Repository 'gmx_trj'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/gmx_trj

Changeset 7:16fad30d566a (2021-09-29)
Previous changeset 6:6dcfdac2dcae (2020-11-23) Next changeset 8:b4705476229d (2021-10-27)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/gromacs commit 2f3d14b4f200100881e362b0f3b97f0e8a36d1f3"
modified:
macros.xml
test-data/minim.mdp
test-data/newbox.pdb
test-data/outp.xvg
test-data/topol.top
test-data/topol_solv.top
trj.xml
added:
test-data/frame7.pdb
test-data/minim.edr
test-data/minim.gro
test-data/topol_md.top
removed:
test-data/solv.gro
b
diff -r 6dcfdac2dcae -r 16fad30d566a macros.xml
--- a/macros.xml Mon Nov 23 10:48:55 2020 +0000
+++ b/macros.xml Wed Sep 29 07:42:39 2021 +0000
b
@@ -1,5 +1,5 @@
 <macros>
-    <token name="@TOOL_VERSION@">2020.4</token>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">2021.3</token>
     <xml name="requirements">
         <requirements>
             <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">gromacs</requirement>
@@ -62,7 +62,7 @@
     </xml>
 
     <xml name="log_outputs">
-        <data name="report" format="txt" from_work_dir="verbose.txt">
+        <data name="report" format="txt" from_work_dir="verbose.txt" label="GROMACS log file on ${on_string}">
             <filter>capture_log</filter>
         </data>
     </xml>
b
diff -r 6dcfdac2dcae -r 16fad30d566a test-data/frame7.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/frame7.pdb Wed Sep 29 07:42:39 2021 +0000
b
@@ -0,0 +1,101 @@
+REMARK    GENERATED BY TRJCONV
+TITLE     TEST in water t=   0.70000 step= 350
+REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX
+CRYST1   40.912   40.912   40.912  90.00  90.00  90.00 P 1           1
+MODEL        8
+ATOM      1  N   LYS     1      20.430  26.480  14.890  1.00  0.00           N
+ATOM      2  H1  LYS     1      21.000  27.280  14.660  1.00  0.00           H
+ATOM      3  H2  LYS     1      19.800  26.230  14.130  1.00  0.00           H
+ATOM      4  H3  LYS     1      19.780  26.690  15.640  1.00  0.00           H
+ATOM      5  CA  LYS     1      21.140  25.300  15.400  1.00  0.00           C
+ATOM      6  HA  LYS     1      21.560  24.750  14.560  1.00  0.00           H
+ATOM      7  CB  LYS     1      22.170  25.650  16.480  1.00  0.00           C
+ATOM      8  HB1 LYS     1      22.790  26.470  16.110  1.00  0.00           H
+ATOM      9  HB2 LYS     1      21.660  26.080  17.340  1.00  0.00           H
+ATOM     10  CG  LYS     1      23.090  24.530  16.960  1.00  0.00           C
+ATOM     11  HG1 LYS     1      22.450  23.800  17.450  1.00  0.00           H
+ATOM     12  HG2 LYS     1      23.530  24.000  16.110  1.00  0.00           H
+ATOM     13  CD  LYS     1      24.170  24.930  17.970  1.00  0.00           C
+ATOM     14  HD1 LYS     1      24.950  25.550  17.520  1.00  0.00           H
+ATOM     15  HD2 LYS     1      23.650  25.500  18.730  1.00  0.00           H
+ATOM     16  CE  LYS     1      24.790  23.700  18.630  1.00  0.00           C
+ATOM     17  HE1 LYS     1      24.010  22.970  18.830  1.00  0.00           H
+ATOM     18  HE2 LYS     1      25.560  23.240  18.000  1.00  0.00           H
+ATOM     19  NZ  LYS     1      25.370  24.050  19.940  1.00  0.00           N
+ATOM     20  HZ1 LYS     1      25.980  23.300  20.230  1.00  0.00           H
+ATOM     21  HZ2 LYS     1      25.880  24.910  19.870  1.00  0.00           H
+ATOM     22  HZ3 LYS     1      24.620  24.150  20.600  1.00  0.00           H
+ATOM     23  C   LYS     1      20.020  24.530  16.080  1.00  0.00           C
+ATOM     24  O   LYS     1      19.190  25.210  16.670  1.00  0.00           O
+ATOM     25  N   VAL     2      20.070  23.200  16.050  1.00  0.00           N
+ATOM     26  H   VAL     2      20.860  22.710  15.640  1.00  0.00           H
+ATOM     27  CA  VAL     2      19.250  22.280  16.810  1.00  0.00           C
+ATOM     28  HA  VAL     2      18.490  22.810  17.380  1.00  0.00           H
+ATOM     29  CB  VAL     2      18.670  21.290  15.800  1.00  0.00           C
+ATOM     30  HB  VAL     2      19.470  20.890  15.170  1.00  0.00           H
+ATOM     31  CG1 VAL     2      17.930  20.120  16.440  1.00  0.00           C
+ATOM     32 HG11 VAL     2      17.880  19.250  15.790  1.00  0.00           H
+ATOM     33 HG12 VAL     2      18.450  19.770  17.330  1.00  0.00           H
+ATOM     34 HG13 VAL     2      16.900  20.300  16.750  1.00  0.00           H
+ATOM     35  CG2 VAL     2      17.620  21.940  14.900  1.00  0.00           C
+ATOM     36 HG21 VAL     2      17.150  21.180  14.270  1.00  0.00           H
+ATOM     37 HG22 VAL     2      16.820  22.410  15.460  1.00  0.00           H
+ATOM     38 HG23 VAL     2      18.070  22.690  14.240  1.00  0.00           H
