Repository 'gmx_setup'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/gmx_setup

Changeset 21:ea2287ee360b (2022-07-12)
Previous changeset 20:a66c193fafdb (2022-03-22) Next changeset 22:070e3ecc3fda (2022-10-24)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 8660ff51cd1a65b04f862562957592fe152fc81d
added:
test-data/check_compare_energy.txt
test-data/check_compare_topology.txt
test-data/check_compare_traj.txt
test-data/check_info_energy.txt
test-data/check_info_index.txt
test-data/check_info_structure.txt
test-data/check_info_traj.txt
test-data/npt2.tpr
b
diff -r a66c193fafdb -r ea2287ee360b test-data/check_compare_energy.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/check_compare_energy.txt Tue Jul 12 12:46:53 2022 +0000
[
b'@@ -0,0 +1,199 @@\n+                 :-) GROMACS - gmx check, 2022-conda_forge (-:\n+\n+Executable:   /usr/local/bin.AVX2_256/gmx\n+Data prefix:  /usr/local\n+Working dir:  /tmp/tmpgswi37e1/job_working_directory/000/7/working\n+Command line:\n+  gmx check -e ./ener1.edr -e2 ./ener2.edr -tol 0.1 -abstol 0.1 -lastener Pressure\n+\n+Opened ./ener1.edr as single precision energy file\n+Opened ./ener2.edr as single precision energy file\n+\n+Reading energy frame      0 time    0.000         \n+Reading energy frame      0 time    0.000         \n+Reading energy frame      1 time    1.000         \n+Reading energy frame      1 time    0.100         \n+Reading energy frame      2 time    2.000         \n+Reading energy frame      2 time    0.200         \n+Reading energy frame      3 time    3.000         \n+Reading energy frame      3 time    0.300         \n+Reading energy frame      4 time    4.000         \n+Reading energy frame      4 time    0.400         comparing energy file ./ener1.edr and ./ener2.edr\n+\n+There are 31 and 50 terms in the energy files\n+\n+enm[0] (Bond - -)\n+enm[30] (T-rest - -)\n+enm[6] (- - Disper. corr.)\n+enm[10] (- - Kinetic En.)\n+enm[11] (- - Total Energy)\n+enm[12] (- - Conserved En.)\n+enm[13] (- - Temperature)\n+enm[14] (- - Pres. DC)\n+enm[16] (- - Constr. rmsd)\n+enm[17] (- - Box-X)\n+enm[18] (- - Box-Y)\n+enm[19] (- - Box-Z)\n+enm[20] (- - Volume)\n+enm[21] (- - Density)\n+enm[22] (- - pV)\n+enm[23] (- - Enthalpy)\n+enm[43] (- - Box-Vel-XX)\n+enm[44] (- - Box-Vel-YY)\n+enm[45] (- - Box-Vel-ZZ)\n+enm[46] (- - T-Protein)\n+enm[47] (- - T-non-Protein)\n+enm[48] (- - Lamb-Protein)\n+enm[49] (- - Lamb-non-Protein)\n+There are 11 terms to compare in the energy files\n+\n+Angle            step   0:       659.741,  step   0:       174.95\n+Proper Dih.      step   0:       93.8665,  step   0:      8.40722\n+Ryckaert-Bell.   step   0:        69.404,  step   0:      91.4765\n+Coulomb-14       step   0:       52.8221,  step   0:      135.375\n+LJ (SR)          step   0:      -13.3421,  step   0:     -8.41078\n+Coulomb (SR)     step   0:      -1790.86,  step   0:      -2038.4\n+Coul. recip.     step   0:       959.265,  step   0:      615.944\n+Potential        step   0:       618.021,  step   0:     -875.856\n+Pressure         step   0:       901.187,  step   0:      149.004\n+Vir-XX           step   0:      -2075.14,  step   0:     -98.9118\n+t (1.000000e+00 - 1.000000e-01)\n+step (1 - 50)\n+Angle            step   1:       536.268,  step   1:      188.647\n+Proper Dih.      step   1:          88.2,  step   1:       17.982\n+Ryckaert-Bell.   step   1:       67.8373,  step   1:      95.8567\n+Coulomb-14       step   1:       49.6531,  step   1:      108.883\n+LJ (SR)          step   1:      -11.6246,  step   1:      9.77759\n+Coulomb (SR)     step   1:      -1784.23,  step   1:     -2034.55\n+Coul. recip.     step   1:        951.94,  step   1:      546.933\n+Potential        step   1:       230.009,  step   1:     -937.817\n+Pressure         step   1:       893.094,  step   1:      60.2446\n+Vir-XX           step   1:      -1778.72,  step   1:      128.956\n+t (2.000000e+00 - 2.000000e-01)\n+step (2 - 100)\n+Angle            step   2:       424.105,  step   2:      176.128\n+Proper Dih.      step   2:       81.0497,  step   2:      13.4277\n+Ryckaert-Bell.   step   2:       66.1758,  step   2:      112.768\n+Coulomb-14       step   2:       47.7305,  step   2:      126.537\n+LJ (SR)          step   2:     -0.367874,  step   2:     -9.48936\n+Coulomb (SR)     step   2:      -1780.95,  step   2:     -2085.56\n+Coul. recip.     