Repository 'md_converter'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/md_converter

Changeset 0:acce5039ece7 (2018-10-14)
Next changeset 1:f40eb1f8536f (2019-10-07)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tools/mdfileconverter commit 8aeaf3f199cccb1bbb26a29628e7bb75abaf189d
added:
md_converter.xml
test-data/str.gro
test-data/str.pdb
test-data/str2.pdb
test-data/traj.dcd
test-data/traj.trr
test-data/traj.xtc
b
diff -r 000000000000 -r acce5039ece7 md_converter.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/md_converter.xml Sun Oct 14 05:31:36 2018 -0400
[
@@ -0,0 +1,115 @@
+<tool id="md_converter" name="MDTraj file converter" version="1.9.1">
+
+    <description>- interconvert between MD trajectory or structure file formats.</description>
+
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="1.9.1">mdtraj</requirement>
+        <requirement type="package" version="2018.2">gromacs</requirement>
+    </requirements>
+
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+
+        #if $input.conversion == 'str':
+            ln -s '$input_file' ./input.$input_file.ext &&
+            gmx editconf -f ./input.$input_file.ext -o ./output.${input.output_format} &&
+            cp ./output.${input.output_format} $output
+        #end if
+
+        #if $input.conversion == 'traj':
+            ln -s '$input_file' ./input.$input_file.ext &&
+            mdconvert ./input.$input_file.ext -o ./output.${input.output_format} &&
+            cp ./output.${input.output_format} $output
+    
+        #end if
+
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <conditional name="input">
+            <param argument="conversion" type="select" label="Type of conversion">
+                <option value="traj">Trajectory file</option>
+                <option value="str">Structure file</option>
+            </param>
+            <when value="traj">
+                <param argument="input_file" type="data" format='xtc, trr, dcd' label="Input file for conversion"/>
+                <param argument="output_format" type="select" label="Output format">
+                    <option value="trr">TRR file</option>
+                    <option value="xtc">XTC file</option>
+                    <option value="dcd">DCD file</option>
+                </param>
+            </when>
+            <when value="str">
+                <param argument="input_file" type="data" format='gro, pdb' label="Input file for conversion"/>
+                <param argument="output_format" type="select" label="Output format">
+                    <option value="gro">GRO file</option>
+                    <option value="pdb">PDB file</option>
+                </param>
+            </when>
+        </conditional>
+    </inputs>
+
+    <outputs>
+        <data name="output" format="text">
+            <change_format>
+                <when input="output_format" value="gro" format="gro"/>
+                <when input="output_format" value="pdb" format="pdb"/>
+                <when input="output_format" value="trr" format="trr"/>
+                <when input="output_format" value="xtc" format="xtc"/>
+                <when input="output_format" value="dcd" format="dcd"/>
+            </change_format>
+        </data>
+    </outputs> 
+
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="conversion" value="traj" />
+            <param name="output_format" value="dcd" />
+            <param name="input_file" value="traj.xtc" />
+            <output name="output" file="traj.dcd" compare="sim_size"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="conversion" value="traj" />
+            <param name="output_format" value="trr" />
+            <param name="input_file" value="traj.dcd" />
+            <output name="output" file="traj.trr"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="conversion" value="str" />
+            <param name="output_format" value="gro" />
+            <param name="input_file" value="str.pdb" ftype="pdb"/>
+            <output name="output" file="str.gro" compare="sim_size"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="conversion" value="str" />
+            <param name="output_format" value="pdb" />
+            <param name="input_file" value="str.gro" ftype="gro"/>
+            <output name="output" file="str2.pdb" compare="sim_size"/>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+**What it does**
+        
+This tool interconverts between MD file formats: xtc, trr and dcd (trajectory formats) and pdb and gro (structure formats).
