Repository 'gmx_em'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/gmx_em

Changeset 0:911eb71ccd1f (2018-10-04)
Next changeset 1:6d9a9ab96195 (2018-10-04)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs commit 177cab098ac548bfdecba9d9f04614aec5f6c618
added:
macros.xml
minim.xml
test-data/1AKI.pdb
test-data/em.edr
test-data/em.gro
test-data/em.tpr
test-data/em.trr
test-data/ions.mdp
test-data/ions.tpr
test-data/md.mdp
test-data/md_0_1.cpt
test-data/md_0_1.edr
test-data/md_0_1.gro
test-data/md_0_1.pdb
test-data/md_0_1.tpr
test-data/md_0_1.trr
test-data/md_0_1.xtc
test-data/minim.mdp
test-data/newbox.gro
test-data/npt.cpt
test-data/npt.edr
test-data/npt.gro
test-data/npt.mdp
test-data/npt.pdb
test-data/npt.tpr
test-data/npt.trr
test-data/npt.xtc
test-data/nvt.cpt
test-data/nvt.edr
test-data/nvt.gro
test-data/nvt.mdp
test-data/nvt.pdb
test-data/nvt.tpr
test-data/nvt.trr
test-data/nvt.xtc
test-data/posres.itp
test-data/processed.gro
test-data/solv.gro
test-data/solv_ions.gro
test-data/topol.top
test-data/topol_solv.top
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
@@ -0,0 +1,93 @@
+<macros>
+    <token name="@VERSION@">2018.2</token>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="@VERSION@">gromacs</requirement>
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="doi">10.1016/j.softx.2015.06.001</citation>
+        </citations>
+    </xml>
+    
+    
+    <xml name="md_inputs">
+        <conditional name="mdp">
+            <param name="mdpfile" type="select" label="Parameter input">
+                <option value="custom">Upload own MDP file</option>
+                <option value="default">Use default (partially customisable) setting</option>
+            </param>
+            <when value="custom">
+                <param argument="mdp_input" type="data" format='mdp' label="MD parameters (MDP) file (optional; default settings if not set)."/>
+            </when>
+            <when value="default">
+                <param argument="integrator" type="select" label="Choice of integrator.">
+                    <option value="md">A leap-frog algorithm for integrating Newton's equations of motion.</option>
+                    <option value="sd">Stochastic dynamics integrator</option>
+                    <option value="bd">An Euler integrator for Brownian or position Langevin dynamics.</option>
+                </param>
+                <param argument="constraints" type="select" label="Bond constraints (constraints).">
+                    <option value="none">No constraints except for those defined explicitly in the topology (none).</option>
+                    <option value="h-bonds">Bonds with H-atoms. (h-bonds).</option>
+                    <option value="all-bonds">All bonds (all-bonds).</option>
+                    <option value="h-angles">Bonds and angles with H-atoms. (h-angles).</option>
+                    <option value="all-angles">All bonds and angles (all-angles).</option>
+                </param>
+                <param argument="cutoffscheme" type="select" label="Neighbor searching.">
+                    <option value="Verlet">Generate a pair list with buffering.</option>
+                    <option value="group">Generate a pair list for groups of atoms.</option>
+                </param>
+                <param argument="coulombtype" type="select" label="Electrostatics.">
+                    <option value="PME">Fast smooth Particle-Mesh Ewald (SPME) electrostatics.</option>
+                    <option value="P3M-AD">Particle-Particle Particle-Mesh algorithm with analytical derivative.</option>
+                    <option value="Reaction-Field-zero">Reaction field electrostatics.</option>
+                </param>
+                
+                <param argument="temperature" type="integer" label="Temperature /K" value="0" min="0" max="1000000" help="Temperature" />
+                <param argument="step_length" type="float" label="Step length in ps" value="0" min="0.0001" max="1.0" help="Step length in ps." />
+                <param argument="write_freq" type="integer" label="Number of steps that elapse between saving data points (velocities, forces, energies)" value="0" min="0" max="1000000" help="Step length in ps." />
+                <param argument="rcoulomb" value="1.0" type="float" label="Distance for the Coulomb cut-off."/>
+                <param argument="rlist" value="1.0" type="float" label="Cut-off distance for the short-range neighbor list. Ignored if the Verlet cutoff scheme is set."/>
+                <param argument="rvdw" value="1.0" type="float" label="Short range van der Waals cutoff."/>
+                <param argument="md_steps" type="integer" label="Number of steps for the NPT equilibration" value="0" min="0" max="1000000" help="NPT steps" />
+                
+            </when>
+
+        </conditional>
+        
+        <param argument="traj" type="select" label="Trajectory output.">
+            <option value='none'>Return no trajectory output</option>
+            <option value='xtc'>Return .xtc file (reduced precision)</option>
+            <option value='trr'>Return .trr file (full precision)</option>
+            <option value='both'>Return both .xtc and .trr files</option>
+        </param>
+
+        <param argument="str" type="select" label="Structure output.">
+            <option value='none'>Return no trajectory output</option>
+            <option value='gro'>Return .gro file</option>
+            <option value='pdb'>Return .pdb file</option>
+            <option value='both'>Return both .gro and .pdb files</option>
+        </param>
+
+        <param name="capture_log" type="boolean" value="false" label="Generate Detailed Log" help="Generate detailed log information that can be summarized with ParseLog."/>
+
+
+    </xml>
+
+
+    <xml name="test_params">
+        <param name="mdpfile" value="default" />
+        <param name="step_length" value="0.002"/>
+        <param name="md_steps" value="500"/>
+        <param name="write_freq" value="50"/>
+        <param name="temperature" value="300"/>
+        <param name="integrator" value="md" />
+        <param name="constraints" value="all-bonds"/>
+        <param name="cutoffscheme" value="Verlet" />
+        <param name="coulombtype" value="PME" />
+        <param name="rlist" value="1.0" />
+        <param name="rcoulomb" value="1.0" />
+        <param name="rvdw" value="1.0" />
+    </xml>
+</macros>
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f minim.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/minim.xml Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
[
@@ -0,0 +1,123 @@
+<tool id="gmx_em" name="GROMACS energy minimization" version="@VERSION@">
+    <description>of the system prior to equilibration and production MD</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+
+    <expand macro="requirements" />
+
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+
+        #if $mdp.mdpfile == 'custom':
+            ln -s '$mdp.mdp_input' ./minim.mdp &&
+        #else:
+            ln -s '$minim' ./minim.mdp &&
+        #end if
+
+        ln -s '$gro_input' ./solv_ions.gro &&
+        ln -s '$top_input' ./top_input.top &&
+  
+        gmx grompp -f ./minim.mdp -c ./solv_ions.gro -p ./top_input.top -o em.tpr &>> verbose.txt &&
+        gmx mdrun -deffnm em &>> verbose.txt
+        
+    ]]></command>
+        <configfiles>
+            <!-- .mdp files for the gromacs simulation -->
+            <configfile name="minim">
+                #if $mdp.mdpfile == 'default':
+                    ; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr
+                    integrator  = $mdp.integrator    ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
+                    emtol    = $mdp.emtol     ; Stop minimization when the maximum force is less than this value
+                    emstep      = $mdp.emstep      ; Energy step size
+                    nsteps    = $mdp.md_steps      ; Maximum number of (minimization) steps to perform
+
+                    ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
+                    nstlist        = 1        ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
+                    cutoff-scheme   = $mdp.cutoffscheme
+                    ns_type        = grid    ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
+                    coulombtype      = $mdp.coulombtype    ; Treatment of long range electrostatic interactions
+                    rcoulomb      = $mdp.rcoulomb    ; Short-range electrostatic cut-off
+                    rlist       = $mdp.rlist ; Cut-off distance for the short-range neighbor list.
+                    rvdw        = $mdp.rvdw    ; Short-range Van der Waals cut-off
+                    pbc            = xyz     ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
+                #end if
+            </configfile>
+        </configfiles>
+
+    <inputs>
+        <param argument="gro_input" type="data" format='gro' label="GRO structure file."/>
+        <param argument="top_input" type="data" format='top' label="Topology (TOP) file."/>
+        <param name="capture_log" type="boolean" value="false" label="Generate Detailed Log" help="Generate detailed log information that can be summarized with ParseLog."/>
+
+        <conditional name="mdp">
+            <param name="mdpfile" type="select" label="Parameter input">
+                <option value="custom">Upload own MDP file</option>
+                <option value="default">Use default (partially customisable) setting</option>
+            </param>
+            <when value="custom">
+                <param argument="mdp_input" type="data" format='mdp' label="MD parameters (MDP) file (optional; default settings if not set)."/>
+            </when>
+
+            <when value="default">
+                <param argument="integrator" type="select" label="Choice of integrator.">
+                    <option value="steep">Steepest descent algorithm.</option>
+                    <option value="cg">Conjugate gradient algorithm.</option>
+                    <option value="l-bfgs">Quasi-Newtonian algorithm.</option>
+                </param>
+                <param argument="cutoffscheme" type="select" label="Neighbor searching.">
+                    <option value="Verlet">Generate a pair list with buffering.</option>
+                    <option value="group">Generate a pair list for groups of atoms.</option>
+                </param>
+                <param argument="coulombtype" type="select" label="Electrostatics.">
+                    <option value="PME">Fast smooth Particle-Mesh Ewald (SPME) electrostatics.</option>
+                    <option value="P3M-AD">Particle-Particle Particle-Mesh algorithm with analytical derivative.</option>
+                    <option value="Reaction-Field-zero">Reaction field electrostatics.</option>
+                </param>
+                <param argument="rcoulomb" value="1.0" type="float" label="Distance for the Coulomb cut-off."/>
+                <param argument="rlist" value="1.0" type="float" label="Cut-off distance for the short-range neighbor list. Ignored if the Verlet cutoff scheme is set."/>
+                <param argument="rvdw" value="1.0" type="float" label="Short range van der Waals cutoff."/>
+                <param argument="md_steps" type="integer" label="Number of steps for the MD simulation" value="0" min="0" max="1000000" help="MD steps" />
+                <param argument="emtol" type="float" label="EM tolerance" value="0" min="0" max="10000" help="The minimization is converged when the maximum force is smaller than this value" />
+                <param argument="emstep" type="float" label="Maximum step size /nm" value="0.01" min="0.0001" max="1.0" help="Initial step size in nm." />
+            </when>
+        </conditional>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="output1" format="gro" from_work_dir="em.gro"/>
+        <data name="report" format="txt" from_work_dir="verbose.txt">
+            <filter>capture_log</filter>
+        </data>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="gro_input" value="solv_ions.gro" />
+            <param name="top_input" value="topol_solv.top" />
+            <param name="mdpfile" value="default" />
+            <param name="integrator" value="steep" />
+            <param name="cutoffscheme" value="Verlet" />
+            <param name="coulombtype" value="PME" />
+            <param name="rcoulomb" value="1.0" />
+            <param name="rlist" value="1.0" />
+            <param name="md_steps" value="50000" />
+            <param name="emtol" value="1000.0" />
+            <param name="emstep" value="0.01" />
+
+            <output name="output1" file="em.gro" ftype="gro" compare="sim_size"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="gro_input" value="solv_ions.gro" />
+            <param name="top_input" value="topol_solv.top" />
+            <param name="mdpfile" value="custom" />
+            <param name="mdp_input" value="minim.mdp" />
+            <output name="output1" file="em.gro" ftype="gro" compare="sim_size"/>
+        </test>
+
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+
+Upload GRO and TOP files for energy minimisation. To take advantage of all GROMACS features, upload an MDP file with simulation parameters. Otherwise, choose parameters through the Galaxy interface. See http://manual.gromacs.org/online/mdp_opt.html for more information on the options.
+
+    ]]></help>
+
+    <expand macro="citations" />
+</tool>
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/1AKI.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/1AKI.pdb Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,1436 @@\n+HEADER    HYDROLASE                               19-MAY-97   1AKI              \n+TITLE     THE STRUCTURE OF THE ORTHORHOMBIC FORM OF HEN EGG-WHITE               \n+TITLE    2 LYSOZYME AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION                                 \n+COMPND    MOL_ID: 1;                                                            \n+COMPND   2 MOLECULE: LYSOZYME;                                                  \n+COMPND   3 CHAIN: A;                                                            \n+COMPND   4 EC: 3.2.1.17                                                         \n+SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            \n+SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: GALLUS GALLUS;                                  \n+SOURCE   3 ORGANISM_COMMON: CHICKEN;                                            \n+SOURCE   4 ORGANISM_TAXID: 9031;                                                \n+SOURCE   5 CELL: EGG                                                            \n+KEYWDS    HYDROLASE, GLYCOSIDASE                                                \n+EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION                                                     \n+AUTHOR    D.CARTER,J.HE,J.R.RUBLE,B.WRIGHT                                      \n+REVDAT   2   24-FEB-09 1AKI    1       VERSN                                    \n+REVDAT   1   19-NOV-97 1AKI    0                                                \n+JRNL        AUTH   P.J.ARTYMIUK,C.C.F.BLAKE,D.W.RICE,K.S.WILSON                 \n+JRNL        TITL   THE STRUCTURES OF THE MONOCLINIC AND ORTHORHOMBIC            \n+JRNL        TITL 2 FORMS OF HEN EGG-WHITE LYSOZYME AT 6 ANGSTROMS               \n+JRNL        TITL 3 RESOLUTION                                                   \n+JRNL        REF    ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.B      V.  38   778 1982              \n+JRNL        REFN                   ISSN 0108-7681                               \n+REMARK   1                                                                      \n+REMARK   2                                                                      \n+REMARK   2 RESOLUTION.    1.50 ANGSTROMS.                                       \n+REMARK   3                                                                      \n+REMARK   3 REFINEMENT.                                                          \n+REMARK   3   PROGRAM     : GPRLSA, X-PLOR                                       \n+REMARK   3   AUTHORS     : FUREY                                                \n+REMARK   3                                                                      \n+REMARK   3  DATA USED IN REFINEMENT.                                            \n+REMARK   3   RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 1.50                           \n+REMARK   3   RESOLUTION RANGE LOW  (ANGSTROMS) : 10.00                          \n+REMARK   3   DATA CUTOFF            (SIGMA(F)) : 1.000                          \n+REMARK   3   COMPLETENESS FOR RANGE        (%) : 91.1                           \n+REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 16327                          \n+REMARK   3                                                                      \n+REMARK   3  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT.                                     \n+REMARK   3   CROSS-VALIDATION METHOD          : NULL                            \n+REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SELECTION  : NULL                            \n+REMARK   3   R VALUE     (WORKING + TEST SET) : NULL                            \n+REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET) : 0.212                           \n+REMARK   3   FREE R VALUE                     : NULL                            \n+REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%) : NULL                            \n+REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT      : NULL                            \n+REMARK   3                                                                      \n+REMARK   3  FIT/AGREEMENT OF MODEL WITH ALL DATA.                               \n+REMARK   3   R VALUE   (WORKING + TEST SET,'..b'OH A 169      22.984  29.224  13.124  0.75 22.56           O  \n+HETATM 1043  O   HOH A 170      30.778   7.794  -3.514  0.65 21.58           O  \n+HETATM 1044  O   HOH A 171      42.965  14.657   4.991  0.63 23.91           O  \n+HETATM 1045  O   HOH A 172      36.927  17.948 -13.093  0.62 23.36           O  \n+HETATM 1046  O   HOH A 173      35.412  25.852 -11.575  0.58 23.42           O  \n+HETATM 1047  O   HOH A 174      37.428  32.540  -5.787  0.62 21.98           O  \n+HETATM 1048  O   HOH A 175      37.317   8.592   7.456  0.64 22.92           O  \n+HETATM 1049  O   HOH A 176       9.314  36.705 -11.546  0.69 23.77           O  \n+HETATM 1050  O   HOH A 177      39.972  23.760  -2.655  0.86 18.96           O  \n+HETATM 1051  O   HOH A 178      22.128  30.274  -0.543  0.76 18.78           O  \n+HETATM 1052  O   HOH A 179      22.244  15.813  10.000  0.68 19.66           O  \n+HETATM 1053  O   HOH A 180      40.729   9.223   0.292  0.64 20.15           O  \n+HETATM 1054  O   HOH A 181      12.500  15.267   4.097  0.56 20.12           O  \n+HETATM 1055  O   HOH A 182      20.372  28.618  -2.353  0.64 20.17           O  \n+HETATM 1056  O   HOH A 183      22.793  15.462  -6.673  0.63 20.60           O  \n+HETATM 1057  O   HOH A 184      23.138  31.809  15.121  0.55 20.90           O  \n+HETATM 1058  O   HOH A 185      22.671  38.691   8.245  0.48 21.16           O  \n+HETATM 1059  O   HOH A 186      33.966  33.112   6.837  0.59 19.45           O  \n+HETATM 1060  O   HOH A 187      19.572  25.423  -1.420  0.53 19.94           O  \n+HETATM 1061  O   HOH A 188      14.790  15.672   7.259  0.52 21.22           O  \n+HETATM 1062  O   HOH A 189      19.112  28.022 -14.647  0.49 19.83           O  \n+HETATM 1063  O   HOH A 190      17.302  39.059 -12.453  0.52 20.14           O  \n+HETATM 1064  O   HOH A 191      16.198  14.502   5.577  0.46 20.78           O  \n+HETATM 1065  O   HOH A 192      17.345  46.346  -7.080  0.50 18.13           O  \n+HETATM 1066  O   HOH A 193      14.992  31.300  -4.242  0.46 17.90           O  \n+HETATM 1067  O   HOH A 194      28.196  44.775  -3.148  0.44 18.15           O  \n+HETATM 1068  O   HOH A 195      29.479  13.863  -9.107  0.44 18.30           O  \n+HETATM 1069  O   HOH A 196      23.613  44.811   2.608  0.45 17.66           O  \n+HETATM 1070  O   HOH A 197      40.572  22.184  -6.358  0.42 18.06           O  \n+HETATM 1071  O   HOH A 198      12.475  31.860  -6.226  0.47 17.85           O  \n+HETATM 1072  O   HOH A 199      16.684  13.594  -5.832  0.31 18.51           O  \n+HETATM 1073  O   HOH A 200      27.534  38.059 -12.862  0.48 18.19           O  \n+HETATM 1074  O   HOH A 201      25.892  35.973  11.563  0.46 18.15           O  \n+HETATM 1075  O   HOH A 202      24.790  25.182  16.063  0.46 17.64           O  \n+HETATM 1076  O   HOH A 203      12.580  21.214   5.006  0.51 17.97           O  \n+HETATM 1077  O   HOH A 204      19.687  23.750  -4.851  0.37 18.08           O  \n+HETATM 1078  O   HOH A 205      27.098  35.956 -12.358  0.39 18.71           O  \n+HETATM 1079  O   HOH A 206      37.255   9.634  10.002  0.46 18.39           O  \n+HETATM 1080  O   HOH A 207      43.755  23.843   8.038  0.38 17.96           O  \n+CONECT   48  981                                                                \n+CONECT  238  889                                                                \n+CONECT  513  630                                                                \n+CONECT  601  724                                                                \n+CONECT  630  513                                                                \n+CONECT  724  601                                                                \n+CONECT  889  238                                                                \n+CONECT  981   48                                                                \n+MASTER      290    0    0    8    2    0    0    6 1079    1    8   10          \n+END                                                                             \n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/em.edr
b
Binary file test-data/em.edr has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/em.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/em.gro Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,38379 @@\n+LYSOZYME in water\n+38376\n+    1LYS      N    1   4.422   3.406   2.462\n+    1LYS     H1    2   4.494   3.461   2.416\n+    1LYS     H2    3   4.354   3.379   2.393\n+    1LYS     H3    4   4.377   3.460   2.536\n+    1LYS     CA    5   4.475   3.284   2.524\n+    1LYS     HA    6   4.525   3.225   2.448\n+    1LYS     CB    7   4.578   3.317   2.635\n+    1LYS    HB1    8   4.664   3.365   2.589\n+    1LYS    HB2    9   4.537   3.390   2.705\n+    1LYS     CG   10   4.627   3.195   2.715\n+    1LYS    HG1   11   4.550   3.164   2.786\n+    1LYS    HG2   12   4.640   3.112   2.647\n+    1LYS     CD   13   4.759   3.218   2.790\n+    1LYS    HD1   14   4.838   3.237   2.718\n+    1LYS    HD2   15   4.751   3.306   2.854\n+    1LYS     CE   16   4.795   3.094   2.875\n+    1LYS    HE1   17   4.726   3.085   2.959\n+    1LYS    HE2   18   4.785   3.003   2.817\n+    1LYS     NZ   19   4.932   3.099   2.926\n+    1LYS    HZ1   20   4.942   3.016   2.986\n+    1LYS    HZ2   21   4.998   3.088   2.850\n+    1LYS    HZ3   22   4.950   3.185   2.977\n+    1LYS      C   23   4.358   3.203   2.578\n+    1LYS      O   24   4.272   3.260   2.645\n+    2VAL      N   25   4.356   3.072   2.555\n+    2VAL      H   26   4.430   3.030   2.497\n+    2VAL     CA   27   4.277   2.978   2.633\n+    2VAL     HA   28   4.200   3.028   2.690\n+    2VAL     CB   29   4.210   2.872   2.542\n+    2VAL     HB   30   4.288   2.814   2.492\n+    2VAL    CG1   31   4.121   2.775   2.623\n+    2VAL   HG11   32   4.069   2.705   2.558\n+    2VAL   HG12   33   4.179   2.716   2.694\n+    2VAL   HG13   34   4.045   2.829   2.680\n+    2VAL    CG2   35   4.125   2.937   2.432\n+    2VAL   HG21   36   4.075   2.863   2.371\n+    2VAL   HG22   37   4.049   3.000   2.477\n+    2VAL   HG23   38   4.185   3.000   2.365\n+    2VAL      C   39   4.378   2.913   2.729\n+    2VAL      O   40   4.480   2.858   2.686\n+    3PHE      N   41   4.350   2.923   2.858\n+    3PHE      H   42   4.262   2.968   2.884\n+    3PHE     CA   43   4.425   2.856   2.964\n+    3PHE     HA   44   4.532   2.858   2.942\n+    3PHE     CB   45   4.396   2.927   3.098\n+    3PHE    HB1   46   4.294   2.964   3.103\n+    3PHE    HB2   47   4.405   2.855   3.179\n+    3PHE     CG   48   4.489   3.043   3.132\n+    3PHE    CD1   49   4.468   3.171   3.079\n+    3PHE    HD1   50   4.385   3.188   3.012\n+    3PHE    CD2   51   4.595   3.021   3.221\n+    3PHE    HD2   52   4.609   2.923   3.263\n+    3PHE    CE1   53   4.556   3.276   3.112\n+    3PHE    HE1   54   4.541   3.375   3.072\n+    3PHE    CE2   55   4.683   3.126   3.256\n+    3PHE    HE2   56   4.764   3.108   3.324\n+    3PHE     CZ   57   4.663   3.254   3.200\n+    3PHE     HZ   58   4.730   3.335   3.226\n+    3PHE      C   59   4.376   2.711   2.977\n+    3PHE      O   60   4.258   2.680   2.956\n+    4GLY      N   61   4.465   2.625   3.025\n+    4GLY      H   62   4.562   2.656   3.035\n+    4GLY     CA   63   4.428   2.493   3.075\n+    4GLY    HA1   64   4.346   2.449   3.018\n+    4GLY    HA2   65   4.514   2.427   3.064\n+    4GLY      C   66   4.392   2.506   3.224\n+    4GLY      O   67   4.443   2.595   3.292\n+    5ARG      N   68   4.303   2.419   3.275\n+    5ARG      H   69   4.261   2.352   3.212\n+    5ARG     CA   70   4.249   2.422   3.412\n+    5ARG     HA   71   4.184   2.510   3.417\n+    5ARG     CB   72   4.163   2.296   3.436\n+    5ARG    HB1   73   4.079   2.296   3.367\n+    5ARG    HB2   74   4.221   2.208   3.410\n+    5ARG     CG   75   4.109   2.279   3.579\n+    5ARG    HG1   76   4.190   2.273   3.651\n+    5ARG    HG2   77   4.051   2.367   3.607\n+    5ARG     CD   78   4.021   2.154   3.596\n+    5ARG    HD1   79   3.975   2.151   3.694\n+    5ARG    HD2   80   3.938   2.157   3.525\n+    5ARG     NE   81   4.096   2.030   3.574\n+    5ARG     HE   82   4.077   1.988   3.482\n+    5ARG     CZ   83   4.166   1.961   3.666\n+    5ARG    NH1   84   4.183   2.007   3.790\n+    5ARG   HH11   85   4.151   2.100   3.820\n+    5ARG   HH12   86   4.226   1.946   3.8'..b'24   5.807\n+12240SOL     OW38291   6.209   6.418   7.023\n+12240SOL    HW138292   6.268   6.497   7.006\n+12240SOL    HW238293   6.264   6.336   7.032\n+12241SOL     OW38294   7.074   7.332   6.559\n+12241SOL    HW138295   7.101   0.064   6.495\n+12241SOL    HW238296   7.152   7.306   6.615\n+12242SOL     OW38297   6.297   6.153   7.291\n+12242SOL    HW138298   6.340   6.230   7.339\n+12242SOL    HW238299   6.350   6.070   7.309\n+12243SOL     OW38300   5.975   7.307   7.149\n+12243SOL    HW138301   5.904   0.039   7.142\n+12243SOL    HW238302   5.938   7.228   7.199\n+12244SOL     OW38303   7.272   6.459   6.820\n+12244SOL    HW138304   7.260   6.373   6.771\n+12244SOL    HW238305   7.241   6.535   6.762\n+12245SOL     OW38306   6.830   5.912   6.034\n+12245SOL    HW138307   6.887   5.829   6.032\n+12245SOL    HW238308   6.847   5.961   6.119\n+12246SOL     OW38309   6.173   6.323   6.254\n+12246SOL    HW138310   6.215   6.413   6.242\n+12246SOL    HW238311   6.103   6.310   6.184\n+12247SOL     OW38312   7.302   6.503   7.086\n+12247SOL    HW138313   7.339   6.594   7.103\n+12247SOL    HW238314   7.302   6.484   6.988\n+12248SOL     OW38315   6.439   6.955   5.624\n+12248SOL    HW138316   6.408   6.972   5.718\n+12248SOL    HW238317   6.471   7.040   5.583\n+12249SOL     OW38318   6.454   6.556   6.442\n+12249SOL    HW138319   6.506   6.478   6.478\n+12249SOL    HW238320   6.413   6.607   6.517\n+12250SOL     OW38321   6.663   6.579   5.671\n+12250SOL    HW138322   6.637   6.629   5.588\n+12250SOL    HW238323   6.741   6.519   5.650\n+12251SOL     OW38324   0.053   7.124   6.435\n+12251SOL    HW138325   7.317   7.105   6.372\n+12251SOL    HW238326   0.079   7.039   6.481\n+12252SOL     OW38327   5.680   6.816   6.247\n+12252SOL    HW138328   5.679   6.773   6.337\n+12252SOL    HW238329   5.745   6.769   6.187\n+12253SOL     OW38330   6.263   6.982   7.212\n+12253SOL    HW138331   6.190   6.923   7.247\n+12253SOL    HW238332   6.257   7.072   7.255\n+12254SOL     OW38333   7.331   5.751   6.842\n+12254SOL    HW138334   0.046   5.667   6.850\n+12254SOL    HW238335   0.006   5.793   6.752\n+12255SOL     OW38336   6.014   6.018   6.110\n+12255SOL    HW138337   6.052   5.951   6.047\n+12255SOL    HW238338   5.965   5.971   6.184\n+12256SOL     OW38339   5.916   6.142   6.875\n+12256SOL    HW138340   5.974   6.086   6.934\n+12256SOL    HW238341   5.932   6.117   6.779\n+12257SOL     OW38342   6.428   7.138   6.264\n+12257SOL    HW138343   6.414   7.218   6.207\n+12257SOL    HW238344   6.342   7.086   6.270\n+12258SOL     OW38345   7.019   5.813   6.706\n+12258SOL    HW138346   7.051   5.727   6.747\n+12258SOL    HW238347   6.963   5.862   6.774\n+12259SOL     OW38348   6.595   5.600   6.726\n+12259SOL    HW138349   6.534   5.541   6.673\n+12259SOL    HW238350   6.686   5.561   6.728\n+12260SOL     OW38351   6.363   6.915   5.901\n+12260SOL    HW138352   6.333   6.821   5.913\n+12260SOL    HW238353   6.444   6.932   5.958\n+12261SOL     OW38354   6.211   7.150   6.873\n+12261SOL    HW138355   6.213   7.218   6.947\n+12261SOL    HW238356   6.302   7.142   6.833\n+12262SOL     OW38357   6.949   5.635   5.749\n+12262SOL    HW138358   6.988   5.565   5.689\n+12262SOL    HW238359   6.855   5.609   5.774\n+12263SOL     OW38360   6.874   6.047   6.269\n+12263SOL    HW138361   6.819   6.131   6.269\n+12263SOL    HW238362   6.871   6.006   6.360\n+12264SOL     OW38363   7.183   5.810   6.483\n+12264SOL    HW138364   7.125   5.800   6.564\n+12264SOL    HW238365   7.144   5.878   6.422\n+12265SOL     OW38366   5.630   6.651   5.892\n+12265SOL    HW138367   5.728   6.649   5.873\n+12265SOL    HW238368   5.599   6.558   5.915\n+12266CL      CL38369   0.201   2.832   1.237\n+12267CL      CL38370   1.614   2.267   3.255\n+12268CL      CL38371   1.597   7.226   3.986\n+12269CL      CL38372   1.368   6.406   5.944\n+12270CL      CL38373   3.098   3.643   6.186\n+12271CL      CL38374   2.871   3.928   1.863\n+12272CL      CL38375   7.226   0.967   0.588\n+12273CL      CL38376   6.448   5.573   6.100\n+   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/em.tpr
b
Binary file test-data/em.tpr has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/em.trr
b
Binary file test-data/em.trr has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/ions.mdp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ions.mdp Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
@@ -0,0 +1,15 @@
+; ions.mdp - used as input into grompp to generate ions.tpr
+; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
+integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
+emtol = 1000.0   ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm
+emstep      = 0.01      ; Energy step size
+nsteps = 50000    ; Maximum number of (minimization) steps to perform
+
+; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
+nstlist     = 1     ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
+cutoff-scheme   = Verlet
+ns_type     = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
+coulombtype     = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions
+rcoulomb     = 1.0 ; Short-range electrostatic cut-off
+rvdw     = 1.0 ; Short-range Van der Waals cut-off
+pbc         = xyz  ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/ions.tpr
b
Binary file test-data/ions.tpr has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/md.mdp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/md.mdp Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
@@ -0,0 +1,46 @@
+title = OPLS Lysozyme MD simulation 
+; Run parameters
+integrator = md ; leap-frog integrator
+nsteps = 500 ; 2 * 500000 = 1000 ps (1 ns)
+dt     = 0.002 ; 2 fs
+; Output control
+nstxout         = 50 ; save coordinates every 10.0 ps
+nstvout         = 50 ; save velocities every 10.0 ps
+nstenergy         = 50 ; save energies every 10.0 ps
+nstlog         = 50 ; update log file every 10.0 ps
+nstxout-compressed  = 50      ; save compressed coordinates every 10.0 ps
+                                ; nstxout-compressed replaces nstxtcout
+compressed-x-grps   = System    ; replaces xtc-grps
+; Bond parameters
+continuation         = yes ; Restarting after NPT 
+constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints 
+constraints             = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
+lincs_iter             = 1     ; accuracy of LINCS
+lincs_order             = 4     ; also related to accuracy
+; Neighborsearching
+cutoff-scheme   = Verlet
+ns_type     = grid ; search neighboring grid cells
+nstlist     = 10     ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
+rcoulomb     = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
+rvdw     = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
+; Electrostatics
+coulombtype     = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
+pme_order     = 4     ; cubic interpolation
+fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT
+; Temperature coupling is on
+tcoupl = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
+tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
+tau_t = 0.1   0.1         ; time constant, in ps
+ref_t = 300    300         ; reference temperature, one for each group, in K
+; Pressure coupling is on
+pcoupl         = Parrinello-Rahman     ; Pressure coupling on in NPT
+pcoupltype         = isotropic             ; uniform scaling of box vectors
+tau_p         = 2.0             ; time constant, in ps
+ref_p         = 1.0             ; reference pressure, in bar
+compressibility     = 4.5e-5             ; isothermal compressibility of water, bar^-1
+; Periodic boundary conditions
+pbc = xyz ; 3-D PBC
+; Dispersion correction
+DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme
+; Velocity generation
+gen_vel = no ; Velocity generation is off 
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/md_0_1.cpt
b
Binary file test-data/md_0_1.cpt has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/md_0_1.edr
b
Binary file test-data/md_0_1.edr has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/md_0_1.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/md_0_1.gro Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,38379 @@\n+LYSOZYME in water\n+38376\n+    1LYS      N    1   4.429   3.394   2.466  0.1526  0.1131 -0.1241\n+    1LYS     H1    2   4.376   3.432   2.544 -0.2928 -0.4706 -0.1363\n+    1LYS     H2    3   4.491   3.470   2.441 -2.6019  2.5173 -0.1367\n+    1LYS     H3    4   4.371   3.381   2.385 -1.9364  0.4538  1.2296\n+    1LYS     CA    5   4.491   3.267   2.504 -0.0957  0.2396  0.7361\n+    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.415  0.1777  1.9459 -0.1414\n+    1LYS     CB    7   4.611   3.287   2.597  0.2331  0.3607  0.2888\n+    1LYS    HB1    8   4.691   3.335   2.540 -0.9588  0.5463 -1.3130\n+    1LYS    HB2    9   4.580   3.352   2.679 -3.1476  1.4459 -1.6371\n+    1LYS     CG   10   4.663   3.155   2.654  0.4507  0.2270 -0.2116\n+    1LYS    HG1   11   4.593   3.106   2.721  1.5678  0.1609  0.9305\n+    1LYS    HG2   12   4.691   3.078   2.582 -1.5498 -0.0941 -0.6984\n+    1LYS     CD   13   4.784   3.172   2.745  0.1335  0.5457  0.1550\n+    1LYS    HD1   14   4.879   3.175   2.692 -0.1725 -0.6211 -0.4947\n+    1LYS    HD2   15   4.778   3.262   2.806  2.1440  0.6466  0.2861\n+    1LYS     CE   16   4.789   3.047   2.833 -0.4807 -0.1214 -0.7457\n+    1LYS    HE1   17   4.719   3.047   2.917  1.7277  0.0045  1.1773\n+    1LYS    HE2   18   4.773   2.952   2.781 -0.8328 -0.4569 -0.0525\n+    1LYS     NZ   19   4.922   3.040   2.895 -0.6050 -0.3999 -0.5081\n+    1LYS    HZ1   20   4.908   2.970   2.967 -0.7211  1.5265  1.4550\n+    1LYS    HZ2   21   4.992   3.015   2.826 -0.9550 -1.2417 -0.5745\n+    1LYS    HZ3   22   4.939   3.130   2.937  1.5134  0.3689 -2.7878\n+    1LYS      C   23   4.379   3.185   2.565  0.3972 -0.1245  1.1651\n+    1LYS      O   24   4.296   3.236   2.641 -0.0875  0.6005  0.1685\n+    2VAL      N   25   4.365   3.059   2.522  0.0372  0.1665  0.4194\n+    2VAL      H   26   4.431   3.029   2.452 -1.4709 -0.4772 -0.7867\n+    2VAL     CA   27   4.289   2.960   2.595 -0.0183  0.0950  0.2651\n+    2VAL     HA   28   4.202   3.005   2.642  0.4748 -0.2845  1.5897\n+    2VAL     CB   29   4.256   2.854   2.490 -0.0649  0.4842 -0.1163\n+    2VAL     HB   30   4.351   2.822   2.447  0.5872  0.5117  1.2457\n+    2VAL    CG1   31   4.189   2.730   2.550  0.8764  0.0520  0.0663\n+    2VAL   HG11   32   4.156   2.661   2.471  0.7753 -2.7919  2.4270\n+    2VAL   HG12   33   4.265   2.675   2.605 -0.1191 -2.3114 -0.7719\n+    2VAL   HG13   34   4.102   2.763   2.607 -0.9784 -2.2582 -1.2109\n+    2VAL    CG2   35   4.170   2.914   2.378 -0.9867 -0.7006 -0.0661\n+    2VAL   HG21   36   4.167   2.847   2.293  2.5161  1.2669 -1.9884\n+    2VAL   HG22   37   4.071   2.900   2.420 -0.3698 -2.1634  1.0137\n+    2VAL   HG23   38   4.203   3.014   2.350 -0.6507 -0.3028  1.5873\n+    2VAL      C   39   4.385   2.906   2.701  0.1971  0.2163  0.1322\n+    2VAL      O   40   4.488   2.851   2.662 -0.0104 -0.1071  0.0391\n+    3PHE      N   41   4.341   2.920   2.826 -0.1972 -0.6715  0.1015\n+    3PHE      H   42   4.247   2.950   2.847 -0.6923 -1.7042 -0.5419\n+    3PHE     CA   43   4.411   2.859   2.938  0.5547 -0.1372 -0.0650\n+    3PHE     HA   44   4.519   2.861   2.932  0.5519  1.4285  0.0009\n+    3PHE     CB   45   4.372   2.945   3.058  0.1080  0.1711 -0.4294\n+    3PHE    HB1   46   4.272   2.990   3.059  0.3226  0.9335 -3.2544\n+    3PHE    HB2   47   4.372   2.886   3.149  0.6316 -0.8363 -1.0714\n+    3PHE     CG   48   4.469   3.058   3.083 -0.1237  0.2152  0.2652\n+    3PHE    CD1   49   4.451   3.178   3.014  0.0343  0.4010  0.5424\n+    3PHE    HD1   50   4.378   3.170   2.934 -0.6395 -1.6141  1.3102\n+    3PHE    CD2   51   4.576   3.051   3.172  0.0952 -0.2342 -0.0342\n+    3PHE    HD2   52   4.596   2.956   3.221  1.5937  0.9985  1.9196\n+    3PHE    CE1   53   4.529   3.294   3.030 -0.0422  0.5099  0.1465\n+    3PHE    HE1   54   4.516   3.384   2.972 -0.9626  0.9204  0.9658\n+    3PHE    CE2   55   4.661   3.160   3.191 -0.2072 -0.0117  0.0452\n+    3PHE    HE2   56   4.752   3.148   3.249 -0.2102  0.2193  0.1015\n+    3PHE     CZ   57   4.635   3'..b' 6.594   6.659   6.434 -1.7738  0.8002 -0.6626\n+12250SOL     OW38321   6.642   6.652   5.572  0.4397 -0.2823 -0.0651\n+12250SOL    HW138322   6.603   6.711   5.501  1.1166 -0.5859 -0.6987\n+12250SOL    HW238323   6.703   6.585   5.530 -1.0446 -2.0899  0.5227\n+12251SOL     OW38324   0.221   6.994   6.284 -0.4406 -0.5142  0.0142\n+12251SOL    HW138325   0.151   7.017   6.216  0.0347 -1.8597 -0.9744\n+12251SOL    HW238326   0.187   6.921   6.343  0.0880 -1.1555 -0.4555\n+12252SOL     OW38327   5.886   6.811   6.234  0.2079  0.1277 -0.3123\n+12252SOL    HW138328   5.881   6.716   6.265 -1.9732  0.6910  1.2822\n+12252SOL    HW238329   5.922   6.814   6.141 -0.7392 -2.3563 -0.8212\n+12253SOL     OW38330   6.262   6.835   7.257 -0.7366 -0.1839 -0.2195\n+12253SOL    HW138331   6.251   6.814   7.159  0.6595 -2.7792  0.0700\n+12253SOL    HW238332   6.175   6.819   7.304 -0.6013 -2.3341 -0.5780\n+12254SOL     OW38333   0.052   5.676   6.899 -0.2260  0.0341  0.1024\n+12254SOL    HW138334   0.052   5.713   6.806 -2.3340  0.0028  0.0399\n+12254SOL    HW238335   0.036   5.751   6.964  1.0357  0.0238  0.4353\n+12255SOL     OW38336   6.051   6.012   5.958 -0.4443  0.2711 -0.4477\n+12255SOL    HW138337   6.125   5.979   5.899 -1.0716  0.5615 -1.4256\n+12255SOL    HW238338   5.991   5.936   5.983 -0.2131  0.1575 -0.2383\n+12256SOL     OW38339   5.851   5.838   6.609  0.1954  0.2156 -0.9382\n+12256SOL    HW138340   5.865   5.740   6.595  0.6087  0.0502  0.5145\n+12256SOL    HW238341   5.858   5.886   6.521  1.3747 -0.8889 -1.4707\n+12257SOL     OW38342   6.467   7.043   6.301 -0.2687 -0.6857 -0.5813\n+12257SOL    HW138343   6.397   7.030   6.231  0.6708 -0.9461 -1.5048\n+12257SOL    HW238344   6.450   7.128   6.350 -2.2947 -1.6332  0.5110\n+12258SOL     OW38345   6.976   5.820   6.612 -0.7520  0.3184 -0.7995\n+12258SOL    HW138346   6.963   5.721   6.599  1.9691 -0.5237  1.7711\n+12258SOL    HW238347   6.920   5.850   6.690  0.4183  0.1840  0.1104\n+12259SOL     OW38348   6.553   5.474   6.545 -0.2222 -0.3970 -0.0364\n+12259SOL    HW138349   6.539   5.397   6.483 -0.7633  0.4178 -0.9572\n+12259SOL    HW238350   6.648   5.505   6.540 -0.3141 -0.2050 -0.6211\n+12260SOL     OW38351   6.464   6.778   6.019 -0.0898 -0.3518  0.6137\n+12260SOL    HW138352   6.429   6.686   6.036  0.1391 -0.2165  1.9489\n+12260SOL    HW238353   6.554   6.788   6.061  0.4160  0.1264 -0.5369\n+12261SOL     OW38354   6.399   7.017   6.835  0.6341 -0.6348 -0.3472\n+12261SOL    HW138355   6.454   7.096   6.863  1.0454 -0.9700 -0.2133\n+12261SOL    HW238356   6.455   6.955   6.781 -0.0284 -0.1959 -1.5896\n+12262SOL     OW38357   6.886   5.508   5.832  0.1477  0.0482  0.1559\n+12262SOL    HW138358   6.822   5.462   5.771 -0.1354  0.2510  0.2941\n+12262SOL    HW238359   6.846   5.595   5.862  0.6586  0.3648 -0.0757\n+12263SOL     OW38360   6.788   6.057   6.168 -0.0705 -0.0553  0.3629\n+12263SOL    HW138361   6.693   6.087   6.161 -0.2509 -0.9176 -1.8446\n+12263SOL    HW238362   6.800   6.006   6.253 -1.9423 -1.0046  0.1344\n+12264SOL     OW38363   0.010   5.782   6.606 -0.6259  0.0406  0.8064\n+12264SOL    HW138364  -0.089   5.789   6.606 -0.5727  1.4993 -0.1644\n+12264SOL    HW238365   0.042   5.759   6.514 -0.1044 -2.0421  1.4433\n+12265SOL     OW38366   5.692   6.488   5.788 -0.4835  0.1716 -0.0895\n+12265SOL    HW138367   5.775   6.538   5.763  0.6221 -0.7630  1.4883\n+12265SOL    HW238368   5.718   6.397   5.823 -2.0523  0.3377  1.6556\n+12266CL      CL38369   7.169   2.874   1.288 -0.1056 -0.3447  0.1476\n+12267CL      CL38370   1.429   2.334   3.162 -0.4813  0.1653  0.1369\n+12268CL      CL38371   1.434   7.136   4.257 -0.0126 -0.1902  0.3382\n+12269CL      CL38372   1.569   6.306   5.602  0.1944 -0.0930  0.0882\n+12270CL      CL38373   3.048   3.765   6.004 -0.3404 -0.2297 -0.0028\n+12271CL      CL38374   2.706   4.216   1.747 -0.1708  0.1789 -0.2380\n+12272CL      CL38375   7.198   1.029   0.746 -0.3576 -0.3053  0.1702\n+12273CL      CL38376   6.124   5.720   5.642  0.0626 -0.0337 -0.0040\n+   7.26500   7.26500   7.26500\n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/md_0_1.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/md_0_1.pdb Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,38382 @@\n+TITLE     LYSOZYME in water\n+REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX\n+CRYST1   72.650   72.650   72.650  90.00  90.00  90.00 P 1           1\n+MODEL        1\n+ATOM      1  N   LYS     1      44.290  33.940  24.660  1.00  0.00            \n+ATOM      2  H1  LYS     1      43.760  34.320  25.440  1.00  0.00            \n+ATOM      3  H2  LYS     1      44.910  34.700  24.410  1.00  0.00            \n+ATOM      4  H3  LYS     1      43.710  33.810  23.850  1.00  0.00            \n+ATOM      5  CA  LYS     1      44.910  32.670  25.040  1.00  0.00            \n+ATOM      6  HA  LYS     1      45.310  32.170  24.150  1.00  0.00            \n+ATOM      7  CB  LYS     1      46.110  32.870  25.970  1.00  0.00            \n+ATOM      8  HB1 LYS     1      46.910  33.350  25.400  1.00  0.00            \n+ATOM      9  HB2 LYS     1      45.800  33.520  26.790  1.00  0.00            \n+ATOM     10  CG  LYS     1      46.630  31.550  26.540  1.00  0.00            \n+ATOM     11  HG1 LYS     1      45.930  31.060  27.210  1.00  0.00            \n+ATOM     12  HG2 LYS     1      46.910  30.780  25.820  1.00  0.00            \n+ATOM     13  CD  LYS     1      47.840  31.720  27.450  1.00  0.00            \n+ATOM     14  HD1 LYS     1      48.790  31.750  26.920  1.00  0.00            \n+ATOM     15  HD2 LYS     1      47.780  32.620  28.060  1.00  0.00            \n+ATOM     16  CE  LYS     1      47.890  30.470  28.330  1.00  0.00            \n+ATOM     17  HE1 LYS     1      47.190  30.470  29.170  1.00  0.00            \n+ATOM     18  HE2 LYS     1      47.730  29.520  27.810  1.00  0.00            \n+ATOM     19  NZ  LYS     1      49.220  30.400  28.950  1.00  0.00            \n+ATOM     20  HZ1 LYS     1      49.080  29.700  29.670  1.00  0.00            \n+ATOM     21  HZ2 LYS     1      49.920  30.150  28.260  1.00  0.00            \n+ATOM     22  HZ3 LYS     1      49.390  31.300  29.370  1.00  0.00            \n+ATOM     23  C   LYS     1      43.790  31.850  25.650  1.00  0.00            \n+ATOM     24  O   LYS     1      42.960  32.360  26.410  1.00  0.00            \n+ATOM     25  N   VAL     2      43.650  30.590  25.220  1.00  0.00            \n+ATOM     26  H   VAL     2      44.310  30.290  24.520  1.00  0.00            \n+ATOM     27  CA  VAL     2      42.890  29.600  25.950  1.00  0.00            \n+ATOM     28  HA  VAL     2      42.020  30.050  26.420  1.00  0.00            \n+ATOM     29  CB  VAL     2      42.560  28.540  24.900  1.00  0.00            \n+ATOM     30  HB  VAL     2      43.510  28.220  24.470  1.00  0.00            \n+ATOM     31  CG1 VAL     2      41.890  27.300  25.500  1.00  0.00            \n+ATOM     32 1HG1 VAL     2      41.560  26.610  24.710  1.00  0.00            \n+ATOM     33 2HG1 VAL     2      42.650  26.750  26.050  1.00  0.00            \n+ATOM     34 3HG1 VAL     2      41.020  27.630  26.070  1.00  0.00            \n+ATOM     35  CG2 VAL     2      41.700  29.140  23.780  1.00  0.00            \n+ATOM     36 1HG2 VAL     2      41.670  28.470  22.930  1.00  0.00            \n+ATOM     37 2HG2 VAL     2      40.710  29.000  24.200  1.00  0.00            \n+ATOM     38 3HG2 VAL     2      42.030  30.140  23.500  1.00  0.00            \n+ATOM     39  C   VAL     2      43.850  29.060  27.010  1.00  0.00            \n+ATOM     40  O   VAL     2      44.880  28.510  26.620  1.00  0.00            \n+ATOM     41  N   PHE     3      43.410  29.200  28.260  1.00  0.00            \n+ATOM     42  H   PHE     3      42.470  29.500  28.470  1.00  0.00            \n+ATOM     43  CA  PHE     3      44.110  28.590  29.380  1.00  0.00            \n+ATOM     44  HA  PHE     3      45.190  28.610  29.320  1.00  0.00            \n+ATOM     45  CB  PHE     3      43.720  29.450  30.580  1.00  0.00            \n+ATOM     46  HB1 PHE     3      42.720  29.900  30.590  1.00  0.00            \n+ATOM     47  HB2 PHE     3      43.720  28.860  31.490  1.00  0.00            \n+ATOM     48  CG  PHE     3      44.690  30.580  30.830  1.00  0.0'..b'OW  SOL  2252      58.860  68.110  62.340  1.00  0.00            \n+ATOM  38328  HW1 SOL  2252      58.810  67.160  62.650  1.00  0.00            \n+ATOM  38329  HW2 SOL  2252      59.220  68.140  61.410  1.00  0.00            \n+ATOM  38330  OW  SOL  2253      62.620  68.350  72.570  1.00  0.00            \n+ATOM  38331  HW1 SOL  2253      62.510  68.140  71.590  1.00  0.00            \n+ATOM  38332  HW2 SOL  2253      61.750  68.190  73.040  1.00  0.00            \n+ATOM  38333  OW  SOL  2254       0.520  56.760  68.990  1.00  0.00            \n+ATOM  38334  HW1 SOL  2254       0.520  57.130  68.060  1.00  0.00            \n+ATOM  38335  HW2 SOL  2254       0.360  57.510  69.640  1.00  0.00            \n+ATOM  38336  OW  SOL  2255      60.510  60.120  59.580  1.00  0.00            \n+ATOM  38337  HW1 SOL  2255      61.250  59.790  58.990  1.00  0.00            \n+ATOM  38338  HW2 SOL  2255      59.910  59.360  59.830  1.00  0.00            \n+ATOM  38339  OW  SOL  2256      58.510  58.380  66.090  1.00  0.00            \n+ATOM  38340  HW1 SOL  2256      58.650  57.400  65.950  1.00  0.00            \n+ATOM  38341  HW2 SOL  2256      58.580  58.860  65.210  1.00  0.00            \n+ATOM  38342  OW  SOL  2257      64.670  70.430  63.010  1.00  0.00            \n+ATOM  38343  HW1 SOL  2257      63.970  70.300  62.310  1.00  0.00            \n+ATOM  38344  HW2 SOL  2257      64.500  71.280  63.500  1.00  0.00            \n+ATOM  38345  OW  SOL  2258      69.760  58.200  66.120  1.00  0.00            \n+ATOM  38346  HW1 SOL  2258      69.630  57.210  65.990  1.00  0.00            \n+ATOM  38347  HW2 SOL  2258      69.200  58.500  66.900  1.00  0.00            \n+ATOM  38348  OW  SOL  2259      65.530  54.740  65.450  1.00  0.00            \n+ATOM  38349  HW1 SOL  2259      65.390  53.970  64.830  1.00  0.00            \n+ATOM  38350  HW2 SOL  2259      66.480  55.050  65.400  1.00  0.00            \n+ATOM  38351  OW  SOL  2260      64.640  67.780  60.190  1.00  0.00            \n+ATOM  38352  HW1 SOL  2260      64.290  66.860  60.360  1.00  0.00            \n+ATOM  38353  HW2 SOL  2260      65.540  67.880  60.610  1.00  0.00            \n+ATOM  38354  OW  SOL  2261      63.990  70.170  68.350  1.00  0.00            \n+ATOM  38355  HW1 SOL  2261      64.540  70.960  68.630  1.00  0.00            \n+ATOM  38356  HW2 SOL  2261      64.550  69.550  67.810  1.00  0.00            \n+ATOM  38357  OW  SOL  2262      68.860  55.080  58.320  1.00  0.00            \n+ATOM  38358  HW1 SOL  2262      68.220  54.620  57.710  1.00  0.00            \n+ATOM  38359  HW2 SOL  2262      68.460  55.950  58.620  1.00  0.00            \n+ATOM  38360  OW  SOL  2263      67.880  60.570  61.680  1.00  0.00            \n+ATOM  38361  HW1 SOL  2263      66.930  60.870  61.610  1.00  0.00            \n+ATOM  38362  HW2 SOL  2263      68.000  60.060  62.530  1.00  0.00            \n+ATOM  38363  OW  SOL  2264       0.100  57.820  66.060  1.00  0.00            \n+ATOM  38364  HW1 SOL  2264      -0.890  57.890  66.060  1.00  0.00            \n+ATOM  38365  HW2 SOL  2264       0.420  57.590  65.140  1.00  0.00            \n+ATOM  38366  OW  SOL  2265      56.920  64.880  57.880  1.00  0.00            \n+ATOM  38367  HW1 SOL  2265      57.750  65.380  57.630  1.00  0.00            \n+ATOM  38368  HW2 SOL  2265      57.180  63.970  58.230  1.00  0.00            \n+ATOM  38369  CL   CL  2266      71.690  28.740  12.880  1.00  0.00            \n+ATOM  38370  CL   CL  2267      14.290  23.340  31.620  1.00  0.00            \n+ATOM  38371  CL   CL  2268      14.340  71.360  42.570  1.00  0.00            \n+ATOM  38372  CL   CL  2269      15.690  63.060  56.020  1.00  0.00            \n+ATOM  38373  CL   CL  2270      30.480  37.650  60.040  1.00  0.00            \n+ATOM  38374  CL   CL  2271      27.060  42.160  17.470  1.00  0.00            \n+ATOM  38375  CL   CL  2272      71.980  10.290   7.460  1.00  0.00            \n+ATOM  38376  CL   CL  2273      61.240  57.200  56.420  1.00  0.00            \n+TER\n+ENDMDL\n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/md_0_1.tpr
b
Binary file test-data/md_0_1.tpr has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/md_0_1.trr
b
Binary file test-data/md_0_1.trr has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/md_0_1.xtc
b
Binary file test-data/md_0_1.xtc has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/minim.mdp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/minim.mdp Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
@@ -0,0 +1,14 @@
+; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr
+integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
+emtol = 1000.0   ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm
+emstep      = 0.01      ; Energy step size
+nsteps = 50000    ; Maximum number of (minimization) steps to perform
+
+; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
+nstlist     = 1     ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
+cutoff-scheme   = Verlet
+ns_type     = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
+coulombtype     = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions
+rcoulomb     = 1.0 ; Short-range electrostatic cut-off
+rvdw     = 1.0 ; Short-range Van der Waals cut-off
+pbc         = xyz  ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/newbox.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/newbox.gro Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,2197 @@\n+LYSOZYME\n+ 2194\n+    1LYS      N    1   4.434   3.396   2.469\n+    1LYS     H1    2   4.510   3.450   2.431\n+    1LYS     H2    3   4.368   3.376   2.397\n+    1LYS     H3    4   4.390   3.448   2.542\n+    1LYS     CA    5   4.487   3.269   2.524\n+    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.451\n+    1LYS     CB    7   4.585   3.306   2.636\n+    1LYS    HB1    8   4.661   3.357   2.597\n+    1LYS    HB2    9   4.537   3.363   2.703\n+    1LYS     CG   10   4.643   3.187   2.711\n+    1LYS    HG1   11   4.574   3.151   2.773\n+    1LYS    HG2   12   4.668   3.116   2.644\n+    1LYS     CD   13   4.767   3.227   2.790\n+    1LYS    HD1   14   4.843   3.245   2.727\n+    1LYS    HD2   15   4.747   3.309   2.843\n+    1LYS     CE   16   4.804   3.113   2.883\n+    1LYS    HE1   17   4.739   3.108   2.959\n+    1LYS    HE2   18   4.804   3.026   2.834\n+    1LYS     NZ   19   4.940   3.139   2.937\n+    1LYS    HZ1   20   4.967   3.065   2.999\n+    1LYS    HZ2   21   5.006   3.144   2.861\n+    1LYS    HZ3   22   4.940   3.226   2.987\n+    1LYS      C   23   4.372   3.188   2.583\n+    1LYS      O   24   4.293   3.243   2.659\n+    2VAL      N   25   4.372   3.058   2.563\n+    2VAL      H   26   4.434   3.022   2.493\n+    2VAL     CA   27   4.288   2.962   2.634\n+    2VAL     HA   28   4.215   3.014   2.677\n+    2VAL     CB   29   4.212   2.865   2.544\n+    2VAL     HB   30   4.284   2.814   2.497\n+    2VAL    CG1   31   4.123   2.770   2.624\n+    2VAL   HG11   32   4.075   2.709   2.561\n+    2VAL   HG12   33   4.180   2.717   2.686\n+    2VAL   HG13   34   4.056   2.823   2.676\n+    2VAL    CG2   35   4.127   2.933   2.438\n+    2VAL   HG21   36   4.081   2.864   2.383\n+    2VAL   HG22   37   4.060   2.992   2.482\n+    2VAL   HG23   38   4.186   2.989   2.379\n+    2VAL      C   39   4.378   2.893   2.738\n+    2VAL      O   40   4.474   2.823   2.701\n+    3PHE      N   41   4.347   2.917   2.863\n+    3PHE      H   42   4.273   2.981   2.883\n+    3PHE     CA   43   4.417   2.852   2.975\n+    3PHE     HA   44   4.513   2.859   2.950\n+    3PHE     CB   45   4.395   2.925   3.108\n+    3PHE    HB1   46   4.303   2.964   3.109\n+    3PHE    HB2   47   4.404   2.860   3.183\n+    3PHE     CG   48   4.492   3.036   3.129\n+    3PHE    CD1   49   4.465   3.167   3.087\n+    3PHE    HD1   50   4.379   3.187   3.040\n+    3PHE    CD2   51   4.598   3.018   3.220\n+    3PHE    HD2   52   4.611   2.928   3.262\n+    3PHE    CE1   53   4.556   3.270   3.110\n+    3PHE    HE1   54   4.546   3.357   3.063\n+    3PHE    CE2   55   4.685   3.121   3.251\n+    3PHE    HE2   56   4.764   3.104   3.310\n+    3PHE     CZ   57   4.662   3.249   3.200\n+    3PHE     HZ   58   4.720   3.326   3.228\n+    3PHE      C   59   4.372   2.706   2.990\n+    3PHE      O   60   4.250   2.678   2.981\n+    4GLY      N   61   4.470   2.626   3.034\n+    4GLY      H   62   4.565   2.657   3.035\n+    4GLY     CA   63   4.435   2.490   3.080\n+    4GLY    HA1   64   4.360   2.454   3.024\n+    4GLY    HA2   65   4.514   2.430   3.073\n+    4GLY      C   66   4.390   2.504   3.225\n+    4GLY      O   67   4.428   2.602   3.289\n+    5ARG      N   68   4.303   2.416   3.270\n+    5ARG      H   69   4.269   2.346   3.207\n+    5ARG     CA   70   4.254   2.416   3.408\n+    5ARG     HA   71   4.196   2.496   3.415\n+    5ARG     CB   72   4.174   2.288   3.434\n+    5ARG    HB1   73   4.098   2.284   3.370\n+    5ARG    HB2   74   4.234   2.209   3.420\n+    5ARG     CG   75   4.119   2.282   3.575\n+    5ARG    HG1   76   4.195   2.279   3.640\n+    5ARG    HG2   77   4.063   2.363   3.592\n+    5ARG     CD   78   4.036   2.162   3.595\n+    5ARG    HD1   79   4.002   2.161   3.689\n+    5ARG    HD2   80   3.958   2.167   3.532\n+    5ARG     NE   81   4.104   2.037   3.571\n+    5ARG     HE   82   4.100   2.002   3.478\n+    5ARG     CZ   83   4.171   1.963   3.657\n+    5ARG    NH1   84   4.182   1.995   3.786\n+    5ARG   HH11   85   4.137   2.078   3.820\n+    5ARG   HH12   86   4.234   1.937   3.848\n+    5A'..b'43   4.667\n+  179HOH    HW1 2109   3.204   2.743   4.725\n+  179HOH    HW2 2110   3.122   2.825   4.609\n+  180HOH     OW 2111   4.971   2.084   3.696\n+  180HOH    HW1 2112   5.053   2.084   3.754\n+  180HOH    HW2 2113   4.971   2.003   3.638\n+  181HOH     OW 2114   2.148   2.689   4.077\n+  181HOH    HW1 2115   2.066   2.689   4.134\n+  181HOH    HW2 2116   2.148   2.770   4.019\n+  182HOH     OW 2117   2.935   4.024   3.432\n+  182HOH    HW1 2118   2.854   4.024   3.489\n+  182HOH    HW2 2119   2.935   3.942   3.374\n+  183HOH     OW 2120   3.177   2.708   3.000\n+  183HOH    HW1 2121   3.177   2.790   2.942\n+  183HOH    HW2 2122   3.177   2.627   2.942\n+  184HOH     OW 2123   3.212   4.343   5.179\n+  184HOH    HW1 2124   3.293   4.343   5.237\n+  184HOH    HW2 2125   3.130   4.343   5.237\n+  185HOH     OW 2126   3.165   5.031   4.492\n+  185HOH    