Repository 'qseq2fastq'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/vipints/qseq2fastq

Changeset 0:6682236a1432 (2011-06-07)
Commit message:
Migrated tool version 0.2 from old tool shed archive to new tool shed repository
added:
qseq2fastq/README
qseq2fastq/qseq2fastq.pl
qseq2fastq/qseq2fastq.xml
qseq2fastq/qseq_test.fastq
qseq2fastq/qseq_test.txt
b
diff -r 000000000000 -r 6682236a1432 qseq2fastq/README
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/qseq2fastq/README Tue Jun 07 17:42:46 2011 -0400
[
@@ -0,0 +1,62 @@
+Analyzing next-generation sequencing data: Convert from qseq to fastqsanger
+
+HISTORY
+
+This tool was uploaded to the community site at http://community.g2.bx.psu.edu by
+Vipin T Sreedharan as version 0.1
+
+Ross Lazarus added a simple Galaxy functional test, some additional
+documentation in the help section and changed the input data format to interval because this is 
+what the current sniffers will determine as the datatype of any uploaded qseq files if 'autodetect' is
+used (which is how most users are likely to do it!)
+
+This is likely to be added to the default distribution if there's enough interest.
+Until then, you may need to move the test files (qseq_test.*) into your tool-data directory
+so galaxy can find them, if you want to run the functional tests eg as:
+sh run_functional_tests -id qseq2fastq
+from your Galaxy root, which should run this tool's test only 
+if you want to make sure it's all working right.
+
+AFAIK the output is already groomed so is set to fastqsanger - but I honestly don't know if Illumina
+output files of this format are always so clean - if anyone knows, please let me (or Vipin) know
+on the galaxy-dev list so we can make that clear for the next version
+
+CONTENTS
+
+qseq2fastq.xml: Tool configuration file.
+
+qseq2fastq.pl: The file converter program written in PERL.
+
+qseq_test.txt: A small qseq file for testing -> [your galaxy root]/test-data/
+
+qseq_test.fastq: Output fastqsanger file for testing -> [your galaxy root]/test-data/
+
+LICENSE
+
+Vipin's original did not mention a license, 
+so to keep things 'simple', 
+I'll add the same license as the Galaxy distribution to all the materials provided in
+this source distribution as at October 2010 unless
+there's some objection...
+
+Copyright (c) 2005 Pennsylvania State University
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining 
+a copy of this software and associated documentation files (the 
+"Software"), to deal in the Software without restriction, including 
+without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish, 
+distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to 
+permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to 
+the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be 
+included in all copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, 
+EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF 
+MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. 
+IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY 
+CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, 
+TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE 
+SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE. 
+
b
diff -r 000000000000 -r 6682236a1432 qseq2fastq/qseq2fastq.pl
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/qseq2fastq/qseq2fastq.pl Tue Jun 07 17:42:46 2011 -0400
[
@@ -0,0 +1,51 @@
+#!/usr/bin/perl -w
+use strict;
+use Carp;
+
+my $usage = q(
+qseq2fastq.pl  - a script to convert all qseq files in a directory into a single fastq file with sanger-style ASCII q-score encoding
+USAGE: qseq2fastq.pl <qseq.txt file> <output file>
+);
+
+if (scalar(@ARGV) != 2) {
+    print $usage;
+    exit;
+}
+
+my $in_file = $ARGV[0];
+my $output_fastq_file = $ARGV[1];
+
+my $qfilter = "";
+open(OUTFASTAQFILE, "> $output_fastq_file");
+
+open INFILE, "< $in_file" || die "Error: Couldn't open $in_file\n";
+while(<INFILE>)
+{
+ chomp;
+ my @this_line = split/\t/, $_;
+ croak("Error: invalid column number in $in_file\n") unless(scalar(@this_line) == 11);
+ if($this_line[10] == 1) {
