Repository 'gmx_trj'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/gmx_trj

Changeset 0:bb0053c4e4f2 (2020-01-21)
Next changeset 1:e9cc595562b8 (2020-02-13)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs commit 03127e495a0a1a022928c1a03527974c9e81b5a1"
added:
macros.xml
merge_top.py
test-data/1AKI.pdb
test-data/em.edr
test-data/em.gro
test-data/em.tpr
test-data/em.trr
test-data/index.ndx
test-data/ions.mdp
test-data/ions.tpr
test-data/md.mdp
test-data/md_0_1.cpt
test-data/md_0_1.edr
test-data/md_0_1.gro
test-data/md_0_1.ndx
test-data/md_0_1.pdb
test-data/md_0_1.tpr
test-data/md_0_1.trr
test-data/md_0_1.xtc
test-data/md_0_1.xvg
test-data/minim.mdp
test-data/newbox.gro
test-data/npt.cpt
test-data/npt.edr
test-data/npt.gro
test-data/npt.mdp
test-data/npt.pdb
test-data/npt.tpr
test-data/npt.trr
test-data/npt.xtc
test-data/nvt.cpt
test-data/nvt.edr
test-data/nvt.gro
test-data/nvt.mdp
test-data/nvt.pdb
test-data/nvt.tpr
test-data/nvt.trr
test-data/nvt.xtc
test-data/posre_cl.itp
test-data/posres.itp
test-data/processed.gro
test-data/solv.gro
test-data/solv_ions.gro
test-data/top_output.top
test-data/topol.top
test-data/topol_solv.top
test-data/trjcat.xtc
test-data/trjconv.xtc
trj.xml
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
@@ -0,0 +1,84 @@
+<macros>
+    <token name="@VERSION@">2019.1.4</token>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="2019.1">gromacs</requirement>
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="doi">10.1016/j.softx.2015.06.001</citation>
+        </citations>
+    </xml>
+    <xml name="md_inputs">
+
+        <conditional name="mdp">
+            <param name="mdpfile" type="select" label="Parameter input">
+                <option value="custom">Upload own MDP file</option>
+                <option value="default">Use default (partially customisable) setting</option>
+            </param>
+            <when value="custom">
+                <param argument="mdp_input" type="data" format='mdp' label="MD parameters (MDP) file (optional; default settings if not set)"/>
+            </when>
+            <when value="default">
+                <param argument="integrator" type="select" label="Choice of integrator">
+                    <option value="md">A leap-frog algorithm for integrating Newton's equations of motion.</option>
+                    <option value="sd">Stochastic dynamics integrator</option>
+                    <option value="bd">An Euler integrator for Brownian or position Langevin dynamics.</option>
+                </param>
+                <param argument="constraints" type="select" label="Bond constraints (constraints)">
+                    <option value="none">No constraints except for those defined explicitly in the topology (none).</option>
+                    <option value="h-bonds">Bonds with H-atoms. (h-bonds).</option>
+                    <option value="all-bonds">All bonds (all-bonds).</option>
+                    <option value="h-angles">Bonds and angles with H-atoms. (h-angles).</option>
+                    <option value="all-angles">All bonds and angles (all-angles).</option>
+                </param>
+                <param argument="cutoffscheme" type="select" label="Neighbor searching">
+                    <option value="Verlet">Generate a pair list with buffering.</option>
+                    <option value="group">Generate a pair list for groups of atoms.</option>
+                </param>
+                <param argument="coulombtype" type="select" label="Electrostatics">
+                    <option value="PME">Fast smooth Particle-Mesh Ewald (SPME) electrostatics.</option>
+                    <option value="P3M-AD">Particle-Particle Particle-Mesh algorithm with analytical derivative.</option>
+                    <option value="Reaction-Field-zero">Reaction field electrostatics.</option>
+                </param>
+                
+                <param argument="temperature" type="integer" label="Temperature /K" value="0" min="0" max="1000000" help="Temperature" />
+                <param argument="step_length" type="float" label="Step length in ps" value="0" min="0.0001" max="1.0" help="Step length in ps." />
+                <param argument="write_freq" type="integer" label="Number of steps that elapse between saving data points (velocities, forces, energies)" value="0" min="0" max="1000000" help="Step length in ps." />
+                <param argument="rcoulomb" value="1.0" type="float" label="Distance for the Coulomb cut-off."/>
+                <param argument="rlist" value="1.0" type="float" label="Cut-off distance for the short-range neighbor list. Ignored if the Verlet cutoff scheme is set."/>
+                <param argument="rvdw" value="1.0" type="float" label="Short range van der Waals cutoff."/>
+                <param argument="md_steps" type="integer" label="Number of steps for the simulation" value="0" min="0" max="1000000" help="NPT steps" />
+                
+            </when>
+
+        </conditional>
+
+    </xml>
+
+    <xml name="log">
+        <param name="capture_log" type="boolean" value="false" label="Generate detailed log" help="Generate detailed log information that can be summarized with ParseLog."/>
+    </xml>
+
+    <xml name="log_outputs">
+        <data name="report" format="txt" from_work_dir="verbose.txt">
+            <filter>capture_log</filter>
+        </data>
+    </xml>
+
+    <xml name="test_params">
+        <param name="mdpfile" value="default" />
+        <param name="step_length" value="0.002"/>
+        <param name="md_steps" value="500"/>
+        <param name="write_freq" value="50"/>
+        <param name="temperature" value="300"/>
+        <param name="integrator" value="md" />
+        <param name="constraints" value="all-bonds"/>
+        <param name="cutoffscheme" value="Verlet" />
+        <param name="coulombtype" value="PME" />
+        <param name="rlist" value="1.0" />
+        <param name="rcoulomb" value="1.0" />
+        <param name="rvdw" value="1.0" />
+    </xml>
+</macros>
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 merge_top.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/merge_top.py Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
[
@@ -0,0 +1,38 @@
+import re
+import sys
+
+
+def combine_tops(top_text, itp_texts):
+    """
+    Search through parent topology top_text and replace
+    #include lines with the relevant child topologies
+    from the dictionary itp_texts
+    """
+    for itp in itp_texts:
+        # split on include string, then rejoin around itp file
+        spl = re.split('#include ".*{}"\n'.format(itp), top_text)
+        top_text = itp_texts[itp].join(spl)
+    return top_text
+
+
+top = sys.argv[1]  # parent topology file
+itps_file = sys.argv[2]  # file with list of child topologies (.itp files)
+
+with open(itps_file) as f:
+    itps = f.read().split()
+
+with open(top, 'r') as f:
+    top_text = f.read()
+
+itp_texts = {}  # create dictionary of child topologies
+for itp in itps:
+    with open(itp, 'r') as f:
+        itp_texts[itp] = f.read()
+
+for itp in itp_texts:
+    # child tops may also refer to each other; we need to check this
+    itp_texts[itp] = combine_tops(itp_texts[itp], itp_texts)
+
+with open('top_output.top', 'w') as f:
+    # now combine all children into the parent
+    f.write(combine_tops(top_text, itp_texts))