HW1 2127   3.247   5.031   4.549\n+  185HOH    HW2 2128   3.165   5.113   4.434\n+  186HOH     OW 2129   4.295   4.473   4.351\n+  186HOH    HW1 2130   4.376   4.473   4.408\n+  186HOH    HW2 2131   4.295   4.392   4.293\n+  187HOH     OW 2132   2.855   3.704   3.525\n+  187HOH    HW1 2133   2.774   3.704   3.583\n+  187HOH    HW2 2134   2.855   3.786   3.467\n+  188HOH     OW 2135   2.377   2.729   4.393\n+  188HOH    HW1 2136   2.295   2.729   4.451\n+  188HOH    HW2 2137   2.377   2.648   4.335\n+  189HOH     OW 2138   2.809   3.964   2.202\n+  189HOH    HW1 2139   2.809   4.046   2.145\n+  189HOH    HW2 2140   2.809   3.883   2.145\n+  190HOH     OW 2141   2.628   5.068   2.422\n+  190HOH    HW1 2142   2.710   5.068   2.479\n+  190HOH    HW2 2143   2.547   5.068   2.479\n+  191HOH     OW 2144   2.518   2.612   4.225\n+  191HOH    HW1 2145   2.599   2.612   4.282\n+  191HOH    HW2 2146   2.518   2.694   4.167\n+  192HOH     OW 2147   2.633   5.797   2.959\n+  192HOH    HW1 2148   2.714   5.797   3.017\n+  192HOH    HW2 2149   2.633   5.715   2.901\n+  193HOH     OW 2150   2.397   4.292   3.243\n+  193HOH    HW1 2151   2.316   4.292   3.301\n+  193HOH    HW2 2152   2.397   4.374   3.185\n+  194HOH     OW 2153   3.718   5.639   3.352\n+  194HOH    HW1 2154   3.636   5.639   3.410\n+  194HOH    HW2 2155   3.718   5.558   3.294\n+  195HOH     OW 2156   3.846   2.548   2.756\n+  195HOH    HW1 2157   3.846   2.630   2.699\n+  195HOH    HW2 2158   3.846   2.467   2.699\n+  196HOH     OW 2159   3.259   5.643   3.928\n+  196HOH    HW1 2160   3.341   5.643   3.986\n+  196HOH    HW2 2161   3.178   5.643   3.986\n+  197HOH     OW 2162   4.955   3.380   3.031\n+  197HOH    HW1 2163   5.037   3.380   3.089\n+  197HOH    HW2 2164   4.955   3.462   2.973\n+  198HOH     OW 2165   2.145   4.348   3.044\n+  198HOH    HW1 2166   2.227   4.348   3.102\n+  198HOH    HW2 2167   2.145   4.266   2.987\n+  199HOH     OW 2168   2.566   2.521   3.084\n+  199HOH    HW1 2169   2.485   2.521   3.142\n+  199HOH    HW2 2170   2.566   2.603   3.026\n+  200HOH     OW 2171   3.651   4.968   2.381\n+  200HOH    HW1 2172   3.570   4.968   2.439\n+  200HOH    HW2 2173   3.651   4.886   2.323\n+  201HOH     OW 2174   3.487   4.759   4.823\n+  201HOH    HW1 2175   3.487   4.841   4.766\n+  201HOH    HW2 2176   3.487   4.678   4.766\n+  202HOH     OW 2177   3.377   3.680   5.273\n+  202HOH    HW1 2178   3.459   3.680   5.331\n+  202HOH    HW2 2179   3.295   3.680   5.331\n+  203HOH     OW 2180   2.156   3.283   4.168\n+  203HOH    HW1 2181   2.238   3.283   4.225\n+  203HOH    HW2 2182   2.156   3.365   4.110\n+  204HOH     OW 2183   2.867   3.537   3.182\n+  204HOH    HW1 2184   2.948   3.537   3.240\n+  204HOH    HW2 2185   2.867   3.455   3.124\n+  205HOH     OW 2186   3.608   4.758   2.431\n+  205HOH    HW1 2187   3.526   4.758   2.489\n+  205HOH    HW2 2188   3.608   4.839   2.373\n+  206HOH     OW 2189   4.624   2.125   4.667\n+  206HOH    HW1 2190   4.542   2.125   4.725\n+  206HOH    HW2 2191   4.624   2.044   4.609\n+  207HOH     OW 2192   5.274   3.546   4.471\n+  207HOH    HW1 2193   5.274   3.628   4.413\n+  207HOH    HW2 2194   5.274   3.465   4.413\n+   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/npt.cpt
b
Binary file test-data/npt.cpt has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/npt.edr
b
Binary file test-data/npt.edr has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/npt.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/npt.gro Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,38379 @@\n+LYSOZYME in water\n+38376\n+    1LYS      N    1   4.408   3.350   2.380  0.2673 -0.2389 -0.2411\n+    1LYS     H1    2   4.357   3.419   2.434 -2.0147 -3.2163  1.6987\n+    1LYS     H2    3   4.495   3.391   2.348  1.8056  0.2972  3.9647\n+    1LYS     H3    4   4.344   3.328   2.306  0.1919  1.7185 -0.8172\n+    1LYS     CA    5   4.451   3.234   2.460 -0.1814 -0.2864 -0.0670\n+    1LYS     HA    6   4.495   3.159   2.394 -0.9330 -0.3806 -0.4691\n+    1LYS     CB    7   4.551   3.281   2.565  0.1538 -0.6499 -0.2213\n+    1LYS    HB1    8   4.640   3.316   2.511  1.2282 -2.7628  0.0889\n+    1LYS    HB2    9   4.520   3.359   2.635 -0.3923 -1.0803  0.0156\n+    1LYS     CG   10   4.604   3.165   2.650 -0.5902 -0.7915  0.0569\n+    1LYS    HG1   11   4.520   3.134   2.712  0.0041 -0.3176  1.1209\n+    1LYS    HG2   12   4.625   3.080   2.585 -3.7650 -2.9660  1.6442\n+    1LYS     CD   13   4.734   3.179   2.730 -0.3604  0.0504 -0.4451\n+    1LYS    HD1   14   4.812   3.206   2.659 -1.4519  0.7539 -1.4277\n+    1LYS    HD2   15   4.724   3.268   2.791 -1.4094 -0.0837 -0.3945\n+    1LYS     CE   16   4.765   3.053   2.810 -0.0162  0.2836 -0.2114\n+    1LYS    HE1   17   4.694   3.036   2.892  0.2672  1.6909  0.3608\n+    1LYS    HE2   18   4.766   2.970   2.740  0.7349 -0.9581  1.2064\n+    1LYS     NZ   19   4.895   3.062   2.879  0.0455 -0.1023 -0.2723\n+    1LYS    HZ1   20   4.894   2.991   2.951  1.0000  0.2530  0.1086\n+    1LYS    HZ2   21   4.975   3.032   2.826  0.6308 -0.7796  0.9448\n+    1LYS    HZ3   22   4.913   3.152   2.922  0.7111  0.5100 -1.7730\n+    1LYS      C   23   4.325   3.170   2.517 -0.5645 -0.0792 -0.6703\n+    1LYS      O   24   4.226   3.236   2.549 -0.0598 -0.1994  1.2613\n+    2VAL      N   25   4.331   3.038   2.535  0.0240 -0.0274 -0.4489\n+    2VAL      H   26   4.420   2.998   2.510 -0.8414 -1.3266 -1.6119\n+    2VAL     CA   27   4.240   2.953   2.609  0.2149  0.2665  0.1264\n+    2VAL     HA   28   4.160   3.010   2.657 -0.6507 -1.0888  0.3432\n+    2VAL     CB   29   4.181   2.848   2.515 -0.2871  0.3076  0.3915\n+    2VAL     HB   30   4.253   2.767   2.498 -0.4883 -0.0324  1.1057\n+    2VAL    CG1   31   4.065   2.780   2.588 -0.2564  0.4922  0.6151\n+    2VAL   HG11   32   4.037   2.684   2.543  2.0462  0.4271 -0.8292\n+    2VAL   HG12   33   4.085   2.758   2.693 -0.9377 -0.1345  0.6214\n+    2VAL   HG13   34   3.985   2.853   2.581  2.6126  3.9598  1.0909\n+    2VAL    CG2   35   4.142   2.901   2.377 -1.3893 -0.3679  0.4355\n+    2VAL   HG21   36   4.077   2.844   2.311 -0.0228  1.5345 -2.7632\n+    2VAL   HG22   37   4.091   2.996   2.396 -1.1628 -0.2118  0.2568\n+    2VAL   HG23   38   4.237   2.911   2.325 -2.5287  0.3993 -1.6123\n+    2VAL      C   39   4.337   2.883   2.702 -0.0739  0.1915  0.3728\n+    2VAL      O   40   4.423   2.805   2.660  0.0168  0.5114 -0.0361\n+    3PHE      N   41   4.324   2.898   2.834  0.4011  0.3011  0.4101\n+    3PHE      H   42   4.247   2.956   2.866 -0.4593 -1.0557  0.8615\n+    3PHE     CA   43   4.407   2.826   2.928  0.1485 -0.1812  0.2640\n+    3PHE     HA   44   4.513   2.821   2.903  0.5097  1.3630  1.3490\n+    3PHE     CB   45   4.397   2.899   3.061 -0.4077  0.1099  0.0651\n+    3PHE    HB1   46   4.294   2.926   3.082 -0.0300  0.5989  1.4607\n+    3PHE    HB2   47   4.404   2.836   3.150 -3.4703  0.1153  0.4218\n+    3PHE     CG   48   4.497   3.011   3.081  0.4838 -0.6720  0.0844\n+    3PHE    CD1   49   4.463   3.134   3.023 -0.0940 -0.5337  0.6872\n+    3PHE    HD1   50   4.374   3.148   2.963  1.6637  1.6586 -1.6592\n+    3PHE    CD2   51   4.616   2.997   3.153  0.3845 -0.0950  0.3680\n+    3PHE    HD2   52   4.640   2.901   3.195  1.4596  0.5525  1.3091\n+    3PHE    CE1   53   4.552   3.242   3.036 -0.0893 -0.4264 -0.1459\n+    3PHE    HE1   54   4.529   3.337   2.991  2.1152  0.4609  0.4758\n+    3PHE    CE2   55   4.706   3.103   3.170  0.5168 -0.1509  0.0046\n+    3PHE    HE2   56   4.794   3.086   3.231  1.5562  0.8793 -1.1371\n+    3PHE     CZ   57   4.667   3'..b' 6.534   6.752   6.417  1.7065  1.2735  0.6150\n+12250SOL     OW38321   6.610   6.507   5.569 -0.2728 -0.1084 -0.1351\n+12250SOL    HW138322   6.517   6.517   5.533 -1.0857 -1.3245  1.5147\n+12250SOL    HW238323   6.675   6.508   5.493 -1.7304 -0.4547 -1.4407\n+12251SOL     OW38324   0.186   7.031   6.218 -0.6592  0.1133 -0.0367\n+12251SOL    HW138325   0.161   7.110   6.163  1.0967  0.9411  0.2712\n+12251SOL    HW238326   0.157   7.045   6.313  1.7475  1.6096  0.5887\n+12252SOL     OW38327   5.889   6.874   6.297  0.4970  0.3503  0.6455\n+12252SOL    HW138328   5.911   6.789   6.345  1.2298  0.6690  0.9050\n+12252SOL    HW238329   5.872   6.855   6.201 -2.5854 -0.5329  1.2610\n+12253SOL     OW38330   6.263   6.948   7.183  0.3513  0.0813  0.2792\n+12253SOL    HW138331   6.268   6.958   7.084 -0.7020 -1.8778 -0.0173\n+12253SOL    HW238332   6.174   6.981   7.216  0.6997  0.7326  0.5799\n+12254SOL     OW38333   0.087   5.675   6.743  0.5294 -0.6303  0.5136\n+12254SOL    HW138334   0.086   5.662   6.644  1.7224 -2.0435  0.6554\n+12254SOL    HW238335   0.142   5.756   6.765 -2.1682  1.5070 -0.0784\n+12255SOL     OW38336   5.982   5.966   5.990  0.6792  0.8327 -0.0442\n+12255SOL    HW138337   6.064   5.944   5.936 -0.0320 -0.3348 -0.6870\n+12255SOL    HW238338   5.950   5.883   6.037  0.8030  1.6439  1.5495\n+12256SOL     OW38339   5.920   5.931   6.681  0.3649 -0.8352 -0.8726\n+12256SOL    HW138340   5.861   5.859   6.646 -1.6541  0.4543 -0.2571\n+12256SOL    HW238341   5.912   6.012   6.624  1.5926 -0.6285 -0.7828\n+12257SOL     OW38342   6.474   7.176   6.127  0.3088 -0.0462  0.4559\n+12257SOL    HW138343   6.422   7.188   6.042  0.3146 -2.2977  0.0860\n+12257SOL    HW238344   6.416   7.133   6.196  0.9544 -0.2926  0.8559\n+12258SOL     OW38345   7.041   5.832   6.601 -0.2064  0.5007  1.0587\n+12258SOL    HW138346   7.031   5.744   6.647  4.5585 -0.4130  0.8280\n+12258SOL    HW238347   7.044   5.905   6.670 -1.8123  0.2866  1.4081\n+12259SOL     OW38348   6.801   5.545   6.492 -0.7350 -0.1021  0.1004\n+12259SOL    HW138349   6.774   5.449   6.480 -4.3535  0.7938 -0.0622\n+12259SOL    HW238350   6.869   5.551   6.565  1.2416 -2.9467 -1.3287\n+12260SOL     OW38351   6.427   6.776   5.886  0.3472 -0.0778  0.3187\n+12260SOL    HW138352   6.408   6.684   5.919  2.9787 -1.4486 -1.5641\n+12260SOL    HW238353   6.526   6.792   5.886  0.0183  2.4123 -0.3067\n+12261SOL     OW38354   6.486   7.169   6.761  0.5917  0.1406 -0.1300\n+12261SOL    HW138355   6.538   7.230   6.821  0.2500 -1.6364  2.1028\n+12261SOL    HW238356   6.549   7.107   6.714  0.7375  0.3900 -0.2676\n+12262SOL     OW38357   6.897   5.563   5.966  0.0143  0.2020 -0.8573\n+12262SOL    HW138358   6.857   5.545   5.876 -2.3214  0.4239  0.0732\n+12262SOL    HW238359   6.861   5.648   6.002 -1.7036 -1.4650  1.6365\n+12263SOL     OW38360   6.734   6.086   6.239 -0.3380 -0.2278  0.4357\n+12263SOL    HW138361   6.637   6.061   6.233 -0.7993  1.2854  1.0226\n+12263SOL    HW238362   6.765   6.076   6.334  0.2472 -1.2083  0.1568\n+12264SOL     OW38363   7.257   5.723   6.475 -0.4119 -0.1596  0.0997\n+12264SOL    HW138364   7.200   5.784   6.531  0.9150  1.0201  0.2114\n+12264SOL    HW238365   7.218   5.717   6.383 -1.5977 -0.6640  0.6141\n+12265SOL     OW38366   5.636   6.430   5.796  0.8169 -0.0958 -0.1490\n+12265SOL    HW138367   5.705   6.496   5.822  0.9752 -0.6747  0.9604\n+12265SOL    HW238368   5.617   6.369   5.873 -0.0086 -0.7444 -0.8397\n+12266CL      CL38369   0.046   2.908   1.329 -0.2298 -0.3149 -0.1369\n+12267CL      CL38370   1.513   2.405   3.178 -0.3140 -0.0194 -0.3672\n+12268CL      CL38371   1.503   7.246   4.172 -0.2315  0.0180  0.2176\n+12269CL      CL38372   1.523   6.364   5.741 -0.0948 -0.2998  0.2157\n+12270CL      CL38373   3.021   3.714   6.119  0.0026 -0.4095 -0.0198\n+12271CL      CL38374   2.756   4.105   1.673 -0.1828  0.2375 -0.1030\n+12272CL      CL38375   0.038   1.035   0.677 -0.1162 -0.0511 -0.4826\n+12273CL      CL38376   6.261   5.675   5.710 -0.4433 -0.0837 -0.0991\n+   7.25935   7.25935   7.25935\n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/npt.mdp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/npt.mdp Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
@@ -0,0 +1,46 @@
+title = OPLS Lysozyme NPT equilibration 
+define = -DPOSRES ; position restrain the protein
+; Run parameters
+integrator = md ; leap-frog integrator
+nsteps = 500 ; 2 * 50000 = 100 ps
+dt     = 0.002 ; 2 fs
+; Output control
+nstxout = 50 ; save coordinates every 1.0 ps
+nstvout = 50 ; save velocities every 1.0 ps
+nstenergy = 50 ; save energies every 1.0 ps
+nstlog = 50 ; update log file every 1.0 ps
+nstxout-compressed  = 50      ; save compressed coordinates every 10.0 ps
+; Bond parameters
+continuation         = yes ; Restarting after NVT 
+constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints 
+constraints             = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
+lincs_iter             = 1     ; accuracy of LINCS
+lincs_order             = 4     ; also related to accuracy
+; Neighborsearching
+cutoff-scheme   = Verlet
+ns_type     = grid ; search neighboring grid cells
+nstlist     = 10     ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
+rcoulomb     = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
+rvdw     = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
+; Electrostatics
+coulombtype     = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
+pme_order     = 4     ; cubic interpolation
+fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT
+; Temperature coupling is on
+tcoupl = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
+tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
+tau_t = 0.1   0.1         ; time constant, in ps
+ref_t = 300    300         ; reference temperature, one for each group, in K
+; Pressure coupling is on
+pcoupl         = Parrinello-Rahman     ; Pressure coupling on in NPT
+pcoupltype         = isotropic             ; uniform scaling of box vectors
+tau_p         = 2.0             ; time constant, in ps
+ref_p         = 1.0             ; reference pressure, in bar
+compressibility     = 4.5e-5             ; isothermal compressibility of water, bar^-1
+refcoord_scaling    = com
+; Periodic boundary conditions
+pbc = xyz ; 3-D PBC
+; Dispersion correction
+DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme
+; Velocity generation
+gen_vel = no ; Velocity generation is off 
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/npt.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/npt.pdb Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,38382 @@\n+TITLE     LYSOZYME in water\n+REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX\n+CRYST1   72.593   72.593   72.593  90.00  90.00  90.00 P 1           1\n+MODEL        1\n+ATOM      1  N   LYS     1      44.080  33.500  23.800  1.00  0.00            \n+ATOM      2  H1  LYS     1      43.570  34.190  24.340  1.00  0.00            \n+ATOM      3  H2  LYS     1      44.950  33.910  23.480  1.00  0.00            \n+ATOM      4  H3  LYS     1      43.440  33.280  23.060  1.00  0.00            \n+ATOM      5  CA  LYS     1      44.510  32.340  24.600  1.00  0.00            \n+ATOM      6  HA  LYS     1      44.950  31.590  23.940  1.00  0.00            \n+ATOM      7  CB  LYS     1      45.510  32.810  25.650  1.00  0.00            \n+ATOM      8  HB1 LYS     1      46.400  33.160  25.110  1.00  0.00            \n+ATOM      9  HB2 LYS     1      45.200  33.590  26.350  1.00  0.00            \n+ATOM     10  CG  LYS     1      46.040  31.650  26.500  1.00  0.00            \n+ATOM     11  HG1 LYS     1      45.200  31.340  27.120  1.00  0.00            \n+ATOM     12  HG2 LYS     1      46.250  30.800  25.850  1.00  0.00            \n+ATOM     13  CD  LYS     1      47.340  31.790  27.300  1.00  0.00            \n+ATOM     14  HD1 LYS     1      48.120  32.060  26.590  1.00  0.00            \n+ATOM     15  HD2 LYS     1      47.240  32.680  27.910  1.00  0.00            \n+ATOM     16  CE  LYS     1      47.650  30.530  28.100  1.00  0.00            \n+ATOM     17  HE1 LYS     1      46.940  30.360  28.920  1.00  0.00            \n+ATOM     18  HE2 LYS     1      47.660  29.700  27.400  1.00  0.00            \n+ATOM     19  NZ  LYS     1      48.950  30.620  28.790  1.00  0.00            \n+ATOM     20  HZ1 LYS     1      48.940  29.910  29.510  1.00  0.00            \n+ATOM     21  HZ2 LYS     1      49.750  30.320  28.260  1.00  0.00            \n+ATOM     22  HZ3 LYS     1      49.130  31.520  29.220  1.00  0.00            \n+ATOM     23  C   LYS     1      43.250  31.700  25.170  1.00  0.00            \n+ATOM     24  O   LYS     1      42.260  32.360  25.490  1.00  0.00            \n+ATOM     25  N   VAL     2      43.310  30.380  25.350  1.00  0.00            \n+ATOM     26  H   VAL     2      44.200  29.980  25.100  1.00  0.00            \n+ATOM     27  CA  VAL     2      42.400  29.530  26.090  1.00  0.00            \n+ATOM     28  HA  VAL     2      41.600  30.100  26.570  1.00  0.00            \n+ATOM     29  CB  VAL     2      41.810  28.480  25.150  1.00  0.00            \n+ATOM     30  HB  VAL     2      42.530  27.670  24.980  1.00  0.00            \n+ATOM     31  CG1 VAL     2      40.650  27.800  25.880  1.00  0.00            \n+ATOM     32 1HG1 VAL     2      40.370  26.840  25.430  1.00  0.00            \n+ATOM     33 2HG1 VAL     2      40.850  27.580  26.930  1.00  0.00            \n+ATOM     34 3HG1 VAL     2      39.850  28.530  25.810  1.00  0.00            \n+ATOM     35  CG2 VAL     2      41.420  29.010  23.770  1.00  0.00            \n+ATOM     36 1HG2 VAL     2      40.770  28.440  23.110  1.00  0.00            \n+ATOM     37 2HG2 VAL     2      40.910  29.960  23.960  1.00  0.00            \n+ATOM     38 3HG2 VAL     2      42.370  29.110  23.250  1.00  0.00            \n+ATOM     39  C   VAL     2      43.370  28.830  27.020  1.00  0.00            \n+ATOM     40  O   VAL     2      44.230  28.050  26.600  1.00  0.00            \n+ATOM     41  N   PHE     3      43.240  28.980  28.340  1.00  0.00            \n+ATOM     42  H   PHE     3      42.470  29.560  28.660  1.00  0.00            \n+ATOM     43  CA  PHE     3      44.070  28.260  29.280  1.00  0.00            \n+ATOM     44  HA  PHE     3      45.130  28.210  29.030  1.00  0.00            \n+ATOM     45  CB  PHE     3      43.970  28.990  30.610  1.00  0.00            \n+ATOM     46  HB1 PHE     3      42.940  29.260  30.820  1.00  0.00            \n+ATOM     47  HB2 PHE     3      44.040  28.360  31.500  1.00  0.00            \n+ATOM     48  CG  PHE     3      44.970  30.110  30.810  1.00  0.0'..b'OW  SOL  2252      58.890  68.740  62.970  1.00  0.00            \n+ATOM  38328  HW1 SOL  2252      59.110  67.890  63.450  1.00  0.00            \n+ATOM  38329  HW2 SOL  2252      58.720  68.550  62.010  1.00  0.00            \n+ATOM  38330  OW  SOL  2253      62.630  69.480  71.830  1.00  0.00            \n+ATOM  38331  HW1 SOL  2253      62.680  69.580  70.840  1.00  0.00            \n+ATOM  38332  HW2 SOL  2253      61.740  69.810  72.160  1.00  0.00            \n+ATOM  38333  OW  SOL  2254       0.870  56.750  67.430  1.00  0.00            \n+ATOM  38334  HW1 SOL  2254       0.860  56.620  66.440  1.00  0.00            \n+ATOM  38335  HW2 SOL  2254       1.420  57.560  67.650  1.00  0.00            \n+ATOM  38336  OW  SOL  2255      59.820  59.660  59.900  1.00  0.00            \n+ATOM  38337  HW1 SOL  2255      60.640  59.440  59.360  1.00  