Repository 'gmx_em'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/gmx_em

Changeset 2:ea7b9183bf30 (2019-03-28)
Previous changeset 1:6d9a9ab96195 (2018-10-04) Next changeset 3:5ced6b7070b6 (2019-08-30)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs commit 7ba07c3130a2170e8f91acc4a81f5626563a79eb
modified:
minim.xml
added:
merge_top.py
test-data/top_output.top
b
diff -r 6d9a9ab96195 -r ea7b9183bf30 merge_top.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/merge_top.py Thu Mar 28 10:15:48 2019 -0400
[
@@ -0,0 +1,38 @@
+import re
+import sys
+
+
+def combine_tops(top_text, itp_texts):
+    """
+    Search through parent topology top_text and replace
+    #include lines with the relevant child topologies
+    from the dictionary itp_texts
+    """
+    for itp in itp_texts:
+        # split on include string, then rejoin around itp file
+        spl = re.split('#include ".*{}"\n'.format(itp), top_text)
+        top_text = itp_texts[itp].join(spl)
+    return top_text
+
+
+top = sys.argv[1]  # parent topology file
+itps_file = sys.argv[2]  # file with list of child topologies (.itp files)
+
+with open(itps_file) as f:
+    itps = f.read().split()
+
+with open(top, 'r') as f:
+    top_text = f.read()
+
+itp_texts = {}  # create dictionary of child topologies
+for itp in itps:
+    with open(itp, 'r') as f:
+        itp_texts[itp] = f.read()
+
+for itp in itp_texts:
+    # child tops may also refer to each other; we need to check this
+    itp_texts[itp] = combine_tops(itp_texts[itp], itp_texts)
+
+with open('top_output.top', 'w') as f:
+    # now combine all children into the parent
+    f.write(combine_tops(top_text, itp_texts))
b
diff -r 6d9a9ab96195 -r ea7b9183bf30 minim.xml
--- a/minim.xml Thu Oct 04 18:21:10 2018 -0400
+++ b/minim.xml Thu Mar 28 10:15:48 2019 -0400
[
@@ -17,7 +17,7 @@
         ln -s '$gro_input' ./solv_ions.gro &&
         ln -s '$top_input' ./top_input.top &&
   
-        gmx grompp -f ./minim.mdp -c ./solv_ions.gro -p ./top_input.top -o em.tpr &>> verbose.txt &&
+        gmx grompp -f ./minim.mdp -c ./solv_ions.gro -r ./solv_ions.gro -p ./top_input.top -o em.tpr &>> verbose.txt &&
         gmx mdrun -deffnm em &>> verbose.txt
         
     ]]></command>
@@ -115,7 +115,7 @@
     </tests>
     <help><![CDATA[
 
-Upload GRO and TOP files for energy minimisation. To take advantage of all GROMACS features, upload an MDP file with simulation parameters. Otherwise, choose parameters through the Galaxy interface. See http://manual.gromacs.org/online/mdp_opt.html for more information on the options.
+Upload GRO and TOP files for energy minimisation. To take advantage of all GROMACS features, upload an MDP file with simulation parameters. Otherwise, choose parameters through the Galaxy interface. See http://manual.gromacs.org/documentation/2018/user-guide/mdp-options.html for more information on the options.
 