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/1AKI.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/1AKI.pdb Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,1436 @@\n+HEADER    HYDROLASE                               19-MAY-97   1AKI              \n+TITLE     THE STRUCTURE OF THE ORTHORHOMBIC FORM OF HEN EGG-WHITE               \n+TITLE    2 LYSOZYME AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION                                 \n+COMPND    MOL_ID: 1;                                                            \n+COMPND   2 MOLECULE: LYSOZYME;                                                  \n+COMPND   3 CHAIN: A;                                                            \n+COMPND   4 EC: 3.2.1.17                                                         \n+SOURCE    MOL_ID: 1;                                                            \n+SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: GALLUS GALLUS;                                  \n+SOURCE   3 ORGANISM_COMMON: CHICKEN;                                            \n+SOURCE   4 ORGANISM_TAXID: 9031;                                                \n+SOURCE   5 CELL: EGG                                                            \n+KEYWDS    HYDROLASE, GLYCOSIDASE                                                \n+EXPDTA    X-RAY DIFFRACTION                                                     \n+AUTHOR    D.CARTER,J.HE,J.R.RUBLE,B.WRIGHT                                      \n+REVDAT   2   24-FEB-09 1AKI    1       VERSN                                    \n+REVDAT   1   19-NOV-97 1AKI    0                                                \n+JRNL        AUTH   P.J.ARTYMIUK,C.C.F.BLAKE,D.W.RICE,K.S.WILSON                 \n+JRNL        TITL   THE STRUCTURES OF THE MONOCLINIC AND ORTHORHOMBIC            \n+JRNL        TITL 2 FORMS OF HEN EGG-WHITE LYSOZYME AT 6 ANGSTROMS               \n+JRNL        TITL 3 RESOLUTION                                                   \n+JRNL        REF    ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.B      V.  38   778 1982              \n+JRNL        REFN                   ISSN 0108-7681                               \n+REMARK   1                                                                      \n+REMARK   2                                                                      \n+REMARK   2 RESOLUTION.    1.50 ANGSTROMS.                                       \n+REMARK   3                                                                      \n+REMARK   3 REFINEMENT.                                                          \n+REMARK   3   PROGRAM     : GPRLSA, X-PLOR                                       \n+REMARK   3   AUTHORS     : FUREY                                                \n+REMARK   3                                                                      \n+REMARK   3  DATA USED IN REFINEMENT.                                            \n+REMARK   3   RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 1.50                           \n+REMARK   3   RESOLUTION RANGE LOW  (ANGSTROMS) : 10.00                          \n+REMARK   3   DATA CUTOFF            (SIGMA(F)) : 1.000                          \n+REMARK   3   COMPLETENESS FOR RANGE        (%) : 91.1                           \n+REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 16327                          \n+REMARK   3                                                                      \n+REMARK   3  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT.                                     \n+REMARK   3   CROSS-VALIDATION METHOD          : NULL                            \n+REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SELECTION  : NULL                            \n+REMARK   3   R VALUE     (WORKING + TEST SET) : NULL                            \n+REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET) : 0.212                           \n+REMARK   3   FREE R VALUE                     : NULL                            \n+REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%) : NULL                            \n+REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT      : NULL                            \n+REMARK   3                                                                      \n+REMARK   3  FIT/AGREEMENT OF MODEL WITH ALL DATA.                               \n+REMARK   3   R VALUE   (WORKING + TEST SET,'..b'OH A 169      22.984  29.224  13.124  0.75 22.56           O  \n+HETATM 1043  O   HOH A 170      30.778   7.794  -3.514  0.65 21.58           O  \n+HETATM 1044  O   HOH A 171      42.965  14.657   4.991  0.63 23.91           O  \n+HETATM 1045  O   HOH A 172      36.927  17.948 -13.093  0.62 23.36           O  \n+HETATM 1046  O   HOH A 173      35.412  25.852 -11.575  0.58 23.42           O  \n+HETATM 1047  O   HOH A 174      37.428  32.540  -5.787  0.62 21.98           O  \n+HETATM 1048  O   HOH A 175      37.317   8.592   7.456  0.64 22.92           O  \n+HETATM 1049  O   HOH A 176       9.314  36.705 -11.546  0.69 23.77           O  \n+HETATM 1050  O   HOH A 177      39.972  23.760  -2.655  0.86 18.96           O  \n+HETATM 1051  O   HOH A 178      22.128  30.274  -0.543  0.76 18.78           O  \n+HETATM 1052  O   HOH A 179      22.244  15.813  10.000  0.68 19.66           O  \n+HETATM 1053  O   HOH A 180      40.729   9.223   0.292  0.64 20.15           O  \n+HETATM 1054  O   HOH A 181      12.500  15.267   4.097  0.56 20.12           O  \n+HETATM 1055  O   HOH A 182      20.372  28.618  -2.353  0.64 20.17           O  \n+HETATM 1056  O   HOH A 183      22.793  15.462  -6.673  0.63 20.60           O  \n+HETATM 1057  O   HOH A 184      23.138  31.809  15.121  0.55 20.90           O  \n+HETATM 1058  O   HOH A 185      22.671  38.691   8.245  0.48 21.16           O  \n+HETATM 1059  O   HOH A 186      33.966  33.112   6.837  0.59 19.45           O  \n+HETATM 1060  O   HOH A 187      19.572  25.423  -1.420  0.53 19.94           O  \n+HETATM 1061  O   HOH A 188      14.790  15.672   7.259  0.52 21.22           O  \n+HETATM 1062  O   HOH A 189      19.112  28.022 -14.647  0.49 19.83           O  \n+HETATM 1063  O   HOH A 190      17.302  39.059 -12.453  0.52 20.14           O  \n+HETATM 1064  O   HOH A 191      16.198  14.502   5.577  0.46 20.78           O  \n+HETATM 1065  O   HOH A 192      17.345  46.346  -7.080  0.50 18.13           O  \n+HETATM 1066  O   HOH A 193      14.992  31.300  -4.242  0.46 17.90           O  \n+HETATM 1067  O   HOH A 194      28.196  44.775  -3.148  0.44 18.15           O  \n+HETATM 1068  O   HOH A 195      29.479  13.863  -9.107  0.44 18.30           O  \n+HETATM 1069  O   HOH A 196      23.613  44.811   2.608  0.45 17.66           O  \n+HETATM 1070  O   HOH A 197      40.572  22.184  -6.358  0.42 18.06           O  \n+HETATM 1071  O   HOH A 198      12.475  31.860  -6.226  0.47 17.85           O  \n+HETATM 1072  O   HOH A 199      16.684  13.594  -5.832  0.31 18.51           O  \n+HETATM 1073  O   HOH A 200      27.534  38.059 -12.862  0.48 18.19           O  \n+HETATM 1074  O   HOH A 201      25.892  35.973  11.563  0.46 18.15           O  \n+HETATM 1075  O   HOH A 202      24.790  25.182  16.063  0.46 17.64           O  \n+HETATM 1076  O   HOH A 203      12.580  21.214   5.006  0.51 17.97           O  \n+HETATM 1077  O   HOH A 204      19.687  23.750  -4.851  0.37 18.08           O  \n+HETATM 1078  O   HOH A 205      27.098  35.956 -12.358  0.39 18.71           O  \n+HETATM 1079  O   HOH A 206      37.255   9.634  10.002  0.46 18.39           O  \n+HETATM 1080  O   HOH A 207      43.755  23.843   8.038  0.38 17.96           O  \n+CONECT   48  981                                                                \n+CONECT  238  889                                                                \n+CONECT  513  630                                                                \n+CONECT  601  724                                                                \n+CONECT  630  513                                                                \n+CONECT  724  601                                                                \n+CONECT  889  238                                                                \n+CONECT  981   48                                                                \n+MASTER      290    0    0    8    2    0    0    6 1079    1    8   10          \n+END                                                                             \n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/em.edr