+
+_____
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Input**
+
+       - Trajectory file (trr, xtc, dcd) or structure file (pdb, gro)
+     
+_____
+
+        
+.. class:: infomark
+
+**Output**
+
+       - Trajectory file (trr, xtc, dcd) or structure file (pdb, gro)
+    ]]></help>
+    <citations>
+        <citation type="doi">10.1016/j.bpj.2015.08.015</citation>
+        <citation type="doi">10.1016/j.softx.2015.06.001</citation>
+    </citations>
+</tool>
\ No newline at end of file
b
diff -r 000000000000 -r acce5039ece7 test-data/str.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/str.gro Sun Oct 14 05:31:36 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,734 @@\n+VILLIN\n+  731\n+   42LEU      N    1  -0.740   0.981   0.791\n+   42LEU     CA    2  -0.643   0.930   0.699\n+   42LEU      C    3  -0.500   0.953   0.746\n+   42LEU      O    4  -0.481   1.044   0.827\n+   42LEU     CB    5  -0.659   1.007   0.564\n+   42LEU     CG    6  -0.788   0.986   0.487\n+   42LEU    CD1    7  -0.795   1.079   0.365\n+   42LEU    CD2    8  -0.797   0.842   0.442\n+   42LEU     H1    9  -0.822   0.966   0.760\n+   42LEU     H2   10  -0.727   1.069   0.802\n+   42LEU     H3   11  -0.730   0.940   0.870\n+   42LEU     HA   12  -0.658   0.834   0.685\n+   42LEU    HB2   13  -0.650   1.101   0.582\n+   42LEU    HB3   14  -0.586   0.981   0.506\n+   42LEU     HG   15  -0.864   1.006   0.546\n+   42LEU   HD11   16  -0.790   1.170   0.394\n+   42LEU   HD12   17  -0.878   1.065   0.319\n+   42LEU   HD13   18  -0.722   1.060   0.306\n+   42LEU   HD21   19  -0.879   0.828   0.394\n+   42LEU   HD22   20  -0.795   0.784   0.519\n+   42LEU   HD23   21  -0.723   0.822   0.385\n+   43SER      N   22  -0.403   0.881   0.699\n+   43SER     CA   23  -0.263   0.912   0.722\n+   43SER      C   24  -0.233   1.045   0.654\n+   43SER      O   25  -0.305   1.093   0.565\n+   43SER     CB   26  -0.173   0.802   0.664\n+   43SER     OG   27  -0.181   0.807   0.525\n+   43SER      H   28  -0.423   0.812   0.652\n+   43SER     HA   29  -0.247   0.920   0.818\n+   43SER    HB2   30  -0.081   0.816   0.693\n+   43SER    HB3   31  -0.202   0.715   0.696\n+   43SER     HG   32  -0.133   0.749   0.493\n+   44ASP      N   33  -0.121   1.103   0.695\n+   44ASP     CA   34  -0.081   1.231   0.640\n+   44ASP      C   35  -0.048   1.212   0.492\n+   44ASP      O   36  -0.073   1.299   0.410\n+   44ASP     CB   37   0.029   1.300   0.719\n+   44ASP     CG   38  -0.016   1.358   0.853\n+   44ASP    OD1   39  -0.138   1.354   0.874\n+   44ASP    OD2   40   0.074   1.401   0.928\n+   44ASP      H   41  -0.072   1.064   0.754\n+   44ASP     HA   42  -0.160   1.290   0.644\n+   44ASP    HB2   43   0.100   1.236   0.736\n+   44ASP    HB3   44   0.066   1.372   0.665\n+   45GLU      N   45   0.010   1.094   0.461\n+   45GLU     CA   46   0.038   1.065   0.322\n+   45GLU      C   47  -0.089   1.054   0.238\n+   45GLU      O   48  -0.097   1.106   0.126\n+   45GLU     CB   49   0.125   0.938   0.310\n+   45GLU     CB   50   0.118   0.932   0.316\n+   45GLU     CG   51   0.273   0.969   0.327\n+   45GLU     CG   52   0.248   0.934   0.389\n+   45GLU     CD   53   0.328   1.060   0.220\n+   45GLU     CD   54   0.260   0.919   0.537\n+   45GLU    OE1   55   0.336   1.020   0.101\n+   45GLU    OE1   56   0.381   0.911   0.577\n+   45GLU    OE2   57   0.367   1.175   0.251\n+   45GLU    OE2   58   0.163   0.915   0.615\n+   45GLU      H   59   0.030   1.038   0.522\n+   45GLU     HA   60   0.090   1.140   0.286\n+   45GLU    HB2   61   0.098   0.874   0.377\n+   45GLU    HB2   62   0.063   0.861   0.354\n+   45GLU    HB3   63   0.111   0.897   0.223\n+   45GLU    HB3   64   