Repository 'stacks2_shortreads'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/stacks2_shortreads

Changeset 5:4e280b27a831 (2022-04-14)
Previous changeset 4:17d39bf0a63a (2021-09-01) Next changeset 6:97575d01f06b (2022-05-11)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit 16654f3b3faaba994cea5fda8d4907ea4f059605"
modified:
macros.xml
macros_process.xml
stacks_shortreads.xml
test-data/demultiplexed/PopA_01.fq
test-data/procrad/process_radtags.out
test-data/procrad/process_radtags2.out
test-data/procrad/process_radtags_paired.out
test-data/shortreads/process_shortreads.out
added:
test-data/procrad/R1_01.fq
test-data/procrad/R1_02.fq
test-data/procrad/R1_03.fq
test-data/procrad/R1_04.fq
test-data/procrad/R2_01.fq
test-data/procrad/R2_02.fq
test-data/procrad/R2_03.fq
test-data/procrad/R2_04.fq
test-data/procrad/process_radtags_paired_no_barcode.out
removed:
test-data/procrad/R1.fa.discards
test-data/procrad/R1.fq
test-data/procrad/R1.fq.discards
test-data/procrad/R2.fq
test-data/procrad/R2.fq.discards
test-data/shortreads/PopA_01.fq
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 macros.xml
--- a/macros.xml Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ b/macros.xml Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
@@ -2,15 +2,15 @@
 <macros>
     <xml name="requirements">
         <requirements>
-            <requirement type="package" version="@STACKS_VERSION@">stacks</requirement>
+            <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">stacks</requirement>
             <requirement type="package" version="3.7">python</requirement>
             <requirement type="package" version="4.6.0">findutils</requirement>
             <yield/>
         </requirements>
     </xml>
 
-    <token name="@STACKS_VERSION@">2.55</token>
-    <token name="@WRAPPER_VERSION@">1</token>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">2.55</token>
+    <token name="@VERSION_SUFFIX@">2</token>
     <token name="@PROFILE@">20.05</token>
 
     <xml name="citation">
@@ -217,22 +217,32 @@
         </expand>
     </xml>
 
+
+    <xml name="barcode_selector">
+        <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location">
+            <option value="">Disabled</option>
+            <yield/>
+        </param>
+        <param name="barcode" argument="-b" type="data" format="tabular,txt" optional="true" label="Barcode file" help="The barcode file is only used if barcode_input"/>
+    </xml>
+
+
     <!-- fastq input (used in denovomap, tsv2bam, ustacks)
          - fastq_optional: makes fastq input optional (true/false)
          - se_option: wording for "single end" option (for tsv2bam this is the
               reverse reads for the others its the forward reads)
          - help: help text -->
-    <xml name="fastq_input" token_fastq_optional="false" token_se_option="single end or forward reads" token_help="">
+    <xml name="fastq_input" token_fastq_optional="false" token_se_option="single end or forward reads" token_help="" token_multiple="false" token_listtype="paired">
         <conditional name="input_type">
             <param name="input_type_select" type="select" label="Short read data from individuals" help="@HELP@">
                 <option value="single" selected="true">@SE_OPTION@</option>
                 <option value="paired">(paired) dataset list</option>
             </param>
             <when value="single">
-                <param name="fqinputs" argument="-f" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" type="data" label="Reads" multiple="true" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/>
+                <param name="fqinputs" argument="-f" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" type="data" label="Reads" multiple="@MULTIPLE@" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/>
             </when>
             <when value="paired">
-                <param name="fqinputs" argument="-f" type="data_collection" collection_type="list:paired" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" label="List for forward reads or read pairs" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/>
+                <param name="fqinputs" argument="-f" type="data_collection" collection_type="@LISTTYPE@" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" label="List for forward reads or read pairs" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/>
             </when>
         </conditional>
     </xml>
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 macros_process.xml
--- a/macros_process.xml Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ b/macros_process.xml Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
[
@@ -4,14 +4,17 @@
 
 <macros>
 
+  
     <token name="@PROCESS_IOOPTIONS@"><![CDATA[
     -p stacks_inputs/
     #if $input_type.input_type_select == "paired"
         --paired
     #end if
     -i $inputype
-    -b '$barcode'
     $input_type.barcode_encoding
+    #if $input_type.barcode_encoding != ''
+        -b '$input_type.barcode'
+    #end if
     #if str( $outype ) != "auto"
         -y $outype
     #end if
@@ -38,20 +41,11 @@
     </xml>
 
