Repository 'apoc'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/earlhaminst/apoc

Changeset 0:67d2a6f3b4e3 (2017-07-07)
Next changeset 1:451f90534945 (2020-10-22)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/TGAC/earlham-galaxytools/tree/master/tools/apoc/ commit d25418e6fe5eddd1a1cc68979e5898fb224feffe
added:
apoc.xml
test-data/apoc/1ha3A.pdb
test-data/apoc/1yr8A.pdb
test-data/apoc/3ec1A.pdb
test-data/apoc/query.lst
test-data/apoc/templ.lst
b
diff -r 000000000000 -r 67d2a6f3b4e3 apoc.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/apoc.xml Fri Jul 07 11:35:29 2017 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,191 @@\n+<tool id="apoc" name="APoc" version="1.0">\n+    <description>Large-scale identification of similar protein pockets</description>\n+    <requirements>\n+        <requirement type="package" version="1b16">apoc</requirement>\n+    </requirements>\n+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[\n+#if $templates_source.template_source_select == \'list\'\n+    #for $i, $s in enumerate( $templates_source.template )\n+        echo \'${s.input.file_name}\' >> templates_path &&\n+    #end for#\n+    paste -d "\\t" templates_path \'$templates_source.lt\' | awk \'{print $1"\\t"$3}\' > templates_list &&\n+#end if#\n+\n+#if $query_source.query_source_select == \'list\'\n+    #for $i, $s in enumerate( $query_source.query )\n+        echo \'${s.input.file_name}\' >> queries_path &&\n+    #end for#\n+    paste -d "\\t" queries_path \'$query_source.lq\' | awk \'{print $1"\\t"$3}\' > queries_list &&\n+#end if#\n+\n+apoc\n+-fa $fa\n+-pvol $pvol\n+-plen $plen\n+$alignment_option.sod\n+-v $alignment_option.v\n+-m $scoring_option.m\n+#if str($scoring_option.L)\n+    -L $scoring_option.L\n+#end if\n+$scoring_option.a\n+$scoring_option.b\n+$scoring_option.c\n+\n+#if $templates_source.template_source_select == \'list\'\n+    -lt templates_list\n+#else\n+    #if $templates_source.pt\n+        -pt \'$templates_source.pt\'\n+    #end if\n+    \'$templates_source.pdbfile1\'\n+#end if\n+\n+#if $query_source.query_source_select == \'list\'\n+    -lq queries_list\n+#else\n+    #if $query_source.pq\n+        -pq \'$query_source.pq\'\n+    #end if\n+    \'$query_source.pdbfile2\'\n+#end if\n+> $output_apoc\n+    ]]></command>\n+    <inputs>\n+        <conditional name="templates_source">\n+            <param name="template_source_select" type="select" label="Chose template source: pdb file or file with list of templates">\n+                <option value="pdbfile">pdb file</option>\n+                <option value="list">file with list of templates</option>\n+            </param>\n+            <when value="pdbfile">\n+                <param name="pdbfile1" type="data" format="pdb" label="First (template) structure for comparison" />\n+                <param argument="-pt" type="text" label="Names of pockets in the first (template) structure for comparison" optional="true" />\n+            </when>\n+            <when value="list">\n+                <param argument="-lt" type="data" format="data" label="List of templates to compare in a file" />\n+                <repeat name="template" title="pdb file from list of templates">\n+                    <param name="input" type="data" format="pdb" label="pdbfile" help="Load all pdb files in the same order as in the list of templates" />\n+                </repeat>\n+            </when>\n+        </conditional>\n+        <conditional name="query_source">\n+            <param name="query_source_select" type="select" label="Chose query source: pdb file or file with list of queries">\n+                <option value="pdbfile">pdb file </option>\n+                <option value="list">file with list of queries</option>\n+            </param>\n+            <when value="pdbfile">\n+                <param name="pdbfile2" type="data" format="pdb" label="Second (query) structure for comparison" />\n+                <param argument="-pq" type="text" optional="true" label="Names of pockets in the second (query) structure for comparison" />\n+            </when>\n+            <when value="list">\n+                <param argument="-lq" type="data" format="data" label="List of queries (targets) to compare in a file." />\n+                <repeat name="query" title="pdb file