Galaxy |

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Commit message:
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added:
README.rst
featurecounts.xml
test-data/featureCounts_guide.gff
test-data/featureCounts_input1.bam
test-data/featureCounts_input2.bam
test-data/output_1_full.tab
test-data/output_1_medium.tab
test-data/output_1_short.tab
test-data/output_1_summary.tab
test-data/output_2_full.tab
test-data/output_2_medium.tab
test-data/output_2_short.tab
test-data/output_2_summary.tab
test-data/output_feature_lengths.tab
tool_dependencies.xml

diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 README.rst
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.rst Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400

@@ -0,0 +1,25 @@
+FeatureCounts wrapper for Galaxy
+================================
+
+* http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/
+* http://subread.sourceforge.net/
+
+FeatureCounts as part of the SUBREAD package is "a highly efficient and
+accurate read summarization program".
+
+Installation
+------------
+
+This wrapper requires Galaxy 16.04 to be fully functional because
+of the following commits:
+
+* https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/961
+* https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/1714
+
+License
+-------
+
+**featureCounts**:
+
+GPL (>=3)
+

diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 featurecounts.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/featurecounts.xml Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400

[

b'@@ -0,0 +1,442 @@\n+<tool id="featurecounts" name="featureCounts" version="1.4.6.p5" profile="16.04">\n+ <description>Measure gene expression in RNA-Seq experiments from SAM or BAM files.</description>\n+ <requirements>\n+ <requirement type="package" version="1.4.6p5">subread</requirement>\n+ </requirements>\n+\n+ <version_command>featureCounts -v 2>&1 | grep .</version_command>\n+ <command><![CDATA[\n+ ## Check whether all alignments are from the same type (bam || sam)\n+ featureCounts\n+ -a "$reference_gene_sets"\n+ -o "output"\n+ -T \\${GALAXY_SLOTS:-2}\n+\n+ -t "$extended_parameters.gff_feature_type"\n+ -g "$extended_parameters.gff_feature_attribute"\n+ $extended_parameters.summarization_level\n+ $extended_parameters.contribute_to_multiple_features\n+ -s $extended_parameters.strand_specificity\n+ $extended_parameters.multimapping_enabled.multimapping_counts\n+\n+ #if str($extended_parameters.multimapping_enabled.multimapping_counts) == " -M"\n+ $extended_parameters.multimapping_enabled.fraction\n+ #end if\n+\n+ -Q $extended_parameters.mapping_quality\n+ $extended_parameters.largest_overlap\n+ --minOverlap $extended_parameters.min_overlap\n+ $extended_parameters.read_reduction\n+ $extended_parameters.primary\n+ $extended_parameters.ignore_dup\n+\n+ #if str($extended_parameters.read_extension_5p) != "0"\n+ --readExtension5 $extended_parameters.read_extension_5p\n+ #end if\n+\n+ #if str($extended_parameters.read_extension_3p) != "0"\n+ --readExtension3 $extended_parameters.read_extension_3p\n+ #end if\n+\n+ $pe_parameters.fragment_counting_enabled.fragment_counting\n+ #if str($pe_parameters.fragment_counting_enabled.fragment_counting) == " -p"\n+ $pe_parameters.fragment_counting_enabled.check_distance_enabled.check_distance\n+ #if str($pe_parameters.fragment_counting_enabled.check_distance_enabled.check_distance) == " -P"\n+ -d $pe_parameters.fragment_counting_enabled.check_distance_enabled.minimum_fragment_length\n+ -D $pe_parameters.fragment_counting_enabled.check_distance_enabled.maximum_fragment_length\n+ #end if\n+ #end if\n+\n+ $pe_parameters.only_both_ends\n+ -S $pe_parameters.orientation\n+ $pe_parameters.exclude_chimerics\n+\n+ "${alignment}"\n+\n+ ## Removal of comment and column-header line\n+ && grep -v "^#" "output" | tail -n+2 > body.txt\n+\n+ ## Set the right columns for the tabular formats\n+ #if $format.value == "tabdel_medium"\n+ && cut -f 1,7 body.txt > expression_matrix.txt\n+\n+ ## Paste doesn\'t allow a non ordered list of columns: -f 1,7,8,6 will only return