| Previous changeset 5:f7bb36b55a20 (2017-02-27) Next changeset 7:f1f715f5d2f3 (2017-04-07) |
|
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks commit 106c21592d6d70bfe699570394308ee6d2538d78 |
|
modified:
stacks_procrad.xml |
|
added:
test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fq.header |
| b |
| diff -r f7bb36b55a20 -r 2837e6ae4e18 stacks_procrad.xml --- a/stacks_procrad.xml Mon Feb 27 05:44:13 2017 -0500 +++ b/stacks_procrad.xml Thu Apr 06 18:17:36 2017 -0400 |
| b |
| @@ -60,6 +60,8 @@ $capture + $options_advanced.retain_header + #if str($options_advanced.truncate): -t $options_advanced.truncate #end if @@ -136,6 +138,7 @@ <param name="score" type="integer" value="10" argument="-s" label="Set the score limit. If the average score within the sliding window drops below this value, the read is discarded (default 10)" /> <param name="rescue" type="boolean" checked="false" truevalue="-r" falsevalue="" argument="-r" label="Rescue barcodes and RAD-Tags?"/> <param name="truncate" type="integer" value="" optional="True" argument="-t" label="Truncate final read length to this value" /> + <param name="retain_header" type="boolean" checked="false" truevalue="--retain_header" falsevalue="" argument="--retain_header" label="Retain unmodified FASTQ headers in the output" /> </section> <!-- Stacks can produce fastq.gz and fasta.gz output but we don't propose it as they are not very common datatypes in galaxy --> @@ -218,6 +221,31 @@ <param name="enzyme" value="ecoRI"/> <param name="discard" value="true"/> <param name="capture" value="true"/> + <param name="retain_header" value="true"/> + <output name="output_log" file="procrad/process_radtags.out" compare="sim_size"/> + <output_collection name="demultiplexed"> + <element name="PopA_01.1" compare="sim_size" file="demultiplexed/PopA_01.1.fq.header"/> + </output_collection> + <output_collection name="remaining"> + <element name="PopA_01.rem.1" compare="sim_size" file="demultiplexed/PopA_01.rem.1.fq"/> + </output_collection> + <output_collection name="discarded"> + <element name="R1"> + <assert_contents> + <has_text text="lane1_fakedata0_11" /> + </assert_contents> + </element> + </output_collection> + </test> + <test> + <param name="options_type_selector" value="paired"/> + <param name="inputs_paired1" ftype="fastqsanger" value="procrad/R1.fq"/> + <param name="inputs_paired2" ftype="fastqsanger" value="procrad/R2.fq"/> + <param name="barcode" value="procrad/barcodes"/> + <param name="options_enzyme_selector" value="1"/> + <param name="enzyme" value="ecoRI"/> + <param name="discard" value="true"/> + <param name="capture" value="true"/> <param name="outype" value="fasta"/> <output name="output_log" file="procrad/process_radtags.out" compare="sim_size"/> <output_collection name="demultiplexed"> |
| b |
| diff -r f7bb36b55a20 -r 2837e6ae4e18 test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fq.header --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fq.header Thu Apr 06 18:17:36 2017 -0400 |
| b |
| b'@@ -0,0 +1,264 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata00 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata01 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata02 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata03 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata04 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata05 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAGTCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata06 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata07 1:N:0:\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'BBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_0 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata70 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata71 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata72 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata73 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata74 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata75 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata76 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata77 1:N:0:\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n' |