b
Binary file test-data/em.edr has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/em.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/em.gro Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,38379 @@\n+LYSOZYME in water\n+38376\n+    1LYS      N    1   4.422   3.406   2.462\n+    1LYS     H1    2   4.494   3.461   2.416\n+    1LYS     H2    3   4.354   3.379   2.393\n+    1LYS     H3    4   4.377   3.460   2.536\n+    1LYS     CA    5   4.475   3.284   2.524\n+    1LYS     HA    6   4.525   3.225   2.448\n+    1LYS     CB    7   4.578   3.317   2.635\n+    1LYS    HB1    8   4.664   3.365   2.589\n+    1LYS    HB2    9   4.537   3.390   2.705\n+    1LYS     CG   10   4.627   3.195   2.715\n+    1LYS    HG1   11   4.550   3.164   2.786\n+    1LYS    HG2   12   4.640   3.112   2.647\n+    1LYS     CD   13   4.759   3.218   2.790\n+    1LYS    HD1   14   4.838   3.237   2.718\n+    1LYS    HD2   15   4.751   3.306   2.854\n+    1LYS     CE   16   4.795   3.094   2.875\n+    1LYS    HE1   17   4.726   3.085   2.959\n+    1LYS    HE2   18   4.785   3.003   2.817\n+    1LYS     NZ   19   4.932   3.099   2.926\n+    1LYS    HZ1   20   4.942   3.016   2.986\n+    1LYS    HZ2   21   4.998   3.088   2.850\n+    1LYS    HZ3   22   4.950   3.185   2.977\n+    1LYS      C   23   4.358   3.203   2.578\n+    1LYS      O   24   4.272   3.260   2.645\n+    2VAL      N   25   4.356   3.072   2.555\n+    2VAL      H   26   4.430   3.030   2.497\n+    2VAL     CA   27   4.277   2.978   2.633\n+    2VAL     HA   28   4.200   3.028   2.690\n+    2VAL     CB   29   4.210   2.872   2.542\n+    2VAL     HB   30   4.288   2.814   2.492\n+    2VAL    CG1   31   4.121   2.775   2.623\n+    2VAL   HG11   32   4.069   2.705   2.558\n+    2VAL   HG12   33   4.179   2.716   2.694\n+    2VAL   HG13   34   4.045   2.829   2.680\n+    2VAL    CG2   35   4.125   2.937   2.432\n+    2VAL   HG21   36   4.075   2.863   2.371\n+    2VAL   HG22   37   4.049   3.000   2.477\n+    2VAL   HG23   38   4.185   3.000   2.365\n+    2VAL      C   39   4.378   2.913   2.729\n+    2VAL      O   40   4.480   2.858   2.686\n+    3PHE      N   41   4.350   2.923   2.858\n+    3PHE      H   42   4.262   2.968   2.884\n+    3PHE     CA   43   4.425   2.856   2.964\n+    3PHE     HA   44   4.532   2.858   2.942\n+    3PHE     CB   45   4.396   2.927   3.098\n+    3PHE    HB1   46   4.294   2.964   3.103\n+    3PHE    HB2   47   4.405   2.855   3.179\n+    3PHE     CG   48   4.489   3.043   3.132\n+    3PHE    CD1   49   4.468   3.171   3.079\n+    3PHE    HD1   50   4.385   3.188   3.012\n+    3PHE    CD2   51   4.595   3.021   3.221\n+    3PHE    HD2   52   4.609   2.923   3.263\n+    3PHE    CE1   53   4.556   3.276   3.112\n+    3PHE    HE1   54   4.541   3.375   3.072\n+    3PHE    CE2   55   4.683   3.126   3.256\n+    3PHE    HE2   56   4.764   3.108   3.324\n+    3PHE     CZ   57   4.663   3.254   3.200\n+    3PHE     HZ   58   4.730   3.335   3.226\n+    3PHE      C   59   4.376   2.711   2.977\n+    3PHE      O   60   4.258   2.680   2.956\n+    4GLY      N   61   4.465   2.625   3.025\n+    4GLY      H   62   4.562   2.656   3.035\n+    4GLY     CA   63   4.428   2.493   3.075\n+    4GLY    HA1   64   4.346   2.449   3.018\n+    4GLY    HA2   65   4.514   2.427   3.064\n+    4GLY      C   66   4.392   2.506   3.224\n+    4GLY      O   67   4.443   2.595   3.292\n+    5ARG      N   68   4.303   2.419   3.275\n+    5ARG      H   69   4.261   2.352   3.212\n+    5ARG     CA   70   4.249   2.422   3.412\n+    5ARG     HA   71   4.184   2.510   3.417\n+    5ARG     CB   72   4.163   2.296   3.436\n+    5ARG    HB1   73   4.079   2.296   3.367\n+    5ARG    HB2   74   4.221   2.208   3.410\n+    5ARG     CG   75   4.109   2.279   3.579\n+    5ARG    HG1   76   4.190   2.273   3.651\n+    5ARG    HG2   77   4.051   2.367   3.607\n+    5ARG     CD   78   4.021   2.154   3.596\n+    5ARG    HD1   79   3.975   2.151   3.694\n+    5ARG    HD2   80   3.938   2.157   3.525\n+    5ARG     NE   81   4.096   2.030   3.574\n+    5ARG     HE   82   4.077   1.988   3.482\n+    5ARG     CZ   83   4.166   1.961   3.666\n+    5ARG    NH1   84   4.183   2.007   3.790\n+    5ARG   HH11   85   4.151   2.100   3.820\n+    5ARG   HH12   86   4.226   1.946   3.8'..b'24   5.807\n+12240SOL     OW38291   6.209   6.418   7.023\n+12240SOL    HW138292   6.268   6.497   7.006\n+12240SOL    HW238293   6.264   6.336   7.032\n+12241SOL     OW38294   7.074   7.332   6.559\n+12241SOL    HW138295   7.101   0.064   6.495\n+12241SOL    HW238296   7.152   7.306   6.615\n+12242SOL     OW38297   6.297   6.153   7.291\n+12242SOL    HW138298   6.340   6.230   7.339\n+12242SOL    HW238299   6.350   6.070   7.309\n+12243SOL     OW38300   5.975   7.307   7.149\n+12243SOL    HW138301   5.904   0.039   7.142\n+12243SOL    HW238302   5.938   7.228   7.199\n+12244SOL     OW38303   7.272   6.459   6.820\n+12244SOL    HW138304   7.260   6.373   6.771\n+12244SOL    HW238305   7.241   6.535   6.762\n+12245SOL     OW38306   6.830   5.912   6.034\n+12245SOL    HW138307   6.887   5.829   6.032\n+12245SOL    HW238308   6.847   5.961   6.119\n+12246SOL     OW38309   6.173   6.323   6.254\n+12246SOL    HW138310   6.215   6.413   6.242\n+12246SOL    HW238311   6.103   6.310   6.184\n+12247SOL     OW38312   7.302   6.503   7.086\n+12247SOL    HW138313   7.339   6.594   7.103\n+12247SOL    HW238314   7.302   6.484   6.988\n+12248SOL     OW38315   6.439   6.955   5.624\n+12248SOL    HW138316   6.408   6.972   5.718\n+12248SOL    HW238317   6.471   7.040   5.583\n+12249SOL     OW38318   6.454   6.556   6.442\n+12249SOL    HW138319   6.506   6.478   6.478\n+12249SOL    HW238320   6.413   6.607   6.517\n+12250SOL     OW38321   6.663   6.579   5.671\n+12250SOL    HW138322   6.637   6.629   5.588\n+12250SOL    HW238323   6.741   6.519   5.650\n+12251SOL     OW38324   0.053   7.124   6.435\n+12251SOL    HW138325   7.317   7.105   6.372\n+12251SOL    HW238326   0.079   7.039   6.481\n+12252SOL     OW38327   5.680   6.816   6.247\n+12252SOL    HW138328   5.679   6.773   6.337\n+12252SOL    HW238329   5.745   6.769   6.187\n+12253SOL     OW38330   6.263   6.982   7.212\n+12253SOL    HW138331   6.190   6.923   7.247\n+12253SOL    HW238332   6.257   7.072   7.255\n+12254SOL     OW38333   7.331   5.751   6.842\n+12254SOL    HW138334   0.046   5.667   6.850\n+12254SOL    HW238335   0.006   5.793   6.752\n+12255SOL     OW38336   6.014   6.018   6.110\n+12255SOL    HW138337   6.052   5.951   6.047\n+12255SOL    HW238338   5.965   5.971   6.184\n+12256SOL     OW38339   5.916   6.142   6.875\n+12256SOL    HW138340   5.974   6.086   6.934\n+12256SOL    HW238341   5.932   6.117   6.779\n+12257SOL     OW38342   6.428   7.138   6.264\n+12257SOL    HW138343   6.414   7.218   6.207\n+12257SOL    HW238344   6.342   7.086   6.270\n+12258SOL     OW38345   7.019   5.813   6.706\n+12258SOL    HW138346   7.051   5.727   6.747\n+12258SOL    HW238347   6.963   5.862   6.774\n+12259SOL     OW38348   6.595   5.600   6.726\n+12259SOL    HW138349   6.534   5.541   6.673\n+12259SOL    HW238350   6.686   5.561   6.728\n+12260SOL     OW38351   6.363   6.915   5.901\n+12260SOL    