      36.160  12.680  -5.940  1.00  0.00            
+ATOM     66  C   GLY     4      34.920  13.420  -4.420  1.00  0.00            
+ATOM     67  O   GLY     4      35.300  14.400  -3.780  1.00  0.00            
+ATOM     68  N   ARG     5      34.050  12.540  -3.970  1.00  0.00            
+ATOM     69  H   ARG     5      33.710  11.840  -4.600  1.00  0.00            
+ATOM     70  CA  ARG     5      33.560  12.540  -2.590  1.00  0.00            
+ATOM     71  HA  ARG     5      32.980  13.340  -2.520  1.00  0.00            
+ATOM     72  CB  ARG     5      32.760  11.260  -2.330  1.00  0.00            
+ATOM     73  HB1 ARG     5      32.000  11.220  -2.970  1.00  0.00            
+ATOM     74  HB2 ARG     5      33.360  10.470  -2.470  1.00  0.00            
+ATOM     75  CG  ARG     5      32.210  11.200  -0.920  1.00  0.00            
+ATOM     76  HG1 ARG     5      32.970  11.170  -0.270  1.00  0.00            
+ATOM     77  HG2 ARG     5      31.650  12.010  -0.750  1.00  0.00            
+ATOM     78  CD  ARG     5      31.380  10.000  -0.720  1.00  0.00            
+ATOM     79  HD1 ARG     5      31.040   9.990   0.220  1.00  0.00            
+ATOM     80  HD2 ARG     5      30.600  10.050  -1.350  1.00  0.00            
+ATOM     81  NE  ARG     5      32.060   8.750  -0.960  1.00  0.00            
+ATOM     82  HE  ARG     5      32.020   8.400  -1.890  1.00  0.00            
+ATOM     83  CZ  ARG     5      32.730   8.010  -0.100  1.00  0.00            
+ATOM     84  NH1 ARG     5      32.840   8.330   1.190  1.00  0.00            
+ATOM     85 1HH1 ARG     5      32.390   9.160   1.530  1.00  0.00            
+ATOM     86 2HH1 ARG     5      33.360   7.750   1.810  1.00  0.00            
+ATOM     87  NH2 ARG     5      33.250   6.840  -0.530  1.00  0.00            
+ATOM     88 1HH2 ARG     5      33.110   6.550  -1.470  1.00  0.00            
+ATOM     89 2HH2 ARG     5      33.760   6.260   0.100  1.00  0.00            
+ATOM     90  C   ARG     5      34.670  12.730  -1.560  1.00  0.00            
+ATOM     91  O   ARG     5      34.670  13.650  -0.700  1.00  0.00            
+TER
+ENDMDL
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/ions.mdp
--- a/test-data/ions.mdp Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,15 +0,0 @@
-; ions.mdp - used as input into grompp to generate ions.tpr
-; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
-integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
-emtol = 1000.0   ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm
-emstep      = 0.01      ; Energy step size
-nsteps = 50000    ; Maximum number of (minimization) steps to perform
-
-; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
-nstlist     = 1     ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
-cutoff-scheme   = Verlet
-ns_type     = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
-coulombtype     = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions
-rcoulomb     = 1.0 ; Short-range electrostatic cut-off
-rvdw     = 1.0 ; Short-range Van der Waals cut-off
-pbc         = xyz  ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/ions.tpr
b
Binary file test-data/ions.tpr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/md.mdp
--- a/test-data/md.mdp Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/test-data/md.mdp Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
@@ -1,46 +1,50 @@
-title = OPLS Lysozyme MD simulation 
-; Run parameters
-integrator = md ; leap-frog integrator
-nsteps = 500 ; 2 * 500000 = 1000 ps (1 ns)
-dt     = 0.002 ; 2 fs
-; Output control
-nstxout         = 50 ; save coordinates every 10.0 ps
-nstvout         = 50 ; save velocities every 10.0 ps
-nstenergy         = 50 ; save energies every 10.0 ps
-nstlog         = 50 ; update log file every 10.0 ps
-nstxout-compressed  = 50      ; save compressed coordinates every 10.0 ps
-                                ; nstxout-compressed replaces nstxtcout
-compressed-x-grps   = System    ; replaces xtc-grps
-; Bond parameters
-continuation         = yes ; Restarting after NPT 
-constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints 
-constraints             = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
-lincs_iter             = 1     ; accuracy of LINCS
-lincs_order             = 4     ; also related to accuracy
-; Neighborsearching
-cutoff-scheme   = Verlet
-ns_type     = grid ; search neighboring grid cells
-nstlist     = 10     ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
-rcoulomb     = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
-rvdw     = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
-; Electrostatics
-coulombtype     = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
-pme_order     = 4     ; cubic interpolation
-fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT
-; Temperature coupling is on
-tcoupl = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
-tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
-tau_t = 0.1   0.1         ; time constant, in ps
-ref_t = 300    300         ; reference temperature, one for each group, in K
-; Pressure coupling is on
-pcoupl         = Parrinello-Rahman     ; Pressure coupling on in NPT
-pcoupltype         = isotropic             ; uniform scaling of box vectors
-tau_p         = 2.0             ; time constant, in ps
-ref_p         = 1.0             ; reference pressure, in bar
-compressibility     = 4.5e-5             ; isothermal compressibility of water, bar^-1
-; Periodic boundary conditions
-pbc = xyz ; 3-D PBC
-; Dispersion correction
-DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme
-; Velocity generation
-gen_vel = no ; Velocity generation is off 
+
+                    title    = OPLS Lysozyme MD simulation 
+                    ; Run parameters
+                    integrator  = md    ; leap-frog integrator
+                    nsteps    = 500  ; 2 * 500000 = 1000 ps (1 ns)
+                    dt        = 0.002    ; 2 fs
+                    ; Output control
+                    nstxout            = 50    ; save coordinates every 10.0 ps
+                    nstvout            = 50    ; save velocities every 10.0 ps
+                    nstenergy          = 50    ; save energies every 10.0 ps
+                    nstlog            = 50    ; update log file every 10.0 ps
+                    nstxout-compressed  = 50      ; save compressed coordinates every 10.0 ps
+                                                    ; nstxout-compressed replaces nstxtcout
+                    compressed-x-grps   = System    ; group(s) to write to the compressed trajectory file
+                    ; Bond parameters
+                    continuation          = yes    ; Restarting after NPT 
+                    constraint_algorithm    = lincs      ; holonomic constraints 
+                    constraints              = all-bonds  ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
+                    lincs_iter              = 1        ; accuracy of LINCS
+                    lincs_order              = 4        ; also related to accuracy
+                    ; Neighborsearching
+                    cutoff-scheme   = Verlet
+                    ns_type        = grid    ; search neighboring grid cells
+                    nstlist        = 10      ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
+                    rcoulomb      = 1.0    ; Short-range electrostatic cut-off
+                    rlist       = 1.0 ; Cut-off distance for the short-range neighbor list.
+                    rvdw        = 1.0    ; Short-range Van der Waals cut-off
+                    ; Electrostatics
+                    coulombtype      = PME    ; method for electrostatics calculations e.g. PME
+                    pme_order      = 4        ; cubic interpolation
+                    fourierspacing  = 0.16    ; grid spacing for FFT
+                    ; Temperature coupling is on
+                    tcoupl    = V-rescale              ; modified Berendsen thermostat
+                    tc-grps    = Protein Non-Protein  ; two coupling groups - more accurate
+                    tau_t    = 0.1    0.1          ; time constant, in ps
+                    ref_t    = 300 300           ; reference temperature, one for each group, in K
+                    ; Periodic boundary conditions
+                    pbc    = xyz    ; 3-D PBC
+                    ; Dispersion correction
+                    DispCorr  = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
+                    ; Velocity generation
+                    gen_vel    = no    ; Velocity generation is off
+                    ; Pressure coupling is on
+                    pcoupl            = Parrinello-Rahman      ; Pressure coupling on in NPT
+                    pcoupltype          = isotropic              ; uniform scaling of box vectors
+                    tau_p            = 2.0                ; time constant, in ps
+                    ref_p            = 1.0                ; reference pressure, in bar
+                    compressibility     = 4.5e-5              ; isothermal compressibility of water, bar^-1
+
+            
\ No newline at end of file
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/md_0_1.cpt
b
Binary file test-data/md_0_1.cpt has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/md_0_1.edr
b
Binary file test-data/md_0_1.edr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/md_0_1.gro
--- a/test-data/md_0_1.gro Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,38379 +0,0 @@\n-LYSOZYME in water\n-38376\n-    1LYS      N    1   4.429   3.394   2.466  0.1526  0.1131 -0.1241\n-    1LYS     H1    2   4.376   3.432   2.544 -0.2928 -0.4706 -0.1363\n-    1LYS     H2    3   4.491   3.470   2.441 -2.6019  2.5173 -0.1367\n-    1LYS     H3    4   4.371   3.381   2.385 -1.9364  0.4538  1.2296\n-    1LYS     CA    5   4.491   3.267   2.504 -0.0957  0.2396  0.7361\n-    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.415  0.1777  1.9459 -0.1414\n-    1LYS     CB    7   4.611   3.287   2.597  0.2331  0.3607  0.2888\n-    1LYS    HB1    8   4.691   3.335   2.540 -0.9588  0.5463 -1.3130\n-    1LYS    HB2    9   4.580   3.352   2.679 -3.1476  1.4459 -1.6371\n-    1LYS     CG   10   4.663   3.155   2.654  0.4507  0.2270 -0.2116\n-    1LYS    HG1   11   4.593   3.106   2.721  1.5678  0.1609  0.9305\n-    1LYS    HG2   12   4.691   3.078   2.582 -1.5498 -0.0941 -0.6984\n-    1LYS     CD   13   4.784   3.172   2.745  0.1335  0.5457  0.1550\n-    1LYS    HD1   14   4.879   3.175   2.692 -0.1725 -0.6211 -0.4947\n-    1LYS    HD2   15   4.778   3.262   2.806  2.1440  0.6466  0.2861\n-    1LYS     CE   16   4.789   3.047   2.833 -0.4807 -0.1214 -0.7457\n-    1LYS    HE1   17   4.719   3.047   2.917  1.7277  0.0045  1.1773\n-    1LYS    HE2   18   4.773   2.952   2.781 -0.8328 -0.4569 -0.0525\n-    1LYS     NZ   19   4.922   3.040   2.895 -0.6050 -0.3999 -0.5081\n-    1LYS    HZ1   20   4.908   2.970   2.967 -0.7211  1.5265  1.4550\n-    1LYS    HZ2   21   4.992   3.015   2.826 -0.9550 -1.2417 -0.5745\n-    1LYS    HZ3   22   4.939   3.130   2.937  1.5134  0.3689 -2.7878\n-    1LYS      C   23   4.379   3.185   2.565  0.3972 -0.1245  1.1651\n-    1LYS      O   24   4.296   3.236   2.641 -0.0875  0.6005  0.1685\n-    2VAL      N   25   4.365   3.059   2.522  0.0372  0.1665  0.4194\n-    2VAL      H   26   4.431   3.029   2.452 -1.4709 -0.4772 -0.7867\n-    2VAL     CA   27   4.289   2.960   2.595 -0.0183  0.0950  0.2651\n-    2VAL     HA   28   4.202   3.005   2.642  0.4748 -0.2845  1.5897\n-    2VAL     CB   29   4.256   2.854   2.490 -0.0649  0.4842 -0.1163\n-    2VAL     HB   30   4.351   2.822   2.447  0.5872  0.5117  1.2457\n-    2VAL    CG1   31   4.189   2.730   2.550  0.8764  0.0520  0.0663\n-    2VAL   HG11   32   4.156   2.661   2.471  0.7753 -2.7919  2.4270\n-    2VAL   HG12   33   4.265   2.675   2.605 -0.1191 -2.3114 -0.7719\n-    2VAL   HG13   34   4.102   2.763   2.607 -0.9784 -2.2582 -1.2109\n-    2VAL    CG2   35   4.170   2.914   2.378 -0.9867 -0.7006 -0.0661\n-    2VAL   HG21   36   4.167   2.847   2.293  2.5161  1.2669 -1.9884\n-    2VAL   HG22   37   4.071   2.900   2.420 -0.3698 -2.1634  1.0137\n-    2VAL   HG23   38   4.203   3.014   2.350 -0.6507 -0.3028  1.5873\n-    2VAL      C   39   4.385   2.906   2.701  0.1971  0.2163  0.1322\n-    2VAL      O   40   4.488   2.851   2.662 -0.0104 -0.1071  0.0391\n-    3PHE      N   41   4.341   2.920   2.826 -0.1972 -0.6715  0.1015\n-    3PHE      H   42   4.247   2.950   2.847 -0.6923 -1.7042 -0.5419\n-    3PHE     CA   43   4.411   2.859   2.938  0.5547 -0.1372 -0.0650\n-    3PHE     HA   44   4.519   2.861   2.932  0.5519  1.4285  0.0009\n-    3PHE     CB   45   4.372   2.945   3.058  0.1080  0.1711 -0.4294\n-    3PHE    HB1   46   4.272   2.990   3.059  0.3226  0.9335 -3.2544\n-    3PHE    HB2   47   4.372   2.886   3.149  0.6316 -0.8363 -1.0714\n-    3PHE     CG   48   4.469   3.058   3.083 -0.1237  0.2152  0.2652\n-    3PHE    CD1   49   4.451   3.178   3.014  0.0343  0.4010  0.5424\n-    3PHE    HD1   50   4.378   3.170   2.934 -0.6395 -1.6141  1.3102\n-    3PHE    CD2   51   4.576   3.051   3.172  0.0952 -0.2342 -0.0342\n-    3PHE    HD2   52   4.596   2.956   3.221  1.5937  0.9985  1.9196\n-    3PHE    CE1   53   4.529   3.294   3.030 -0.0422  0.5099  0.1465\n-    3PHE    HE1   54   4.516   3.384   2.972 -0.9626  0.9204  0.9658\n-    3PHE    CE2   55   4.661   3.160   3.191 -0.2072 -0.0117  0.0452\n-    3PHE    HE2   56   4.752   3.148   3.249 -0.2102  0.2193  0.1015\n-    3PHE     CZ   57   4.635   3'..b' 6.594   6.659   6.434 -1.7738  0.8002 -0.6626\n-12250SOL     OW38321   6.642   6.652   5.572  0.4397 -0.2823 -0.0651\n-12250SOL    HW138322   6.603   6.711   5.501  1.1166 -0.5859 -0.6987\n-12250SOL    HW238323   6.703   6.585   5.530 -1.0446 -2.0899  0.5227\n-12251SOL     OW38324   0.221   6.994   6.284 -0.4406 -0.5142  0.0142\n-12251SOL    HW138325   0.151   7.017   6.216  0.0347 -1.8597 -0.9744\n-12251SOL    HW238326   0.187   6.921   6.343  0.0880 -1.1555 -0.4555\n-12252SOL     OW38327   5.886   6.811   6.234  0.2079  0.1277 -0.3123\n-12252SOL    HW138328   5.881   6.716   6.265 -1.9732  0.6910  1.2822\n-12252SOL    HW238329   5.922   6.814   6.141 -0.7392 -2.3563 -0.8212\n-12253SOL     OW38330   6.262   6.835   7.257 -0.7366 -0.1839 -0.2195\n-12253SOL    HW138331   6.251   6.814   7.159  0.6595 -2.7792  0.0700\n-12253SOL    HW238332   6.175   6.819   7.304 -0.6013 -2.3341 -0.5780\n-12254SOL     OW38333   0.052   5.676   6.899 -0.2260  0.0341  0.1024\n-12254SOL    HW138334   0.052   5.713   6.806 -2.3340  0.0028  0.0399\n-12254SOL    HW238335   0.036   5.751   6.964  1.0357  0.0238  0.4353\n-12255SOL     OW38336   6.051   6.012   5.958 -0.4443  0.2711 -0.4477\n-12255SOL    HW138337   6.125   5.979   5.899 -1.0716  0.5615 -1.4256\n-12255SOL    HW238338   5.991   5.936   5.983 -0.2131  0.1575 -0.2383\n-12256SOL     OW38339   5.851   5.838   6.609  0.1954  0.2156 -0.9382\n-12256SOL    HW138340   5.865   5.740   6.595  0.6087  0.0502  0.5145\n-12256SOL    HW238341   5.858   5.886   6.521  1.3747 -0.8889 -1.4707\n-12257SOL     OW38342   6.467   7.043   6.301 -0.2687 -0.6857 -0.5813\n-12257SOL    HW138343   6.397   7.030   6.231  0.6708 -0.9461 -1.5048\n-12257SOL    HW238344   6.450   7.128   6.350 -2.2947 -1.6332  0.5110\n-12258SOL     OW38345   6.976   5.820   6.612 -0.7520  0.3184 -0.7995\n-12258SOL    HW138346   6.963   5.721   6.599  1.9691 -0.5237  1.7711\n-12258SOL    HW238347   6.920   5.850   6.690  0.4183  0.1840  0.1104\n-12259SOL     OW38348   6.553   5.474   6.545 -0.2222 -0.3970 -0.0364\n-12259SOL    HW138349   6.539   5.397   6.483 -0.7633  0.4178 -0.9572\n-12259SOL    HW238350   6.648   5.505   6.540 -0.3141 -0.2050 -0.6211\n-12260SOL     OW38351   6.464   6.778   6.019 -0.0898 -0.3518  0.6137\n-12260SOL    HW138352   6.429   6.686   6.036  0.1391 -0.2165  1.9489\n-12260SOL    HW238353   6.554   6.788   6.061  0.4160  0.1264 -0.5369\n-12261SOL     OW38354   6.399   7.017   6.835  0.6341 -0.6348 -0.3472\n-12261SOL    HW138355   6.454   7.096   6.863  1.0454 -0.9700 -0.2133\n-12261SOL    HW238356   6.455   6.955   6.781 -0.0284 -0.1959 -1.5896\n-12262SOL     OW38357   6.886   5.508   5.832  0.1477  0.0482  0.1559\n-12262SOL    HW138358   6.822   5.462   5.771 -0.1354  0.2510  0.2941\n-12262SOL    HW238359   6.846   5.595   5.862  0.6586  0.3648 -0.0757\n-12263SOL     OW38360   6.788   6.057   6.168 -0.0705 -0.0553  0.3629\n-12263SOL    HW138361   6.693   6.087   6.161 -0.2509 -0.9176 -1.8446\n-12263SOL    HW238362   6.800   6.006   6.253 -1.9423 -1.0046  0.1344\n-12264SOL     OW38363   0.010   5.782   6.606 -0.6259  0.0406  0.8064\n-12264SOL    HW138364  -0.089   5.789   6.606 -0.5727  1.4993 -0.1644\n-12264SOL    HW238365   0.042   5.759   6.514 -0.1044 -2.0421  1.4433\n-12265SOL     OW38366   5.692   6.488   5.788 -0.4835  0.1716 -0.0895\n-12265SOL    HW138367   5.775   6.538   5.763  0.6221 -0.7630  1.4883\n-12265SOL    HW238368   5.718   6.397   5.823 -2.0523  0.3377  1.6556\n-12266CL      CL38369   7.169   2.874   1.288 -0.1056 -0.3447  0.1476\n-12267CL      CL38370   1.429   2.334   3.162 -0.4813  0.1653  0.1369\n-12268CL      CL38371   1.434   7.136   4.257 -0.0126 -0.1902  0.3382\n-12269CL      CL38372   1.569   6.306   5.602  0.1944 -0.0930  0.0882\n-12270CL      CL38373   3.048   3.765   6.004 -0.3404 -0.2297 -0.0028\n-12271CL      CL38374   2.706   4.216   1.747 -0.1708  0.1789 -0.2380\n-12272CL      CL38375   7.198   1.029   0.746 -0.3576 -0.3053  0.1702\n-12273CL      CL38376   6.124   5.720   5.642  0.0626 -0.0337 -0.0040\n-   7.26500   7.26500   7.26500\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/md_0_1.ndx
--- a/test-data/md_0_1.ndx Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
[