0.00            \n+ATOM  38338  HW2 SOL  2255      59.500  58.830  60.370  1.00  0.00            \n+ATOM  38339  OW  SOL  2256      59.200  59.310  66.810  1.00  0.00            \n+ATOM  38340  HW1 SOL  2256      58.610  58.590  66.460  1.00  0.00            \n+ATOM  38341  HW2 SOL  2256      59.120  60.120  66.240  1.00  0.00            \n+ATOM  38342  OW  SOL  2257      64.740  71.760  61.270  1.00  0.00            \n+ATOM  38343  HW1 SOL  2257      64.220  71.880  60.420  1.00  0.00            \n+ATOM  38344  HW2 SOL  2257      64.160  71.330  61.960  1.00  0.00            \n+ATOM  38345  OW  SOL  2258      70.410  58.320  66.010  1.00  0.00            \n+ATOM  38346  HW1 SOL  2258      70.310  57.440  66.470  1.00  0.00            \n+ATOM  38347  HW2 SOL  2258      70.440  59.050  66.700  1.00  0.00            \n+ATOM  38348  OW  SOL  2259      68.010  55.450  64.920  1.00  0.00            \n+ATOM  38349  HW1 SOL  2259      67.740  54.490  64.800  1.00  0.00            \n+ATOM  38350  HW2 SOL  2259      68.690  55.510  65.650  1.00  0.00            \n+ATOM  38351  OW  SOL  2260      64.270  67.760  58.860  1.00  0.00            \n+ATOM  38352  HW1 SOL  2260      64.080  66.840  59.190  1.00  0.00            \n+ATOM  38353  HW2 SOL  2260      65.260  67.920  58.860  1.00  0.00            \n+ATOM  38354  OW  SOL  2261      64.860  71.690  67.610  1.00  0.00            \n+ATOM  38355  HW1 SOL  2261      65.380  72.300  68.210  1.00  0.00            \n+ATOM  38356  HW2 SOL  2261      65.490  71.070  67.140  1.00  0.00            \n+ATOM  38357  OW  SOL  2262      68.970  55.630  59.660  1.00  0.00            \n+ATOM  38358  HW1 SOL  2262      68.570  55.450  58.760  1.00  0.00            \n+ATOM  38359  HW2 SOL  2262      68.610  56.480  60.020  1.00  0.00            \n+ATOM  38360  OW  SOL  2263      67.340  60.860  62.390  1.00  0.00            \n+ATOM  38361  HW1 SOL  2263      66.370  60.610  62.330  1.00  0.00            \n+ATOM  38362  HW2 SOL  2263      67.650  60.760  63.340  1.00  0.00            \n+ATOM  38363  OW  SOL  2264      72.570  57.230  64.750  1.00  0.00            \n+ATOM  38364  HW1 SOL  2264      72.000  57.840  65.310  1.00  0.00            \n+ATOM  38365  HW2 SOL  2264      72.180  57.170  63.830  1.00  0.00            \n+ATOM  38366  OW  SOL  2265      56.360  64.300  57.960  1.00  0.00            \n+ATOM  38367  HW1 SOL  2265      57.050  64.960  58.220  1.00  0.00            \n+ATOM  38368  HW2 SOL  2265      56.170  63.690  58.730  1.00  0.00            \n+ATOM  38369  CL   CL  2266       0.460  29.080  13.290  1.00  0.00            \n+ATOM  38370  CL   CL  2267      15.130  24.050  31.780  1.00  0.00            \n+ATOM  38371  CL   CL  2268      15.030  72.460  41.720  1.00  0.00            \n+ATOM  38372  CL   CL  2269      15.230  63.640  57.410  1.00  0.00            \n+ATOM  38373  CL   CL  2270      30.210  37.140  61.190  1.00  0.00            \n+ATOM  38374  CL   CL  2271      27.560  41.050  16.730  1.00  0.00            \n+ATOM  38375  CL   CL  2272       0.380  10.350   6.770  1.00  0.00            \n+ATOM  38376  CL   CL  2273      62.610  56.750  57.100  1.00  0.00            \n+TER\n+ENDMDL\n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/npt.tpr
b
Binary file test-data/npt.tpr has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/npt.trr
b
Binary file test-data/npt.trr has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/npt.xtc
b
Binary file test-data/npt.xtc has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/nvt.cpt
b
Binary file test-data/nvt.cpt has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/nvt.edr
b
Binary file test-data/nvt.edr has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/nvt.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/nvt.gro Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,38379 @@\n+LYSOZYME in water\n+38376\n+    1LYS      N    1   4.414   3.401   2.453 -0.1245 -0.0474  0.2586\n+    1LYS     H1    2   4.480   3.471   2.424 -1.7482  1.7484  0.6963\n+    1LYS     H2    3   4.360   3.369   2.373  1.2229 -3.2424  0.4578\n+    1LYS     H3    4   4.360   3.447   2.524  1.0582 -0.7342  1.6378\n+    1LYS     CA    5   4.470   3.280   2.516 -0.0047 -0.2324 -0.1924\n+    1LYS     HA    6   4.518   3.227   2.434  0.4015 -1.3689  0.7569\n+    1LYS     CB    7   4.571   3.318   2.624  0.0554  0.2713 -0.4193\n+    1LYS    HB1    8   4.656   3.370   2.579  1.2827 -2.2577 -1.2165\n+    1LYS    HB2    9   4.530   3.386   2.698 -2.5593 -0.6513 -0.9218\n+    1LYS     CG   10   4.629   3.200   2.703 -0.1547  0.7908  0.5244\n+    1LYS    HG1   11   4.555   3.152   2.767  0.2325 -0.6000 -0.0319\n+    1LYS    HG2   12   4.645   3.120   2.631  0.4708 -0.2729  1.7931\n+    1LYS     CD   13   4.756   3.218   2.787 -0.0525 -0.0302  0.5523\n+    1LYS    HD1   14   4.838   3.216   2.715 -1.1456  1.3793 -0.7946\n+    1LYS    HD2   15   4.755   3.307   2.850 -0.3160  0.0084  0.4945\n+    1LYS     CE   16   4.779   3.095   2.874 -0.2235 -0.7092 -0.3413\n+    1LYS    HE1   17   4.721   3.085   2.966 -0.4480 -0.6077 -0.4718\n+    1LYS    HE2   18   4.751   2.999   2.831  0.7916 -1.0155 -0.3551\n+    1LYS     NZ   19   4.918   3.074   2.917 -0.1350  0.6325  0.0733\n+    1LYS    HZ1   20   4.918   2.997   2.983  1.5256  1.2201  0.8122\n+    1LYS    HZ2   21   4.975   3.041   2.840  0.1468 -0.3915  0.6956\n+    1LYS    HZ3   22   4.965   3.152   2.960 -0.7788 -0.6938  3.5038\n+    1LYS      C   23   4.354   3.196   2.569  0.0087 -0.0224  0.1719\n+    1LYS      O   24   4.259   3.259   2.616  0.0177  0.0708  0.0670\n+    2VAL      N   25   4.363   3.063   2.561 -0.1064 -0.0118 -0.1221\n+    2VAL      H   26   4.434   3.024   2.501 -0.2930  1.8672 -1.6788\n+    2VAL     CA   27   4.283   2.971   2.638  0.4698 -0.4814 -0.0790\n+    2VAL     HA   28   4.216   3.027   2.703  0.9998 -0.9382  0.8779\n+    2VAL     CB   29   4.204   2.870   2.555 -0.1650 -0.1450  0.1125\n+    2VAL     HB   30   4.279   2.817   2.497  1.2857  0.2990  1.5321\n+    2VAL    CG1   31   4.124   2.766   2.633 -0.1354 -0.5454 -0.3815\n+    2VAL   HG11   32   4.107   2.674   2.577 -1.6514 -0.6805  0.2518\n+    2VAL   HG12   33   4.184   2.722   2.713  1.0901 -0.5350 -1.2752\n+    2VAL   HG13   34   4.034   2.810   2.677  0.0989  0.0960 -0.5416\n+    2VAL    CG2   35   4.119   2.939   2.448  0.4678 -0.5282 -0.6567\n+    2VAL   HG21   36   4.053   2.867   2.401  1.1537 -2.2692  0.9490\n+    2VAL   HG22   37   4.063   3.027   2.481  1.6915 -0.3405  1.0716\n+    2VAL   HG23   38   4.168   2.983   2.362 -1.4954 -0.9957 -2.0889\n+    2VAL      C   39   4.384   2.901   2.729  0.4193 -0.4889 -0.0284\n+    2VAL      O   40   4.466   2.823   2.682  0.7041 -0.3222  0.1888\n+    3PHE      N   41   4.373   2.931   2.858  0.0323  0.4997 -0.2799\n+    3PHE      H   42   4.291   2.987   2.879 -0.1551  0.5609 -1.1538\n+    3PHE     CA   43   4.441   2.860   2.964  0.0286  0.0987 -0.5454\n+    3PHE     HA   44   4.547   2.852   2.942  0.2612  1.2032  0.0765\n+    3PHE     CB   45   4.429   2.933   3.098  0.0231 -0.2686 -0.3451\n+    3PHE    HB1   46   4.325   2.964   3.109  0.1691  0.3214 -0.6368\n+    3PHE    HB2   47   4.456   2.861   3.176 -2.9863 -1.9433 -0.7003\n+    3PHE     CG   48   4.516   3.054   3.120 -0.5309  0.1005 -0.1759\n+    3PHE    CD1   49   4.485   3.179   3.065  0.0236  0.2578 -0.1378\n+    3PHE    HD1   50   4.394   3.183   3.007  0.5847  2.0394 -0.9705\n+    3PHE    CD2   51   4.629   3.045   3.203 -0.3055  0.2147 -0.4689\n+    3PHE    HD2   52   4.649   2.948   3.247 -1.8630 -0.0414 -0.2471\n+    3PHE    CE1   53   4.566   3.291   3.085 -0.2488  0.3937  0.2120\n+    3PHE    HE1   54   4.552   3.385   3.034 -0.8507 -0.5038 -1.3251\n+    3PHE    CE2   55   4.709   3.156   3.231  0.1445 -0.2260  0.0278\n+    3PHE    HE2   56   4.797   3.155   3.293  0.2985 -0.2584 -0.1904\n+    3PHE     CZ   57   4.670   3'..b' 6.425   6.613   6.599 -1.0242  0.2185 -1.3474\n+12250SOL     OW38321   6.657   6.605   5.680  0.3901  0.0131 -0.3337\n+12250SOL    HW138322   6.633   6.659   5.599  1.3684  0.2384 -0.4807\n+12250SOL    HW238323   6.689   6.515   5.651  0.0465 -0.1673 -0.1570\n+12251SOL     OW38324   0.130   7.022   6.323 -0.6970  0.3793  0.3726\n+12251SOL    HW138325   0.070   7.025   6.243 -0.5860  0.7074  0.3000\n+12251SOL    HW238326   0.081   6.983   6.400 -0.8316  0.1371  0.1664\n+12252SOL     OW38327   5.803   7.014   6.256  0.8681  0.1038 -0.4046\n+12252SOL    HW138328   5.739   7.004   6.332  1.4817  2.5250  0.5358\n+12252SOL    HW238329   5.868   6.938   6.255  0.0248 -0.6408  0.6669\n+12253SOL     OW38330   6.328   6.949   0.001  0.1972  0.4320 -0.2740\n+12253SOL    HW138331   6.262   7.005  -0.049 -1.8563 -0.9533  0.7621\n+12253SOL    HW238332   6.312   6.958   0.100 -1.3131 -3.0889 -0.0559\n+12254SOL     OW38333   7.300   5.683   6.714  0.4791 -0.6901 -0.2548\n+12254SOL    HW138334   7.211   5.637   6.709  0.1350 -0.1306  0.5088\n+12254SOL    HW238335   7.310   5.744   6.635  0.8833 -1.9321 -1.2090\n+12255SOL     OW38336   5.959   5.962   6.015  0.3415  0.1915 -0.3612\n+12255SOL    HW138337   6.057   5.982   6.022  0.0066  2.3032 -0.9173\n+12255SOL    HW238338   5.923   5.941   6.106  1.0001  1.1962  0.1594\n+12256SOL     OW38339   6.082   6.039   6.890  0.3357  0.1814  0.2938\n+12256SOL    HW138340   6.112   5.960   6.943  0.7081  0.3525  0.3422\n+12256SOL    HW238341   6.026   6.008   6.813  0.8614 -0.1696  0.0454\n+12257SOL     OW38342   6.349   7.297   6.285  0.1509 -0.5373 -0.1490\n+12257SOL    HW138343   6.338   7.324   6.189  0.8201 -0.5969 -0.2474\n+12257SOL    HW238344   6.288   7.220   6.305 -0.5064 -0.0704 -0.3306\n+12258SOL     OW38345   6.993   5.869   6.615 -0.1606 -0.6358  0.1122\n+12258SOL    HW138346   6.986   5.770   6.630  1.9995 -0.6580  1.3854\n+12258SOL    HW238347   6.994   5.916   6.704 -0.2335  0.4563 -0.4484\n+12259SOL     OW38348   6.768   5.570   6.534  0.2539 -0.6929  0.0861\n+12259SOL    HW138349   6.758   5.472   6.518 -0.2914 -0.6407  0.1076\n+12259SOL    HW238350   6.843   5.585   6.599  0.1145 -1.1156  0.3492\n+12260SOL     OW38351   6.399   6.980   6.060 -0.1377  0.1280 -0.0719\n+12260SOL    HW138352   6.409   6.882   6.071  0.6528  0.1708 -0.3591\n+12260SOL    HW238353   6.445   7.028   6.135  0.0790  0.2873 -0.3029\n+12261SOL     OW38354   6.415   7.221   6.854 -0.0785  0.1304 -0.0085\n+12261SOL    HW138355   6.445   7.304   6.902 -1.3458 -0.3725  1.7852\n+12261SOL    HW238356   6.494   7.162   6.837  0.8138  1.5874 -1.1435\n+12262SOL     OW38357   7.079   5.424   5.840 -0.0092 -0.0703  0.6338\n+12262SOL    HW138358   7.075   5.331   5.803 -0.8219  0.6173 -1.1521\n+12262SOL    HW238359   6.986   5.460   5.849  0.3300  0.9183  0.3329\n+12263SOL     OW38360   6.774   6.147   6.184  0.2869 -0.0267 -0.0207\n+12263SOL    HW138361   6.679   6.119   6.173  0.5632 -0.7216 -0.8357\n+12263SOL    HW238362   6.818   6.089   6.253  0.6721 -1.2110 -1.2034\n+12264SOL     OW38363   7.235   5.877   6.502 -0.2037  0.0926  0.5223\n+12264SOL    HW138364   7.143   5.880   6.541 -0.2123 -0.7042  0.5772\n+12264SOL    HW238365   7.229   5.862   6.403 -0.1222 -0.8795  0.6546\n+12265SOL     OW38366   5.757   6.516   5.839 -0.2663 -0.5555 -0.4616\n+12265SOL    HW138367   5.852   6.543   5.827 -1.1659  3.7337  0.6551\n+12265SOL    HW238368   5.739   6.501   5.936 -0.8181 -1.1802 -0.6528\n+12266CL      CL38369   0.011   2.983   1.283  0.0958  0.7921  0.1589\n+12267CL      CL38370   1.624   2.346   3.356 -0.4632 -0.0375  0.0503\n+12268CL      CL38371   1.563   7.224   4.160 -0.2199  0.1409 -0.2564\n+12269CL      CL38372   1.475   6.421   5.828 -0.0800 -0.2095  0.2597\n+12270CL      CL38373   3.128   3.790   6.172 -0.1431  0.0850  0.4640\n+12271CL      CL38374   2.774   4.120   1.873 -0.2138 -0.2134 -0.0755\n+12272CL      CL38375   7.334   1.044   0.689  0.3876  0.0282  0.0509\n+12273CL      CL38376   6.342   5.664   5.947  0.1102  0.1942  0.1584\n+   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/nvt.mdp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/nvt.mdp Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
@@ -0,0 +1,43 @@
+title = OPLS Lysozyme NVT equilibration 
+define = -DPOSRES ; position restrain the protein
+; Run parameters
+integrator = md ; leap-frog integrator
+nsteps = 500 ; 2 * 50000 = 100 ps
+dt     = 0.002 ; 2 fs
+; Output control
+nstxout = 50 ; save coordinates every 1.0 ps
+nstvout = 50 ; save velocities every 1.0 ps
+nstenergy = 50 ; save energies every 1.0 ps
+nstlog = 50 ; update log file every 1.0 ps
+nstxout-compressed  = 50      ; save compressed coordinates every 10.0 ps
+; Bond parameters
+continuation         = no ; first dynamics run
+constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints 
+constraints             = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
+lincs_iter             = 1     ; accuracy of LINCS
+lincs_order             = 4     ; also related to accuracy
+; Neighborsearching
+cutoff-scheme   = Verlet
+ns_type     = grid ; search neighboring grid cells
+nstlist     = 10 ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
+rcoulomb     = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
+rvdw     = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
+; Electrostatics
+coulombtype     = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
+pme_order     = 4 ; cubic interpolation
+fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT
+; Temperature coupling is on
+tcoupl = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
+tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
+tau_t = 0.1   0.1           ; time constant, in ps
+ref_t = 300    300           ; reference temperature, one for each group, in K
+; Pressure coupling is off
+pcoupl = no  ; no pressure coupling in NVT
+; Periodic boundary conditions
+pbc = xyz     ; 3-D PBC
+; Dispersion correction
+DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme
+; Velocity generation
+gen_vel = yes ; assign velocities from Maxwell distribution
+gen_temp = 300 ; temperature for Maxwell distribution
+gen_seed = -1 ; generate a random seed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/nvt.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/nvt.pdb Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,38382 @@\n+TITLE     LYSOZYME in water\n+REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX\n+CRYST1   73.393   73.393   73.393  90.00  90.00  90.00 P 1           1\n+MODEL        1\n+ATOM      1  N   LYS     1      44.140  34.010  24.530  1.00  0.00            \n+ATOM      2  H1  LYS     1      44.800  34.710  24.240  1.00  0.00            \n+ATOM      3  H2  LYS     1      43.600  33.690  23.730  1.00  0.00            \n+ATOM      4  H3  LYS     1      43.600  34.470  25.240  1.00  0.00            \n+ATOM      5  CA  LYS     1      44.700  32.800  25.160  1.00  0.00            \n+ATOM      6  HA  LYS     1      45.180  32.270  24.340  1.00  0.00            \n+ATOM      7  CB  LYS     1      45.710  33.180  26.240  1.00  0.00            \n+ATOM      8  HB1 LYS     1      46.560  33.700  25.790  1.00  0.00            \n+ATOM      9  HB2 LYS     1      45.300  33.860  26.980  1.00  0.00            \n+ATOM     10  CG  LYS     1      46.290  32.000  27.030  1.00  0.00            \n+ATOM     11  HG1 LYS     1      45.550  31.520  27.670  1.00  0.00            \n+ATOM     12  HG2 LYS     1      46.450  31.200  26.310  1.00  0.00            \n+ATOM     13  CD  LYS     1      47.560  32.180  27.870  1.00  0.00            \n+ATOM     14  HD1 LYS     1      48.380  32.160  27.150  1.00  0.00            \n+ATOM     15  HD2 LYS     1      47.550  33.070  28.500  1.00  0.00            \n+ATOM     16  CE  LYS     1      47.790  30.950  28.740  1.00  0.00            \n+ATOM     17  HE1 LYS     1      47.210  30.850  29.660  1.00  0.00            \n+ATOM     18  HE2 LYS     1      47.510  29.990  28.310  1.00  0.00            \n+ATOM     19  NZ  LYS     1      49.180  30.740  29.170  1.00  0.00            \n+ATOM     20  HZ1 LYS     1      49.180  29.970  29.830  1.00  0.00            \n+ATOM     21  HZ2 LYS     1      49.750  30.410  28.400  1.00  0.00            \n+ATOM     22  HZ3 LYS     1      49.650  31.520  29.600  1.00  0.00            \n+ATOM     23  C   LYS     1      43.540  31.960  25.690  1.00  0.00            \n+ATOM     24  O   LYS     1      42.590  32.590  26.160  1.00  0.00            \n+ATOM     25  N   VAL     2      43.630  30.630  25.610  1.00  0.00            \n+ATOM     26  H   VAL     2      44.340  30.240  25.010  1.00  0.00            \n+ATOM     27  CA  VAL     2      42.830  29.710  26.380  1.00  0.00            \n+ATOM     28  HA  VAL     2      42.160  30.270  27.030  1.00  0.00            \n+ATOM     29  CB  VAL     2      42.040  28.700  25.550  1.00  0.00            \n+ATOM     30  HB  VAL     2      42.790  28.170  24.970  1.00  0.00            \n+ATOM     31  CG1 VAL     2      41.240  27.660  26.330  1.00  0.00            \n+ATOM     32 1HG1 VAL     2      41.070  26.740  25.770  1.00  0.00            \n+ATOM     33 2HG1 VAL     2      41.840  27.220  27.130  1.00  0.00            \n+ATOM     34 3HG1 VAL     2      40.340  28.100  26.770  1.00  0.00            \n+ATOM     35  CG2 VAL     2      41.190  29.390  24.480  1.00  0.00            \n+ATOM     36 1HG2 VAL     2      40.530  28.670  24.010  1.00  0.00            \n+ATOM     37 2HG2 VAL     2      40.630  30.270  24.810  1.00  0.00            \n+ATOM     38 3HG2 VAL     2      41.680  29.830  23.620  1.00  0.00            \n+ATOM     39  C   VAL     2      43.840  29.010  27.290  1.00  0.00            \n+ATOM     40  O   VAL     2      44.660  28.230  26.820  1.00  0.00            \n+ATOM     41  N   PHE     3      43.730  29.310  28.580  1.00  0.00            \n+ATOM     42  H   PHE     3      42.910  29.870  28.790  1.00  0.00            \n+ATOM     43  CA  PHE     3      44.410  28.600  29.640  1.00  0.00            \n+ATOM     44  HA  PHE     3      45.470  28.520  29.420  1.00  0.00            \n+ATOM     45  CB  PHE     3      44.290  29.330  30.980  1.00  0.00            \n+ATOM     46  HB1 PHE     3      43.250  29.640  31.090  1.00  0.00            \n+ATOM     47  HB2 PHE     3      44.560  28.610  31.760  1.00  0.00            \n+ATOM     48  CG  PHE     3      45.160  30.540  31.200  1.00  0.0'..b'OW  SOL  2252      58.030  70.140  62.560  1.00  0.00            \n+ATOM  38328  HW1 SOL  2252      57.390  70.040  63.320  1.00  0.00            \n+ATOM  38329  HW2 SOL  2252      58.680  69.380  62.550  1.00  0.00            \n+ATOM  38330  OW  SOL  2253      63.280  69.490   0.010  1.00  0.00            \n+ATOM  38331  HW1 SOL  2253      62.620  70.050  -0.490  1.00  0.00            \n+ATOM  38332  HW2 SOL  2253      63.120  69.580   1.000  1.00  0.00            \n+ATOM  38333  OW  SOL  2254      73.000  56.830  67.140  1.00  0.00            \n+ATOM  38334  HW1 SOL  2254      72.110  56.370  67.090  1.00  0.00            \n+ATOM  38335  HW2 SOL  2254      73.100  57.440  66.350  1.00  0.00            \n+ATOM  38336  OW  SOL  2255      59.590  59.620  60.150  1.00  0.00            \n+ATOM  38337  HW1 