from list of queries">\n+                    <param name="input" type="data" format="pdb" label="pdbfile" help="Load all pdb files in the same order as in the list of queries" />\n+                </repeat>\n+            </when>\n+        </conditional>\n+        <param argument="-fa" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" checked="true" label="Global structure alignment" />\n+        <param argument="-pvol" type="integer" value="1000" label="Minimal pock'..b' name="pdbfile1" value="apoc/1ha3A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="query_source_select" value="pdbfile" />\n+            <param name="pdbfile2" value="apoc/3ec1A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <output name="output_apoc">\n+                <assert_contents>\n+                    <has_text_matching expression="PDB\\s*files\\s*loaded" />\n+                </assert_contents>\n+            </output>\n+        </test>\n+        <test>\n+            <param name="template_source_select" value="list" />\n+            <param name="lt" value="apoc/templ.lst" />\n+            <param name="template_0|input" value="apoc/1ha3A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="template_1|input" value="apoc/3ec1A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="template_2|input" value="apoc/1yr8A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="query_source_select" value="pdbfile" />\n+            <param name="pdbfile2" value="apoc/1yr8A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <output name="output_apoc">\n+                <assert_contents>\n+                    <has_text_matching expression="PDB\\s*files\\s*loaded" />\n+                </assert_contents>\n+            </output>\n+        </test>\n+        <test>\n+            <param name="template_source_select" value="list" />\n+            <param name="lt" value="apoc/templ.lst" />\n+            <param name="template_0|input" value="apoc/1ha3A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="template_1|input" value="apoc/3ec1A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="template_2|input" value="apoc/1yr8A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="query_source_select" value="pdbfile" />\n+            <param name="pdbfile2" value="apoc/1ha3A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="pq" value="1ha3_GDP_A_406" />\n+            <output name="output_apoc">\n+                <assert_contents>\n+                    <has_text_matching expression="PDB\\s*files\\s*loaded" />\n+                </assert_contents>\n+            </output>\n+        </test>\n+        <test>\n+            <param name="template_source_select" value="list" />\n+            <param name="lt" value="apoc/templ.lst" />\n+            <param name="template_0|input" value="apoc/1ha3A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="template_1|input" value="apoc/3ec1A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="template_2|input" value="apoc/1yr8A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="query_source_select" value="list" />\n+            <param name="lq" value="apoc/query.lst" />\n+            <param name="query_0|input" value="apoc/3ec1A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <output name="output_apoc">\n+                <assert_contents>\n+                    <has_text_matching expression="PDB\\s*files\\s*loaded" />\n+                </assert_contents>\n+            </output>\n+        </test>\n+    </tests>\n+    <help><![CDATA[\n+***********\n+Description\n+***********\n+\n+APoc may be used to compare two pockets, a pocket against a set of pockets, or\n+all-against-all between two sets of pockets. If you supply two structures to compare,\n+the first structure is the template and the second structure is the query (or target).\n+\n+For each pair of structures, the program first performs a global structural comparison in\n+sequential order using a standard TM-align algoritm. One may elect to bypass the global alignment\n+to accelerate comparison. If no pocket found in the pdb structures, the program becomes a normal\n+TM-align or stop if one chooses to bypass the global alignment. If there are pockets detected\n+in the input files, it will compare pockets in sequential-order-independent manner by default.\n+\n+The ouput is arranged in pairs of structures compared. For each pair, the first alignment is the\n+global alignment, followed by all-againat-all alignment of selected pockets. If you want a concise\n+output without detailed alignment, add the "-v 0" option.\n+    ]]></help>\n+    <citations>\n+        <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btt024</citation>\n+    </citations>\n+</tool>\n'
