Repository 'rdock_rbcavity'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/bgruening/rdock_rbcavity

Changeset 3:2f218be61685 (2020-04-14)
Previous changeset 2:d52d6ee95cf2 (2020-04-03) Next changeset 4:df7ba4536f77 (2020-04-25)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/chemicaltoolbox/rdock commit db76c3bc4ced257e2f622fcf8fcc6d2e28de3577"
added:
test-data/poses-desc-noglobal.sdf
test-data/poses-filt-0.2.sdf
test-data/poses-filt-only.sdf
b
diff -r d52d6ee95cf2 -r 2f218be61685 test-data/poses-desc-noglobal.sdf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/poses-desc-noglobal.sdf Tue Apr 14 06:29:39 2020 -0400
b
@@ -0,0 +1,130 @@
+COCC(C)C(CCl)c1cccc(Br)c1
+ OpenBabel03162018053D
+libRbt.so/2013.1/901 2013/11/27
+ 15 15  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
+   10.5975   -1.6265   24.3456 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    9.9876   -2.4972   23.3994 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    8.5655   -2.3484   23.4275 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    7.9288   -3.2311   22.3401 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    8.0397   -4.7166   22.7175 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.4621   -2.8051   21.9660 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.4266   -3.1085   23.0863 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.5671   -2.0982   24.5513 Cl  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.3532   -1.4007   21.3371 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.4668   -0.2249   22.1042 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.3963    1.0427   21.5193 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.1859    1.1744   20.1518 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0190    0.0317   19.3806 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.7201    0.1935   17.5198 Br  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0801   -1.2369   19.9634 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+  1  2  1  0  0  0  0
+  2  3  1  0  0  0  0
+  3  4  1  0  0  0  0
+  4  5  1  1  0  0  0
+  4  6  1  0  0  0  0
+  6  7  1  1  0  0  0
+  6  9  1  0  0  0  0
+  7  8  1  0  0  0  0
+  9 10  1  0  0  0  0
+  9 15  2  0  0  0  0
+ 10 11  2  0  0  0  0
+ 11 12  1  0  0  0  0
+ 12 13  2  0  0  0  0
+ 13 14  1  0  0  0  0
+ 13 15  1  0  0  0  0
+M  END
+>  <Name>
+COCC(C)C(CCl)c1cccc(Br)c1
+
+>  <TransFSScore>
+0.258377
+
+$$$$
+COCC(C)C(CO)c1ccc(Br)cc1
+ OpenBabel03162018053D
+libRbt.so/2013.1/901 2013/11/27
+ 16 16  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
+    5.1209   -3.0737   26.6189 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.2470   -2.2997   25.4319 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.6087   -2.1896   25.0116 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.6915   -1.2882   23.7597 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    8.1245   -0.7354   23.6481 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.2475   -2.0456   22.4671 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    4.8752   -2.7399   22.6419 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    4.9977   -4.0000   23.2991 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.2126   -1.1502   21.2243 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.1393   -1.7450   19.9523 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0915   -0.9617   18.7969 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.1145    0.4251   18.9029 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0611    1.4863   17.3396 Br  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.1760    1.0355   20.1544 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.2225    0.2504   21.3109 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    4.0953   -4.3353   23.4490 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+  1  2  1  0  0  0  0
+  2  3  1  0  0  0  0
+  3  4  1  0  0  0  0
+  4  5  1  6  0  0  0
+  4  6  1  0  0  0  0
+  6  7  1  1  0  0  0
+  6  9  1  0  0  0  0
+  7  8  1  0  0  0  0
+  8 16  1  0  0  0  0
+  9 10  1  0  0  0  0
+  9 15  2  0  0  0  0
+ 10 11  2  0  0  0  0
+ 11 12  1  0  0  0  0
+ 12 13  1  0  0  0  0
+ 12 14  2  0  0  0  0
+ 14 15  1  0  0  0  0
+M  END
+>  <Name>
+COCC(C)C(CO)c1ccc(Br)cc1
+
+>  <TransFSScore>
+0.173348
+
+$$$$
+COCC(C)OCCOc1ccc(Br)cc1
+ OpenBabel03162018053D
+libRbt.so/2013.1/901 2013/11/27
+ 16 16  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
+    5.6650   -5.5958   25.3680 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.1057   -4.4972   26.0732 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0785   -3.4881   26.3491 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.4358   -2.3388   27.1440 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    4.9482   -2.8397   28.5054 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.4151   -1.2967   27.2873 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.6267   -0.5481   26.0900 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.3817    0.2676   25.7585 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.6866    1.1011   24.6394 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.7821    0.4960   23.4174 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.7162   -0.8770   23.1782 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.8146   -1.3676   21.8707 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.9820   -0.4818   20.8080 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.1007   -1.1472   19.0431 Br  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0584    0.8879   21.0380 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.9602    1.3731   22.3447 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+  1  2  1  0  0  0  0