+ATOM     39  C   VAL     2      20.210  21.630  17.800  1.00  0.00           C
+ATOM     40  O   VAL     2      21.370  21.400  17.460  1.00  0.00           O
+ATOM     41  N   PHE     3      19.760  21.420  19.030  1.00  0.00           N
+ATOM     42  H   PHE     3      18.750  21.300  19.050  1.00  0.00           H
+ATOM     43  CA  PHE     3      20.500  20.910  20.170  1.00  0.00           C
+ATOM     44  HA  PHE     3      21.560  20.880  19.900  1.00  0.00           H
+ATOM     45  CB  PHE     3      20.300  21.680  21.470  1.00  0.00           C
+ATOM     46  HB1 PHE     3      19.330  22.160  21.560  1.00  0.00           H
+ATOM     47  HB2 PHE     3      20.410  20.990  22.320  1.00  0.00           H
+ATOM     48  CG  PHE     3      21.310  22.780  21.700  1.00  0.00           C
+ATOM     49  CD1 PHE     3      21.120  23.940  20.940  1.00  0.00           C
+ATOM     50  HD1 PHE     3      20.240  24.000  20.310  1.00  0.00           H
+ATOM     51  CD2 PHE     3      22.380  22.720  22.600  1.00  0.00           C
+ATOM     52  HD2 PHE     3      22.550  21.860  23.230  1.00  0.00           H
+ATOM     53  CE1 PHE     3      21.890  25.090  21.170  1.00  0.00           C
+ATOM     54  HE1 PHE     3      21.670  26.000  20.640  1.00  0.00           H
+ATOM     55  CE2 PHE     3      23.210  23.830  22.790  1.00  0.00           C
+ATOM     56  HE2 PHE     3      23.990  23.790  23.530  1.00  0.00           H
+ATOM     57  CZ  PHE     3      22.950  25.010  22.090  1.00  0.00           C
+ATOM     58  HZ  PHE     3      23.450  25.920  22.360  1.00  0.00           H
+ATOM     59  C   PHE     3      20.120  19.440  20.290  1.00  0.00           C
+ATOM     60  O   PHE     3      19.090  18.930  19.840  1.00  0.00           O
+ATOM     61  N   GLY     4      20.900  18.680  21.060  1.00  0.00           N
+ATOM     62  H   GLY     4      21.560  19.090  21.710  1.00  0.00           H
+ATOM     63  CA  GLY     4      20.680  17.300  21.460  1.00  0.00           C
+ATOM     64  HA1 GLY     4      19.840  16.840  20.940  1.00  0.00           H
+ATOM     65  HA2 GLY     4      21.560  16.710  21.210  1.00  0.00           H
+ATOM     66  C   GLY     4      20.450  17.340  22.960  1.00  0.00           C
+ATOM     67  O   GLY     4      21.000  18.090  23.760  1.00  0.00           O
+ATOM     68  N   ARG     5      19.240  16.900  23.300  1.00  0.00           N
+ATOM     69  H   ARG     5      18.980  16.100  22.740  1.00  0.00           H
+ATOM     70  CA  ARG     5      18.620  16.900  24.610  1.00  0.00           C
+ATOM     71  HA  ARG     5      18.270  17.920  24.790  1.00  0.00           H
+ATOM     72  CB  ARG     5      17.400  16.040  24.290  1.00  0.00           C
+ATOM     73  HB1 ARG     5      16.840  16.530  23.490  1.00  0.00           H
+ATOM     74  HB2 ARG     5      17.690  15.100  23.810  1.00  0.00           H
+ATOM     75  CG  ARG     5      16.410  15.710  25.410  1.00  0.00           C
+ATOM     76  HG1 ARG     5      16.240  16.690  25.850  1.00  0.00           H
+ATOM     77  HG2 ARG     5      15.560  15.120  25.040  1.00  0.00           H
+ATOM     78  CD  ARG     5      16.930  14.710  26.430  1.00  0.00           C
+ATOM     79  HD1 ARG     5      17.590  15.260  27.110  1.00  0.00           H
+ATOM     80  HD2 ARG     5      15.990  14.290  26.780  1.00  0.00           H
+ATOM     81  NE  ARG     5      17.690  13.540  25.980  1.00  0.00           N
+ATOM     82  HE  ARG     5      17.230  13.190  25.150  1.00  0.00           H
+ATOM     83  CZ  ARG     5      18.860  13.110  26.480  1.00  0.00           C
+ATOM     84  NH1 ARG     5      19.290  13.590  27.650  1.00  0.00           N
+ATOM     85 HH11 ARG     5      18.960  14.520  27.870  1.00  0.00           H
+ATOM     86 HH12 ARG     5      20.280  13.620  27.810  1.00  0.00           H
+ATOM     87  NH2 ARG     5      19.550  12.120  25.890  1.00  0.00           N
+ATOM     88 HH21 ARG     5      19.090  11.700  25.090  1.00  0.00           H
+ATOM     89 HH22 ARG     5      20.490  11.840  26.130  1.00  0.00           H
+ATOM     90  C   ARG     5      19.520  16.150  25.580  1.00  0.00           C
+ATOM     91  O1  ARG     5      19.500  16.540  26.770  1.00  0.00           O
+ATOM     92  O2  ARG     5      20.150  15.090  25.350  1.00  0.00           O
+ATOM     93 CL    CL     6      12.830  22.520  18.690  1.00  0.00          Cl
+ATOM     94 CL    CL     7      26.880  35.300  23.940  1.00  0.00          Cl
+TER
+ENDMDL
b
diff -r 6dcfdac2dcae -r 16fad30d566a test-data/minim.edr
b
Binary file test-data/minim.edr has changed
b
diff -r 6dcfdac2dcae -r 16fad30d566a test-data/minim.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/minim.gro Wed Sep 29 07:42:39 2021 +0000