b'@@ -1,13032 +0,0 @@\n-[ System ]\n-   1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12   13   14   15\n-  16   17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30\n-  31   32   33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45\n-  46   47   48   49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60\n-  61   62   63   64   65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75\n-  76   77   78   79   80   81   82   83   84   85   86   87   88   89   90\n-  91   92   93   94   95   96   97   98   99  100  101  102  103  104  105\n- 106  107  108  109  110  111  112  113  114  115  116  117  118  119  120\n- 121  122  123  124  125  126  127  128  129  130  131  132  133  134  135\n- 136  137  138  139  140  141  142  143  144  145  146  147  148  149  150\n- 151  152  153  154  155  156  157  158  159  160  161  162  163  164  165\n- 166  167  168  169  170  171  172  173  174  175  176  177  178  179  180\n- 181  182  183  184  185  186  187  188  189  190  191  192  193  194  195\n- 196  197  198  199  200  201  202  203  204  205  206  207  208  209  210\n- 211  212  213  214  215  216  217  218  219  220  221  222  223  224  225\n- 226  227  228  229  230  231  232  233  234  235  236  237  238  239  240\n- 241  242  243  244  245  246  247  248  249  250  251  252  253  254  255\n- 256  257  258  259  260  261  262  263  264  265  266  267  268  269  270\n- 271  272  273  274  275  276  277  278  279  280  281  282  283  284  285\n- 286  287  288  289  290  291  292  293  294  295  296  297  298  299  300\n- 301  302  303  304  305  306  307  308  309  310  311  312  313  314  315\n- 316  317  318  319  320  321  322  323  324  325  326  327  328  329  330\n- 331  332  333  334  335  336  337  338  339  340  341  342  343  344  345\n- 346  347  348  349  350  351  352  353  354  355  356  357  358  359  360\n- 361  362  363  364  365  366  367  368  369  370  371  372  373  374  375\n- 376  377  378  379  380  381  382  383  384  385  386  387  388  389  390\n- 391  392  393  394  395  396  397  398  399  400  401  402  403  404  405\n- 406  407  408  409  410  411  412  413  414  415  416  417  418  419  420\n- 421  422  423  424  425  426  427  428  429  430  431  432  433  434  435\n- 436  437  438  439  440  441  442  443  444  445  446  447  448  449  450\n- 451  452  453  454  455  456  457  458  459  460  461  462  463  464  465\n- 466  467  468  469  470  471  472  473  474  475  476  477  478  479  480\n- 481  482  483  484  485  486  487  488  489  490  491  492  493  494  495\n- 496  497  498  499  500  501  502  503  504  505  506  507  508  509  510\n- 511  512  513  514  515  516  517  518  519  520  521  522  523  524  525\n- 526  527  528  529  530  531  532  533  534  535  536  537  538  539  540\n- 541  542  543  544  545  546  547  548  549  550  551  552  553  554  555\n- 556  557  558  559  560  561  562  563  564  565  566  567  568  569  570\n- 571  572  573  574  575  576  577  578  579  580  581  582  583  584  585\n- 586  587  588  589  590  591  592  593  594  595  596  597  598  599  600\n- 601  602  603  604  605  606  607  608  609  610  611  612  613  614  615\n- 616  617  618  619  620  621  622  623  624  625  626  627  628  629  630\n- 631  632  633  634  635  636  637  638  639  640  641  642  643  644  645\n- 646  647  648  649  650  651  652  653  654  655  656  657  658  659  660\n- 661  662  663  664  665  666  667  668  669  670  671  672  673  674  675\n- 676  677  678  679  680  681  682  683  684  685  686  687  688  689  690\n- 691  692  693  694  695  696  697  698  699  700  701  702  703  704  705\n- 706  707  708  709  710  711  712  713  714  715  716  717  718  719  720\n- 721  722  723  724  725  726  727  728  729  730  731  732  733  734  735\n- 736  737  738  739  740  741  742  743  744  745  746  747  748  749  750\n- 751  752  753  754  755  756  757  758  759  760  761  762  763  764  765\n- 766  767  768  769  770  771  772  773  774  775  776  777  778  779  780\n- 781  782  783'..b'7730 37731 37732 37733 37734 37735\n-37736 37737 37738 37739 37740 37741 37742 37743 37744 37745 37746 37747 37748 37749 37750\n-37751 37752 37753 37754 37755 37756 37757 37758 37759 37760 37761 37762 37763 37764 37765\n-37766 37767 37768 37769 37770 37771 37772 37773 37774 37775 37776 37777 37778 37779 37780\n-37781 37782 37783 37784 37785 37786 37787 37788 37789 37790 37791 37792 37793 37794 37795\n-37796 37797 37798 37799 37800 37801 37802 37803 37804 37805 37806 37807 37808 37809 37810\n-37811 37812 37813 37814 37815 37816 37817 37818 37819 37820 37821 37822 37823 37824 37825\n-37826 37827 37828 37829 37830 37831 37832 37833 37834 37835 37836 37837 37838 37839 37840\n-37841 37842 37843 37844 37845 37846 37847 37848 37849 37850 37851 37852 37853 37854 37855\n-37856 37857 37858 37859 37860 37861 37862 37863 37864 37865 37866 37867 37868 37869 37870\n-37871 37872 37873 37874 37875 37876 37877 37878 37879 37880 37881 37882 37883 37884 37885\n-37886 37887 37888 37889 37890 37891 37892 37893 37894 37895 37896 37897 37898 37899 37900\n-37901 37902 37903 37904 37905 37906 37907 37908 37909 37910 37911 37912 37913 37914 37915\n-37916 37917 37918 37919 37920 37921 37922 37923 37924 37925 37926 37927 37928 37929 37930\n-37931 37932 37933 37934 37935 37936 37937 37938 37939 37940 37941 37942 37943 37944 37945\n-37946 37947 37948 37949 37950 37951 37952 37953 37954 37955 37956 37957 37958 37959 37960\n-37961 37962 37963 37964 37965 37966 37967 37968 37969 37970 37971 37972 37973 37974 37975\n-37976 37977 37978 37979 37980 37981 37982 37983 37984 37985 37986 37987 37988 37989 37990\n-37991 37992 37993 37994 37995 37996 37997 37998 37999 38000 38001 38002 38003 38004 38005\n-38006 38007 38008 38009 38010 38011 38012 38013 38014 38015 38016 38017 38018 38019 38020\n-38021 38022 38023 38024 38025 38026 38027 38028 38029 38030 38031 38032 38033 38034 38035\n-38036 38037 38038 38039 38040 38041 38042 38043 38044 38045 38046 38047 38048 38049 38050\n-38051 38052 38053 38054 38055 38056 38057 38058 38059 38060 38061 38062 38063 38064 38065\n-38066 38067 38068 38069 38070 38071 38072 38073 38074 38075 38076 38077 38078 38079 38080\n-38081 38082 38083 38084 38085 38086 38087 38088 38089 38090 38091 38092 38093 38094 38095\n-38096 38097 38098 38099 38100 38101 38102 38103 38104 38105 38106 38107 38108 38109 38110\n-38111 38112 38113 38114 38115 38116 38117 38118 38119 38120 38121 38122 38123 38124 38125\n-38126 38127 38128 38129 38130 38131 38132 38133 38134 38135 38136 38137 38138 38139 38140\n-38141 38142 38143 38144 38145 38146 38147 38148 38149 38150 38151 38152 38153 38154 38155\n-38156 38157 38158 38159 38160 38161 38162 38163 38164 38165 38166 38167 38168 38169 38170\n-38171 38172 38173 38174 38175 38176 38177 38178 38179 38180 38181 38182 38183 38184 38185\n-38186 38187 38188 38189 38190 38191 38192 38193 38194 38195 38196 38197 38198 38199 38200\n-38201 38202 38203 38204 38205 38206 38207 38208 38209 38210 38211 38212 38213 38214 38215\n-38216 38217 38218 38219 38220 38221 38222 38223 38224 38225 38226 38227 38228 38229 38230\n-38231 38232 38233 38234 38235 38236 38237 38238 38239 38240 38241 38242 38243 38244 38245\n-38246 38247 38248 38249 38250 38251 38252 38253 38254 38255 38256 38257 38258 38259 38260\n-38261 38262 38263 38264 38265 38266 38267 38268 38269 38270 38271 38272 38273 38274 38275\n-38276 38277 38278 38279 38280 38281 38282 38283 38284 38285 38286 38287 38288 38289 38290\n-38291 38292 38293 38294 38295 38296 38297 38298 38299 38300 38301 38302 38303 38304 38305\n-38306 38307 38308 38309 38310 38311 38312 38313 38314 38315 38316 38317 38318 38319 38320\n-38321 38322 38323 38324 38325 38326 38327 38328 38329 38330 38331 38332 38333 38334 38335\n-38336 38337 38338 38339 38340 38341 38342 38343 38344 38345 38346 38347 38348 38349 38350\n-38351 38352 38353 38354 38355 38356 38357 38358 38359 38360 38361 38362 38363 38364 38365\n-38366 38367 38368 38369 38370 38371 38372 38373 38374 38375 38376\n-[ !Protein_&_non-Water ]\n-38369 38370 38371 38372 38373 38374 38375 38376\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/md_0_1.pdb
--- a/test-data/md_0_1.pdb Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,38382 +0,0 @@\n-TITLE     LYSOZYME in water\n-REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX\n-CRYST1   72.650   72.650   72.650  90.00  90.00  90.00 P 1           1\n-MODEL        1\n-ATOM      1  N   LYS     1      44.290  33.940  24.660  1.00  0.00            \n-ATOM      2  H1  LYS     1      43.760  34.320  25.440  1.00  0.00            \n-ATOM      3  H2  LYS     1      44.910  34.700  24.410  1.00  0.00            \n-ATOM      4  H3  LYS     1      43.710  33.810  23.850  1.00  0.00            \n-ATOM      5  CA  LYS     1      44.910  32.670  25.040  1.00  0.00            \n-ATOM      6  HA  LYS     1      45.310  32.170  24.150  1.00  0.00            \n-ATOM      7  CB  LYS     1      46.110  32.870  25.970  1.00  0.00            \n-ATOM      8  HB1 LYS     1      46.910  33.350  25.400  1.00  0.00            \n-ATOM      9  HB2 LYS     1      45.800  33.520  26.790  1.00  0.00            \n-ATOM     10  CG  LYS     1      46.630  31.550  26.540  1.00  0.00            \n-ATOM     11  HG1 LYS     1      45.930  31.060  27.210  1.00  0.00            \n-ATOM     12  HG2 LYS     1      46.910  30.780  25.820  1.00  0.00            \n-ATOM     13  CD  LYS     1      47.840  31.720  27.450  1.00  0.00            \n-ATOM     14  HD1 LYS     1      48.790  31.750  26.920  1.00  0.00            \n-ATOM     15  HD2 LYS     1      47.780  32.620  28.060  1.00  0.00            \n-ATOM     16  CE  LYS     1      47.890  30.470  28.330  1.00  0.00            \n-ATOM     17  HE1 LYS     1      47.190  30.470  29.170  1.00  0.00            \n-ATOM     18  HE2 LYS     1      47.730  29.520  27.810  1.00  0.00            \n-ATOM     19  NZ  LYS     1      49.220  30.400  28.950  1.00  0.00            \n-ATOM     20  HZ1 LYS     1      49.080  29.700  29.670  1.00  0.00            \n-ATOM     21  HZ2 LYS     1      49.920  30.150  28.260  1.00  0.00            \n-ATOM     22  HZ3 LYS     1      49.390  31.300  29.370  1.00  0.00            \n-ATOM     23  C   LYS     1      43.790  31.850  25.650  1.00  0.00            \n-ATOM     24  O   LYS     1      42.960  32.360  26.410  1.00  0.00            \n-ATOM     25  N   VAL     2      43.650  30.590  25.220  1.00  0.00            \n-ATOM     26  H   VAL     2      44.310  30.290  24.520  1.00  0.00            \n-ATOM     27  CA  VAL     2      42.890  29.600  25.950  1.00  0.00            \n-ATOM     28  HA  VAL     2      42.020  30.050  26.420  1.00  0.00            \n-ATOM     29  CB  VAL     2      42.560  28.540  24.900  1.00  0.00            \n-ATOM     30  HB  VAL     2      43.510  28.220  24.470  1.00  0.00            \n-ATOM     31  CG1 VAL     2      41.890  27.300  25.500  1.00  0.00            \n-ATOM     32 1HG1 VAL     2      41.560  26.610  24.710  1.00  0.00            \n-ATOM     33 2HG1 VAL     2      42.650  26.750  26.050  1.00  0.00            \n-ATOM     34 3HG1 VAL     2      41.020  27.630  26.070  1.00  0.00            \n-ATOM     35  CG2 VAL     2      41.700  29.140  23.780  1.00  0.00            \n-ATOM     36 1HG2 VAL     2      41.670  28.470  22.930  1.00  0.00            \n-ATOM     37 2HG2 VAL     2      40.710  29.000  24.200  1.00  0.00            \n-ATOM     38 3HG2 VAL     2      42.030  30.140  23.500  1.00  0.00            \n-ATOM     39  C   VAL     2      43.850  29.060  27.010  1.00  0.00            \n-ATOM     40  O   VAL     2      44.880  28.510  26.620  1.00  0.00            \n-ATOM     41  N   PHE     3      43.410  29.200  28.260  1.00  0.00            \n-ATOM     42  H   PHE     3      42.470  29.500  28.470  1.00  0.00            \n-ATOM     43  CA  PHE     3      44.110  28.590  29.380  1.00  0.00            \n-ATOM     44  HA  PHE     3      45.190  28.610  29.320  1.00  0.00            \n-ATOM     45  CB  PHE     3      43.720  29.450  30.580  1.00  0.00            \n-ATOM     46  HB1 PHE     3      42.720  29.900  30.590  1.00  0.00            \n-ATOM     47  HB2 PHE     3      43.720  28.860  31.490  1.00  0.00            \n-ATOM     48  CG  PHE     3      44.690  30.580  30.830  1.00  0.0'..b'OW  SOL  2252      58.860  68.110  62.340  1.00  0.00            \n-ATOM  38328  HW1 SOL  2252      58.810  67.160  62.650  1.00  0.00            \n-ATOM  38329  HW2 SOL  2252      59.220  68.140  61.410  1.00  0.00            \n-ATOM  38330  OW  SOL  2253      62.620  68.350  72.570  1.00  0.00            \n-ATOM  38331  HW1 SOL  2253      62.510  68.140  71.590  1.00  0.00            \n-ATOM  38332  HW2 SOL  2253      61.750  68.190  73.040  1.00  0.00            \n-ATOM  38333  OW  SOL  2254       0.520  56.760  68.990  1.00  0.00            \n-ATOM  38334  HW1 SOL  2254       0.520  57.130  68.060  1.00  0.00            \n-ATOM  38335  HW2 SOL  2254       0.360  57.510  69.640  1.00  0.00            \n-ATOM  38336  OW  SOL  2255      60.510  60.120  59.580  1.00  0.00            \n-ATOM  38337  HW1 SOL  2255      61.250  59.790  58.990  1.00  0.00            \n-ATOM  38338  HW2 SOL  2255      59.910  59.360  59.830  1.00  0.00            \n-ATOM  38339  OW  SOL  2256      58.510  58.380  66.090  1.00  0.00            \n-ATOM  38340  HW1 SOL  2256      58.650  57.400  65.950  1.00  0.00            \n-ATOM  38341  HW2 SOL  2256      58.580  58.860  65.210  1.00  0.00            \n-ATOM  38342  OW  SOL  2257      64.670  70.430  63.010  1.00  0.00            \n-ATOM  38343  HW1 SOL  2257      63.970  70.300  62.310  1.00  0.00            \n-ATOM  38344  HW2 SOL  2257      64.500  71.280  63.500  1.00  0.00            \n-ATOM  38345  OW  SOL  2258      69.760  58.200  66.120  1.00  0.00            \n-ATOM  38346  HW1 SOL  2258      69.630  57.210  65.990  1.00  0.00            \n-ATOM  38347  HW2 SOL  2258      69.200  58.500  66.900  1.00  0.00            \n-ATOM  38348  OW  SOL  2259      65.530  54.740  65.450  1.00  0.00            \n-ATOM  38349  HW1 SOL  2259      65.390  53.970  64.830  1.00  0.00            \n-ATOM  38350  HW2 SOL  2259      66.480  55.050  65.400  1.00  0.00            \n-ATOM  38351  OW  SOL  2260      64.640  67.780  60.190  1.00  0.00            \n-ATOM  38352  HW1 SOL  2260      64.290  66.860  60.360  1.00  0.00            \n-ATOM  38353  HW2 SOL  2260      65.540  67.880  60.610  1.00  0.00            \n-ATOM  38354  OW  SOL  2261      63.990  70.170  68.350  1.00  0.00            \n-ATOM  38355  HW1 SOL  2261      64.540  70.960  68.630  1.00  0.00            \n-ATOM  38356  HW2 SOL  2261      64.550  69.550  67.810  1.00  0.00            \n-ATOM  38357  OW  SOL  2262      68.860  55.080  58.320  1.00  0.00            \n-ATOM  38358  HW1 SOL  2262      68.220  54.620  57.710  1.00  0.00            \n-ATOM  38359  HW2 SOL  2262      68.460  55.950  58.620  1.00  0.00            \n-ATOM  38360  OW  SOL  2263      67.880  60.570  61.680  1.00  0.00            \n-ATOM  38361  HW1 SOL  2263      66.930  60.870  61.610  1.00  0.00            \n-ATOM  38362  HW2 SOL  2263      68.000  60.060  62.530  1.00  0.00            \n-ATOM  38363  OW  SOL  2264       0.100  57.820  66.060  1.00  0.00            \n-ATOM  38364  HW1 SOL  2264      -0.890  57.890  66.060  1.00  0.00            \n-ATOM  38365  HW2 SOL  2264       0.420  57.590  65.140  1.00  0.00            \n-ATOM  38366  OW  SOL  2265      56.920  64.880  57.880  1.00  0.00            \n-ATOM  38367  HW1 SOL  2265      57.750  65.380  57.630  1.00  0.00            \n-ATOM  38368  HW2 SOL  2265      57.180  63.970  58.230  1.00  0.00            \n-ATOM  38369  CL   CL  2266      71.690  28.740  12.880  1.00  0.00            \n-ATOM  38370  CL   CL  2267      14.290  23.340  31.620  1.00  0.00            \n-ATOM  38371  CL   CL  2268      14.340  71.360  42.570  1.00  0.00            \n-ATOM  38372  CL   CL  2269      15.690  63.060  56.020  1.00  0.00            \n-ATOM  38373  CL   CL  2270      30.480  37.650  60.040  1.00  0.00            \n-ATOM  38374  CL   CL  2271      27.060  42.160  17.470  1.00  0.00            \n-ATOM  38375  CL   CL  2272      71.980  10.290   7.460  1.00  0.00            \n-ATOM  38376  CL   CL  2273      61.240  57.200  56.420  1.00  0.00            \n-TER\n-ENDMDL\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/md_0_1.tabular
--- a/test-data/md_0_1.tabular Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,11 +0,0 @@
-0.000000 -593300.312500 -497358.281250 300.761719
-0.100000 -592522.125000 -497450.843750 298.032074
-0.200000 -593496.500000 -497942.718750 299.544647
-0.300000 -593921.062500 -497878.187500 301.077850
-0.400000 -593262.062500 -497926.406250 298.860870
-0.500000 -593674.437500 -498809.312500 297.385773
-0.600000 -594222.062500 -498825.562500 299.051605
-0.700000 -593496.625000 -498020.125000 299.302399
-0.800000 -593813.875000 -498131.031250 299.949219
-0.900000 -594351.437500 -498515.812500 300.428131
-1.000000 -595232.000000 -499672.000000 299.564087
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/md_0_1.tpr
b
Binary file test-data/md_0_1.tpr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/md_0_1.trr
b
Binary file test-data/md_0_1.trr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/md_0_1.xtc
b
Binary file test-data/md_0_1.xtc has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/md_0_1.xvg
--- a/test-data/md_0_1.xvg Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,37 +0,0 @@
-# This file was created Sat Nov  9 15:20:20 2019
-# Created by:
-#                      :-) GROMACS - gmx energy, 2019.1 (-:
-# 
-# Executable:   /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx
-# Data prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/gmx
-# Working dir:  /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs
-# Command line:
-#   gmx energy -f test-data/md_0_1.edr -o xvg5.xvg
-# gmx energy is part of G R O M A C S:
-#
-# Gromacs Runs One Microsecond At Cannonball Speeds
-#
-@    title "GROMACS Energies"
-@    xaxis  label "Time (ps)"
-@    yaxis  label "(kJ/mol), (K)"
-@TYPE xy
-@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
-@ legend on
-@ legend box on
-@ legend loctype view
-@ legend 0.78, 0.8
-@ legend length 2
-@ s0 legend "Potential"
-@ s1 legend "Total Energy"
-@ s2 legend "Temperature"
-    0.000000  -593300.312500  -497358.281250  300.761719
-    0.100000  -592522.125000  -497450.843750  298.032074
-    0.200000  -593496.500000  -497942.718750  299.544647
-    0.300000  -593921.062500  -497878.187500  301.077850
-    0.400000  -593262.062500  -497926.406250  298.860870
-    0.500000  -593674.437500  -498809.312500  297.385773
-    0.600000  -594222.062500  -498825.562500  299.051605
-    0.700000  -593496.625000  -498020.125000  299.302399
-    0.800000  -593813.875000  -498131.031250  299.949219
-    0.900000  -594351.437500  -498515.812500  300.428131
-    1.000000  -595232.000000  -499672.000000  299.564087
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/minim.mdp
--- a/test-data/minim.mdp Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/test-data/minim.mdp Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
@@ -1,14 +1,14 @@
 ; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr
-integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
-emtol = 1000.0   ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm
+integrator  = steep    ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
+emtol    = 1000.0     ; Stop minimization when the maximum force is less than this value
 emstep      = 0.01      ; Energy step size
-nsteps = 50000    ; Maximum number of (minimization) steps to perform
-
+nsteps    = 50000      ; Maximum number of (minimization) steps to perform
 ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
-nstlist     = 1     ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
+nstlist        = 1        ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
 cutoff-scheme   = Verlet
-ns_type     = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
-coulombtype     = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions
-rcoulomb     = 1.0 ; Short-range electrostatic cut-off
-rvdw     = 1.0 ; Short-range Van der Waals cut-off
-pbc         = xyz  ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
+ns_type        = grid    ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
+coulombtype      = PME    ; Treatment of long range electrostatic interactions
+rcoulomb      = 1.0    ; Short-range electrostatic cut-off
+rlist       = 1.0 ; Cut-off distance for the short-range neighbor list.
