Repository 'gmx_em'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/gmx_em

Changeset 6:6b79ed3d924d (2019-11-20)
Previous changeset 5:40835063146c (2019-10-30) Next changeset 7:8d4c8a79eadd (2019-12-01)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs commit a71d03531d57b87b5e3ce40ee7d974fbe53a1dfa"
modified:
macros.xml
minim.xml
added:
test-data/md_0_1.ndx
test-data/md_0_1.xvg
test-data/posre_cl.itp
b
diff -r 40835063146c -r 6b79ed3d924d macros.xml
--- a/macros.xml Wed Oct 30 13:33:26 2019 -0400
+++ b/macros.xml Wed Nov 20 11:11:05 2019 -0500
b
@@ -1,5 +1,5 @@
 <macros>
-    <token name="@VERSION@">2019.1.2</token>
+    <token name="@VERSION@">2019.1.3</token>
     <xml name="requirements">
         <requirements>
             <requirement type="package" version="2019.1">gromacs</requirement>
@@ -11,19 +11,6 @@
         </citations>
     </xml>
     <xml name="md_inputs">
-        <param argument="traj" type="select" label="Trajectory output">
-            <option value='none'>Return no trajectory output</option>
-            <option value='xtc'>Return .xtc file (reduced precision)</option>
-            <option value='trr'>Return .trr file (full precision)</option>
-            <option value='both'>Return both .xtc and .trr files</option>
-        </param>
-
-        <param argument="str" type="select" label="Structure output">
-            <option value='none'>Return no structure output</option>
-            <option value='gro'>Return .gro file</option>
-            <option value='pdb'>Return .pdb file</option>
-            <option value='both'>Return both .gro and .pdb files</option>
-        </param>
 
         <conditional name="mdp">
             <param name="mdpfile" type="select" label="Parameter input">
@@ -73,6 +60,15 @@
 
     </xml>
 
+    <xml name="log">
+        <param name="capture_log" type="boolean" value="false" label="Generate detailed log" help="Generate detailed log information that can be summarized with ParseLog."/>
+    </xml>
+
+    <xml name="log_outputs">
+        <data name="report" format="txt" from_work_dir="verbose.txt">
+            <filter>capture_log</filter>
+        </data>
+    </xml>
 
