Repository 'cummerbund'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/cummerbund

Changeset 5:78fcfc04fcfe (2017-02-23)
Previous changeset 4:ba8fde59843d (2015-07-21) Next changeset 6:c3b54a4b7741 (2020-07-06)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/tree/master/tools/cummerbund commit f3f0bef4a450aafab3c6b05a27647471f93b22f3
modified:
cummeRbund.R
cummeRbund.xml
cummeRbund_macros.xml
test-data/boxplot.png
test-data/boxplot.txt
test-data/cuffdiff_out.sqlite
test-data/dendrogram.png
test-data/dendrogram.txt
test-data/density.png
test-data/density.txt
test-data/dispersion.png
test-data/dispersion.txt
test-data/expressionbarplot.png
test-data/expressionbarplot.txt
test-data/expressionplot.png
test-data/expressionplot.txt
test-data/fpkmSCV.png
test-data/fpkmSCV.txt
test-data/heatmap.png
test-data/heatmap.txt
test-data/maplot.png
test-data/maplot.txt
test-data/pca.png
test-data/pca.txt
test-data/scatter.png
test-data/scatter.txt
test-data/scatterMatrix.png
test-data/scatterMatrix.txt
test-data/volcano.png
test-data/volcano.txt
removed:
tool_dependencies.xml
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe cummeRbund.R
--- a/cummeRbund.R Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/cummeRbund.R Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
b
@@ -1,4 +1,5 @@
 ## Feature Selection ##
+options(echo=TRUE)
 get_features <- function(myGenes, f="gene") {
     if (f == "isoforms")
         return(isoforms(myGenes))
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe cummeRbund.xml
--- a/cummeRbund.xml Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/cummeRbund.xml Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,20 +1,18 @@
 <?xml version="1.0"?>
-<tool id="cummeRbund" name="cummeRbund" version="1.0.1">
+<tool id="cummeRbund" name="cummeRbund" version="2.16.0">
     <description>visualize Cuffdiff output</description>
-    <requirements>
-        <requirement type="set_environment">CUMMERBUND_SCRIPT_PATH</requirement>
-        <requirement type="package" version="3.1.2">R</requirement>
-        <requirement type="package" version="2.8.2">cummeRbund</requirement>
-    </requirements>
-    <expand macro="stdio" />
     <macros>
         <import>cummeRbund_macros.xml</import>
     </macros>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="1.0.1">r-argparse</requirement>
+        <requirement type="package" version="2.16.0">bioconductor-cummerbund</requirement>
+    </requirements>
     <code file="cummeRbund_options.py"/>
-    <command>
+    <command detect_errors="aggressive">
 <![CDATA[
 #for i, p in enumerate($plots):
-    R --vanilla --no-save -f \$CUMMERBUND_SCRIPT_PATH/cummeRbund.R --args
+    Rscript $__tool_directory__/cummeRbund.R
     --input "${input_database}" --width $p.width --height $p.height --type "${p.plot.type}"
     --outfile plot-${p.plot.type}-${i}.png
     #if $p.plot.type in ["density", "boxplot", "mds", "pca", "dendrogram"]:
@@ -40,6 +38,7 @@
     #elif $p.plot.type == "heatmap":
         --clustering "$p.plot.clustering" $p.plot.labcol $p.plot.labrow $p.plot.border --features $p.plot.features $p.plot.log10
         #if len($p.plot.genes) > 0:
+            --gene_selector
             #for gene in $p.plot.genes:
                 --genes ${gene.gene_id}
             #end for
@@ -124,7 +123,7 @@
                         <option value="none">None</option>
                     </param>
                     <param name="labcol" type="boolean" truevalue="--labcol" falsevalue="" checked="True" label="Display column labels?"/>
-                    <param name="labrow" type="boolean" truevalue="--labrow" falsevalue="" checked="True" label="Display column labels?"/>
+                    <param name="labrow" type="boolean" truevalue="--labrow" falsevalue="" checked="True" label="Display row labels?"/>
                     <param name="border" type="boolean" truevalue="--border" falsevalue="" checked="False" label="Draw border around plot?"/>
                     <expand macro="log10_checkbox" />
                 </when>
@@ -272,7 +271,10 @@
                 <conditional name="plot">
                     <param name="type" value="heatmap" />
                     <repeat name="genes">
-                        <param name="gene_id" value="XLOC_000078" />
+                        <param name="gene_id" value="XLOC_000030" />
+                    </repeat>
+                    <repeat name="genes">
+                        <param name="gene_id" value="XLOC_000037" />
                     </repeat>
                 </conditional>
             </repeat>
@@ -353,7 +355,7 @@
 