     <xml name="process_outputs">
-        <collection name="demultiplexed" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads">
-            <filter>input_type['input_type_select'] == "single"</filter>
-            <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P&lt;name&gt;.+)" dir="stacks_outputs"/>
-        </collection>
-        <collection name="demultiplexed_paired" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads">
-            <filter>input_type['input_type_select'] == "paired"</filter>
-            <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P&lt;identifier_0&gt;.+)\.(?P&lt;identifier_1&gt;[^.]+)" dir="stacks_outputs"/>
-        </collection>
-
+        <yield/>
         <collection name="remaining" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Remaining orphan reads">
             <filter>input_type['input_type_select'] == "paired"</filter>
             <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P&lt;identifier_0&gt;.+)\.rem\.(?P&lt;identifier_1&gt;[^.]+)" dir="stacks_outputs/remaining"/>
         </collection>
-
         <!-- note irrespective of -y output is always named fastq and are never zipped -->
         <collection name="discarded" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} Discarded reads">
             <filter>capture is True and input_type['input_type_select'] == "single"</filter>
@@ -78,7 +72,7 @@
                 <param argument="--filter-illumina" name="filter_illumina" type="boolean" checked="false" truevalue="--filter-illumina" falsevalue="" label="Discard reads that have been marked by Illumina's chastity/purity filter as failing"/>
             </when>
             <when value="no">
-                <param argument="--len_limit" type="integer" value="" optional="true" label="Minimum sequence length" help="useful if your data has already been trimmed"/>
+                <param argument="--len_limit" type="integer" value="" optional="true" label="Minimum sequence length" help="Useful if your data has already been trimmed"/>
             </when>
         </conditional>
         <param name="capture" type="boolean" checked="false" truevalue="-D" falsevalue="" argument="-D" label="Capture discarded reads to a file"/>
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 stacks_shortreads.xml
--- a/stacks_shortreads.xml Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ b/stacks_shortreads.xml Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
[
@@ -1,5 +1,5 @@
 <!-- this is essentially a copy of stacks_procrad minus the unsupported options -->
-<tool id="stacks2_shortreads" name="Stacks2: process shortreads" profile="@PROFILE@" version="@STACKS_VERSION@+galaxy@WRAPPER_VERSION@">
+<tool id="stacks2_shortreads" name="Stacks2: process shortreads" profile="@PROFILE@" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@">
 <description>fast cleaning of randomly sheared genomic or transcriptomic data</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
@@ -20,7 +20,17 @@
 
 process_shortreads
 
-@PROCESS_IOOPTIONS@
+-p stacks_inputs/
+#if $input_type.input_type_select == "paired"
+    --paired
+#end if
+-i $inputype
+-b '$barcode'
+$input_type.barcode_encoding
+#if str( $outype ) != "auto"
+    -y $outype
+#end if
+-o stacks_outputs
 @PROCESS_FILTER@
 @COMMON_ADVANCED@
 @RESCUE_BARCODE@
@@ -46,26 +56,41 @@
         </section>
         <expand macro="process_filter"/>
         <expand macro="process_output_types"/>
+        <expand macro="in_log"/>
     </inputs>
 
     <outputs>
         <data format="txt" name="output_log" label="${tool.name} on ${on_string} log file" from_work_dir="stacks_outputs/process_shortreads.log">
             <filter>add_log</filter>
         </data>
-        <expand macro="process_outputs"/>
+        <expand macro="process_outputs">
+            <collection name="demultiplexed" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads">
+                <filter>input_type['input_type_select'] == "single"</filter>
+                <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P&lt;name&gt;.+)" dir="stacks_outputs"/>
+            </collection>
+            <collection name="demultiplexed_paired" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads">
+                <filter>input_type['input_type_select'] == "paired"</filter>
+                <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P&lt;identifier_0&gt;.+)\.(?P&lt;identifier_1&gt;[^.]+)" dir="stacks_outputs"/>
+            </collection>
+        </expand>
     </outputs>
 