columns 1,7 and 8\n+ ## Thus the gene length column (last column) has to be added separately\n+ && cut -f 6 body.txt > gene_lengths.txt\n+ && paste expression_matrix.txt gene_lengths.txt > expression_matrix.txt.bak\n+ && mv -f expression_matrix.txt.bak "${output_medium}"\n+ #elif $format.value == "tabdel_short"\n+ && cut -f 1,7 body.txt > "${output_short}"\n+ #else\n+ && cp body.txt "${output_full}"\n+ #end if\n+ \n+\n+ #if str($include_feature_length_file) == "true"\n+ && cut -f 1,6 body.txt > "${output_feature_lengths}"\n+ #end if\n+\n+ && tail -n+2 "output.summary" > "${output_summary}"\n+\n+ ]]></command>\n+ <inputs>\n+ <param name="alignment"\n+ type="data"\n+ multiple="false"\n+ format="bam,sam"\n+ label="Alignment file"\n+ '..b'lignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />\n+ <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />\n+ <param name="format" value="tabdel_short" />\n+ <param name="include_feature_length_file" value="true"/>\n+ <output name="output" file="output_1_short.tab"/>\n+ <output name="output_summary" file="output_1_summary.tab"/>\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />\n+ <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />\n+ <param name="format" value="tabdel_medium" />\n+ <param name="include_feature_length_file" value="true"/>\n+ <output name="output" file="output_1_medium.tab"/>\n+ <output name="output_summary" file="output_1_summary.tab"/>\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />\n+ <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />\n+ <param name="format" value="tabdel_full" />\n+ <param name="include_feature_length_file" value="true"/>\n+ <output name="output" file="output_1_full.tab"/>\n+ <output name="output_summary" file="output_1_summary.tab"/>\n+ <output name="output_feature_lengths" file="output_feature_lengths.tab"/>\n+ </test>\n+ \n+ <test>\n+ <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />\n+ <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />\n+ <param name="format" value="tabdel_short" />\n+ <param name="include_feature_length_file" value="true"/>\n+ <output name="output" file="output_2_short.tab"/>\n+ <output name="output_summary" file="output_2_summary.tab"/>\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />\n+ <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />\n+ <param name="format" value="tabdel_medium" />\n+ <param name="include_feature_length_file" value="true"/>\n+ <output name="output" file="output_2_medium.tab"/>\n+ <output name="output_summary" file="output_2_summary.tab"/>\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />\n+ <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />\n+ <param name="format" value="tabdel_full" />\n+ <param name="include_feature_length_file" value="true"/>\n+ <output name="output" file="output_2_full.tab"/>\n+ <output name="output_summary" file="output_2_summary.tab"/>\n+ <output name="output_feature_lengths" file="output_feature_lengths.tab"/>\n+ </test>\n+ </tests>\n+ \n+ <help><![CDATA[\n+featureCounts\n+#############\n+\n+Overview\n+--------\n+FeatureCounts is a light-weight read counting program written entirely in the C programming language. It can be used to count both gDNA-seq and RNA-seq reads for genomic features in in SAM/BAM files.\n+\n+Input formats\n+-------------\n+Alignments should be provided in either:\n+\n+ - SAM format, http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml#5\n+ - BAM format\n+\n+Gene regions should be provided in the GFF/GTF format:\n+\n+ - http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format3\n+ - http://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html\n+\n+Output format\n+-------------\n+FeatureCounts produces a table containing the counted reads, per gene, per row. Optionally the last column can be set to be the effective gene-length. These tables are compatible with the DESeq2 Galaxy wrapper by IUC.\n+ ]]></help>\n+ <citations>\n+ <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btt656</citation>\n+ </citations>\n+</tool>\n'

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