 ------
 
-Based on the `cummeRbund wrapper <http://toolshed.bx.psu.edu/view/jjohnson/cummerbund>`_ written by James E. Johnson of the Minnesota Supercomputing Institute.
+Based on the `cummeRbund wrapper <https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/jjohnson/cummerbund>`_ written by James E. Johnson of the Minnesota Supercomputing Institute.
     ]]></help>
     <citations>
         <citation type="doi">doi:10.1038/nprot.2012.016</citation>
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe cummeRbund_macros.xml
--- a/cummeRbund_macros.xml Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/cummeRbund_macros.xml Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
b
@@ -1,13 +1,5 @@
 <?xml version="1.0"?>
 <macros>
-    <macro name="stdio">
-        <stdio>
-            <exit_code range="1:" />
-            <exit_code range=":-1" />
-            <regex match="Error:" />
-            <regex match="Exception:" />
-        </stdio>
-    </macro>
     <macro name="replicates_checkbox">
         <param name="replicates" type="boolean" truevalue="--replicates" falsevalue="" checked="True" label="Replicates?"/>
     </macro>
@@ -19,7 +11,8 @@
         <param name="y" type="select" label="Sample name for y axis" dynamic_options="get_samples(input_database.dataset.file_name)" />
     </macro>
     <macro name="genes_selector">
-        <repeat name="genes" title="Genes">
+        <repeat name="genes" title="Genes" min="2">
+            <!-- Cannot create a heatmap for less than two genes -->
             <param name="gene_id" type="select" label="Gene ID" dynamic_options="get_genes(input_database.dataset.file_name)" />
         </repeat>
     </macro>
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/boxplot.png
b
Binary file test-data/boxplot.png has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/boxplot.txt
--- a/test-data/boxplot.txt Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/test-data/boxplot.txt Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,23 +1,3 @@
-
-R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"
-Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
-
-R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
-You are welcome to redistribute it under certain conditions.
-Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
-
-  Natural language support but running in an English locale
-
-R is a collaborative project with many contributors.
-Type 'contributors()' for more information and
-'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
-
-Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
-'help.start()' for an HTML browser interface to help.
-Type 'q()' to quit R.
-
-> ## Feature Selection ##
 > get_features <- function(myGenes, f="gene") {
 +     if (f == "isoforms")
 +         return(isoforms(myGenes))
@@ -61,79 +41,10 @@
 > 
 > args <- parser$parse_args()
 > 
-> print(args)
-$border
-[1] FALSE
-
-$clustering
-[1] "both"
-
-$count
-[1] FALSE
-
-$error_bars
-[1] FALSE
-
-$features
-[1] "genes"
-
-$filename
-[1] "plot-boxplot-0.png"
-
-$gene_selector
-[1] FALSE
-
-$genes
-NULL
-
-$height
-[1] 960
-
-$input_database
-[1] "/tmp/tmpCu9yWT/tmpPy7OpW/database/files/000/dataset_34.dat"
-
-$iter_max
-NULL
-
-$k
-NULL
-
-$labcol
-[1] FALSE
-
-$labrow
-[1] FALSE
-
-$log10
-[1] FALSE
-
-$plotType
-[1] "boxplot"
-
-$replicates
-[1] TRUE
-
-$smooth
-[1] FALSE
-
-$summary
-[1] FALSE
-
-$width
-[1] 1280
-
-$x
-NULL
-
-$y
-NULL
-
-> 
-> #q()
-> 
 > ## Load cummeRbund library
 > library("cummeRbund")
 Loading required package: BiocGenerics
+Loading required package: methods
 Loading required package: parallel
 
 Attaching package: ‘BiocGenerics’
@@ -144,18 +55,18 @@
     clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
     parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
 
-The following object is masked from ‘package:stats’:
+The following objects are masked from ‘package:stats’:
 
-    xtabs
+    IQR, mad, xtabs
 
 The following objects are masked from ‘package:base’:
 
-    anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
-    do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, intersect,
-    is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax,
-    pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rep.int,
-    rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique,
-    unlist, unsplit
+    anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call,
+    duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect,
+    is.unsorted, lapply, lengths, Map, mapply, match, mget, order,
+    paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind,
+    Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union,
+    unique, unsplit, which, which.max, which.min
 
 Loading required package: RSQLite
 Loading required package: DBI
@@ -171,12 +82,75 @@
 
 Loading required package: rtracklayer
 Loading required package: GenomicRanges
+Loading required package: stats4
 Loading required package: S4Vectors
-Loading required package: stats4
+
+Attaching package: ‘S4Vectors’
+
+The following objects are masked from ‘package:base’:
+
+    colMeans, colSums, expand.grid, rowMeans, rowSums
+
 Loading required package: IRanges
 Loading required package: GenomeInfoDb
 Loading required package: Gviz
 Loading required package: grid
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
 
 Attaching package: ‘cummeRbund’
 
@@ -301,8 +275,5 @@
 +     write(paste("Failed:", e, sep=" "), stderr())
 +     q("no", 1, TRUE)
 + })
-Fontconfig error: Cannot load default config file
 > devname = dev.off()
 > 
-> #end for
-> 
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/cuffdiff_out.sqlite
b
Binary file test-data/cuffdiff_out.sqlite has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/dendrogram.png
b
Binary file test-data/dendrogram.png has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/dendrogram.txt
--- a/test-data/dendrogram.txt Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/test-data/dendrogram.txt Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,23 +1,3 @@
-
-R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"
-Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
-
-R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
-You are welcome to redistribute it under certain conditions.
-Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
-
-  Natural language support but running in an English locale
-
-R is a collaborative project with many contributors.
-Type 'contributors()' for more information and
-'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
-
-Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
-'help.start()' for an HTML browser interface to help.
-Type 'q()' to quit R.
-
-> ## Feature Selection ##
 > get_features <- function(myGenes, f="gene") {
 +     if (f == "isoforms")
 +         return(isoforms(myGenes))
@@ -61,79 +41,10 @@
 > 
 > args <- parser$parse_args()
 > 
-> print(args)
-$border
-[1] FALSE
-
-$clustering
-[1] "both"
-
-$count
-[1] FALSE
-
-$error_bars
-[1] FALSE
-
-$features
-[1] "genes"
-
-$filename
-[1] "plot-dendrogram-0.png"
-
-$gene_selector
-[1] FALSE
-
-$genes
-NULL
-
-$height
-[1] 960
-
-$input_database
-[1] "/tmp/tmp3exXG8/tmpuNktUy/database/files/000/dataset_43.dat"
-
-$iter_max
-NULL
-
-$k
-NULL
-
-$labcol
-[1] FALSE
-
-$labrow
-[1] FALSE
-
-$log10
-[1] FALSE
-
-$plotType
-[1] "dendrogram"
-
-$replicates
-[1] TRUE
-
-$smooth
-[1] FALSE
-
-$summary
-[1] FALSE
-
-$width
-[1] 1280
-
-$x
-NULL
-
-$y
-NULL
-
-> 
-> #q()
-> 
 > ## Load cummeRbund library
 > library("cummeRbund")
 Loading required package: BiocGenerics
+Loading required package: methods
 Loading required package: parallel
 