b
@@ -0,0 +1,97 @@
+TEST in water
+   94
+    1LYS      N    1   2.079   2.649   1.485
+    1LYS     H1    2   2.153   2.706   1.447
+    1LYS     H2    3   2.010   2.628   1.414
+    1LYS     H3    4   2.032   2.698   1.561
+    1LYS     CA    5   2.132   2.525   1.541
+    1LYS     HA    6   2.182   2.467   1.463
+    1LYS     CB    7   2.233   2.560   1.653
+    1LYS    HB1    8   2.315   2.618   1.610
+    1LYS    HB2    9   2.185   2.625   1.726
+    1LYS     CG   10   2.291   2.440   1.728
+    1LYS    HG1   11   2.215   2.399   1.795
+    1LYS    HG2   12   2.317   2.360   1.658
+    1LYS     CD   13   2.414   2.478   1.808
+    1LYS    HD1   14   2.495   2.502   1.739
+    1LYS    HD2   15   2.394   2.569   1.866
+    1LYS     CE   16   2.455   2.366   1.903
+    1LYS    HE1   17   2.383   2.357   1.984
+    1LYS    HE2   18   2.455   2.270   1.850
+    1LYS     NZ   19   2.589   2.391   1.958
+    1LYS    HZ1   20   2.615   2.316   2.021
+    1LYS    HZ2   21   2.656   2.396   1.883
+    1LYS    HZ3   22   2.589   2.478   2.009
+    1LYS      C   23   2.018   2.443   1.600
+    1LYS      O   24   1.939   2.502   1.673
+    2VAL      N   25   2.015   2.312   1.576
+    2VAL      H   26   2.082   2.267   1.515
+    2VAL     CA   27   1.931   2.220   1.653
+    2VAL     HA   28   1.853   2.273   1.707
+    2VAL     CB   29   1.862   2.117   1.561
+    2VAL     HB   30   1.938   2.057   1.509
+    2VAL    CG1   31   1.772   2.022   1.641
+    2VAL   HG11   32   1.718   1.954   1.575
+    2VAL   HG12   33   1.829   1.961   1.711
+    2VAL   HG13   34   1.698   2.078   1.699
+    2VAL    CG2   35   1.776   2.187   1.455
+    2VAL   HG21   36   1.724   2.114   1.394
+    2VAL   HG22   37   1.701   2.251   1.502
+    2VAL   HG23   38   1.836   2.249   1.388
+    2VAL      C   39   2.024   2.151   1.754
+    2VAL      O   40   2.122   2.086   1.715
+    3PHE      N   41   1.997   2.173   1.882
+    3PHE      H   42   1.916   2.228   1.905
+    3PHE     CA   43   2.067   2.107   1.991
+    3PHE     HA   44   2.174   2.107   1.970
+    3PHE     CB   45   2.039   2.179   2.125
+    3PHE    HB1   46   1.937   2.217   2.130
+    3PHE    HB2   47   2.048   2.109   2.208
+    3PHE     CG   48   2.136   2.292   2.153
+    3PHE    CD1   49   2.113   2.421   2.101
+    3PHE    HD1   50   2.023   2.440   2.044
+    3PHE    CD2   51   2.247   2.269   2.237
+    3PHE    HD2   52   2.262   2.171   2.282
+    3PHE    CE1   53   2.203   2.525   2.128
+    3PHE    HE1   54   2.186   2.623   2.086
+    3PHE    CE2   55   2.335   2.375   2.269
+    3PHE    HE2   56   2.416   2.357   2.338
+    3PHE     CZ   57   2.312   2.503   2.215
+    3PHE     HZ   58   2.375   2.585   2.244
+    3PHE      C   59   2.020   1.962   2.005
+    3PHE      O   60   1.901   1.933   1.991
+    4GLY      N   61   2.113   1.874   2.043
+    4GLY      H   62   2.207   1.908   2.060
+    4GLY     CA   63   2.079   1.744   2.097
+    4GLY    HA1   64   1.999   1.698   2.039
+    4GLY    HA2   65   2.167   1.679   2.091
+    4GLY      C   66   2.043   1.761   2.245
+    4GLY      O   67   2.087   1.860   2.302
+    5ARG      N   68   1.960   1.672   2.299
+    5ARG      H   69   1.921   1.604   2.236
+    5ARG     CA   70   1.906   1.670   2.437
+    5ARG     HA   71   1.835   1.752   2.434
+    5ARG     CB   72   1.823   1.541   2.455
+    5ARG    HB1   73   1.743   1.539   2.379
+    5ARG    HB2   74   1.887   1.455   2.435
+    5ARG     CG   75   1.758   1.529   2.593
+    5ARG    HG1   76   1.830   1.514   2.672
+    5ARG    HG2   77   1.704   1.621   2.616
+    5ARG     CD   78   1.671   1.408   2.613
+    5ARG    HD1   79   1.635   1.411   2.715
+    5ARG    HD2   80   1.586   1.415   2.545
+    5ARG     NE   81   1.746   1.284   2.587
+    5ARG     HE   82   1.746   1.259   2.489
+    5ARG     CZ   83   1.815   1.210   2.676
+    5ARG    NH1   84   1.827   1.246   2.804
+    5ARG   HH11   85   1.789   1.335   2.836
+    5ARG   HH12   86   1.882   1.195   2.871
+    5ARG    NH2   87   1.871   1.097   2.633
+    5ARG   HH21   88   1.861   1.067   2.538
+    5ARG   HH22   89   1.925   1.037   2.695
+    5ARG      C   90   1.994   1.715   2.560
+    5ARG     O1   91   2.032   1.834   2.565
+    5ARG     O2   92   2.013   1.637   2.654
+    6CL      CL   93   0.867   2.210   2.056
+    7CL      CL   94   2.878   3.762   2.614
+   4.09123   4.09123   4.09123
b
diff -r 6dcfdac2dcae -r 16fad30d566a test-data/minim.mdp
--- a/test-data/minim.mdp Mon Nov 23 10:48:55 2020 +0000
+++ b/test-data/minim.mdp Wed Sep 29 07:42:39 2021 +0000
b
@@ -11,4 +11,5 @@
 rcoulomb      = 1.0    ; Short-range electrostatic cut-off
 rlist       = 1.0 ; Cut-off distance for the short-range neighbor list.