HW138352   6.333   6.821   5.913\n+12260SOL    HW238353   6.444   6.932   5.958\n+12261SOL     OW38354   6.211   7.150   6.873\n+12261SOL    HW138355   6.213   7.218   6.947\n+12261SOL    HW238356   6.302   7.142   6.833\n+12262SOL     OW38357   6.949   5.635   5.749\n+12262SOL    HW138358   6.988   5.565   5.689\n+12262SOL    HW238359   6.855   5.609   5.774\n+12263SOL     OW38360   6.874   6.047   6.269\n+12263SOL    HW138361   6.819   6.131   6.269\n+12263SOL    HW238362   6.871   6.006   6.360\n+12264SOL     OW38363   7.183   5.810   6.483\n+12264SOL    HW138364   7.125   5.800   6.564\n+12264SOL    HW238365   7.144   5.878   6.422\n+12265SOL     OW38366   5.630   6.651   5.892\n+12265SOL    HW138367   5.728   6.649   5.873\n+12265SOL    HW238368   5.599   6.558   5.915\n+12266CL      CL38369   0.201   2.832   1.237\n+12267CL      CL38370   1.614   2.267   3.255\n+12268CL      CL38371   1.597   7.226   3.986\n+12269CL      CL38372   1.368   6.406   5.944\n+12270CL      CL38373   3.098   3.643   6.186\n+12271CL      CL38374   2.871   3.928   1.863\n+12272CL      CL38375   7.226   0.967   0.588\n+12273CL      CL38376   6.448   5.573   6.100\n+   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/em.tpr
b
Binary file test-data/em.tpr has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/em.trr
b
Binary file test-data/em.trr has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/index.ndx
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/index.ndx Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
[
b'@@ -0,0 +1,13162 @@\n+[ System ]\n+   1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12   13   14   15\n+  16   17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30\n+  31   32   33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45\n+  46   47   48   49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60\n+  61   62   63   64   65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75\n+  76   77   78   79   80   81   82   83   84   85   86   87   88   89   90\n+  91   92   93   94   95   96   97   98   99  100  101  102  103  104  105\n+ 106  107  108  109  110  111  112  113  114  115  116  117  118  119  120\n+ 121  122  123  124  125  126  127  128  129  130  131  132  133  134  135\n+ 136  137  138  139  140  141  142  143  144  145  146  147  148  149  150\n+ 151  152  153  154  155  156  157  158  159  160  161  162  163  164  165\n+ 166  167  168  169  170  171  172  173  174  175  176  177  178  179  180\n+ 181  182  183  184  185  186  187  188  189  190  191  192  193  194  195\n+ 196  197  198  199  200  201  202  203  204  205  206  207  208  209  210\n+ 211  212  213  214  215  216  217  218  219  220  221  222  223  224  225\n+ 226  227  228  229  230  231  232  233  234  235  236  237  238  239  240\n+ 241  242  243  244  245  246  247  248  249  250  251  252  253  254  255\n+ 256  257  258  259  260  261  262  263  264  265  266  267  268  269  270\n+ 271  272  273  274  275  276  277  278  279  280  281  282  283  284  285\n+ 286  287  288  289  290  291  292  293  294  295  296  297  298  299  300\n+ 301  302  303  304  305  306  307  308  309  310  311  312  313  314  315\n+ 316  317  318  319  320  321  322  323  324  325  326  327  328  329  330\n+ 331  332  333  334  335  336  337  338  339  340  341  342  343  344  345\n+ 346  347  348  349  350  351  352  353  354  355  356  357  358  359  360\n+ 361  362  363  364  365  366  367  368  369  370  371  372  373  374  375\n+ 376  377  378  379  380  381  382  383  384  385  386  387  388  389  390\n+ 391  392  393  394  395  396  397  398  399  400  401  402  403  404  405\n+ 406  407  408  409  410  411  412  413  414  415  416  417  418  419  420\n+ 421  422  423  424  425  426  427  428  429  430  431  432  433  434  435\n+ 436  437  438  439  440  441  442  443  444  445  446  447  448  449  450\n+ 451  452  453  454  455  456  457  458  459  460  461  462  463  464  465\n+ 466  467  468  469  470  471  472  473  474  475  476  477  478  479  480\n+ 481  482  483  484  485  486  487  488  489  490  491  492  493  494  495\n+ 496  497  498  499  500  501  502  503  504  505  506  507  508  509  510\n+ 511  512  513  514  515  516  517  518  519  520  521  522  523  524  525\n+ 526  527  528  529  530  531  532  533  534  535  536  537  538  539  540\n+ 541  542  543  544  545  546  547  548  549  550  551  552  553  554  555\n+ 556  557  558  559  560  561  562  563  564  565  566  567  568  569  570\n+ 571  572  573  574  575  576  577  578  579  580  581  582  583  584  585\n+ 586  587  588  589  590  591  592  593  594  595  596  597  598  599  600\n+ 601  602  603  604  605  606  607  608  609  610  611  612  613  614  615\n+ 616  617  618  619  620  621  622  623  624  625  626  627  628  629  630\n+ 631  632  633  634  635  636  637  638  639  640  641  642  643  644  645\n+ 646  647  648  649  650  651  652  653  654  655  656  657  658  659  660\n+ 661  662  663  664  665  666  667  668  669  670  671  672  673  674  675\n+ 676  677  678  679  680  681  682  683  684  685  686  687  688  689  690\n+ 691  692  693  694  695  696  697  698  699  700  701  702  703  704  705\n+ 706  707  708  709  710  711  712  713  714  715  716  717  718  719  720\n+ 721  722  723  724  725  726  727  728  729  730  731  732  733  734  735\n+ 736  737  738  739  740  741  742  743  744  745  746  747  748  749  750\n+ 751  752  753  754  755  756  757  758  759  760  761  762  763  764  765\n+ 766  767  768  769  770  771  772  773  774  775  776  777  778  779  780\n+ 781  782  783'..b'1 1172 1173 1174 1175 1176 1177 1178 1179 1180 1181 1182 1183 1184 1185\n+1186 1187 1188 1189 1190 1191 1192 1193 1194 1195 1196 1197 1198 1199 1200\n+1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 1211 1212 1213 1214 1215\n+1216 1217 1218 1219 1220 1221 1222 1223 1224 1225 1226 1227 1228 1229 1230\n+1231 1232 1233 1234 1235 1236 1237 1238 1239 1240 1241 1242 1243 1244 1245\n+1246 1247 1248 1249 1250 1251 1252 1253 1254 1255 1256 1257 1258 1259 1260\n+1261 1262 1263 1264 1265 1266 1267 1268 1269 1270 1271 1272 1273 1274 1275\n+1276 1277 1278 1279 1280 1281 1282 1283 1284 1285 1286 1287 1288 1289 1290\n+1291 1292 1293 1294 1295 1296 1297 1298 1299 1300 1301 1302 1303 1304 1305\n+1306 1307 1308 1309 1310 1311 1312 1313 1314 1315 1316 1317 1318 1319 1320\n+1321 1322 1323 1324 1325 1326 1327 1328 1329 1330 1331 1332 1333 1334 1335\n+1336 1337 1338 1339 1340 1341 1342 1343 1344 1345 1346 1347 1348 1349 1350\n+1351 1352 1353 1354 1355 1356 1357 1358 1359 1360 1361 1362 1363 1364 1365\n+1366 1367 1368 1369 1370 1371 1372 1373 1374 1375 1376 1377 1378 1379 1380\n+1381 1382 1383 1384 1385 1386 1387 1388 1389 1390 1391 1392 1393 1394 1395\n+1396 1397 1398 1399 1400 1401 1402 1403 1404 1405 1406 1407 1408 1409 1410\n+1411 1412 1413 1414 1415 1416 1417 1418 1419 1420 1421 1422 1423 1424 1425\n+1426 1427 1428 1429 1430 1431 1432 1433 1434 1435 1436 1437 1438 1439 1440\n+1441 1442 1443 1444 1445 1446 1447 1448 1449 1450 1451 1452 1453 1454 1455\n+1456 1457 1458 1459 1460 1461 1462 1463 1464 1465 1466 1467 1468 1469 1470\n+1471 1472 1473 1474 1475 1476 1477 1478 1479 1480 1481 1482 1483 1484 1485\n+1486 1487 1488 1489 1490 1491 1492 1493 1494 1495 1496 1497 1498 1499 1500\n+1501 1502 1503 1504 1505 1506 1507 1508 1509 1510 1511 1512 1513 1514 1515\n+1516 1517 1518 1519 1520 1521 1522 1523 1524 1525 1526 1527 1528 1529 1530\n+1531 1532 1533 1534 1535 1536 1537 1538 1539 1540 1541 1542 1543 1544 1545\n+1546 1547 1548 1549 1550 1551 1552 1553 1554 1555 1556 1557 1558 1559 1560\n+1561 1562 1563 1564 1565 1566 1567 1568 1569 1570 1571 1572 1573 1574 1575\n+1576 1577 1578 1579 