step   2:       946.125,  step   2:       455.54\n+Potential        step   2:      -14.5562,  step   2:     -1076.08\n+Pressure         step   2:       675.983,  step   2:       -57.99\n+Vir-XX           step   2:      -1371.69,  step   2:      247.454\n+t (3.000000e+00 - 3.000000e-01)\n+step (3 - 150)\n+Angle            step   3:       237.376,  step   3:      205.981\n+Proper Dih.      step   3:       68.1909,  step   3:      18.2245\n+Ryckaert-Bell.   step   3:       '..b'3.967\n+t (7.000000e+00 - 6.000000e-01)\n+step (7 - 300)\n+Angle            step   7:        130.86,  step   7:      193.185\n+Proper Dih.      step   7:       42.6816,  step   7:       7.0615\n+Ryckaert-Bell.   step   7:       53.3748,  step   7:      106.945\n+Coulomb-14       step   7:       49.9217,  step   7:      100.896\n+LJ (SR)          step   7:      -15.5538,  step   7:      10.2121\n+Coulomb (SR)     step   7:       -1764.3,  step   7:     -2143.78\n+Coul. recip.     step   7:       924.347,  step   7:      311.339\n+Potential        step   7:      -444.809,  step   7:     -1304.87\n+Pressure         step   7:       215.786,  step   7:     -61.3894\n+Vir-XX           step   7:      -589.888,  step   7:      192.034\n+t (8.000000e+00 - 7.000000e-01)\n+step (8 - 350)\n+Angle            step   8:        68.783,  step   8:      187.181\n+Proper Dih.      step   8:       30.5271,  step   8:      10.9997\n+Ryckaert-Bell.   step   8:        49.841,  step   8:       123.72\n+Coulomb-14       step   8:       51.1761,  step   8:      123.582\n+LJ (SR)          step   8:      -24.7767,  step   8:      48.0457\n+Coulomb (SR)     step   8:      -1761.91,  step   8:     -2227.32\n+Coul. recip.     step   8:       918.219,  step   8:      267.376\n+Potential        step   8:      -447.838,  step   8:        -1356\n+Pressure         step   8:       255.303,  step   8:     -36.2835\n+Vir-XX           step   8:      -410.784,  step   8:      5.87002\n+t (1.000000e+01 - 8.000000e-01)\n+step (10 - 400)\n+Angle            step  10:        90.876,  step  10:      150.124\n+Proper Dih.      step  10:        26.773,  step  10:      15.4228\n+Ryckaert-Bell.   step  10:       49.7648,  step  10:      116.734\n+Coulomb-14       step  10:       52.0739,  step  10:      120.921\n+LJ (SR)          step  10:      -24.2058,  step  10:      61.3815\n+Coulomb (SR)     step  10:      -1762.32,  step  10:     -2208.19\n+Coul. recip.     step  10:       918.133,  step  10:      281.327\n+Potential        step  10:      -522.879,  step  10:        -1339\n+Pressure         step  10:       177.827,  step  10:      95.8529\n+Vir-XX           step  10:      -466.151,  step  10:      18.0131\n+t (1.200000e+01 - 9.000000e-01)\n+step (12 - 450)\n+Angle            step  12:       71.9619,  step  12:      218.415\n+Proper Dih.      step  12:       20.7858,  step  12:      6.46661\n+Ryckaert-Bell.   step  12:       48.0374,  step  12:      118.772\n+LJ-14            step  12:       113.003,  step  12:      125.421\n+Coulomb-14       step  12:        53.485,  step  12:      111.128\n+LJ (SR)          step  12:       -27.637,  step  12:      39.4093\n+Coulomb (SR)     step  12:      -1762.36,  step  12:     -2201.92\n+Coul. recip.     step  12:       915.934,  step  12:      272.022\n+Potential        step  12:       -542.18,  step  12:     -1310.71\n+Pressure         step  12:       180.996,  step  12:     -77.3705\n+Vir-XX           step  12:      -403.068,  step  12:     -3.89205\n+t (1.400000e+01 - 1.000000e+00)\n+step (14 - 500)\n+Angle            step  14:        77.708,  step  14:      188.913\n+Proper Dih.      step  14:        16.917,  step  14:      13.1638\n+Ryckaert-Bell.   step  14:       47.5084,  step  14:      116.045\n+LJ-14            step  14:       112.831,  step  14:      128.155\n+Coulomb-14       step  14:       54.3835,  step  14:      112.113\n+LJ (SR)          step  14:      -29.3721,  step  14:      18.6406\n+Coulomb (SR)     step  1\n+Reading energy frame     11 time   15.000         \n+Last energy frame read 10 time    1.000         \n+GROMACS reminds you: "I do not believe continuum electrostatics" (Arieh Warshel, Nobel lecture 2013)\n+\n+4:      -1762.94,  step  14:     -2187.48\n+Coul. recip.     step  14:       914.559,  step  14:      304.201\n+Potential        step  14:      -557.441,  step  14:     -1306.67\n+Pressure         step  14:       144.996,  step  14:     -10.3104\n+Vir-XX           step  14:      -396.739,  step  14:      362.156\n+\n+End of file on ./ener2.edr but not on ./ener1.edr\n'