0.134   0.909   0.223\n+   45GLU    HG2   65   0.287   1.010   0.414\n+   45GLU    HG2   66   0.302   0.863   0.349\n+   45GLU    HG3   67   0.323   0.886   0.326\n+   45GLU    HG3   68   0.291   1.018   0.366\n+   46ASP      N   69  -0.190   0.980   0.287\n+   46ASP     CA   70  -0.314   0.971   0.217\n+   46ASP      C   71  -0.381   1.107   0.204\n+   46ASP      O   72  -0.443   1.134   0.101\n+   46ASP     CB   73  -0.409   0.871   0.278\n+   46ASP     CG   74  -0.376   0.725   0.265\n+   46ASP    OD1   75  -0.276   0.696   0.195\n+   46ASP    OD2   76  -0.446   0.636   0.321\n+   46ASP      H   77  -0.180   0.938   0.362\n+   46ASP     HA   78  -0.294   0.940   0.126\n+   46ASP    HB2   79  -0.416   0.891   0.373\n+   46ASP    HB3   80  -0.497   0.885   0.240\n+   47PHE      N   81  -0.378   1.187   0.307\n+   47PHE     CA   82  -0.440   1.319   0.299\n+   47PHE      C   83  -0.382   1.400   0.186\n+   47PHE      O   84  -0.452   1.463   0.108\n+   47PHE     CB   85  -0.419   1.391   0.436\n+   47PHE     CG   86  -0.489   1.527   0.443\n+   47PHE '..b' 77SO4     O3  647  -0.964   1.303   0.543\n+   77SO4     O4  648  -0.865   1.509   0.769\n+   77SO4     O4  649  -0.849   1.286   0.759\n+   80ACT      C  650  -1.490   3.344   0.474\n+   80ACT      C  651  -1.442   3.117   0.691\n+   80ACT      C  652  -1.454   3.103   0.688\n+   80ACT      O  653  -1.613   3.390   0.473\n+   80ACT      O  654  -1.319   3.082   0.738\n+   80ACT      O  655  -1.499   3.224   0.684\n+   80ACT    OXT  656  -1.413   3.389   0.387\n+   80ACT    OXT  657  -1.528   3.116   0.780\n+   80ACT    OXT  658  -1.334   3.079   0.707\n+   80ACT    CH3  659  -1.442   3.256   0.585\n+   80ACT    CH3  660  -1.485   3.025   0.576\n+   80ACT    CH3  661  -1.556   2.990   0.706\n+   80ACT     H1  662  -1.516   3.233   0.642\n+   80ACT     H1  663  -1.417   3.024   0.508\n+   80ACT     H1  664  -1.644   3.023   0.687\n+   80ACT     H2  665  -1.376   3.303   0.637\n+   80ACT     H2  666  -1.567   3.057   0.538\n+   80ACT     H2  667  -1.553   2.959   0.797\n+   80ACT     H3  668  -1.404   3.176   0.549\n+   80ACT     H3  669  -1.497   2.936   0.609\n+   80ACT     H3  670  -1.535   2.918   0.646\n+ 1001HOH      O  671  -0.055   0.588   0.430\n+ 1002HOH      O  672  -1.160   3.046   0.794\n+ 1002HOH      O  673  -1.510   3.330   0.181\n+ 1003HOH      O  674   0.082   1.887   0.748\n+ 1004HOH      O  675  -1.409   2.327   0.827\n+ 1005HOH      O  676  -0.969   1.884  -0.349\n+ 1006HOH      O  677  -0.601   2.026   0.755\n+ 1007HOH      O  678  -1.508   1.347  -0.543\n+ 1008HOH      O  679  -0.043   1.588   0.497\n+ 1009HOH      O  680  -1.224   1.832  -0.298\n+ 1010HOH      O  681  -0.825   2.924   0.792\n+ 1011HOH      O  682  -1.985   1.374   0.127\n+ 1012HOH      O  683  -0.019   1.894  -0.528\n+ 1013HOH      O  684  -0.062   0.704   0.040\n+ 1014HOH      O  685  -1.648   1.857   0.744\n+ 1015HOH      O  686  -0.811   3.159   0.420\n+ 1016HOH      O  687  -0.495   0.642   0.563\n+ 1017HOH      O  688   0.107   1.130  -0.070\n+ 1018HOH      O  689  -0.788   2.018  -0.184\n+ 1019HOH      O  690  -0.879   3.255   0.161\n+ 1020HOH      O  691  -0.796   2.573   0.996\n+ 1021HOH      O  692  -0.230   1.267   1.124\n+ 1022HOH      O  693  -0.168   2.595   0.883\n+ 1023HOH      O  694  -0.300   0.431   0.586\n+ 1024HOH      O  695  -1.908   1.350   0.400\n+ 1025HOH      O  696   0.028   1.014   0.922\n+ 1026HOH      O  697  -1.242   1.445   1.006\n+ 1027HOH      O  698   0.125   2.829   0.709\n+ 1028HOH      O  699  -1.359   1.529  -0.622\n+ 1029HOH      O  700  -0.785   2.240  -0.343\n+ 1030HOH      O  701  -1.340   1.939  -0.520\n+ 1031HOH      O  702   0.025   1.710   0.943\n+ 