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Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tool_collections/samtools/samtools_markdup commit 0fe00966500158720fb63dc9b28f6a4ca0d1e1eb |
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added:
macros.xml samtools_markdup.xml test-data/5_markdup.expected.bam test-data/5_markdup.expected.sam test-data/5_markdup.sam test-data/6_remove_dups.expected.bam test-data/6_remove_dups.expected.sam test-data/6_remove_dups.sam test-data/7_mark_supp_dup.bam test-data/7_mark_supp_dup.expected.bam test-data/7_mark_supp_dup.expected.sam test-data/7_mark_supp_dup.sam |
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| diff -r 000000000000 -r 046cbf29795a macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Fri Sep 28 04:29:07 2018 -0400 |
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| b'@@ -0,0 +1,172 @@\n+<macros>\n+ <xml name="requirements">\n+ <requirements>\n+ <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">samtools</requirement>\n+ <yield/>\n+ </requirements>\n+ </xml>\n+ <token name="@TOOL_VERSION@">1.9</token>\n+ <token name="@FLAGS@">#set $flags = sum(map(int, str($filter).split(\',\')))</token>\n+ <token name="@PREPARE_IDX@"><![CDATA[\n+ ##prepare input and indices \n+ ln -s \'$input\' infile &&\n+ #if $input.is_of_type(\'bam\'):\n+ #if str( $input.metadata.bam_index ) != "None":\n+ ln -s \'${input.metadata.bam_index}\' infile.bai &&\n+ #else:\n+ samtools index infile infile.bai &&\n+ #end if\n+ #elif $input.is_of_type(\'cram\'):\n+ #if str( $input.metadata.cram_index ) != "None":\n+ ln -s \'${input.metadata.cram_index}\' infile.crai &&\n+ #else:\n+ samtools index infile infile.crai &&\n+ #end if\n+ #end if\n+ ]]></token>\n+ <token name="@PREPARE_IDX_MULTIPLE@"><![CDATA[\n+ ##prepare input and indices \n+ #for $i, $bam in enumerate( $input_bams ):\n+ ln -s \'$bam\' \'${i}\' &&\n+ #if $bam.is_of_type(\'bam\'):\n+ #if str( $bam.metadata.bam_index ) != "None":\n+ ln -s \'${bam.metadata.bam_index}\' \'${i}.bai\' &&\n+ #else:\n+ samtools index \'${i}\' \'${i}.bai\' &&\n+ #end if\n+ #elif $bam.is_of_type(\'cram\'):\n+ #if str( $bam.metadata.cram_index ) != "None":\n+ ln -s \'${bam.metadata.cram_index}\' \'${i}.crai\' &&\n+ #else:\n+ samtools index \'${i}\' \'${i}.crai\' &&\n+ #end if\n+ #end if\n+ #end for\n+ ]]></token>\n+ <token name="@PREPARE_FASTA_IDX@"><![CDATA[\n+ ##checks for reference data ($addref_cond.addref_select=="history" or =="cached")\n+ ##and sets the -t/-T parameters accordingly:\n+ ##- in case of history a symbolic link is used because samtools (view) will generate\n+ ## the index which might not be possible in the directory containing the fasta file\n+ ##- in case of cached the absolute path is used which allows to read the cram file\n+ ## without specifying the reference\n+ #if $addref_cond.addref_select == "history":\n+ ln -s \'${addref_cond.ref}\' reference.fa &&\n+ samtools faidx reference.fa &&\n+ #set reffa="reference.fa"\n+ #set reffai="reference.fa.fai"\n+ #elif $addref_cond.addref_select == "cached":\n+ #set reffa=str($addref_cond.ref.fields.path)\n+ #set reffai=str($addref_cond.ref.fields.path)+".fai"\n+ #else\n+ #set reffa=None\n+ #set reffai=None\n+ #end if\n+ ]]></token>\n+ <token name="@ADDTHREADS@"><![CDATA[\n+ ##compute the number of ADDITIONAL threads to be used by samtools (-@)\n+ addthreads=\\${GALAXY_SLOTS:-1} && (( addthreads-- )) &&\n+ ]]></token>\n+ <token name="@ADDMEMORY@"><![CDATA[\n+ ##compute the number of memory available to samtools sort (-m)\n+ ##use only 75% of available: https://github.com/samtools/samtools/issues/831\n+ addmemory=\\${GALAXY_MEMORY_MB_PER_SLOT:-768} && \n+ ((addmemory=addmemory*75/100)) &&\n+ ]]></token>\n+ <xml name="seed_input">\n+ <param name="seed" type="integer" optional="True" label="Seed for random number generator" help="If empty a random seed is used." /> \n+ </xml>\n+ <xml name="flag_options">\n+ <option value="1">read is paired</option>\n+ <option value="2">read is mapped in a proper pair</option>\n+ <option value="4">read is unmapped</option>\n+ <option value="8">mate is unmapped</option>\n+ <option value="16">read reverse strand</option>\n+ <option value="32">mate reverse strand</option>\n+ <option value="64">read is the'..b'on>\n+ <option value="1024">read is a PCR or optical duplicate</option>\n+ <option value="2048">supplementary alignment</option>\n+ </xml>\n+\n+ <!