+  2  3  1  0  0  0  0
+  3  4  1  0  0  0  0
+  4  5  1  1  0  0  0
+  4  6  1  0  0  0  0
+  6  7  1  0  0  0  0
+  7  8  1  0  0  0  0
+  8  9  1  0  0  0  0
+  9 10  1  0  0  0  0
+ 10 11  1  0  0  0  0
+ 10 16  2  0  0  0  0
+ 11 12  2  0  0  0  0
+ 12 13  1  0  0  0  0
+ 13 14  1  0  0  0  0
+ 13 15  2  0  0  0  0
+ 15 16  1  0  0  0  0
+M  END
+>  <Name>
+COCC(C)OCCOc1ccc(Br)cc1
+
+>  <TransFSScore>
+0.900000
+
+$$$$
b
diff -r d52d6ee95cf2 -r 2f218be61685 test-data/poses-filt-0.2.sdf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/poses-filt-0.2.sdf Tue Apr 14 06:29:39 2020 -0400
b
@@ -0,0 +1,86 @@
+COCC(C)OCCOc1ccc(Br)cc1
+ OpenBabel03162018053D
+libRbt.so/2013.1/901 2013/11/27
+ 16 16  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
+    1.5854   -4.4167   26.8713 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    2.9171   -3.9650   27.0697 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    3.3204   -3.0325   26.0654 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    4.0629   -3.7637   24.9341 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    3.0725   -4.5314   24.0556 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    4.7894   -2.7836   24.1743 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.8770   -3.3338   23.4307 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.3647   -2.3248   22.3968 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.2636   -1.9969   21.5481 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.5320   -1.2441   20.4392 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.2993   -1.6247   19.1173 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.6084   -0.7491   18.0695 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.1526    0.5029   18.3492 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.5557    1.6873   16.9327 Br  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.3970    0.8871   19.6636 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0874    0.0098   20.7062 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+  1  2  1  0  0  0  0
+  2  3  1  0  0  0  0
+  3  4  1  0  0  0  0
+  4  5  1  6  0  0  0
+  4  6  1  0  0  0  0
+  6  7  1  0  0  0  0
+  7  8  1  0  0  0  0
+  8  9  1  0  0  0  0
+  9 10  1  0  0  0  0
+ 10 11  1  0  0  0  0
+ 10 16  2  0  0  0  0
+ 11 12  2  0  0  0  0
+ 12 13  1  0  0  0  0
+ 13 14  1  0  0  0  0
+ 13 15  2  0  0  0  0
+ 15 16  1  0  0  0  0
+M  END
+>  <Name>
+COCC(C)OCCOc1ccc(Br)cc1
+
+>  <TransFSScore>
+0.239591
+
+$$$$
+COCC(C)C(CCl)c1cccc(Br)c1
+ OpenBabel03162018053D
+libRbt.so/2013.1/901 2013/11/27
+ 15 15  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
+   10.5975   -1.6265   24.3456 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    9.9876   -2.4972   23.3994 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    8.5655   -2.3484   23.4275 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    7.9288   -3.2311   22.3401 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    8.0397   -4.7166   22.7175 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.4621   -2.8051   21.9660 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.4266   -3.1085   23.0863 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.5671   -2.0982   24.5513 Cl  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.3532   -1.4007   21.3371 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.4668   -0.2249   22.1042 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.3963    1.0427   21.5193 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.1859    1.1744   20.1518 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0190    0.0317   19.3806 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.7201    0.1935   17.5198 Br  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0801   -1.2369   19.9634 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+  1  2  1  0  0  0  0
+  2  3  1  0  0  0  0
+  3  4  1  0  0  0  0
+  4  5  1  1  0  0  0
+  4  6  1  0  0  0  0
+  6  7  1  1  0  0  0
+  6  9  1  0  0  0  0
+  7  8  1  0  0  0  0
+  9 10  1  0  0  0  0
+  9 15  2  0  0  0  0
+ 10 11  2  0  0  0  0
+ 11 12  1  0  0  0  0
+ 12 13  2  0  0  0  0
+ 13 14  1  0  0  0  0
+ 13 15  1  0  0  0  0
+M  END
+>  <Name>
+COCC(C)C(CCl)c1cccc(Br)c1
+
+>  <TransFSScore>
+0.258377
+
+$$$$
b
diff -r d52d6ee95cf2 -r 2f218be61685 test-data/poses-filt-only.sdf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/poses-filt-only.sdf Tue Apr 14 06:29:39 2020 -0400
b
@@ -0,0 +1,130 @@
+COCC(C)C(CCl)c1cccc(Br)c1
+ OpenBabel03162018053D
+libRbt.so/2013.1/901 2013/11/27
+ 15 15  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
