Repository 'cutadapt'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/lparsons/cutadapt

Changeset 2:f6b94b76d16b (2011-05-16)
Previous changeset 1:50cdd8870607 (2011-05-13) Next changeset 3:7ed26fc9fa8a (2011-05-25)
Commit message:
Update help
modified:
cutadapt.xml
b
diff -r 50cdd8870607 -r f6b94b76d16b cutadapt.xml
--- a/cutadapt.xml Fri May 13 16:17:49 2011 -0400
+++ b/cutadapt.xml Mon May 16 16:34:09 2011 -0400
b
@@ -109,8 +109,6 @@
 cutadapt uses a simple semi-global alignment algorithm, without any special optimizations.
 For speed, the algorithm is implemented as a Python extension module in calignmodule.c.
 
-The program is sufficiently fast for my purposes, but speedups should be simple to achieve.
-
 
 **Partial adapter matches**
 
@@ -146,7 +144,7 @@
 
 If, on the other hand, your adapter can also be ligated to the 5' end (on
 purpose or by accident), you should tell cutadapt so by using the *5' or 3' (Anywhere)
-Adapters parameter. It will then use a different alignment algorithm and
+Adapters* parameter. It will then use a different alignment algorithm and
 correctly trim adapters that appear in the beginning of a read. An adapter
 specified this way will also be found if it appears only partially in the
 beginning of a read. For example, these sequences