 Attaching package: ‘BiocGenerics’
@@ -144,18 +55,18 @@
     clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
     parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
 
-The following object is masked from ‘package:stats’:
+The following objects are masked from ‘package:stats’:
 
-    xtabs
+    IQR, mad, xtabs
 
 The following objects are masked from ‘package:base’:
 
-    anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
-    do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, intersect,
-    is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax,
-    pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rep.int,
-    rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique,
-    unlist, unsplit
+    anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call,
+    duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect,
+    is.unsorted, lapply, lengths, Map, mapply, match, mget, order,
+    paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind,
+    Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union,
+    unique, unsplit, which, which.max, which.min
 
 Loading required package: RSQLite
 Loading required package: DBI
@@ -171,12 +82,75 @@
 
 Loading required package: rtracklayer
 Loading required package: GenomicRanges
+Loading required package: stats4
 Loading required package: S4Vectors
-Loading required package: stats4
+
+Attaching package: ‘S4Vectors’
+
+The following objects are masked from ‘package:base’:
+
+    colMeans, colSums, expand.grid, rowMeans, rowSums
+
 Loading required package: IRanges
 Loading required package: GenomeInfoDb
 Loading required package: Gviz
 Loading required package: grid
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
 
 Attaching package: ‘cummeRbund’
 
@@ -301,9 +275,6 @@
 +     write(paste("Failed:", e, sep=" "), stderr())
 +     q("no", 1, TRUE)
 + })
-Fontconfig error: Cannot load default config file
 'dendrogram' with 2 branches and 2 members total, at height 0.7672512 
 > devname = dev.off()
 > 
-> #end for
-> 
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/density.png
b
Binary file test-data/density.png has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/density.txt
--- a/test-data/density.txt Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/test-data/density.txt Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,23 +1,3 @@
-
-R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"
-Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
-
-R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
-You are welcome to redistribute it under certain conditions.
-Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
-
-  Natural language support but running in an English locale
-
-R is a collaborative project with many contributors.
-Type 'contributors()' for more information and
-'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
-
-Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
-'help.start()' for an HTML browser interface to help.
-Type 'q()' to quit R.
-
-> ## Feature Selection ##
 > get_features <- function(myGenes, f="gene") {
 +     if (f == "isoforms")
 +         return(isoforms(myGenes))
@@ -61,79 +41,10 @@
 > 
 > args <- parser$parse_args()
 > 
-> print(args)
-$border
-[1] FALSE
-
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-[1] "both"
-
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-
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-
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-
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-[1] "plot-density-0.png"
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-
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-NULL
-
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-[1] "/tmp/tmpqBHFSU/tmpJRwxiS/database/files/001/dataset_1450.dat"
-
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-NULL
-
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-NULL
-
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-
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-
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-[1] TRUE
-
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-[1] "density"
-
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-
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-
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-
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-
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-NULL
-
-$y
-NULL
-
-> 
-> #q()
-> 
 > ## Load cummeRbund library
 > library("cummeRbund")
 Loading required package: BiocGenerics
+Loading required package: methods
 Loading required package: parallel
 
 Attaching package: ‘BiocGenerics’
@@ -144,18 +55,18 @@
     clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
     parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
 
-The following object is masked from ‘package:stats’:
+The following objects are masked from ‘package:stats’:
 
-    xtabs
+    IQR, mad, xtabs
 
 The following objects are masked from ‘package:base’:
 
-    anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
-    do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, intersect,
-    is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax,
-    pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rep.int,
-    rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique,
-    unlist, unsplit
+    anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call,
+    duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect,
+    is.unsorted, lapply, lengths, Map, mapply, match, mget, order,
+    paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind,
+    Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union,
+    unique, unsplit, which, which.max, which.min
 
 Loading required package: RSQLite
 Loading required package: DBI
@@ -171,12 +82,75 @@
 
 Loading required package: rtracklayer
 Loading required package: GenomicRanges
+Loading required package: stats4
 Loading required package: S4Vectors
-Loading required package: stats4
+
+Attaching package: ‘S4Vectors’
+
+The following objects are masked from ‘package:base’:
+
+    colMeans, colSums, expand.grid, rowMeans, rowSums
+
 Loading required package: IRanges
 Loading required package: GenomeInfoDb
 Loading required package: Gviz
 Loading required package: grid
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
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+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
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+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
 
 Attaching package: ‘cummeRbund’
 