b
diff -r a66c193fafdb -r ea2287ee360b test-data/check_compare_topology.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/check_compare_topology.txt Tue Jul 12 12:46:53 2022 +0000
[
b'@@ -0,0 +1,287 @@\n+                 :-) GROMACS - gmx check, 2022-conda_forge (-:\n+\n+Executable:   /usr/local/bin.AVX2_256/gmx\n+Data prefix:  /usr/local\n+Working dir:  /tmp/tmpgswi37e1/job_working_directory/000/7/working\n+Command line:\n+  gmx check -s1 ./top1.tpr -s2 ./top2.tpr -abstol 0.1\n+\n+Note: When comparing run input files, default tolerances are reduced.\n+Reading file ./top1.tpr, VERSION 2019.1 (single precision)\n+Note: file tpx version 116, software tpx version 127\n+Reading file ./top2.tpr, VERSION 2022-conda_forge (single precision)\n+comparing inputrec\n+inputrec->bContinuation (0 - 1)\n+inputrec->epc (No - Parrinello-Rahman)\n+inputrec->tau_p (1.000000e+00 - 2.000000e+00)\n+inputrec->ref_p(x) ( 0.00000e+00  0.00000e+00  0.00000e+00) - ( 1.00000e+00  0.00000e+00  0.00000e+00)\n+inputrec->ref_p(y) ( 0.00000e+00  0.00000e+00  0.00000e+00) - ( 0.00000e+00  1.00000e+00  0.00000e+00)\n+inputrec->ref_p(z) ( 0.00000e+00  0.00000e+00  0.00000e+00) - ( 0.00000e+00  0.00000e+00  1.00000e+00)\n+refcoord_scaling (COM - No)\n+inputrec->posres_com ( 4.98028e-01  4.93806e-01  5.09595e-01) - ( 0.00000e+00  0.00000e+00  0.00000e+00)\n+inputrec->posres_comB ( 4.98028e-01  4.93806e-01  5.09595e-01) - ( 0.00000e+00  0.00000e+00  0.00000e+00)\n+inputrec->ld_seed (-1065163585 - -1245840145)\n+comparing mtop topology\n+comparing force field parameters\n+numTypes (238 - 195)\n+ffparams->functype[181][181] (52 - 62)\n+ffparams->iparams[181]1: pos0A=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcA=( 1.00000000e+03, 1.00000000e+03, 1.00000000e+03), pos0B=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcB=( 1.00000000e+03, 1.00000000e+03, 1.00000000e+03)\n+ffparams->iparams[181]2: pos0A=( 1.01000004e-01, 1.01000004e-01, 0.00000000e+00), fcA=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), pos0B=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcB=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00)\n+ffparams->functype[182][182] (52 - 62)\n+ffparams->iparams[182]1: pos0A=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcA=( 1.00000000e+03, 1.00000000e+03, 1.00000000e+03), pos0B=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcB=( 1.00000000e+03, 1.00000000e+03, 1.00000000e+03)\n+ffparams->iparams[182]2: pos0A=( 1.47100002e-01, 1.47100002e-01, 0.00000000e+00), fcA=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), pos0B=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcB=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00)\n+ffparams->functype[183][183] (52 - 62)\n+ffparams->iparams[183]1: pos0A=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcA=( 1.00000000e+03, 1.00000000e+03, 1.00000000e+03), pos0B=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcB=( 1.00000000e+03, 1.00000000e+03, 1.00000000e+03)\n+ffparams->iparams[183]2: pos0A=( 1.08999997e-01, 1.08999997e-01, 0.00000000e+00), fcA=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), pos0B=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcB=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00)\n+ffparams->functype[184][184] (52 - 62)\n+ffparams->iparams[184]1: pos0A=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcA=( 1.00000000e+03, 1.00000000e+03, 1.00000000e+03), pos0B=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcB=( 1.00000000e+03, 1.00000000e+03, 1.00000000e+03)\n+ffparams->iparams[184]2: pos0A=( 1.52899995e-01, 1.52899995e-01, 0.00000000e+00), fcA=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), pos0B=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcB=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00)\n+ffparams->functype[185][185] (52 - 62)\n+ffparams->iparams[185]1: pos0A=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcA=( 