Repository 'sixframe_translate'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iracooke/sixframe_translate

Changeset 1:10465e20d9a2 (2015-03-26)
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Commit message:
Docker support and update for protk 1.4
modified:
repository_dependencies.xml
sixframe_translate.xml
added:
README.rst
test-data/small_genome.fasta
removed:
.gitignore
README
README.md
b
diff -r d3850859bc50 -r 10465e20d9a2 .gitignore
--- a/.gitignore Sat Jun 14 18:22:33 2014 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,1 +0,0 @@
-*.tar.bz2
\ No newline at end of file
b
diff -r d3850859bc50 -r 10465e20d9a2 README
--- a/README Sat Jun 14 18:22:33 2014 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,4 +0,0 @@
-Requirements:
-This package uses protk, msgfplus and proteowizard, which must be installed separately. 
-
-For instructions please see: https://github.com/iracooke/protk/#galaxy-integration
\ No newline at end of file
b
diff -r d3850859bc50 -r 10465e20d9a2 README.md
--- a/README.md Sat Jun 14 18:22:33 2014 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,3 +0,0 @@
-# Translate Nucleotide sequences to Protein
-
-
b
diff -r d3850859bc50 -r 10465e20d9a2 README.rst
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.rst Thu Mar 26 19:56:34 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,32 @@
+Sixframe Translate
+==================
+
+Translate nucleotide sequences to protein
+
+Requirements
+------------
+
+This package uses protk_ which needs to be present in order for the tool to work.
+
+.. _protk: https://github.com/iracooke/protk
+
+There are two ways you can satify this dependency (choose one):
+
+1. **Manual Install:** Details on how to install protk_ manually are available here_.
+
+2. **Use Docker:** This tool is designed to run inside a docker_ container. If your galaxy supports `running tools within a docker container`__ you don't need to worry about dependencies. Simply install and things should just work.  The docker container itself is versioned and new versions of this tool will automatically download an update to the container if needed.
+
+.. _docker: https://www.docker.com/
+.. _here: https://github.com/iracooke/protk/#galaxy-integration
+.. _container: https://wiki.galaxyproject.org/Admin/Tools/Docker
+__ container_
+
+
+Further Info
+------------
+
+The source code for this tool and other protk galaxy tools is on github_.  Please visit the github page to contribute to the project or to `report an issue`__ 
+
+.. _github: https://github.com/iracooke/protk-galaxytools
+.. _issue: https://github.com/iracooke/protk-galaxytools/issues
+__ issue_
\ No newline at end of file
b
diff -r d3850859bc50 -r 10465e20d9a2 repository_dependencies.xml
--- a/repository_dependencies.xml Sat Jun 14 18:22:33 2014 -0400
+++ b/repository_dependencies.xml Thu Mar 26 19:56:34 2015 -0400
b
@@ -1,4 +1,4 @@
 <?xml version="1.0"?>
 <repositories description="Proteomics datatypes">
-    <repository changeset_revision="f66f8ca7b7b9" name="proteomics_datatypes" owner="iracooke" toolshed="http://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    <repository changeset_revision="ac51d9dbfb4d" name="proteomics_datatypes" owner="iracooke" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
  </repositories>
b
diff -r d3850859bc50 -r 10465e20d9a2 sixframe_translate.xml
--- a/sixframe_translate.xml Sat Jun 14 18:22:33 2014 -0400
+++ b/sixframe_translate.xml Thu Mar 26 19:56:34 2015 -0400
b
@@ -1,6 +1,7 @@
-<tool id="sixframe_translate" name="Generate 6-frame translation" version="1.0.0">
+<tool id="sixframe_translate" name="Generate 6-frame translation" version="1.1.0">
  <requirements>
-     <requirement type="package" version="1.3">protk</requirement>
+        <container type="docker">iracooke/protk-1.4.1</container>
+     <requirement type="package" version="1.4">protk</requirement>
    </requirements>
 
  <description>Translates DNA/RNA to protein</description>
@@ -26,6 +27,17 @@
  <data format="fasta" name="output" />
  </outputs>
 
+ <tests>
+   <test>
+       <param name="fasta_file" value="small_genome.fasta" format="fasta"/>
+       <output name="output" format="fasta">
+           <assert_contents>
+               <has_text text="SVQHWFYRFQAGHPRVFCPKNGPRRLW" />
+           </assert_contents>
+       </output>
+   </test>
+ </tests>
+
 