@@ -301,11 +275,7 @@
 +     write(paste("Failed:", e, sep=" "), stderr())
 +     q("no", 1, TRUE)
 + })
-Fontconfig error: Cannot load default config file
-Warning messages:
-1: Removed 65 rows containing non-finite values (stat_density). 
-2: Removed 63 rows containing non-finite values (stat_density). 
+Warning message:
+Removed 128 rows containing non-finite values (stat_density). 
 > devname = dev.off()
 > 
-> #end for
-> 
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/dispersion.png
b
Binary file test-data/dispersion.png has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/dispersion.txt
--- a/test-data/dispersion.txt Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/test-data/dispersion.txt Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,23 +1,3 @@
-
-R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"
-Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
-
-R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
-You are welcome to redistribute it under certain conditions.
-Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
-
-  Natural language support but running in an English locale
-
-R is a collaborative project with many contributors.
-Type 'contributors()' for more information and
-'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
-
-Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
-'help.start()' for an HTML browser interface to help.
-Type 'q()' to quit R.
-
-> ## Feature Selection ##
 > get_features <- function(myGenes, f="gene") {
 +     if (f == "isoforms")
 +         return(isoforms(myGenes))
@@ -61,79 +41,10 @@
 > 
 > args <- parser$parse_args()
 > 
-> print(args)
-$border
-[1] FALSE
-
-$clustering
-[1] "both"
-
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-[1] FALSE
-
-$error_bars
-[1] FALSE
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-> 
-> #q()
-> 
 > ## Load cummeRbund library
 > library("cummeRbund")
 Loading required package: BiocGenerics
+Loading required package: methods
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 Attaching package: ‘BiocGenerics’
@@ -144,18 +55,18 @@
     clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
     parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
 
-The following object is masked from ‘package:stats’:
+The following objects are masked from ‘package:stats’:
 
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+    IQR, mad, xtabs
 
 The following objects are masked from ‘package:base’:
 
-    anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
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+    Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union,
+    unique, unsplit, which, which.max, which.min
 
 Loading required package: RSQLite
 Loading required package: DBI
@@ -171,12 +82,75 @@
 
 Loading required package: rtracklayer
 Loading required package: GenomicRanges
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 Loading required package: S4Vectors
-Loading required package: stats4
+
+Attaching package: ‘S4Vectors’
+
+The following objects are masked from ‘package:base’:
+
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 Loading required package: grid
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
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+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
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+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
 
 Attaching package: ‘cummeRbund’
 
@@ -301,8 +275,8 @@
 +     write(paste("Failed:", e, sep=" "), stderr())
 +     q("no", 1, TRUE)
 + })
-Fontconfig error: Cannot load default config file
+Warning messages:
+1: Transformation introduced infinite values in continuous x-axis 
+2: Transformation introduced infinite values in continuous y-axis 
 > devname = dev.off()
 > 
-> #end for
-> 
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/expressionbarplot.png
b
Binary file test-data/expressionbarplot.png has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/expressionbarplot.txt
--- a/test-data/expressionbarplot.txt Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/test-data/expressionbarplot.txt Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,23 +1,3 @@
-
-R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"
-Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
-
-R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
-You are welcome to redistribute it under certain conditions.
-Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
-
-  Natural language support but running in an English locale
-
-R is a collaborative project with many contributors.
-Type 'contributors()' for more information and
-'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
-
-Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
-'help.start()' for an HTML browser interface to help.
-Type 'q()' to quit R.
-
-> ## Feature Selection ##
 > get_features <- function(myGenes, f="gene") {
 +     if (f == "isoforms")
 +         return(isoforms(myGenes))
@@ -61,79 +41,10 @@
 > 
 > args <- parser$parse_args()
 > 
-> print(args)
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-
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-
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-NULL
-
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-NULL
-
-$y
-NULL
-
-> 
-> #q()
-> 
 > ## Load cummeRbund library
 > library("cummeRbund")
 Loading required package: BiocGenerics
+Loading required package: methods
 Loading required package: parallel
 
 Attaching package: ‘BiocGenerics’
@@ -144,18 +55,18 @@
     clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
     parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
 
-The following object is masked from ‘package:stats’:
+The following objects are masked from ‘package:stats’:
 
-    xtabs
+    IQR, mad, xtabs
 
 The following objects are masked from ‘package:base’:
 
-    anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
-    do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, intersect,
-    is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax,
-    pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rep.int,
-    rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique,
-    unlist, unsplit
+    anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call,
+    duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect,
+    is.unsorted, lapply, lengths, Map, mapply, match, mget, order,
+    paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind,
+    Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union,
+    unique, unsplit, which, which.max, which.min
 
 Loading required package: RSQLite
 Loading required package: DBI
@@ -171,12 +82,75 @@
 
 Loading required package: rtracklayer
 Loading required package: GenomicRanges
+Loading required package: stats4
 Loading required package: S4Vectors
-Loading required package: stats4
+
+Attaching package: ‘S4Vectors’
+
+The following objects are masked from ‘package:base’:
+
+    colMeans, colSums, expand.grid, rowMeans, rowSums
+
 Loading required package: IRanges
 Loading required package: GenomeInfoDb
 Loading required package: Gviz
 Loading required package: grid
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
 
 Attaching package: ‘cummeRbund’
 