 rvdw        = 1.0    ; Short-range Van der Waals cut-off
-pbc            = xyz     ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
\ No newline at end of file
+pbc            = xyz     ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
+gen-seed       = 1
b
diff -r 6dcfdac2dcae -r 16fad30d566a test-data/newbox.pdb
--- a/test-data/newbox.pdb Mon Nov 23 10:48:55 2020 +0000
+++ b/test-data/newbox.pdb Wed Sep 29 07:42:39 2021 +0000
b
@@ -33,13 +33,13 @@
 ATOM     29  CB  VAL     2      18.590  21.180  15.620  1.00  0.00            
 ATOM     30  HB  VAL     2      19.310  20.670  15.150  1.00  0.00            
 ATOM     31  CG1 VAL     2      17.700  20.230  16.420  1.00  0.00            
-ATOM     32 1HG1 VAL     2      17.220  19.620  15.790  1.00  0.00            
-ATOM     33 2HG1 VAL     2      18.270  19.700  17.040  1.00  0.00            
-ATOM     34 3HG1 VAL     2      17.030  20.760  16.940  1.00  0.00            
+ATOM     32 HG11 VAL     2      17.220  19.620  15.790  1.00  0.00            
+ATOM     33 HG12 VAL     2      18.270  19.700  17.040  1.00  0.00            
+ATOM     34 HG13 VAL     2      17.030  20.760  16.940  1.00  0.00            
 ATOM     35  CG2 VAL     2      17.740  21.860  14.560  1.00  0.00            
-ATOM     36 1HG2 VAL     2      17.280  21.170  14.010  1.00  0.00            
-ATOM     37 2HG2 VAL     2      17.070  22.450  15.000  1.00  0.00            
-ATOM     38 3HG2 VAL     2      18.330  22.420  13.970  1.00  0.00            
+ATOM     36 HG21 VAL     2      17.280  21.170  14.010  1.00  0.00            
+ATOM     37 HG22 VAL     2      17.070  22.450  15.000  1.00  0.00            
+ATOM     38 HG23 VAL     2      18.330  22.420  13.970  1.00  0.00            
 ATOM     39  C   VAL     2      20.250  21.460  17.560  1.00  0.00            
 ATOM     40  O   VAL     2      21.210  20.760  17.190  1.00  0.00            
 ATOM     41  N   PHE     3      19.940  21.700  18.810  1.00  0.00            
@@ -86,11 +86,11 @@
 ATOM     82  HE  ARG     5      17.470  12.550  24.960  1.00  0.00            
 ATOM     83  CZ  ARG     5      18.180  12.160  26.750  1.00  0.00            
 ATOM     84  NH1 ARG     5      18.290  12.480  28.040  1.00  0.00            
-ATOM     85 1HH1 ARG     5      17.840  13.310  28.380  1.00  0.00            
-ATOM     86 2HH1 ARG     5      18.810  11.900  28.660  1.00  0.00            
+ATOM     85 HH11 ARG     5      17.840  13.310  28.380  1.00  0.00            
+ATOM     86 HH12 ARG     5      18.810  11.900  28.660  1.00  0.00            
 ATOM     87  NH2 ARG     5      18.700  10.990  26.320  1.00  0.00            
-ATOM     88 1HH2 ARG     5      18.560  10.700  25.380  1.00  0.00            
-ATOM     89 2HH2 ARG     5      19.210  10.410  26.950  1.00  0.00            
+ATOM     88 HH21 ARG     5      18.560  10.700  25.380  1.00  0.00            
+ATOM     89 HH22 ARG     5      19.210  10.410  26.950  1.00  0.00            
 ATOM     90  C   ARG     5      20.120  16.880  25.290  1.00  0.00            
 ATOM     91  O1  ARG     5      20.120  17.800  26.150  1.00  0.00            
 ATOM     92  O2  ARG     5      19.750  16.890  26.600  1.00  0.00            
b
diff -r 6dcfdac2dcae -r 16fad30d566a test-data/outp.xvg
--- a/test-data/outp.xvg Mon Nov 23 10:48:55 2020 +0000
+++ b/test-data/outp.xvg Wed Sep 29 07:42:39 2021 +0000
b
@@ -1,15 +1,15 @@
-# This file was created Tue May 19 15:42:53 2020
+# This file was created Mon Jun  7 09:13:14 2021
 # Created by:
-#                      :-) GROMACS - gmx energy, 2019.1 (-:
+#                 :-) GROMACS - gmx energy, 2021.1-MODIFIED (-:
 # 
-# Executable:   /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1/bin/gmx
-# Data prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1
-# Working dir:  /tmp/tmprwcs9m2t/job_working_directory/000/17/working
+# Executable:   /home/runner/miniconda3/envs/__gromacs@2021.1/bin.AVX2_256/gmx
+# Data prefix:  /home/runner/miniconda3/envs/__gromacs@2021.1
+# Working dir:  /tmp/tmpc3_9dc8m/job_working_directory/000/13/working
 # Command line:
 #   gmx energy -f ./edr_input.edr -o ./energy.xvg
 # gmx energy is part of G R O M A C S:
 #
-# GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
+# Glycine aRginine prOline Methionine Alanine Cystine Serine
 #
 @    title "GROMACS Energies"
 @    xaxis  label "Time (ps)"
b
diff -r 6dcfdac2dcae -r 16fad30d566a test-data/solv.gro