   <help>
 
b
diff -r d3850859bc50 -r 10465e20d9a2 test-data/small_genome.fasta
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/small_genome.fasta Thu Mar 26 19:56:34 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,6061 @@\n+>scaffold10 size605978\n+CCCTGGCCACTTCAGTCATAAGGGTGCACCGTACTTGGAGAGACTTCTCAGACATGCCGATAATTTACCCAGAACGAAAAGACAAATAGATCATGCTTCC\n+ACTTCCAGTATCCTCACTTATGCCGACATCCACTTAAACCCGATACGCTCTGAAGGAACATCGCACCATGACTTCACAAGCCACATCGTCCTACGACAAA\n+AGACAGAAACCTTTTTATTTATCGAACAAGTCGTTGGATAAGCAAGTCCCGCACCCAGTTCTCAACTAAGAAAACAGGTTCGGACAAAGCCTCCAAAGCA\n+AGCGTCACAATCCACCAGAAATGATTGACACAATGAATCATAAGCCCTCCTCTAAATTCACCTATTCGACCTCGGACAAAGGACAAGTCGACAAGCTATC\n+GAGCAATCAAGCATGGATTGGTGACGTCAAATCAGACTCTTCAAGTTGGTACGCACGACCAATTCTGTAGCCACCACCTAAGCAAATATGTATATACGTC\n+TCAAATATAGACAGTGCAGACAATAAAAGCCGCTTTTGAAACCCGAAACCACCAAATGGGTATCTATCTCTCAGAAAATTACACATTGCCGCTCATATCA\n+AATGCAAATGCCGCTGTACTTTCTAGGCTGAAACTTGGGTCCGTCCATTGTGATGGTGACCGTCTAAAAAGATAAACATCCATGACTCAAGCCATACAAA\n+AACTCCCAGCGCTCAATGCAAAAGACTACCTCCGCTCACTGGTAAGCTTGAGCGCGTTTTCCTTCATACTGGTCATGGCTAACGTGGTAGGGGTTTGGTT\n+GCCAGGTCTTCCGCCTGGCGTCGGGGTGGTTGCTCGACTTGGAGCAGCACTCGGGGCCGCGCTTCGATTGTGTGCCATGTGAGCTTGCACGAGATGACCG\n+GCCGCAAGAGCCGAGCAGAGACTCAGCTCTCCAGCAAGAACACCTGCAGCGATAACGCGAGCAAGTTGCCTGGCGTTATCACCAGGAGTTGTGGGATGGG\n+GGCCTCGCACACCAAGTAAATCGAGCATGGCAGATTGAGGCTCCAGAATGGTACCGCCGCCGATGGTGCCAACTTCAATACAAGGCATGGAAACGGAAAT\n+CTGCAGGTTACCACCCACGCTGTACATACTTTAGTACCTATTCAACGAGAGCAATGGTTAATAACTTACTTCTTCATAATGGTGATACAGCTGCTGCTTT\n+CAACGACTTGTGCTGGATCTTGTCCTGTAGCCAAGAAGATTGCAGCGACGATGTTGGCGGCATGGGCATTGTTTCCACCAACGCTGCCTGCCATTGCTGA\n+TCCGATGAGGTTCTTTGAAATATTGAGTTCAACAAGGGCGTCAACGCTACCTTTGAGAACGGTTCGAACGATCTTCTCAGGGATGATCGCTTCAGCTACT\n+ACACTCTTGCCACGCCCATCGATCCAGTTGATCGCAGCTGCCTTCTTATCCGTGCAGTAGTTACCAGACACGGAGACAATAGCCATGTCGTCGAAACCAG\n+CCTCGGTGGACATGATCTTCAGTGCATGTTCGACGCCCTTGGAAATCATGTTCATACCCATAGCATCACCTGTGGTTGTTTTGAACCTGATGTAGAGATA\n+AGTGCCTGCAAGAGCAGTTCTCATACTTTGGAGACGAGCGAAGCGACTGGTGGAGTTGAAGGCATCACGCATGACTTTCGTACCAGCTTCAGAGTCGAGC\n+CAATTTTTGGCTTCGCCTGCTCTGCGGACACTTTCAAAGCTCACGCAAGGACCGCGAGTCATTCCATCACCAGTGATAACAGTTTGCGCTCCTCCACCAG\n+CATTGATGGCTTTAGCGCCTCTGCTTGTACTTGCAACCAGAACACCCTCTGTTGTTGCCATCGGCAAGAAGTAGTTCTGACCGTCGATCATCATGGGACC\n+AGCGACACCGACTGGAAGGGGTAAGTAACCAATGACGTTCTCACAGCAAGCACCATGAACGCGCTCGTAATCGTAGTGCTTGTACGGCAAGTTGGAAGAT\n+TCCAGGAGACCCGAGGTTTCTCTTGTTGCGTGAGTGCGAGAGATAACTGCTCGTCGAATCTTGACAGCGCGTGTCATGTCGCCAAGGGTCTTTTCTAAAG\n+CGTAACCAGGTATTAAACCTCTGACGGACAAATCGATCAGTTCTTCATCGAGAAGTTGTGGAGCTAGCTTTGCCTTGAGCGCATCTTCACACTCTTGCCT\n+TGTTCGAGTGCCTGCCAATGTCGGTTGCGCGTTCGATGGAGTCTTCATCGTTAGACCACCATCCTCAGACTCAGTAGAGTCACTTGCCTCAGTGGTGTGG\n+GAAGGGTGTGCCTTTCTTTGAGGTGGCCTGGCAAGGTTGAGATTGGTGGAGGATGGAGCAACCATCATTTCATTTGCCTTGGGTGGCTGATCAGCTTGTG\n+CTGGCTCCTTGATGGTCAAACGCGCAGCATTGAACAAGTAGCCGTTCATGACCAGACTCATTACCAGGGCGATGACGATCCACTTGCTTAGGACGGGATC\n+GTTGAAGCTCTTTAGAAAGCTGCCGACAGCTCTGCCTCCTCTGCCACCAAGCATCTGGTCGGCGAATCGGGTGTCAAATAGACCACCTTCACTTTGACCA\n+GACGCGTAATGAACTGACGGATACTCGAGCTCATACTTAATTGGCGACAATACAGTGACAATGGTGGATCGCTTCTTGCGTTGTGCTGTTGAAAGGATGC\n+GGTCAAGCCCGTTGCCTGCGACTTTGAAAGGATCCATTGGAGGCTGCATCACGACACTGGAAAGGCTTGAAAGAGCCGGCGAGGCACTGTTTCTGAACGG\n+AATAGTGCACAGGTTGAGCACGTTTACCAATAGAAAACCTGTGACCATAAGGACCTTGAACCGAGGAATACTGGTGTCGCCTGCTTGCTTTCCAAAGATG\n+GGTGTCTCGCTGGGGCTGCTGTTTGATGTGGACGAAGCATCGTGGCTTGCTGCGACATTTTCGGCGACATTGCGGCTGACACCATCGTCCTCTAGTGCTT\n+TCCGGAGCTGGACATGGCGCTTGATGCGGTTGATCTCCAGTTTAATGGTGAGAATTGATGTGTAAAACGTGAACAGGAGGATGCAGTCAAAGAACAGAAT\n+CCATGCAGCAAGGAAGCAGAATTGGCGGAGACCGCCTTGCACGCCAGACGCAGCTCCAGCCACCAAAATTGCAATCTCAACCAAGTAGTCACGAACTATC\n+TCGGCGCCACAATCCTTGACAGCTGTTCGGACGGCATATTGTATAGTCGGTGCAGCATTGGTTTTATCGTTTCCAGGCTGGGCATCCACGCGTCTTCTGT\n+CCAAAGAATGGGCCAAGACGGCTTTGGTAAGGACTATGGGCTTTTCGAAGCCCACGGTCACAACCAAAAACGGTAGTCCCTCGGATAGCAGCACCATATT\n+GAGAGGGACGCCAAGTCGAGTCGTCACAATCAGTCCGAACAAGAAAGCGAATGAAGAGGAAATGAGAACGGTTGCGCCAAGCCAGAAATTTGAGCCCAAT\n+CTTCTCATGGACAAGAAAAGAGCCACAAATGTCAGATGCATGGACAGGTACCCAAGTATCATGATCGTAATATCCAAAGTCTCGGCGTTCTGGTCAAGTC\n+AGTACATGATCTCTTTGCTATCTTTCAGCTTGCATACCTTCAGAAGATCAAGAAAGTCGGTCCAAGCATTTTGCAACCATAATCTCACTCCTCCCGATGT\n+GCGAGTAGTGCTTTTGGCAGCTTTCATGATCCATTTCTTTTCCTCCTCAGATGTGCCGTCATTCAAGTACCGTACTTGAGAGGCATCCTTAGATACAGGG\n+ATCTCTTTCGAGGCATATAGAAAACTTTCAGCCTCCTCGAAGGGCATGGAATAGGCCAAAGTTGTGTCCTGTGAAATTT'..b'NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCTTAACCCTTTCCTAC\n+CCCGTTCCGCTACGGAAAGCGCTAGGCCTAGCTTATTTACTTATACTTAACCCTTACCGAAGGATTATAAATCGCTCGGTCTTAACCGCTTCGTACCCCT\n+TATATAGTTATAAATCTCGCTCGTTACTCTATTCTCGGCCTAGATCGGCCTAATAATCTATTTTAATCTAGATATATACTAGCTCCGCCTACAGCTCCCC\n+CTCCGCTGCCTAGATTAATACCGCTACTTAGCGAGAGTACTACCTACCGGATCTACTAGCTCTCCGCCTTCTTCGCCGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAGAGCCCTTCCCCTAGACTCGAGGAGATCGAGAGACCTCCTATAAG\n+ATAGAAAATTAACGCTATAGATCTAATAGGAAAAGGGAAGCAAATTGCTAACCCTAGGGGAAGGTCGACGATTAGTGTTAGTATACTTACCAAGATACCT\n+AAAGGCTAGTAGGTAGGTATTGACGTCAATAGTAAGGAAAGAAAGACTGTAAAGGAAATAGACTGAGATTGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG\n+GTAGAGGGATAGCTAAATCGGCGATATAATTACCTTAGCTATTACTCGTCTAAGTCGGAGAAGAATAATTAGCTAAATTATAACATTAGAATTGCGTAGG\n+ATGATTTTTGCGTAGCTTAGGACGAGTTTTGCGGCTATTACGGCTTCTACGGTATAGATTATACTAGGAGTATATAGTTCCTATTGCGAAATTAGATATA\n+TTTCGGGTTATAGATCCTCCGGAGGCTGATTTTTATCCGATTGGATGTCCGATTAGAATAGTAATTCTATCTAGGGGTGACTATATTT\n'