b
diff -r 000000000000 -r 67d2a6f3b4e3 test-data/apoc/1ha3A.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/apoc/1ha3A.pdb Fri Jul 07 11:35:29 2017 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,3428 @@\n+ATOM      1  N   GLY A   3      15.776  26.844  33.186  1.00 47.89           N  \n+ATOM      2  CA  GLY A   3      15.323  25.463  33.522  1.00 47.66           C  \n+ATOM      3  C   GLY A   3      16.407  24.661  34.217  1.00 47.01           C  \n+ATOM      4  O   GLY A   3      17.527  24.557  33.717  1.00 47.90           O  \n+ATOM      5  N   GLU A   4      16.077  24.094  35.372  1.00 45.31           N  \n+ATOM      6  CA  GLU A   4      17.034  23.300  36.132  1.00 43.98           C  \n+ATOM      7  C   GLU A   4      16.645  21.834  36.189  1.00 40.79           C  \n+ATOM      8  O   GLU A   4      15.472  21.482  36.080  1.00 39.00           O  \n+ATOM      9  CB  GLU A   4      17.143  23.814  37.567  1.00 47.53           C  \n+ATOM     10  CG  GLU A   4      17.754  25.190  37.705  1.00 54.03           C  \n+ATOM     11  CD  GLU A   4      17.903  25.602  39.154  1.00 57.40           C  \n+ATOM     12  OE1 GLU A   4      18.604  24.891  39.906  1.00 58.82           O  \n+ATOM     13  OE2 GLU A   4      17.316  26.636  39.542  1.00 60.96           O  \n+ATOM     14  N   PHE A   5      17.643  20.979  36.360  1.00 38.35           N  \n+ATOM     15  CA  PHE A   5      17.393  19.552  36.441  1.00 36.07           C  \n+ATOM     16  C   PHE A   5      17.774  19.109  37.845  1.00 34.54           C  \n+ATOM     17  O   PHE A   5      18.896  19.339  38.291  1.00 34.52           O  \n+ATOM     18  CB  PHE A   5      18.218  18.786  35.408  1.00 36.11           C  \n+ATOM     19  CG  PHE A   5      18.020  17.297  35.467  1.00 36.98           C  \n+ATOM     20  CD1 PHE A   5      18.633  16.538  36.461  1.00 35.46           C  \n+ATOM     21  CD2 PHE A   5      17.188  16.658  34.555  1.00 38.03           C  \n+ATOM     22  CE1 PHE A   5      18.418  15.165  36.547  1.00 37.63           C  \n+ATOM     23  CE2 PHE A   5      16.966  15.283  34.633  1.00 39.70           C  \n+ATOM     24  CZ  PHE A   5      17.583  14.536  35.632  1.00 38.40           C  \n+ATOM     25  N   ILE A   6      16.837  18.475  38.538  1.00 33.49           N  \n+ATOM     26  CA  ILE A   6      17.088  18.008  39.894  1.00 32.78           C  \n+ATOM     27  C   ILE A   6      17.167  16.489  39.915  1.00 30.75           C  \n+ATOM     28  O   ILE A   6      16.224  15.808  39.522  1.00 30.92           O  \n+ATOM     29  CB  ILE A   6      15.958  18.441  40.858  1.00 33.79           C  \n+ATOM     30  CG1 ILE A   6      15.598  19.912  40.632  1.00 35.79           C  \n+ATOM     31  CG2 ILE A   6      16.394  18.219  42.294  1.00 32.34           C  \n+ATOM     32  CD1 ILE A   6      16.730  20.879  40.882  1.00 37.93           C  \n+ATOM     33  N   ARG A   7      18.293  15.959  40.375  1.00 29.17           N  \n+ATOM     34  CA  ARG A   7      18.474  14.515  40.443  1.00 29.78           C  \n+ATOM     35  C   ARG A   7      17.577  13.967  41.558  1.00 30.99           C  \n+ATOM     36  O   ARG A   7      17.716  14.362  42.717  1.00 31.78           O  \n+ATOM     37  CB  ARG A   7      19.946  14.198  40.726  1.00 29.33           C  \n+ATOM     38  CG  ARG A   7      20.272  12.717  40.793  1.00 29.00           C  \n+ATOM     39  CD  ARG A   7      21.769  12.484  40.971  1.00 27.50           C  \n+ATOM     40  NE  ARG A   7      22.544  12.954  39.823  1.00 26.32           N  \n+ATOM     41  CZ  ARG A   7      23.268  14.070  39.804  1.00 28.71           C  \n+ATOM     42  NH1 ARG A   7      23.331  14.853  40.878  1.00 26.96           N  \n+ATOM     43  NH2 ARG A   7      23.931  14.406  38.705  1.00 27.44           N  \n+ATOM     44  N   THR A   8      16.661  13.064  41.206  1.00 30.75           N  \n+ATOM     45  CA  THR A   8      15.743  12.477  42.184  1.00 31.73           C  \n+ATOM     46  C   THR A   8      15.547  10.960  42.069  1.00 31.76           C  \n+ATOM     47  O   THR A   8      15.087  10.318  43.012  1.00 35.02           O  \n+ATOM     48  CB  THR A   8      14.353  13.118  42.081  1.00 32.30           C  \n+ATOM     49  OG1 THR A   8      13.820  12.'