--- a/test-data/solv.gro Mon Nov 23 10:48:55 2020 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,6733 +0,0 @@\n-TEST in water\n- 6730\n-    1LYS      N    1   2.081   2.649   1.487\n-    1LYS     H1    2   2.157   2.703   1.449\n-    1LYS     H2    3   2.015   2.629   1.415\n-    1LYS     H3    4   2.037   2.701   1.560\n-    1LYS     CA    5   2.134   2.522   1.542\n-    1LYS     HA    6   2.178   2.470   1.469\n-    1LYS     CB    7   2.232   2.559   1.654\n-    1LYS    HB1    8   2.308   2.610   1.615\n-    1LYS    HB2    9   2.184   2.616   1.721\n-    1LYS     CG   10   2.290   2.440   1.729\n-    1LYS    HG1   11   2.221   2.404   1.791\n-    1LYS    HG2   12   2.315   2.369   1.662\n-    1LYS     CD   13   2.414   2.480   1.808\n-    1LYS    HD1   14   2.490   2.498   1.745\n-    1LYS    HD2   15   2.394   2.562   1.861\n-    1LYS     CE   16   2.451   2.366   1.901\n-    1LYS    HE1   17   2.386   2.361   1.977\n-    1LYS    HE2   18   2.451   2.279   1.852\n-    1LYS     NZ   19   2.587   2.392   1.955\n-    1LYS    HZ1   20   2.614   2.318   2.017\n-    1LYS    HZ2   21   2.653   2.397   1.879\n-    1LYS    HZ3   22   2.587   2.479   2.005\n-    1LYS      C   23   2.019   2.441   1.601\n-    1LYS      O   24   1.940   2.496   1.677\n-    2VAL      N   25   2.019   2.311   1.581\n-    2VAL      H   26   2.081   2.275   1.511\n-    2VAL     CA   27   1.935   2.215   1.652\n-    2VAL     HA   28   1.862   2.267   1.695\n-    2VAL     CB   29   1.859   2.118   1.562\n-    2VAL     HB   30   1.931   2.067   1.515\n-    2VAL    CG1   31   1.770   2.023   1.642\n-    2VAL   HG11   32   1.722   1.962   1.579\n-    2VAL   HG12   33   1.827   1.970   1.704\n-    2VAL   HG13   34   1.703   2.076   1.694\n-    2VAL    CG2   35   1.774   2.186   1.456\n-    2VAL   HG21   36   1.728   2.117   1.401\n-    2VAL   HG22   37   1.707   2.245   1.500\n-    2VAL   HG23   38   1.833   2.242   1.397\n-    2VAL      C   39   2.025   2.146   1.756\n-    2VAL      O   40   2.121   2.076   1.719\n-    3PHE      N   41   1.994   2.170   1.881\n-    3PHE      H   42   1.920   2.234   1.901\n-    3PHE     CA   43   2.064   2.105   1.993\n-    3PHE     HA   44   2.160   2.112   1.968\n-    3PHE     CB   45   2.042   2.178   2.126\n-    3PHE    HB1   46   1.950   2.217   2.127\n-    3PHE    HB2   47   2.051   2.113   2.201\n-    3PHE     CG   48   2.139   2.289   2.147\n-    3PHE    CD1   49   2.112   2.420   2.105\n-    3PHE    HD1   50   2.026   2.440   2.058\n-    3PHE    CD2   51   2.245   2.271   2.238\n-    3PHE    HD2   52   2.258   2.181   2.280\n-    3PHE    CE1   53   2.203   2.523   2.128\n-    3PHE    HE1   54   2.193   2.610   2.081\n-    3PHE    CE2   55   2.332   2.374   2.269\n-    3PHE    HE2   56   2.411   2.357   2.328\n-    3PHE     CZ   57   2.309   2.502   2.218\n-    3PHE     HZ   58   2.367   2.579   2.246\n-    3PHE      C   59   2.019   1.959   2.008\n-    3PHE      O   60   1.897   1.931   1.999\n-    4GLY      N   61   2.117   1.879   2.052\n-    4GLY      H   62   2.212   1.910   2.053\n-    4GLY     CA   63   2.082   1.743   2.098\n-    4GLY    HA1   64   2.007   1.707   2.042\n-    4GLY    HA2   65   2.161   1.683   2.091\n-    4GLY      C   66   2.037   1.757   2.243\n-    4GLY      O   67   2.075   1.855   2.307\n-    5ARG      N   68   1.950   1.669   2.288\n-    5ARG      H   69   1.916   1.599   2.225\n-    5ARG     CA   70   1.901   1.669   2.426\n-    5ARG     HA   71   1.843   1.749   2.433\n-    5ARG     CB   72   1.821   1.541   2.452\n-    5ARG    HB1   73   1.745   1.537   2.388\n-    5ARG    HB2   74   1.881   1.462   2.438\n-    5ARG     CG   75   1.766   1.535   2.593\n-    5ARG    HG1   76   1.842   1.532   2.658\n-    5ARG    HG2   77   1.710   1.616   2.610\n-    5ARG     CD   78   1.683   1.415   2.613\n-    5ARG    HD1   79   1.649   1.414   2.707\n-    5ARG    HD2   80   1.605   1.420   2.550\n-    5ARG     NE   81   1.751   1.290   2.589\n-    5ARG     HE   82   1.747   1.255   2.496\n-    5ARG     CZ   83   1.818   1.216   2.675\n-    5ARG    NH1   84   1.829   1.248   2.804\n-    5ARG   HH11   85   1.784   1.331   2.838\n-    5ARG   HH12   86   1.881   1.190   2.866\n- '..b'51   3.745\n- 2190SOL     OW 6645   3.955   3.575   4.207\n- 2190SOL    HW1 6646   3.989   3.652   4.261\n- 2190SOL    HW2 6647   3.999   3.575   4.117\n- 2191SOL     OW 6648   3.751   3.458   3.841\n- 2191SOL    HW1 6649   3.732   3.362   3.862\n- 2191SOL    HW2 6650   3.718   3.516   3.916\n- 2192SOL     OW 6651   4.021   1.897   3.895\n- 2192SOL    HW1 6652   4.070   1.981   3.874\n- 2192SOL    HW2 6653   4.083   1.832   3.940\n- 2193SOL     OW 6654   3.732   3.188   3.924\n- 2193SOL    HW1 6655   3.639   3.209   3.893\n- 2193SOL    HW2 6656   3.742   3.089   3.937\n- 2194SOL     OW 6657   3.799   2.207   3.757\n- 2194SOL    HW1 6658   3.707   2.179   3.728\n- 2194SOL    HW2 6659   3.830   2.284   3.701\n- 2195SOL     OW 6660   3.796   2.028   4.042\n- 