1.00000000e+03, 1.00000000e+03, 1.00000000e+03), pos0B=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), fcB=( 1.00000000e+03, 1.00000000e+03, 1.00000000e+03)\n+ffparams->iparams[185]2: pos0A=( 1.52199998e-01, 1.52199998e-01, 0.00000000e+00), fcA=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000e+00), pos0B=( 0.00000000e+00, 0.00000000e+00, 0.00000000'..b'- ( 2.19200e+00  2.52400e+00  2.13400e+00)\n+x[   53] ( 2.19300e+00  2.61000e+00  2.08100e+00) - ( 2.17400e+00  2.62100e+00  2.09100e+00)\n+x[   54] ( 2.33200e+00  2.37400e+00  2.26900e+00) - ( 2.30700e+00  2.38200e+00  2.29600e+00)\n+x[   55] ( 2.41100e+00  2.35700e+00  2.32800e+00) - ( 2.37800e+00  2.36900e+00  2.37600e+00)\n+x[   56] ( 2.30900e+00  2.50200e+00  2.21800e+00) - ( 2.28200e+00  2.50800e+00  2.24000e+00)\n+x[   57] ( 2.36700e+00  2.57900e+00  2.24600e+00) - ( 2.33500e+00  2.59400e+00  2.27800e+00)\n+x[   58] ( 2.01900e+00  1.95900e+00  2.00800e+00) - ( 2.03500e+00  1.96000e+00  2.01800e+00)\n+x[   59] ( 1.89700e+00  1.93100e+00  1.99900e+00) - ( 1.93600e+00  1.90800e+00  1.96700e+00)\n+x[   60] ( 2.11700e+00  1.87900e+00  2.05200e+00) - ( 2.11600e+00  1.89700e+00  2.10300e+00)\n+x[   61] ( 2.21200e+00  1.91000e+00  2.05300e+00) - ( 2.17200e+00  1.95000e+00  2.16800e+00)\n+x[   62] ( 2.08200e+00  1.74300e+00  2.09800e+00) - ( 2.08300e+00  1.76000e+00  2.13800e+00)\n+x[   63] ( 2.00700e+00  1.70700e+00  2.04200e+00) - ( 2.01900e+00  1.70400e+00  2.06900e+00)\n+x[   64] ( 2.16100e+00  1.68300e+00  2.09100e+00) - ( 2.17700e+00  1.71100e+00  2.16100e+00)\n+x[   65] ( 2.03700e+00  1.75700e+00  2.24300e+00) - ( 2.00800e+00  1.78300e+00  2.26900e+00)\n+x[   66] ( 2.07500e+00  1.85500e+00  2.30700e+00) - ( 1.98300e+00  1.89000e+00  2.32300e+00)\n+x[   67] ( 1.95000e+00  1.66900e+00  2.28800e+00) - ( 1.96400e+00  1.67400e+00  2.33300e+00)\n+x[   68] ( 1.91600e+00  1.59900e+00  2.22500e+00) - ( 2.00100e+00  1.58400e+00  2.30700e+00)\n+x[   69] ( 1.90100e+00  1.66900e+00  2.42600e+00) - ( 1.90200e+00  1.66500e+00  2.46400e+00)\n+x[   70] ( 1.84300e+00  1.74900e+00  2.43300e+00) - ( 1.85200e+00  1.75700e+00  2.49300e+00)\n+x[   71] ( 1.82100e+00  1.54100e+00  2.45200e+00) - ( 1.79000e+00  1.56300e+00  2.44200e+00)\n+x[   72] ( 1.74500e+00  1.53700e+00  2.38800e+00) - ( 1.76700e+00  1.56100e+00  2.33500e+00)\n+x[   73] ( 1.88100e+00  1.46200e+00  2.43800e+00) - ( 1.82100e+00  1.46000e+00  2.45400e+00)\n+x[   74] ( 1.76600e+00  1.53500e+00  2.59300e+00) - ( 1.68200e+00  1.57700e+00  2.54900e+00)\n+x[   75] ( 1.84200e+00  1.53200e+00  2.65800e+00) - ( 1.65100e+00  1.68000e+00  2.56200e+00)\n+x[   76] ( 1.71000e+00  1.61600e+00  2.61000e+00) - ( 1.58800e+00  1.54200e+00  2.50700e+00)\n+x[   77] ( 1.68300e+00  1.41500e+00  2.61300e+00) - ( 1.70700e+00  1.49400e+00  2.67500e+00)\n+x[   78] ( 1.64900e+00  1.41400e+00  2.70700e+00) - ( 1.77900e+00  1.52800e+00  2.75000e+00)\n+x[   79] ( 1.60500e+00  1.42000e+00  2.55000e+00) - ( 1.61600e+00  1.49900e+00  2.73500e+00)\n+x[   80] ( 1.75100e+00  1.29000e+00  2.58900e+00) - ( 1.73200e+00  1.35300e+00  2.64800e+00)\n+x[   81] ( 1.74700e+00  1.25500e+00  2.49600e+00) - ( 1.64100e+00  1.31200e+00  2.63200e+00)\n+x[   82] ( 1.81800e+00  1.21600e+00  2.67500e+00) - ( 1.83600e+00  1.27300e+00  2.67800e+00)\n+x[   83] ( 1.82900e+00  1.24800e+00  2.80400e+00) - ( 1.94600e+00  1.33800e+00  2.71700e+00)\n+x[   84] ( 1.78400e\n+GROMACS reminds you: "Pain is inevitable. Suffering is optional." (Haruki Murakami)\n+\n++00  1.33100e+00  2.83800e+00) - ( 1.94400e+00  1.43900e+00  2.72300e+00)\n+x[   85] ( 1.88100e+00  1.19000e+00  2.86600e+00) - ( 2.03900e+00  1.29700e+00  2.71100e+00)\n+x[   86] ( 1.87000e+00  1.09900e+00  2.63200e+00) - ( 1.83400e+00  1.14000e+00  2.66600e+00)\n+x[   87] ( 1.85600e+00  1.07000e+00  2.53800e+00) - ( 1.75700e+00  1.09400e+00  2.62000e+00)\n+x[   88] ( 1.92100e+00  1.04100e+00  2.69500e+00) - ( 1.90200e+00  1.08100e+00  2.71200e+00)\n+x[   89] ( 2.01200e+00  1.68800e+00  2.52900e+00) - ( 2.00200e+00  1.59300e+00  2.55400e+00)\n+x[   90] ( 2.01200e+00  1.78000e+00  2.61500e+00) - ( 1.96600e+00  1.60300e+00  2.67300e+00)\n+x[   91] ( 1.97500e+00  1.68900e+00  2.66000e+00) - ( 2.09800e+00  1.52500e+00  2.51200e+00)\n+x[   92] ( 8.65000e-01  2.21000e+00  2.05700e+00) - ( 1.57100e+00  2.29900e+00  1.78700e+00)\n+x[   93] ( 2.87900e+00  3.76300e+00  2.61500e+00) - ( 2.64400e+00  3.40800e+00  2.32600e+00)\n+comparing v\n'