     ]]></help>
 
b
diff -r 6d9a9ab96195 -r ea7b9183bf30 test-data/top_output.top
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/top_output.top Thu Mar 28 10:15:48 2019 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,19416 @@\n+;\n+;\tFile \'topol.top\' was generated\n+;\tBy user: unknown (1000)\n+;\tOn host: simon-laptop\n+;\tAt date: Thu Aug 16 20:54:28 2018\n+;\n+;\tThis is a standalone topology file\n+;\n+;\tCreated by:\n+;\t                    :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2018.2 (-:\n+;\t\n+;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/gromacs2/bin/gmx\n+;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/gromacs2\n+;\tWorking dir:  /home/simon/moldyn-galaxy/protein/test-data\n+;\tCommand line:\n+;\t  gmx pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh\n+;\tForce field was read from the standard GROMACS share directory.\n+;\n+\n+; Include forcefield parameters\n+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"\n+\n+[ moleculetype ]\n+; Name            nrexcl\n+Protein_chain_A     3\n+\n+[ atoms ]\n+;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB\n+; residue   1 LYS rtp LYSH q +2.0\n+     1   opls_287      1    LYS      N      1       -0.3    14.0027   ; qtot -0.3\n+     2   opls_290      1    LYS     H1      1       0.33      1.008   ; qtot 0.03\n+     3   opls_290      1    LYS     H2      1       0.33      1.008   ; qtot 0.36\n+     4   opls_290      1    LYS     H3      1       0.33      1.008   ; qtot 0.69\n+     5  opls_293B      1    LYS     CA      1       0.25     12.011   ; qtot 0.94\n+     6   opls_140      1    LYS     HA      1       0.06      1.008   ; qtot 1\n+     7   opls_136      1    LYS     CB      2      -0.12     12.011   ; qtot 0.88\n+     8   opls_140      1    LYS    HB1      2       0.06      1.008   ; qtot 0.94\n+     9   opls_140      1    LYS    HB2      2       0.06      1.008   ; qtot 1\n+    10   opls_136      1    LYS     CG      3      -0.12     12.011   ; qtot 0.88\n+    11   opls_140      1    LYS    HG1      3       0.06      1.008   ; qtot 0.94\n+    12   opls_140      1    LYS    HG2      3       0.06      1.008   ; qtot 1\n+    13   opls_136      1    LYS     CD      4      -0.12     12.011   ; qtot 0.88\n+    14   opls_140      1    LYS    HD1      4       0.06      1.008   ; qtot 0.94\n+    15   opls_140      1    LYS    HD2      4       0.06      1.008   ; qtot 1\n+    16   opls_292      1    LYS     CE      5       0.19     12.011   ; qtot 1.19\n+    17   opls_140      1    LYS    HE1      5       0.06      1.008   ; qtot 1.25\n+    18   opls_140      1    LYS    HE2      5       0.06      1.008   ; qtot 1.31\n+    19   opls_287      1    LYS     NZ      6       -0.3    14.0067   ; qtot 1.01\n+    20   opls_290      1    LYS    HZ1      6       0.33      1.008   ; qtot 1.34\n+    21   opls_290      1    LYS    HZ2      6       0.33      1.008   ; qtot 1.67\n+    22   opls_290      1    LYS    HZ3      6       0.33      1.008   ; qtot 2\n+    23   opls_235      1    LYS      C      7        0.5     12.011   ; qtot 2.5\n+    24   opls_236      1    LYS      O      7       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n+; residue   2 VAL rtp VAL  q  0.0\n+    25   opls_238      2    VAL      N      8       -0.5    14.0067   ; qtot 1.5\n+    26   opls_241      2    VAL      H      8        0.3      1.008   ; qtot 1.8\n+    27  opls_224B      2    VAL     CA      8       0.14     12.011   ; qtot 1.94\n+    28   opls_140      2    VAL     HA      8       0.06      1.008   ; qtot 2\n+    29   opls_137      2    VAL     CB      9      -0.06     12.011   ; qtot 1.94\n+    30   opls_140      2    VAL     HB      9       0.06      1.008   ; qtot 2\n+    31   opls_135      2    VAL    CG1     10      -0.18     12.011   ; qtot 1.82\n+    32   opls_140      2    VAL   HG11     10       0.06      1.008   ; qtot 1.88\n+    33   opls_140      2    VAL   HG12     10       0.06      1.008   ; qtot 1.94\n+    34   opls_140      2    VAL   HG13     10       0.06      1.008   ; qtot 2\n+    35   opls_135      2    VAL    CG2     11      -0.18     12.011   ; qtot 1.82\n+    36   opls_140      2    VAL   HG21     11       0.06      1.008   ; qtot 