-- region specification macros and tokens for tools that allow the specification \n+ of region by bed file / space separated list of regions -->\n+ <token name="@REGIONS_FILE@"><![CDATA[\n+ #if $cond_region.select_region == \'tab\':\n+ -t \'$cond_region.targetregions\'\n+ #end if\n+ ]]></token>\n+ <token name="@REGIONS_MANUAL@"><![CDATA[\n+ #if $cond_region.select_region == \'text\':\n+ #for $i, $x in enumerate($cond_region.regions_repeat):\n+ \'${x.region}\'\n+ #end for\n+ #end if\n+ ]]></token>\n+ <xml name="regions_macro">\n+ <conditional name="cond_region">\n+ <param name="select_region" type="select" label="Filter by regions" help="restricts output to only those alignments which overlap the specified region(s)">\n+ <option value="no" selected="True">No</option>\n+ <option value="text">Manualy specify regions</option>\n+ <option value="tab">Regions from tabular file</option>\n+ </param>\n+ <when value="no"/>\n+ <when value="text">\n+ <repeat name="regions_repeat" min="1" default="1" title="Regions">\n+ <param name="region" type="text" label="region" help="format chr:from-to">\n+ <validator type="regex" message="Required format: CHR[:FROM[-TO]]; where CHR: string containing any character except quotes, whitespace and colon; FROM and TO: any integer">^[^\\s\'\\":]+(:\\d+(-\\d+){0,1}){0,1}$</validator>\n+ </param>\n+ </repeat>\n+ </when>\n+ <when value="tab">\n+ <param name="targetregions" argument="-t/--target-regions" type="data" format="tabular" label="Target regions file" help="Do stats in these regions only. Tab-delimited file chr,from,to (1-based, inclusive)" />\n+ </when>\n+ </conditional>\n+ </xml>\n+\n+ <xml name="citations">\n+ <citations>\n+ <citation type="bibtex">\n+ @misc{SAM_def,\n+ title={Definition of SAM/BAM format},\n+ url = {https://samtools.github.io/hts-specs/},}\n+ </citation>\n+ <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btp352</citation>\n+ <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btr076</citation>\n+ <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btr509</citation>\n+ <citation type="bibtex">\n+ @misc{Danecek_et_al,\n+ Author={Danecek, P., Schiffels, S., Durbin, R.},\n+ title={Multiallelic calling model in bcftools (-m)},\n+ url = {http://samtools.github.io/bcftools/call-m.pdf},}\n+ </citation>\n+ <citation type="bibtex">\n+ @misc{Durbin_VCQC,\n+ Author={Durbin, R.},\n+ title={Segregation based metric for variant call QC},\n+ url = {http://samtools.github.io/bcftools/rd-SegBias.pdf},}\n+ </citation>\n+ <citation type="bibtex">\n+ @misc{Li_SamMath,\n+ Author={Li, H.},\n+ title={Mathematical Notes on SAMtools Algorithms},\n+ url = {http://www.broadinstitute.org/gatk/media/docs/Samtools.pdf},}\n+ </citation>\n+ <citation type="bibtex">\n+ @misc{SamTools_github,\n+ title={SAMTools GitHub page},\n+ url = {https://github.com/samtools/samtools},}\n+ </citation>\n+ </citations>\n+ </xml>\n+ <xml name="version_command">\n+ <version_command><![CDATA[samtools 2>&1 | grep Version]]></version_command>\n+ </xml>\n+ <xml name="stdio">\n+ <stdio>\n+ <exit_code range="1:" level="fatal" description="Error" />\n+ </stdio>\n+ </xml>\n+</macros>\n' |
| b |
| diff -r 000000000000 -r 046cbf29795a samtools_markdup.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/samtools_markdup.xml Fri Sep 28 04:29:07 2018 -0400 |