+rvdw        = 1.0    ; Short-range Van der Waals cut-off
+pbc            = xyz     ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
\ No newline at end of file
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/newbox.gro
--- a/test-data/newbox.gro Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/test-data/newbox.gro Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
b'@@ -1,2197 +1,95 @@\n-LYSOZYME\n- 2194\n-    1LYS      N    1   4.434   3.396   2.469\n-    1LYS     H1    2   4.510   3.450   2.431\n-    1LYS     H2    3   4.368   3.376   2.397\n-    1LYS     H3    4   4.390   3.448   2.542\n-    1LYS     CA    5   4.487   3.269   2.524\n-    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.451\n-    1LYS     CB    7   4.585   3.306   2.636\n-    1LYS    HB1    8   4.661   3.357   2.597\n-    1LYS    HB2    9   4.537   3.363   2.703\n-    1LYS     CG   10   4.643   3.187   2.711\n-    1LYS    HG1   11   4.574   3.151   2.773\n-    1LYS    HG2   12   4.668   3.116   2.644\n-    1LYS     CD   13   4.767   3.227   2.790\n-    1LYS    HD1   14   4.843   3.245   2.727\n-    1LYS    HD2   15   4.747   3.309   2.843\n-    1LYS     CE   16   4.804   3.113   2.883\n-    1LYS    HE1   17   4.739   3.108   2.959\n-    1LYS    HE2   18   4.804   3.026   2.834\n-    1LYS     NZ   19   4.940   3.139   2.937\n-    1LYS    HZ1   20   4.967   3.065   2.999\n-    1LYS    HZ2   21   5.006   3.144   2.861\n-    1LYS    HZ3   22   4.940   3.226   2.987\n-    1LYS      C   23   4.372   3.188   2.583\n-    1LYS      O   24   4.293   3.243   2.659\n-    2VAL      N   25   4.372   3.058   2.563\n-    2VAL      H   26   4.434   3.022   2.493\n-    2VAL     CA   27   4.288   2.962   2.634\n-    2VAL     HA   28   4.215   3.014   2.677\n-    2VAL     CB   29   4.212   2.865   2.544\n-    2VAL     HB   30   4.284   2.814   2.497\n-    2VAL    CG1   31   4.123   2.770   2.624\n-    2VAL   HG11   32   4.075   2.709   2.561\n-    2VAL   HG12   33   4.180   2.717   2.686\n-    2VAL   HG13   34   4.056   2.823   2.676\n-    2VAL    CG2   35   4.127   2.933   2.438\n-    2VAL   HG21   36   4.081   2.864   2.383\n-    2VAL   HG22   37   4.060   2.992   2.482\n-    2VAL   HG23   38   4.186   2.989   2.379\n-    2VAL      C   39   4.378   2.893   2.738\n-    2VAL      O   40   4.474   2.823   2.701\n-    3PHE      N   41   4.347   2.917   2.863\n-    3PHE      H   42   4.273   2.981   2.883\n-    3PHE     CA   43   4.417   2.852   2.975\n-    3PHE     HA   44   4.513   2.859   2.950\n-    3PHE     CB   45   4.395   2.925   3.108\n-    3PHE    HB1   46   4.303   2.964   3.109\n-    3PHE    HB2   47   4.404   2.860   3.183\n-    3PHE     CG   48   4.492   3.036   3.129\n-    3PHE    CD1   49   4.465   3.167   3.087\n-    3PHE    HD1   50   4.379   3.187   3.040\n-    3PHE    CD2   51   4.598   3.018   3.220\n-    3PHE    HD2   52   4.611   2.928   3.262\n-    3PHE    CE1   53   4.556   3.270   3.110\n-    3PHE    HE1   54   4.546   3.357   3.063\n-    3PHE    CE2   55   4.685   3.121   3.251\n-    3PHE    HE2   56   4.764   3.104   3.310\n-    3PHE     CZ   57   4.662   3.249   3.200\n-    3PHE     HZ   58   4.720   3.326   3.228\n-    3PHE      C   59   4.372   2.706   2.990\n-    3PHE      O   60   4.250   2.678   2.981\n-    4GLY      N   61   4.470   2.626   3.034\n-    4GLY      H   62   4.565   2.657   3.035\n-    4GLY     CA   63   4.435   2.490   3.080\n-    4GLY    HA1   64   4.360   2.454   3.024\n-    4GLY    HA2   65   4.514   2.430   3.073\n-    4GLY      C   66   4.390   2.504   3.225\n-    4GLY      O   67   4.428   2.602   3.289\n-    5ARG      N   68   4.303   2.416   3.270\n-    5ARG      H   69   4.269   2.346   3.207\n-    5ARG     CA   70   4.254   2.416   3.408\n-    5ARG     HA   71   4.196   2.496   3.415\n-    5ARG     CB   72   4.174   2.288   3.434\n-    5ARG    HB1   73   4.098   2.284   3.370\n-    5ARG    HB2   74   4.234   2.209   3.420\n-    5ARG     CG   75   4.119   2.282   3.575\n-    5ARG    HG1   76   4.195   2.279   3.640\n-    5ARG    HG2   77   4.063   2.363   3.592\n-    5ARG     CD   78   4.036   2.162   3.595\n-    5ARG    HD1   79   4.002   2.161   3.689\n-    5ARG    HD2   80   3.958   2.167   3.532\n-    5ARG     NE   81   4.104   2.037   3.571\n-    5ARG     HE   82   4.100   2.002   3.478\n-    5ARG     CZ   83   4.171   1.963   3.657\n-    5ARG    NH1   84   4.182   1.995   3.786\n-    5ARG   HH11   85   4.137   2.078   3.820\n-    5ARG   HH12   86   4.234   1.937   3.848\n-    5'..b'70   1.469\n+    1LYS     CB    7   2.232   2.559   1.654\n+    1LYS    HB1    8   2.308   2.610   1.615\n+    1LYS    HB2    9   2.184   2.616   1.721\n+    1LYS     CG   10   2.290   2.440   1.729\n+    1LYS    HG1   11   2.221   2.404   1.791\n+    1LYS    HG2   12   2.315   2.369   1.662\n+    1LYS     CD   13   2.414   2.480   1.808\n+    1LYS    HD1   14   2.490   2.498   1.745\n+    1LYS    HD2   15   2.394   2.562   1.861\n+    1LYS     CE   16   2.451   2.366   1.901\n+    1LYS    HE1   17   2.386   2.361   1.977\n+    1LYS    HE2   18   2.451   2.279   1.852\n+    1LYS     NZ   19   2.587   2.392   1.955\n+    1LYS    HZ1   20   2.614   2.318   2.017\n+    1LYS    HZ2   21   2.653   2.397   1.879\n+    1LYS    HZ3   22   2.587   2.479   2.005\n+    1LYS      C   23   2.019   2.441   1.601\n+    1LYS      O   24   1.940   2.496   1.677\n+    2VAL      N   25   2.019   2.311   1.581\n+    2VAL      H   26   2.081   2.275   1.511\n+    2VAL     CA   27   1.935   2.215   1.652\n+    2VAL     HA   28   1.862   2.267   1.695\n+    2VAL     CB   29   1.859   2.118   1.562\n+    2VAL     HB   30   1.931   2.067   1.515\n+    2VAL    CG1   31   1.770   2.023   1.642\n+    2VAL   HG11   32   1.722   1.962   1.579\n+    2VAL   HG12   33   1.827   1.970   1.704\n+    2VAL   HG13   34   1.703   2.076   1.694\n+    2VAL    CG2   35   1.774   2.186   1.456\n+    2VAL   HG21   36   1.728   2.117   1.401\n+    2VAL   HG22   37   1.707   2.245   1.500\n+    2VAL   HG23   38   1.833   2.242   1.397\n+    2VAL      C   39   2.025   2.146   1.756\n+    2VAL      O   40   2.121   2.076   1.719\n+    3PHE      N   41   1.994   2.170   1.881\n+    3PHE      H   42   1.920   2.234   1.901\n+    3PHE     CA   43   2.064   2.105   1.993\n+    3PHE     HA   44   2.160   2.112   1.968\n+    3PHE     CB   45   2.042   2.178   2.126\n+    3PHE    HB1   46   1.950   2.217   2.127\n+    3PHE    HB2   47   2.051   2.113   2.201\n+    3PHE     CG   48   2.139   2.289   2.147\n+    3PHE    CD1   49   2.112   2.420   2.105\n+    3PHE    HD1   50   2.026   2.440   2.058\n+    3PHE    CD2   51   2.245   2.271   2.238\n+    3PHE    HD2   52   2.258   2.181   2.280\n+    3PHE    CE1   53   2.203   2.523   2.128\n+    3PHE    HE1   54   2.193   2.610   2.081\n+    3PHE    CE2   55   2.332   2.374   2.269\n+    3PHE    HE2   56   2.411   2.357   2.328\n+    3PHE     CZ   57   2.309   2.502   2.218\n+    3PHE     HZ   58   2.367   2.579   2.246\n+    3PHE      C   59   2.019   1.959   2.008\n+    3PHE      O   60   1.897   1.931   1.999\n+    4GLY      N   61   2.117   1.879   2.052\n+    4GLY      H   62   2.212   1.910   2.053\n+    4GLY     CA   63   2.082   1.743   2.098\n+    4GLY    HA1   64   2.007   1.707   2.042\n+    4GLY    HA2   65   2.161   1.683   2.091\n+    4GLY      C   66   2.037   1.757   2.243\n+    4GLY      O   67   2.075   1.855   2.307\n+    5ARG      N   68   1.950   1.669   2.288\n+    5ARG      H   69   1.916   1.599   2.225\n+    5ARG     CA   70   1.901   1.669   2.426\n+    5ARG     HA   71   1.843   1.749   2.433\n+    5ARG     CB   72   1.821   1.541   2.452\n+    5ARG    HB1   73   1.745   1.537   2.388\n+    5ARG    HB2   74   1.881   1.462   2.438\n+    5ARG     CG   75   1.766   1.535   2.593\n+    5ARG    HG1   76   1.842   1.532   2.658\n+    5ARG    HG2   77   1.710   1.616   2.610\n+    5ARG     CD   78   1.683   1.415   2.613\n+    5ARG    HD1   79   1.649   1.414   2.707\n+    5ARG    HD2   80   1.605   1.420   2.550\n+    5ARG     NE   81   1.751   1.290   2.589\n+    5ARG     HE   82   1.747   1.255   2.496\n+    5ARG     CZ   83   1.818   1.216   2.675\n+    5ARG    NH1   84   1.829   1.248   2.804\n+    5ARG   HH11   85   1.784   1.331   2.838\n+    5ARG   HH12   86   1.881   1.190   2.866\n+    5ARG    NH2   87   1.870   1.099   2.632\n+    5ARG   HH21   88   1.856   1.070   2.538\n+    5ARG   HH22   89   1.921   1.041   2.695\n+    5ARG      C   90   2.012   1.688   2.529\n+    5ARG     O1   91   2.012   1.780   2.615\n+    5ARG     O2   92   1.975   1.689   2.660\n+   4.09123   4.09123   4.09123\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/newbox.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/newbox.pdb Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
@@ -0,0 +1,98 @@
+TITLE     TEST
+REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX
+CRYST1   40.912   40.912   40.912  90.00  90.00  90.00 P 1           1
+MODEL        1
+ATOM      1  N   LYS     1      20.810  26.490  14.870  1.00  0.00            
+ATOM      2  H1  LYS     1      21.570  27.030  14.490  1.00  0.00            
+ATOM      3  H2  LYS     1      20.150  26.290  14.150  1.00  0.00            
+ATOM      4  H3  LYS     1      20.370  27.010  15.600  1.00  0.00            
+ATOM      5  CA  LYS     1      21.340  25.220  15.420  1.00  0.00            
+ATOM      6  HA  LYS     1      21.780  24.700  14.690  1.00  0.00            
+ATOM      7  CB  LYS     1      22.320  25.590  16.540  1.00  0.00            
+ATOM      8  HB1 LYS     1      23.080  26.100  16.150  1.00  0.00            
+ATOM      9  HB2 LYS     1      21.840  26.160  17.210  1.00  0.00            
+ATOM     10  CG  LYS     1      22.900  24.400  17.290  1.00  0.00            
+ATOM     11  HG1 LYS     1      22.210  24.040  17.910  1.00  0.00            
+ATOM     12  HG2 LYS     1      23.150  23.690  16.620  1.00  0.00            
+ATOM     13  CD  LYS     1      24.140  24.800  18.080  1.00  0.00            
+ATOM     14  HD1 LYS     1      24.900  24.980  17.450  1.00  0.00            
+ATOM     15  HD2 LYS     1      23.940  25.620  18.610  1.00  0.00            
+ATOM     16  CE  LYS     1      24.510  23.660  19.010  1.00  0.00            
+ATOM     17  HE1 LYS     1      23.860  23.610  19.770  1.00  0.00            
+ATOM     18  HE2 LYS     1      24.510  22.790  18.520  1.00  0.00            
+ATOM     19  NZ  LYS     1      25.870  23.920  19.550  1.00  0.00            
+ATOM     20  HZ1 LYS     1      26.140  23.180  20.170  1.00  0.00            
+ATOM     21  HZ2 LYS     1      26.530  23.970  18.790  1.00  0.00            
+ATOM     22  HZ3 LYS     1      25.870  24.790  20.050  1.00  0.00            
+ATOM     23  C   LYS     1      20.190  24.410  16.010  1.00  0.00            
+ATOM     24  O   LYS     1      19.400  24.960  16.770  1.00  0.00            
+ATOM     25  N   VAL     2      20.190  23.110  15.810  1.00  0.00            
+ATOM     26  H   VAL     2      20.810  22.750  15.110  1.00  0.00            
+ATOM     27  CA  VAL     2      19.350  22.150  16.520  1.00  0.00            
+ATOM     28  HA  VAL     2      18.620  22.670  16.950  1.00  0.00            
+ATOM     29  CB  VAL     2      18.590  21.180  15.620  1.00  0.00            
+ATOM     30  HB  VAL     2      19.310  20.670  15.150  1.00  0.00            
+ATOM     31  CG1 VAL     2      17.700  20.230  16.420  1.00  0.00            
+ATOM     32 1HG1 VAL     2      17.220  19.620  15.790  1.00  0.00            
+ATOM     33 2HG1 VAL     2      18.270  19.700  17.040  1.00  0.00            
+ATOM     34 3HG1 VAL     2      17.030  20.760  16.940  1.00  0.00            
+ATOM     35  CG2 VAL     2      17.740  21.860  14.560  1.00  0.00            
+ATOM     36 1HG2 VAL     2      17.280  21.170  14.010  1.00  0.00            
+ATOM     37 2HG2 VAL     2      17.070  22.450  15.000  1.00  0.00            
+ATOM     38 3HG2 VAL     2      18.330  22.420  13.970  1.00  0.00            
+ATOM     39  C   VAL     2      20.250  21.460  17.560  1.00  0.00            
+ATOM     40  O   VAL     2      21.210  20.760  17.190  1.00  0.00            
+ATOM     41  N   PHE     3      19.940  21.700  18.810  1.00  0.00            
+ATOM     42  H   PHE     3      19.200  22.340  19.010  1.00  0.00            
+ATOM     43  CA  PHE     3      20.640  21.050  19.930  1.00  0.00            
+ATOM     44  HA  PHE     3      21.600  21.120  19.680  1.00  0.00            
+ATOM     45  CB  PHE     3      20.420  21.780  21.260  1.00  0.00            
+ATOM     46  HB1 PHE     3      19.500  22.170  21.270  1.00  0.00            
+ATOM     47  HB2 PHE     3      20.510  21.130  22.010  1.00  0.00            
+ATOM     48  CG  PHE     3      21.390  22.890  21.470  1.00  0.00            
+ATOM     49  CD1 PHE     3      21.120  24.200  21.050  1.00  0.00            
+ATOM     50  HD1 PHE     3      20.260  24.400  20.580  1.00  0.00            
+ATOM     51  CD2 PHE     3      22.450  22.710  22.380  1.00  0.00            
+ATOM     52  HD2 PHE     3      22.580  21.810  22.800  1.00  0.00            
+ATOM     53  CE1 PHE     3      22.030  25.230  21.280  1.00  0.00            
+ATOM     54  HE1 PHE     3      21.930  26.100  20.810  1.00  0.00            
+ATOM     55  CE2 PHE     3      23.320  23.740  22.690  1.00  0.00            
+ATOM     56  HE2 PHE     3      24.110  23.570  23.280  1.00  0.00            
+ATOM     57  CZ  PHE     3      23.090  25.020  22.180  1.00  0.00            
+ATOM     58  HZ  PHE     3      23.670  25.790  22.460  1.00  0.00            
+ATOM     59  C   PHE     3      20.190  19.590  20.080  1.00  0.00            
+ATOM     60  O   PHE     3      18.970  19.310  19.990  1.00  0.00            
+ATOM     61  N   GLY     4      21.170  18.790  20.520  1.00  0.00            
+ATOM     62  H   GLY     4      22.120  19.100  20.530  1.00  0.00            
+ATOM     63  CA  GLY     4      20.820  17.430  20.980  1.00  0.00            
+ATOM     64  HA1 GLY     4      20.070  17.070  20.420  1.00  0.00            
+ATOM     65  HA2 GLY     4      21.610  16.830  20.910  1.00  0.00            
+ATOM     66  C   GLY     4      20.370  17.570  22.430  1.00  0.00            
+ATOM     67  O   GLY     4      20.750  18.550  23.070  1.00  0.00            
+ATOM     68  N   ARG     5      19.500  16.690  22.880  1.00  0.00            
+ATOM     69  H   ARG     5      19.160  15.990  22.250  1.00  0.00            
+ATOM     70  CA  ARG     5      19.010  16.690  24.260  1.00  0.00            
+ATOM     71  HA  ARG     5      18.430  17.490  24.330  1.00  0.00            
+ATOM     72  CB  ARG     5      18.210  15.410  24.520  1.00  0.00            
+ATOM     73  HB1 ARG     5      17.450  15.370  23.880  1.00  0.00            
+ATOM     74  HB2 ARG     5      18.810  14.620  24.380  1.00  0.00            
+ATOM     75  CG  ARG     5      17.660  15.350  25.930  1.00  0.00            
+ATOM     76  HG1 ARG     5      18.420  15.320  26.580  1.00  0.00            
+ATOM     77  HG2 ARG     5      17.100  16.160  26.100  1.00  0.00            
+ATOM     78  CD  ARG     5      16.830  14.150  26.130  1.00  0.00            
+ATOM     79  HD1 ARG     5      16.490  14.140  27.070  1.00  0.00            
+ATOM     80  HD2 ARG     5      16.050  14.200  25.500  1.00  0.00            
+ATOM     81  NE  ARG     5      17.510  12.900  25.890  1.00  0.00            
+ATOM     82  HE  ARG     5      17.470  12.550  24.960  1.00  0.00            
+ATOM     83  CZ  ARG     5      18.180  12.160  26.750  1.00  0.00            
+ATOM     84  NH1 ARG     5      18.290  12.480  28.040  1.00  0.00            
+ATOM     85 1HH1 ARG     5      17.840  13.310  28.380  1.00  0.00            
+ATOM     86 2HH1 ARG     5      18.810  11.900  28.660  1.00  0.00            
+ATOM     87  NH2 ARG     5      18.700  10.990  26.320  1.00  0.00            
+ATOM     88 1HH2 ARG     5      18.560  10.700  25.380  1.00  0.00            
+ATOM     89 2HH2 ARG     5      19.210  10.410  26.950  1.00  0.00            
+ATOM     90  C   ARG     5      20.120  16.880  25.290  1.00  0.00            
+ATOM     91  O1  ARG     5      20.120  17.800  26.150  1.00  0.00            
+ATOM     92  O2  ARG     5      19.750  16.890  26.600  1.00  0.00            
+TER
+ENDMDL
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/npt.cpt
b
Binary file test-data/npt.cpt has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/npt.edr
b
Binary file test-data/npt.edr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/npt.gro