     <tests>
         <!-- test single end, default options -->
         <test expect_num_outputs="2">
             <param name="input_type|input_type_select" value="single"/>
-            <param name="input_type|fqinputs" ftype="fastqsanger" value="procrad/R1.fq"/>
+            <param name="input_type|fqinputs" ftype="fastqsanger" value="procrad/R1_01.fq,procrad/R1_02.fq,procrad/R1_03.fq,procrad/R1_04.fq"/>
             <param name="input_type|barcode_encoding" value="--inline_null"/>
             <param name="barcode" value="procrad/barcodes"/>
             <param name="add_log" value="yes"/>
             <output name="output_log" file="shortreads/process_shortreads.out" lines_diff="4"/>
             <output_collection name="demultiplexed" count="40">
-                <element name="PopA_01" file="shortreads/PopA_01.fq" ftype="fastqsanger"/>
+                <element name="PopA_01">
+                    <assert_contents>
+                        <has_size value="34964" delta="100"/>
+                        <has_text text="@lane1_fakedata9_0 1:N:0:/1"/>
+                    </assert_contents>
+                </element>
             </output_collection>
         </test>
         <!-- test single end, default options -->
@@ -75,8 +100,8 @@
                 <collection type="list:paired">
                     <element name="reads">
                         <collection type="paired">
-                            <element name="forward" value="procrad/R1.fq" ftype="fastqsanger"/>
-                            <element name="reverse" value="procrad/R2.fq" ftype="fastqsanger"/>
+                            <element name="forward" value="procrad/R1.fq.gzip" ftype="fastqsanger.gz"/>
+                            <element name="reverse" value="procrad/R2.fq.gzip" ftype="fastqsanger.gz"/>
                         </collection>
                     </element>
                 </collection>
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/demultiplexed/PopA_01.fq
--- a/test-data/demultiplexed/PopA_01.fq Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_01.fq Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
b'@@ -1,147 +1,3 @@\n-@lane1_fakedata0_0 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_1 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_2 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_3 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_4 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_5 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_6 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_7 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_8 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_9 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_10 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_11 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_12 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_13 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_14 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_15 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAGTCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_16 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_17 1:N:0:/1\n-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'TGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_1 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_2 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_3 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_4 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_5 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_6 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_7 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_8 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_9 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_10 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_11 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_12 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_13 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_14 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_15 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_16 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata7_17 1:N:0:/1\n-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/R1.fa.discards
--- a/test-data/procrad/R1.fa.discards Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,9556 +0,0 @@\n->lane1_fakedata0_11 1:N:0:\n-GGTTGTAATTTGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n->lane1_fakedata1_0 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGCTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_1 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_2 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_3 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_4 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_5 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_6 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGGTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_7 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_8 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_9 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_0 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_1 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_2 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_3 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_4 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_5 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTGGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_6 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_7 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_8 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_9 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTGAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_10 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_11 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_12 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGGCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_13 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGGCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_14 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGGCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_15 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGGCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_16 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGGCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_17 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGGCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_18 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGGCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n->lane1_fakedata1_19 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGGCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAA'..b'_11 1:N:0:\n-AGGAAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_12 1:N:0:\n-AGGAAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_13 1:N:0:\n-AGGAAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_0 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_1 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_2 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_3 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATTACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_4 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_5 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_6 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_7 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_8 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_9 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTGCCAATGACC\n->lane1_fakedata9_10 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATAACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_11 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_12 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_13 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_14 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_15 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_16 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_17 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_18 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_19 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_20 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_21 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_22 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_23 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_0 1:N:0:\n-AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_1 1:N:0:\n-AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_2 1:N:0:\n-AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n->lane1_fakedata9_3 1:N:0:\n-AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/R1.fq
--- a/test-data/procrad/R1.fq Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,28000 +0,0 @@\n-@lane1_fakedata0_0 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_1 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_2 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_3 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_4 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_5 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_6 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_7 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_8 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_9 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_10 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_11 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_12 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_13 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_14 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_15 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_16 1:N:0:\n-GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'BBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_11 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_12 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_13 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_14 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_15 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_16 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_17 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_18 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_19 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_20 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_21 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_22 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_23 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_0 1:N:0:\n-AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_1 1:N:0:\n-AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_2 1:N:0:\n-AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_3 1:N:0:\n-AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/R1.fq.discards
--- a/test-data/procrad/R1.fq.discards Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,19112 +0,0 @@\n-@lane1_fakedata0_11 1:N:0:\n-GGTTGTAATTTGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_0 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGCTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_1 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_2 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_3 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_4 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_5 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_6 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGGTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_7 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_8 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_9 1:N:0:\n-GGTGTGAATTACGTCCGCGTTTGGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_0 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_1 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_2 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_3 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_4 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata1_5 1:N:0:\n-TTTAAGAATTACGTCCGCGTTTAGATTTGGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCTTTTTTAGGGTAGCT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'..b'BBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_11 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_12 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_13 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_14 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_15 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_16 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_17 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_18 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_19 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_20 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_21 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_22 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_23 1:N:0:\n-GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_0 1:N:0:\n-AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_1 1:N:0:\n-AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_2 1:N:0:\n-AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_3 1:N:0:\n-AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/R1_01.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/procrad/R1_01.fq Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,8704 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_16 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'akedata2_5 1:N:0:\n+GGGTTGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_6 1:N:0:\n+GGGTTGAATTCTCTACCCCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_7 1:N:0:\n+GGGTTGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_8 1:N:0:\n+GGGTTGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_9 1:N:0:\n+GGGTTGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_10 1:N:0:\n+GGGTTGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_11 1:N:0:\n+GGGTTGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:\n+TGGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:\n+TGGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_2 1:N:0:\n+TGGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_3 1:N:0:\n+TGGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_4 1:N:0:\n+TGGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_5 1:N:0:\n+TGGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:\n+GAGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:\n+GAGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_2 1:N:0:\n+GAGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_3 1:N:0:\n+GAGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n\\ No newline at end of file\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/R1_02.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/procrad/R1_02.fq Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,8700 @@\n+@lane1_fakedata2_5 1:N:0:\n+GAGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_6 1:N:0:\n+GAGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_7 1:N:0:\n+GAGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_8 1:N:0:\n+GAGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_9 1:N:0:\n+GAGAAGAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:\n+AGTAGAAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:\n+AGTAGAAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_2 1:N:0:\n+AGTAGAAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_3 1:N:0:\n+AGTAGAAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:\n+GGGATAAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:\n+GGGATAAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_2 1:N:0:\n+GGGATAAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_3 1:N:0:\n+GGGATAAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_4 1:N:0:\n+GGGATAAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_5 1:N:0:\n+GGGATAAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_6 1:N:0:\n+GGGATAAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_7 1:N:0:\n+GGGATAAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@'..b'data5_31 1:N:0:\n+ATAGTTAATTTATCTGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTGTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_32 1:N:0:\n+ATAGTTAATTTATCTGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTGTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_33 1:N:0:\n+ATAGTTAATTTATCTGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTGTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_34 1:N:0:\n+ATAGTTAATTTATCTGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTGTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_35 1:N:0:\n+ATAGTTAATTTATCTGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTGTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_0 1:N:0:\n+TGTGAGAATTTATCGGGCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_1 1:N:0:\n+TGTGAGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_0 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_1 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_2 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCTCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_3 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_4 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_5 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_6 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_7 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_8 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_9 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n\\ No newline at end of file\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/R1_03.