1032HOH      O  703   0.104   1.276  -0.315\n+ 1033HOH      O  704   0.343   1.985   0.760\n+ 1034HOH      O  705  -1.476   2.066   0.833\n+ 1035HOH      O  706   0.057   2.125  -0.683\n+ 1036HOH      O  707  -0.053   1.495  -0.354\n+ 1037HOH      O  708  -0.761   1.705  -0.466\n+ 1038HOH      O  709  -0.899   2.464  -0.315\n+ 1039HOH      O  710  -2.142   2.447   0.746\n+ 1040HOH      O  711  -1.817   0.921   0.386\n+ 1041HOH      O  712  -0.969   3.221   0.629\n+ 1042HOH      O  713  -1.110   2.071   0.799\n+ 1043HOH      O  714  -0.590   0.576   0.769\n+ 1044HOH      O  715  -1.603   1.958  -0.612\n+ 1045HOH      O  716  -1.987   1.820  -0.149\n+ 1046HOH      O  717  -0.549   2.104  -0.459\n+ 1047HOH      O  718  -2.020   1.331  -0.271\n+ 1048HOH      O  719  -0.945   2.071  -0.555\n+ 1049HOH      O  720  -1.675   2.901   0.948\n+ 1050HOH      O  721  -0.138   2.966   0.948\n+ 1051HOH      O  722  -2.125   1.827   0.836\n+ 1052HOH      O  723  -1.884   1.674  -0.680\n+ 1053HOH      O  724  -1.102   3.425   0.199\n+ 1054HOH      O  725  -1.145   2.519  -0.516\n+ 1055HOH      O  726  -1.854   1.485  -0.426\n+ 1056HOH      O  727  -1.414   3.478   0.821\n+ 1057HOH      O  728  -0.549   3.134   0.688\n+ 1058HOH      O  729  -0.869   3.014   0.998\n+ 1059HOH      O  730  -0.186   2.259  -0.680\n+ 1060HOH      O  731  -1.300   3.317   0.000\n+   3.21550   2.78470   5.68630   0.00000   0.00000  -1.60775   0.00000   0.00000   0.00000\n'
b
diff -r 000000000000 -r acce5039ece7 test-data/str.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/str.pdb Sun Oct 14 05:31:36 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,1465 @@\n+HEADER    STRUCTURAL PROTEIN                      03-FEB-05   1YRF              \n+TITLE     CHICKEN VILLIN SUBDOMAIN HP-35, N68H, PH6.7                           \n+COMPND    MOL_ID: 1;                                                            \n+COMPND   2 MOLECULE: VILLIN;                                                    \n+COMPND   3 CHAIN: A;                                                            \n+COMPND   4 FRAGMENT: VHP;                                                       \n+COMPND   5 ENGINEERED: YES;                                                     \n+COMPND   6 MUTATION: YES                                                        \n+SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            \n+SOURCE   2 SYNTHETIC: YES;                                                      \n+SOURCE   3 OTHER_DETAILS: SEQUENCE CORRESPONDS TO CHICKEN VILLIN RESIDUES 792-  \n+SOURCE   4 826                                                                  \n+KEYWDS    VILLIN HEADPIECE SUBDOMAIN, STRUCTURAL PROTEIN                        \n+EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION                                                     \n+AUTHOR    T.K.CHIU,J.KUBELKA,R.HERBST-IRMER,W.A.EATON,J.HOFRICHTER,D.R.DAVIES   \n+REVDAT   5   11-OCT-17 1YRF    1       REMARK                                   \n+REVDAT   4   24-FEB-09 1YRF    1       VERSN                                    \n+REVDAT   3   21-JUN-05 1YRF    1       JRNL                                     \n+REVDAT   2   31-MAY-05 1YRF    1       JRNL                                     \n+REVDAT   1   03-MAY-05 1YRF    0                                                \n+JRNL        AUTH   T.K.CHIU,J.KUBELKA,R.HERBST-IRMER,W.A.EATON,J.HOFRICHTER,    \n+JRNL        AUTH 2 D.R.DAVIES                                                   \n+JRNL        TITL   HIGH-RESOLUTION X-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF THE VILLIN       \n+JRNL        TITL 2 HEADPIECE SUBDOMAIN, AN ULTRAFAST FOLDING PROTEIN.           \n+JRNL        REF    PROC.NATL.ACAD.SCI.USA        V. 102  7517 2005              \n+JRNL        REFN                   ISSN 0027-8424                               \n+JRNL        PMID   15894611                                                     \n+JRNL        DOI    10.1073/PNAS.0502495102                                      \n+REMARK   2                                                                      \n+REMARK   2 RESOLUTION.    1.07 ANGSTROMS.                                       \n+REMARK   3                                                                      \n+REMARK   3 REFINEMENT.                                                          \n+REMARK   3   PROGRAM     : SHELXL-97                                            \n+REMARK   3   AUTHORS     : G.M.SHELDRICK                                        \n+REMARK   3                                                                      \n+REMARK   3  DATA USED IN REFINEMENT.                                            \n+REMARK   3   RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 1.07                           \n+REMARK   3   RESOLUTION RANGE LOW  (ANGSTROMS) : 30.00                          \n+REMARK   3   DATA CUTOFF            (SIGMA(F)) : NULL                           \n+REMARK   3   COMPLETENESS FOR RANGE        (%) : NULL                           \n+REMARK   3   CROSS-VALIDATION METHOD           : THROUGHOUT                     \n+REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SELECTION   : RANDOM                         \n+REMARK   3                                                                      \n+REMARK   3  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT (NO CUTOFF).                         \n+REMARK   3   R VALUE   (WORKING + TEST SET, NO CUTOFF) : NULL                   \n+REMARK   3   R VALUE          (WORKING SET, NO CUTOFF) : 0.155                  \n+REMARK   3   FREE R VALUE                  (NO CUTOFF) : 0.161                  \n+REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE (%, NO CUTOFF) : NULL                   \n+REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT   '..b'OH A1053     -11.018  34.254   1.994  1.00 31.47           O  \n+ANISOU  725  O   HOH A1053     3679   3661   4617    534   -509    912       O  \n+HETATM  726  O   HOH A1054     -11.454  25.194  -5.155  1.00 45.64           O  \n+ANISOU  726  O   HOH A1054     5771   5709   5860   -183   -290     89       O  \n+HETATM  727  O   HOH A1055     -18.538  14.850  -4.264  1.00 43.27           O  \n+ANISOU  727  O   HOH A1055     5026   5467   5948    406   -273    241       O  \n+HETATM  728  O   HOH A1056     -14.137  34.778   8.213  1.00 43.04           O  \n+ANISOU  728  O   HOH A1056     5010   5550   5794    -37   -415   -153       O  \n+HETATM  729  O   HOH A1057      -5.495  31.337   6.878  1.00 33.39           O  \n+ANISOU  729  O   HOH A1057     4755   3450   4483     13     64   -794       O  \n+HETATM  730  O   HOH A1058      -8.694  30.139   9.984  1.00 39.11           O  \n+ANISOU  730  O   HOH A1058     5749   4866   4244   -435    383   -267       O  \n+HETATM  731  O   HOH A1059      -1.857  22.585  -6.796  1.00 31.37           O  \n+ANISOU  731  O   HOH A1059     3530   4123   4264    364    738    -69       O  \n+HETATM  732  O   HOH A1060     -13.004  33.171   0.000  0.50 43.97           O  \n+ANISOU  732  O   HOH A1060     5472   5539   5694     58   -638    368       O  \n+CONECT  641  643  645  647  649                                                 \n+CONECT  642  644  646  648  650                                                 \n+CONECT  643  641                                                                \n+CONECT  