1580 1581 1582 1583 1584 1585 1586 1587 1588 1589 1590\n+1591 1592 1593 1594 1595 1596 1597 1598 1599 1600 1601 1602 1603 1604 1605\n+1606 1607 1608 1609 1610 1611 1612 1613 1614 1615 1616 1617 1618 1619 1620\n+1621 1622 1623 1624 1625 1626 1627 1628 1629 1630 1631 1632 1633 1634 1635\n+1636 1637 1638 1639 1640 1641 1642 1643 1644 1645 1646 1647 1648 1649 1650\n+1651 1652 1653 1654 1655 1656 1657 1658 1659 1660 1661 1662 1663 1664 1665\n+1666 1667 1668 1669 1670 1671 1672 1673 1674 1675 1676 1677 1678 1679 1680\n+1681 1682 1683 1684 1685 1686 1687 1688 1689 1690 1691 1692 1693 1694 1695\n+1696 1697 1698 1699 1700 1701 1702 1703 1704 1705 1706 1707 1708 1709 1710\n+1711 1712 1713 1714 1715 1716 1717 1718 1719 1720 1721 1722 1723 1724 1725\n+1726 1727 1728 1729 1730 1731 1732 1733 1734 1735 1736 1737 1738 1739 1740\n+1741 1742 1743 1744 1745 1746 1747 1748 1749 1750 1751 1752 1753 1754 1755\n+1756 1757 1758 1759 1760 1761 1762 1763 1764 1765 1766 1767 1768 1769 1770\n+1771 1772 1773 1774 1775 1776 1777 1778 1779 1780 1781 1782 1783 1784 1785\n+1786 1787 1788 1789 1790 1791 1792 1793 1794 1795 1796 1797 1798 1799 1800\n+1801 1802 1803 1804 1805 1806 1807 1808 1809 1810 1811 1812 1813 1814 1815\n+1816 1817 1818 1819 1820 1821 1822 1823 1824 1825 1826 1827 1828 1829 1830\n+1831 1832 1833 1834 1835 1836 1837 1838 1839 1840 1841 1842 1843 1844 1845\n+1846 1847 1848 1849 1850 1851 1852 1853 1854 1855 1856 1857 1858 1859 1860\n+1861 1862 1863 1864 1865 1866 1867 1868 1869 1870 1871 1872 1873 1874 1875\n+1876 1877 1878 1879 1880 1881 1882 1883 1884 1885 1886 1887 1888 1889 1890\n+1891 1892 1893 1894 1895 1896 1897 1898 1899 1900 1901 1902 1903 1904 1905\n+1906 1907 1908 1909 1910 1911 1912 1913 1914 1915 1916 1917 1918 1919 1920\n+1921 1922 1923 1924 1925 1926 1927 1928 1929 1930 1931 1932 1933 1934 1935\n+1936 1937 1938 1939 1940 1941 1942 1943 1944 1945 1946 1947 1948 1949 1950\n+1951 1952 1953 1954 1955 1956 1957 1958 1959 1960\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/ions.mdp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ions.mdp Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
@@ -0,0 +1,15 @@
+; ions.mdp - used as input into grompp to generate ions.tpr
+; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
+integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
+emtol = 1000.0   ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm
+emstep      = 0.01      ; Energy step size
+nsteps = 50000    ; Maximum number of (minimization) steps to perform
+
+; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
+nstlist     = 1     ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
+cutoff-scheme   = Verlet
+ns_type     = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
+coulombtype     = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions
+rcoulomb     = 1.0 ; Short-range electrostatic cut-off
+rvdw     = 1.0 ; Short-range Van der Waals cut-off
+pbc         = xyz  ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/ions.tpr
b
Binary file test-data/ions.tpr has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/md.mdp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/md.mdp Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
@@ -0,0 +1,46 @@
+title = OPLS Lysozyme MD simulation 
+; Run parameters
+integrator = md ; leap-frog integrator
+nsteps = 500 ; 2 * 500000 = 1000 ps (1 ns)
+dt     = 0.002 ; 2 fs
+; Output control
+nstxout         = 50 ; save coordinates every 10.0 ps
+nstvout         = 50 ; save velocities every 10.0 ps
+nstenergy         = 50 ; save energies every 10.0 ps
+nstlog         = 50 ; update log file every 10.0 ps
+nstxout-compressed  = 50      ; save compressed coordinates every 10.0 ps
+                                ; nstxout-compressed replaces nstxtcout
+compressed-x-grps   = System    ; replaces xtc-grps
+; Bond parameters
+continuation         = yes ; Restarting after NPT 
+constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints 
+constraints             = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
+lincs_iter             = 1     ; accuracy of LINCS
+lincs_order             = 4     ; also related to accuracy
+; Neighborsearching
+cutoff-scheme   = Verlet
+ns_type     = grid ; search neighboring grid cells
+nstlist     = 10     ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
+rcoulomb     = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
+rvdw     = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
+; Electrostatics
+coulombtype     = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
+pme_order     = 4     ; cubic interpolation
+fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT
+; Temperature coupling is on
+tcoupl = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
+tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
+tau_t = 0.1   0.1         ; time constant, in ps
+ref_t = 300    300         ; reference temperature, one for each group, in K
+; Pressure coupling is on
+pcoupl         = Parrinello-Rahman     ; Pressure coupling on in NPT
+pcoupltype         = isotropic             ; uniform scaling of box vectors
+tau_p         = 2.0             ; time constant, in ps
+ref_p         = 1.0             ; reference pressure, in bar
+compressibility     = 4.5e-5             ; isothermal compressibility of water, bar^-1
+; Periodic boundary conditions
+pbc = xyz ; 3-D PBC
+; Dispersion correction
+DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme
+; Velocity generation
+gen_vel = no ; Velocity generation is off 
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/md_0_1.cpt
b
Binary file test-data/md_0_1.cpt has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/md_0_1.edr
b
Binary file test-data/md_0_1.edr has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/md_0_1.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/md_0_1.gro Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,38379 @@\n+LYSOZYME in water\n+38376\n+    1LYS      N    1   4.429   3.394   2.466  0.1526  0.1131 -0.1241\n+    1LYS     H1    2   4.376   3.432   2.544 -0.2928 -0.4706 -0.1363\n+    1LYS     H2    3   4.491   3.470   2.441 -2.6019  2.5173 -0.1367\n+    1LYS     H3    4   4.371   3.381   2.385 -1.9364  0.4538  1.2296\n+    1LYS     CA    5   4.491   3.267   2.504 -0.0957  0.2396  0.7361\n+    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.415  0.1777  1.9459 -0.1414\n+    1LYS     CB    7   4.611   3.287   2.597  0.2331  0.3607  0.2888\n+    1LYS    HB1    8   4.691   3.335   2.540 -0.9588  0.5463 -1.3130\n+    1LYS    HB2    9   4.580   3.352   2.679 -3.1476  1.4459 -1.6371\n+    1LYS     CG   10   4.663   3.155   2.654  0.4507  0.2270 -0.2116\n+    1LYS    HG1   11   4.593   3.106   2.721  1.5678  0.1609  0.9305\n+    1LYS    HG2   12   4.691   3.078   2.582 -1.5498 -0.0941 -0.6984\n+    1LYS     CD   13   4.784   3.172   2.745  0.1335  0.5457  0.1550\n+    1LYS    HD1   14   4.879   3.175   2.692 -0.1725 -0.6211 -0.4947\n+    1LYS    HD2   15   4.778   3.262   2.806  2.1440  0.6466  0.2861\n+    1LYS     CE   16   4.789   3.047   2.833 -0.4807 -0.1214 -0.7457\n+    1LYS    HE1   17   4.719   3.047   2.917  1.7277  0.0045  1.1773\n+    1LYS    HE2   18   4.773   2.952   2.781 -0.8328 -0.4569 -0.0525\n+    1LYS     NZ   19   4.922   3.040   2.895 -0.6050 -0.3999 -0.5081\n+    1LYS    HZ1   20   4.908   2.970   2.967 -0.7211  1.5265  1.4550\n+    1LYS    HZ2   21   4.992   3.015   2.826 -0.9550 -1.2417 -0.5745\n+    1LYS    HZ3   22   4.939   3.130   2.937  1.5134  0.3689 -2.7878\n+    1LYS      C   23   4.379   3.185   2.565  0.3972 -0.1245  1.1651\n+    1LYS      O   24   4.296   3.236   2.641 -0.0875  0.6005  0.1685\n+    2VAL      N   25   