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/procrad/R1_03.fq Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,8704 @@\n+@lane1_fakedata5_11 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_12 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_13 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_14 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_15 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_16 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_17 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_18 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCGCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_19 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGTGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_20 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_21 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_22 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_23 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_24 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_25 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_26 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_27 1:N:0:\n+TTTGTGAATTTATCGGTCAGCGTGGCTCCCCTCTATCTTTTTGTTTGGGATCATGACTGAAGTCACATTGAGTCCAAGGGCGCCAATTAGCCACTCACCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'_fakedata8_2 1:N:0:\n+AGGGTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_3 1:N:0:\n+AGGGTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_4 1:N:0:\n+AGGGTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_5 1:N:0:\n+AGGGTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_6 1:N:0:\n+AGGGTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_7 1:N:0:\n+AGGGTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_8 1:N:0:\n+AGGGTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_9 1:N:0:\n+AGGGTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_0 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_1 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_2 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGTAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_3 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_4 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_5 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_6 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_7 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_8 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n\\ No newline at end of file\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/R1_04.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/procrad/R1_04.fq Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,1880 @@\n+@lane1_fakedata8_10 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_11 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_12 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_13 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_14 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_15 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGAGGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_16 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_17 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_18 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_19 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_20 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_21 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACACAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_22 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_23 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_24 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_25 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_26 1:N:0:\n+GAGTTAAATTGTGACACGCAGCCTGGGTGACGTCTCTTCTGATAGGCATTGGCAGATTGACTACGCATAGGCGCTCTGTTCGGACCGCACGGAAATATTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'BBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_11 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_12 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_13 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_14 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_15 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_16 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_17 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_18 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_19 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_20 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_21 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_22 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_23 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_0 1:N:0:\n+AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_1 1:N:0:\n+AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_2 1:N:0:\n+AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_3 1:N:0:\n+AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/R2.fq
--- a/test-data/procrad/R2.fq Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,28000 +0,0 @@\n-@lane1_fakedata0_0 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATATGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_1 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_2 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_3 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTGGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_4 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_5 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_6 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTTCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_7 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_8 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_9 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_10 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_11 1:N:0:\n-CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_12 1:N:0:\n-CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_13 1:N:0:\n-CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_14 1:N:0:\n-CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_15 1:N:0:\n-CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_16 1:N:0:\n-CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'BBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_11 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_12 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_13 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_14 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_15 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCGTGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_16 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTGGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_17 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_18 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_19 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_20 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_21 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_22 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_23 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTAGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_0 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_1 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_2 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_3 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/R2.fq.discards
--- a/test-data/procrad/R2.fq.discards Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,28000 +0,0 @@\n-@lane1_fakedata0_0 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATATGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_1 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_2 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_3 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTGGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_4 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_5 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_6 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTTCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_7 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_8 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_9 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_10 1:N:0:\n-CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_11 1:N:0:\n-CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_12 1:N:0:\n-CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_13 1:N:0:\n-CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_14 1:N:0:\n-CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_15 1:N:0:\n-CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_16 1:N:0:\n-CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'BBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_11 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_12 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_13 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_14 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_15 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCGTGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_16 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTGGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_17 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_18 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_19 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_20 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_21 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_22 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_23 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTAGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_0 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_1 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_2 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_3 1:N:0:\n-CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/R2_01.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/procrad/R2_01.fq Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,8704 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATATGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTGGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTTCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_16 1:N:0:\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'akedata2_5 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_6 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_7 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_8 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_9 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_10 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_11 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTAAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTATTCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_2 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_3 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_4 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_5 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_2 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_3 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n\\ No newline at end of file\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/R2_02.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/procrad/R2_02.fq Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,8700 @@\n+@lane1_fakedata2_5 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_6 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_7 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_8 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_9 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGGACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_2 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_3 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_2 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_3 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_4 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_5 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAAGCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_6 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_7 1:N:0:\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@'..b'data5_31 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAAAGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_32 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAAAGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_33 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAAAGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_34 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAAAGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_35 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAAAGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_0 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_1 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_0 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_1 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_2 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_3 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_4 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_5 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_6 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_7 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_8 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_9 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n\\ No newline at end of file\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/R2_03.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/procrad/R2_03.fq Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,8704 @@\n+@lane1_fakedata5_11 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_12 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCTACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_13 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_14 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_15 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_16 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_17 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGGCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_18 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_19 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_20 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_21 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_22 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_23 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_24 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_25 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_26 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAATACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_27 1:N:0:\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'_fakedata8_2 1:N:0:\n+CCGGGTATCGATATGTATATAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACAAATTCTCTTCAATAGTATCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_3 1:N:0:\n+CCGGGTATCGATATGTATATAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACAAATTCTCTTCAATAGTATCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_4 1:N:0:\n+CCGGGTATCGATATGTATATAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACAAATTCTCTTCAATAGTATCA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_5 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_6 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_7 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_8 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_9 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_0 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_1 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_2 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_3 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_4 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_5 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_6 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATCTGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_7 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_8 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n\\ No newline at end of file\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/R2_04.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/procrad/R2_04.fq Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,1880 @@\n+@lane1_fakedata8_10 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_11 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_12 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_13 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_14 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_15 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_16 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_17 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_18 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_19 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_20 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_21 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_22 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_23 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_24 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_25 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_26 1:N:0:\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'BBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_11 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_12 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_13 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_14 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_15 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCGTGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_16 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTGGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_17 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_18 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_19 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_20 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_21 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_22 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_23 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTAGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_0 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_1 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_2 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_3 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/process_radtags.out
--- a/test-data/procrad/process_radtags.out Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ b/test-data/procrad/process_radtags.out Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
@@ -1,13 +1,16 @@
-process_radtags v2.2, executed 2018-11-23 13:34:27
-process_radtags -p stacks_inputs/ -i fastq -b /tmp/tmp2_xu5h/files/000/dataset_2.dat --inline_null -e ecoRI -o stacks_outputs
+process_radtags v2.55, executed 2022-01-04 19:49:25 (zlib-1.2.11)
+process_radtags -p stacks_inputs/ -i fastq -b /tmp/tmp1omqb2_d/files/2/a/2/dataset_2a2dd860-d29c-4b1a-9d82-80c8f91d4013.dat --inline_null -o stacks_outputs -e ecoRI
 File Retained Reads Low Quality Barcode Not Found RAD cutsite Not Found Total
-R1.fastq 2222 0 0 4778 7000
+R1_01.fastq 1375 0 0 801 2176
+R1_02.fastq 97 0 0 2078 2175
+R1_03.fastq 749 0 0 1427 2176
+R1_04.fastq 0 0 0 470 470
 