--- a/test-data/npt.gro Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,38379 +0,0 @@\n-LYSOZYME in water\n-38376\n-    1LYS      N    1   4.408   3.350   2.380  0.2673 -0.2389 -0.2411\n-    1LYS     H1    2   4.357   3.419   2.434 -2.0147 -3.2163  1.6987\n-    1LYS     H2    3   4.495   3.391   2.348  1.8056  0.2972  3.9647\n-    1LYS     H3    4   4.344   3.328   2.306  0.1919  1.7185 -0.8172\n-    1LYS     CA    5   4.451   3.234   2.460 -0.1814 -0.2864 -0.0670\n-    1LYS     HA    6   4.495   3.159   2.394 -0.9330 -0.3806 -0.4691\n-    1LYS     CB    7   4.551   3.281   2.565  0.1538 -0.6499 -0.2213\n-    1LYS    HB1    8   4.640   3.316   2.511  1.2282 -2.7628  0.0889\n-    1LYS    HB2    9   4.520   3.359   2.635 -0.3923 -1.0803  0.0156\n-    1LYS     CG   10   4.604   3.165   2.650 -0.5902 -0.7915  0.0569\n-    1LYS    HG1   11   4.520   3.134   2.712  0.0041 -0.3176  1.1209\n-    1LYS    HG2   12   4.625   3.080   2.585 -3.7650 -2.9660  1.6442\n-    1LYS     CD   13   4.734   3.179   2.730 -0.3604  0.0504 -0.4451\n-    1LYS    HD1   14   4.812   3.206   2.659 -1.4519  0.7539 -1.4277\n-    1LYS    HD2   15   4.724   3.268   2.791 -1.4094 -0.0837 -0.3945\n-    1LYS     CE   16   4.765   3.053   2.810 -0.0162  0.2836 -0.2114\n-    1LYS    HE1   17   4.694   3.036   2.892  0.2672  1.6909  0.3608\n-    1LYS    HE2   18   4.766   2.970   2.740  0.7349 -0.9581  1.2064\n-    1LYS     NZ   19   4.895   3.062   2.879  0.0455 -0.1023 -0.2723\n-    1LYS    HZ1   20   4.894   2.991   2.951  1.0000  0.2530  0.1086\n-    1LYS    HZ2   21   4.975   3.032   2.826  0.6308 -0.7796  0.9448\n-    1LYS    HZ3   22   4.913   3.152   2.922  0.7111  0.5100 -1.7730\n-    1LYS      C   23   4.325   3.170   2.517 -0.5645 -0.0792 -0.6703\n-    1LYS      O   24   4.226   3.236   2.549 -0.0598 -0.1994  1.2613\n-    2VAL      N   25   4.331   3.038   2.535  0.0240 -0.0274 -0.4489\n-    2VAL      H   26   4.420   2.998   2.510 -0.8414 -1.3266 -1.6119\n-    2VAL     CA   27   4.240   2.953   2.609  0.2149  0.2665  0.1264\n-    2VAL     HA   28   4.160   3.010   2.657 -0.6507 -1.0888  0.3432\n-    2VAL     CB   29   4.181   2.848   2.515 -0.2871  0.3076  0.3915\n-    2VAL     HB   30   4.253   2.767   2.498 -0.4883 -0.0324  1.1057\n-    2VAL    CG1   31   4.065   2.780   2.588 -0.2564  0.4922  0.6151\n-    2VAL   HG11   32   4.037   2.684   2.543  2.0462  0.4271 -0.8292\n-    2VAL   HG12   33   4.085   2.758   2.693 -0.9377 -0.1345  0.6214\n-    2VAL   HG13   34   3.985   2.853   2.581  2.6126  3.9598  1.0909\n-    2VAL    CG2   35   4.142   2.901   2.377 -1.3893 -0.3679  0.4355\n-    2VAL   HG21   36   4.077   2.844   2.311 -0.0228  1.5345 -2.7632\n-    2VAL   HG22   37   4.091   2.996   2.396 -1.1628 -0.2118  0.2568\n-    2VAL   HG23   38   4.237   2.911   2.325 -2.5287  0.3993 -1.6123\n-    2VAL      C   39   4.337   2.883   2.702 -0.0739  0.1915  0.3728\n-    2VAL      O   40   4.423   2.805   2.660  0.0168  0.5114 -0.0361\n-    3PHE      N   41   4.324   2.898   2.834  0.4011  0.3011  0.4101\n-    3PHE      H   42   4.247   2.956   2.866 -0.4593 -1.0557  0.8615\n-    3PHE     CA   43   4.407   2.826   2.928  0.1485 -0.1812  0.2640\n-    3PHE     HA   44   4.513   2.821   2.903  0.5097  1.3630  1.3490\n-    3PHE     CB   45   4.397   2.899   3.061 -0.4077  0.1099  0.0651\n-    3PHE    HB1   46   4.294   2.926   3.082 -0.0300  0.5989  1.4607\n-    3PHE    HB2   47   4.404   2.836   3.150 -3.4703  0.1153  0.4218\n-    3PHE     CG   48   4.497   3.011   3.081  0.4838 -0.6720  0.0844\n-    3PHE    CD1   49   4.463   3.134   3.023 -0.0940 -0.5337  0.6872\n-    3PHE    HD1   50   4.374   3.148   2.963  1.6637  1.6586 -1.6592\n-    3PHE    CD2   51   4.616   2.997   3.153  0.3845 -0.0950  0.3680\n-    3PHE    HD2   52   4.640   2.901   3.195  1.4596  0.5525  1.3091\n-    3PHE    CE1   53   4.552   3.242   3.036 -0.0893 -0.4264 -0.1459\n-    3PHE    HE1   54   4.529   3.337   2.991  2.1152  0.4609  0.4758\n-    3PHE    CE2   55   4.706   3.103   3.170  0.5168 -0.1509  0.0046\n-    3PHE    HE2   56   4.794   3.086   3.231  1.5562  0.8793 -1.1371\n-    3PHE     CZ   57   4.667   3'..b' 6.534   6.752   6.417  1.7065  1.2735  0.6150\n-12250SOL     OW38321   6.610   6.507   5.569 -0.2728 -0.1084 -0.1351\n-12250SOL    HW138322   6.517   6.517   5.533 -1.0857 -1.3245  1.5147\n-12250SOL    HW238323   6.675   6.508   5.493 -1.7304 -0.4547 -1.4407\n-12251SOL     OW38324   0.186   7.031   6.218 -0.6592  0.1133 -0.0367\n-12251SOL    HW138325   0.161   7.110   6.163  1.0967  0.9411  0.2712\n-12251SOL    HW238326   0.157   7.045   6.313  1.7475  1.6096  0.5887\n-12252SOL     OW38327   5.889   6.874   6.297  0.4970  0.3503  0.6455\n-12252SOL    HW138328   5.911   6.789   6.345  1.2298  0.6690  0.9050\n-12252SOL    HW238329   5.872   6.855   6.201 -2.5854 -0.5329  1.2610\n-12253SOL     OW38330   6.263   6.948   7.183  0.3513  0.0813  0.2792\n-12253SOL    HW138331   6.268   6.958   7.084 -0.7020 -1.8778 -0.0173\n-12253SOL    HW238332   6.174   6.981   7.216  0.6997  0.7326  0.5799\n-12254SOL     OW38333   0.087   5.675   6.743  0.5294 -0.6303  0.5136\n-12254SOL    HW138334   0.086   5.662   6.644  1.7224 -2.0435  0.6554\n-12254SOL    HW238335   0.142   5.756   6.765 -2.1682  1.5070 -0.0784\n-12255SOL     OW38336   5.982   5.966   5.990  0.6792  0.8327 -0.0442\n-12255SOL    HW138337   6.064   5.944   5.936 -0.0320 -0.3348 -0.6870\n-12255SOL    HW238338   5.950   5.883   6.037  0.8030  1.6439  1.5495\n-12256SOL     OW38339   5.920   5.931   6.681  0.3649 -0.8352 -0.8726\n-12256SOL    HW138340   5.861   5.859   6.646 -1.6541  0.4543 -0.2571\n-12256SOL    HW238341   5.912   6.012   6.624  1.5926 -0.6285 -0.7828\n-12257SOL     OW38342   6.474   7.176   6.127  0.3088 -0.0462  0.4559\n-12257SOL    HW138343   6.422   7.188   6.042  0.3146 -2.2977  0.0860\n-12257SOL    HW238344   6.416   7.133   6.196  0.9544 -0.2926  0.8559\n-12258SOL     OW38345   7.041   5.832   6.601 -0.2064  0.5007  1.0587\n-12258SOL    HW138346   7.031   5.744   6.647  4.5585 -0.4130  0.8280\n-12258SOL    HW238347   7.044   5.905   6.670 -1.8123  0.2866  1.4081\n-12259SOL     OW38348   6.801   5.545   6.492 -0.7350 -0.1021  0.1004\n-12259SOL    HW138349   6.774   5.449   6.480 -4.3535  0.7938 -0.0622\n-12259SOL    HW238350   6.869   5.551   6.565  1.2416 -2.9467 -1.3287\n-12260SOL     OW38351   6.427   6.776   5.886  0.3472 -0.0778  0.3187\n-12260SOL    HW138352   6.408   6.684   5.919  2.9787 -1.4486 -1.5641\n-12260SOL    HW238353   6.526   6.792   5.886  0.0183  2.4123 -0.3067\n-12261SOL     OW38354   6.486   7.169   6.761  0.5917  0.1406 -0.1300\n-12261SOL    HW138355   6.538   7.230   6.821  0.2500 -1.6364  2.1028\n-12261SOL    HW238356   6.549   7.107   6.714  0.7375  0.3900 -0.2676\n-12262SOL     OW38357   6.897   5.563   5.966  0.0143  0.2020 -0.8573\n-12262SOL    HW138358   6.857   5.545   5.876 -2.3214  0.4239  0.0732\n-12262SOL    HW238359   6.861   5.648   6.002 -1.7036 -1.4650  1.6365\n-12263SOL     OW38360   6.734   6.086   6.239 -0.3380 -0.2278  0.4357\n-12263SOL    HW138361   6.637   6.061   6.233 -0.7993  1.2854  1.0226\n-12263SOL    HW238362   6.765   6.076   6.334  0.2472 -1.2083  0.1568\n-12264SOL     OW38363   7.257   5.723   6.475 -0.4119 -0.1596  0.0997\n-12264SOL    HW138364   7.200   5.784   6.531  0.9150  1.0201  0.2114\n-12264SOL    HW238365   7.218   5.717   6.383 -1.5977 -0.6640  0.6141\n-12265SOL     OW38366   5.636   6.430   5.796  0.8169 -0.0958 -0.1490\n-12265SOL    HW138367   5.705   6.496   5.822  0.9752 -0.6747  0.9604\n-12265SOL    HW238368   5.617   6.369   5.873 -0.0086 -0.7444 -0.8397\n-12266CL      CL38369   0.046   2.908   1.329 -0.2298 -0.3149 -0.1369\n-12267CL      CL38370   1.513   2.405   3.178 -0.3140 -0.0194 -0.3672\n-12268CL      CL38371   1.503   7.246   4.172 -0.2315  0.0180  0.2176\n-12269CL      CL38372   1.523   6.364   5.741 -0.0948 -0.2998  0.2157\n-12270CL      CL38373   3.021   3.714   6.119  0.0026 -0.4095 -0.0198\n-12271CL      CL38374   2.756   4.105   1.673 -0.1828  0.2375 -0.1030\n-12272CL      CL38375   0.038   1.035   0.677 -0.1162 -0.0511 -0.4826\n-12273CL      CL38376   6.261   5.675   5.710 -0.4433 -0.0837 -0.0991\n-   7.25935   7.25935   7.25935\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/npt.mdp
--- a/test-data/npt.mdp Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,46 +0,0 @@
-title = OPLS Lysozyme NPT equilibration 
-define = -DPOSRES ; position restrain the protein
-; Run parameters
-integrator = md ; leap-frog integrator
-nsteps = 500 ; 2 * 50000 = 100 ps
-dt     = 0.002 ; 2 fs
-; Output control
-nstxout = 50 ; save coordinates every 1.0 ps
-nstvout = 50 ; save velocities every 1.0 ps
-nstenergy = 50 ; save energies every 1.0 ps
-nstlog = 50 ; update log file every 1.0 ps
-nstxout-compressed  = 50      ; save compressed coordinates every 10.0 ps
-; Bond parameters
-continuation         = yes ; Restarting after NVT 
-constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints 
-constraints             = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
-lincs_iter             = 1     ; accuracy of LINCS
-lincs_order             = 4     ; also related to accuracy
-; Neighborsearching
-cutoff-scheme   = Verlet
-ns_type     = grid ; search neighboring grid cells
-nstlist     = 10     ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
-rcoulomb     = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
-rvdw     = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
-; Electrostatics
-coulombtype     = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
-pme_order     = 4     ; cubic interpolation
-fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT
-; Temperature coupling is on
-tcoupl = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
-tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
-tau_t = 0.1   0.1         ; time constant, in ps
-ref_t = 300    300         ; reference temperature, one for each group, in K
-; Pressure coupling is on
-pcoupl         = Parrinello-Rahman     ; Pressure coupling on in NPT
-pcoupltype         = isotropic             ; uniform scaling of box vectors
-tau_p         = 2.0             ; time constant, in ps
-ref_p         = 1.0             ; reference pressure, in bar
-compressibility     = 4.5e-5             ; isothermal compressibility of water, bar^-1
-refcoord_scaling    = com
-; Periodic boundary conditions
-pbc = xyz ; 3-D PBC
-; Dispersion correction
-DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme
-; Velocity generation
-gen_vel = no ; Velocity generation is off 
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/npt.pdb
--- a/test-data/npt.pdb Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,38382 +0,0 @@\n-TITLE     LYSOZYME in water\n-REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX\n-CRYST1   72.593   72.593   72.593  90.00  90.00  90.00 P 1           1\n-MODEL        1\n-ATOM      1  N   LYS     1      44.080  33.500  23.800  1.00  0.00            \n-ATOM      2  H1  LYS     1      43.570  34.190  24.340  1.00  0.00            \n-ATOM      3  H2  LYS     1      44.950  33.910  23.480  1.00  0.00            \n-ATOM      4  H3  LYS     1      43.440  33.280  23.060  1.00  0.00            \n-ATOM      5  CA  LYS     1      44.510  32.340  24.600  1.00  0.00            \n-ATOM      6  HA  LYS     1      44.950  31.590  23.940  1.00  0.00            \n-ATOM      7  CB  LYS     1      45.510  32.810  25.650  1.00  0.00            \n-ATOM      8  HB1 LYS     1      46.400  33.160  25.110  1.00  0.00            \n-ATOM      9  HB2 LYS     1      45.200  33.590  26.350  1.00  0.00            \n-ATOM     10  CG  LYS     1      46.040  31.650  26.500  1.00  0.00            \n-ATOM     11  HG1 LYS     1      45.200  31.340  27.120  1.00  0.00            \n-ATOM     12  HG2 LYS     1      46.250  30.800  25.850  1.00  0.00            \n-ATOM     13  CD  LYS     1      47.340  31.790  27.300  1.00  0.00            \n-ATOM     14  HD1 LYS     1      48.120  32.060  26.590  1.00  0.00            \n-ATOM     15  HD2 LYS     1      47.240  32.680  27.910  1.00  0.00            \n-ATOM     16  CE  LYS     1      47.650  30.530  28.100  1.00  0.00            \n-ATOM     17  HE1 LYS     1      46.940  30.360  28.920  1.00  0.00            \n-ATOM     18  HE2 LYS     1      47.660  29.700  27.400  1.00  0.00            \n-ATOM     19  NZ  LYS     1      48.950  30.620  28.790  1.00  0.00            \n-ATOM     20  HZ1 LYS     1      48.940  29.910  29.510  1.00  0.00            \n-ATOM     21  HZ2 LYS     1      49.750  30.320  28.260  1.00  0.00            \n-ATOM     22  HZ3 LYS     1      49.130  31.520  29.220  1.00  0.00            \n-ATOM     23  C   LYS     1      43.250  31.700  25.170  1.00  0.00            \n-ATOM     24  O   LYS     1      42.260  32.360  25.490  1.00  0.00            \n-ATOM     25  N   VAL     2      43.310  30.380  25.350  1.00  0.00            \n-ATOM     26  H   VAL     2      44.200  29.980  25.100  1.00  0.00            \n-ATOM     27  CA  VAL     2      42.400  29.530  26.090  1.00  0.00            \n-ATOM     28  HA  VAL     2      41.600  30.100  26.570  1.00  0.00            \n-ATOM     29  CB  VAL     2      41.810  28.480  25.150  1.00  0.00            \n-ATOM     30  HB  VAL     2      42.530  27.670  24.980  1.00  0.00            \n-ATOM     31  CG1 VAL     2      40.650  27.800  25.880  1.00  0.00            \n-ATOM     32 1HG1 VAL     2      40.370  26.840  25.430  1.00  0.00            \n-ATOM     33 2HG1 VAL     2      40.850  27.580  26.930  1.00  0.00            \n-ATOM     34 3HG1 VAL     2      39.850  28.530  25.810  1.00  0.00            \n-ATOM     35  CG2 VAL     2      41.420  29.010  23.770  1.00  0.00            \n-ATOM     36 1HG2 VAL     2      40.770  28.440  23.110  1.00  0.00            \n-ATOM     37 2HG2 VAL     2      40.910  29.960  23.960  1.00  0.00            \n-ATOM     38 3HG2 VAL     2      42.370  29.110  23.250  1.00  0.00            \n-ATOM     39  C   VAL     2      43.370  28.830  27.020  1.00  0.00            \n-ATOM     40  O   VAL     2      44.230  28.050  26.600  1.00  0.00            \n-ATOM     41  N   PHE     3      43.240  28.980  28.340  1.00  0.00            \n-ATOM     42  H   PHE     3      42.470  29.560  28.660  1.00  0.00            \n-ATOM     43  CA  PHE     3      44.070  28.260  29.280  1.00  0.00            \n-ATOM     44  HA  PHE     3      45.130  28.210  29.030  1.00  0.00            \n-ATOM     45  CB  PHE     3      43.970  28.990  30.610  1.00  0.00            \n-ATOM     46  HB1 PHE     3      42.940  29.260  30.820  1.00  0.00            \n-ATOM     47  HB2 PHE     3      44.040  28.360  31.500  1.00  0.00            \n-ATOM     48  CG  PHE     3      44.970  30.110  30.810  1.00  0.0'..b'OW  SOL  2252      58.890  68.740  62.970  1.00  0.00            \n-ATOM  38328  HW1 SOL  2252      59.110  67.890  63.450  1.00  0.00            \n-ATOM  38329  HW2 SOL  2252      58.720  68.550  62.010  1.00  0.00            \n-ATOM  38330  OW  SOL  2253      62.630  69.480  71.830  1.00  0.00            \n-ATOM  38331  HW1 SOL  2253      62.680  69.580  70.840  1.00  0.00            \n-ATOM  38332  HW2 SOL  2253      61.740  69.810  72.160  1.00  0.00            \n-ATOM  38333  OW  SOL  2254       0.870  56.750  67.430  1.00  0.00            \n-ATOM  38334  HW1 SOL  2254       0.860  56.620  66.440  1.00  0.00            \n-ATOM  38335  HW2 SOL  2254       1.420  57.560  67.650  1.00  0.00            \n-ATOM  38336  OW  SOL  2255      59.820  59.660  59.900  1.00  0.00            \n-ATOM  38337  HW1 SOL  2255      60.640  59.440  59.360  1.00  0.00            \n-ATOM  38338  HW2 SOL  2255      59.500  58.830  60.370  1.00  0.00            \n-ATOM  38339  OW  SOL  2256      59.200  59.310  66.810  1.00  0.00            \n-ATOM  38340  HW1 SOL  2256      58.610  58.590  66.460  1.00  0.00            \n-ATOM  38341  HW2 SOL  2256      59.120  60.120  66.240  1.00  0.00            \n-ATOM  38342  OW  SOL  2257      64.740  71.760  61.270  1.00  0.00            \n-ATOM  38343  HW1 SOL  2257      64.220  71.880  60.420  1.00  0.00            \n-ATOM  38344  HW2 SOL  2257      64.160  71.330  61.960  1.00  0.00            \n-ATOM  38345  OW  SOL  2258      70.410  58.320  66.010  1.00  0.00            \n-ATOM  38346  HW1 SOL  2258      70.310  57.440  66.470  1.00  0.00            \n-ATOM  38347  HW2 SOL  2258      70.440  59.050  66.700  1.00  0.00            \n-ATOM  38348  OW  SOL  2259      68.010  55.450  64.920  1.00  0.00            \n-ATOM  38349  HW1 SOL  2259      67.740  54.490  64.800  1.00  0.00            \n-ATOM  38350  HW2 SOL  2259      68.690  55.510  65.650  1.00  0.00            \n-ATOM  38351  OW  SOL  2260      64.270  67.760  58.860  1.00  0.00            \n-ATOM  38352  HW1 SOL  2260      64.080  66.840  59.190  1.00  0.00            \n-ATOM  38353  HW2 SOL  2260      65.260  67.920  58.860  1.00  0.00            \n-ATOM  38354  OW  SOL  2261      64.860  71.690  67.610  1.00  0.00            \n-ATOM  38355  HW1 SOL  2261      65.380  72.300  68.210  1.00  0.00            \n-ATOM  38356  HW2 SOL  2261      65.490  71.070  67.140  1.00  0.00            \n-ATOM  38357  OW  SOL  2262      68.970  55.630  59.660  1.00  0.00            \n-ATOM  38358  HW1 SOL  2262      68.570  55.450  58.760  1.00  0.00            \n-ATOM  38359  HW2 SOL  2262      68.610  56.480  60.020  1.00  0.00            \n-ATOM  38360  OW  SOL  2263      67.340  60.860  62.390  1.00  0.00            \n-ATOM  38361  HW1 SOL  2263      66.370  60.610  62.330  1.00  0.00            \n-ATOM  38362  HW2 SOL  2263      67.650  60.760  63.340  1.00  0.00            \n-ATOM  38363  OW  SOL  2264      72.570  57.230  64.750  1.00  0.00            \n-ATOM  38364  HW1 SOL  2264      72.000  57.840  65.310  1.00  0.00            \n-ATOM  38365  HW2 SOL  2264      72.180  57.170  63.830  1.00  0.00            \n-ATOM  38366  OW  SOL  2265      56.360  64.300  57.960  1.00  0.00            \n-ATOM  38367  HW1 SOL  2265      57.050  64.960  58.220  1.00  0.00            \n-ATOM  38368  HW2 SOL  2265      56.170  63.690  58.730  1.00  0.00            \n-ATOM  38369  CL   CL  2266       0.460  29.080  13.290  1.00  0.00            \n-ATOM  38370  CL   CL  2267      15.130  24.050  31.780  1.00  0.00            \n-ATOM  38371  CL   CL  2268      15.030  72.460  41.720  1.00  0.00            \n-ATOM  38372  CL   CL  2269      15.230  63.640  57.410  1.00  0.00            \n-ATOM  38373  CL   CL  2270      30.210  37.140  61.190  1.00  0.00            \n-ATOM  38374  CL   CL  2271      27.560  41.050  16.730  1.00  0.00            \n-ATOM  38375  CL   CL  2272       0.380  10.350   6.770  1.00  0.00            \n-ATOM  38376  CL   CL  2273      62.610  56.750  57.100  1.00  0.00            \n-TER\n-ENDMDL\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/npt.tpr
b
Binary file test-data/npt.tpr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/npt.trr
b
Binary file test-data/npt.trr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/npt.xtc
b
Binary file test-data/npt.xtc has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/nvt.cpt
b
Binary file test-data/nvt.cpt has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/nvt.edr
b
Binary file test-data/nvt.edr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/nvt.gro