b
diff -r a66c193fafdb -r ea2287ee360b test-data/check_compare_traj.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/check_compare_traj.txt Tue Jul 12 12:46:53 2022 +0000
b
@@ -0,0 +1,62 @@
+                 :-) GROMACS - gmx check, 2022-conda_forge (-:
+
+Executable:   /usr/local/bin.AVX2_256/gmx
+Data prefix:  /usr/local
+Working dir:  /tmp/tmpgswi37e1/job_working_directory/000/5/working
+Command line:
+  gmx check -f ./traj1.xtc -f2 ./traj2.xtc -rmsd -tol 0.1 -abstol 0.1
+
+Comparing trajectory files ./traj1.xtc and ./traj2.xtc
+
+Reading frame       0 time    0.000   
+Reading frame       0 time    0.000   
+Reading frame       1 time    0.100   
+Reading frame       1 time    0.100   
+Reading frame       2 time    0.200   
+Reading frame       2 time    0.200   
+Reading frame       3 time    0.300   
+Reading frame       3 time    0.300   
+Reading frame       4 time    0.400   
+Reading frame       4 time    0.400   
+Reading frame       5 time    0.500   
+Reading frame       5 time    0.500   
+Reading frame       6 time    0.600   
+Reading frame       6 time    0.600   
+Reading frame       7 time    0.700   
+Reading frame       7 time    0.700   
+Reading frame       8 time    0.800   
+Reading frame       8 time    0.800   
+Reading frame       9 time    0.900   
+Reading frame       9 time    0.900   
+Reading frame      10 time    1.000   
+Reading frame      10 time    1.000   
+Last frame         10 time    1.000   
+
+Last frame         10 time    1.000   
+
+GROMACS reminds you: "As always in life, people want a simple answer... and it's always wrong." (Marie Daly)
+
+
+x RMSD 0.135353
+
+x RMSD 0.150079
+
+x RMSD 0.161998
+
+x RMSD 0.186695
+
+x RMSD 0.201164
+
+x RMSD 0.222255
+
+x RMSD 0.242077
+
+x RMSD 0.259343
+
+x RMSD 0.260618
+
+x RMSD 0.256508
+
+x RMSD 0.256135
+
+Both files read correctly
b
diff -r a66c193fafdb -r ea2287ee360b test-data/check_info_energy.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/check_info_energy.txt Tue Jul 12 12:46:53 2022 +0000
b
@@ -0,0 +1,67 @@
+                 :-) GROMACS - gmx check, 2022-conda_forge (-:
+
+Executable:   /usr/local/bin.AVX2_256/gmx
+Data prefix:  /usr/local
+Working dir:  /tmp/tmpgswi37e1/job_working_directory/000/7/working
+Command line:
+  gmx check -e ./ener.edr
+
+Checking energy file ./ener.edr
+
+Opened ./ener.edr as single precision energy file
+31 groups in energy file
+Reading energy frame      0 time    0.000         
+frame:      0 (index      0), t:      0.000
+
+Reading energy frame      1 time    1.000         
+Reading energy frame      2 time    2.000         
+Reading energy frame      3 time    3.000         
+Reading energy frame      4 time    4.000         
+Reading energy frame      5 time    5.000         
+Reading energy frame      6 time    7.000         
+Timesteps at t=5 don't match (1, 2)
+
+Reading energy frame      7 time    8.000         
+Timesteps at t=7 don't match (2, 1)
+
+Reading energy frame      8 time   10.000         
+Timesteps at t=8 don't match (1, 2)
+
+Reading energy frame      9 time   12.000         
+Reading energy frame     10 time   14.000         
+Reading energy frame     11 time   15.000         
+Timesteps at t=14 don't match (2, 1)
+
+Reading energy frame     12 time   17.000         
+Timesteps at t=15 don't match (1, 2)
+
+Reading energy frame     13 time   18.000         
+Timesteps at t=17 don't match (2, 1)
+
+Reading energy frame     14 time   20.000         
+Timesteps at t=18 don't match (1, 2)
+
+Reading energy frame     15 time   21.000         
+Timesteps at t=20 don't match (2, 1)
+
+Reading energy frame     16 time   22.000         
+Reading energy frame     17 time   23.000         
+Reading energy frame     18 time   25.000         
+Timesteps at t=23 don't match (1, 2)
+
+Reading energy frame     19 time   26.000         
+Timesteps at t=25 don't match (2, 1)
+
+Reading energy frame     20 time   27.000         
+Timesteps at t=28 don't match (1, 2)
+
+Timesteps at t=30 don't match (2, 1)
+
+Timesteps at t=31 don't match (1, 2)
+
+Last energy frame read 24 time   33.000         
+
+Found 25 frames.