-Total Sequences 7000
+Total Sequences 6997
 Barcode Not Found 0
 Low Quality 0
-RAD Cutsite Not Found 4778
-Retained Reads 2222
+RAD Cutsite Not Found 4776
+Retained Reads 2221
 
 Barcode Filename Total NoRadTag LowQuality Retained
 ATGGGG PopA_01 160 94 0 66
@@ -22,7 +25,7 @@
 TGTGAG PopA_10 168 128 0 40
 ATAGTT PopA_11 200 132 0 68
 GGAAGG PopA_12 178 136 0 42
-TTTGTG PopA_13 190 152 0 38
+TTTGTG PopA_13 189 151 0 38
 TTAAAT PopA_14 166 96 0 70
 AATAAG PopA_15 152 74 0 78
 AAGAGG PopA_16 174 112 0 62
@@ -42,13 +45,13 @@
 GGGAAT PopB_09 198 126 0 72
 AGTAAT PopB_10 164 120 0 44
 GGGATA PopB_11 146 90 0 56
-GAGAAG PopB_12 162 110 0 52
+GAGAAG PopB_12 161 110 0 51
 AGTAGA PopB_13 204 146 0 58
 AAGGAT PopB_14 180 128 0 52
 AGGGTA PopB_15 134 72 0 62
 TGTTTT PopB_16 138 98 0 40
 ATGATG PopB_17 142 100 0 42
-GAGTTA PopB_18 160 112 0 48
+GAGTTA PopB_18 159 111 0 48
 ATGTAG PopB_19 146 104 0 42
 