644  642                                                                \n+CONECT  645  641                                                                \n+CONECT  646  642                                                                \n+CONECT  647  641                                                                \n+CONECT  648  642                                                                \n+CONECT  649  641                                                                \n+CONECT  650  642                                                                \n+CONECT  651  654  657  660                                                      \n+CONECT  652  655  658  661                                                      \n+CONECT  653  656  659  662                                                      \n+CONECT  654  651                                                                \n+CONECT  655  652                                                                \n+CONECT  656  653                                                                \n+CONECT  657  651                                                                \n+CONECT  658  652                                                                \n+CONECT  659  653                                                                \n+CONECT  660  651  663  666  669                                                 \n+CONECT  661  652  664  667  670                                                 \n+CONECT  662  653  665  668  671                                                 \n+CONECT  663  660                                                                \n+CONECT  664  661                                                                \n+CONECT  665  662                                                                \n+CONECT  666  660                                                                \n+CONECT  667  661                                                                \n+CONECT  668  662                                                                \n+CONECT  669  660                                                                \n+CONECT  670  661                                                                \n+CONECT  671  662                                                                \n+MASTER      243    0    2    3    0    0    5    6  358    1   31    3          \n+END                                                                             \n'
b
diff -r 000000000000 -r acce5039ece7 test-data/str2.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/str2.pdb Sun Oct 14 05:31:36 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,737 @@\n+TITLE     VILLIN\n+REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX\n+CRYST1   32.155   32.155   56.863  90.00  90.00 120.00 P 1           1\n+MODEL        1\n+ATOM      1  N   LEU    42      -7.400   9.810   7.910  1.00  0.00            \n+ATOM      2  CA  LEU    42      -6.430   9.300   6.990  1.00  0.00            \n+ATOM      3  C   LEU    42      -5.000   9.530   7.460  1.00  0.00            \n+ATOM      4  O   LEU    42      -4.810  10.440   8.270  1.00  0.00            \n+ATOM      5  CB  LEU    42      -6.590  10.070   5.640  1.00  0.00            \n+ATOM      6  CG  LEU    42      -7.880   9.860   4.870  1.00  0.00            \n+ATOM      7  CD1 LEU    42      -7.950  10.790   3.650  1.00  0.00            \n+ATOM      8  CD2 LEU    42      -7.970   8.420   4.420  1.00  0.00            \n+ATOM      9  H1  LEU    42      -8.220   9.660   7.600  1.00  0.00            \n+ATOM     10  H2  LEU    42      -7.270  10.690   8.020  1.00  0.00            \n+ATOM     11  H3  LEU    42      -7.300   