..b'386      42.617  -1.098  22.383  1.00 19.50           C  \n+ATOM   2924  CD1 PHE A 386      42.896  -1.705  21.157  1.00 18.47           C  \n+ATOM   2925  CD2 PHE A 386      43.514  -1.267  23.433  1.00 18.83           C  \n+ATOM   2926  CE1 PHE A 386      44.054  -2.465  20.982  1.00 21.07           C  \n+ATOM   2927  CE2 PHE A 386      44.676  -2.027  23.269  1.00 20.03           C  \n+ATOM   2928  CZ  PHE A 386      44.948  -2.626  22.045  1.00 19.43           C  \n+ATOM   2929  N   ALA A 387      39.241  -1.838  20.875  1.00 21.14           N  \n+ATOM   2930  CA  ALA A 387      38.962  -2.818  19.844  1.00 21.02           C  \n+ATOM   2931  C   ALA A 387      39.790  -2.454  18.633  1.00 20.52           C  \n+ATOM   2932  O   ALA A 387      40.233  -1.310  18.485  1.00 18.22           O  \n+ATOM   2933  CB  ALA A 387      37.480  -2.812  19.481  1.00 19.15           C  \n+ATOM   2942  N   ARG A 389      39.740  -2.654  14.457  1.00 19.65           N  \n+ATOM   2943  CA  ARG A 389      38.899  -2.883  13.293  1.00 20.81           C  \n+ATOM   2944  C   ARG A 389      39.629  -2.476  12.029  1.00 20.69           C  \n+ATOM   2945  O   ARG A 389      40.463  -1.573  12.040  1.00 20.12           O  \n+ATOM   2946  CB  ARG A 389      37.605  -2.073  13.396  1.00 20.93           C  \n+ATOM   2947  CG  ARG A 389      36.656  -2.561  14.462  1.00 25.41           C  \n+ATOM   2948  CD  ARG A 389      35.611  -1.514  14.774  1.00 30.75           C  \n+ATOM   2949  NE  ARG A 389      34.757  -1.216  13.633  1.00 33.55           N  \n+ATOM   2950  CZ  ARG A 389      33.806  -2.021  13.177  1.00 35.73           C  \n+ATOM   2951  NH1 ARG A 389      33.580  -3.189  13.762  1.00 37.00           N  \n+ATOM   2952  NH2 ARG A 389      33.065  -1.646  12.144  1.00 35.45           N  \n+ATOM   2970  N   ARG A 393      35.116  -3.987   9.866  1.00 33.88           N  \n+ATOM   2971  CA  ARG A 393      35.184  -5.349  10.396  1.00 30.59           C  \n+ATOM   2972  C   ARG A 393      36.047  -5.460  11.660  1.00 28.03           C  \n+ATOM   2973  O   ARG A 393      37.217  -5.085  11.654  1.00 25.14           O  \n+ATOM   2974  CB  ARG A 393      35.714  -6.306   9.322  1.00 32.38           C  \n+ATOM   2975  CG  ARG A 393      36.451  -7.511   9.888  1.00 33.06           C  \n+ATOM   2976  CD  ARG A 393      36.103  -8.797   9.172  1.00 37.69           C  \n+ATOM   2977  NE  ARG A 393      36.353  -8.750   7.736  1.00 38.44           N  \n+ATOM   2978  CZ  ARG A 393      36.189  -9.794   6.928  1.00 40.20           C  \n+ATOM   2979  NH1 ARG A 393      35.781 -10.954   7.426  1.00 41.48           N  \n+ATOM   2980  NH2 ARG A 393      36.424  -9.682   5.629  1.00 38.30           N  \n+ATOM   2981  N   THR A 394      35.467  -5.982  12.739  1.00 26.33           N  \n+ATOM   2982  CA  THR A 394      36.199  -6.135  13.999  1.00 25.84           C  \n+ATOM   2983  C   THR A 394      37.162  -7.316  13.893  1.00 24.96           C  \n+ATOM   2984  O   THR A 394      36.735  -8.452  13.693  1.00 27.11           O  \n+ATOM   2985  CB  THR A 394      35.241  -6.388  15.181  1.00 23.56           C  \n+ATOM   2986  OG1 THR A 394      34.263  -5.342  15.238  1.00 24.84           O  \n+ATOM   2987  CG2 THR A 394      36.020  -6.410  16.499  1.00 23.80           C  \n+ATOM   2999  N   ALA A 397      40.579  -7.567  19.884  1.00 23.20           N  \n+ATOM   3000  CA  ALA A 397      40.154  -6.984  21.155  1.00 22.07           C  \n+ATOM   3001  C   ALA A 397      41.398  -6.917  22.041  1.00 23.59           C  \n+ATOM   3002  O   ALA A 397      41.995  -7.944  22.346  1.00 23.07           O  \n+ATOM   3003  CB  ALA A 397      39.097  -7.860  21.808  1.00 24.03           C  \n+ATOM   3004  N   GLY A 398      41.799  -5.719  22.450  1.00 22.59           N  \n+ATOM   3005  CA  GLY A 398      42.978  -5.626  23.285  1.00 23.83           C  \n+ATOM   3006  C   GLY A 398      42.825  -4.830  24.563  1.00 23.95           C  \n+ATOM   3007  O   GLY A 398      41.785  -4.230  24.824  1.00 24.06           O  \n+TER\n'