+ $qfilter = "Y";
+ } else {
+ $qfilter = "N";
+ }
+    # Convert quality scores
+ my @quality_array = split(//, $this_line[9]);
+ my $phred_quality_string = "";
+    # convert each char to Phred quality score
+ foreach my $this_char (@quality_array){
+     my $phred_quality = ord($this_char) - 64; # convert illumina scaled phred char to phred quality score
+ my $phred_char = chr($phred_quality + 33); # convert phred quality score into phred char (sanger style)
+ $phred_quality_string = $phred_quality_string . $phred_char;
+ }
+    # replace "." gaps with N
+ $this_line[8] =~ s/\./N/g;
+ # output line
+ print OUTFASTAQFILE "@" . $this_line[2] . ":" . $this_line[3] . ":" . $this_line[4] . ":" . $this_line[5] . ":" . $qfilter . "\n" .  #header line
+ $this_line[8] . "\n" . # output sequence
+ "+" . $this_line[2] . ":" . $this_line[3] . ":" . $this_line[4] . ":" . $this_line[5] . ":" .  $qfilter . "\n" . # header line
+ $phred_quality_string . "\n"; # output quality string
+}
+close INFILE;
+close OUTFASTAQFILE;
+exit;
b
diff -r 000000000000 -r 6682236a1432 qseq2fastq/qseq2fastq.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/qseq2fastq/qseq2fastq.xml Tue Jun 07 17:42:46 2011 -0400
b
@@ -0,0 +1,67 @@
+<tool id="qseq2fastq" name="qseq_to_fastq" version="0.2">
+ <description>Illumina HiSeq QSEQ output to FASTQ format</description>
+ <command interpreter="perl">qseq2fastq.pl
+        $qseq_input
+ $fastq_file
+ </command>
+ <inputs>
+ <param format="interval" name="qseq_input" type="data" label="Illumina QSEQ file from your current history" 
+                 help="File in QSEQ format, see below"/>
+ </inputs>
+ <outputs>
+ <data format="fastqsanger" name="fastq_file" label="FASTQ file"/>
+ </outputs>
+<tests>
+<test>
+<param name='qseq_input' value='qseq_test.txt' ftype='interval' />
+<param name='fastq_file' file='qseq_test.fastq' ftype='fastqsanger' />
+</test>
+</tests>
+
+ <help>
+**What it does**
+
+This tool converts Illumina QSEQ files into Phred FASTQ files.
+
+Convert an Illumina QSEQ file into Phred FASTQ format in your Galaxy history for downstream tools that require fastq.
+Typically the output would be aligned with BWA or handled other Galaxy SRS tools.
+
+--------------
+
+**Examples**
+
+- The following data in QSEQ file format::
+
+ HWI-EAS431 1 3 100 1792 1317 0 1 ................................A...G..............A..GG....G............... BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+
+- Will be converted to FASTQ file format::
+
+ @3:100:1792:1317:N
+ NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNGNNNNNNNNNNNNNNANNGGNNNNGNNNNNNNNNNNNNNN
+ +3:100:1792:1317:N
+ ############################################################################
+
+--------------
+
+**About formats**
+
+**QSEQ format** QSEQ files are the output of the Illumina pipeline. These files contain the sequence, corresponding qualities, as well as lane, tile and X/Y position of clusters.
+
+According to Illumina manual qseq files have the following format:
+
+(1) Machine name: (hopefully) unique identifier of the sequencer.
+(2) Run number: (hopefully) unique number to identify the run on the sequencer.
+(3) Lane number: positive integer (currently 1-8).
+(4) Tile number: positive integer.
+(5) X: x coordinate of the spot. Integer (can be negative).
+(6) Y: y coordinate of the spot. Integer (can be negative).
+(7) Index: positive integer. No indexing should have a value of 1.
+(8) Read Number: 1 for single reads; 1 or 2 for paired ends.
+(9) Sequence
+(10) Quality: the calibrated quality string.
+(11) Filter: Did the read pass filtering? 0 - No, 1 - Yes.
+
+
+**FASTQ format** A FASTQ file normally uses four lines per sequence. Line 1 begins with a '@' character and is followed by a sequence identifier and an optional  description (like a FASTA title line). Line 2 is the raw sequence letters. Line 3 begins with a '+' character and is optionally followed by the same sequence identifier (and any description) again. Line 4 encodes the quality values for the sequence in Line 2, and must contain the same number of symbols as letters in the sequence.