9.400   8.700  1.00  0.00            \n+ATOM     12  HA  LEU    42      -6.580   8.340   6.850  1.00  0.00            \n+ATOM     13  HB2 LEU    42      -6.500  11.010   5.820  1.00  0.00            \n+ATOM     14  HB3 LEU    42      -5.860   9.810   5.060  1.00  0.00            \n+ATOM     15  HG  LEU    42      -8.640  10.060   5.460  1.00  0.00            \n+ATOM     16 1HD1 LEU    42      -7.900  11.700   3.940  1.00  0.00            \n+ATOM     17 2HD1 LEU    42      -8.780  10.650   3.190  1.00  0.00            \n+ATOM     18 3HD1 LEU    42      -7.220  10.600   3.060  1.00  0.00            \n+ATOM     19 1HD2 LEU    42      -8.790   8.280   3.940  1.00  0.00            \n+ATOM     20 2HD2 LEU    42      -7.950   7.840   5.190  1.00  0.00            \n+ATOM     21 3HD2 LEU    42      -7.230   8.220   3.850  1.00  0.00            \n+ATOM     22  N   SER    43      -4.030   8.810   6.990  1.00  0.00            \n+ATOM     23  CA  SER    43      -2.630   9.120   7.220  1.00  0.00            \n+ATOM     24  C   SER    43      -2.330  10.450   6.540  1.00  0.00            \n+ATOM     25  O   SER    43      -3.050  10.930   5.650  1.00  0.00            \n+ATOM     26  CB  SER    43      -1.730   8.020   6.640  1.00  0.00            \n+ATOM     27  OG  SER    43      -1.810   8.070   5.250  1.00  0.00            \n+ATOM     28  H   SER    43      -4.230   8.120   6.520  1.00  0.00            \n+ATOM     29  HA  SER    43      -2.470   9.200   8.180  1.00  0.00            \n+ATOM     30  HB2 SER    43      -0.810   8.160   6.930  1.00  0.00            \n+ATOM     31  HB3 SER    43      -2.020   7.150   6.960  1.00  0.00            \n+ATOM     32  HG  SER    43      -1.330   7.490   4.930  1.00  0.00            \n+ATOM     33  N   ASP    44      -1.210  11.030   6.950  1.00  0.00            \n+ATOM     34  CA  ASP    44      -0.810  12.310   6.400  1.00  0.00            \n+ATOM     35  C   ASP    44      -0.480  12.120   4.920  1.00  0.00            \n+ATOM     36  O   ASP    44      -0.730  12.990   4.100  1.00  0.00            \n+ATOM     37  CB  ASP    44       0.290  13.000   7.190  1.00  0.00            \n+ATOM     38  CG  ASP    44      -0.160  13.580   8.530  1.00  0.00            \n+ATOM     39  OD1 ASP    44      -1.380  13.540   8.740  1.00  0.00            \n+ATOM     40  OD2 ASP    44       0.740  14.010   9.280  1.00  0.00            \n+ATOM     41  H   ASP    44      -0.720  10.640   7.540  1.00  0.00            \n+ATOM     42  HA  ASP    44      -1.600  12.900   6.440  1.00  0.00            \n+ATOM     43  HB2 ASP    44       1.000  12.360   7.360  1.00  0.00            \n+ATOM     44  HB3 ASP    44       0.660  13.720   6.650  1.00  0.00            \n+ATOM     45  N   GLU    45       0.100  10.940   4.610  1.00  0.00            \n+ATOM     46  CA  GLU    45       0.380  10.650   3.220  1.00  0.00            \n+ATOM     47  C   GLU    45      -0.890  10.540   2.380  1.00  0.00            \n+ATOM     48  O   GLU    45      -0.970  11.060   1.260  1.00  0.00            '..b'O   HOH  1011     -19.850  13.740   1.270  1.00  0.00            \n+ATOM    683  O   HOH  1012      -0.190  18.940  -5.280  1.00  0.00            \n+ATOM    684  O   HOH  1013      -0.620   7.040   0.400  1.00  0.00            \n+ATOM    685  O   HOH  1014     -16.480  18.570   7.440  1.00  0.00            \n+ATOM    686  O   HOH  1015      -8.110  31.590   4.200  1.00  0.00            \n+ATOM    687  O   HOH  1016      -4.950   6.420   5.630  1.00  0.00            \n+ATOM    688  O   HOH  1017       1.070  11.300  -0.700  1.00  0.00            \n+ATOM    689  O   HOH  1018      -7.880  20.180  -1.840  1.00  0.00            \n+ATOM    690  O   HOH  