b
diff -r 000000000000 -r 67d2a6f3b4e3 test-data/apoc/1yr8A.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/apoc/1yr8A.pdb Fri Jul 07 11:35:29 2017 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,2117 @@\n+ATOM      1  N   ALA A 499       9.569  48.956  32.795  1.00 54.04           N  \n+ATOM      2  CA  ALA A 499       8.762  48.414  31.668  1.00 54.72           C  \n+ATOM      3  C   ALA A 499       7.472  47.825  32.235  1.00 55.27           C  \n+ATOM      4  O   ALA A 499       6.373  48.123  31.762  1.00 55.81           O  \n+ATOM      5  CB  ALA A 499       9.557  47.360  30.934  1.00 54.80           C  \n+ATOM      6  N   SER A 500       7.641  46.966  33.241  1.00 55.17           N  \n+ATOM      7  CA  SER A 500       6.605  46.602  34.204  1.00 53.90           C  \n+ATOM      8  C   SER A 500       5.159  46.742  33.724  1.00 52.87           C  \n+ATOM      9  O   SER A 500       4.719  47.842  33.363  1.00 53.53           O  \n+ATOM     10  CB  SER A 500       6.823  47.414  35.480  1.00 54.61           C  \n+ATOM     11  OG  SER A 500       8.217  47.554  35.728  1.00 55.05           O  \n+ATOM     12  N   MET A   1       4.440  45.612  33.746  1.00 49.88           N  \n+ATOM     13  CA  MET A   1       3.045  45.500  33.295  1.00 46.81           C  \n+ATOM     14  C   MET A   1       2.589  44.020  33.353  1.00 43.33           C  \n+ATOM     15  O   MET A   1       3.246  43.136  32.786  1.00 41.72           O  \n+ATOM     16  CB  MET A   1       2.884  46.059  31.876  1.00 46.87           C  \n+ATOM     17  CG  MET A   1       1.561  46.790  31.607  1.00 47.19           C  \n+ATOM     18  SD  MET A   1       1.486  47.553  29.949  1.00 48.43           S  \n+ATOM     19  CE  MET A   1       3.205  47.911  29.616  1.00 47.82           C  \n+ATOM     20  N   ILE A   2       1.476  43.764  34.046  1.00 39.57           N  \n+ATOM     21  CA  ILE A   2       0.959  42.400  34.227  1.00 35.74           C  \n+ATOM     22  C   ILE A   2      -0.418  42.196  33.619  1.00 33.73           C  \n+ATOM     23  O   ILE A   2      -1.313  43.040  33.746  1.00 32.79           O  \n+ATOM     24  CB  ILE A   2       0.885  41.995  35.714  1.00 36.38           C  \n+ATOM     25  CG1 ILE A   2       2.246  42.162  36.403  1.00 34.39           C  \n+ATOM     26  CG2 ILE A   2       0.372  40.549  35.875  1.00 35.86           C  \n+ATOM     27  CD1 ILE A   2       2.195  41.857  37.861  1.00 34.59           C  \n+ATOM     28  N   VAL A   3      -0.585  41.050  32.970  1.00 31.60           N  \n+ATOM     29  CA  VAL A   3      -1.832  40.708  32.296  1.00 29.73           C  \n+ATOM     30  C   VAL A   3      -2.258  39.317  32.792  1.00 29.05           C  \n+ATOM     31  O   VAL A   3      -1.533  38.342  32.627  1.00 28.87           O  \n+ATOM     32  CB  VAL A   3      -1.654  40.739  30.730  1.00 29.56           C  \n+ATOM     33  CG1 VAL A   3      -2.974  40.564  29.998  1.00 29.02           C  \n+ATOM     34  CG2 VAL A   3      -0.970  42.034  30.266  1.00 27.71           C  \n+ATOM     35  N   VAL A   4      -3.421  39.235  33.420  1.00 28.63           N  \n+ATOM     36  CA  VAL A   4      -3.900  37.976  33.982  1.00 28.71           C  \n+ATOM     37  C   VAL A   4      -4.996  37.401  33.082  1.00 28.78           C  \n+ATOM     38  O   VAL A   4      -5.987  38.071  32.820  1.00 29.74           O  \n+ATOM     39  CB  VAL A   4      -4.431  38.176  35.436  1.00 28.77           C  \n+ATOM     40  CG1 VAL A   4      -4.504  36.881  36.158  1.00 25.34           C  \n+ATOM     41  CG2 VAL A   4      -3.541  39.168  36.233  1.00 29.14           C  \n+ATOM     42  N   PHE A   5      -4.786  36.195  32.560  1.00 28.61           N  \n+ATOM     43  CA  PHE A   5      -5.790  35.521  31.746  1.00 30.17           C  \n+ATOM     44  C   PHE A   5      -6.692  34.617  32.581  1.00 30.46           C  \n+ATOM     45  O   PHE A   5      -6.254  33.653  33.165  1.00 30.20           O  \n+ATOM     46  CB  PHE A   5      -5.156  34.759  30.570  1.00 30.33           C  \n+ATOM     47  CG  PHE A   5      -4.659  35.665  29.489  1.00 30.00           C  \n+ATOM     48  CD1 PHE A   5      -5.524  36.151  28.530  1.00 30.04           C  \n+ATOM     49  CD2 PHE A   5      -3.342  36.'