+ </help>
+</tool>
b
diff -r 000000000000 -r 6682236a1432 qseq2fastq/qseq_test.fastq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/qseq2fastq/qseq_test.fastq Tue Jun 07 17:42:46 2011 -0400
b
@@ -0,0 +1,160 @@
+@1:1:0:652:N
+TACTANGNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNTA
++1:1:0:652:N
+########################################
+@1:1:0:792:N
+CCCTTNTNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANCC
++1:1:0:792:N
+B#######################################
+@1:1:0:2004:N
+AGCTTNANANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANGT
++1:1:0:2004:N
+########################################
+@1:1:0:1386:N
+TACTGNGNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNAG
++1:1:0:1386:N
+########################################
+@1:1:0:1069:N
+CTGTTNTNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNCA
++1:1:0:1069:N
+########################################
+@1:1:0:704:N
+AGCTTNCNTNNNNNNNNNNNNNNCNNNNNNNNNNNNGNAG
++1:1:0:704:N
+9#######################################
+@1:1:0:462:N
+CTGTTNCNTNNNNNNNNNNNANNCNNNNNNNNNNNNGNAG
++1:1:0:462:N
+########################################
+@1:1:0:99:N
+CTGTTNCNTNNNNNNNNNNNANNCNNNNNNNNNNNGGNCG
++1:1:0:99:N
+B#######################################
+@1:1:0:297:N
+GCTTANCNGNNNNNNNNNNNTNTTNNNNNNNNNNTCGNGA
++1:1:0:297:N
+<#######################################
+@1:1:0:1097:N
+CCCTGNGCGNNNNNNNNNNNTNTTNNNNNNNNNNTCCTAG
++1:1:0:1097:N
+B#######################################
+@1:1:0:1739:N
+AGCTANTAANNNNNNNNNNNTNGANNNNNNNNNNGTTATC
++1:1:0:1739:N
+BC######################################
+@1:1:0:18:N
+CCGTTNCTGNNNNNNNNNNNGNCTNNNNNNNNNNGCTGAG
++1:1:0:18:N
+########################################
+@1:1:0:90:N
+GCTTCNACGNNNNNNNNNNNTNTTNNNNNNNNNNTCCTCT
++1:1:0:90:N
+########################################
+@1:1:0:123:N
+ATCTTNCCTNNNNNNNNNNNCNTTNNNNNNNNNNCCTCTC
++1:1:0:123:N
+########################################
+@1:1:0:188:N
+GCTTANCAGNNNNNNNNNNNGNTTNNNNNNNNNNGCCGAG
++1:1:0:188:N
+@#######################################
+@1:1:0:254:N
+GCTTANCCGNNNNNNNNNNNTNTTNNNNNNNNNNTCCTAG
++1:1:0:254:N
+########################################
+@1:1:0:268:N
+GCTTANCAGNNNNNNNNNNNGNTTNNNNNNNNNNGCCGAG
++1:1:0:268:N
+########################################
+@1:1:0:289:N
+GCTTANCCGNNNNNNNNNNNTNTTNNNNNNNNNNTCCTAT
++1:1:0:289:N
+########################################
+@1:1:0:447:N
+CCTTCNCCGNNNNNNNNNNNTNTTNNNNNNNNNNTCCTAG
++1:1:0:447:N
+########################################
+@1:1:0:505:N
+CTATANCCGNNNNNNNNNNNCNCCNNNNNNNNNNCGGCAT
++1:1:0:505:N
+########################################
+@1:1:0:570:N
+GAATANGTGNNNNNNNNNNNTNTCNNNNNNNNNNCCCCAA
++1:1:0:570:N
+########################################
+@1:1:0:643:N
+GTATTNCCTNNNNNNNNNNNANCCNNNNNNNNNNAGGCAG
++1:1:0:643:N
+?#######################################
+@1:1:0:773:N
+GCTTANCCGNNNNNNNNNNNTNTTNNNNNNNNNNTCCTAG
++1:1:0:773:N
+9#######################################
+@1:1:0:789:N
+GTTCTNGAANNNNNNNNNNNGNCGNNNNNNNNNNCAGTTT
++1:1:0:789:N
+########################################
+@1:1:0:799:N
+CCTTCNCCGNNNNNNNNNNNTNTTNNNNNNNNNNTCCTCT
++1:1:0:799:N
+########################################
+@1:1:0:867:N
+GTATANCAANNNNNNNNNNNTNTTNNNNNNNNNNTTCATC
++1:1:0:867:N
+B#######################################
+@1:1:0:888:N
+CTTTCNTGGNNNNNNNNNNNANAANNNNNNNNNNTTAACC
++1:1:0:888:N
+########################################
+@1:1:0:1092:N
+GTATANACGNNNNNNNNNNNTNATNNNNNNNNNNTCATTT
++1:1:0:1092:N
+B#######################################
+@1:1:0:1129:N
+GTATGNTTANNNNNNNNNNNCNTTNNNNNNNNNNACTTAA
++1:1:0:1129:N
+########################################
+@1:1:0:1206:N
+GCGTCNCCTNNNNNNNNNNNTNTTNNNNNNNNNNTCCTAG
++1:1:0:1206:N
+########################################
+@1:1:0:1229:N
+GNATGNATANNNNNNNNNNNCNTCNNNNNNNNNNCGGCAG
++1:1:0:1229:N
+########################################
+@1:1:0:1268:N
+TACTCNTCTNNNNNNNNNNNANCGNNNNNNNNNNAATTGG
++1:1:0:1268:N
+B#######################################
+@1:1:0:1349:N
+GTATTNGTANNNNNNNNNNNCNCTNNNNNNNNNNTCCCCA
++1:1:0:1349:N
+########################################
+@1:1:0:1382:N
+GCTTCNCCTNNNNNNNNNNNTNTTNNNNNNNNNNTCCTCT
++1:1:0:1382:N
+?#######################################
+@1:1:0:1415:N
+GATTCNCCTNNNNNNNNNNNCNTTNNNNNNNNNNCCTCGC