4.365   3.059   2.522  0.0372  0.1665  0.4194\n+    2VAL      H   26   4.431   3.029   2.452 -1.4709 -0.4772 -0.7867\n+    2VAL     CA   27   4.289   2.960   2.595 -0.0183  0.0950  0.2651\n+    2VAL     HA   28   4.202   3.005   2.642  0.4748 -0.2845  1.5897\n+    2VAL     CB   29   4.256   2.854   2.490 -0.0649  0.4842 -0.1163\n+    2VAL     HB   30   4.351   2.822   2.447  0.5872  0.5117  1.2457\n+    2VAL    CG1   31   4.189   2.730   2.550  0.8764  0.0520  0.0663\n+    2VAL   HG11   32   4.156   2.661   2.471  0.7753 -2.7919  2.4270\n+    2VAL   HG12   33   4.265   2.675   2.605 -0.1191 -2.3114 -0.7719\n+    2VAL   HG13   34   4.102   2.763   2.607 -0.9784 -2.2582 -1.2109\n+    2VAL    CG2   35   4.170   2.914   2.378 -0.9867 -0.7006 -0.0661\n+    2VAL   HG21   36   4.167   2.847   2.293  2.5161  1.2669 -1.9884\n+    2VAL   HG22   37   4.071   2.900   2.420 -0.3698 -2.1634  1.0137\n+    2VAL   HG23   38   4.203   3.014   2.350 -0.6507 -0.3028  1.5873\n+    2VAL      C   39   4.385   2.906   2.701  0.1971  0.2163  0.1322\n+    2VAL      O   40   4.488   2.851   2.662 -0.0104 -0.1071  0.0391\n+    3PHE      N   41   4.341   2.920   2.826 -0.1972 -0.6715  0.1015\n+    3PHE      H   42   4.247   2.950   2.847 -0.6923 -1.7042 -0.5419\n+    3PHE     CA   43   4.411   2.859   2.938  0.5547 -0.1372 -0.0650\n+    3PHE     HA   44   4.519   2.861   2.932  0.5519  1.4285  0.0009\n+    3PHE     CB   45   4.372   2.945   3.058  0.1080  0.1711 -0.4294\n+    3PHE    HB1   46   4.272   2.990   3.059  0.3226  0.9335 -3.2544\n+    3PHE    HB2   47   4.372   2.886   3.149  0.6316 -0.8363 -1.0714\n+    3PHE     CG   48   4.469   3.058   3.083 -0.1237  0.2152  0.2652\n+    3PHE    CD1   49   4.451   3.178   3.014  0.0343  0.4010  0.5424\n+    3PHE    HD1   50   4.378   3.170   2.934 -0.6395 -1.6141  1.3102\n+    3PHE    CD2   51   4.576   3.051   3.172  0.0952 -0.2342 -0.0342\n+    3PHE    HD2   52   4.596   2.956   3.221  1.5937  0.9985  1.9196\n+    3PHE    CE1   53   4.529   3.294   3.030 -0.0422  0.5099  0.1465\n+    3PHE    HE1   54   4.516   3.384   2.972 -0.9626  0.9204  0.9658\n+    3PHE    CE2   55   4.661   3.160   3.191 -0.2072 -0.0117  0.0452\n+    3PHE    HE2   56   4.752   3.148   3.249 -0.2102  0.2193  0.1015\n+    3PHE     CZ   57   4.635   3'..b' 6.594   6.659   6.434 -1.7738  0.8002 -0.6626\n+12250SOL     OW38321   6.642   6.652   5.572  0.4397 -0.2823 -0.0651\n+12250SOL    HW138322   6.603   6.711   5.501  1.1166 -0.5859 -0.6987\n+12250SOL    HW238323   6.703   6.585   5.530 -1.0446 -2.0899  0.5227\n+12251SOL     OW38324   0.221   6.994   6.284 -0.4406 -0.5142  0.0142\n+12251SOL    HW138325   0.151   7.017   6.216  0.0347 -1.8597 -0.9744\n+12251SOL    HW238326   0.187   6.921   6.343  0.0880 -1.1555 -0.4555\n+12252SOL     OW38327   5.886   6.811   6.234  0.2079  0.1277 -0.3123\n+12252SOL    HW138328   5.881   6.716   6.265 -1.9732  0.6910  1.2822\n+12252SOL    HW238329   5.922   6.814   6.141 -0.7392 -2.3563 -0.8212\n+12253SOL     OW38330   6.262   6.835   7.257 -0.7366 -0.1839 -0.2195\n+12253SOL    HW138331   6.251   6.814   7.159  0.6595 -2.7792  0.0700\n+12253SOL    HW238332   6.175   6.819   7.304 -0.6013 -2.3341 -0.5780\n+12254SOL     OW38333   0.052   5.676   6.899 -0.2260  0.0341  0.1024\n+12254SOL    HW138334   0.052   5.713   6.806 -2.3340  0.0028  0.0399\n+12254SOL    HW238335   0.036   5.751   6.964  1.0357  0.0238  0.4353\n+12255SOL     OW38336   6.051   6.012   5.958 -0.4443  0.2711 -0.4477\n+12255SOL    HW138337   6.125   5.979   5.899 -1.0716  0.5615 -1.4256\n+12255SOL    HW238338   5.991   5.936   5.983 -0.2131  0.1575 -0.2383\n+12256SOL     OW38339   5.851   5.838   6.609  0.1954  0.2156 -0.9382\n+12256SOL    HW138340   5.865   5.740   6.595  0.6087  0.0502  0.5145\n+12256SOL    HW238341   5.858   5.886   6.521  1.3747 -0.8889 -1.4707\n+12257SOL     OW38342   6.467   7.043   6.301 -0.2687 -0.6857 -0.5813\n+12257SOL    HW138343   6.397   7.030   6.231  0.6708 -0.9461 -1.5048\n+12257SOL    HW238344   6.450   7.128   6.350 -2.2947 -1.6332  0.5110\n+12258SOL     OW38345   6.976   5.820   6.612 -0.7520  0.3184 -0.7995\n+12258SOL    HW138346   6.963   5.721   6.599  1.9691 -0.5237  1.7711\n+12258SOL    HW238347   6.920   5.850   6.690  0.4183  0.1840  0.1104\n+12259SOL     OW38348   6.553   5.474   6.545 -0.2222 -0.3970 -0.0364\n+12259SOL    HW138349   6.539   5.397   6.483 -0.7633  0.4178 -0.9572\n+12259SOL    HW238350   6.648   5.505   6.540 -0.3141 -0.2050 -0.6211\n+12260SOL     OW38351   6.464   6.778   6.019 -0.0898 -0.3518  0.6137\n+12260SOL    HW138352   6.429   6.686   6.036  0.1391 -0.2165  1.9489\n+12260SOL    HW238353   6.554   6.788   6.061  0.4160  0.1264 -0.5369\n+12261SOL     OW38354   6.399   7.017   6.835  0.6341 -0.6348 -0.3472\n+12261SOL    HW138355   6.454   7.096   6.863  1.0454 -0.9700 -0.2133\n+12261SOL    HW238356   6.455   6.955   6.781 -0.0284 -0.1959 -1.5896\n+12262SOL     OW38357   6.886   5.508   5.832  0.1477  0.0482  0.1559\n+12262SOL    HW138358   6.822   5.462   5.771 -0.1354  0.2510  0.2941\n+12262SOL    HW238359   6.846   5.595   5.862  0.6586  0.3648 -0.0757\n+12263SOL     OW38360   6.788   6.057   6.168 -0.0705 -0.0553  0.3629\n+12263SOL    HW138361   6.693   6.087   6.161 -0.2509 -0.9176 -1.8446\n+12263SOL    HW238362   6.800   6.006   6.253 -1.9423 -1.0046  0.1344\n+12264SOL     OW38363   0.010   5.782   6.606 -0.6259  0.0406  0.8064\n+12264SOL    HW138364  -0.089   5.789   6.606 -0.5727  1.4993 -0.1644\n+12264SOL    HW238365   0.042   5.759   6.514 -0.1044 -2.0421  1.4433\n+12265SOL     OW38366   5.692   6.488   5.788 -0.4835  0.1716 -0.0895\n+12265SOL    HW138367   5.775   6.538   5.763  0.6221 -0.7630  1.4883\n+12265SOL    HW238368   5.718   6.397   5.823 -2.0523  0.3377  1.6556\n+12266CL      CL38369   7.169   2.874   1.288 -0.1056 -0.3447  0.1476\n+12267CL      CL38370   1.429   2.334   3.162 -0.4813  0.1653  0.1369\n+12268CL      CL38371   1.434   7.136   4.257 -0.0126 -0.1902  0.3382\n+12269CL      CL38372   1.569   6.306   5.602  0.1944 -0.0930  0.0882\n+12270CL      CL38373   3.048   3.765   6.004 -0.3404 -0.2297 -0.0028\n+12271CL      CL38374   2.706   4.216   1.747 -0.1708  0.1789 -0.2380\n+12272CL      CL38375   7.198   1.029   0.746 -0.3576 -0.3053  0.1702\n+12273CL      CL38376   6.124   5.720   5.642  0.0626 -0.0337 -0.0040\n+   7.26500   7.26500   7.26500\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/md_0_1.ndx
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/md_0_1.ndx Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
[
b'@@ -0,0 +1,13032 @@\n+[ System ]\n+   1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12   13   14   15\n+  16   17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30\n+  31   32   33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45\n+  46   47   48   49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60\n+  61   62   63   64   65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75\n+  76   77   78   79   80   81   82   83   84   85   86   87   88   89   90\n+  91   92   93   94   95   96   97   98   99  100  101  102  103  104  105\n+ 106  107  108  109  110  111  112  113  114  115  116  117  118  119  120\n+ 121  122  123  124  125  126  127  128  129  130  131  132  133  134  135\n+ 136  137  138  139  140  141  142  143  144  145  146  147  148  149  150\n+ 151  152  153  154  155  156  157  158  159  160  161  162  163  164  165\n+ 166  167  168  169  170  171  172  173  174  175  176  177  178  179  180\n+ 181  182  183  184  185  186  187  188  189  190  191  192  193  194  195\n+ 196  197  198  199  200  201  202  203  204  205  206  207  208  209  210\n+ 211  212  213  214  215  216  217  218  219  220  221  222  223  