+   10.5975   -1.6265   24.3456 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    9.9876   -2.4972   23.3994 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    8.5655   -2.3484   23.4275 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    7.9288   -3.2311   22.3401 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    8.0397   -4.7166   22.7175 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.4621   -2.8051   21.9660 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.4266   -3.1085   23.0863 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.5671   -2.0982   24.5513 Cl  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.3532   -1.4007   21.3371 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.4668   -0.2249   22.1042 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.3963    1.0427   21.5193 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.1859    1.1744   20.1518 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0190    0.0317   19.3806 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.7201    0.1935   17.5198 Br  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0801   -1.2369   19.9634 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+  1  2  1  0  0  0  0
+  2  3  1  0  0  0  0
+  3  4  1  0  0  0  0
+  4  5  1  1  0  0  0
+  4  6  1  0  0  0  0
+  6  7  1  1  0  0  0
+  6  9  1  0  0  0  0
+  7  8  1  0  0  0  0
+  9 10  1  0  0  0  0
+  9 15  2  0  0  0  0
+ 10 11  2  0  0  0  0
+ 11 12  1  0  0  0  0
+ 12 13  2  0  0  0  0
+ 13 14  1  0  0  0  0
+ 13 15  1  0  0  0  0
+M  END
+>  <Name>
+COCC(C)C(CCl)c1cccc(Br)c1
+
+>  <TransFSScore>
+0.258377
+
+$$$$
+COCC(C)OCCOc1ccc(Br)cc1
+ OpenBabel03162018053D
+libRbt.so/2013.1/901 2013/11/27
+ 16 16  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
+    1.5854   -4.4167   26.8713 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    2.9171   -3.9650   27.0697 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    3.3204   -3.0325   26.0654 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    4.0629   -3.7637   24.9341 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    3.0725   -4.5314   24.0556 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    4.7894   -2.7836   24.1743 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.8770   -3.3338   23.4307 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.3647   -2.3248   22.3968 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.2636   -1.9969   21.5481 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.5320   -1.2441   20.4392 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.2993   -1.6247   19.1173 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.6084   -0.7491   18.0695 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.1526    0.5029   18.3492 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.5557    1.6873   16.9327 Br  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.3970    0.8871   19.6636 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0874    0.0098   20.7062 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+  1  2  1  0  0  0  0
+  2  3  1  0  0  0  0
+  3  4  1  0  0  0  0
+  4  5  1  6  0  0  0
+  4  6  1  0  0  0  0
+  6  7  1  0  0  0  0
+  7  8  1  0  0  0  0
+  8  9  1  0  0  0  0
+  9 10  1  0  0  0  0
+ 10 11  1  0  0  0  0
+ 10 16  2  0  0  0  0
+ 11 12  2  0  0  0  0
+ 12 13  1  0  0  0  0
+ 13 14  1  0  0  0  0
+ 13 15  2  0  0  0  0
+ 15 16  1  0  0  0  0
+M  END
+>  <Name>
+COCC(C)OCCOc1ccc(Br)cc1
+
+>  <TransFSScore>
+0.239591
+
+$$$$
+COCC(C)OCCOc1ccc(Br)cc1
+ OpenBabel03162018053D
+libRbt.so/2013.1/901 2013/11/27
+ 16 16  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
+    5.6650   -5.5958   25.3680 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.1057   -4.4972   26.0732 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0785   -3.4881   26.3491 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.4358   -2.3388   27.1440 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    4.9482   -2.8397   28.5054 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.4151   -1.2967   27.2873 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.6267   -0.5481   26.0900 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.3817    0.2676   25.7585 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.6866    1.1011   24.6394 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.7821    0.4960   23.4174 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.7162   -0.8770   23.1782 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.8146   -1.3676   21.8707 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.9820   -0.4818   20.8080 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.1007   -1.1472   19.0431 Br  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    6.0584    0.8879   21.0380 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+    5.9602    1.3731   22.3447 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
+  1  2  1  0  0  0  0
+  2  3  1  0  0  0  0
+  3  4  1  0  0  0  0
+  4  5  1  1  0  0  0
+  4  6  1  0  0  0  0
+  6  7  1  0  0  0  0
+  7  8  1  0  0  0  0
+  8  9  1  0  0  0  0
+  9 10  1  0  0  0  0
+ 10 11  1  0  0  0  0
+ 10 16  2  0  0  0  0
+ 11 12  2  0  0  0  0
+ 12 13  1  0  0  0  0
+ 13 14  1  0  0  0  0
+ 13 15  2  0  0  0  0
+ 15 16  1  0  0  0  0
+M  END
+>  <Name>
+COCC(C)OCCOc1ccc(Br)cc1
+
+>  <TransFSScore>
+0.900000
+
+$$$$