+
+GROMACS reminds you: "The Lord of the Rings can be confusing to follow because many of the bad minions look and sound familiar; that's why Tolkien gave them each an ORCid." (Caroline Bartman)
+
b
diff -r a66c193fafdb -r ea2287ee360b test-data/check_info_index.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/check_info_index.txt Tue Jul 12 12:46:53 2022 +0000
b
@@ -0,0 +1,28 @@
+                 :-) GROMACS - gmx check, 2022-conda_forge (-:
+
+Executable:   /usr/local/bin.AVX2_256/gmx
+Data prefix:  /usr/local
+Working dir:  /tmp/tmpgswi37e1/job_working_directory/000/7/working
+Command line:
+  gmx check -n ./index.ndx
+
+
+GROMACS reminds you: "Jede der Scherben spiegelt das Licht" (Wir sind Helden)
+
+Contents of index file ./index.ndx
+--------------------------------------------------
+Nr.   Group               #Entries   First    Last
+   0  System                    94       1      94
+   1  Protein                   92       1      92
+   2  Protein-H                 43       1      92
+   3  C-alpha                    5       5      70
+   4  Backbone                  15       1      90
+   5  MainChain                 21       1      92
+   6  MainChain+Cb              25       1      92
+   7  MainChain+H               28       1      92
+   8  SideChain                 64       6      89
+   9  SideChain-H               22       7      87
+  10  Prot-Masses               92       1      92
+  11  non-Protein                2      93      94
+  12  Ion                        2      93      94
+  13  CL                         2      93      94
b
diff -r a66c193fafdb -r ea2287ee360b test-data/check_info_structure.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/check_info_structure.txt Tue Jul 12 12:46:53 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,480 @@\n+                 :-) GROMACS - gmx check, 2022-conda_forge (-:\n+\n+Executable:   /usr/local/bin.AVX2_256/gmx\n+Data prefix:  /usr/local\n+Working dir:  /tmp/tmpgswi37e1/job_working_directory/000/7/working\n+Command line:\n+  gmx check -c ./struc.gro -vdwfac 0.8 -bonlo 0.4 -bonhi 0.7\n+\n+Checking coordinate file ./struc.gro\n+94 atoms in file\n+coordinates found\n+box         found\n+velocities  absent\n+\n+Checking for atoms closer than 0.8 and not between 0.4 and 0.7,\n+relative to sum of Van der Waals distance:\n+\n+WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed\n+         based on residue and atom names, since they could not be\n+         definitively assigned from the information in your input\n+         files. These guessed numbers might deviate from the mass\n+         and radius of the atom type. Please check the output\n+         files if necessary. Note, that this functionality may\n+         be removed in a future GROMACS version. Please, consider\n+         using another file format for your input.\n+\n+\n+WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed\n+         based on residue and atom names, since they could not be\n+         definitively assigned from the information in your input\n+         files. These guessed numbers might deviate from the mass\n+         and radius of the atom type. Please check the output\n+         files if necessary. Note, that this functionality may\n+         be removed in a future GROMACS version. Please, consider\n+         using another file format for your input.\n+\n+NOTE: From version 5.0 gmx check uses the Van der Waals radii\n+from the source below. This means the results may be different\n+compared to previous GROMACS versions.