@@ -331,10 +305,7 @@
  distData
 Getting relCDS information:
  distData
-Scale for 'colour' is already present. Adding another scale for 'colour', which will replace the existing scale.
-ymax not defined: adjusting position using y instead
-Fontconfig error: Cannot load default config file
+Scale for 'colour' is already present. Adding another scale for 'colour',
+which will replace the existing scale.
 > devname = dev.off()
 > 
-> #end for
-> 
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/expressionplot.png
b
Binary file test-data/expressionplot.png has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/expressionplot.txt
--- a/test-data/expressionplot.txt Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/test-data/expressionplot.txt Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,23 +1,3 @@
-
-R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"
-Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
-
-R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
-You are welcome to redistribute it under certain conditions.
-Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
-
-  Natural language support but running in an English locale
-
-R is a collaborative project with many contributors.
-Type 'contributors()' for more information and
-'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
-
-Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
-'help.start()' for an HTML browser interface to help.
-Type 'q()' to quit R.
-
-> ## Feature Selection ##
 > get_features <- function(myGenes, f="gene") {
 +     if (f == "isoforms")
 +         return(isoforms(myGenes))
@@ -61,79 +41,10 @@
 > 
 > args <- parser$parse_args()
 > 
-> print(args)
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-[1] FALSE
-
-$clustering
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-
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-
-$error_bars
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-
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-NULL
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-
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-
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-NULL
-
-$y
-NULL
-
-> 
-> #q()
-> 
 > ## Load cummeRbund library
 > library("cummeRbund")
 Loading required package: BiocGenerics
+Loading required package: methods
 Loading required package: parallel
 
 Attaching package: ‘BiocGenerics’
@@ -144,18 +55,18 @@
     clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
     parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
 
-The following object is masked from ‘package:stats’:
+The following objects are masked from ‘package:stats’:
 
-    xtabs
+    IQR, mad, xtabs
 
 The following objects are masked from ‘package:base’:
 
-    anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
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-    is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax,
-    pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rep.int,
-    rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique,
-    unlist, unsplit
+    anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call,
+    duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect,
+    is.unsorted, lapply, lengths, Map, mapply, match, mget, order,
+    paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind,
+    Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union,
+    unique, unsplit, which, which.max, which.min
 
 Loading required package: RSQLite
 Loading required package: DBI
@@ -171,12 +82,75 @@
 
 Loading required package: rtracklayer
 Loading required package: GenomicRanges
+Loading required package: stats4
 Loading required package: S4Vectors
-Loading required package: stats4
+
+Attaching package: ‘S4Vectors’
+
+The following objects are masked from ‘package:base’:
+
+    colMeans, colSums, expand.grid, rowMeans, rowSums
+
 Loading required package: IRanges
 Loading required package: GenomeInfoDb
 Loading required package: Gviz
 Loading required package: grid
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
 
 Attaching package: ‘cummeRbund’
 
@@ -331,8 +305,5 @@
  distData
 Getting relCDS information:
  distData
-Fontconfig error: Cannot load default config file
 > devname = dev.off()
 > 
-> #end for
-> 
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/fpkmSCV.png
b
Binary file test-data/fpkmSCV.png has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/fpkmSCV.txt
--- a/test-data/fpkmSCV.txt Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/test-data/fpkmSCV.txt Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,23 +1,3 @@
-
-R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"
-Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
-
-R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
-You are welcome to redistribute it under certain conditions.
-Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
-
-  Natural language support but running in an English locale
-
-R is a collaborative project with many contributors.
-Type 'contributors()' for more information and
-'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
-
-Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
-'help.start()' for an HTML browser interface to help.
-Type 'q()' to quit R.
-
-> ## Feature Selection ##
 > get_features <- function(myGenes, f="gene") {
 +     if (f == "isoforms")
 +         return(isoforms(myGenes))
@@ -61,79 +41,10 @@
 > 
 > args <- parser$parse_args()
 > 
-> print(args)
-$border
-[1] FALSE
-
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-[1] "both"
-
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-[1] FALSE
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-
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-$smooth
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-$width
-[1] 1280
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-> 
-> #q()
-> 
 > ## Load cummeRbund library
 > library("cummeRbund")
 Loading required package: BiocGenerics
+Loading required package: methods
 Loading required package: parallel
 
 Attaching package: ‘BiocGenerics’
@@ -144,18 +55,18 @@
     clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
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-The following object is masked from ‘package:stats’:
+The following objects are masked from ‘package:stats’:
 
-    xtabs
+    IQR, mad, xtabs
 
 The following objects are masked from ‘package:base’:
 
-    anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
-    do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, intersect,
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-    pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rep.int,
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+    anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call,
+    duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect,
+    is.unsorted, lapply, lengths, Map, mapply, match, mget, order,
+    paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind,
+    Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union,
+    unique, unsplit, which, which.max, which.min
 
 Loading required package: RSQLite
 Loading required package: DBI
@@ -171,12 +82,75 @@
 
 Loading required package: rtracklayer
 Loading required package: GenomicRanges
+Loading required package: stats4
 Loading required package: S4Vectors
-Loading required package: stats4
+
+Attaching package: ‘S4Vectors’
+
+The following objects are masked from ‘package:base’:
+
+    colMeans, colSums, expand.grid, rowMeans, rowSums
+
 Loading required package: IRanges
 Loading required package: GenomeInfoDb
 Loading required package: Gviz
 Loading required package: grid
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
 
 Attaching package: ‘cummeRbund’
 