--- a/test-data/nvt.gro Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,38379 +0,0 @@\n-LYSOZYME in water\n-38376\n-    1LYS      N    1   4.414   3.401   2.453 -0.1245 -0.0474  0.2586\n-    1LYS     H1    2   4.480   3.471   2.424 -1.7482  1.7484  0.6963\n-    1LYS     H2    3   4.360   3.369   2.373  1.2229 -3.2424  0.4578\n-    1LYS     H3    4   4.360   3.447   2.524  1.0582 -0.7342  1.6378\n-    1LYS     CA    5   4.470   3.280   2.516 -0.0047 -0.2324 -0.1924\n-    1LYS     HA    6   4.518   3.227   2.434  0.4015 -1.3689  0.7569\n-    1LYS     CB    7   4.571   3.318   2.624  0.0554  0.2713 -0.4193\n-    1LYS    HB1    8   4.656   3.370   2.579  1.2827 -2.2577 -1.2165\n-    1LYS    HB2    9   4.530   3.386   2.698 -2.5593 -0.6513 -0.9218\n-    1LYS     CG   10   4.629   3.200   2.703 -0.1547  0.7908  0.5244\n-    1LYS    HG1   11   4.555   3.152   2.767  0.2325 -0.6000 -0.0319\n-    1LYS    HG2   12   4.645   3.120   2.631  0.4708 -0.2729  1.7931\n-    1LYS     CD   13   4.756   3.218   2.787 -0.0525 -0.0302  0.5523\n-    1LYS    HD1   14   4.838   3.216   2.715 -1.1456  1.3793 -0.7946\n-    1LYS    HD2   15   4.755   3.307   2.850 -0.3160  0.0084  0.4945\n-    1LYS     CE   16   4.779   3.095   2.874 -0.2235 -0.7092 -0.3413\n-    1LYS    HE1   17   4.721   3.085   2.966 -0.4480 -0.6077 -0.4718\n-    1LYS    HE2   18   4.751   2.999   2.831  0.7916 -1.0155 -0.3551\n-    1LYS     NZ   19   4.918   3.074   2.917 -0.1350  0.6325  0.0733\n-    1LYS    HZ1   20   4.918   2.997   2.983  1.5256  1.2201  0.8122\n-    1LYS    HZ2   21   4.975   3.041   2.840  0.1468 -0.3915  0.6956\n-    1LYS    HZ3   22   4.965   3.152   2.960 -0.7788 -0.6938  3.5038\n-    1LYS      C   23   4.354   3.196   2.569  0.0087 -0.0224  0.1719\n-    1LYS      O   24   4.259   3.259   2.616  0.0177  0.0708  0.0670\n-    2VAL      N   25   4.363   3.063   2.561 -0.1064 -0.0118 -0.1221\n-    2VAL      H   26   4.434   3.024   2.501 -0.2930  1.8672 -1.6788\n-    2VAL     CA   27   4.283   2.971   2.638  0.4698 -0.4814 -0.0790\n-    2VAL     HA   28   4.216   3.027   2.703  0.9998 -0.9382  0.8779\n-    2VAL     CB   29   4.204   2.870   2.555 -0.1650 -0.1450  0.1125\n-    2VAL     HB   30   4.279   2.817   2.497  1.2857  0.2990  1.5321\n-    2VAL    CG1   31   4.124   2.766   2.633 -0.1354 -0.5454 -0.3815\n-    2VAL   HG11   32   4.107   2.674   2.577 -1.6514 -0.6805  0.2518\n-    2VAL   HG12   33   4.184   2.722   2.713  1.0901 -0.5350 -1.2752\n-    2VAL   HG13   34   4.034   2.810   2.677  0.0989  0.0960 -0.5416\n-    2VAL    CG2   35   4.119   2.939   2.448  0.4678 -0.5282 -0.6567\n-    2VAL   HG21   36   4.053   2.867   2.401  1.1537 -2.2692  0.9490\n-    2VAL   HG22   37   4.063   3.027   2.481  1.6915 -0.3405  1.0716\n-    2VAL   HG23   38   4.168   2.983   2.362 -1.4954 -0.9957 -2.0889\n-    2VAL      C   39   4.384   2.901   2.729  0.4193 -0.4889 -0.0284\n-    2VAL      O   40   4.466   2.823   2.682  0.7041 -0.3222  0.1888\n-    3PHE      N   41   4.373   2.931   2.858  0.0323  0.4997 -0.2799\n-    3PHE      H   42   4.291   2.987   2.879 -0.1551  0.5609 -1.1538\n-    3PHE     CA   43   4.441   2.860   2.964  0.0286  0.0987 -0.5454\n-    3PHE     HA   44   4.547   2.852   2.942  0.2612  1.2032  0.0765\n-    3PHE     CB   45   4.429   2.933   3.098  0.0231 -0.2686 -0.3451\n-    3PHE    HB1   46   4.325   2.964   3.109  0.1691  0.3214 -0.6368\n-    3PHE    HB2   47   4.456   2.861   3.176 -2.9863 -1.9433 -0.7003\n-    3PHE     CG   48   4.516   3.054   3.120 -0.5309  0.1005 -0.1759\n-    3PHE    CD1   49   4.485   3.179   3.065  0.0236  0.2578 -0.1378\n-    3PHE    HD1   50   4.394   3.183   3.007  0.5847  2.0394 -0.9705\n-    3PHE    CD2   51   4.629   3.045   3.203 -0.3055  0.2147 -0.4689\n-    3PHE    HD2   52   4.649   2.948   3.247 -1.8630 -0.0414 -0.2471\n-    3PHE    CE1   53   4.566   3.291   3.085 -0.2488  0.3937  0.2120\n-    3PHE    HE1   54   4.552   3.385   3.034 -0.8507 -0.5038 -1.3251\n-    3PHE    CE2   55   4.709   3.156   3.231  0.1445 -0.2260  0.0278\n-    3PHE    HE2   56   4.797   3.155   3.293  0.2985 -0.2584 -0.1904\n-    3PHE     CZ   57   4.670   3'..b' 6.425   6.613   6.599 -1.0242  0.2185 -1.3474\n-12250SOL     OW38321   6.657   6.605   5.680  0.3901  0.0131 -0.3337\n-12250SOL    HW138322   6.633   6.659   5.599  1.3684  0.2384 -0.4807\n-12250SOL    HW238323   6.689   6.515   5.651  0.0465 -0.1673 -0.1570\n-12251SOL     OW38324   0.130   7.022   6.323 -0.6970  0.3793  0.3726\n-12251SOL    HW138325   0.070   7.025   6.243 -0.5860  0.7074  0.3000\n-12251SOL    HW238326   0.081   6.983   6.400 -0.8316  0.1371  0.1664\n-12252SOL     OW38327   5.803   7.014   6.256  0.8681  0.1038 -0.4046\n-12252SOL    HW138328   5.739   7.004   6.332  1.4817  2.5250  0.5358\n-12252SOL    HW238329   5.868   6.938   6.255  0.0248 -0.6408  0.6669\n-12253SOL     OW38330   6.328   6.949   0.001  0.1972  0.4320 -0.2740\n-12253SOL    HW138331   6.262   7.005  -0.049 -1.8563 -0.9533  0.7621\n-12253SOL    HW238332   6.312   6.958   0.100 -1.3131 -3.0889 -0.0559\n-12254SOL     OW38333   7.300   5.683   6.714  0.4791 -0.6901 -0.2548\n-12254SOL    HW138334   7.211   5.637   6.709  0.1350 -0.1306  0.5088\n-12254SOL    HW238335   7.310   5.744   6.635  0.8833 -1.9321 -1.2090\n-12255SOL     OW38336   5.959   5.962   6.015  0.3415  0.1915 -0.3612\n-12255SOL    HW138337   6.057   5.982   6.022  0.0066  2.3032 -0.9173\n-12255SOL    HW238338   5.923   5.941   6.106  1.0001  1.1962  0.1594\n-12256SOL     OW38339   6.082   6.039   6.890  0.3357  0.1814  0.2938\n-12256SOL    HW138340   6.112   5.960   6.943  0.7081  0.3525  0.3422\n-12256SOL    HW238341   6.026   6.008   6.813  0.8614 -0.1696  0.0454\n-12257SOL     OW38342   6.349   7.297   6.285  0.1509 -0.5373 -0.1490\n-12257SOL    HW138343   6.338   7.324   6.189  0.8201 -0.5969 -0.2474\n-12257SOL    HW238344   6.288   7.220   6.305 -0.5064 -0.0704 -0.3306\n-12258SOL     OW38345   6.993   5.869   6.615 -0.1606 -0.6358  0.1122\n-12258SOL    HW138346   6.986   5.770   6.630  1.9995 -0.6580  1.3854\n-12258SOL    HW238347   6.994   5.916   6.704 -0.2335  0.4563 -0.4484\n-12259SOL     OW38348   6.768   5.570   6.534  0.2539 -0.6929  0.0861\n-12259SOL    HW138349   6.758   5.472   6.518 -0.2914 -0.6407  0.1076\n-12259SOL    HW238350   6.843   5.585   6.599  0.1145 -1.1156  0.3492\n-12260SOL     OW38351   6.399   6.980   6.060 -0.1377  0.1280 -0.0719\n-12260SOL    HW138352   6.409   6.882   6.071  0.6528  0.1708 -0.3591\n-12260SOL    HW238353   6.445   7.028   6.135  0.0790  0.2873 -0.3029\n-12261SOL     OW38354   6.415   7.221   6.854 -0.0785  0.1304 -0.0085\n-12261SOL    HW138355   6.445   7.304   6.902 -1.3458 -0.3725  1.7852\n-12261SOL    HW238356   6.494   7.162   6.837  0.8138  1.5874 -1.1435\n-12262SOL     OW38357   7.079   5.424   5.840 -0.0092 -0.0703  0.6338\n-12262SOL    HW138358   7.075   5.331   5.803 -0.8219  0.6173 -1.1521\n-12262SOL    HW238359   6.986   5.460   5.849  0.3300  0.9183  0.3329\n-12263SOL     OW38360   6.774   6.147   6.184  0.2869 -0.0267 -0.0207\n-12263SOL    HW138361   6.679   6.119   6.173  0.5632 -0.7216 -0.8357\n-12263SOL    HW238362   6.818   6.089   6.253  0.6721 -1.2110 -1.2034\n-12264SOL     OW38363   7.235   5.877   6.502 -0.2037  0.0926  0.5223\n-12264SOL    HW138364   7.143   5.880   6.541 -0.2123 -0.7042  0.5772\n-12264SOL    HW238365   7.229   5.862   6.403 -0.1222 -0.8795  0.6546\n-12265SOL     OW38366   5.757   6.516   5.839 -0.2663 -0.5555 -0.4616\n-12265SOL    HW138367   5.852   6.543   5.827 -1.1659  3.7337  0.6551\n-12265SOL    HW238368   5.739   6.501   5.936 -0.8181 -1.1802 -0.6528\n-12266CL      CL38369   0.011   2.983   1.283  0.0958  0.7921  0.1589\n-12267CL      CL38370   1.624   2.346   3.356 -0.4632 -0.0375  0.0503\n-12268CL      CL38371   1.563   7.224   4.160 -0.2199  0.1409 -0.2564\n-12269CL      CL38372   1.475   6.421   5.828 -0.0800 -0.2095  0.2597\n-12270CL      CL38373   3.128   3.790   6.172 -0.1431  0.0850  0.4640\n-12271CL      CL38374   2.774   4.120   1.873 -0.2138 -0.2134 -0.0755\n-12272CL      CL38375   7.334   1.044   0.689  0.3876  0.0282  0.0509\n-12273CL      CL38376   6.342   5.664   5.947  0.1102  0.1942  0.1584\n-   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/nvt.mdp
--- a/test-data/nvt.mdp Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,43 +0,0 @@
-title = OPLS Lysozyme NVT equilibration 
-define = -DPOSRES ; position restrain the protein
-; Run parameters
-integrator = md ; leap-frog integrator
-nsteps = 500 ; 2 * 50000 = 100 ps
-dt     = 0.002 ; 2 fs
-; Output control
-nstxout = 50 ; save coordinates every 1.0 ps
-nstvout = 50 ; save velocities every 1.0 ps
-nstenergy = 50 ; save energies every 1.0 ps
-nstlog = 50 ; update log file every 1.0 ps
-nstxout-compressed  = 50      ; save compressed coordinates every 10.0 ps
-; Bond parameters
-continuation         = no ; first dynamics run
-constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints 
-constraints             = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
-lincs_iter             = 1     ; accuracy of LINCS
-lincs_order             = 4     ; also related to accuracy
-; Neighborsearching
-cutoff-scheme   = Verlet
-ns_type     = grid ; search neighboring grid cells
-nstlist     = 10 ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
-rcoulomb     = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
-rvdw     = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
-; Electrostatics
-coulombtype     = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
-pme_order     = 4 ; cubic interpolation
-fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT
-; Temperature coupling is on
-tcoupl = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
-tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
-tau_t = 0.1   0.1           ; time constant, in ps
-ref_t = 300    300           ; reference temperature, one for each group, in K
-; Pressure coupling is off
-pcoupl = no  ; no pressure coupling in NVT
-; Periodic boundary conditions
-pbc = xyz     ; 3-D PBC
-; Dispersion correction
-DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme
-; Velocity generation
-gen_vel = yes ; assign velocities from Maxwell distribution
-gen_temp = 300 ; temperature for Maxwell distribution
-gen_seed = -1 ; generate a random seed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/nvt.pdb
--- a/test-data/nvt.pdb Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,38382 +0,0 @@\n-TITLE     LYSOZYME in water\n-REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX\n-CRYST1   73.393   73.393   73.393  90.00  90.00  90.00 P 1           1\n-MODEL        1\n-ATOM      1  N   LYS     1      44.140  34.010  24.530  1.00  0.00            \n-ATOM      2  H1  LYS     1      44.800  34.710  24.240  1.00  0.00            \n-ATOM      3  H2  LYS     1      43.600  33.690  23.730  1.00  0.00            \n-ATOM      4  H3  LYS     1      43.600  34.470  25.240  1.00  0.00            \n-ATOM      5  CA  LYS     1      44.700  32.800  25.160  1.00  0.00            \n-ATOM      6  HA  LYS     1      45.180  32.270  24.340  1.00  0.00            \n-ATOM      7  CB  LYS     1      45.710  33.180  26.240  1.00  0.00            \n-ATOM      8  HB1 LYS     1      46.560  33.700  25.790  1.00  0.00            \n-ATOM      9  HB2 LYS     1      45.300  33.860  26.980  1.00  0.00            \n-ATOM     10  CG  LYS     1      46.290  32.000  27.030  1.00  0.00            \n-ATOM     11  HG1 LYS     1      45.550  31.520  27.670  1.00  0.00            \n-ATOM     12  HG2 LYS     1      46.450  31.200  26.310  1.00  0.00            \n-ATOM     13  CD  LYS     1      47.560  32.180  27.870  1.00  0.00            \n-ATOM     14  HD1 LYS     1      48.380  32.160  27.150  1.00  0.00            \n-ATOM     15  HD2 LYS     1      47.550  33.070  28.500  1.00  0.00            \n-ATOM     16  CE  LYS     1      47.790  30.950  28.740  1.00  0.00            \n-ATOM     17  HE1 LYS     1      47.210  30.850  29.660  1.00  0.00            \n-ATOM     18  HE2 LYS     1      47.510  29.990  28.310  1.00  0.00            \n-ATOM     19  NZ  LYS     1      49.180  30.740  29.170  1.00  0.00            \n-ATOM     20  HZ1 LYS     1      49.180  29.970  29.830  1.00  0.00            \n-ATOM     21  HZ2 LYS     1      49.750  30.410  28.400  1.00  0.00            \n-ATOM     22  HZ3 LYS     1      49.650  31.520  29.600  1.00  0.00            \n-ATOM     23  C   LYS     1      43.540  31.960  25.690  1.00  0.00            \n-ATOM     24  O   LYS     1      42.590  32.590  26.160  1.00  0.00            \n-ATOM     25  N   VAL     2      43.630  30.630  25.610  1.00  0.00            \n-ATOM     26  H   VAL     2      44.340  30.240  25.010  1.00  0.00            \n-ATOM     27  CA  VAL     2      42.830  29.710  26.380  1.00  0.00            \n-ATOM     28  HA  VAL     2      42.160  30.270  27.030  1.00  0.00            \n-ATOM     29  CB  VAL     2      42.040  28.700  25.550  1.00  0.00            \n-ATOM     30  HB  VAL     2      42.790  28.170  24.970  1.00  0.00            \n-ATOM     31  CG1 VAL     2      41.240  27.660  26.330  1.00  0.00            \n-ATOM     32 1HG1 VAL     2      41.070  26.740  25.770  1.00  0.00            \n-ATOM     33 2HG1 VAL     2      41.840  27.220  27.130  1.00  0.00            \n-ATOM     34 3HG1 VAL     2      40.340  28.100  26.770  1.00  0.00            \n-ATOM     35  CG2 VAL     2      41.190  29.390  24.480  1.00  0.00            \n-ATOM     36 1HG2 VAL     2      40.530  28.670  24.010  1.00  0.00            \n-ATOM     37 2HG2 VAL     2      40.630  30.270  24.810  1.00  0.00            \n-ATOM     38 3HG2 VAL     2      41.680  29.830  23.620  1.00  0.00            \n-ATOM     39  C   VAL     2      43.840  29.010  27.290  1.00  0.00            \n-ATOM     40  O   VAL     2      44.660  28.230  26.820  1.00  0.00            \n-ATOM     41  N   PHE     3      43.730  29.310  28.580  1.00  0.00            \n-ATOM     42  H   PHE     3      42.910  29.870  28.790  1.00  0.00            \n-ATOM     43  CA  PHE     3      44.410  28.600  29.640  1.00  0.00            \n-ATOM     44  HA  PHE     3      45.470  28.520  29.420  1.00  0.00            \n-ATOM     45  CB  PHE     3      44.290  29.330  30.980  1.00  0.00            \n-ATOM     46  HB1 PHE     3      43.250  29.640  31.090  1.00  0.00            \n-ATOM     47  HB2 PHE     3      44.560  28.610  31.760  1.00  0.00            \n-ATOM     48  CG  PHE     3      45.160  30.540  31.200  1.00  0.0'..b'OW  SOL  2252      58.030  70.140  62.560  1.00  0.00            \n-ATOM  38328  HW1 SOL  2252      57.390  70.040  63.320  1.00  0.00            \n-ATOM  38329  HW2 SOL  2252      58.680  69.380  62.550  1.00  0.00            \n-ATOM  38330  OW  SOL  2253      63.280  69.490   0.010  1.00  0.00            \n-ATOM  38331  HW1 SOL  2253      62.620  70.050  -0.490  1.00  0.00            \n-ATOM  38332  HW2 SOL  2253      63.120  69.580   1.000  1.00  0.00            \n-ATOM  38333  OW  SOL  2254      73.000  56.830  67.140  1.00  0.00            \n-ATOM  38334  HW1 SOL  2254      72.110  56.370  67.090  1.00  0.00            \n-ATOM  38335  HW2 SOL  2254      73.100  57.440  66.350  1.00  0.00            \n-ATOM  38336  OW  SOL  2255      59.590  59.620  60.150  1.00  0.00            \n-ATOM  38337  HW1 SOL  2255      60.570  59.820  60.220  1.00  0.00            \n-ATOM  38338  HW2 SOL  2255      59.230  59.410  61.060  1.00  0.00            \n-ATOM  38339  OW  SOL  2256      60.820  60.390  68.900  1.00  0.00            \n-ATOM  38340  HW1 SOL  2256      61.120  59.600  69.430  1.00  0.00            \n-ATOM  38341  HW2 SOL  2256      60.260  60.080  68.130  1.00  0.00            \n-ATOM  38342  OW  SOL  2257      63.490  72.970  62.850  1.00  0.00            \n-ATOM  38343  HW1 SOL  2257      63.380  73.240  61.890  1.00  0.00            \n-ATOM  38344  HW2 SOL  2257      62.880  72.200  63.050  1.00  0.00            \n-ATOM  38345  OW  SOL  2258      69.930  58.690  66.150  1.00  0.00            \n-ATOM  38346  HW1 SOL  2258      69.860  57.700  66.300  1.00  0.00            \n-ATOM  38347  HW2 SOL  2258      69.940  59.160  67.040  1.00  0.00            \n-ATOM  38348  OW  SOL  2259      67.680  55.700  65.340  1.00  0.00            \n-ATOM  38349  HW1 SOL  2259      67.580  54.720  65.180  1.00  0.00            \n-ATOM  38350  HW2 SOL  2259      68.430  55.850  65.990  1.00  0.00            \n-ATOM  38351  OW  SOL  2260      63.990  69.800  60.600  1.00  0.00            \n-ATOM  38352  HW1 SOL  2260      64.090  68.820  60.710  1.00  0.00            \n-ATOM  38353  HW2 SOL  2260      64.450  70.280  61.350  1.00  0.00            \n-ATOM  38354  OW  SOL  2261      64.150  72.210  68.540  1.00  0.00            \n-ATOM  38355  HW1 SOL  2261      64.450  73.040  69.020  1.00  0.00            \n-ATOM  38356  HW2 SOL  2261      64.940  71.620  68.370  1.00  0.00            \n-ATOM  38357  OW  SOL  2262      70.790  54.240  58.400  1.00  0.00            \n-ATOM  38358  HW1 SOL  2262      70.750  53.310  58.030  1.00  0.00            \n-ATOM  38359  HW2 SOL  2262      69.860  54.600  58.490  1.00  0.00            \n-ATOM  38360  OW  SOL  2263      67.740  61.470  61.840  1.00  0.00            \n-ATOM  38361  HW1 SOL  2263      66.790  61.190  61.730  1.00  0.00            \n-ATOM  38362  HW2 SOL  2263      68.180  60.890  62.530  1.00  0.00            \n-ATOM  38363  OW  SOL  2264      72.350  58.770  65.020  1.00  0.00            \n-ATOM  38364  HW1 SOL  2264      71.430  58.800  65.410  1.00  0.00            \n-ATOM  38365  HW2 SOL  2264      72.290  58.620  64.030  1.00  0.00            \n-ATOM  38366  OW  SOL  2265      57.570  65.160  58.390  1.00  0.00            \n-ATOM  38367  HW1 SOL  2265      58.520  65.430  58.270  1.00  0.00            \n-ATOM  38368  HW2 SOL  2265      57.390  65.010  59.360  1.00  0.00            \n-ATOM  38369  CL   CL  2266       0.110  29.830  12.830  1.00  0.00            \n-ATOM  38370  CL   CL  2267      16.240  23.460  33.560  1.00  0.00            \n-ATOM  38371  CL   CL  2268      15.630  72.240  41.600  1.00  0.00            \n-ATOM  38372  CL   CL  2269      14.750  64.210  58.280  1.00  0.00            \n-ATOM  38373  CL   CL  2270      31.280  37.900  61.720  1.00  0.00            \n-ATOM  38374  CL   CL  2271      27.740  41.200  18.730  1.00  0.00            \n-ATOM  38375  CL   CL  2272      73.340  10.440   6.890  1.00  0.00            \n-ATOM  38376  CL   CL  2273      63.420  56.640  59.470  1.00  0.00            \n-TER\n-ENDMDL\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/nvt.tpr
b
Binary file test-data/nvt.tpr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/nvt.trr
b
Binary file test-data/nvt.trr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/nvt.xtc
b
Binary file test-data/nvt.xtc has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/outp.edr
b
Binary file test-data/outp.edr has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/outp.tabular
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/outp.tabular Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
@@ -0,0 +1,11 @@
+0.000000 -875.856201 -565.607910 -561.483948
+0.100000 -937.817383 -652.096558 -563.097961
+0.200000 -1076.080811 -764.079712 -564.585632
+0.300000 -1128.099854 -869.548645 -563.387207
+0.400000 -1194.588623 -941.101868 -563.371216
+0.500000 -1229.046509 -942.665039 -564.364685
+0.600000 -1304.865845 -1042.604736 -565.530396
+0.700000 -1355.996216 -1110.028687 -566.059509
+0.800000 -1339.003906 -1115.218750 -566.635681
+0.900000 -1310.706909 -1073.441406 -566.569702
+1.000000 -1306.671997 -1089.731323 -566.253174
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/outp.xvg
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/outp.xvg Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
@@ -0,0 +1,37 @@
+# This file was created Tue May 19 15:42:53 2020
+# Created by:
+#                      :-) GROMACS - gmx energy, 2019.1 (-:
+# 
+# Executable:   /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1/bin/gmx
+# Data prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1
+# Working dir:  /tmp/tmprwcs9m2t/job_working_directory/000/17/working
+# Command line:
+#   gmx energy -f ./edr_input.edr -o ./energy.xvg
+# gmx energy is part of G R O M A C S:
+#
+# GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
+#
+@    title "GROMACS Energies"
+@    xaxis  label "Time (ps)"
+@    yaxis  label "(kJ/mol)"
+@TYPE xy
+@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
+@ legend on
+@ legend box on
+@ legend loctype view
+@ legend 0.78, 0.8
+@ legend length 2
+@ s0 legend "Potential"
+@ s1 legend "Total Energy"
+@ s2 legend "Conserved En."