1019      -8.790  32.550   1.610  1.00  0.00            \n+ATOM    691  O   HOH  1020      -7.960  25.730   9.960  1.00  0.00            \n+ATOM    692  O   HOH  1021      -2.300  12.670  11.240  1.00  0.00            \n+ATOM    693  O   HOH  1022      -1.680  25.950   8.830  1.00  0.00            \n+ATOM    694  O   HOH  1023      -3.000   4.310   5.860  1.00  0.00            \n+ATOM    695  O   HOH  1024     -19.080  13.500   4.000  1.00  0.00            \n+ATOM    696  O   HOH  1025       0.280  10.140   9.220  1.00  0.00            \n+ATOM    697  O   HOH  1026     -12.420  14.450  10.060  1.00  0.00            \n+ATOM    698  O   HOH  1027       1.250  28.290   7.090  1.00  0.00            \n+ATOM    699  O   HOH  1028     -13.590  15.290  -6.220  1.00  0.00            \n+ATOM    700  O   HOH  1029      -7.850  22.400  -3.430  1.00  0.00            \n+ATOM    701  O   HOH  1030     -13.400  19.390  -5.200  1.00  0.00            \n+ATOM    702  O   HOH  1031       0.250  17.100   9.430  1.00  0.00            \n+ATOM    703  O   HOH  1032       1.040  12.760  -3.150  1.00  0.00            \n+ATOM    704  O   HOH  1033       3.430  19.850   7.600  1.00  0.00            \n+ATOM    705  O   HOH  1034     -14.760  20.660   8.330  1.00  0.00            \n+ATOM    706  O   HOH  1035       0.570  21.250  -6.830  1.00  0.00            \n+ATOM    707  O   HOH  1036      -0.530  14.950  -3.540  1.00  0.00            \n+ATOM    708  O   HOH  1037      -7.610  17.050  -4.660  1.00  0.00            \n+ATOM    709  O   HOH  1038      -8.990  24.640  -3.150  1.00  0.00            \n+ATOM    710  O   HOH  1039     -21.420  24.470   7.460  1.00  0.00            \n+ATOM    711  O   HOH  1040     -18.170   9.210   3.860  1.00  0.00            \n+ATOM    712  O   HOH  1041      -9.690  32.210   6.290  1.00  0.00            \n+ATOM    713  O   HOH  1042     -11.100  20.710   7.990  1.00  0.00            \n+ATOM    714  O   HOH  1043      -5.900   5.760   7.690  1.00  0.00            \n+ATOM    715  O   HOH  1044     -16.030  19.580  -6.120  1.00  0.00            \n+ATOM    716  O   HOH  1045     -19.870  18.200  -1.490  1.00  0.00            \n+ATOM    717  O   HOH  1046      -5.490  21.040  -4.590  1.00  0.00            \n+ATOM    718  O   HOH  1047     -20.200  13.310  -2.710  1.00  0.00            \n+ATOM    719  O   HOH  1048      -9.450  20.710  -5.550  1.00  0.00            \n+ATOM    720  O   HOH  1049     -16.750  29.010   9.480  1.00  0.00            \n+ATOM    721  O   HOH  1050      -1.380  29.660   9.480  1.00  0.00            \n+ATOM    722  O   HOH  1051     -21.250  18.270   8.360  1.00  0.00            \n+ATOM    723  O   HOH  1052     -18.840  16.740  -6.800  1.00  0.00            \n+ATOM    724  O   HOH  1053     -11.020  34.250   1.990  1.00  0.00            \n+ATOM    725  O   HOH  1054     -11.450  25.190  -5.160  1.00  0.00            \n+ATOM    726  O   HOH  1055     -18.540  14.850  -4.260  1.00  0.00            \n+ATOM    727  O   HOH  1056     -14.140  34.780   8.210  1.00  0.00            \n+ATOM    728  O   HOH  1057      -5.490  31.340   6.880  1.00  0.00            \n+ATOM    729  O   HOH  1058      -8.690  30.140   9.980  1.00  0.00            \n+ATOM    730  O   HOH  1059      -1.860  22.590  -6.800  1.00  0.00            \n+ATOM    731  O   HOH  1060     -13.000  33.170   0.000  1.00  0.00            \n+TER\n+ENDMDL\n'
b
diff -r 000000000000 -r acce5039ece7 test-data/traj.dcd
b
Binary file test-data/traj.dcd has changed
b
diff -r 000000000000 -r acce5039ece7 test-data/traj.trr
b
Binary file test-data/traj.trr has changed
b
diff -r 000000000000 -r acce5039ece7 test-data/traj.xtc
b
Binary file test-data/traj.xtc has changed