@@ -301,13 +275,11 @@
 +     write(paste("Failed:", e, sep=" "), stderr())
 +     q("no", 1, TRUE)
 + })
-Scale for 'x' is already present. Adding another scale for 'x', which will replace the existing scale.
-geom_smooth: method="auto" and size of largest group is <1000, so using loess. Use 'method = x' to change the smoothing method.
-Fontconfig error: Cannot load default config file
+Scale for 'x' is already present. Adding another scale for 'x', which will
+replace the existing scale.
+`geom_smooth()` using method = 'loess'
 Warning message:
 In .local(object, FPKMLowerBound, ...) :
   At least one of your conditions does not have enough replicates to estimate variance. Estimating variance across all conditions instead.
 > devname = dev.off()
 > 
-> #end for
-> 
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/heatmap.png
b
Binary file test-data/heatmap.png has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/heatmap.txt
--- a/test-data/heatmap.txt Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/test-data/heatmap.txt Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,23 +1,3 @@
-
-R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"
-Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
-
-R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
-You are welcome to redistribute it under certain conditions.
-Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
-
-  Natural language support but running in an English locale
-
-R is a collaborative project with many contributors.
-Type 'contributors()' for more information and
-'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
-
-Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
-'help.start()' for an HTML browser interface to help.
-Type 'q()' to quit R.
-
-> ## Feature Selection ##
 > get_features <- function(myGenes, f="gene") {
 +     if (f == "isoforms")
 +         return(isoforms(myGenes))
@@ -61,79 +41,10 @@
 > 
 > args <- parser$parse_args()
 > 
-> print(args)
-$border
-[1] FALSE
-
-$clustering
-[1] "both"
-
-$count
-[1] FALSE
-
-$error_bars
-[1] FALSE
-
-$features
-[1] "gene"
-
-$filename
-[1] "plot-heatmap-0.png"
-
-$gene_selector
-[1] FALSE
-
-$genes
-[1] "XLOC_000078"
-
-$height
-[1] 960
-
-$input_database
-[1] "/tmp/tmpCu9yWT/tmpPy7OpW/database/files/000/dataset_22.dat"
-
-$iter_max
-NULL
-
-$k
-NULL
-
-$labcol
-[1] TRUE
-
-$labrow
-[1] TRUE
-
-$log10
-[1] TRUE
-
-$plotType
-[1] "heatmap"
-
-$replicates
-[1] FALSE
-
-$smooth
-[1] FALSE
-
-$summary
-[1] FALSE
-
-$width
-[1] 1280
-
-$x
-NULL
-
-$y
-NULL
-
-> 
-> #q()
-> 
 > ## Load cummeRbund library
 > library("cummeRbund")
 Loading required package: BiocGenerics
+Loading required package: methods
 Loading required package: parallel
 
 Attaching package: ‘BiocGenerics’
@@ -144,18 +55,18 @@
     clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
     parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
 
-The following object is masked from ‘package:stats’:
+The following objects are masked from ‘package:stats’:
 
-    xtabs
+    IQR, mad, xtabs
 
 The following objects are masked from ‘package:base’:
 
-    anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
-    do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, intersect,
-    is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax,
-    pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rep.int,
-    rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique,
-    unlist, unsplit
+    anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call,
+    duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect,
+    is.unsorted, lapply, lengths, Map, mapply, match, mget, order,
+    paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind,
+    Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union,
+    unique, unsplit, which, which.max, which.min
 
 Loading required package: RSQLite
 Loading required package: DBI
@@ -171,12 +82,75 @@
 
 Loading required package: rtracklayer
 Loading required package: GenomicRanges
+Loading required package: stats4
 Loading required package: S4Vectors
-Loading required package: stats4
+
+Attaching package: ‘S4Vectors’
+
+The following objects are masked from ‘package:base’:
+
+    colMeans, colSums, expand.grid, rowMeans, rowSums
+
 Loading required package: IRanges
 Loading required package: GenomeInfoDb
 Loading required package: Gviz
 Loading required package: grid
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
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+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
 
 Attaching package: ‘cummeRbund’
 
@@ -333,8 +307,5 @@
  distData
 Using tracking_id, sample_name as id variables
 No id variables; using all as measure variables
-Fontconfig error: Cannot load default config file
 > devname = dev.off()
 > 
-> #end for
-> 
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/maplot.png
b
Binary file test-data/maplot.png has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/maplot.txt
--- a/test-data/maplot.txt Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/test-data/maplot.txt Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,23 +1,3 @@
-
-R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"
-Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
-
-R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
-You are welcome to redistribute it under certain conditions.
-Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
-
-  Natural language support but running in an English locale
-
-R is a collaborative project with many contributors.
-Type 'contributors()' for more information and
-'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
-
-Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
-'help.start()' for an HTML browser interface to help.
-Type 'q()' to quit R.
-
-> ## Feature Selection ##
 > get_features <- function(myGenes, f="gene") {
 +     if (f == "isoforms")
 +         return(isoforms(myGenes))
@@ -61,79 +41,10 @@
 > 
 > args <- parser$parse_args()
 > 
-> print(args)
-$border
-[1] FALSE
-
-$clustering
-[1] "both"
-
-$count
-[1] FALSE
-
-$error_bars
-[1] FALSE
-
-$features
-[1] "genes"
-
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-[1] "plot-maplot-0.png"
-
-$gene_selector
-[1] FALSE
-
-$genes
-NULL
-
-$height
-[1] 960
-
-$input_database
-[1] "/tmp/tmpk0xwrM/tmpNNuxXE/database/files/000/dataset_1.dat"
-
-$iter_max
-NULL
-
-$k
-NULL
-
-$labcol
-[1] FALSE
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-$labrow
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-$log10
-[1] FALSE
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-$replicates
-[1] FALSE
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-$smooth
-[1] FALSE
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-$summary
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-$width
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-$x
-[1] "q1"
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-$y
-[1] "q2"
-
-> 
-> #q()
-> 
 > ## Load cummeRbund library
 > library("cummeRbund")
 Loading required package: BiocGenerics
+Loading required package: methods
 Loading required package: parallel
 