..b'104      -9.799  26.038  35.330  1.00 46.36           C  \n+ATOM    861  O   GLY A 104     -10.809  26.383  34.709  1.00 48.12           O  \n+ATOM   1357  N   ASN A 165     -12.528  34.220  22.700  1.00 40.32           N  \n+ATOM   1358  CA  ASN A 165     -11.410  33.590  22.046  1.00 41.36           C  \n+ATOM   1359  C   ASN A 165     -11.910  32.641  20.960  1.00 41.25           C  \n+ATOM   1360  O   ASN A 165     -13.076  32.252  20.972  1.00 42.13           O  \n+ATOM   1361  CB  ASN A 165     -10.578  32.838  23.084  1.00 42.56           C  \n+ATOM   1362  CG  ASN A 165      -9.245  32.375  22.539  1.00 42.64           C  \n+ATOM   1363  OD1 ASN A 165      -8.730  31.338  22.950  1.00 45.48           O  \n+ATOM   1364  ND2 ASN A 165      -8.685  33.131  21.604  1.00 41.32           N  \n+ATOM   1365  N   LYS A 166     -11.041  32.299  20.012  1.00 41.49           N  \n+ATOM   1366  CA  LYS A 166     -11.352  31.338  18.942  1.00 41.46           C  \n+ATOM   1367  C   LYS A 166     -12.398  31.853  17.960  1.00 41.85           C  \n+ATOM   1368  O   LYS A 166     -13.174  31.072  17.415  1.00 42.11           O  \n+ATOM   1369  CB  LYS A 166     -11.800  29.999  19.527  1.00 41.00           C  \n+ATOM   1370  CG  LYS A 166     -10.796  29.395  20.476  1.00 40.84           C  \n+ATOM   1371  CD  LYS A 166     -11.458  28.501  21.474  1.00 42.16           C  \n+ATOM   1372  CE  LYS A 166     -11.293  27.044  21.114  1.00 41.50           C  \n+ATOM   1373  NZ  LYS A 166     -11.709  26.212  22.275  1.00 42.65           N  \n+ATOM   1381  N   ASP A 168     -11.865  32.798  15.158  1.00 43.53           N  \n+ATOM   1382  CA  ASP A 168     -11.497  32.322  13.830  1.00 44.79           C  \n+ATOM   1383  C   ASP A 168     -12.370  31.124  13.420  1.00 45.99           C  \n+ATOM   1384  O   ASP A 168     -12.396  30.720  12.250  1.00 46.39           O  \n+ATOM   1385  CB  ASP A 168     -10.033  31.907  13.832  1.00 44.54           C  \n+ATOM   1386  CG  ASP A 168      -9.710  30.963  14.970  1.00 45.16           C  \n+ATOM   1387  OD1 ASP A 168      -9.358  31.463  16.061  1.00 45.01           O  \n+ATOM   1388  OD2 ASP A 168      -9.840  29.729  14.792  1.00 44.72           O  \n+ATOM   1389  N   LEU A 169     -13.066  30.564  14.404  1.00 47.21           N  \n+ATOM   1390  CA  LEU A 169     -13.960  29.423  14.226  1.00 48.49           C  \n+ATOM   1391  C   LEU A 169     -15.373  29.912  13.947  1.00 49.85           C  \n+ATOM   1392  O   LEU A 169     -16.282  29.118  13.688  1.00 49.64           O  \n+ATOM   1393  CB  LEU A 169     -13.976  28.574  15.493  1.00 47.28           C  \n+ATOM   1394  CG  LEU A 169     -12.623  27.926  15.733  1.00 47.56           C  \n+ATOM   1395  CD1 LEU A 169     -12.670  26.916  16.893  1.00 46.88           C  \n+ATOM   1396  CD2 LEU A 169     -12.173  27.279  14.425  1.00 46.78           C  \n+ATOM   1850  N   ALA A 224      -5.840  32.970  19.167  1.00 34.50           N  \n+ATOM   1851  CA  ALA A 224      -4.465  32.479  19.195  1.00 35.96           C  \n+ATOM   1852  C   ALA A 224      -4.016  32.046  17.808  1.00 37.21           C  \n+ATOM   1853  O   ALA A 224      -2.853  32.157  17.472  1.00 38.67           O  \n+ATOM   1854  CB  ALA A 224      -4.324  31.302  20.180  1.00 36.09           C  \n+ATOM   1855  N   LYS A 225      -4.952  31.551  17.004  1.00 38.50           N  \n+ATOM   1856  CA  LYS A 225      -4.646  31.012  15.674  1.00 37.90           C  \n+ATOM   1857  C   LYS A 225      -4.425  32.079  14.592  1.00 36.98           C  \n+ATOM   1858  O   LYS A 225      -3.556  31.903  13.751  1.00 38.11           O  \n+ATOM   1859  CB  LYS A 225      -5.727  30.004  15.273  1.00 38.33           C  \n+ATOM   1860  CG  LYS A 225      -5.700  29.469  13.851  1.00 39.83           C  \n+ATOM   1861  CD  LYS A 225      -7.013  28.685  13.627  1.00 39.57           C  \n+ATOM   1862  CE  LYS A 225      -7.130  28.106  12.240  1.00 41.07           C  \n+ATOM   1863  NZ  LYS A 225      -6.399  26.811  12.077  1.00 40.84           N  \n+TER\n'
b