2195SOL    HW1 6661   3.779   2.111   3.988\n- 2195SOL    HW2 6662   3.886   1.991   4.020\n- 2196SOL     OW 6663   3.763   2.939   4.024\n- 2196SOL    HW1 6664   3.862   2.928   4.015\n- 2196SOL    HW2 6665   3.723   2.853   4.056\n- 2197SOL     OW 6666   3.954   4.352   0.113\n- 2197SOL    HW1 6667   3.861   4.350   0.150\n- 2197SOL    HW2 6668   3.955   4.313   0.021\n- 2198SOL     OW 6669   3.949   3.999   0.996\n- 2198SOL    HW1 6670   3.984   3.982   1.088\n- 2198SOL    HW2 6671   3.861   3.954   0.984\n- 2199SOL     OW 6672   3.743   4.092   0.647\n- 2199SOL    HW1 6673   3.661   4.135   0.686\n- 2199SOL    HW2 6674   3.715   4.019   0.584\n- 2200SOL     OW 6675   3.926   4.009   1.498\n- 2200SOL    HW1 6676   3.846   4.069   1.485\n- 2200SOL    HW2 6677   3.916   3.960   1.584\n- 2201SOL     OW 6678   4.031   3.937   1.231\n- 2201SOL    HW1 6679   4.008   3.974   1.321\n- 2201SOL    HW2 6680   4.001   3.842   1.225\n- 2202SOL     OW 6681   4.031   3.787   0.618\n- 2202SOL    HW1 6682   4.020   3.881   0.651\n- 2202SOL    HW2 6683   4.026   3.724   0.695\n- 2203SOL     OW 6684   3.796   3.890   0.318\n- 2203SOL    HW1 6685   3.779   3.973   0.264\n- 2203SOL    HW2 6686   3.886   3.853   0.296\n- 2204SOL     OW 6687   3.954   4.352   1.975\n- 2204SOL    HW1 6688   3.861   4.350   2.012\n- 2204SOL    HW2 6689   3.955   4.313   1.883\n- 2205SOL     OW 6690   3.949   3.999   2.858\n- 2205SOL    HW1 6691   3.984   3.982   2.950\n- 2205SOL    HW2 6692   3.861   3.954   2.846\n- 2206SOL     OW 6693   3.743   4.092   2.509\n- 2206SOL    HW1 6694   3.661   4.135   2.548\n- 2206SOL    HW2 6695   3.715   4.019   2.446\n- 2207SOL     OW 6696   3.926   4.009   3.360\n- 2207SOL    HW1 6697   3.846   4.069   3.347\n- 2207SOL    HW2 6698   3.916   3.960   3.446\n- 2208SOL     OW 6699   4.021   3.759   2.033\n- 2208SOL    HW1 6700   4.070   3.843   2.012\n- 2208SOL    HW2 6701   4.083   3.694   2.078\n- 2209SOL     OW 6702   4.031   3.937   3.093\n- 2209SOL    HW1 6703   4.008   3.974   3.183\n- 2209SOL    HW2 6704   4.001   3.842   3.087\n- 2210SOL     OW 6705   4.031   3.787   2.480\n- 2210SOL    HW1 6706   4.020   3.881   2.513\n- 2210SOL    HW2 6707   4.026   3.724   2.557\n- 2211SOL     OW 6708   3.799   4.069   1.895\n- 2211SOL    HW1 6709   3.707   4.041   1.866\n- 2211SOL    HW2 6710   3.830   4.146   1.839\n- 2212SOL     OW 6711   3.796   3.890   2.180\n- 2212SOL    HW1 6712   3.779   3.973   2.126\n- 2212SOL    HW2 6713   3.886   3.853   2.158\n- 2213SOL     OW 6714   3.954   4.352   3.837\n- 2213SOL    HW1 6715   3.861   4.350   3.874\n- 2213SOL    HW2 6716   3.955   4.313   3.745\n- 2214SOL     OW 6717   4.021   3.759   3.895\n- 2214SOL    HW1 6718   4.070   3.843   3.874\n- 2214SOL    HW2 6719   4.083   3.694   3.940\n- 2215SOL     OW 6720   3.799   4.069   3.757\n- 2215SOL    HW1 6721   3.707   4.041   3.728\n- 2215SOL    HW2 6722   3.830   4.146   3.701\n- 2216SOL     OW 6723   3.796   3.890   4.042\n- 2216SOL    HW1 6724   3.779   3.973   3.988\n- 2216SOL    HW2 6725   3.886   3.853   4.020\n- 2217SOL     OW 6726   4.152   4.148   4.244\n- 2217SOL    HW1 6727   4.182   4.076   4.182\n- 2217SOL    HW2 6728   4.113   4.108   4.327\n- 2218CL      CL 6729   0.865   2.210   2.057\n- 2219CL      CL 6730   2.879   3.763   2.615\n-   4.09123   4.09123   4.09123\n'
b
diff -r 6dcfdac2dcae -r 16fad30d566a test-data/topol.top
--- a/test-data/topol.top Mon Nov 23 10:48:55 2020 +0000
+++ b/test-data/topol.top Wed Sep 29 07:42:39 2021 +0000
b
@@ -1,17 +1,17 @@
 ;
 ; File 'topol.top' was generated
-; By user: unknown (1000)
-; On host: simon-notebook
-; At date: Tue May 12 12:59:21 2020
+; By user: unknown (1001)
+; On host: fv-az99-468
+; At date: Mon Jun  7 09:15:15 2021
 ;
 ; This is a standalone topology file
 ;
 ; Created by:
-;                     :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:
+;                 :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2021.1-MODIFIED (-:
 ;
-; Executable:   /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1/bin/gmx
-; Data prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1
-; Working dir:  /tmp/tmpg0ncnt9q/job_working_directory/000/10/working
+; Executable:   /home/runner/miniconda3/envs/__gromacs@2021.1/bin.AVX2_256/gmx
+; Data prefix:  /home/runner/miniconda3/envs/__gromacs@2021.1
+; Working dir:  /tmp/tmpc3_9dc8m/job_working_directory/000/27/working
 ; Command line:
 ;   gmx pdb2gmx -f ./pdb_input.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh -merge all
 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
b
diff -r 6dcfdac2dcae -r 16fad30d566a test-data/topol_md.top
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/topol_md.top Wed Sep 29 07:42:39 2021 +0000