     <xml name="test_params">
         <param name="mdpfile" value="default" />
b
diff -r 40835063146c -r 6b79ed3d924d minim.xml
--- a/minim.xml Wed Oct 30 13:33:26 2019 -0400
+++ b/minim.xml Wed Nov 20 11:11:05 2019 -0500
b
@@ -79,13 +79,11 @@
                 <param argument="emstep" type="float" label="Maximum step size /nm" value="0.01" min="0.0001" max="1.0" help="Initial step size in nm." />
             </when>
         </conditional>
-        <param name="capture_log" type="boolean" value="false" label="Generate detailed log" help="Generate detailed log information that can be summarized with ParseLog."/>
+        <expand macro="log" />
     </inputs>
     <outputs>
         <data name="output1" format="gro" from_work_dir="em.gro"/>
-        <data name="report" format="txt" from_work_dir="verbose.txt">
-            <filter>capture_log</filter>
-        </data>
+        <expand macro="log_outputs" />
     </outputs>
     <tests>
         <test>
b
diff -r 40835063146c -r 6b79ed3d924d test-data/md_0_1.ndx
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/md_0_1.ndx Wed Nov 20 11:11:05 2019 -0500
[
b'@@ -0,0 +1,13032 @@\n+[ System ]\n+   1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12   13   14   15\n+  16   17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30\n+  31   32   33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45\n+  46   47   48   49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60\n+  61   62   63   64   65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75\n+  76   77   78   79   80   81   82   83   84   85   86   87   88   89   90\n+  91   92   93   94   95   96   97   98   99  100  101  102  103  104  105\n+ 106  107  108  109  110  111  112  113  114  115  116  117  118  119  120\n+ 121  122  123  124  125  126  127  128  129  130  131  132  133  134  135\n+ 136  137  138  139  140  141  142  143  144  145  146  147  148  149  150\n+ 151  152  153  154  155  156  157  158  159  160  161  162  163  164  165\n+ 166  167  168  169  170  171  172  173  174  175  176  177  178  179  180\n+ 181  182  183  184  185  186  187  188  189  190  191  192  193  194  195\n+ 196  197  198  199  200  201  202  203  204  205  206  207  208  209  210\n+ 211  212  213  214  215  216  217  218  219  220  221  222  223  224  225\n+ 226  227  228  229  230  231  232  233  234  235  236  237  238  239  240\n+ 241  242  243  244  245  246  247  248  249  250  251  252  253  254  255\n+ 256  257  258  259  260  261  262  263  264  265  266  267  268  269  270\n+ 271  272  273  274  275  276  277  278  279  280  281  282  283  284  285\n+ 286  287  288  289  290  291  292  293  294  295  296  297  298  299  300\n+ 301  302  303  304  305  306  307  308  309  310  311  312  313  314  315\n+ 316  317  318  319  320  321  322  323  324  325  326  327  328  329  330\n+ 331  332  333  334  335  336  337  338  339  340  341  342  343  344  345\n+ 346  347  348  349  350  351  352  353  354  355  356  357  358  359  360\n+ 361  362  363  364  365  366  367  368  369  370  371  372  373  374  375\n+ 376  377  378  379  380  381  382  383  384  385  386  387  388  389  390\n+ 391  392  393  394  395  396  397  398  399  400  401  402  403  404  405\n+ 406  407  408  409  410  411  412  413  414  415  416  417  418  419  420\n+ 421  422  423  424  425  426  427  428  429  430  431  432  433  434  435\n+ 436  437  438  439  440  441  442  443  444  445  446  447  448  449  450\n+ 451  452  453  454  455  456  457  458  459  460  461  462  463  464  465\n+ 466  467  468  469  470  471  472  473  474  475  476  477  478  479  480\n+ 481  482  483  484  485  486  487  488  489  490  491  492  493  494  495\n+ 496  497  498  499  500  501  502  503  504  505  506  507  508  509  510\n+ 511  512  513  514  515  516  517  518  519  520  521  522  523  524  525\n+ 526  527  528  529  530  531  532  533  534  535  536  537  538  539  540\n+ 541  542  543  544  545  546  547  548  549  550  551  552  553  554  555\n+ 556  557  558  559  560  561  562  563  564  565  566  567  568  569  570\n+ 571  572  573  574  575  576  577  578  579  580  581  582  583  584  585\n+ 586  587  588  589  590  591  592  593  594  595  596  597  598  599  600\n+ 601  602  603  604  605  606  607  608  609  610  611  612  613  614  615\n+ 616  617  618  619  620  621  622  623  624  625  626  627  628  629  630\n+ 631  632  633  634  635  636  637  638  639  640  641  642  643  644  645\n+ 646  647  648  649  650  651  652  653  654  655  656  657  658  659  660\n+ 661  662  663  664  665  666  667  668  669  670  671  672  673  674  675\n+ 676  677  678  679  680  681  682  683  684  685  686  687  688  689  690\n+ 691  692  693  694  695  696  697  698  699  700  701  702  703  704  705\n+ 706  707  708  709  710  711  712  713  714  715  716  717  718  719  720\n+ 721  722  723  724  725  726  727  728  729  730  731  732  733  734  735\n+ 736  737  738  739  740  741  742  743  744  745  746  747  748  749  750\n+ 751  752  753  754  755  756  757  758  759  760  761  762  763  764  765\n+ 766  767  768  769  770  771  772  773  774  775  776  777  778  779  780\n+ 781  782  783'..b'7730 37731 37732 37733 37734 37735\n+37736 37737 37738 37739 37740 37741 37742 37743 37744 37745 37746 37747 37748 37749 37750\n+37751 37752 37753 37754 37755 37756 37757 37758 37759 37760 37761 37762 37763 37764 37765\n+37766 37767 37768 37769 37770 37771 37772 37773 37774 37775 37776 37777 37778 37779 37780\n+37781 37782 37783 37784 37785 37786 37787 37788 37789 37790 37791 37792 37793 37794 37795\n+37796 37797 37798 37799 37800 37801 37802 37803 37804 37805 37806 37807 37808 37809 37810\n+37811 37812 37813 37814 37815 37816 37817 37818 37819 37820 37821 37822 37823 37824 37825\n+37826 