SOL  2255      60.570  59.820  60.220  1.00  0.00            \n+ATOM  38338  HW2 SOL  2255      59.230  59.410  61.060  1.00  0.00            \n+ATOM  38339  OW  SOL  2256      60.820  60.390  68.900  1.00  0.00            \n+ATOM  38340  HW1 SOL  2256      61.120  59.600  69.430  1.00  0.00            \n+ATOM  38341  HW2 SOL  2256      60.260  60.080  68.130  1.00  0.00            \n+ATOM  38342  OW  SOL  2257      63.490  72.970  62.850  1.00  0.00            \n+ATOM  38343  HW1 SOL  2257      63.380  73.240  61.890  1.00  0.00            \n+ATOM  38344  HW2 SOL  2257      62.880  72.200  63.050  1.00  0.00            \n+ATOM  38345  OW  SOL  2258      69.930  58.690  66.150  1.00  0.00            \n+ATOM  38346  HW1 SOL  2258      69.860  57.700  66.300  1.00  0.00            \n+ATOM  38347  HW2 SOL  2258      69.940  59.160  67.040  1.00  0.00            \n+ATOM  38348  OW  SOL  2259      67.680  55.700  65.340  1.00  0.00            \n+ATOM  38349  HW1 SOL  2259      67.580  54.720  65.180  1.00  0.00            \n+ATOM  38350  HW2 SOL  2259      68.430  55.850  65.990  1.00  0.00            \n+ATOM  38351  OW  SOL  2260      63.990  69.800  60.600  1.00  0.00            \n+ATOM  38352  HW1 SOL  2260      64.090  68.820  60.710  1.00  0.00            \n+ATOM  38353  HW2 SOL  2260      64.450  70.280  61.350  1.00  0.00            \n+ATOM  38354  OW  SOL  2261      64.150  72.210  68.540  1.00  0.00            \n+ATOM  38355  HW1 SOL  2261      64.450  73.040  69.020  1.00  0.00            \n+ATOM  38356  HW2 SOL  2261      64.940  71.620  68.370  1.00  0.00            \n+ATOM  38357  OW  SOL  2262      70.790  54.240  58.400  1.00  0.00            \n+ATOM  38358  HW1 SOL  2262      70.750  53.310  58.030  1.00  0.00            \n+ATOM  38359  HW2 SOL  2262      69.860  54.600  58.490  1.00  0.00            \n+ATOM  38360  OW  SOL  2263      67.740  61.470  61.840  1.00  0.00            \n+ATOM  38361  HW1 SOL  2263      66.790  61.190  61.730  1.00  0.00            \n+ATOM  38362  HW2 SOL  2263      68.180  60.890  62.530  1.00  0.00            \n+ATOM  38363  OW  SOL  2264      72.350  58.770  65.020  1.00  0.00            \n+ATOM  38364  HW1 SOL  2264      71.430  58.800  65.410  1.00  0.00            \n+ATOM  38365  HW2 SOL  2264      72.290  58.620  64.030  1.00  0.00            \n+ATOM  38366  OW  SOL  2265      57.570  65.160  58.390  1.00  0.00            \n+ATOM  38367  HW1 SOL  2265      58.520  65.430  58.270  1.00  0.00            \n+ATOM  38368  HW2 SOL  2265      57.390  65.010  59.360  1.00  0.00            \n+ATOM  38369  CL   CL  2266       0.110  29.830  12.830  1.00  0.00            \n+ATOM  38370  CL   CL  2267      16.240  23.460  33.560  1.00  0.00            \n+ATOM  38371  CL   CL  2268      15.630  72.240  41.600  1.00  0.00            \n+ATOM  38372  CL   CL  2269      14.750  64.210  58.280  1.00  0.00            \n+ATOM  38373  CL   CL  2270      31.280  37.900  61.720  1.00  0.00            \n+ATOM  38374  CL   CL  2271      27.740  41.200  18.730  1.00  0.00            \n+ATOM  38375  CL   CL  2272      73.340  10.440   6.890  1.00  0.00            \n+ATOM  38376  CL   CL  2273      63.420  56.640  59.470  1.00  0.00            \n+TER\n+ENDMDL\n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/nvt.tpr
b
Binary file test-data/nvt.tpr has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/nvt.trr
b
Binary file test-data/nvt.trr has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/nvt.xtc
b
Binary file test-data/nvt.xtc has changed
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/posres.itp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/posres.itp Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,1008 @@\n+; In this topology include file, you will find position restraint\n+; entries for all the heavy atoms in your original pdb file.\n+; This means that all the protons which were added by pdb2gmx are\n+; not restrained.\n+\n+[ position_restraints ]\n+; atom  type      fx      fy      fz\n+     1     1  1000  1000  1000\n+     5     1  1000  1000  1000\n+     7     1  1000  1000  1000\n+    10     1  1000  1000  1000\n+    13     1  1000  1000  1000\n+    16     1  1000  1000  1000\n+    19     1  1000  1000  1000\n+    23     1  1000  1000  1000\n+    24     1  1000  1000  1000\n+    25     1  1000  1000  1000\n+    27     1  1000  1000  1000\n+    29     1  1000  1000  1000\n+    31     1  1000  1000  1000\n+    35     1  1000  1000  1000\n+    39     1  1000  1000  1000\n+    40     1  1000  1000  1000\n+    41     1  1000  1000  1000\n+    43     1  1000  1000  1000\n+    45     1  1000  1000  1000\n+    48     1  1000  1000  1000\n+    49     1  1000  1000  1000\n+    51     1  1000  1000  1000\n+    53     1  1000  1000  1000\n+    55     1  1000  1000  1000\n+    57     1  1000  1000  1000\n+    59     1  1000  1000  1000\n+    60     1  1000  1000  1000\n+    61     1  1000  1000  1000\n+    63     1  1000  1000  1000\n+    66     1  1000  1000  1000\n+    67     1  1000  1000  1000\n+    68     1  1000  1000  1000\n+    70     1  1000  1000  1000\n+    72     1  1000  1000  1000\n+    75     1  1000  1000  1000\n+    78     1  1000  1000  1000\n+    81     1  1000  1000  1000\n+    83     1  1000  1000  1000\n+    84     1  1000  1000  1000\n+    87     1  1000  1000  1000\n+    90     1  1000  1000  1000\n+    91     1  1000  1000  1000\n+    92     1  1000  1000  1000\n+    94     1  1000  1000  1000\n+    96     1  1000  1000  1000\n+    99     1  1000  1000  1000\n+   100     1  1000  1000  1000\n+   101     1  1000  1000  1000\n+   102     1  1000  1000  1000\n+   104     1  1000  1000  1000\n+   106     1  1000  1000  1000\n+   109     1  1000  1000  1000\n+   112     1  1000  1000  1000\n+   113     1  1000  1000  1000\n+   114     1  1000  1000  1000\n+   115     1  1000  1000  1000\n+   116     1  1000  1000  1000\n+   117     1  1000  1000  1000\n+   119     1  1000  1000  1000\n+   121     1  1000  1000  1000\n+   124     1  1000  1000  1000\n+   126     1  1000  1000  1000\n+   130     1  1000  1000  1000\n+   134     1  1000  1000  1000\n+   135     1  1000  1000  1000\n+   136     1  1000  1000  1000\n+   138     1  1000  1000  1000\n+   140     1  1000  1000  1000\n+   144     1  1000  1000  1000\n+   145     1  1000  1000  1000\n+   146     1  1000  1000  1000\n+   148     1  1000  1000  1000\n+   150     1  1000  1000  1000\n+   154     1  1000  1000  1000\n+   155     1  1000  1000  1000\n+   156     1  1000  1000  1000\n+   158     1  1000  1000  1000\n+   160     1  1000  1000  1000\n+   164     1  1000  1000  1000\n+   165     1  1000  1000  1000\n+   166     1  1000  1000  1000\n+   168     1  1000  1000  1000\n+   170     1  1000  1000  1000\n+   173     1  1000  1000  1000\n+   176     1  1000  1000  1000\n+   177     1  1000  1000  1000\n+   181     1  1000  1000  1000\n+   182     1  1000  1000  1000\n+   183     1  1000  1000  1000\n+   185     1  1000  1000  1000\n+   187     1  1000  1000  1000\n+   190     1  1000  1000  1000\n+   193     1  1000  1000  1000\n+   196     1  1000  1000  1000\n+   199     1  1000  1000  1000\n+   203     1  1000  1000  1000\n+   204     1  1000  1000  1000\n+   205     1  1000  1000  1000\n+   207     1  1000  1000  1000\n+   209     1  1000  1000  1000\n+   212     1  1000  1000  1000\n+   215     1  1000  1000  1000\n+   218     1  1000  1000  1000\n+   220     1  1000  1000  1000\n+   221     1  1000  1000  1000\n+   224     1  1000  1000  1000\n+   227     1  1000  1000  1000\n+   228     1  1000  1000  1000\n+   229     1  1000  1000  1000\n+   231     1  1000  1000  1000\n+   233     1  1000  1000  1000\n+   236     1  1000  1000  1000\n+   237     1  1000  1000  1000\n+   238     1  1000  1000  1000\n+   240     1  1000  1000  1000\n+   242     1  1000 '..b'  1711     1  1000  1000  1000\n+  1714     1  1000  1000  1000\n+  1716     1  1000  1000  1000\n+  1717     1  1000  1000  1000\n+  1720     1  1000  1000  1000\n+  1723     1  1000  1000  1000\n+  1724     1  1000  1000  1000\n+  1725     1  1000  1000  1000\n+  1727     1  1000  1000  1000\n+  1729     1  1000  1000  1000\n+  1732     1  1000  1000  1000\n+  1733     1  1000  1000  1000\n+  1734     1  1000  1000  1000\n+  1735     1  1000  1000  1000\n+  1737     1  1000  1000  1000\n+  1739     1  1000  1000  1000\n+  1742     1  1000  1000  1000\n+  1745     1  1000  1000  1000\n+  1748     1  1000  1000  1000\n+  1751     1  1000  1000  1000\n+  1755     1  1000  1000  1000\n+  1756     1  1000  1000  1000\n+  1757     1  1000  1000  1000\n+  1759     1  1000  1000  1000\n+  1762     1  1000  1000  1000\n+  1763     1  1000  1000  1000\n+  1764     1  1000  1000  1000\n+  1766     1  1000  1000  1000\n+  1768     1  1000  1000  1000\n+  1770     1  1000  1000  1000\n+  1772     1  1000  1000  1000\n+  1776     1  1000  1000  1000\n+  1777     1  1000  1000  1000\n+  1778     1  1000  1000  1000\n+  1780     1  1000  1000  1000\n+  1782     1  1000  1000  1000\n+  1785     1  1000  1000  1000\n+  1786     1  1000  1000  1000\n+  1787     1  1000  1000  1000\n+  1788     1  1000  1000  1000\n+  1789     1  1000  1000  1000\n+  1790     1  1000  1000  1000\n+  1792     1  1000  1000  1000\n+  1794     1  1000  1000  1000\n+  1796     1  1000  1000  1000\n+  1800     1  1000  1000  1000\n+  1804     1  1000  1000  1000\n+  1805     1  1000  1000  1000\n+  1806     1  1000  1000  1000\n+  1808     1  1000  1000  1000\n+  1810     1  1000  1000  1000\n+  1813     1  1000  1000  1000\n+  1816     1  1000  1000  1000\n+  1817     1  1000  1000  1000\n+  1818     1  1000  1000  1000\n+  1821     1  1000  1000  1000\n+  1822     1  1000  1000  1000\n+  1823     1  1000  1000  1000\n+  1825     1  1000  1000  1000\n+  1827     1  1000  1000  1000\n+  1831     1  1000  1000  1000\n+  1832     1  1000  1000  1000\n+  1833     1  1000  1000  1000\n+  1835     1  1000  1000  1000\n+  1837     1  1000  1000  1000\n+  1840     1  1000  1000  1000\n+  1841     1  1000  1000  1000\n+  1843     1  1000  1000  1000\n+  1844     1  1000  1000  1000\n+  1846     1  1000  1000  1000\n+  1847     1  1000  1000  1000\n+  1849     1  1000  1000  1000\n+  1851     1  1000  1000  1000\n+  1853     1  1000  1000  1000\n+  1855     1  1000  1000  1000\n+  1856     1  1000  1000  1000\n+  1857     1  1000  1000  1000\n+  1859     1  1000  1000  1000\n+  1861     1  1000  1000  1000\n+  1863     1  1000  1000  1000\n+  1866     1  1000  1000  1000\n+  1870     1  1000  1000  1000\n+  1874     1  1000  1000  1000\n+  1875     1  1000  1000  1000\n+  1876     1  1000  1000  1000\n+  1878     1  1000  1000  1000\n+  1880     1  1000  1000  1000\n+  1883     1  1000  1000  1000\n+  1886     1  1000  1000  1000\n+  1889     1  1000  1000  1000\n+  1891     1  1000  1000  1000\n+  1892     1  1000  1000  1000\n+  1895     1  1000  1000  1000\n+  1898     1  1000  1000  1000\n+  1899     1  1000  1000  1000\n+  1900     1  1000  1000  1000\n+  1902     1  1000  1000  1000\n+  1905     1  1000  1000  1000\n+  1906     1  1000  1000  1000\n+  1907     1  1000  1000  1000\n+  1909     1  1000  1000  1000\n+  1911     1  1000  1000  1000\n+  1914     1  1000  1000  1000\n+  1915     1  1000  1000  1000\n+  1916     1  1000  1000  1000\n+  1917     1  1000  1000  1000\n+  1919     1  1000  1000  1000\n+  1921     1  1000  1000  1000\n+  1924     1  1000  1000  1000\n+  1927     1  1000  1000  1000\n+  1930     1  1000  1000  1000\n+  1932     1  1000  1000  1000\n+  1933     1  1000  1000  1000\n+  1936     1  1000  1000  1000\n+  1939     1  1000  1000  1000\n+  1940     1  1000  1000  1000\n+  1941     1  1000  1000  1000\n+  1943     1  1000  1000  1000\n+  1945     1  1000  1000  1000\n+  1948     1  1000  1000  1000\n+  1950     1  1000  1000  1000\n+  1954     1  1000  1000  1000\n+  1958     1  1000  1000  1000\n+  1959     1  1000  1000  1000\n+  1960     1  1000  1000  1000\n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/processed.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/processed.gro Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,2197 @@\n+LYSOZYME\n+ 2194\n+    1LYS      N    1   3.536   2.234  -1.198\n+    1LYS     H1    2   3.612   2.288  -1.236\n+    1LYS     H2    3   3.470   2.214  -1.270\n+    1LYS     H3    4   3.492   2.286  -1.125\n+    1LYS     CA    5   3.589   2.107  -1.143\n+    1LYS     HA    6   3.633   2.055  -1.216\n+    1LYS     CB    7   3.687   2.144  -1.031\n+    1LYS    HB1    8   3.763   2.195  -1.070\n+    1LYS    HB2    9   3.639   2.201  -0.964\n+    1LYS     CG   10   3.745   2.025  -0.956\n+    1LYS    HG1   11   3.676   1.989  -0.894\n+    1LYS    HG2   12   3.770   1.954  -1.023\n+    1LYS     CD   13   3.869   2.065  -0.877\n+    1LYS    HD1   14   3.945   2.083  -0.940\n+    1LYS    HD2   15   3.849   2.147  -0.824\n+    1LYS     CE   16   3.906   1.951  -0.784\n+    1LYS    HE1   17   3.841   1.946  -0.708\n+    1LYS    HE2   18   3.906   1.864  -0.833\n+    1LYS     NZ   19   4.042   1.977  -0.730\n+    1LYS    HZ1   20   4.069   1.903  -0.668\n+    1LYS    HZ2   21   4.108   1.982  -0.806\n+    1LYS    HZ3   22   4.042   2.064  -0.680\n+    1LYS      C   23   3.474   2.026  -1.084\n+    1LYS      O   24   3.395   2.081  -1.008\n+    2VAL      N   25   3.474   1.896  -1.104\n+    2VAL      H   26   3.536   1.860  -1.174\n+    2VAL     CA   27   3.390   1.800  -1.033\n+    2VAL     HA   28   3.317   1.852  -0.990\n+    2VAL     CB   29   3.314   1.703  -1.123\n+    2VAL     HB   30   3.386   1.652  -1.170\n+    2VAL    CG1   31   3.225   1.608  -1.043\n+    2VAL   HG11   32   3.177   1.547  -1.106\n+    2VAL   HG12   33   3.282   1.555  -0.981\n+    2VAL   HG13   34   3.158   1.661  -0.991\n+    2VAL    CG2   35   3.229   1.771  -1.229\n+    2VAL   HG21   36   3.183   1.702  -1.284\n+    2VAL   HG22   37   3.162   1.830  -1.185\n+    2VAL   HG23   38   3.288   1.827  -1.288\n+    2VAL      C   39   3.480   1.731  -0.929\n+    2VAL      O   40   3.576   1.661  -0.966\n+    3PHE      N   41   3.449   1.755  -0.804\n+    3PHE      H   42   3.375   1.819  -0.784\n+    3PHE     CA   43   3.519   1.690  -0.692\n+    3PHE     HA   44   3.615   1.697  -0.717\n+    3PHE     CB   45   3.497   1.763  -0.559\n+    3PHE    HB1   46   3.405   1.802  -0.558\n+    3PHE    HB2   47   3.506   1.698  -0.484\n+    3PHE     CG   48   3.594   1.874  -0.538\n+    3PHE    CD1   49   3.567   2.005  -0.580\n+    3PHE    HD1   50   3.481   2.025  -0.627\n+    3PHE    CD2   51   3.700   1.856  -0.447\n+    3PHE    HD2   52   3.713   1.766  -0.405\n+    3PHE    CE1   53   3.658   2.108  -0.557\n+    3PHE    HE1   54   3.648   2.195  -0.604\n+    3PHE    CE2   55   3.787   1.959  -0.416\n+    3PHE    HE2   56   3.866   1.942  -0.357\n+    3PHE     CZ   57   3.764   2.087  -0.467\n+    3PHE     HZ   58   3.822   2.164  -0.439\n+    3PHE      C   59   3.474   1.544  -0.677\n+    3PHE      O   60   3.352   1.516  -0.686\n+    4GLY      N   61   3.572   1.464  -0.633\n+    4GLY      H   62   3.667   1.495  -0.632\n+    4GLY     CA   63   3.537   1.328  -0.587\n+    4GLY    HA1   64   3.462   1.292  -0.643\n+    4GLY    HA2   65   3.616   1.268  -0.594\n+    4GLY      C   66   3.492   1.342  -0.442\n+    4GLY      O   67   3.530   1.440  -0.378\n+    5ARG      N   68   3.405   1.254  -0.397\n+    5ARG      H   69   3.371   1.184  -0.460\n+    5ARG     CA   70   3.356   1.254  -0.259\n+    5ARG     HA   71   3.298   1.334  -0.252\n+    5ARG     CB   72   3.276   1.126  -0.233\n+    5ARG    HB1   73   3.200   1.122  -0.297\n+    5ARG    HB2   74   3.336   1.047  -0.247\n+    5ARG     CG   75   3.221   1.120  -0.092\n+    5ARG    HG1   76   3.297   1.117  -0.027\n+    5ARG    HG2   77   3.165   1.201  -0.075\n+    5ARG     CD   78   3.138   1.000  -0.072\n+    5ARG    HD1   79   3.104   0.999   0.022\n+    5ARG    HD2   80   3.060   1.005  -0.135\n+    5ARG     NE   81   3.206   0.875  -0.096\n+    5ARG     HE   82   3.202   0.840  -0.189\n+    5ARG     CZ   83   3.273   0.801  -0.010\n+    5ARG    NH1   84   3.284   0.833   0.119\n+    5ARG   HH11   85   3.239   0.916   0.153\n+    5ARG   HH12   86   3.336   0.775   0.181\n+    5A'..b'81   1.000\n+  179HOH    HW1 2109   2.306   1.581   1.058\n+  179HOH    HW2 2110   2.224   1.663   0.942\n+  180HOH     OW 2111   4.073   0.922   0.029\n+  180HOH    HW1 2112   4.155   0.922   0.087\n+  180HOH    HW2 2113   4.073   0.841  -0.029\n+  181HOH     OW 2114   1.250   1.527   0.410\n+  181HOH    HW1 2115   1.168   1.527   0.467\n+  181HOH    HW2 2116   1.250   1.608   0.352\n+  182HOH     OW 2117   2.037   2.862  -0.235\n+  182HOH    HW1 2118   1.956   2.862  -0.178\n+  182HOH    HW2 2119   2.037   2.780  -0.293\n+  183HOH     OW 2120   2.279   1.546  -0.667\n+  183HOH    HW1 2121   2.279   1.628  -0.725\n+  183HOH    HW2 2122   2.279   1.465  -0.725\n+  184HOH     OW 2123   2.314   3.181   1.512\n+  184HOH    HW1 2124   2.395   3.181   1.570\n+  184HOH    HW2 2125   2.232   3.181   1.570\n+  185HOH     OW 2126   2.267   3.869   0.825\n+  185HOH    HW1 2127   2.349   3.869   0.882\n+  185HOH    HW2 2128   2.267   3.951   0.767\n+  186HOH     OW 2129   3.397   3.311   0.684\n+  186HOH    HW1 2130   3.478   3.311   0.741\n+  186HOH    HW2 2131   3.397   3.230   0.626\n+  187HOH     OW 2132   1.957   2.542  -0.142\n+  187HOH    HW1 2133   1.876   2.542  -0.084\n+  187HOH    HW2 2134   1.957   2.624  -0.200\n+  188HOH     OW 2135   1.479   1.567   0.726\n+  188HOH    HW1 2136   1.397   1.567   0.784\n+  188HOH    HW2 2137   1.479   1.486   0.668\n+  189HOH     OW 2138   1.911   2.802  -1.465\n+  189HOH    HW1 2139   1.911   2.884  -1.522\n+  189HOH    HW2 2140   1.911   2.721  -1.522\n+  190HOH     OW 2141   1.730   3.906  -1.245\n+  190HOH    HW1 2142   1.812   3.906  -1.188\n+  190HOH    HW2 2143   1.649   3.906  -1.188\n+  191HOH     OW 2144   1.620   1.450   0.558\n+  191HOH    HW1 2145   1.701   1.450   0.615\n+  191HOH    HW2 2146   1.620   1.532   0.500\n+  192HOH     OW 2147   1.735   4.635  -0.708\n+  192HOH    HW1 2148   1.816   4.635  -0.650\n+  192HOH    HW2 2149   1.735   4.553  -0.766\n+  193HOH     OW 2150   1.499   3.130  -0.424\n+  193HOH    HW1 2151   1.418   3.130  -0.366\n+  193HOH    HW2 2152   1.499   3.212  -0.482\n+  194HOH     OW 2153   2.820   4.477  -0.315\n+  194HOH    HW1 2154   2.738   4.477  -0.257\n+  194HOH    HW2 2155   2.820   4.396  -0.373\n+  195HOH     OW 2156   2.948   1.386  -0.911\n+  195HOH    HW1 2157   2.948   1.468  -0.968\n+  195HOH    HW2 2158   2.948   1.305  -0.968\n+  196HOH     OW 2159   2.361   4.481   0.261\n+  196HOH    HW1 2160   2.443   4.481   0.319\n+  196HOH    HW2 2161   2.280   4.481   0.319\n+  197HOH     OW 2162   4.057   2.218  -0.636\n+  197HOH    HW1 2163   4.139   2.218  -0.578\n+  197HOH    HW2 2164   4.057   2.300  -0.694\n+  198HOH     OW 2165   1.247   3.186  -0.623\n+  198HOH    HW1 2166   1.329   3.186  -0.565\n+  198HOH    HW2 2167   1.247   3.104  -0.680\n+  199HOH     OW 2168   1.668   1.359  -0.583\n+  199HOH    HW1 2169   1.587   1.359  -0.525\n+  199HOH    HW2 2170   1.668   1.441  -0.641\n+  200HOH     OW 2171   2.753   3.806  -1.286\n+  200HOH    HW1 2172   2.672   3.806  -1.228\n+  200HOH    HW2 2173   2.753   3.724  -1.344\n+  201HOH     OW 2174   2.589   3.597   1.156\n+  201HOH    HW1 2175   2.589   3.679   1.099\n+  201HOH    HW2 2176   2.589   3.516   1.099\n+  202HOH     OW 2177   2.479   2.518   1.606\n+  202HOH    HW1 2178   2.561   2.518   1.664\n+  202HOH    HW2 2179   2.397   2.518   1.664\n+  203HOH     OW 2180   1.258   2.121   0.501\n+  203HOH    HW1 2181   1.340   2.121   0.558\n+  203HOH    HW2 2182   1.258   2.203   0.443\n+  204HOH     OW 2183   1.969   2.375  -0.485\n+  204HOH    HW1 2184   2.050   2.375  -0.427\n+  204HOH    HW2 2185   1.969   2.293  -0.543\n+  205HOH     OW 2186   2.710   3.596  -1.236\n+  205HOH    HW1 2187   2.628   3.596  -1.178\n+  205HOH    HW2 2188   2.710   3.677  -1.294\n+  206HOH     OW 2189   3.726   0.963   1.000\n+  206HOH    HW1 2190   3.644   0.963   1.058\n+  206HOH    HW2 2191   3.726   0.882   0.942\n+  207HOH     OW 2192   4.376   2.384   0.804\n+  207HOH    HW1 2193   4.376   2.466   0.746\n+  207HOH    HW2 2194   4.376   2.303   0.746\n+   5.90620   6.84510   3.05170\n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/solv.