[
b'@@ -0,0 +1,910 @@\n+;\n+;\tFile \'topol.top\' was generated\n+;\tBy user: unknown (1000)\n+;\tOn host: simon-notebook\n+;\tAt date: Tue May 12 12:59:21 2020\n+;\n+;\tThis is a standalone topology file\n+;\n+;\tCreated by:\n+;\t                    :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:\n+;\t\n+;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1/bin/gmx\n+;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/__gromacs@2019.1\n+;\tWorking dir:  /tmp/tmpg0ncnt9q/job_working_directory/000/10/working\n+;\tCommand line:\n+;\t  gmx pdb2gmx -f ./pdb_input.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh -merge all\n+;\tForce field was read from the standard GROMACS share directory.\n+;\n+\n+; Include forcefield parameters\n+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"\n+\n+[ moleculetype ]\n+; Name            nrexcl\n+Protein             3\n+\n+[ atoms ]\n+;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB\n+; residue   1 LYS rtp LYSH q +2.0\n+     1   opls_287      1    LYS      N      1       -0.3    14.0027\n+     2   opls_290      1    LYS     H1      1       0.33      1.008\n+     3   opls_290      1    LYS     H2      1       0.33      1.008\n+     4   opls_290      1    LYS     H3      1       0.33      1.008\n+     5  opls_293B      1    LYS     CA      1       0.25     12.011\n+     6   opls_140      1    LYS     HA      1       0.06      1.008\n+     7   opls_136      1    LYS     CB      2      -0.12     12.011\n+     8   opls_140      1    LYS    HB1      2       0.06      1.008\n+     9   opls_140      1    LYS    HB2      2       0.06      1.008\n+    10   opls_136      1    LYS     CG      3      -0.12     12.011\n+    11   opls_140      1    LYS    HG1      3       0.06      1.008\n+    12   opls_140      1    LYS    HG2      3       0.06      1.008\n+    13   opls_136      1    LYS     CD      4      -0.12     12.011\n+    14   opls_140      1    LYS    HD1      4       0.06      1.008\n+    15   opls_140      1    LYS    HD2      4       0.06      1.008\n+    16   opls_292      1    LYS     CE      5       0.19     12.011\n+    17   opls_140      1    LYS    HE1      5       0.06      1.008\n+    18   opls_140      1    LYS    HE2      5       0.06      1.008\n+    19   opls_287      1    LYS     NZ      6       -0.3    14.0067\n+    20   opls_290      1    LYS    HZ1      6       0.33      1.008\n+    21   opls_290      1    LYS    HZ2      6       0.33      1.008\n+    22   opls_290      1    LYS    HZ3      6       0.33      1.008\n+    23   opls_235      1    LYS      C      7        0.5     12.011\n+    24   opls_236      1    LYS      O      7       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n+; residue   2 VAL rtp VAL  q  0.0\n+    25   opls_238      2    VAL      N      8       -0.5    14.0067\n+    26   opls_241      2    VAL      H      8        0.3      1.008\n+    27  opls_224B      2    VAL     CA      8       0.14     12.011\n+    28   opls_140      2    VAL     HA      8       0.06      1.008\n+    29   opls_137      2    VAL     CB      9      -0.06     12.011\n+    30   opls_140      2    VAL     HB      9       0.06      1.008\n+    31   opls_135      2    VAL    CG1     10      -0.18     12.011\n+    32   opls_140      2    VAL   HG11     10       0.06      1.008\n+    33   opls_140      2    VAL   HG12     10       0.06      1.008\n+    34   opls_140      2    VAL   HG13     10       0.06      1.008\n+    35   opls_135      2    VAL    CG2     11      -0.18     12.011\n+    36   opls_140      2    VAL   HG21     11       0.06      1.008\n+    37   opls_140      2    VAL   HG22     11       0.06      1.008\n+    38   opls_140      2    VAL   HG23     11       0.06      1.008\n+    39   opls_235      2    VAL      C     12        0.5     12.011\n+    40   opls_236      2    VAL      O     12       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n+; residue   3 PHE rtp PHE  q  0.0\n+    41   opls_238      3    PHE      N     13       -0.5    14.0067\n+    42   opls_241      3    PHE      H     13        0.3      1.008\n+    43  opls_224B      3    PHE     CA '..b' 59    61    63     3 \n+   59    61    63    64     3 \n+   59    61    63    65     3 \n+   59    61    63    66     3 \n+   62    61    63    64     3 \n+   62    61    63    65     3 \n+   62    61    63    66     3 \n+   61    63    66    67     3 \n+   61    63    66    68     3 \n+   64    63    66    67     3 \n+   64    63    66    68     3 \n+   65    63    66    67     3 \n+   65    63    66    68     3 \n+   63    66    68    69     3 \n+   63    66    68    70     3 \n+   67    66    68    69     3 \n+   