37827 37828 37829 37830 37831 37832 37833 37834 37835 37836 37837 37838 37839 37840\n+37841 37842 37843 37844 37845 37846 37847 37848 37849 37850 37851 37852 37853 37854 37855\n+37856 37857 37858 37859 37860 37861 37862 37863 37864 37865 37866 37867 37868 37869 37870\n+37871 37872 37873 37874 37875 37876 37877 37878 37879 37880 37881 37882 37883 37884 37885\n+37886 37887 37888 37889 37890 37891 37892 37893 37894 37895 37896 37897 37898 37899 37900\n+37901 37902 37903 37904 37905 37906 37907 37908 37909 37910 37911 37912 37913 37914 37915\n+37916 37917 37918 37919 37920 37921 37922 37923 37924 37925 37926 37927 37928 37929 37930\n+37931 37932 37933 37934 37935 37936 37937 37938 37939 37940 37941 37942 37943 37944 37945\n+37946 37947 37948 37949 37950 37951 37952 37953 37954 37955 37956 37957 37958 37959 37960\n+37961 37962 37963 37964 37965 37966 37967 37968 37969 37970 37971 37972 37973 37974 37975\n+37976 37977 37978 37979 37980 37981 37982 37983 37984 37985 37986 37987 37988 37989 37990\n+37991 37992 37993 37994 37995 37996 37997 37998 37999 38000 38001 38002 38003 38004 38005\n+38006 38007 38008 38009 38010 38011 38012 38013 38014 38015 38016 38017 38018 38019 38020\n+38021 38022 38023 38024 38025 38026 38027 38028 38029 38030 38031 38032 38033 38034 38035\n+38036 38037 38038 38039 38040 38041 38042 38043 38044 38045 38046 38047 38048 38049 38050\n+38051 38052 38053 38054 38055 38056 38057 38058 38059 38060 38061 38062 38063 38064 38065\n+38066 38067 38068 38069 38070 38071 38072 38073 38074 38075 38076 38077 38078 38079 38080\n+38081 38082 38083 38084 38085 38086 38087 38088 38089 38090 38091 38092 38093 38094 38095\n+38096 38097 38098 38099 38100 38101 38102 38103 38104 38105 38106 38107 38108 38109 38110\n+38111 38112 38113 38114 38115 38116 38117 38118 38119 38120 38121 38122 38123 38124 38125\n+38126 38127 38128 38129 38130 38131 38132 38133 38134 38135 38136 38137 38138 38139 38140\n+38141 38142 38143 38144 38145 38146 38147 38148 38149 38150 38151 38152 38153 38154 38155\n+38156 38157 38158 38159 38160 38161 38162 38163 38164 38165 38166 38167 38168 38169 38170\n+38171 38172 38173 38174 38175 38176 38177 38178 38179 38180 38181 38182 38183 38184 38185\n+38186 38187 38188 38189 38190 38191 38192 38193 38194 38195 38196 38197 38198 38199 38200\n+38201 38202 38203 38204 38205 38206 38207 38208 38209 38210 38211 38212 38213 38214 38215\n+38216 38217 38218 38219 38220 38221 38222 38223 38224 38225 38226 38227 38228 38229 38230\n+38231 38232 38233 38234 38235 38236 38237 38238 38239 38240 38241 38242 38243 38244 38245\n+38246 38247 38248 38249 38250 38251 38252 38253 38254 38255 38256 38257 38258 38259 38260\n+38261 38262 38263 38264 38265 38266 38267 38268 38269 38270 38271 38272 38273 38274 38275\n+38276 38277 38278 38279 38280 38281 38282 38283 38284 38285 38286 38287 38288 38289 38290\n+38291 38292 38293 38294 38295 38296 38297 38298 38299 38300 38301 38302 38303 38304 38305\n+38306 38307 38308 38309 38310 38311 38312 38313 38314 38315 38316 38317 38318 38319 38320\n+38321 38322 38323 38324 38325 38326 38327 38328 38329 38330 38331 38332 38333 38334 38335\n+38336 38337 38338 38339 38340 38341 38342 38343 38344 38345 38346 38347 38348 38349 38350\n+38351 38352 38353 38354 38355 38356 38357 38358 38359 38360 38361 38362 38363 38364 38365\n+38366 38367 38368 38369 38370 38371 38372 38373 38374 38375 38376\n+[ !Protein_&_non-Water ]\n+38369 38370 38371 38372 38373 38374 38375 38376\n'
b
diff -r 40835063146c -r 6b79ed3d924d test-data/md_0_1.xvg
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/md_0_1.xvg Wed Nov 20 11:11:05 2019 -0500
b
@@ -0,0 +1,37 @@
+# This file was created Sat Nov  9 15:20:20 2019
+# Created by:
+#                      :-) GROMACS - gmx energy, 2019.1 (-:
+# 
+# Executable:   /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx
+# Data prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/gmx
+# Working dir:  /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs
+# Command line:
+#   gmx energy -f test-data/md_0_1.edr -o xvg5.xvg
+# gmx energy is part of G R O M A C S:
+#
+# Gromacs Runs One Microsecond At Cannonball Speeds
+#
+@    title "GROMACS Energies"
+@    xaxis  label "Time (ps)"
+@    yaxis  label "(kJ/mol), (K)"
+@TYPE xy
+@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
+@ legend on
+@ legend box on
+@ legend loctype view
+@ legend 0.78, 0.8
+@ legend length 2
+@ s0 legend "Potential"
+@ s1 legend "Total Energy"
+@ s2 legend "Temperature"
+    0.000000  -593300.312500  -497358.281250  300.761719
+    0.100000  -592522.125000  -497450.843750  298.032074
+    0.200000  -593496.500000  -497942.718750  299.544647
+    0.300000  -593921.062500  -497878.187500  301.077850
+    0.400000  -593262.062500  -497926.406250  298.860870
+    0.500000  -593674.437500  -498809.312500  297.385773
+    0.600000  -594222.062500  -498825.562500  299.051605
+    0.700000  -593496.625000  -498020.125000  299.302399
+    0.800000  -593813.875000  -498131.031250  299.949219
+    0.900000  -594351.437500  -498515.812500  300.428131
+    1.000000  -595232.000000  -499672.000000  299.564087
b
diff -r 40835063146c -r 6b79ed3d924d test-data/posre_cl.itp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/posre_cl.itp Wed Nov 20 11:11:05 2019 -0500
[
@@ -0,0 +1,12 @@
+; position restraints for CL of LYSOZYME in water
+
+[ position_restraints ]
+;  i funct       fcx        fcy        fcz
+38369    1        500        600        700
+38370    1        500        600        700
+38371    1        500        600        700
+38372    1        500        600        700
+38373    1        500        600        700
+38374    1        500        600        700
+38375    1        500        600        700
+38376    1        500        600        700