 Sequences not recorded
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/process_radtags2.out
--- a/test-data/procrad/process_radtags2.out Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ b/test-data/procrad/process_radtags2.out Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
@@ -1,5 +1,5 @@
-process_radtags v2.4, executed 2019-09-30 14:57:00 (zlib-1.2.11)
-process_radtags -p stacks_inputs/ -i gzfastq -b /tmp/tmpe_shit/files/d/e/d/dataset_ded45538-15ef-471f-9585-07ee09b6e6d4.dat --inline_null -y gzfastq -o stacks_outputs -w 0.1 -s 11 -c -q -D -e ecoRI
+process_radtags v2.55, executed 2022-01-04 19:49:47 (zlib-1.2.11)
+process_radtags -p stacks_inputs/ -i gzfastq -b /tmp/tmp1omqb2_d/files/6/1/9/dataset_6199c14a-22f0-45b7-aea7-7725c6dbf716.dat --inline_null -y gzfastq -o stacks_outputs -w 0.1 -s 11 -c -q -D -e ecoRI
 File Retained Reads Low Quality Barcode Not Found RAD cutsite Not Found Total
 R1.fastq.gz 2222 0 0 4778 7000
 R2.fastq.gz 0 0 7000 0 7000
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/process_radtags_paired.out
--- a/test-data/procrad/process_radtags_paired.out Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ b/test-data/procrad/process_radtags_paired.out Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
@@ -1,5 +1,5 @@
-process_radtags v2.2, executed 2018-11-23 13:35:34
-process_radtags -p stacks_inputs/ --paired -i fastq -b /tmp/tmp2_xu5h/files/000/dataset_91.dat --len_limit 50 -D -y gzfasta --inline_null -e ecoRI -o stacks_outputs
+process_radtags v2.55, executed 2022-01-04 19:50:15 (zlib-1.2.11)
+process_radtags -p stacks_inputs/ --paired -i fastq -b /tmp/tmp1omqb2_d/files/2/4/2/dataset_24218646-a203-4cdb-b2b6-7e572d65add7.dat --inline_null -y gzfasta -o stacks_outputs --len_limit 50 -D -e ecoRI
 File Retained Reads Low Quality Barcode Not Found RAD cutsite Not Found Total
 reads_R1_0.fastq 9222 0 0 4778 14000
 