diff -r 000000000000 -r 67d2a6f3b4e3 test-data/apoc/3ec1A.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/apoc/3ec1A.pdb Fri Jul 07 11:35:29 2017 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,2536 @@\n+ATOM      1  N   ASP A  59      13.436  24.747  15.084  1.00 85.35           N  \n+ATOM      2  CA  ASP A  59      11.976  25.048  15.170  1.00 86.27           C  \n+ATOM      3  C   ASP A  59      11.343  25.442  13.835  1.00 84.15           C  \n+ATOM      4  O   ASP A  59      10.135  25.677  13.757  1.00 82.86           O  \n+ATOM      5  CB  ASP A  59      11.696  26.111  16.248  1.00 88.80           C  \n+ATOM      6  CG  ASP A  59      12.532  27.379  16.079  1.00 91.67           C  \n+ATOM      7  OD1 ASP A  59      13.490  27.398  15.275  1.00 92.28           O  \n+ATOM      8  OD2 ASP A  59      12.229  28.371  16.775  1.00 93.09           O  \n+ATOM      9  N   ASP A  60      12.165  25.518  12.791  1.00 81.60           N  \n+ATOM     10  CA  ASP A  60      11.687  25.855  11.453  1.00 77.67           C  \n+ATOM     11  C   ASP A  60      10.983  24.629  10.875  1.00 74.73           C  \n+ATOM     12  O   ASP A  60      10.003  24.753  10.137  1.00 71.22           O  \n+ATOM     13  CB  ASP A  60      12.859  26.264  10.552  1.00 81.26           C  \n+ATOM     14  CG  ASP A  60      12.733  27.689  10.020  1.00 87.16           C  \n+ATOM     15  OD1 ASP A  60      11.910  28.471  10.546  1.00 87.69           O  \n+ATOM     16  OD2 ASP A  60      13.471  28.032   9.069  1.00 87.29           O  \n+ATOM     17  N   PHE A  61      11.490  23.447  11.221  1.00 70.56           N  \n+ATOM     18  CA  PHE A  61      10.909  22.191  10.760  1.00 69.82           C  \n+ATOM     19  C   PHE A  61       9.524  21.997  11.371  1.00 71.28           C  \n+ATOM     20  O   PHE A  61       8.636  21.412  10.744  1.00 70.50           O  \n+ATOM     21  CB  PHE A  61      11.805  21.009  11.133  1.00 72.60           C  \n+ATOM     22  CG  PHE A  61      12.941  20.771  10.174  1.00 71.63           C  \n+ATOM     23  CD1 PHE A  61      14.219  21.250  10.447  1.00 71.45           C  \n+ATOM     24  CD2 PHE A  61      12.739  20.031   9.013  1.00 72.36           C  \n+ATOM     25  CE1 PHE A  61      15.281  20.990   9.578  1.00 68.59           C  \n+ATOM     26  CE2 PHE A  61      13.793  19.766   8.139  1.00 66.13           C  \n+ATOM     27  CZ  PHE A  61      15.064  20.247   8.423  1.00 66.73           C  \n+ATOM     28  N   LEU A  62       9.353  22.485  12.600  1.00 71.06           N  \n+ATOM     29  CA  LEU A  62       8.077  22.389  13.309  1.00 66.67           C  \n+ATOM     30  C   LEU A  62       7.016  23.247  12.636  1.00 59.51           C  \n+ATOM     31  O   LEU A  62       5.901  22.783  12.384  1.00 56.02           O  \n+ATOM     32  CB  LEU A  62       8.240  22.812  14.769  1.00 72.71           C  \n+ATOM     33  CG  LEU A  62       8.925  21.798  15.686  1.00 78.20           C  \n+ATOM     34  CD1 LEU A  62      10.139  22.421  16.358  1.00 79.71           C  \n+ATOM     35  CD2 LEU A  62       7.927  21.299  16.722  1.00 81.77           C  \n+ATOM     36  N   SER A  63       7.363  24.499  12.347  1.00 54.49           N  \n+ATOM     37  CA  SER A  63       6.435  25.405  11.680  1.00 55.86           C  \n+ATOM     38  C   SER A  63       6.074  24.804  10.324  1.00 54.03           C  \n+ATOM     39  O   SER A  63       4.918  24.853   9.899  1.00 53.25           O  \n+ATOM     40  CB  SER A  63       7.053  26.799  11.512  1.00 55.25           C  \n+ATOM     41  OG  SER A  63       8.294  26.743  10.831  1.00 59.92           O  \n+ATOM     42  N   MET A  64       7.068  24.196   9.676  1.00 55.90           N  \n+ATOM     43  CA  MET A  64       6.876  23.550   8.381  1.00 54.70           C  \n+ATOM     44  C   MET A  64       5.924  22.364   8.537  1.00 53.55           C  \n+ATOM     45  O   MET A  64       4.931  22.265   7.822  1.00 50.16           O  \n+ATOM     46  CB  MET A  64       8.216  23.081   7.816  1.00 56.21           C  \n+ATOM     47  CG  MET A  64       8.106  22.349   6.487  1.00 63.90           C  \n+ATOM     48  SD  MET A  64       9.698  21.759   5.884  1.00 73.53           S  \n+ATOM     49  CE  MET A  64       9.947  20.'