+    0.000000  -875.856201  -565.607910  -561.483948
+    0.100000  -937.817383  -652.096558  -563.097961
+    0.200000  -1076.080811  -764.079712  -564.585632
+    0.300000  -1128.099854  -869.548645  -563.387207
+    0.400000  -1194.588623  -941.101868  -563.371216
+    0.500000  -1229.046509  -942.665039  -564.364685
+    0.600000  -1304.865845  -1042.604736  -565.530396
+    0.700000  -1355.996216  -1110.028687  -566.059509
+    0.800000  -1339.003906  -1115.218750  -566.635681
+    0.900000  -1310.706909  -1073.441406  -566.569702
+    1.000000  -1306.671997  -1089.731323  -566.253174
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/posre_cl.itp
--- a/test-data/posre_cl.itp Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/test-data/posre_cl.itp Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
[
@@ -1,12 +1,5 @@
-; position restraints for CL of LYSOZYME in water
 
 [ position_restraints ]
 ;  i funct       fcx        fcy        fcz
-38369    1        500        600        700
-38370    1        500        600        700
-38371    1        500        600        700
-38372    1        500        600        700
-38373    1        500        600        700
-38374    1        500        600        700
-38375    1        500        600        700
-38376    1        500        600        700
+  93    1        500        600        700
+  94    1        500        600        700
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/posres.itp
--- a/test-data/posres.itp Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/test-data/posres.itp Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
b'@@ -48,961 +48,3 @@\n     90     1  1000  1000  1000\n     91     1  1000  1000  1000\n     92     1  1000  1000  1000\n-    94     1  1000  1000  1000\n-    96     1  1000  1000  1000\n-    99     1  1000  1000  1000\n-   100     1  1000  1000  1000\n-   101     1  1000  1000  1000\n-   102     1  1000  1000  1000\n-   104     1  1000  1000  1000\n-   106     1  1000  1000  1000\n-   109     1  1000  1000  1000\n-   112     1  1000  1000  1000\n-   113     1  1000  1000  1000\n-   114     1  1000  1000  1000\n-   115     1  1000  1000  1000\n-   116     1  1000  1000  1000\n-   117     1  1000  1000  1000\n-   119     1  1000  1000  1000\n-   121     1  1000  1000  1000\n-   124     1  1000  1000  1000\n-   126     1  1000  1000  1000\n-   130     1  1000  1000  1000\n-   134     1  1000  1000  1000\n-   135     1  1000  1000  1000\n-   136     1  1000  1000  1000\n-   138     1  1000  1000  1000\n-   140     1  1000  1000  1000\n-   144     1  1000  1000  1000\n-   145     1  1000  1000  1000\n-   146     1  1000  1000  1000\n-   148     1  1000  1000  1000\n-   150     1  1000  1000  1000\n-   154     1  1000  1000  1000\n-   155     1  1000  1000  1000\n-   156     1  1000  1000  1000\n-   158     1  1000  1000  1000\n-   160     1  1000  1000  1000\n-   164     1  1000  1000  1000\n-   165     1  1000  1000  1000\n-   166     1  1000  1000  1000\n-   168     1  1000  1000  1000\n-   170     1  1000  1000  1000\n-   173     1  1000  1000  1000\n-   176     1  1000  1000  1000\n-   177     1  1000  1000  1000\n-   181     1  1000  1000  1000\n-   182     1  1000  1000  1000\n-   183     1  1000  1000  1000\n-   185     1  1000  1000  1000\n-   187     1  1000  1000  1000\n-   190     1  1000  1000  1000\n-   193     1  1000  1000  1000\n-   196     1  1000  1000  1000\n-   199     1  1000  1000  1000\n-   203     1  1000  1000  1000\n-   204     1  1000  1000  1000\n-   205     1  1000  1000  1000\n-   207     1  1000  1000  1000\n-   209     1  1000  1000  1000\n-   212     1  1000  1000  1000\n-   215     1  1000  1000  1000\n-   218     1  1000  1000  1000\n-   220     1  1000  1000  1000\n-   221     1  1000  1000  1000\n-   224     1  1000  1000  1000\n-   227     1  1000  1000  1000\n-   228     1  1000  1000  1000\n-   229     1  1000  1000  1000\n-   231     1  1000  1000  1000\n-   233     1  1000  1000  1000\n-   236     1  1000  1000  1000\n-   237     1  1000  1000  1000\n-   238     1  1000  1000  1000\n-   240     1  1000  1000  1000\n-   242     1  1000  1000  1000\n-   244     1  1000  1000  1000\n-   245     1  1000  1000  1000\n-   246     1  1000  1000  1000\n-   248     1  1000  1000  1000\n-   251     1  1000  1000  1000\n-   252     1  1000  1000  1000\n-   253     1  1000  1000  1000\n-   255     1  1000  1000  1000\n-   257     1  1000  1000  1000\n-   260     1  1000  1000  1000\n-   262     1  1000  1000  1000\n-   266     1  1000  1000  1000\n-   270     1  1000  1000  1000\n-   271     1  1000  1000  1000\n-   272     1  1000  1000  1000\n-   274     1  1000  1000  1000\n-   276     1  1000  1000  1000\n-   279     1  1000  1000  1000\n-   280     1  1000  1000  1000\n-   281     1  1000  1000  1000\n-   282     1  1000  1000  1000\n-   283     1  1000  1000  1000\n-   284     1  1000  1000  1000\n-   286     1  1000  1000  1000\n-   288     1  1000  1000  1000\n-   291     1  1000  1000  1000\n-   292     1  1000  1000  1000\n-   293     1  1000  1000  1000\n-   296     1  1000  1000  1000\n-   297     1  1000  1000  1000\n-   298     1  1000  1000  1000\n-   300     1  1000  1000  1000\n-   302     1  1000  1000  1000\n-   305     1  1000  1000  1000\n-   306     1  1000  1000  1000\n-   308     1  1000  1000  1000\n-   310     1  1000  1000  1000\n-   312     1  1000  1000  1000\n-   314     1  1000  1000  1000\n-   315     1  1000  1000  1000\n-   317     1  1000  1000  1000\n-   318     1  1000  1000  1000\n-   319     1  1000  1000  1000\n-   321     1  1000  1000  1000\n-   323     1  1000  1000  1000\n-   326     1  1000  1000  1000\n-   329     1  1000  1000  1000\n-   332     1  1000  1000  1000\n-   334    '..b'  1711     1  1000  1000  1000\n-  1714     1  1000  1000  1000\n-  1716     1  1000  1000  1000\n-  1717     1  1000  1000  1000\n-  1720     1  1000  1000  1000\n-  1723     1  1000  1000  1000\n-  1724     1  1000  1000  1000\n-  1725     1  1000  1000  1000\n-  1727     1  1000  1000  1000\n-  1729     1  1000  1000  1000\n-  1732     1  1000  1000  1000\n-  1733     1  1000  1000  1000\n-  1734     1  1000  1000  1000\n-  1735     1  1000  1000  1000\n-  1737     1  1000  1000  1000\n-  1739     1  1000  1000  1000\n-  1742     1  1000  1000  1000\n-  1745     1  1000  1000  1000\n-  1748     1  1000  1000  1000\n-  1751     1  1000  1000  1000\n-  1755     1  1000  1000  1000\n-  1756     1  1000  1000  1000\n-  1757     1  1000  1000  1000\n-  1759     1  1000  1000  1000\n-  1762     1  1000  1000  1000\n-  1763     1  1000  1000  1000\n-  1764     1  1000  1000  1000\n-  1766     1  1000  1000  1000\n-  1768     1  1000  1000  1000\n-  1770     1  1000  1000  1000\n-  1772     1  1000  1000  1000\n-  1776     1  1000  1000  1000\n-  1777     1  1000  1000  1000\n-  1778     1  1000  1000  1000\n-  1780     1  1000  1000  1000\n-  1782     1  1000  1000  1000\n-  1785     1  1000  1000  1000\n-  1786     1  1000  1000  1000\n-  1787     1  1000  1000  1000\n-  1788     1  1000  1000  1000\n-  1789     1  1000  1000  1000\n-  1790     1  1000  1000  1000\n-  1792     1  1000  1000  1000\n-  1794     1  1000  1000  1000\n-  1796     1  1000  1000  1000\n-  1800     1  1000  1000  1000\n-  1804     1  1000  1000  1000\n-  1805     1  1000  1000  1000\n-  1806     1  1000  1000  1000\n-  1808     1  1000  1000  1000\n-  1810     1  1000  1000  1000\n-  1813     1  1000  1000  1000\n-  1816     1  1000  1000  1000\n-  1817     1  1000  1000  1000\n-  1818     1  1000  1000  1000\n-  1821     1  1000  1000  1000\n-  1822     1  1000  1000  1000\n-  1823     1  1000  1000  1000\n-  1825     1  1000  1000  1000\n-  1827     1  1000  1000  1000\n-  1831     1  1000  1000  1000\n-  1832     1  1000  1000  1000\n-  1833     1  1000  1000  1000\n-  1835     1  1000  1000  1000\n-  1837     1  1000  1000  1000\n-  1840     1  1000  1000  1000\n-  1841     1  1000  1000  1000\n-  1843     1  1000  1000  1000\n-  1844     1  1000  1000  1000\n-  1846     1  1000  1000  1000\n-  1847     1  1000  1000  1000\n-  1849     1  1000  1000  1000\n-  1851     1  1000  1000  1000\n-  1853     1  1000  1000  1000\n-  1855     1  1000  1000  1000\n-  1856     1  1000  1000  1000\n-  1857     1  1000  1000  1000\n-  1859     1  1000  1000  1000\n-  1861     1  1000  1000  1000\n-  1863     1  1000  1000  1000\n-  1866     1  1000  1000  1000\n-  1870     1  1000  1000  1000\n-  1874     1  1000  1000  1000\n-  1875     1  1000  1000  1000\n-  1876     1  1000  1000  1000\n-  1878     1  1000  1000  1000\n-  1880     1  1000  1000  1000\n-  1883     1  1000  1000  1000\n-  1886     1  1000  1000  1000\n-  1889     1  1000  1000  1000\n-  1891     1  1000  1000  1000\n-  1892     1  1000  1000  1000\n-  1895     1  1000  1000  1000\n-  1898     1  1000  1000  1000\n-  1899     1  1000  1000  1000\n-  1900     1  1000  1000  1000\n-  1902     1  1000  1000  1000\n-  1905     1  1000  1000  1000\n-  1906     1  1000  1000  1000\n-  1907     1  1000  1000  1000\n-  1909     1  1000  1000  1000\n-  1911     1  1000  1000  1000\n-  1914     1  1000  1000  1000\n-  1915     1  1000  1000  1000\n-  1916     1  1000  1000  1000\n-  1917     1  1000  1000  1000\n-  1919     1  1000  1000  1000\n-  1921     1  1000  1000  1000\n-  1924     1  1000  1000  1000\n-  1927     1  1000  1000  1000\n-  1930     1  1000  1000  1000\n-  1932     1  1000  1000  1000\n-  1933     1  1000  1000  1000\n-  1936     1  1000  1000  1000\n-  1939     1  1000  1000  1000\n-  1940     1  1000  1000  1000\n-  1941     1  1000  1000  1000\n-  1943     1  1000  1000  1000\n-  1945     1  1000  1000  1000\n-  1948     1  1000  1000  1000\n-  1950     1  1000  1000  1000\n-  1954     1  1000  1000  1000\n-  1958     1  1000  1000  1000\n-  1959     1  1000  1000  1000\n-  1960     1  1000  1000  1000\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/processed.gro
--- a/test-data/processed.gro Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/test-data/processed.gro Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
b'@@ -1,5 +1,5 @@\n-LYSOZYME\n- 2194\n+TEST\n+   92\n     1LYS      N    1   3.536   2.234  -1.198\n     1LYS     H1    2   3.612   2.288  -1.236\n     1LYS     H2    3   3.470   2.214  -1.270\n@@ -90,2108 +90,6 @@\n     5ARG   HH21   88   3.311   0.655  -0.147\n     5ARG   HH22   89   3.376   0.626   0.010\n     5ARG      C   90   3.467   1.273  -0.156\n-    5ARG      O   91   3.467   1.365  -0.070\n-    6CYS      N   92   3.567   1.185  -0.161\n-    6CYS      H   93   3.567   1.116  -0.233\n-    6CYS     CA   94   3.678   1.187  -0.065\n-    6CYS     HA   95   3.631   1.202   0.022\n-    6CYS     CB   96   3.749   1.053  -0.062\n-    6CYS    HB1   97   3.770   1.034  -0.158\n-    6CYS    HB2   98   3.834   1.072  -0.013\n-    6CYS     SG   99   3.654   0.920   0.014\n-    6CYS      C  100   3.775   1.305  -0.078\n-    6CYS      O  101   3.815   1.361   0.026\n-    7GLU      N  102   3.786   1.348  -0.202\n-    7GLU      H  103   3.740   1.300  -0.276\n-    7GLU     CA  104   3.868   1.469  -0.231\n-    7GLU     HA  105   3.960   1.455  -0.193\n-    7GLU     CB  106   3.878   1.485  -0.382\n-    7GLU    HB1  107   3.923   1.402  -0.417\n-    7GLU    HB2  108   3.785   1.489  -0.417\n-    7GLU     CG  109   3.954   1.605  -0.438\n-    7GLU    HG1  110   3.913   1.687  -0.399\n-    7GLU    HG2  111   4.049   1.598  -0.407\n-    7GLU     CD  112   3.958   1.624  -0.587\n-    7GLU    OE1  113   3.867   1.564  -0.649\n-    7GLU    OE2  114   4.042   1.695  -0.638\n-    7GLU      C  115   3.805   1.593  -0.166\n-    7GLU      O  116   3.874   1.673  -0.101\n-    8LEU      N  117   3.674   1.605  -0.182\n-    8LEU      H  118   3.626   1.535  -0.235\n-    8LEU     CA  119   3.596   1.716  -0.125\n-    8LEU     HA  120   3.640   1.801  -0.156\n-    8LEU     CB  121   3.453   1.717  -0.181\n-    8LEU    HB1  122   3.457   1.722  -0.281\n-    8LEU    HB2  123   3.406   1.633  -0.153\n-    8LEU     CG  124   3.372   1.835  -0.131\n-    8LEU     HG  125   3.378   1.842  -0.031\n-    8LEU    CD1  126   3.430   1.966  -0.184\n-    8LEU   HD11  127   3.376   2.043  -0.150\n-    8LEU   HD12  128   3.524   1.975  -0.153\n-    8LEU   HD13  129   3.427   1.965  -0.284\n-    8LEU    CD2  130   3.225   1.814  -0.160\n-    8LEU   HD21  131   3.172   1.893  -0.126\n-    8LEU   HD22  132   3.211   1.805  -0.258\n-    8LEU   HD23  133   3.193   1.731  -0.114\n-    8LEU      C  134   3.605   1.713   0.027\n-    8LEU      O  135   3.616   1.817   0.092\n-    9ALA      N  136   3.575   1.598   0.083\n-    9ALA      H  137   3.546   1.522   0.024\n-    9ALA     CA  138   3.584   1.576   0.228\n-    9ALA     HA  139   3.508   1.626   0.269\n-    9ALA     CB  140   3.566   1.429   0.262\n-    9ALA    HB1  141   3.572   1.416   0.361\n-    9ALA    HB2  142   3.476   1.398   0.230\n-    9ALA    HB3  143   3.637   1.375   0.218\n-    9ALA      C  144   3.714   1.631   0.284\n-    9ALA      O  145   3.715   1.698   0.390\n-   10ALA      N  146   3.827   1.598   0.220\n-   10ALA      H  147   3.820   1.539   0.140\n-   10ALA     CA  148   3.961   1.643   0.262\n-   10ALA     HA  149   3.969   1.619   0.358\n-   10ALA     CB  150   4.071   1.571   0.184\n-   10ALA    HB1  151   4.160   1.603   0.215\n-   10ALA    HB2  152   4.064   1.472   0.201\n-   10ALA    HB3  153   4.060   1.589   0.086\n-   10ALA      C  154   3.974   1.794   0.246\n-   10ALA      O  155   4.019   1.850   0.347\n-   11ALA      N  156   3.923   1.852   0.139\n-   11ALA      H  157   3.881   1.795   0.067\n-   11ALA     CA  158   3.926   1.998   0.122\n-   11ALA     HA  159   4.023   2.023   0.133\n-   11ALA     CB  160   3.887   2.042  -0.018\n-   11ALA    HB1  161   3.891   2.142  -0.024\n-   11ALA    HB2  162   3.950   2.002  -0.084\n-   11ALA    HB3  163   3.794   2.011  -0.037\n-   11ALA      C  164   3.849   2.070   0.232\n-   11ALA      O  165   3.895   2.166   0.295\n-   12MET      N  166   3.729   2.021   0.259\n-   12MET      H  167   3.697   1.942   0.207\n-   12MET     CA  168   3.640   2.078   0.361\n-   12MET     HA  169   3.634   2.175   0.339\n-   12MET     CB  170 '..b'63   0.942\n-  180HOH     OW 2111   4.073   0.922   0.029\n-  180HOH    HW1 2112   4.155   0.922   0.087\n-  180HOH    HW2 2113   4.073   0.841  -0.029\n-  181HOH     OW 2114   1.250   1.527   0.410\n-  181HOH    HW1 2115   1.168   1.527   0.467\n-  181HOH    HW2 2116   1.250   1.608   0.352\n-  182HOH     OW 2117   2.037   2.862  -0.235\n-  182HOH    HW1 2118   1.956   2.862  -0.178\n-  182HOH    HW2 2119   2.037   2.780  -0.293\n-  183HOH     OW 2120   2.279   1.546  -0.667\n-  183HOH    HW1 2121   2.279   1.628  -0.725\n-  183HOH    HW2 2122   2.279   1.465  -0.725\n-  184HOH     OW 2123   2.314   3.181   1.512\n-  184HOH    HW1 2124   2.395   3.181   1.570\n-  184HOH    HW2 2125   2.232   3.181   1.570\n-  185HOH     OW 2126   2.267   3.869   0.825\n-  185HOH    HW1 2127   2.349   3.869   0.882\n-  185HOH    HW2 2128   2.267   3.951   0.767\n-  186HOH     OW 2129   3.397   3.311   0.684\n-  186HOH    HW1 2130   3.478   3.311   0.741\n-  186HOH    HW2 2131   3.397   3.230   0.626\n-  187HOH     OW 2132   1.957   2.542  -0.142\n-  187HOH    HW1 2133   1.876   2.542  -0.084\n-  187HOH    HW2 2134   1.957   2.624  -0.200\n-  188HOH     OW 2135   1.479   1.567   0.726\n-  188HOH    HW1 2136   1.397   1.567   0.784\n-  188HOH    HW2 2137   1.479   1.486   0.668\n-  189HOH     OW 2138   1.911   2.802  -1.465\n-  189HOH    HW1 2139   1.911   2.884  -1.522\n-  189HOH    HW2 2140   1.911   2.721  -1.522\n-  190HOH     OW 2141   1.730   3.906  -1.245\n-  190HOH    HW1 2142   1.812   3.906  -1.188\n-  190HOH    HW2 2143   1.649   3.906  -1.188\n-  191HOH     OW 2144   1.620   1.450   0.558\n-  191HOH    HW1 2145   1.701   1.450   0.615\n-  191HOH    HW2 2146   1.620   1.532   0.500\n-  192HOH     OW 2147   1.735   4.635  -0.708\n-  192HOH    HW1 2148   1.816   4.635  -0.650\n-  192HOH    HW2 2149   1.735   4.553  -0.766\n-  193HOH     OW 2150   1.499   3.130  -0.424\n-  193HOH    HW1 2151   1.418   3.130  -0.366\n-  193HOH    HW2 2152   1.499   3.212  -0.482\n-  194HOH     OW 2153   2.820   4.477  -0.315\n-  194HOH    HW1 2154   2.738   4.477  -0.257\n-  194HOH    HW2 2155   2.820   4.396  -0.373\n-  195HOH     OW 2156   2.948   1.386  -0.911\n-  195HOH    HW1 2157   2.948   1.468  -0.968\n-  195HOH    HW2 2158   2.948   1.305  -0.968\n-  196HOH     OW 2159   2.361   4.481   0.261\n-  196HOH    HW1 2160   2.443   4.481   0.319\n-  196HOH    HW2 2161   2.280   4.481   0.319\n-  197HOH     OW 2162   4.057   2.218  -0.636\n-  197HOH    HW1 2163   4.139   2.218  -0.578\n-  197HOH    HW2 2164   4.057   2.300  -0.694\n-  198HOH     OW 2165   1.247   3.186  -0.623\n-  198HOH    HW1 2166   1.329   3.186  -0.565\n-  198HOH    HW2 2167   1.247   3.104  -0.680\n-  199HOH     OW 2168   1.668   1.359  -0.583\n-  199HOH    HW1 2169   1.587   1.359  -0.525\n-  199HOH    HW2 2170   1.668   1.441  -0.641\n-  200HOH     OW 2171   2.753   3.806  -1.286\n-  200HOH    HW1 2172   2.672   3.806  -1.228\n-  200HOH    HW2 2173   2.753   3.724  -1.344\n-  201HOH     OW 2174   2.589   3.597   1.156\n-  201HOH    HW1 2175   2.589   3.679   1.099\n-  201HOH    HW2 2176   2.589   3.516   1.099\n-  202HOH     OW 2177   2.479   2.518   1.606\n-  202HOH    HW1 2178   2.561   2.518   1.664\n-  202HOH    HW2 2179   2.397   2.518   1.664\n-  203HOH     OW 2180   1.258   2.121   0.501\n-  203HOH    HW1 2181   1.340   2.121   0.558\n-  203HOH    HW2 2182   1.258   2.203   0.443\n-  204HOH     OW 2183   1.969   2.375  -0.485\n-  204HOH    HW1 2184   2.050   2.375  -0.427\n-  204HOH    HW2 2185   1.969   2.293  -0.543\n-  205HOH     OW 2186   2.710   3.596  -1.236\n-  205HOH    HW1 2187   2.628   3.596  -1.178\n-  205HOH    HW2 2188   2.710   3.677  -1.294\n-  206HOH     OW 2189   3.726   0.963   1.000\n-  206HOH    HW1 2190   3.644   0.963   1.058\n-  206HOH    HW2 2191   3.726   0.882   0.942\n-  207HOH     OW 2192   4.376   2.384   0.804\n-  207HOH    HW1 2193   4.376   2.466   0.746\n-  207HOH    HW2 2194   4.376   2.303   0.746\n+    5ARG     O1   91   3.467   1.365  -0.070\n+    5ARG     O2   92   3.430   1.274  -0.025\n    5.90620   6.84510   3.05170\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/solv.gro
--- a/test-data/solv.gro Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/test-data/solv.gro Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