\n+\n+++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++\n+A. Bondi\n+van der Waals Volumes and Radii\n+J. Phys. Chem. 68 (1964) pp. 441-451\n+-------- -------- --- Thank You --- -------- --------\n+\n+\n+atom# name  residue r_vdw  atom# name  residue r_vdw  distance\n+\n+    1    N  LYS   1 0.155      2   H1  LYS   1 0.12   0.1008\n+\n+    1    N  LYS   1 0.155      3   H2  LYS   1 0.12   0.1012\n+\n+    1    N  LYS   1 0.155      4   H3  LYS   1 0.12   0.1019\n+\n+    1    N  LYS   1 0.155      6   HA  LYS   1 0.12   0.2103\n+\n+    1    N  LYS   1 0.155      7   CB  LYS   1 0.17   0.2447\n+\n+    1    N  LYS   1 0.155     23    C  LYS   1 0.17   0.2437\n+\n+    2   H1  LYS   1 0.12       5   CA  LYS   1 0.17   0.205 \n+\n+    3   H2  LYS   1 0.12       5   CA  LYS   1 0.17   0.204 \n+\n+    5   CA  LYS   1 0.17       6   HA  LYS   1 0.12   0.1093\n+\n+    5   CA  LYS   1 0.17       8  HB1  LYS   1 0.12   0.2166\n+\n+    5   CA  LYS   1 0.17       9  HB2  LYS   1 0.12   0.2169\n+\n+    5   CA  LYS   1 0.17      10   CG  LYS   1 0.17   0.2598\n+\n+    5   CA  LYS   1 0.17      24    O  LYS   1 0.152  0.235 \n+\n+    5   CA  LYS   1 0.17      25    N  VAL   2 0.155  0.2455\n+\n+    6   HA  LYS   1 0.12       7   CB  LYS   1 0.17   0.2176\n+\n+    6   HA  LYS   1 0.12      23    C  LYS   1 0.17   0.215 \n+\n+    7   CB  LYS   1 0.17       8  HB1  LYS   1 0.12   0.1093\n+\n+    7   CB  LYS   1 0.17       9  HB2  LYS   1 0.12   0.1089\n+\n+    7   CB  LYS   1 0.17      11  HG1  LYS   1 0.12   0.2154\n+\n+    7   CB  LYS   1 0.17      12  HG2  LYS   1 0.12   0.217 \n+\n+    7   CB  LYS   1 0.17      13   CD  LYS   1 0.17   0.252 \n+\n+    7   CB  LYS   1 0.17      23    C  LYS   1 0.17   0.2504\n+\n+    8  HB1  LYS   1 0.12       9  HB2  LYS   1 0.12   0.1744\n+\n+    8  HB1  LYS   1 0.12      10   CG  LYS   1 0.17   0.2149\n+\n+    9  HB2  LYS   1 0.12      10   CG  LYS   1 0.17   0.2132\n+\n+   10\n+   10   CG  LYS   1 0.17      11  HG1  LYS   1 0.12   0.1093\n+\n+   10   CG  LYS   1 0.17      12  HG2  LYS   1 0.12   0.1094\n+\n+   10   CG  LYS   1 0.17      14  HD1  LYS   1 0.12   0.2135\n+\n+   10   CG  LYS   1 0.17      15  HD2  LYS   1 0.12   0.2152\n+\n+   10   CG  LYS   1 0.17      16   CE  LYS   1 0.17   0.251 \n+\n+   11  HG1  LYS   1 0.12      12  HG2  LYS   1 0.12   0.1752\n+\n+   11  HG1  LYS  '..b'0.152  0.2357\n+\n+   63   CA  GLY   4 0.17      68    N  ARG   5 0.155  0.2453\n+\n+   64  HA1  GLY   4 0.12      65  HA2  GLY   4 0.12   0.1769\n+\n+   64  HA1  GLY   4 0.12      66    C  GLY   4 0.17   0.2199\n+\n+   65  HA2  GLY   4 0.12      66    C  GLY   4 0.17   0.214 \n+\n+   66    C  GLY   4 0.17      67    O  GLY   4 0.152  0.1224\n+\n+   66    C  GLY   4 0.17      70   CA  ARG   5 0.17   0.2528\n+\n+   67    O  GLY   4 0.152     68    N  ARG   5 0.155  0.2269\n+\n+   68    N  ARG   5 0.155     69    H  ARG   5 0.12   0.1006\n+\n+   68    N  ARG   5 0.155     71   HA  ARG   5 0.12   0.2006\n+\n+   68    N  ARG   5 0.155     72   CB  ARG   5 0.17   0.2455\n+\n+   69    H  ARG   5 0.12      70   CA  ARG   5 0.17   0.2121\n+\n+   70\n+   70   CA  ARG   5 0.17      71   HA  ARG   5 0.12   0.1085\n+\n+   70   CA  ARG   5 0.17      73  HB1  ARG   5 0.12   0.217 \n+\n+   70   CA  ARG   5 0.17      74  HB2  ARG   5 0.12   0.2158\n+\n+   70   CA  ARG   5 0.17      75   CG  ARG   5 0.17   0.2571\n+\n+   70   CA  ARG   5 0.17      91   O1  ARG   5 0.152  0.2432\n+\n+   70   CA  ARG   5 0.17      92   O2  ARG   5 0.152  0.2442\n+\n+   71   HA  ARG   5 0.12      72   CB  ARG   5 0.17   0.2124\n+\n+   71   HA  ARG   5 0.12      90    C  ARG   5 0.17   0.2062\n+\n+   72   CB  ARG   5 0.17      73  HB1  ARG   5 0.12   0.1104\n+\n+   72   CB  ARG   5 0.17      74  HB2  ARG   5 0.12   0.1091\n+\n+   72   CB  ARG   5 0.17      76  HG1  ARG   5 0.12   0.2188\n+\n+   72   CB  ARG   5 0.17      77  HG2  ARG   5 0.12   0.2156\n+\n+   72   CB  ARG   5 0.17      78   CD  ARG   5 0.17   0.2564\n+\n+   72   CB  ARG   5 0.17      90    C  ARG   5 0.17   0.2656\n+\n+   73  HB1  