224  225\n+ 226  227  228  229  230  231  232  233  234  235  236  237  238  239  240\n+ 241  242  243  244  245  246  247  248  249  250  251  252  253  254  255\n+ 256  257  258  259  260  261  262  263  264  265  266  267  268  269  270\n+ 271  272  273  274  275  276  277  278  279  280  281  282  283  284  285\n+ 286  287  288  289  290  291  292  293  294  295  296  297  298  299  300\n+ 301  302  303  304  305  306  307  308  309  310  311  312  313  314  315\n+ 316  317  318  319  320  321  322  323  324  325  326  327  328  329  330\n+ 331  332  333  334  335  336  337  338  339  340  341  342  343  344  345\n+ 346  347  348  349  350  351  352  353  354  355  356  357  358  359  360\n+ 361  362  363  364  365  366  367  368  369  370  371  372  373  374  375\n+ 376  377  378  379  380  381  382  383  384  385  386  387  388  389  390\n+ 391  392  393  394  395  396  397  398  399  400  401  402  403  404  405\n+ 406  407  408  409  410  411  412  413  414  415  416  417  418  419  420\n+ 421  422  423  424  425  426  427  428  429  430  431  432  433  434  435\n+ 436  437  438  439  440  441  442  443  444  445  446  447  448  449  450\n+ 451  452  453  454  455  456  457  458  459  460  461  462  463  464  465\n+ 466  467  468  469  470  471  472  473  474  475  476  477  478  479  480\n+ 481  482  483  484  485  486  487  488  489  490  491  492  493  494  495\n+ 496  497  498  499  500  501  502  503  504  505  506  507  508  509  510\n+ 511  512  513  514  515  516  517  518  519  520  521  522  523  524  525\n+ 526  527  528  529  530  531  532  533  534  535  536  537  538  539  540\n+ 541  542  543  544  545  546  547  548  549  550  551  552  553  554  555\n+ 556  557  558  559  560  561  562  563  564  565  566  567  568  569  570\n+ 571  572  573  574  575  576  577  578  579  580  581  582  583  584  585\n+ 586  587  588  589  590  591  592  593  594  595  596  597  598  599  600\n+ 601  602  603  604  605  606  607  608  609  610  611  612  613  614  615\n+ 616  617  618  619  620  621  622  623  624  625  626  627  628  629  630\n+ 631  632  633  634  635  636  637  638  639  640  641  642  643  644  645\n+ 646  647  648  649  650  651  652  653  654  655  656  657  658  659  660\n+ 661  662  663  664  665  666  667  668  669  670  671  672  673  674  675\n+ 676  677  678  679  680  681  682  683  684  685  686  687  688  689  690\n+ 691  692  693  694  695  696  697  698  699  700  701  702  703  704  705\n+ 706  707  708  709  710  711  712  713  714  715  716  717  718  719  720\n+ 721  722  723  724  725  726  727  728  729  730  731  732  733  734  735\n+ 736  737  738  739  740  741  742  743  744  745  746  747  748  749  750\n+ 751  752  753  754  755  756  757  758  759  760  761  762  763  764  765\n+ 766  767  768  769  770  771  772  773  774  775  776  777  778  779  780\n+ 781  782  783'..b'7730 37731 37732 37733 37734 37735\n+37736 37737 37738 37739 37740 37741 37742 37743 37744 37745 37746 37747 37748 37749 37750\n+37751 37752 37753 37754 37755 37756 37757 37758 37759 37760 37761 37762 37763 37764 37765\n+37766 37767 37768 37769 37770 37771 37772 37773 37774 37775 37776 37777 37778 37779 37780\n+37781 37782 37783 37784 37785 37786 37787 37788 37789 37790 37791 37792 37793 37794 37795\n+37796 37797 37798 37799 37800 37801 37802 37803 37804 37805 37806 37807 37808 37809 37810\n+37811 37812 37813 37814 37815 37816 37817 37818 37819 37820 37821 37822 37823 37824 37825\n+37826 37827 37828 37829 37830 37831 37832 37833 37834 37835 37836 37837 37838 37839 37840\n+37841 37842 37843 37844 37845 37846 37847 37848 37849 37850 37851 37852 37853 37854 37855\n+37856 37857 37858 37859 37860 37861 37862 37863 37864 37865 37866 37867 37868 37869 37870\n+37871 37872 37873 37874 37875 37876 37877 37878 37879 37880 37881 37882 37883 37884 37885\n+37886 37887 37888 37889 37890 37891 37892 37893 37894 37895 37896 37897 37898 37899 37900\n+37901 37902 37903 37904 37905 37906 37907 37908 37909 37910 37911 37912 37913 37914 37915\n+37916 37917 37918 37919 37920 37921 37922 37923 37924 37925 37926 37927 37928 37929 37930\n+37931 37932 37933 37934 37935 37936 37937 37938 37939 37940 37941 37942 37943 37944 37945\n+37946 37947 37948 37949 37950 37951 37952 37953 37954 37955 37956 37957 37958 37959 37960\n+37961 37962 37963 37964 37965 37966 37967 37968 37969 37970 37971 37972 37973 37974 37975\n+37976 37977 37978 37979 37980 37981 37982 37983 37984 37985 37986 37987 37988 37989 37990\n+37991 37992 37993 37994 37995 37996 37997 37998 37999 38000 38001 38002 38003 38004 38005\n+38006 38007 38008 38009 38010 38011 38012 38013 38014 38015 38016 38017 38018 38019 38020\n+38021 38022 38023 38024 38025 38026 38027 38028 38029 38030 38031 38032 38033 38034 38035\n+38036 38037 38038 38039 38040 38041 38042 38043 38044 38045 38046 38047 38048 38049 38050\n+38051 38052 38053 38054 38055 38056 38057 38058 38059 38060 38061 38062 38063 38064 38065\n+38066 38067 38068 38069 38070 38071 38072 38073 38074 38075 38076 38077 38078 38079 38080\n+38081 38082 38083 38084 38085 38086 38087 38088 38089 38090 38091 38092 38093 38094 38095\n+38096 38097 38098 38099 38100 38101 38102 38103 38104 38105 38106 38107 38108 38109 38110\n+38111 38112 38113 38114 38115 38116 38117 38118 38119 38120 38121 38122 38123 38124 38125\n+38126 38127 38128 38129 38130 38131 38132 38133 38134 38135 38136 38137 38138 38139 38140\n+38141 38142 38143 38144 38145 38146 38147 38148 38149 38150 38151 38152 38153 38154 38155\n+38156 38157 38158 38159 38160 38161 38162 38163 38164 38165 38166 38167 38168 38169 38170\n+38171 38172 38173 38174 38175 38176 38177 38178 38179 38180 38181 38182 38183 38184 38185\n+38186 38187 38188 38189 38190 38191 38192 38193 38194 38195 38196 38197 38198 38199 38200\n+38201 38202 38203 38204 38205 38206 38207 38208 38209 38210 38211 38212 38213 38214 38215\n+38216 38217 38218 38219 38220 38221 38222 38223 38224 38225 38226 38227 38228 38229 38230\n+38231 38232 38233 38234 38235 38236 38237 38238 38239 38240 38241 38242 38243 38244 38245\n+38246 38247 38248 38249 38250 38251 38252 38253 38254 38255 38256 38257 38258 38259 38260\n+38261 38262 38263 38264 38265 38266 38267 38268 38269 38270 38271 38272 38273 38274 38275\n+38276 38277 38278 38279 38280 38281 38282 38283 38284 38285 38286 38287 38288 38289 38290\n+38291 38292 38293 38294 38295 38296 38297 38298 38299 38300 38301 38302 38303 38304 38305\n+38306 38307 38308 38309 38310 38311 38312 38313 38314 38315 38316 38317 38318 38319 38320\n+38321 38322 38323 38324 38325 38326 38327 38328 38329 38330 38331 38332 38333 38334 38335\n+38336 38337 38338 38339 38340 38341 38342 38343 38344 38345 38346 38347 38348 38349 38350\n+38351 38352 38353 38354 38355 38356 38357 38358 38359 38360 38361 38362 38363 38364 38365\n+38366 38367 38368 38369 38370 38371 38372 38373 38374 38375 38376\n+[ !Protein_&_non-Water ]\n+38369 38370 38371 38372 38373 38374 38375 38376\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/md_0_1.