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| @@ -0,0 +1,80 @@ +<tool id="samtools_markdup" name="Samtools markdup" version="@TOOL_VERSION@"> + <description>marks duplicate alignments</description> + <macros> + <import>macros.xml</import> + </macros> + <expand macro="requirements"/> + <expand macro="stdio"/> + <expand macro="version_command"/> + <command><![CDATA[ +@ADDTHREADS@ +## coordinate sort input +#if not $bamfile.is_of_type('bam'): + samtools sort + -@ \$addthreads -m \${GALAXY_MEMORY_MB:-768}M -T sorttemp + -O sam + -o coordsort.sam + '$bamfile' && +#else: + ln -s '$bamfile' coordsort.sam && +#end if + +samtools markdup + +-@ \$addthreads +#if str($maxlen) != '': + -l $maxlen +#end if +$remove +$stats +$supp +coordsort.sam +'$output' + ]]></command> + <inputs> + <param name="bamfile" type="data" format="sam,bam,cram" optional="false" label="Alignment" /> + <param name="remove" type="boolean" argument="-r" truevalue="-r" falsevalue="" label="Remove duplicate reads" /> + <param name="maxlen" type="integer" optional="true" argument="-l" min="0" label="Expected maximum read length of INT bases. (default 300)"/> + <param name="stats" type="boolean" argument="-s" truevalue="-s" falsevalue="" label="Print basic statistics" /> + <param name="supp" type="boolean" argument="-S" truevalue="-S" falsevalue="" label="Mark supplementary reads of duplicates as duplicates" /> + </inputs> + <outputs> + <!-- output bam, if input was name sorted then restore this sorting order --> + <data name="output" format="bam"/> + </outputs> + <tests> + <!-- tests and data extracted from + https://github.com/samtools/samtools/blob/6d79411685d8f0fbb34e123f52d72b63271f4dcb/test/test.pl#L2616 + TODO the 1st 4 tests are negative, I do not know how to test for the error code +--> +<!-- test_cmd($opts, out=>'markdup/1_name_sort.expected.sam', err=>'1_name_sort.expected.sam.err', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/1_name_sort.sam -", expect_fail=>1); + test_cmd($opts, out=>'markdup/2_bad_order.expected.sam', err=>'2_bad_order.expected.sam.err', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/2_bad_order.sam -", expect_fail=>1); + test_cmd($opts, out=>'markdup/3_missing_mc.expected.sam', err=>'3_missing_mc.expected.sam.err', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/3_missing_mc.sam -", expect_fail=>1); + test_cmd($opts, out=>'markdup/4_missing_ms.expected.sam', err=>'4_missing_ms.expected.sam.err', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/4_missing_ms.sam -", expect_fail=>1);--> + <test> + <param name="bamfile" value="5_markdup.sam" /> + <output name="output" file="5_markdup.expected.bam" /> + </test> + <!-- test_cmd($opts, out=>'markdup/5_markdup.expected.sam', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam $$opts{path}/markdup/5_markdup.sam -");--> + <test> + <param name="bamfile" value="6_remove_dups.sam" /> + <param name="remove" value="-r" /> + <output name="output" file="6_remove_dups.expected.bam" /> + </test> + <!-- test_cmd($opts, out=>'markdup/6_remove_dups.expected.sam', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -O sam -r $$opts{path}/markdup/6_remove_dups.sam -");--> + <test> + <param name="bamfile" value="7_mark_supp_dup.bam" /> + <param name="supp" value="-S" /> + <output name="output" file="7_mark_supp_dup.expected.bam" /> + </test> + <!-- + test_cmd($opts, out=>'markdup/7_mark_supp_dup.expected.sam', cmd=>"$$opts{bin}/samtools markdup${threads} -S -O sam $$opts{path}/markdup/7_mark_supp_dup.sam -");--> + </tests> + <help> +Mark duplicate alignments from a coordinate sorted file that has been run through fixmate with the -m option. This program relies on the MC and ms tags that fixmate provides. + +Note: The Galaxy tool sorts the data automatically if the input is SAM or query name sorted. +The output is BAM (which is query name sorted again if the input is). + </help> + <expand macro="citations"/> +</tool> |
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| diff -r 000000000000 -r 046cbf29795a test-data/5_markdup.expected.bam |
| b |
| Binary file test-data/5_markdup.expected.bam has changed |
| b |
| diff -r 000000000000 -r 046cbf29795a test-data/5_markdup.expected.sam --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/5_markdup.expected.sam Fri Sep 28 04:29:07 2018 -0400 |
| b |
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| Binary file test-data/7_mark_supp_dup.expected.bam has changed |
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