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/solv.gro Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,38395 @@\n+LYSOZYME\n+38392\n+    1LYS      N    1   4.434   3.396   2.469\n+    1LYS     H1    2   4.510   3.450   2.431\n+    1LYS     H2    3   4.368   3.376   2.397\n+    1LYS     H3    4   4.390   3.448   2.542\n+    1LYS     CA    5   4.487   3.269   2.524\n+    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.451\n+    1LYS     CB    7   4.585   3.306   2.636\n+    1LYS    HB1    8   4.661   3.357   2.597\n+    1LYS    HB2    9   4.537   3.363   2.703\n+    1LYS     CG   10   4.643   3.187   2.711\n+    1LYS    HG1   11   4.574   3.151   2.773\n+    1LYS    HG2   12   4.668   3.116   2.644\n+    1LYS     CD   13   4.767   3.227   2.790\n+    1LYS    HD1   14   4.843   3.245   2.727\n+    1LYS    HD2   15   4.747   3.309   2.843\n+    1LYS     CE   16   4.804   3.113   2.883\n+    1LYS    HE1   17   4.739   3.108   2.959\n+    1LYS    HE2   18   4.804   3.026   2.834\n+    1LYS     NZ   19   4.940   3.139   2.937\n+    1LYS    HZ1   20   4.967   3.065   2.999\n+    1LYS    HZ2   21   5.006   3.144   2.861\n+    1LYS    HZ3   22   4.940   3.226   2.987\n+    1LYS      C   23   4.372   3.188   2.583\n+    1LYS      O   24   4.293   3.243   2.659\n+    2VAL      N   25   4.372   3.058   2.563\n+    2VAL      H   26   4.434   3.022   2.493\n+    2VAL     CA   27   4.288   2.962   2.634\n+    2VAL     HA   28   4.215   3.014   2.677\n+    2VAL     CB   29   4.212   2.865   2.544\n+    2VAL     HB   30   4.284   2.814   2.497\n+    2VAL    CG1   31   4.123   2.770   2.624\n+    2VAL   HG11   32   4.075   2.709   2.561\n+    2VAL   HG12   33   4.180   2.717   2.686\n+    2VAL   HG13   34   4.056   2.823   2.676\n+    2VAL    CG2   35   4.127   2.933   2.438\n+    2VAL   HG21   36   4.081   2.864   2.383\n+    2VAL   HG22   37   4.060   2.992   2.482\n+    2VAL   HG23   38   4.186   2.989   2.379\n+    2VAL      C   39   4.378   2.893   2.738\n+    2VAL      O   40   4.474   2.823   2.701\n+    3PHE      N   41   4.347   2.917   2.863\n+    3PHE      H   42   4.273   2.981   2.883\n+    3PHE     CA   43   4.417   2.852   2.975\n+    3PHE     HA   44   4.513   2.859   2.950\n+    3PHE     CB   45   4.395   2.925   3.108\n+    3PHE    HB1   46   4.303   2.964   3.109\n+    3PHE    HB2   47   4.404   2.860   3.183\n+    3PHE     CG   48   4.492   3.036   3.129\n+    3PHE    CD1   49   4.465   3.167   3.087\n+    3PHE    HD1   50   4.379   3.187   3.040\n+    3PHE    CD2   51   4.598   3.018   3.220\n+    3PHE    HD2   52   4.611   2.928   3.262\n+    3PHE    CE1   53   4.556   3.270   3.110\n+    3PHE    HE1   54   4.546   3.357   3.063\n+    3PHE    CE2   55   4.685   3.121   3.251\n+    3PHE    HE2   56   4.764   3.104   3.310\n+    3PHE     CZ   57   4.662   3.249   3.200\n+    3PHE     HZ   58   4.720   3.326   3.228\n+    3PHE      C   59   4.372   2.706   2.990\n+    3PHE      O   60   4.250   2.678   2.981\n+    4GLY      N   61   4.470   2.626   3.034\n+    4GLY      H   62   4.565   2.657   3.035\n+    4GLY     CA   63   4.435   2.490   3.080\n+    4GLY    HA1   64   4.360   2.454   3.024\n+    4GLY    HA2   65   4.514   2.430   3.073\n+    4GLY      C   66   4.390   2.504   3.225\n+    4GLY      O   67   4.428   2.602   3.289\n+    5ARG      N   68   4.303   2.416   3.270\n+    5ARG      H   69   4.269   2.346   3.207\n+    5ARG     CA   70   4.254   2.416   3.408\n+    5ARG     HA   71   4.196   2.496   3.415\n+    5ARG     CB   72   4.174   2.288   3.434\n+    5ARG    HB1   73   4.098   2.284   3.370\n+    5ARG    HB2   74   4.234   2.209   3.420\n+    5ARG     CG   75   4.119   2.282   3.575\n+    5ARG    HG1   76   4.195   2.279   3.640\n+    5ARG    HG2   77   4.063   2.363   3.592\n+    5ARG     CD   78   4.036   2.162   3.595\n+    5ARG    HD1   79   4.002   2.161   3.689\n+    5ARG    HD2   80   3.958   2.167   3.532\n+    5ARG     NE   81   4.104   2.037   3.571\n+    5ARG     HE   82   4.100   2.002   3.478\n+    5ARG     CZ   83   4.171   1.963   3.657\n+    5ARG    NH1   84   4.182   1.995   3.786\n+    5ARG   HH11   85   4.137   2.078   3.820\n+    5ARG   HH12   86   4.234   1.937   3.848\n+    5'..b'42   6.984\n+12245SOL    HW138307   6.969   6.494   6.921\n+12245SOL    HW238308   7.122   6.454   6.960\n+12246SOL     OW38309   5.658   5.752   5.904\n+12246SOL    HW138310   5.641   5.835   5.850\n+12246SOL    HW238311   5.748   5.715   5.882\n+12247SOL     OW38312   6.769   6.921   5.705\n+12247SOL    HW138313   6.670   6.910   5.707\n+12247SOL    HW238314   6.803   6.936   5.798\n+12248SOL     OW38315   6.199   6.428   7.017\n+12248SOL    HW138316   6.255   6.509   7.000\n+12248SOL    HW238317   6.258   6.348   7.020\n+12249SOL     OW38318   7.079   7.353   6.545\n+12249SOL    HW138319   7.112   7.417   6.476\n+12249SOL    HW238320   7.145   7.347   6.620\n+12250SOL     OW38321   6.302   6.151   7.294\n+12250SOL    HW138322   6.321   6.216   7.368\n+12250SOL    HW238323   6.362   6.071   7.303\n+12251SOL     OW38324   5.976   7.327   7.146\n+12251SOL    HW138325   5.885   7.368   7.144\n+12251SOL    HW238326   5.969   7.233   7.178\n+12252SOL     OW38327   7.260   6.469   6.840\n+12252SOL    HW138328   7.233   6.380   6.803\n+12252SOL    HW238329   7.261   6.537   6.767\n+12253SOL     OW38330   6.811   5.911   6.035\n+12253SOL    HW138331   6.876   5.837   6.024\n+12253SOL    HW238332   6.831   5.961   6.119\n+12254SOL     OW38333   6.180   6.331   6.238\n+12254SOL    HW138334   6.230   6.416   6.219\n+12254SOL    HW238335   6.092   6.333   6.190\n+12255SOL     OW38336   7.316   6.520   7.103\n+12255SOL    HW138337   7.354   6.611   7.118\n+12255SOL    HW238338   7.308   6.503   7.004\n+12256SOL     OW38339   6.445   6.960   5.602\n+12256SOL    HW138340   6.399   6.975   5.690\n+12256SOL    HW238341   6.489   7.045   5.572\n+12257SOL     OW38342   6.445   6.542   6.447\n+12257SOL    HW138343   6.499   6.473   6.495\n+12257SOL    HW238344   6.413   6.611   6.513\n+12258SOL     OW38345   6.669   6.570   5.673\n+12258SOL    HW138346   6.646   6.623   5.591\n+12258SOL    HW238347   6.750   6.514   5.654\n+12259SOL     OW38348   7.447   7.155   6.437\n+12259SOL    HW138349   7.376   7.143   6.367\n+12259SOL    HW238350   7.448   7.076   6.497\n+12260SOL     OW38351   5.665   6.826   6.239\n+12260SOL    HW138352   5.664   6.779   6.327\n+12260SOL    HW238353   5.747   6.798   6.188\n+12261SOL     OW38354   6.258   6.977   7.210\n+12261SOL    HW138355   6.180   6.927   7.248\n+12261SOL    HW238356   6.255   7.072   7.241\n+12262SOL     OW38357   7.410   5.778   6.813\n+12262SOL    HW138358   7.406   5.688   6.857\n+12262SOL    HW238359   7.413   5.767   6.714\n+12263SOL     OW38360   6.014   6.010   6.106\n+12263SOL    HW138361   6.044   5.938   6.044\n+12263SOL    HW238362   5.975   5.970   6.189\n+12264SOL     OW38363   5.903   6.133   6.866\n+12264SOL    HW138364   5.941   6.074   6.938\n+12264SOL    HW238365   5.943   6.107   6.778\n+12265SOL     OW38366   6.398   7.172   6.273\n+12265SOL    HW138367   6.430   7.182   6.179\n+12265SOL    HW238368   6.319   7.110   6.275\n+12266SOL     OW38369   7.010   5.800   6.698\n+12266SOL    HW138370   7.062   5.735   6.753\n+12266SOL    HW238371   6.961   5.863   6.759\n+12267SOL     OW38372   6.587   5.620   6.740\n+12267SOL    HW138373   6.524   5.548   6.709\n+12267SOL    HW238374   6.680   5.584   6.740\n+12268SOL     OW38375   6.356   6.916   5.887\n+12268SOL    HW138376   6.310   6.829   5.904\n+12268SOL    HW238377   6.447   6.913   5.928\n+12269SOL     OW38378   6.204   7.153   6.870\n+12269SOL    HW138379   6.199   7.235   6.927\n+12269SOL    HW238380   6.293   7.150   6.825\n+12270SOL     OW38381   6.938   5.638   5.754\n+12270SOL    HW138382   6.973   5.597   5.670\n+12270SOL    HW238383   6.848   5.600   5.774\n+12271SOL     OW38384   6.886   6.039   6.277\n+12271SOL    HW138385   6.827   6.119   6.281\n+12271SOL    HW238386   6.901   6.004   6.370\n+12272SOL     OW38387   7.179   5.807   6.468\n+12272SOL    HW138388   7.095   5.806   6.522\n+12272SOL    HW238389   7.181   5.890   6.412\n+12273SOL     OW38390   5.625   6.663   5.886\n+12273SOL    HW138391   5.724   6.652   5.877\n+12273SOL    HW238392   5.585   6.577   5.918\n+   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/solv_ions.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/solv_ions.gro Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,38379 @@\n+LYSOZYME in water\n+38376\n+    1LYS      N    1   4.434   3.396   2.469\n+    1LYS     H1    2   4.510   3.450   2.431\n+    1LYS     H2    3   4.368   3.376   2.397\n+    1LYS     H3    4   4.390   3.448   2.542\n+    1LYS     CA    5   4.487   3.269   2.524\n+    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.451\n+    1LYS     CB    7   4.585   3.306   2.636\n+    1LYS    HB1    8   4.661   3.357   2.597\n+    1LYS    HB2    9   4.537   3.363   2.703\n+    1LYS     CG   10   4.643   3.187   2.711\n+    1LYS    HG1   11   4.574   3.151   2.773\n+    1LYS    HG2   12   4.668   3.116   2.644\n+    1LYS     CD   13   4.767   3.227   2.790\n+    1LYS    HD1   14   4.843   3.245   2.727\n+    1LYS    HD2   15   4.747   3.309   2.843\n+    1LYS     CE   16   4.804   3.113   2.883\n+    1LYS    HE1   17   4.739   3.108   2.959\n+    1LYS    HE2   18   4.804   3.026   2.834\n+    1LYS     NZ   19   4.940   3.139   2.937\n+    1LYS    HZ1   20   4.967   3.065   2.999\n+    1LYS    HZ2   21   5.006   3.144   2.861\n+    1LYS    HZ3   22   4.940   3.226   2.987\n+    1LYS      C   23   4.372   3.188   2.583\n+    1LYS      O   24   4.293   3.243   2.659\n+    2VAL      N   25   4.372   3.058   2.563\n+    2VAL      H   26   4.434   3.022   2.493\n+    2VAL     CA   27   4.288   2.962   2.634\n+    2VAL     HA   28   4.215   3.014   2.677\n+    2VAL     CB   29   4.212   2.865   2.544\n+    2VAL     HB   30   4.284   2.814   2.497\n+    2VAL    CG1   31   4.123   2.770   2.624\n+    2VAL   HG11   32   4.075   2.709   2.561\n+    2VAL   HG12   33   4.180   2.717   2.686\n+    2VAL   HG13   34   4.056   2.823   2.676\n+    2VAL    CG2   35   4.127   2.933   2.438\n+    2VAL   HG21   36   4.081   2.864   2.383\n+    2VAL   HG22   37   4.060   2.992   2.482\n+    2VAL   HG23   38   4.186   2.989   2.379\n+    2VAL      C   39   4.378   2.893   2.738\n+    2VAL      O   40   4.474   2.823   2.701\n+    3PHE      N   41   4.347   2.917   2.863\n+    3PHE      H   42   4.273   2.981   2.883\n+    3PHE     CA   43   4.417   2.852   2.975\n+    3PHE     HA   44   4.513   2.859   2.950\n+    3PHE     CB   45   4.395   2.925   3.108\n+    3PHE    HB1   46   4.303   2.964   3.109\n+    3PHE    HB2   47   4.404   2.860   3.183\n+    3PHE     CG   48   4.492   3.036   3.129\n+    3PHE    CD1   49   4.465   3.167   3.087\n+    3PHE    HD1   50   4.379   3.187   3.040\n+    3PHE    CD2   51   4.598   3.018   3.220\n+    3PHE    HD2   52   4.611   2.928   3.262\n+    3PHE    CE1   53   4.556   3.270   3.110\n+    3PHE    HE1   54   4.546   3.357   3.063\n+    3PHE    CE2   55   4.685   3.121   3.251\n+    3PHE    HE2   56   4.764   3.104   3.310\n+    3PHE     CZ   57   4.662   3.249   3.200\n+    3PHE     HZ   58   4.720   3.326   3.228\n+    3PHE      C   59   4.372   2.706   2.990\n+    3PHE      O   60   4.250   2.678   2.981\n+    4GLY      N   61   4.470   2.626   3.034\n+    4GLY      H   62   4.565   2.657   3.035\n+    4GLY     CA   63   4.435   2.490   3.080\n+    4GLY    HA1   64   4.360   2.454   3.024\n+    4GLY    HA2   65   4.514   2.430   3.073\n+    4GLY      C   66   4.390   2.504   3.225\n+    4GLY      O   67   4.428   2.602   3.289\n+    5ARG      N   68   4.303   2.416   3.270\n+    5ARG      H   69   4.269   2.346   3.207\n+    5ARG     CA   70   4.254   2.416   3.408\n+    5ARG     HA   71   4.196   2.496   3.415\n+    5ARG     CB   72   4.174   2.288   3.434\n+    5ARG    HB1   73   4.098   2.284   3.370\n+    5ARG    HB2   74   4.234   2.209   3.420\n+    5ARG     CG   75   4.119   2.282   3.575\n+    5ARG    HG1   76   4.195   2.279   3.640\n+    5ARG    HG2   77   4.063   2.363   3.592\n+    5ARG     CD   78   4.036   2.162   3.595\n+    5ARG    HD1   79   4.002   2.161   3.689\n+    5ARG    HD2   80   3.958   2.167   3.532\n+    5ARG     NE   81   4.104   2.037   3.571\n+    5ARG     HE   82   4.100   2.002   3.478\n+    5ARG     CZ   83   4.171   1.963   3.657\n+    5ARG    NH1   84   4.182   1.995   3.786\n+    5ARG   HH11   85   4.137   2.078   3.820\n+    5ARG   HH12   86   4.234   1.937   3.8'..b'36   5.798\n+12240SOL     OW38291   6.199   6.428   7.017\n+12240SOL    HW138292   6.255   6.509   7.000\n+12240SOL    HW238293   6.258   6.348   7.020\n+12241SOL     OW38294   7.079   7.353   6.545\n+12241SOL    HW138295   7.112   7.417   6.476\n+12241SOL    HW238296   7.145   7.347   6.620\n+12242SOL     OW38297   6.302   6.151   7.294\n+12242SOL    HW138298   6.321   6.216   7.368\n+12242SOL    HW238299   6.362   6.071   7.303\n+12243SOL     OW38300   5.976   7.327   7.146\n+12243SOL    HW138301   5.885   7.368   7.144\n+12243SOL    HW238302   5.969   7.233   7.178\n+12244SOL     OW38303   7.260   6.469   6.840\n+12244SOL    HW138304   7.233   6.380   6.803\n+12244SOL    HW238305   7.261   6.537   6.767\n+12245SOL     OW38306   6.811   5.911   6.035\n+12245SOL    HW138307   6.876   5.837   6.024\n+12245SOL    HW238308   6.831   5.961   6.119\n+12246SOL     OW38309   6.180   6.331   6.238\n+12246SOL    HW138310   6.230   6.416   6.219\n+12246SOL    HW238311   6.092   6.333   6.190\n+12247SOL     OW38312   7.316   6.520   7.103\n+12247SOL    HW138313   7.354   6.611   7.118\n+12247SOL    HW238314   7.308   6.503   7.004\n+12248SOL     OW38315   6.445   6.960   5.602\n+12248SOL    HW138316   6.399   6.975   5.690\n+12248SOL    HW238317   6.489   7.045   5.572\n+12249SOL     OW38318   6.445   6.542   6.447\n+12249SOL    HW138319   6.499   6.473   6.495\n+12249SOL    HW238320   6.413   6.611   6.513\n+12250SOL     OW38321   6.669   6.570   5.673\n+12250SOL    HW138322   6.646   6.623   5.591\n+12250SOL    HW238323   6.750   6.514   5.654\n+12251SOL     OW38324   7.447   7.155   6.437\n+12251SOL    HW138325   7.376   7.143   6.367\n+12251SOL    HW238326   7.448   7.076   6.497\n+12252SOL     OW38327   5.665   6.826   6.239\n+12252SOL    HW138328   5.664   6.779   6.327\n+12252SOL    HW238329   5.747   6.798   6.188\n+12253SOL     OW38330   6.258   6.977   7.210\n+12253SOL    HW138331   6.180   6.927   7.248\n+12253SOL    HW238332   6.255   7.072   7.241\n+12254SOL     OW38333   7.410   5.778   6.813\n+12254SOL    HW138334   7.406   5.688   6.857\n+12254SOL    HW238335   7.413   5.767   6.714\n+12255SOL     OW38336   6.014   6.010   6.106\n+12255SOL    HW138337   6.044   5.938   6.044\n+12255SOL    HW238338   5.975   5.970   6.189\n+12256SOL     OW38339   5.903   6.133   6.866\n+12256SOL    HW138340   5.941   6.074   6.938\n+12256SOL    HW238341   5.943   6.107   6.778\n+12257SOL     OW38342   6.398   7.172   6.273\n+12257SOL    HW138343   6.430   7.182   6.179\n+12257SOL    HW238344   6.319   7.110   6.275\n+12258SOL     OW38345   7.010   5.800   6.698\n+12258SOL    HW138346   7.062   5.735   6.753\n+12258SOL    HW238347   6.961   5.863   6.759\n+12259SOL     OW38348   6.587   5.620   6.740\n+12259SOL    HW138349   6.524   5.548   6.709\n+12259SOL    HW238350   6.680   5.584   6.740\n+12260SOL     OW38351   6.356   6.916   5.887\n+12260SOL    HW138352   6.310   6.829   5.904\n+12260SOL    HW238353   6.447   6.913   5.928\n+12261SOL     OW38354   6.204   7.153   6.870\n+12261SOL    HW138355   6.199   7.235   6.927\n+12261SOL    HW238356   6.293   7.150   6.825\n+12262SOL     OW38357   6.938   5.638   5.754\n+12262SOL    HW138358   6.973   5.597   5.670\n+12262SOL    HW238359   6.848   5.600   5.774\n+12263SOL     OW38360   6.886   6.039   6.277\n+12263SOL    HW138361   6.827   6.119   6.281\n+12263SOL    HW238362   6.901   6.004   6.370\n+12264SOL     OW38363   7.179   5.807   6.468\n+12264SOL    HW138364   7.095   5.806   6.522\n+12264SOL    HW238365   7.181   5.890   6.412\n+12265SOL     OW38366   5.625   6.663   5.886\n+12265SOL    HW138367   5.724   6.652   5.877\n+12265SOL    HW238368   5.585   6.577   5.918\n+12266CL      CL38369   0.197   2.838   1.264\n+12267CL      CL38370   1.709   2.247   3.243\n+12268CL      CL38371   1.576   7.248   4.031\n+12269CL      CL38372   1.302   6.441   5.895\n+12270CL      CL38373   3.133   3.659   6.177\n+12271CL      CL38374   2.875   3.829   1.770\n+12272CL      CL38375   7.275   0.922   0.612\n+12273CL      CL38376   6.395   5.590   6.088\n+   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/topol.top