67    66    68    70     3 \n+   66    68    70    71     3 \n+   66    68    70    72     3 \n+   66    68    70    90     3 \n+   69    68    70    71     3 \n+   69    68    70    72     3 \n+   69    68    70    90     3 \n+   68    70    72    75     3    dih_ARG_chi1_N_C_C_C\n+   90    70    72    75     3    dih_ARG_chi1_C_C_C_CO\n+   68    70    72    73     3 \n+   68    70    72    74     3 \n+   71    70    72    73     3 \n+   71    70    72    74     3 \n+   71    70    72    75     3 \n+   90    70    72    73     3 \n+   90    70    72    74     3 \n+   68    70    90    91     3 \n+   68    70    90    92     3 \n+   71    70    90    91     3 \n+   71    70    90    92     3 \n+   72    70    90    91     3 \n+   72    70    90    92     3 \n+   70    72    75    76     3 \n+   70    72    75    77     3 \n+   70    72    75    78     3 \n+   73    72    75    76     3 \n+   73    72    75    77     3 \n+   73    72    75    78     3 \n+   74    72    75    76     3 \n+   74    72    75    77     3 \n+   74    72    75    78     3 \n+   72    75    78    79     3 \n+   72    75    78    80     3 \n+   72    75    78    81     3 \n+   76    75    78    79     3 \n+   76    75    78    80     3 \n+   76    75    78    81     3 \n+   77    75    78    79     3 \n+   77    75    78    80     3 \n+   77    75    78    81     3 \n+   75    78    81    82     3 \n+   75    78    81    83     3 \n+   79    78    81    82     3 \n+   79    78    81    83     3 \n+   80    78    81    82     3 \n+   80    78    81    83     3 \n+   78    81    83    84     3 \n+   78    81    83    87     3 \n+   82    81    83    84     3 \n+   82    81    83    87     3 \n+   81    83    84    85     3 \n+   81    83    84    86     3 \n+   87    83    84    85     3 \n+   87    83    84    86     3 \n+   81    83    87    88     3 \n+   81    83    87    89     3 \n+   84    83    87    88     3 \n+   84    83    87    89     3 \n+\n+[ dihedrals ]\n+;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3\n+    5    25    23    24     1    improper_O_C_X_Y\n+   23    27    25    26     1    improper_Z_N_X_Y\n+   27    41    39    40     1    improper_O_C_X_Y\n+   39    43    41    42     1    improper_Z_N_X_Y\n+   43    61    59    60     1    improper_O_C_X_Y\n+   45    48    51    49     1    improper_Z_CA_X_Y\n+   48    53    49    50     1    improper_Z_CA_X_Y\n+   48    55    51    52     1    improper_Z_CA_X_Y\n+   49    57    53    54     1    improper_Z_CA_X_Y\n+   51    57    55    56     1    improper_Z_CA_X_Y\n+   53    55    57    58     1    improper_Z_CA_X_Y\n+   59    63    61    62     1    improper_Z_N_X_Y\n+   63    68    66    67     1    improper_O_C_X_Y\n+   66    70    68    69     1    improper_Z_N_X_Y\n+   70    91    90    92     1    improper_O_C_X_Y\n+   78    83    81    82     1    improper_Z_N_X_Y\n+   81    84    83    87     1    improper_O_C_X_Y\n+   83    85    84    86     1    improper_Z_N_X_Y\n+   83    88    87    89     1    improper_Z_N_X_Y\n+\n+; Include Position restraint file\n+#ifdef POSRES\n+#include "posres.itp"\n+#endif\n+\n+; Include water topology\n+#include "oplsaa.ff/spce.itp"\n+\n+#ifdef POSRES_WATER\n+; Position restraint for each water oxygen\n+[ position_restraints ]\n+;  i funct       fcx        fcy        fcz\n+   1    1       1000       1000       1000\n+#endif\n+\n+; Include topology for ions\n+#include "oplsaa.ff/ions.itp"\n+\n+[ system ]\n+; Name\n+TEST in water\n+\n+[ molecules ]\n+; Compound        #mols\n+Protein             1\n+CL               2\n'
b
diff -r 6dcfdac2dcae -r 16fad30d566a test-data/topol_solv.top
--- a/test-data/topol_solv.top Mon Nov 23 10:48:55 2020 +0000
+++ b/test-data/topol_solv.top Wed Sep 29 07:42:39 2021 +0000
[
@@ -907,4 +907,6 @@
 [ molecules ]
 ; Compound        #mols
 Protein             1
-CL               2
+SOL         2130
+NA               41
+CL               43
b
diff -r 6dcfdac2dcae -r 16fad30d566a trj.xml
--- a/trj.xml Mon Nov 23 10:48:55 2020 +0000
+++ b/trj.xml Wed Sep 29 07:42:39 2021 +0000
b
@@ -216,7 +216,7 @@
             <param name="sep" value="sep" />
             <param name="output_format" value="pdb" />
             <output_collection name="pdb_frames" type="list">
-                <element name="output00000007" ftype="pdb" file="frame7.pdb"/>
+                <element name="output000000007.pdb" ftype="pdb" file="frame7.pdb"/>
             </output_collection>
         </test>
     </tests>
@@ -235,7 +235,7 @@
 
 **Input**
 
-       - One or more trajectory file (XTC or TRR)
+       - One or more trajectory files (XTC or TRR)
        - Structure file (optional)
        - Various options can be set