 Attaching package: ‘BiocGenerics’
@@ -144,18 +55,18 @@
     clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
     parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
 
-The following object is masked from ‘package:stats’:
+The following objects are masked from ‘package:stats’:
 
-    xtabs
+    IQR, mad, xtabs
 
 The following objects are masked from ‘package:base’:
 
-    anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
-    do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, intersect,
-    is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax,
-    pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rep.int,
-    rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique,
-    unlist, unsplit
+    anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call,
+    duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect,
+    is.unsorted, lapply, lengths, Map, mapply, match, mget, order,
+    paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind,
+    Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union,
+    unique, unsplit, which, which.max, which.min
 
 Loading required package: RSQLite
 Loading required package: DBI
@@ -171,12 +82,75 @@
 
 Loading required package: rtracklayer
 Loading required package: GenomicRanges
+Loading required package: stats4
 Loading required package: S4Vectors
-Loading required package: stats4
+
+Attaching package: ‘S4Vectors’
+
+The following objects are masked from ‘package:base’:
+
+    colMeans, colSums, expand.grid, rowMeans, rowSums
+
 Loading required package: IRanges
 Loading required package: GenomeInfoDb
 Loading required package: Gviz
 Loading required package: grid
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
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+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
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+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
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+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
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+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
 
 Attaching package: ‘cummeRbund’
 
@@ -301,10 +275,7 @@
 +     write(paste("Failed:", e, sep=" "), stderr())
 +     q("no", 1, TRUE)
 + })
-Fontconfig error: Cannot load default config file
 Warning message:
 Removed 52 rows containing missing values (geom_point). 
 > devname = dev.off()
 > 
-> #end for
-> 
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/pca.png
b
Binary file test-data/pca.png has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/pca.txt
--- a/test-data/pca.txt Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/test-data/pca.txt Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,23 +1,3 @@
-
-R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"
-Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
-
-R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
-You are welcome to redistribute it under certain conditions.
-Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
-
-  Natural language support but running in an English locale
-
-R is a collaborative project with many contributors.
-Type 'contributors()' for more information and
-'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
-
-Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
-'help.start()' for an HTML browser interface to help.
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-
-> ## Feature Selection ##
 > get_features <- function(myGenes, f="gene") {
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 +         return(isoforms(myGenes))
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 > 
-> print(args)
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-
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-
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-NULL
-
-$y
-NULL
-
-> 
-> #q()
-> 
 > ## Load cummeRbund library
 > library("cummeRbund")
 Loading required package: BiocGenerics
+Loading required package: methods
 Loading required package: parallel
 
 Attaching package: ‘BiocGenerics’
@@ -144,18 +55,18 @@
     clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
     parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
 
-The following object is masked from ‘package:stats’:
+The following objects are masked from ‘package:stats’:
 
-    xtabs
+    IQR, mad, xtabs
 
 The following objects are masked from ‘package:base’:
 
-    anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
-    do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, intersect,
-    is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax,
-    pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rep.int,
-    rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique,
-    unlist, unsplit
+    anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call,
+    duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect,
+    is.unsorted, lapply, lengths, Map, mapply, match, mget, order,
+    paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind,
+    Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union,
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 Loading required package: RSQLite
 Loading required package: DBI
@@ -171,12 +82,75 @@
 
 Loading required package: rtracklayer
 Loading required package: GenomicRanges
+Loading required package: stats4
 Loading required package: S4Vectors
-Loading required package: stats4
+
+Attaching package: ‘S4Vectors’
+
+The following objects are masked from ‘package:base’:
+
+    colMeans, colSums, expand.grid, rowMeans, rowSums
+
 Loading required package: IRanges
 Loading required package: GenomeInfoDb
 Loading required package: Gviz
 Loading required package: grid
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
 
 Attaching package: ‘cummeRbund’
 
@@ -301,8 +275,6 @@
 +     write(paste("Failed:", e, sep=" "), stderr())
 +     q("no", 1, TRUE)
 + })
-Fontconfig error: Cannot load default config file
+Warning: Ignoring unknown aesthetics: label
 > devname = dev.off()
 > 
-> #end for
-> 
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/scatter.png
b
Binary file test-data/scatter.png has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/scatter.txt
--- a/test-data/scatter.txt Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/test-data/scatter.txt Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,23 +1,3 @@
-
-R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"
-Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
-
-R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
-You are welcome to redistribute it under certain conditions.
-Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
-
-  Natural language support but running in an English locale
-
-R is a collaborative project with many contributors.
-Type 'contributors()' for more information and
-'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
-
-Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
-'help.start()' for an HTML browser interface to help.
-Type 'q()' to quit R.
-
-> ## Feature Selection ##
 > get_features <- function(myGenes, f="gene") {
 +     if (f == "isoforms")
 +         return(isoforms(myGenes))
@@ -61,79 +41,10 @@
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 > args <- parser$parse_args()
 > 
-> print(args)
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-[1] FALSE
-
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-NULL
-
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-
-> 
-> #q()
-> 
 > ## Load cummeRbund library
 > library("cummeRbund")
 Loading required package: BiocGenerics
+Loading required package: methods
 Loading required package: parallel
 
 Attaching package: ‘BiocGenerics’
@@ -144,18 +55,18 @@
     clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
     parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
 
-The following object is masked from ‘package:stats’:
+The following objects are masked from ‘package:stats’:
 
-    xtabs
+    IQR, mad, xtabs
 
 The following objects are masked from ‘package:base’:
 