b'@@ -1,38395 +1,6733 @@\n-LYSOZYME\n-38392\n-    1LYS      N    1   4.434   3.396   2.469\n-    1LYS     H1    2   4.510   3.450   2.431\n-    1LYS     H2    3   4.368   3.376   2.397\n-    1LYS     H3    4   4.390   3.448   2.542\n-    1LYS     CA    5   4.487   3.269   2.524\n-    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.451\n-    1LYS     CB    7   4.585   3.306   2.636\n-    1LYS    HB1    8   4.661   3.357   2.597\n-    1LYS    HB2    9   4.537   3.363   2.703\n-    1LYS     CG   10   4.643   3.187   2.711\n-    1LYS    HG1   11   4.574   3.151   2.773\n-    1LYS    HG2   12   4.668   3.116   2.644\n-    1LYS     CD   13   4.767   3.227   2.790\n-    1LYS    HD1   14   4.843   3.245   2.727\n-    1LYS    HD2   15   4.747   3.309   2.843\n-    1LYS     CE   16   4.804   3.113   2.883\n-    1LYS    HE1   17   4.739   3.108   2.959\n-    1LYS    HE2   18   4.804   3.026   2.834\n-    1LYS     NZ   19   4.940   3.139   2.937\n-    1LYS    HZ1   20   4.967   3.065   2.999\n-    1LYS    HZ2   21   5.006   3.144   2.861\n-    1LYS    HZ3   22   4.940   3.226   2.987\n-    1LYS      C   23   4.372   3.188   2.583\n-    1LYS      O   24   4.293   3.243   2.659\n-    2VAL      N   25   4.372   3.058   2.563\n-    2VAL      H   26   4.434   3.022   2.493\n-    2VAL     CA   27   4.288   2.962   2.634\n-    2VAL     HA   28   4.215   3.014   2.677\n-    2VAL     CB   29   4.212   2.865   2.544\n-    2VAL     HB   30   4.284   2.814   2.497\n-    2VAL    CG1   31   4.123   2.770   2.624\n-    2VAL   HG11   32   4.075   2.709   2.561\n-    2VAL   HG12   33   4.180   2.717   2.686\n-    2VAL   HG13   34   4.056   2.823   2.676\n-    2VAL    CG2   35   4.127   2.933   2.438\n-    2VAL   HG21   36   4.081   2.864   2.383\n-    2VAL   HG22   37   4.060   2.992   2.482\n-    2VAL   HG23   38   4.186   2.989   2.379\n-    2VAL      C   39   4.378   2.893   2.738\n-    2VAL      O   40   4.474   2.823   2.701\n-    3PHE      N   41   4.347   2.917   2.863\n-    3PHE      H   42   4.273   2.981   2.883\n-    3PHE     CA   43   4.417   2.852   2.975\n-    3PHE     HA   44   4.513   2.859   2.950\n-    3PHE     CB   45   4.395   2.925   3.108\n-    3PHE    HB1   46   4.303   2.964   3.109\n-    3PHE    HB2   47   4.404   2.860   3.183\n-    3PHE     CG   48   4.492   3.036   3.129\n-    3PHE    CD1   49   4.465   3.167   3.087\n-    3PHE    HD1   50   4.379   3.187   3.040\n-    3PHE    CD2   51   4.598   3.018   3.220\n-    3PHE    HD2   52   4.611   2.928   3.262\n-    3PHE    CE1   53   4.556   3.270   3.110\n-    3PHE    HE1   54   4.546   3.357   3.063\n-    3PHE    CE2   55   4.685   3.121   3.251\n-    3PHE    HE2   56   4.764   3.104   3.310\n-    3PHE     CZ   57   4.662   3.249   3.200\n-    3PHE     HZ   58   4.720   3.326   3.228\n-    3PHE      C   59   4.372   2.706   2.990\n-    3PHE      O   60   4.250   2.678   2.981\n-    4GLY      N   61   4.470   2.626   3.034\n-    4GLY      H   62   4.565   2.657   3.035\n-    4GLY     CA   63   4.435   2.490   3.080\n-    4GLY    HA1   64   4.360   2.454   3.024\n-    4GLY    HA2   65   4.514   2.430   3.073\n-    4GLY      C   66   4.390   2.504   3.225\n-    4GLY      O   67   4.428   2.602   3.289\n-    5ARG      N   68   4.303   2.416   3.270\n-    5ARG      H   69   4.269   2.346   3.207\n-    5ARG     CA   70   4.254   2.416   3.408\n-    5ARG     HA   71   4.196   2.496   3.415\n-    5ARG     CB   72   4.174   2.288   3.434\n-    5ARG    HB1   73   4.098   2.284   3.370\n-    5ARG    HB2   74   4.234   2.209   3.420\n-    5ARG     CG   75   4.119   2.282   3.575\n-    5ARG    HG1   76   4.195   2.279   3.640\n-    5ARG    HG2   77   4.063   2.363   3.592\n-    5ARG     CD   78   4.036   2.162   3.595\n-    5ARG    HD1   79   4.002   2.161   3.689\n-    5ARG    HD2   80   3.958   2.167   3.532\n-    5ARG     NE   81   4.104   2.037   3.571\n-    5ARG     HE   82   4.100   2.002   3.478\n-    5ARG     CZ   83   4.171   1.963   3.657\n-    5ARG    NH1   84   4.182   1.995   3.786\n-    5ARG   HH11   85   4.137   2.078   3.820\n-    5ARG   HH12   86   4.234   1.937   3.848\n-  '..b'51   3.745\n+ 2190SOL     OW 6645   3.955   3.575   4.207\n+ 2190SOL    HW1 6646   3.989   3.652   4.261\n+ 2190SOL    HW2 6647   3.999   3.575   4.117\n+ 2191SOL     OW 6648   3.751   3.458   3.841\n+ 2191SOL    HW1 6649   3.732   3.362   3.862\n+ 2191SOL    HW2 6650   3.718   3.516   3.916\n+ 2192SOL     OW 6651   4.021   1.897   3.895\n+ 2192SOL    HW1 6652   4.070   1.981   3.874\n+ 2192SOL    HW2 6653   4.083   1.832   3.940\n+ 2193SOL     OW 6654   3.732   3.188   3.924\n+ 2193SOL    HW1 6655   3.639   3.209   3.893\n+ 2193SOL    HW2 6656   3.742   3.089   3.937\n+ 2194SOL     OW 6657   3.799   2.207   3.757\n+ 2194SOL    HW1 6658   3.707   2.179   3.728\n+ 2194SOL    HW2 6659   3.830   2.284   3.701\n+ 2195SOL     OW 6660   3.796   2.028   4.042\n+ 2195SOL    HW1 6661   3.779   2.111   3.988\n+ 2195SOL    HW2 6662   3.886   1.991   4.020\n+ 2196SOL     OW 6663   3.763   2.939   4.024\n+ 2196SOL    HW1 6664   3.862   2.928   4.015\n+ 2196SOL    HW2 6665   3.723   2.853   4.056\n+ 2197SOL     OW 6666   3.954   4.352   0.113\n+ 2197SOL    HW1 6667   3.861   4.350   0.150\n+ 2197SOL    HW2 6668   3.955   4.313   0.021\n+ 2198SOL     OW 6669   3.949   3.999   0.996\n+ 2198SOL    HW1 6670   3.984   3.982   1.088\n+ 2198SOL    HW2 6671   3.861   3.954   0.984\n+ 2199SOL     OW 6672   3.743   4.092   0.647\n+ 2199SOL    HW1 6673   3.661   4.135   0.686\n+ 2199SOL    HW2 6674   3.715   4.019   0.584\n+ 2200SOL     OW 6675   3.926   4.009   1.498\n+ 2200SOL    HW1 6676   3.846   4.069   1.485\n+ 2200SOL    HW2 6677   3.916   3.960   1.584\n+ 2201SOL     OW 6678   4.031   3.937   1.231\n+ 2201SOL    HW1 6679   4.008   3.974   1.321\n+ 2201SOL    HW2 6680   4.001   3.842   1.225\n+ 2202SOL     OW 6681   4.031   3.787   0.618\n+ 2202SOL    HW1 6682   4.020   3.881   0.651\n+ 2202SOL    HW2 6683   4.026   3.724   0.695\n+ 2203SOL     OW 6684   3.796   3.890   0.318\n+ 2203SOL    HW1 6685   3.779   3.973   0.264\n+ 2203SOL    HW2 6686   3.886   3.853   0.296\n+ 2204SOL     OW 6687   3.954   4.352   1.975\n+ 2204SOL    HW1 6688   3.861   4.350   2.012\n+ 2204SOL    HW2 6689   3.955   4.313   1.883\n+ 2205SOL     OW 6690   3.949   3.999   2.858\n+ 2205SOL    HW1 6691   3.984   3.982   2.950\n+ 2205SOL    HW2 6692   3.861   3.954   2.846\n+ 2206SOL     OW 6693   3.743   4.092   2.509\n+ 2206SOL    HW1 6694   3.661   4.135   2.548\n+ 2206SOL    HW2 6695   3.715   4.019   2.446\n+ 2207SOL     OW 6696   3.926   4.009   3.360\n+ 2207SOL    HW1 6697   3.846   4.069   3.347\n+ 2207SOL    HW2 6698   3.916   3.960   3.446\n+ 2208SOL     OW 6699   4.021   3.759   2.033\n+ 2208SOL    HW1 6700   4.070   3.843   2.012\n+ 2208SOL    HW2 6701   4.083   3.694   2.078\n+ 2209SOL     OW 6702   4.031   3.937   3.093\n+ 2209SOL    HW1 6703   4.008   3.974   3.183\n+ 2209SOL    HW2 6704   4.001   3.842   3.087\n+ 2210SOL     OW 6705   4.031   3.787   2.480\n+ 2210SOL    HW1 6706   4.020   3.881   2.513\n+ 2210SOL    HW2 6707   4.026   3.724   2.557\n+ 2211SOL     OW 6708   3.799   4.069   1.895\n+ 2211SOL    HW1 6709   3.707   4.041   1.866\n+ 2211SOL    HW2 6710   3.830   4.146   1.839\n+ 2212SOL     OW 6711   3.796   3.890   2.180\n+ 2212SOL    HW1 6712   3.779   3.973   2.126\n+ 2212SOL    HW2 6713   3.886   3.853   2.158\n+ 2213SOL     OW 6714   3.954   4.352   3.837\n+ 2213SOL    HW1 6715   3.861   4.350   3.874\n+ 2213SOL    HW2 6716   3.955   4.313   3.745\n+ 2214SOL     OW 6717   4.021   3.759   3.895\n+ 2214SOL    HW1 6718   4.070   3.843   3.874\n+ 2214SOL    HW2 6719   4.083   3.694   3.940\n+ 2215SOL     OW 6720   3.799   4.069   3.757\n+ 2215SOL    HW1 6721   3.707   4.041   3.728\n+ 2215SOL    HW2 6722   3.830   4.146   3.701\n+ 2216SOL     OW 6723   3.796   3.890   4.042\n+ 2216SOL    HW1 6724   3.779   3.973   3.988\n+ 2216SOL    HW2 6725   3.886   3.853   4.020\n+ 2217SOL     OW 6726   4.152   4.148   4.244\n+ 2217SOL    HW1 6727   4.182   4.076   4.182\n+ 2217SOL    HW2 6728   4.113   4.108   4.327\n+ 2218CL      CL 6729   0.865   2.210   2.057\n+ 2219CL      CL 6730   2.879   3.763   2.615\n+   4.09123   4.09123   4.09123\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/solv_ions.gro
--- a/test-data/solv_ions.gro Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,38379 +0,0 @@\n-LYSOZYME in water\n-38376\n-    1LYS      N    1   4.434   3.396   2.469\n-    1LYS     H1    2   4.510   3.450   2.431\n-    1LYS     H2    3   4.368   3.376   2.397\n-    1LYS     H3    4   4.390   3.448   2.542\n-    1LYS     CA    5   4.487   3.269   2.524\n-    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.451\n-    1LYS     CB    7   4.585   3.306   2.636\n-    1LYS    HB1    8   4.661   3.357   2.597\n-    1LYS    HB2    9   4.537   3.363   2.703\n-    1LYS     CG   10   4.643   3.187   2.711\n-    1LYS    HG1   11   4.574   3.151   2.773\n-    1LYS    HG2   12   4.668   3.116   2.644\n-    1LYS     CD   13   4.767   3.227   2.790\n-    1LYS    HD1   14   4.843   3.245   2.727\n-    1LYS    HD2   15   4.747   3.309   2.843\n-    1LYS     CE   16   4.804   3.113   2.883\n-    1LYS    HE1   17   4.739   3.108   2.959\n-    1LYS    HE2   18   4.804   3.026   2.834\n-    1LYS     NZ   19   4.940   3.139   2.937\n-    1LYS    HZ1   20   4.967   3.065   2.999\n-    1LYS    HZ2   21   5.006   3.144   2.861\n-    1LYS    HZ3   22   4.940   3.226   2.987\n-    1LYS      C   23   4.372   3.188   2.583\n-    1LYS      O   24   4.293   3.243   2.659\n-    2VAL      N   25   4.372   3.058   2.563\n-    2VAL      H   26   4.434   3.022   2.493\n-    2VAL     CA   27   4.288   2.962   2.634\n-    2VAL     HA   28   4.215   3.014   2.677\n-    2VAL     CB   29   4.212   2.865   2.544\n-    2VAL     HB   30   4.284   2.814   2.497\n-    2VAL    CG1   31   4.123   2.770   2.624\n-    2VAL   HG11   32   4.075   2.709   2.561\n-    2VAL   HG12   33   4.180   2.717   2.686\n-    2VAL   HG13   34   4.056   2.823   2.676\n-    2VAL    CG2   35   4.127   2.933   2.438\n-    2VAL   HG21   36   4.081   2.864   2.383\n-    2VAL   HG22   37   4.060   2.992   2.482\n-    2VAL   HG23   38   4.186   2.989   2.379\n-    2VAL      C   39   4.378   2.893   2.738\n-    2VAL      O   40   4.474   2.823   2.701\n-    3PHE      N   41   4.347   2.917   2.863\n-    3PHE      H   42   4.273   2.981   2.883\n-    3PHE     CA   43   4.417   2.852   2.975\n-    3PHE     HA   44   4.513   2.859   2.950\n-    3PHE     CB   45   4.395   2.925   3.108\n-    3PHE    HB1   46   4.303   2.964   3.109\n-    3PHE    HB2   47   4.404   2.860   3.183\n-    3PHE     CG   48   4.492   3.036   3.129\n-    3PHE    CD1   49   4.465   3.167   3.087\n-    3PHE    HD1   50   4.379   3.187   3.040\n-    3PHE    CD2   51   4.598   3.018   3.220\n-    3PHE    HD2   52   4.611   2.928   3.262\n-    3PHE    CE1   53   4.556   3.270   3.110\n-    3PHE    HE1   54   4.546   3.357   3.063\n-    3PHE    CE2   55   4.685   3.121   3.251\n-    3PHE    HE2   56   4.764   3.104   3.310\n-    3PHE     CZ   57   4.662   3.249   3.200\n-    3PHE     HZ   58   4.720   3.326   3.228\n-    3PHE      C   59   4.372   2.706   2.990\n-    3PHE      O   60   4.250   2.678   2.981\n-    4GLY      N   61   4.470   2.626   3.034\n-    4GLY      H   62   4.565   2.657   3.035\n-    4GLY     CA   63   4.435   2.490   3.080\n-    4GLY    HA1   64   4.360   2.454   3.024\n-    4GLY    HA2   65   4.514   2.430   3.073\n-    4GLY      C   66   4.390   2.504   3.225\n-    4GLY      O   67   4.428   2.602   3.289\n-    5ARG      N   68   4.303   2.416   3.270\n-    5ARG      H   69   4.269   2.346   3.207\n-    5ARG     CA   70   4.254   2.416   3.408\n-    5ARG     HA   71   4.196   2.496   3.415\n-    5ARG     CB   72   4.174   2.288   3.434\n-    5ARG    HB1   73   4.098   2.284   3.370\n-    5ARG    HB2   74   4.234   2.209   3.420\n-    5ARG     CG   75   4.119   2.282   3.575\n-    5ARG    HG1   76   4.195   2.279   3.640\n-    5ARG    HG2   77   4.063   2.363   3.592\n-    5ARG     CD   78   4.036   2.162   3.595\n-    5ARG    HD1   79   4.002   2.161   3.689\n-    5ARG    HD2   80   3.958   2.167   3.532\n-    5ARG     NE   81   4.104   2.037   3.571\n-    5ARG     HE   82   4.100   2.002   3.478\n-    5ARG     CZ   83   4.171   1.963   3.657\n-    5ARG    NH1   84   4.182   1.995   3.786\n-    5ARG   HH11   85   4.137   2.078   3.820\n-    5ARG   HH12   86   4.234   1.937   3.8'..b'36   5.798\n-12240SOL     OW38291   6.199   6.428   7.017\n-12240SOL    HW138292   6.255   6.509   7.000\n-12240SOL    HW238293   6.258   6.348   7.020\n-12241SOL     OW38294   7.079   7.353   6.545\n-12241SOL    HW138295   7.112   7.417   6.476\n-12241SOL    HW238296   7.145   7.347   6.620\n-12242SOL     OW38297   6.302   6.151   7.294\n-12242SOL    HW138298   6.321   6.216   7.368\n-12242SOL    HW238299   6.362   6.071   7.303\n-12243SOL     OW38300   5.976   7.327   7.146\n-12243SOL    HW138301   5.885   7.368   7.144\n-12243SOL    HW238302   5.969   7.233   7.178\n-12244SOL     OW38303   7.260   6.469   6.840\n-12244SOL    HW138304   7.233   6.380   6.803\n-12244SOL    HW238305   7.261   6.537   6.767\n-12245SOL     OW38306   6.811   5.911   6.035\n-12245SOL    HW138307   6.876   5.837   6.024\n-12245SOL    HW238308   6.831   5.961   6.119\n-12246SOL     OW38309   6.180   6.331   6.238\n-12246SOL    HW138310   6.230   6.416   6.219\n-12246SOL    HW238311   6.092   6.333   6.190\n-12247SOL     OW38312   7.316   6.520   7.103\n-12247SOL    HW138313   7.354   6.611   7.118\n-12247SOL    HW238314   7.308   6.503   7.004\n-12248SOL     OW38315   6.445   6.960   5.602\n-12248SOL    HW138316   6.399   6.975   5.690\n-12248SOL    HW238317   6.489   7.045   5.572\n-12249SOL     OW38318   6.445   6.542   6.447\n-12249SOL    HW138319   6.499   6.473   6.495\n-12249SOL    HW238320   6.413   6.611   6.513\n-12250SOL     OW38321   6.669   6.570   5.673\n-12250SOL    HW138322   6.646   6.623   5.591\n-12250SOL    HW238323   6.750   6.514   5.654\n-12251SOL     OW38324   7.447   7.155   6.437\n-12251SOL    HW138325   7.376   7.143   6.367\n-12251SOL    HW238326   7.448   7.076   6.497\n-12252SOL     OW38327   5.665   6.826   6.239\n-12252SOL    HW138328   5.664   6.779   6.327\n-12252SOL    HW238329   5.747   6.798   6.188\n-12253SOL     OW38330   6.258   6.977   7.210\n-12253SOL    HW138331   6.180   6.927   7.248\n-12253SOL    HW238332   6.255   7.072   7.241\n-12254SOL     OW38333   7.410   5.778   6.813\n-12254SOL    HW138334   7.406   5.688   6.857\n-12254SOL    HW238335   7.413   5.767   6.714\n-12255SOL     OW38336   6.014   6.010   6.106\n-12255SOL    HW138337   6.044   5.938   6.044\n-12255SOL    HW238338   5.975   5.970   6.189\n-12256SOL     OW38339   5.903   6.133   6.866\n-12256SOL    HW138340   5.941   6.074   6.938\n-12256SOL    HW238341   5.943   6.107   6.778\n-12257SOL     OW38342   6.398   7.172   6.273\n-12257SOL    HW138343   6.430   7.182   6.179\n-12257SOL    HW238344   6.319   7.110   6.275\n-12258SOL     OW38345   7.010   5.800   6.698\n-12258SOL    HW138346   7.062   5.735   6.753\n-12258SOL    HW238347   6.961   5.863   6.759\n-12259SOL     OW38348   6.587   5.620   6.740\n-12259SOL    HW138349   6.524   5.548   6.709\n-12259SOL    HW238350   6.680   5.584   6.740\n-12260SOL     OW38351   6.356   6.916   5.887\n-12260SOL    HW138352   6.310   6.829   5.904\n-12260SOL    HW238353   6.447   6.913   5.928\n-12261SOL     OW38354   6.204   7.153   6.870\n-12261SOL    HW138355   6.199   7.235   6.927\n-12261SOL    HW238356   6.293   7.150   6.825\n-12262SOL     OW38357   6.938   5.638   5.754\n-12262SOL    HW138358   6.973   5.597   5.670\n-12262SOL    HW238359   6.848   5.600   5.774\n-12263SOL     OW38360   6.886   6.039   6.277\n-12263SOL    HW138361   6.827   6.119   6.281\n-12263SOL    HW238362   6.901   6.004   6.370\n-12264SOL     OW38363   7.179   5.807   6.468\n-12264SOL    HW138364   7.095   5.806   6.522\n-12264SOL    HW238365   7.181   5.890   6.412\n-12265SOL     OW38366   5.625   6.663   5.886\n-12265SOL    HW138367   5.724   6.652   5.877\n-12265SOL    HW238368   5.585   6.577   5.918\n-12266CL      CL38369   1.638   2.961   6.665\n-12267CL      CL38370   1.014   5.822   2.833\n-12268CL      CL38371   4.539   0.572   5.911\n-12269CL      CL38372   4.031   3.787   0.618\n-12270CL      CL38373   4.492   4.868   4.747\n-12271CL      CL38374   5.835   5.509   4.965\n-12272CL      CL38375   6.974   7.159   0.477\n-12273CL      CL38376   7.044   6.321   2.590\n-   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/str_ions.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/str_ions.gro Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
b
@@ -0,0 +1,97 @@
+TEST in water
+ 94
+    1LYS      N    1   2.081   2.649   1.487
+    1LYS     H1    2   2.157   2.703   1.449
+    1LYS     H2    3   2.015   2.629   1.415
+    1LYS     H3    4   2.037   2.701   1.560
+    1LYS     CA    5   2.134   2.522   1.542
+    1LYS     HA    6   2.178   2.470   1.469
+    1LYS     CB    7   2.232   2.559   1.654
+    1LYS    HB1    8   2.308   2.610   1.615
+    1LYS    HB2    9   2.184   2.616   1.721
+    1LYS     CG   10   2.290   2.440   1.729
+    1LYS    HG1   11   2.221   2.404   1.791
+    1LYS    HG2   12   2.315   2.369   1.662
+    1LYS     CD   13   2.414   2.480   1.808
+    1LYS    HD1   14   2.490   2.498   1.745
+    1LYS    HD2   15   2.394   2.562   1.861
+    1LYS     CE   16   2.451   2.366   1.901
+    1LYS    HE1   17   2.386   2.361   1.977
+    1LYS    HE2   18   2.451   2.279   1.852
+    1LYS     NZ   19   2.587   2.392   1.955
+    1LYS    HZ1   20   2.614   2.318   2.017
+    1LYS    HZ2   21   2.653   2.397   1.879
+    1LYS    HZ3   22   2.587   2.479   2.005
+    1LYS      C   23   2.019   2.441   1.601
+    1LYS      O   24   1.940   2.496   1.677
+    2VAL      N   25   2.019   2.311   1.581
+    2VAL      H   26   2.081   2.275   1.511
+    2VAL     CA   27   1.935   2.215   1.652
+    2VAL     HA   28   1.862   2.267   1.695
+    2VAL     CB   29   1.859   2.118   1.562
+    2VAL     HB   30   1.931   2.067   1.515
+    2VAL    CG1   31   1.770   2.023   1.642
+    2VAL   HG11   32   1.722   1.962   1.579
+    2VAL   HG12   33   1.827   1.970   1.704
+    2VAL   HG13   34   1.703   2.076   1.694
+    2VAL    CG2   35   1.774   2.186   1.456
+    2VAL   HG21   36   1.728   2.117   1.401
+    2VAL   HG22   37   1.707   2.245   1.500
+    2VAL   HG23   38   1.833   2.242   1.397
+    2VAL      C   39   2.025   2.146   1.756
+    2VAL      O   40   2.121   2.076   1.719
+    3PHE      N   41   1.994   2.170   1.881
+    3PHE      H   42   1.920   2.234   1.901
+    3PHE     CA   43   2.064   2.105   1.993
+    3PHE     HA   44   2.160   2.112   1.968
+    3PHE     CB   45   2.042   2.178   2.126
+    3PHE    HB1   46   1.950   2.217   2.127
+    3PHE    HB2   47   2.051   2.113   2.201
+    3PHE     CG   48   2.139   2.289   2.147
+    3PHE    CD1   49   2.112   2.420   2.105
+    3PHE    HD1   50   2.026   2.440   2.058
+    3PHE    CD2   51   2.245   2.271   2.238
+    3PHE    HD2   52   2.258   2.181   2.280
+    3PHE    CE1   53   2.203   2.523   2.128
+    3PHE    HE1   54   2.193   2.610   2.081
+    3PHE    CE2   55   2.332   2.374   2.269
+    3PHE    HE2   56   2.411   2.357   2.328
+    3PHE     CZ   57   2.309   2.502   2.218
+    3PHE     HZ   58   2.367   2.579   2.246
+    3PHE      C   59   2.019   1.959   2.008
+    3PHE      O   60   1.897   1.931   1.999
+    4GLY      N   61   2.117   1.879   2.052
+    4GLY      H   62   2.212   1.910   2.053
+    4GLY     CA   63   2.082   1.743   2.098
+    4GLY    HA1   64   2.007   1.707   2.042
+    4GLY    HA2   65   2.161   1.683   2.091
+    4GLY      C   66   2.037   1.757   2.243
+    4GLY      O   67   2.075   1.855   2.307
+    5ARG      N   68   1.950   1.669   2.288
+    5ARG      H   69   1.916   1.599   2.225
+    5ARG     CA   70   1.901   1.669   2.426
+    5ARG     HA   71   1.843   1.749   2.433
+    5ARG     CB   72   1.821   1.541   2.452
+    5ARG    HB1   73   1.745   1.537   2.388
+    5ARG    HB2   74   1.881   1.462   2.438
+    5ARG     CG   75   1.766   1.535   2.593
+    5ARG    HG1   76   1.842   1.532   2.658
+    5ARG    HG2   77   1.710   1.616   2.610
+    5ARG     CD   78   1.683   1.415   2.613
+    5ARG    HD1   79   1.649   1.414   2.707
+    5ARG    HD2   80   1.605   1.420   2.550
+    5ARG     NE   81   1.751   1.290   2.589
+    5ARG     HE   82   1.747   1.255   2.496
+    5ARG     CZ   83   1.818   1.216   2.675
+    5ARG    NH1   84   1.829   1.248   2.804
+    5ARG   HH11   85   1.784   1.331   2.838
+    5ARG   HH12   86   1.881   1.190   2.866
+    5ARG    NH2   87   1.870   1.099   2.632
+    5ARG   HH21   88   1.856   1.070   2.538
+    5ARG   HH22   89   1.921   1.041   2.695