1.88\n+    37   opls_140      2    VAL   HG22     11       0.06      1.008   ; qtot 1.9'..b'000  1000\n+  1737     1  1000  1000  1000\n+  1739     1  1000  1000  1000\n+  1742     1  1000  1000  1000\n+  1745     1  1000  1000  1000\n+  1748     1  1000  1000  1000\n+  1751     1  1000  1000  1000\n+  1755     1  1000  1000  1000\n+  1756     1  1000  1000  1000\n+  1757     1  1000  1000  1000\n+  1759     1  1000  1000  1000\n+  1762     1  1000  1000  1000\n+  1763     1  1000  1000  1000\n+  1764     1  1000  1000  1000\n+  1766     1  1000  1000  1000\n+  1768     1  1000  1000  1000\n+  1770     1  1000  1000  1000\n+  1772     1  1000  1000  1000\n+  1776     1  1000  1000  1000\n+  1777     1  1000  1000  1000\n+  1778     1  1000  1000  1000\n+  1780     1  1000  1000  1000\n+  1782     1  1000  1000  1000\n+  1785     1  1000  1000  1000\n+  1786     1  1000  1000  1000\n+  1787     1  1000  1000  1000\n+  1788     1  1000  1000  1000\n+  1789     1  1000  1000  1000\n+  1790     1  1000  1000  1000\n+  1792     1  1000  1000  1000\n+  1794     1  1000  1000  1000\n+  1796     1  1000  1000  1000\n+  1800     1  1000  1000  1000\n+  1804     1  1000  1000  1000\n+  1805     1  1000  1000  1000\n+  1806     1  1000  1000  1000\n+  1808     1  1000  1000  1000\n+  1810     1  1000  1000  1000\n+  1813     1  1000  1000  1000\n+  1816     1  1000  1000  1000\n+  1817     1  1000  1000  1000\n+  1818     1  1000  1000  1000\n+  1821     1  1000  1000  1000\n+  1822     1  1000  1000  1000\n+  1823     1  1000  1000  1000\n+  1825     1  1000  1000  1000\n+  1827     1  1000  1000  1000\n+  1831     1  1000  1000  1000\n+  1832     1  1000  1000  1000\n+  1833     1  1000  1000  1000\n+  1835     1  1000  1000  1000\n+  1837     1  1000  1000  1000\n+  1840     1  1000  1000  1000\n+  1841     1  1000  1000  1000\n+  1843     1  1000  1000  1000\n+  1844     1  1000  1000  1000\n+  1846     1  1000  1000  1000\n+  1847     1  1000  1000  1000\n+  1849     1  1000  1000  1000\n+  1851     1  1000  1000  1000\n+  1853     1  1000  1000  1000\n+  1855     1  1000  1000  1000\n+  1856     1  1000  1000  1000\n+  1857     1  1000  1000  1000\n+  1859     1  1000  1000  1000\n+  1861     1  1000  1000  1000\n+  1863     1  1000  1000  1000\n+  1866     1  1000  1000  1000\n+  1870     1  1000  1000  1000\n+  1874     1  1000  1000  1000\n+  1875     1  1000  1000  1000\n+  1876     1  1000  1000  1000\n+  1878     1  1000  1000  1000\n+  1880     1  1000  1000  1000\n+  1883     1  1000  1000  1000\n+  1886     1  1000  1000  1000\n+  1889     1  1000  1000  1000\n+  1891     1  1000  1000  1000\n+  1892     1  1000  1000  1000\n+  1895     1  1000  1000  1000\n+  1898     1  1000  1000  1000\n+  1899     1  1000  1000  1000\n+  1900     1  1000  1000  1000\n+  1902     1  1000  1000  1000\n+  1905     1  1000  1000  1000\n+  1906     1  1000  1000  1000\n+  1907     1  1000  1000  1000\n+  1909     1  1000  1000  1000\n+  1911     1  1000  1000  1000\n+  1914     1  1000  1000  1000\n+  1915     1  1000  1000  1000\n+  1916     1  1000  1000  1000\n+  1917     1  1000  1000  1000\n+  1919     1  1000  1000  1000\n+  1921     1  1000  1000  1000\n+  1924     1  1000  1000  1000\n+  1927     1  1000  1000  1000\n+  1930     1  1000  1000  1000\n+  1932     1  1000  1000  1000\n+  1933     1  1000  1000  1000\n+  1936     1  1000  1000  1000\n+  1939     1  1000  1000  1000\n+  1940     1  1000  1000  1000\n+  1941     1  1000  1000  1000\n+  1943     1  1000  1000  1000\n+  1945     1  1000  1000  1000\n+  1948     1  1000  1000  1000\n+  1950     1  1000  1000  1000\n+  1954     1  1000  1000  1000\n+  1958     1  1000  1000  1000\n+  1959     1  1000  1000  1000\n+  1960     1  1000  1000  1000\n+#endif\n+\n+; Include water topology\n+#include "oplsaa.ff/spce.itp"\n+\n+#ifdef POSRES_WATER\n+; Position restraint for each water oxygen\n+[ position_restraints ]\n+;  i funct       fcx        fcy        fcz\n+   1    1       1000       1000       1000\n+#endif\n+\n+; Include topology for ions\n+#include "oplsaa.ff/ions.itp"\n+\n+[ system ]\n+; Name\n+LYSOZYME\n+\n+[ molecules ]\n+; Compound        #mols\n+Protein_chain_A     1\n+SOL                78\n'