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/topol.top Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,18409 @@\n+;\n+;\tFile \'topol.top\' was generated\n+;\tBy user: unknown (1000)\n+;\tOn host: simon-laptop\n+;\tAt date: Thu Aug 16 20:54:28 2018\n+;\n+;\tThis is a standalone topology file\n+;\n+;\tCreated by:\n+;\t                    :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2018.2 (-:\n+;\t\n+;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/gromacs2/bin/gmx\n+;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/gromacs2\n+;\tWorking dir:  /home/simon/moldyn-galaxy/protein/test-data\n+;\tCommand line:\n+;\t  gmx pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh\n+;\tForce field was read from the standard GROMACS share directory.\n+;\n+\n+; Include forcefield parameters\n+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"\n+\n+[ moleculetype ]\n+; Name            nrexcl\n+Protein_chain_A     3\n+\n+[ atoms ]\n+;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB\n+; residue   1 LYS rtp LYSH q +2.0\n+     1   opls_287      1    LYS      N      1       -0.3    14.0027   ; qtot -0.3\n+     2   opls_290      1    LYS     H1      1       0.33      1.008   ; qtot 0.03\n+     3   opls_290      1    LYS     H2      1       0.33      1.008   ; qtot 0.36\n+     4   opls_290      1    LYS     H3      1       0.33      1.008   ; qtot 0.69\n+     5  opls_293B      1    LYS     CA      1       0.25     12.011   ; qtot 0.94\n+     6   opls_140      1    LYS     HA      1       0.06      1.008   ; qtot 1\n+     7   opls_136      1    LYS     CB      2      -0.12     12.011   ; qtot 0.88\n+     8   opls_140      1    LYS    HB1      2       0.06      1.008   ; qtot 0.94\n+     9   opls_140      1    LYS    HB2      2       0.06      1.008   ; qtot 1\n+    10   opls_136      1    LYS     CG      3      -0.12     12.011   ; qtot 0.88\n+    11   opls_140      1    LYS    HG1      3       0.06      1.008   ; qtot 0.94\n+    12   opls_140      1    LYS    HG2      3       0.06      1.008   ; qtot 1\n+    13   opls_136      1    LYS     CD      4      -0.12     12.011   ; qtot 0.88\n+    14   opls_140      1    LYS    HD1      4       0.06      1.008   ; qtot 0.94\n+    15   opls_140      1    LYS    HD2      4       0.06      1.008   ; qtot 1\n+    16   opls_292      1    LYS     CE      5       0.19     12.011   ; qtot 1.19\n+    17   opls_140      1    LYS    HE1      5       0.06      1.008   ; qtot 1.25\n+    18   opls_140      1    LYS    HE2      5       0.06      1.008   ; qtot 1.31\n+    19   opls_287      1    LYS     NZ      6       -0.3    14.0067   ; qtot 1.01\n+    20   opls_290      1    LYS    HZ1      6       0.33      1.008   ; qtot 1.34\n+    21   opls_290      1    LYS    HZ2      6       0.33      1.008   ; qtot 1.67\n+    22   opls_290      1    LYS    HZ3      6       0.33      1.008   ; qtot 2\n+    23   opls_235      1    LYS      C      7        0.5     12.011   ; qtot 2.5\n+    24   opls_236      1    LYS      O      7       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n+; residue   2 VAL rtp VAL  q  0.0\n+    25   opls_238      2    VAL      N      8       -0.5    14.0067   ; qtot 1.5\n+    26   opls_241      2    VAL      H      8        0.3      1.008   ; qtot 1.8\n+    27  opls_224B      2    VAL     CA      8       0.14     12.011   ; qtot 1.94\n+    28   opls_140      2    VAL     HA      8       0.06      1.008   ; qtot 2\n+    29   opls_137      2    VAL     CB      9      -0.06     12.011   ; qtot 1.94\n+    30   opls_140      2    VAL     HB      9       0.06      1.008   ; qtot 2\n+    31   opls_135      2    VAL    CG1     10      -0.18     12.011   ; qtot 1.82\n+    32   opls_140      2    VAL   HG11     10       0.06      1.008   ; qtot 1.88\n+    33   opls_140      2    VAL   HG12     10       0.06      1.008   ; qtot 1.94\n+    34   opls_140      2    VAL   HG13     10       0.06      1.008   ; qtot 2\n+    35   opls_135      2    VAL    CG2     11      -0.18     12.011   ; qtot 1.82\n+    36   opls_140      2    VAL   HG21     11       0.06      1.008   ; qtot 1.88\n+    37   opls_140      2    VAL   HG22     11       0.06      1.008   ; qtot 1.9'..b'_Z_N_X_Y\n+ 1652  1659  1655  1656     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1654  1653  1649  1657     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1655  1657  1659  1660     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1658  1657  1653  1659     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1661  1665  1663  1664     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1665  1687  1685  1686     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1673  1678  1676  1677     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1676  1679  1678  1682     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1678  1680  1679  1681     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1678  1683  1682  1684     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1685  1689  1687  1688     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1689  1701  1699  1700     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1691  1696  1694  1695     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1694  1697  1696  1698     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1699  1703  1701  1702     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1703  1725  1723  1724     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1711  1716  1714  1715     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1714  1717  1716  1720     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1716  1718  1717  1719     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1716  1721  1720  1722     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1723  1727  1725  1726     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1727  1735  1733  1734     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1733  1737  1735  1736     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1737  1757  1755  1756     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1755  1759  1757  1758     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1759  1764  1762  1763     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1762  1766  1764  1765     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1766  1778  1776  1777     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1776  1780  1778  1779     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1780  1790  1788  1789     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1782  1786  1785  1787     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1788  1792  1790  1791     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1792  1806  1804  1805     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1804  1808  1806  1807     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1808  1823  1821  1822     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1813  1818  1816  1817     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1816  1819  1818  1820     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1821  1825  1823  1824     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1825  1833  1831  1832     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1831  1835  1833  1834     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1835  1857  1855  1856     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1837  1840  1843  1841     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1840  1844  1841  1842     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1841  1846  1844  1845     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1846  1853  1849  1850     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1848  1847  1843  1851     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1849  1851  1853  1854     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1852  1851  1847  1853     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1855  1859  1857  1858     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1859  1876  1874  1875     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1874  1878  1876  1877     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1878  1900  1898  1899     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1886  1891  1889  1890     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1889  1892  1891  1895     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1891  1893  1892  1894     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1891  1896  1895  1897     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1898  1902  1900  1901     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1902  1907  1905  1906     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1905  1909  1907  1908     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1909  1917  1915  1916     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1915  1919  1917  1918     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1919  1941  1939  1940     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1927  1932  1930  1931     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1930  1933  1932  1936     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1932  1934  1933  1935     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1932  1937  1936  1938     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1939  1943  1941  1942     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1943  1959  1958  1960     1    improper_O_C_X_Y\n+\n+; Include Position restraint file\n+#ifdef POSRES\n+#include "posres.itp"\n+#endif\n+\n+; Include water topology\n+#include "oplsaa.ff/spce.itp"\n+\n+#ifdef POSRES_WATER\n+; Position restraint for each water oxygen\n+[ position_restraints ]\n+;  i funct       fcx        fcy        fcz\n+   1    1       1000       1000       1000\n+#endif\n+\n+; Include topology for ions\n+#include "oplsaa.ff/ions.itp"\n+\n+[ system ]\n+; Name\n+LYSOZYME\n+\n+[ molecules ]\n+; Compound        #mols\n+Protein_chain_A     1\n+SOL                78\n'
b
diff -r 000000000000 -r 911eb71ccd1f test-data/topol_solv.top
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/topol_solv.top Thu Oct 04 17:39:57 2018 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,18411 @@\n+;\n+;\tFile \'topol.top\' was generated\n+;\tBy user: unknown (1000)\n+;\tOn host: simon-laptop\n+;\tAt date: Thu Aug 16 20:54:28 2018\n+;\n+;\tThis is a standalone topology file\n+;\n+;\tCreated by:\n+;\t                    :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2018.2 (-:\n+;\t\n+;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/gromacs2/bin/gmx\n+;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/gromacs2\n+;\tWorking dir:  /home/simon/moldyn-galaxy/protein/test-data\n+;\tCommand line:\n+;\t  gmx pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh\n+;\tForce field was read from the standard GROMACS share directory.\n+;\n+\n+; Include forcefield parameters\n+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"\n+\n+[ moleculetype ]\n+; Name            nrexcl\n+Protein_chain_A     3\n+\n+[ atoms ]\n+;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB\n+; residue   1 LYS rtp LYSH q +2.0\n+     1   opls_287      1    LYS      N      1       -0.3    14.0027   ; qtot -0.3\n+     2   opls_290      1    LYS     H1      1       0.33      1.008   ; qtot 0.03\n+     3   opls_290      1    LYS     H2      1       0.33      1.008   ; qtot 0.36\n+     4   opls_290      1    LYS     H3      1       0.33      1.008   ; qtot 0.69\n+     5  opls_293B      1    LYS     CA      1       0.25     12.011   ; qtot 0.94\n+     6   opls_140      1    LYS     HA      1       0.06      1.008   ; qtot 1\n+     7   opls_136      1    LYS     CB      2      -0.12     12.011   ; qtot 0.88\n+     8   opls_140      1    LYS    HB1      2       0.06      1.008   ; qtot 0.94\n+     9   opls_140      1    LYS    HB2      2       0.06      1.008   ; qtot 1\n+    10   opls_136      1    LYS     CG      3      -0.12     12.011   ; qtot 0.88\n+    11   opls_140      1    LYS    HG1      3       0.06      1.008   ; qtot 0.94\n+    12   opls_140      1    LYS    HG2      3       0.06      1.008   ; qtot 1\n+    13   opls_136      1    LYS     CD      4      -0.12     12.011   ; qtot 0.88\n+    14   opls_140      1    LYS    HD1      4       0.06      1.008   ; qtot 0.94\n+    15   opls_140      1    LYS    HD2      4       0.06      1.008   ; qtot 1\n+    16   opls_292      1    LYS     CE      5       0.19     12.011   ; qtot 1.19\n+    17   opls_140      1    LYS    HE1      5       0.06      1.008   ; qtot 1.25\n+    18   opls_140      1    LYS    HE2      5       0.06      1.008   ; qtot 1.31\n+    19   opls_287      1    LYS     NZ      6       -0.3    14.0067   ; qtot 1.01\n+    20   opls_290      1    LYS    HZ1      6       0.33      1.008   ; qtot 1.34\n+    21   opls_290      1    LYS    HZ2      6       0.33      1.008   ; qtot 1.67\n+    22   opls_290      1    LYS    HZ3      6       0.33      1.008   ; qtot 2\n+    23   opls_235      1    LYS      C      7        0.5     12.011   ; qtot 2.5\n+    24   opls_236      1    LYS      O      7       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n+; residue   2 VAL rtp VAL  q  0.0\n+    25   opls_238      2    VAL      N      8       -0.5    14.0067   ; qtot 1.5\n+    26   opls_241      2    VAL      H      8        0.3      1.008   ; qtot 1.8\n+    27  opls_224B      2    VAL     CA      8       0.14     12.011   ; qtot 1.94\n+    28   opls_140      2    VAL     HA      8       0.06      1.008   ; qtot 2\n+    29   opls_137      2    VAL     CB      9      -0.06     12.011   ; qtot 1.94\n+    30   opls_140      2    VAL     HB      9       0.06      1.008   ; qtot 2\n+    31   opls_135      2    VAL    CG1     10      -0.18     12.011   ; qtot 1.82\n+    32   opls_140      2    VAL   HG11     10       0.06      1.008   ; qtot 1.88\n+    33   opls_140      2    VAL   HG12     10       0.06      1.008   ; qtot 1.94\n+    34   opls_140      2    VAL   HG13     10       0.06      1.008   ; qtot 2\n+    35   opls_135      2    VAL    CG2     11      -0.18     12.011   ; qtot 1.82\n+    36   opls_140      2    VAL   HG21     11       0.06      1.008   ; qtot 1.88\n+    37   opls_140      2    VAL   HG22     11       0.06      1.008   ; qtot 1.9'..b'per_Z_CA_X_Y\n+ 1654  1653  1649  1657     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1655  1657  1659  1660     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1658  1657  1653  1659     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1661  1665  1663  1664     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1665  1687  1685  1686     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1673  1678  1676  1677     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1676  1679  1678  1682     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1678  1680  1679  1681     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1678  1683  1682  1684     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1685  1689  1687  1688     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1689  1701  1699  1700     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1691  1696  1694  1695     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1694  1697  1696  1698     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1699  1703  1701  1702     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1703  1725  1723  1724     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1711  1716  1714  1715     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1714  1717  1716  1720     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1716  1718  1717  1719     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1716  1721  1720  1722     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1723  1727  1725  1726     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1727  1735  1733  1734     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1733  1737  1735  1736     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1737  1757  1755  1756     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1755  1759  1757  1758     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1759  1764  1762  1763     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1762  1766  1764  1765     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1766  1778  1776  1777     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1776  1780  1778  1779     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1780  1790  1788  1789     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1782  1786  1785  1787     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1788  1792  1790  1791     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1792  1806  1804  1805     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1804  1808  1806  1807     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1808  1823  1821  1822     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1813  1818  1816  1817     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1816  1819  1818  1820     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1821  1825  1823  1824     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1825  1833  1831  1832     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1831  1835  1833  1834     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1835  1857  1855  1856     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1837  1840  1843  1841     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1840  1844  1841  1842     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1841  1846  1844  1845     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1846  1853  1849  1850     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1848  1847  1843  1851     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1849  1851  1853  1854     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1852  1851  1847  1853     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1855  1859  1857  1858     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1859  1876  1874  1875     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1874  1878  1876  1877     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1878  1900  1898  1899     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1886  1891  1889  1890     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1889  1892  1891  1895     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1891  1893  1892  1894     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1891  1896  1895  1897     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1898  1902  1900  1901     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1902  1907  1905  1906     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1905  1909  1907  1908     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1909  1917  1915  1916     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1915  1919  1917  1918     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1919  1941  1939  1940     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1927  1932  1930  1931     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1930  1933  1932  1936     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1932  1934  1933  1935     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1932  1937  1936  1938     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1939  1943  1941  1942     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1943  1959  1958  1960     1    improper_O_C_X_Y\n+\n+; Include Position restraint file\n+#ifdef POSRES\n+#include "posres.itp"\n+#endif\n+\n+; Include water topology\n+#include "oplsaa.ff/spce.itp"\n+\n+#ifdef POSRES_WATER\n+; Position restraint for each water oxygen\n+[ position_restraints ]\n+;  i funct       fcx        fcy        fcz\n+   1    1       1000       1000       1000\n+#endif\n+\n+; Include topology for ions\n+#include "oplsaa.ff/ions.itp"\n+\n+[ system ]\n+; Name\n+LYSOZYME in water\n+\n+[ molecules ]\n+; Compound        #mols\n+Protein_chain_A     1\n+SOL                78\n+SOL         12058\n+CL               8\n'