-    anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
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+    anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call,
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+    is.unsorted, lapply, lengths, Map, mapply, match, mget, order,
+    paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind,
+    Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union,
+    unique, unsplit, which, which.max, which.min
 
 Loading required package: RSQLite
 Loading required package: DBI
@@ -171,12 +82,75 @@
 
 Loading required package: rtracklayer
 Loading required package: GenomicRanges
+Loading required package: stats4
 Loading required package: S4Vectors
-Loading required package: stats4
+
+Attaching package: ‘S4Vectors’
+
+The following objects are masked from ‘package:base’:
+
+    colMeans, colSums, expand.grid, rowMeans, rowSums
+
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 Loading required package: GenomeInfoDb
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+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
 
 Attaching package: ‘cummeRbund’
 
@@ -301,8 +275,5 @@
 +     write(paste("Failed:", e, sep=" "), stderr())
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 + })
-Fontconfig error: Cannot load default config file
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-> 
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/scatterMatrix.png
b
Binary file test-data/scatterMatrix.png has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/scatterMatrix.txt
--- a/test-data/scatterMatrix.txt Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/test-data/scatterMatrix.txt Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,23 +1,3 @@
-
-R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"
-Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
-
-R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
-You are welcome to redistribute it under certain conditions.
-Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
-
-  Natural language support but running in an English locale
-
-R is a collaborative project with many contributors.
-Type 'contributors()' for more information and
-'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
-
-Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
-'help.start()' for an HTML browser interface to help.
-Type 'q()' to quit R.
-
-> ## Feature Selection ##
 > get_features <- function(myGenes, f="gene") {
 +     if (f == "isoforms")
 +         return(isoforms(myGenes))
@@ -61,79 +41,10 @@
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 > args <- parser$parse_args()
 > 
-> print(args)
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-
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-
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-
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-
-> 
-> #q()
-> 
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 > library("cummeRbund")
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+Loading required package: methods
 Loading required package: parallel
 
 Attaching package: ‘BiocGenerics’
@@ -144,18 +55,18 @@
     clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
     parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
 
-The following object is masked from ‘package:stats’:
+The following objects are masked from ‘package:stats’:
 
-    xtabs
+    IQR, mad, xtabs
 
 The following objects are masked from ‘package:base’:
 
-    anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
-    do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, intersect,
-    is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax,
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-    rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique,
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+    anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call,
+    duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect,
+    is.unsorted, lapply, lengths, Map, mapply, match, mget, order,
+    paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind,
+    Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union,
+    unique, unsplit, which, which.max, which.min
 
 Loading required package: RSQLite
 Loading required package: DBI
@@ -171,12 +82,75 @@
 
 Loading required package: rtracklayer
 Loading required package: GenomicRanges
+Loading required package: stats4
 Loading required package: S4Vectors
-Loading required package: stats4
+
+Attaching package: ‘S4Vectors’
+
+The following objects are masked from ‘package:base’:
+
+    colMeans, colSums, expand.grid, rowMeans, rowSums
+
 Loading required package: IRanges
 Loading required package: GenomeInfoDb
 Loading required package: Gviz
 Loading required package: grid
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
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+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
 
 Attaching package: ‘cummeRbund’
 
@@ -301,8 +275,5 @@
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 + })
-Fontconfig error: Cannot load default config file
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 > 
-> #end for
-> 
b
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b
Binary file test-data/volcano.png has changed
b
diff -r ba8fde59843d -r 78fcfc04fcfe test-data/volcano.txt
--- a/test-data/volcano.txt Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
+++ b/test-data/volcano.txt Thu Feb 23 20:24:03 2017 -0500
[
@@ -1,23 +1,3 @@
-
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-Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
-
-R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
-You are welcome to redistribute it under certain conditions.
-Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
-
-  Natural language support but running in an English locale
-
-R is a collaborative project with many contributors.
-Type 'contributors()' for more information and
-'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
-
-Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
-'help.start()' for an HTML browser interface to help.
-Type 'q()' to quit R.
-
-> ## Feature Selection ##
 > get_features <- function(myGenes, f="gene") {
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 +         return(isoforms(myGenes))
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 > 
-> print(args)
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-
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-
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-
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-[1] "q2"
-
-> 
-> #q()
-> 
 > ## Load cummeRbund library
 > library("cummeRbund")
 Loading required package: BiocGenerics
+Loading required package: methods
 Loading required package: parallel
 
 Attaching package: ‘BiocGenerics’
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     clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
     parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
 
-The following object is masked from ‘package:stats’:
+The following objects are masked from ‘package:stats’:
 
-    xtabs
+    IQR, mad, xtabs
 
 The following objects are masked from ‘package:base’:
 
-    anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
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-    is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax,
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+    anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call,
+    duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect,
+    is.unsorted, lapply, lengths, Map, mapply, match, mget, order,
+    paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind,
+    Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union,
+    unique, unsplit, which, which.max, which.min
 
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+Loading required package: stats4
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-Loading required package: stats4
+
+Attaching package: ‘S4Vectors’
+
+The following objects are masked from ‘package:base’:
+
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+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
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+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
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+Warning: namespace ‘ensembldb’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
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+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
+Warning: namespace ‘AnnotationHub’ is not available and has been replaced
+by .GlobalEnv when processing object ‘plot.index’
 
 Attaching package: ‘cummeRbund’
 
@@ -301,8 +275,5 @@
 +     write(paste("Failed:", e, sep=" "), stderr())
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-Fontconfig error: Cannot load default config file
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b
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--- a/tool_dependencies.xml Tue Jul 21 14:18:39 2015 -0400
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