..b'175      15.408  10.352  -0.832  1.00 22.11           N  \n+ATOM    893  CA  LYS A 175      14.432  11.367  -1.219  1.00 29.40           C  \n+ATOM    894  C   LYS A 175      14.825  12.206  -2.432  1.00 29.50           C  \n+ATOM    895  O   LYS A 175      13.985  12.484  -3.290  1.00 32.37           O  \n+ATOM    896  CB  LYS A 175      14.043  12.277  -0.037  1.00 22.20           C  \n+ATOM    897  CG  LYS A 175      12.887  13.204  -0.400  1.00 25.86           C  \n+ATOM    898  CD  LYS A 175      12.087  13.700   0.792  1.00 26.19           C  \n+ATOM    899  CE  LYS A 175      12.868  14.677   1.643  1.00 24.34           C  \n+ATOM    900  NZ  LYS A 175      13.572  15.731   0.823  1.00 31.47           N  \n+ATOM    901  N   SER A 176      16.096  12.586  -2.514  1.00 28.15           N  \n+ATOM    902  CA  SER A 176      16.599  13.384  -3.628  1.00 29.75           C  \n+ATOM    903  C   SER A 176      16.607  12.600  -4.936  1.00 28.49           C  \n+ATOM    904  O   SER A 176      16.316  13.146  -5.994  1.00 33.50           O  \n+ATOM    905  CB  SER A 176      18.003  13.894  -3.322  1.00 25.40           C  \n+ATOM    906  OG  SER A 176      17.976  14.773  -2.214  1.00 48.23           O  \n+ATOM    907  N   THR A 177      16.947  11.320  -4.861  1.00 27.88           N  \n+ATOM    908  CA  THR A 177      16.980  10.482  -6.048  1.00 25.53           C  \n+ATOM    909  C   THR A 177      15.542  10.278  -6.523  1.00 28.07           C  \n+ATOM    910  O   THR A 177      15.250  10.351  -7.710  1.00 30.24           O  \n+ATOM    911  CB  THR A 177      17.637   9.133  -5.737  1.00 27.20           C  \n+ATOM    912  OG1 THR A 177      18.835   9.360  -4.986  1.00 24.17           O  \n+ATOM    913  CG2 THR A 177      17.998   8.409  -7.021  1.00 28.07           C  \n+ATOM   1243  N   GLY A 221      15.136  17.611   2.809  1.00 57.05           N  \n+ATOM   1244  CA  GLY A 221      15.544  16.228   2.945  1.00 66.75           C  \n+ATOM   1245  C   GLY A 221      16.185  15.991   4.272  1.00 74.75           C  \n+ATOM   1246  O   GLY A 221      16.390  14.863   4.707  1.00 78.61           O  \n+ATOM   1406  N   THR A 241      26.849   0.369   2.696  1.00 70.05           N  \n+ATOM   1407  CA  THR A 241      25.909   0.500   1.587  1.00 70.74           C  \n+ATOM   1408  C   THR A 241      26.175  -0.524   0.477  1.00 68.45           C  \n+ATOM   1409  O   THR A 241      27.287  -0.626  -0.046  1.00 70.90           O  \n+ATOM   1410  CB  THR A 241      25.950   1.944   1.004  1.00 74.46           C  \n+ATOM   1411  OG1 THR A 241      25.006   2.767   1.702  1.00 77.25           O  \n+ATOM   1412  CG2 THR A 241      25.651   1.964  -0.503  1.00 73.69           C  \n+ATOM   1413  N   PRO A 242      25.157  -1.328   0.136  1.00 62.94           N  \n+ATOM   1414  CA  PRO A 242      25.289  -2.341  -0.914  1.00 63.26           C  \n+ATOM   1415  C   PRO A 242      25.216  -1.725  -2.311  1.00 64.09           C  \n+ATOM   1416  O   PRO A 242      24.472  -0.769  -2.544  1.00 61.67           O  \n+ATOM   1417  CB  PRO A 242      24.080  -3.250  -0.666  1.00 63.48           C  \n+ATOM   1418  CG  PRO A 242      23.725  -3.004   0.770  1.00 59.67           C  \n+ATOM   1419  CD  PRO A 242      23.912  -1.525   0.889  1.00 58.33           C  \n+ATOM   1420  N   LYS A 243      26.010  -2.261  -3.230  1.00 66.91           N  \n+ATOM   1421  CA  LYS A 243      26.010  -1.786  -4.606  1.00 69.50           C  \n+ATOM   1422  C   LYS A 243      24.912  -2.514  -5.376  1.00 69.18           C  \n+ATOM   1423  O   LYS A 243      24.272  -1.940  -6.260  1.00 72.10           O  \n+ATOM   1424  CB  LYS A 243      27.368  -2.051  -5.272  1.00 75.62           C  \n+ATOM   1425  CG  LYS A 243      28.460  -1.044  -4.915  1.00 83.63           C  \n+ATOM   1426  CD  LYS A 243      29.674  -1.705  -4.265  1.00 88.80           C  \n+ATOM   1427  CE  LYS A 243      30.363  -2.713  -5.190  1.00 92.18           C  \n+ATOM   1428  NZ  LYS A 243      30.958  -2.108  -6.421  1.00 90.91           N  \n+TER\n'
b
diff -r 000000000000 -r 67d2a6f3b4e3 test-data/apoc/query.lst
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/apoc/query.lst Fri Jul 07 11:35:29 2017 -0400
b
@@ -0,0 +1,1 @@
+3ec1A.pdb 3ec1_GDP_A_900
b
diff -r 000000000000 -r 67d2a6f3b4e3 test-data/apoc/templ.lst
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/apoc/templ.lst Fri Jul 07 11:35:29 2017 -0400
b
@@ -0,0 +1,3 @@
+1ha3A.pdb 1ha3_GDP_A_406,1ha3_MAU_A_408
+3ec1A.pdb 3ec1_GDP_A_900
+1yr8A.pdb 1yr8_GTP_A_401