++1:1:0:1415:N
+########################################
+@1:1:0:1422:N
+CCCTCNTGTNNNNNNNNNNNTNTTNNNNNNNNNNTTTCTT
++1:1:0:1422:N
+B#######################################
+@1:1:0:1613:N
+TCTTCNCCTNNNNNNNNNNNTNTTNNNNNNNNNNTCCTCT
++1:1:0:1613:N
+:#######################################
+@1:1:0:1621:N
+CCTCTNCGCNNNNNNNNNNNANTTNNNNNNNNNNTCTATT
++1:1:0:1621:N
+########################################
+@1:1:0:1715:N
+GTATANCCGNNNNNNNNNNNCNCCNNNNNNNNNNTCCCAC
++1:1:0:1715:N
+A#######################################
+@1:1:0:1793:N
+GTATCNTGTNNNNNNNNNNNGNTTNNNNNNNNNNTAGTTT
++1:1:0:1793:N
+B#######################################
b
diff -r 000000000000 -r 6682236a1432 qseq2fastq/qseq_test.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/qseq2fastq/qseq_test.txt Tue Jun 07 17:42:46 2011 -0400
[
@@ -0,0 +1,40 @@
+HWI-EAS121 1 1 1 0 652 0 1 TACTA.G.T...........................T.TA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 792 0 1 CCCTT.T.T...........................A.CC aBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 2004 0 1 AGCTT.A.A...........................A.GT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 1386 0 1 TACTG.G.G...........................C.AG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 1069 0 1 CTGTT.T.G...........................G.CA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 704 0 1 AGCTT.C.T..............C............G.AG XBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 462 0 1 CTGTT.C.T...........A..C............G.AG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 99 0 1 CTGTT.C.T...........A..C...........GG.CG aBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 297 0 1 GCTTA.C.G...........T.TT..........TCG.GA [BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 1097 0 1 CCCTG.GCG...........T.TT..........TCCTAG aBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 1739 0 1 AGCTA.TAA...........T.GA..........GTTATC abBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 18 0 1 CCGTT.CTG...........G.CT..........GCTGAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 90 0 1 GCTTC.ACG...........T.TT..........TCCTCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 123 0 1 ATCTT.CCT...........C.TT..........CCTCTC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 188 0 1 GCTTA.CAG...........G.TT..........GCCGAG _BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 254 0 1 GCTTA.CCG...........T.TT..........TCCTAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 268 0 1 GCTTA.CAG...........G.TT..........GCCGAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 289 0 1 GCTTA.CCG...........T.TT..........TCCTAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 447 0 1 CCTTC.CCG...........T.TT..........TCCTAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 505 0 1 CTATA.CCG...........C.CC..........CGGCAT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 570 0 1 GAATA.GTG...........T.TC..........CCCCAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 643 0 1 GTATT.CCT...........A.CC..........AGGCAG ^BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 773 0 1 GCTTA.CCG...........T.TT..........TCCTAG XBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 789 0 1 GTTCT.GAA...........G.CG..........CAGTTT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 799 0 1 CCTTC.CCG...........T.TT..........TCCTCT BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 867 0 1 GTATA.CAA...........T.TT..........TTCATC aBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 888 0 1 CTTTC.TGG...........A.AA..........TTAACC BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 1092 0 1 GTATA.ACG...........T.AT..........TCATTT aBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 1129 0 1 GTATG.TTA...........C.TT..........ACTTAA BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 1206 0 1 GCGTC.CCT...........T.TT..........TCCTAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 1229 0 1 G.ATG.ATA...........C.TC..........CGGCAG BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
+HWI-EAS121 1 1 1 0 1268 0 1 TACTC.TCT...........A.CG..........AATTGG aBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 0
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