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/procrad/process_radtags_paired_no_barcode.out
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/procrad/process_radtags_paired_no_barcode.out Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
@@ -0,0 +1,9 @@
+process_radtags -p stacks_inputs/ --paired -i gzfastq -y gzfasta -o stacks_outputs -e ecoRI
+File Retained Reads Low Quality Barcode Not Found RAD cutsite Not Found Total
+reads_R1_0.fastq.gz 7000 0 0 7000 14000
+
+Total Sequences 14000
+Barcode Not Found 0
+Low Quality 0
+RAD Cutsite Not Found 7000
+Retained Reads 7000
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/shortreads/PopA_01.fq
--- a/test-data/shortreads/PopA_01.fq Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,640 +0,0 @@\n-@lane1_fakedata0_0 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_1 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_2 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_3 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_4 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_5 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_6 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_7 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_8 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_9 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_10 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_11 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_12 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_13 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_14 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_15 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAGTCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_16 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata0_17 1:N:0:/1\n-ATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'_fakedata9_2 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_3 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_4 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_5 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_6 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_7 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_8 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_9 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_10 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_11 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_12 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCGATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_13 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_14 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_15 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_16 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_17 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_18 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n-@lane1_fakedata9_19 1:N:0:/1\n-ATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n-+\n-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 17d39bf0a63a -r 4e280b27a831 test-data/shortreads/process_shortreads.out
--- a/test-data/shortreads/process_shortreads.out Wed Sep 01 11:23:22 2021 +0000
+++ b/test-data/shortreads/process_shortreads.out Thu Apr 14 09:25:46 2022 +0000
b
@@ -1,14 +1,17 @@
-process_shortreads v2.53, executed 2020-07-10 13:51:53 (zlib-1.2.11)
-process_shortreads -p stacks_inputs/ -i fastq -b /tmp/tmpidt4mij_/files/7/7/8/dataset_778705df-5f0c-4210-9ad6-4c43e8aacd52.dat --inline_null -o stacks_outputs
+process_shortreads v2.55, executed 2022-01-05 15:53:50 (zlib-1.2.11)
+process_shortreads -p stacks_inputs/ -i fastq -b /tmp/tmplyzlyqbv/files/4/1/2/dataset_412528b4-0c03-422a-93ff-0020f0e11824.dat --inline_null -o stacks_outputs
 File Retained Reads Low Quality Ambiguous Barcodes Trimmed Reads Orphaned paired-end reads Total
-R1.fastq 7000 0 0 0 0 7000
+R1_01.fastq 2176 0 0 0 0 2176
+R1_02.fastq 2175 0 0 0 0 2175
+R1_03.fastq 2176 0 0 0 0 2176
+R1_04.fastq 470 0 0 0 0 470
 
-Total Sequences 7000
+Total Sequences 6997
 Ambiguous Barcodes 0
 Low Quality 0
 Trimmed Reads 0
 Orphaned Paired-ends 0
-Retained Reads 7000
+Retained Reads 6997
 
 Barcode Filename Total Retained
 ATGGGG PopA_01 160 160
@@ -23,7 +26,7 @@
 TGTGAG PopA_10 168 168
 ATAGTT PopA_11 200 200
 GGAAGG PopA_12 178 178
-TTTGTG PopA_13 190 190
+TTTGTG PopA_13 189 189
 TTAAAT PopA_14 166 166
 AATAAG PopA_15 152 152
 AAGAGG PopA_16 174 174
@@ -43,13 +46,13 @@
 GGGAAT PopB_09 198 198
 AGTAAT PopB_10 164 164
 GGGATA PopB_11 146 146
-GAGAAG PopB_12 162 162
+GAGAAG PopB_12 161 161
 AGTAGA PopB_13 204 204
 AAGGAT PopB_14 180 180
 AGGGTA PopB_15 134 134
 TGTTTT PopB_16 138 138
 ATGATG PopB_17 142 142
-GAGTTA PopB_18 160 160
+GAGTTA PopB_18 159 159
 ATGTAG PopB_19 146 146
 
 Sequences not recorded