+    5ARG      C   90   2.012   1.688   2.529
+    5ARG     O1   91   2.012   1.780   2.615
+    5ARG     O2   92   1.975   1.689   2.660
+    6CL      CL 6729   0.865   2.210   2.057
+    6CL      CL 6730   2.879   3.763   2.615
+   4.09123   4.09123   4.09123
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/topol.top
--- a/test-data/topol.top Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/test-data/topol.top Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
[
b"@@ -2,18 +2,18 @@\n ;\tFile 'topol.top' was generated\n ;\tBy user: unknown (1000)\n ;\tOn host: simon-notebook\n-;\tAt date: Wed Aug 28 14:35:18 2019\n+;\tAt date: Tue May 12 12:59:21 2020\n ;\n ;\tThis is a standalone topology file\n ;\n ;\tCreated by:\n ;\t                    :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:\n ;\t\n-;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx\n-;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/gmx\n-;\tWorking dir:  /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs\n+;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1/bin/gmx\n+;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1\n+;\tWorking dir:  /tmp/tmpg0ncnt9q/job_working_directory/000/10/working\n ;\tCommand line:\n-;\t  gmx pdb2gmx -f test-data/1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh\n+;\t  gmx pdb2gmx -f ./pdb_input.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh -merge all\n ;\tForce field was read from the standard GROMACS share directory.\n ;\n \n@@ -22,7 +22,7 @@\n \n [ moleculetype ]\n ; Name            nrexcl\n-Protein_chain_A     3\n+Protein             3\n \n [ atoms ]\n ;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB\n@@ -97,10 +97,10 @@\n     65   opls_140      4    GLY    HA2     21       0.06      1.008\n     66   opls_235      4    GLY      C     22        0.5     12.011\n     67   opls_236      4    GLY      O     22       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n-; residue   5 ARG rtp ARG  q +1.0\n+; residue   5 ARG rtp ARG  q  0.0\n     68   opls_238      5    ARG      N     23       -0.5    14.0067\n     69   opls_241      5    ARG      H     23        0.3      1.008\n-    70  opls_224B      5    ARG     CA     23       0.14     12.011\n+    70   opls_283      5    ARG     CA     23       0.04     12.011\n     71   opls_140      5    ARG     HA     23       0.06      1.008\n     72   opls_136      5    ARG     CB     24      -0.12     12.011\n     73   opls_140      5    ARG    HB1     24       0.06      1.008\n@@ -120,2001 +120,9 @@\n     87   opls_300      5    ARG    NH2     29       -0.8    14.0067\n     88   opls_301      5    ARG   HH21     29       0.46      1.008\n     89   opls_301      5    ARG   HH22     29       0.46      1.008\n-    90   opls_235      5    ARG      C     30        0.5     12.011\n-    91   opls_236      5    ARG      O     30       -0.5    15.9994   ; qtot 3\n-; residue   6 CYS rtp CYS2 q  0.0\n-    92   opls_238      6    CYS      N     31       -0.5    14.0067\n-    93   opls_241      6    CYS      H     31        0.3      1.008\n-    94  opls_224B      6    CYS     CA     31       0.14     12.011\n-    95   opls_140      6    CYS     HA     31       0.06      1.008\n-    96   opls_214      6    CYS     CB     32     0.0975     12.011\n-    97   opls_140      6    CYS    HB1     32       0.06      1.008\n-    98   opls_140      6    CYS    HB2     32       0.06      1.008\n-    99   opls_203      6    CYS     SG     32    -0.2175      32.06\n-   100   opls_235      6    CYS      C     33        0.5     12.011\n-   101   opls_236      6    CYS      O     33       -0.5    15.9994   ; qtot 3\n-; residue   7 GLU rtp GLU  q -1.0\n-   102   opls_238      7    GLU      N     34       -0.5    14.0067\n-   103   opls_241      7    GLU      H     34        0.3      1.008\n-   104  opls_224B      7    GLU     CA     34       0.14     12.011\n-   105   opls_140      7    GLU     HA     34       0.06      1.008\n-   106   opls_136      7    GLU     CB     35      -0.12     12.011\n-   107   opls_140      7    GLU    HB1     35       0.06      1.008\n-   108   opls_140      7    GLU    HB2     35       0.06      1.008\n-   109   opls_274      7    GLU     CG     36      -0.22     12.011\n-   110   opls_140      7    GLU    HG1     36       0.06      1.008\n-   111   opls_140      7    GLU    HG2     36       0.06      1.008\n-   112   opls_271      7    GLU     CD     37        0.7     12.011\n-   113   opls_272      7    GLU    OE1     37       -0.8    15.9994\n"..b'39  1637  1638     1    improper_O_C_X_Y\n- 1637  1641  1639  1640     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1641  1663  1661  1662     1    improper_O_C_X_Y\n- 1643  1646  1649  1647     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1646  1650  1647  1648     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1647  1652  1650  1651     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1652  1659  1655  1656     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1654  1653  1649  1657     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1655  1657  1659  1660     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1658  1657  1653  1659     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1661  1665  1663  1664     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1665  1687  1685  1686     1    improper_O_C_X_Y\n- 1673  1678  1676  1677     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1676  1679  1678  1682     1    improper_O_C_X_Y\n- 1678  1680  1679  1681     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1678  1683  1682  1684     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1685  1689  1687  1688     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1689  1701  1699  1700     1    improper_O_C_X_Y\n- 1691  1696  1694  1695     1    improper_O_C_X_Y\n- 1694  1697  1696  1698     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1699  1703  1701  1702     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1703  1725  1723  1724     1    improper_O_C_X_Y\n- 1711  1716  1714  1715     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1714  1717  1716  1720     1    improper_O_C_X_Y\n- 1716  1718  1717  1719     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1716  1721  1720  1722     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1723  1727  1725  1726     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1727  1735  1733  1734     1    improper_O_C_X_Y\n- 1733  1737  1735  1736     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1737  1757  1755  1756     1    improper_O_C_X_Y\n- 1755  1759  1757  1758     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1759  1764  1762  1763     1    improper_O_C_X_Y\n- 1762  1766  1764  1765     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1766  1778  1776  1777     1    improper_O_C_X_Y\n- 1776  1780  1778  1779     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1780  1790  1788  1789     1    improper_O_C_X_Y\n- 1782  1786  1785  1787     1    improper_O_C_X_Y\n- 1788  1792  1790  1791     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1792  1806  1804  1805     1    improper_O_C_X_Y\n- 1804  1808  1806  1807     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1808  1823  1821  1822     1    improper_O_C_X_Y\n- 1813  1818  1816  1817     1    improper_O_C_X_Y\n- 1816  1819  1818  1820     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1821  1825  1823  1824     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1825  1833  1831  1832     1    improper_O_C_X_Y\n- 1831  1835  1833  1834     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1835  1857  1855  1856     1    improper_O_C_X_Y\n- 1837  1840  1843  1841     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1840  1844  1841  1842     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1841  1846  1844  1845     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1846  1853  1849  1850     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1848  1847  1843  1851     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1849  1851  1853  1854     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1852  1851  1847  1853     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1855  1859  1857  1858     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1859  1876  1874  1875     1    improper_O_C_X_Y\n- 1874  1878  1876  1877     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1878  1900  1898  1899     1    improper_O_C_X_Y\n- 1886  1891  1889  1890     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1889  1892  1891  1895     1    improper_O_C_X_Y\n- 1891  1893  1892  1894     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1891  1896  1895  1897     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1898  1902  1900  1901     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1902  1907  1905  1906     1    improper_O_C_X_Y\n- 1905  1909  1907  1908     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1909  1917  1915  1916     1    improper_O_C_X_Y\n- 1915  1919  1917  1918     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1919  1941  1939  1940     1    improper_O_C_X_Y\n- 1927  1932  1930  1931     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1930  1933  1932  1936     1    improper_O_C_X_Y\n- 1932  1934  1933  1935     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1932  1937  1936  1938     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1939  1943  1941  1942     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1943  1959  1958  1960     1    improper_O_C_X_Y\n \n ; Include Position restraint file\n #ifdef POSRES\n@@ -18401,9 +902,8 @@\n \n [ system ]\n ; Name\n-LYSOZYME\n+TEST\n \n [ molecules ]\n ; Compound        #mols\n-Protein_chain_A     1\n-SOL                78\n+Protein             1\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/topol_solv.top
--- a/test-data/topol_solv.top Fri May 08 07:41:18 2020 -0400
+++ b/test-data/topol_solv.top Wed May 20 13:00:42 2020 -0400
[
b"@@ -2,18 +2,18 @@\n ;\tFile 'topol.top' was generated\n ;\tBy user: unknown (1000)\n ;\tOn host: simon-notebook\n-;\tAt date: Wed Aug 28 14:35:18 2019\n+;\tAt date: Tue May 12 12:59:21 2020\n ;\n ;\tThis is a standalone topology file\n ;\n ;\tCreated by:\n ;\t                    :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:\n ;\t\n-;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx\n-;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/gmx\n-;\tWorking dir:  /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs\n+;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1/bin/gmx\n+;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1\n+;\tWorking dir:  /tmp/tmpg0ncnt9q/job_working_directory/000/10/working\n ;\tCommand line:\n-;\t  gmx pdb2gmx -f test-data/1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh\n+;\t  gmx pdb2gmx -f ./pdb_input.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh -merge all\n ;\tForce field was read from the standard GROMACS share directory.\n ;\n \n@@ -22,7 +22,7 @@\n \n [ moleculetype ]\n ; Name            nrexcl\n-Protein_chain_A     3\n+Protein             3\n \n [ atoms ]\n ;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB\n@@ -97,10 +97,10 @@\n     65   opls_140      4    GLY    HA2     21       0.06      1.008\n     66   opls_235      4    GLY      C     22        0.5     12.011\n     67   opls_236      4    GLY      O     22       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n-; residue   5 ARG rtp ARG  q +1.0\n+; residue   5 ARG rtp ARG  q  0.0\n     68   opls_238      5    ARG      N     23       -0.5    14.0067\n     69   opls_241      5    ARG      H     23        0.3      1.008\n-    70  opls_224B      5    ARG     CA     23       0.14     12.011\n+    70   opls_283      5    ARG     CA     23       0.04     12.011\n     71   opls_140      5    ARG     HA     23       0.06      1.008\n     72   opls_136      5    ARG     CB     24      -0.12     12.011\n     73   opls_140      5    ARG    HB1     24       0.06      1.008\n@@ -120,2001 +120,9 @@\n     87   opls_300      5    ARG    NH2     29       -0.8    14.0067\n     88   opls_301      5    ARG   HH21     29       0.46      1.008\n     89   opls_301      5    ARG   HH22     29       0.46      1.008\n-    90   opls_235      5    ARG      C     30        0.5     12.011\n-    91   opls_236      5    ARG      O     30       -0.5    15.9994   ; qtot 3\n-; residue   6 CYS rtp CYS2 q  0.0\n-    92   opls_238      6    CYS      N     31       -0.5    14.0067\n-    93   opls_241      6    CYS      H     31        0.3      1.008\n-    94  opls_224B      6    CYS     CA     31       0.14     12.011\n-    95   opls_140      6    CYS     HA     31       0.06      1.008\n-    96   opls_214      6    CYS     CB     32     0.0975     12.011\n-    97   opls_140      6    CYS    HB1     32       0.06      1.008\n-    98   opls_140      6    CYS    HB2     32       0.06      1.008\n-    99   opls_203      6    CYS     SG     32    -0.2175      32.06\n-   100   opls_235      6    CYS      C     33        0.5     12.011\n-   101   opls_236      6    CYS      O     33       -0.5    15.9994   ; qtot 3\n-; residue   7 GLU rtp GLU  q -1.0\n-   102   opls_238      7    GLU      N     34       -0.5    14.0067\n-   103   opls_241      7    GLU      H     34        0.3      1.008\n-   104  opls_224B      7    GLU     CA     34       0.14     12.011\n-   105   opls_140      7    GLU     HA     34       0.06      1.008\n-   106   opls_136      7    GLU     CB     35      -0.12     12.011\n-   107   opls_140      7    GLU    HB1     35       0.06      1.008\n-   108   opls_140      7    GLU    HB2     35       0.06      1.008\n-   109   opls_274      7    GLU     CG     36      -0.22     12.011\n-   110   opls_140      7    GLU    HG1     36       0.06      1.008\n-   111   opls_140      7    GLU    HG2     36       0.06      1.008\n-   112   opls_271      7    GLU     CD     37        0.7     12.011\n-   113   opls_272      7    GLU    OE1     37       -0.8    15.9994\n"..b'roper_Z_N_X_Y\n- 1641  1663  1661  1662     1    improper_O_C_X_Y\n- 1643  1646  1649  1647     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1646  1650  1647  1648     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1647  1652  1650  1651     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1652  1659  1655  1656     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1654  1653  1649  1657     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1655  1657  1659  1660     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1658  1657  1653  1659     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1661  1665  1663  1664     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1665  1687  1685  1686     1    improper_O_C_X_Y\n- 1673  1678  1676  1677     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1676  1679  1678  1682     1    improper_O_C_X_Y\n- 1678  1680  1679  1681     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1678  1683  1682  1684     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1685  1689  1687  1688     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1689  1701  1699  1700     1    improper_O_C_X_Y\n- 1691  1696  1694  1695     1    improper_O_C_X_Y\n- 1694  1697  1696  1698     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1699  1703  1701  1702     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1703  1725  1723  1724     1    improper_O_C_X_Y\n- 1711  1716  1714  1715     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1714  1717  1716  1720     1    improper_O_C_X_Y\n- 1716  1718  1717  1719     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1716  1721  1720  1722     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1723  1727  1725  1726     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1727  1735  1733  1734     1    improper_O_C_X_Y\n- 1733  1737  1735  1736     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1737  1757  1755  1756     1    improper_O_C_X_Y\n- 1755  1759  1757  1758     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1759  1764  1762  1763     1    improper_O_C_X_Y\n- 1762  1766  1764  1765     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1766  1778  1776  1777     1    improper_O_C_X_Y\n- 1776  1780  1778  1779     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1780  1790  1788  1789     1    improper_O_C_X_Y\n- 1782  1786  1785  1787     1    improper_O_C_X_Y\n- 1788  1792  1790  1791     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1792  1806  1804  1805     1    improper_O_C_X_Y\n- 1804  1808  1806  1807     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1808  1823  1821  1822     1    improper_O_C_X_Y\n- 1813  1818  1816  1817     1    improper_O_C_X_Y\n- 1816  1819  1818  1820     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1821  1825  1823  1824     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1825  1833  1831  1832     1    improper_O_C_X_Y\n- 1831  1835  1833  1834     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1835  1857  1855  1856     1    improper_O_C_X_Y\n- 1837  1840  1843  1841     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1840  1844  1841  1842     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1841  1846  1844  1845     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1846  1853  1849  1850     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1848  1847  1843  1851     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1849  1851  1853  1854     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1852  1851  1847  1853     1    improper_Z_CA_X_Y\n- 1855  1859  1857  1858     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1859  1876  1874  1875     1    improper_O_C_X_Y\n- 1874  1878  1876  1877     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1878  1900  1898  1899     1    improper_O_C_X_Y\n- 1886  1891  1889  1890     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1889  1892  1891  1895     1    improper_O_C_X_Y\n- 1891  1893  1892  1894     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1891  1896  1895  1897     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1898  1902  1900  1901     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1902  1907  1905  1906     1    improper_O_C_X_Y\n- 1905  1909  1907  1908     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1909  1917  1915  1916     1    improper_O_C_X_Y\n- 1915  1919  1917  1918     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1919  1941  1939  1940     1    improper_O_C_X_Y\n- 1927  1932  1930  1931     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1930  1933  1932  1936     1    improper_O_C_X_Y\n- 1932  1934  1933  1935     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1932  1937  1936  1938     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1939  1943  1941  1942     1    improper_Z_N_X_Y\n- 1943  1959  1958  1960     1    improper_O_C_X_Y\n \n ; Include Position restraint file\n #ifdef POSRES\n@@ -18401,11 +902,9 @@\n \n [ system ]\n ; Name\n-LYSOZYME in water\n+TEST in water\n \n [ molecules ]\n ; Compound        #mols\n-Protein_chain_A     1\n-SOL                78\n-SOL         12058\n-CL               8\n+Protein             1\n+CL               2\n'
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/trjcat.xtc
b
Binary file test-data/trjcat.xtc has changed
b
diff -r 4b4232c98b6e -r a97dcfc23b4b test-data/trjconv.xtc
b
Binary file test-data/trjconv.xtc has changed