ARG   5 0.12      74  HB2  ARG   5 0.12   0.1759\n+\n+   73  HB1  ARG   5 0.12      75   CG  ARG   5 0.17   0.2148\n+\n+   74  HB2  ARG   5 0.12      75   CG  ARG   5 0.17   0.217 \n+\n+   75   CG  ARG   5 0.17      76  HG1  ARG   5 0.12   0.1079\n+\n+   75   CG  ARG   5 0.17      77  HG2  ARG   5 0.12   0.1091\n+\n+   75   CG  ARG   5 0.17      79  HD1  ARG   5 0.12   0.2096\n+\n+   75   CG  ARG   5 0.17      80  HD2  ARG   5 0.12   0.2119\n+\n+   75   CG  ARG   5 0.17      81   NE  ARG   5 0.155  0.2454\n+\n+   76  HG1  ARG   5 0.12      77  HG2  ARG   5 0.12   0.1745\n+\n+   77  HG2  ARG   5 0.12      78   CD  ARG   5 0.17   0.2156\n+\n+   78   CD  ARG   5 0.17      79  HD1  ARG   5 0.12   0.1082\n+\n+   78   CD  ARG   5 0.17      80  HD2  ARG   5 0.12   0.1091\n+\n+   78   CD  ARG   5 0.17      82   HE  ARG   5 0.12   0.2079\n+\n+   78   CD  ARG   5 0.17      83   CZ  ARG   5 0.17   0.2528\n+\n+   79  HD1  ARG   5 0.12      80  HD2  ARG   5 0.12   0.177 \n+\n+   79  HD1  ARG   5 0.12      81   NE  ARG   5 0.155  0.2117\n+\n+   80\n+   80  HD2  ARG   5 0.12      81   NE  ARG   5 0.155  0.211 \n+\n+   81   NE  ARG   5 0.155     82   HE  ARG   5 0.12   0.1011\n+\n+   81   NE  ARG   5 0.155     84  NH1  ARG   5 0.155  0.2347\n+\n+   81   NE  ARG   5 0.155     87  NH2  ARG   5 0.155  0.2296\n+\n+   82   HE  ARG   5 0.12      83   CZ  ARG   5 0.17   0.2053\n+\n+   83   CZ  ARG   5 0.17      85 HH11  ARG   5 0.12   0.2047\n+\n+   83   CZ  ARG   5 0.17      86 HH12  ARG   5 0.12   0.2067\n+\n+   83   CZ  ARG   5 0.17      88 HH21  ARG   5 0.12   0.204 \n+\n+   83   CZ  ARG   5 0.17      89 HH22  ARG   5 0.12   0.2059\n+\n+   84  NH1  ARG   5 0.155     85 HH11  ARG   5 0.12   0.1019\n+\n+   84  NH1  ARG   5 0.155     86 HH12  ARG   5 0.12   0.1006\n+\n+   84  NH1  ARG   5 0.155     87  NH2  ARG   5 0.155  0.231 \n+\n+   85 HH11  ARG   5 0.12      86 HH12  ARG   5 0.12   0.1717\n+\n+   87  NH2  ARG   5 0.155     88 HH21  ARG   5 0.12   0.1001\n+\n+   87  NH2  ARG   5 0.155     89 HH22  ARG   5 0.12   0.1018\n+\n+   88 HH21  ARG   5 0.12      89 HH22  ARG   5 0.12   0.1722\n+\n+   90\n+   90    C  ARG   5 0.17      91   O1  ARG   5 0.152  0.125 \n+\n+   90    C  ARG   5 0.17      92   O2  ARG   5 0.152  0.1236\n+\n+   91   O1  ARG   5 0.152     92   O2  ARG   5 0.152  0.217 \n+\n+      \n+no atoms found outside box\n+\n+\n+GROMACS reminds you: "The only greatness for man is immortality." (James Dean)\n+\n'
b
diff -r a66c193fafdb -r ea2287ee360b test-data/check_info_traj.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/check_info_traj.txt Tue Jul 12 12:46:53 2022 +0000
b
@@ -0,0 +1,38 @@
+                 :-) GROMACS - gmx check, 2022-conda_forge (-:
+
+Executable:   /usr/local/bin.AVX2_256/gmx
+Data prefix:  /usr/local
+Working dir:  /tmp/tmpgswi37e1/job_working_directory/000/2/working
+Command line:
+  gmx check -f ./traj.xtc
+
+
+Reading frame       0 time    0.000   
+# Atoms  94
+Precision 0.001 (nm)
+
+Reading frame       1 time    0.100   
+Reading frame       2 time    0.200   
+Reading frame       3 time    0.300   
+Reading frame       4 time    0.400   
+Reading frame       5 time    0.500   
+Reading frame       6 time    0.600   
+Reading frame       7 time    0.700   
+Reading frame       8 time    0.800   
+Reading frame       9 time    0.900   
+Reading frame      10 time    1.000   
+Last frame         10 time    1.000   
+
+
+Item        #frames Timestep (ps)
+Step            11    0.1
+Time            11    0.1
+Lambda           0
+Coords          11    0.1
+Velocities       0
+Forces           0
+Box             11    0.1
+
+GROMACS reminds you: "Right Between the Eyes" (F. Zappa)
+
+Checking file ./traj.xtc
b
diff -r a66c193fafdb -r ea2287ee360b test-data/npt2.tpr
b
Binary file test-data/npt2.tpr has changed