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/md_0_1.pdb Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,38382 @@\n+TITLE     LYSOZYME in water\n+REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX\n+CRYST1   72.650   72.650   72.650  90.00  90.00  90.00 P 1           1\n+MODEL        1\n+ATOM      1  N   LYS     1      44.290  33.940  24.660  1.00  0.00            \n+ATOM      2  H1  LYS     1      43.760  34.320  25.440  1.00  0.00            \n+ATOM      3  H2  LYS     1      44.910  34.700  24.410  1.00  0.00            \n+ATOM      4  H3  LYS     1      43.710  33.810  23.850  1.00  0.00            \n+ATOM      5  CA  LYS     1      44.910  32.670  25.040  1.00  0.00            \n+ATOM      6  HA  LYS     1      45.310  32.170  24.150  1.00  0.00            \n+ATOM      7  CB  LYS     1      46.110  32.870  25.970  1.00  0.00            \n+ATOM      8  HB1 LYS     1      46.910  33.350  25.400  1.00  0.00            \n+ATOM      9  HB2 LYS     1      45.800  33.520  26.790  1.00  0.00            \n+ATOM     10  CG  LYS     1      46.630  31.550  26.540  1.00  0.00            \n+ATOM     11  HG1 LYS     1      45.930  31.060  27.210  1.00  0.00            \n+ATOM     12  HG2 LYS     1      46.910  30.780  25.820  1.00  0.00            \n+ATOM     13  CD  LYS     1      47.840  31.720  27.450  1.00  0.00            \n+ATOM     14  HD1 LYS     1      48.790  31.750  26.920  1.00  0.00            \n+ATOM     15  HD2 LYS     1      47.780  32.620  28.060  1.00  0.00            \n+ATOM     16  CE  LYS     1      47.890  30.470  28.330  1.00  0.00            \n+ATOM     17  HE1 LYS     1      47.190  30.470  29.170  1.00  0.00            \n+ATOM     18  HE2 LYS     1      47.730  29.520  27.810  1.00  0.00            \n+ATOM     19  NZ  LYS     1      49.220  30.400  28.950  1.00  0.00            \n+ATOM     20  HZ1 LYS     1      49.080  29.700  29.670  1.00  0.00            \n+ATOM     21  HZ2 LYS     1      49.920  30.150  28.260  1.00  0.00            \n+ATOM     22  HZ3 LYS     1      49.390  31.300  29.370  1.00  0.00            \n+ATOM     23  C   LYS     1      43.790  31.850  25.650  1.00  0.00            \n+ATOM     24  O   LYS     1      42.960  32.360  26.410  1.00  0.00            \n+ATOM     25  N   VAL     2      43.650  30.590  25.220  1.00  0.00            \n+ATOM     26  H   VAL     2      44.310  30.290  24.520  1.00  0.00            \n+ATOM     27  CA  VAL     2      42.890  29.600  25.950  1.00  0.00            \n+ATOM     28  HA  VAL     2      42.020  30.050  26.420  1.00  0.00            \n+ATOM     29  CB  VAL     2      42.560  28.540  24.900  1.00  0.00            \n+ATOM     30  HB  VAL     2      43.510  28.220  24.470  1.00  0.00            \n+ATOM     31  CG1 VAL     2      41.890  27.300  25.500  1.00  0.00            \n+ATOM     32 1HG1 VAL     2      41.560  26.610  24.710  1.00  0.00            \n+ATOM     33 2HG1 VAL     2      42.650  26.750  26.050  1.00  0.00            \n+ATOM     34 3HG1 VAL     2      41.020  27.630  26.070  1.00  0.00            \n+ATOM     35  CG2 VAL     2      41.700  29.140  23.780  1.00  0.00            \n+ATOM     36 1HG2 VAL     2      41.670  28.470  22.930  1.00  0.00            \n+ATOM     37 2HG2 VAL     2      40.710  29.000  24.200  1.00  0.00            \n+ATOM     38 3HG2 VAL     2      42.030  30.140  23.500  1.00  0.00            \n+ATOM     39  C   VAL     2      43.850  29.060  27.010  1.00  0.00            \n+ATOM     40  O   VAL     2      44.880  28.510  26.620  1.00  0.00            \n+ATOM     41  N   PHE     3      43.410  29.200  28.260  1.00  0.00            \n+ATOM     42  H   PHE     3      42.470  29.500  28.470  1.00  0.00            \n+ATOM     43  CA  PHE     3      44.110  28.590  29.380  1.00  0.00            \n+ATOM     44  HA  PHE     3      45.190  28.610  29.320  1.00  0.00            \n+ATOM     45  CB  PHE     3      43.720  29.450  30.580  1.00  0.00            \n+ATOM     46  HB1 PHE     3      42.720  29.900  30.590  1.00  0.00            \n+ATOM     47  HB2 PHE     3      43.720  28.860  31.490  1.00  0.00            \n+ATOM     48  CG  PHE     3      44.690  30.580  30.830  1.00  0.0'..b'OW  SOL  2252      58.860  68.110  62.340  1.00  0.00            \n+ATOM  38328  HW1 SOL  2252      58.810  67.160  62.650  1.00  0.00            \n+ATOM  38329  HW2 SOL  2252      59.220  68.140  61.410  1.00  0.00            \n+ATOM  38330  OW  SOL  2253      62.620  68.350  72.570  1.00  0.00            \n+ATOM  38331  HW1 SOL  2253      62.510  68.140  71.590  1.00  0.00            \n+ATOM  38332  HW2 SOL  2253      61.750  68.190  73.040  1.00  0.00            \n+ATOM  38333  OW  SOL  2254       0.520  56.760  68.990  1.00  0.00            \n+ATOM  38334  HW1 SOL  2254       0.520  57.130  68.060  1.00  0.00            \n+ATOM  38335  HW2 SOL  2254       0.360  57.510  69.640  1.00  0.00            \n+ATOM  38336  OW  SOL  2255      60.510  60.120  59.580  1.00  0.00            \n+ATOM  38337  HW1 SOL  2255      61.250  59.790  58.990  1.00  0.00            \n+ATOM  38338  HW2 SOL  2255      59.910  59.360  59.830  1.00  0.00            \n+ATOM  38339  OW  SOL  2256      58.510  58.380  66.090  1.00  0.00            \n+ATOM  38340  HW1 SOL  2256      58.650  57.400  65.950  1.00  0.00            \n+ATOM  38341  HW2 SOL  2256      58.580  58.860  65.210  1.00  0.00            \n+ATOM  38342  OW  SOL  2257      64.670  70.430  63.010  1.00  0.00            \n+ATOM  38343  HW1 SOL  2257      63.970  70.300  62.310  1.00  0.00            \n+ATOM  38344  HW2 SOL  2257      64.500  71.280  63.500  1.00  0.00            \n+ATOM  38345  OW  SOL  2258      69.760  58.200  66.120  1.00  0.00            \n+ATOM  38346  HW1 SOL  2258      69.630  57.210  65.990  1.00  0.00            \n+ATOM  38347  HW2 SOL  2258      69.200  58.500  66.900  1.00  0.00            \n+ATOM  38348  OW  SOL  2259      65.530  54.740  65.450  1.00  0.00            \n+ATOM  38349  HW1 SOL  2259      65.390  53.970  64.830  1.00  0.00            \n+ATOM  38350  HW2 SOL  2259      66.480  55.050  65.400  1.00  0.00            \n+ATOM  38351  OW  SOL  2260      64.640  67.780  60.190  1.00  0.00            \n+ATOM  38352  HW1 SOL  2260      64.290  66.860  60.360  1.00  0.00            \n+ATOM  38353  HW2 SOL  2260      65.540  67.880  60.610  1.00  0.00            \n+ATOM  38354  OW  SOL  2261      63.990  70.170  68.350  1.00  0.00            \n+ATOM  38355  HW1 SOL  2261      64.540  70.960  68.630  1.00  0.00            \n+ATOM  38356  HW2 SOL  2261      64.550  69.550  67.810  1.00  0.00            \n+ATOM  38357  OW  SOL  2262      68.860  55.080  58.320  1.00  0.00            \n+ATOM  38358  HW1 SOL  2262      68.220  54.620  57.710  1.00  0.00            \n+ATOM  38359  HW2 SOL  2262      68.460  55.950  58.620  1.00  0.00            \n+ATOM  38360  OW  SOL  2263      67.880  60.570  61.680  1.00  0.00            \n+ATOM  38361  HW1 SOL  2263      66.930  60.870  61.610  1.00  0.00            \n+ATOM  38362  HW2 SOL  2263      68.000  60.060  62.530  1.00  0.00            \n+ATOM  38363  OW  SOL  2264       0.100  57.820  66.060  1.00  0.00            \n+ATOM  38364  HW1 SOL  2264      -0.890  57.890  66.060  1.00  0.00            \n+ATOM  38365  HW2 SOL  2264       0.420  57.590  65.140  1.00  0.00            \n+ATOM  38366  OW  SOL  2265      56.920  64.880  57.880  1.00  0.00            \n+ATOM  38367  HW1 SOL  2265      57.750  65.380  57.630  1.00  0.00            \n+ATOM  38368  HW2 SOL  2265      57.180  63.970  58.230  1.00  0.00            \n+ATOM  38369  CL   CL  2266      71.690  28.740  12.880  1.00  0.00            \n+ATOM  38370  CL   CL  2267      14.290  23.340  31.620  1.00  0.00            \n+ATOM  38371  CL   CL  2268      14.340  71.360  42.570  1.00  0.00            \n+ATOM  38372  CL   CL  2269      15.690  63.060  56.020  1.00  0.00            \n+ATOM  38373  CL   CL  2270      30.480  37.650  60.040  1.00  0.00            \n+ATOM  38374  CL   CL  2271      27.060  42.160  17.470  1.00  0.00            \n+ATOM  38375  CL   CL  2272      71.980  10.290   7.460  1.00  0.00            \n+ATOM  38376  CL   CL  2273      61.240  57.200  56.420  1.00  0.00            \n+TER\n+ENDMDL\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/md_0_1.tpr
b
Binary file test-data/md_0_1.tpr has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/md_0_1.trr
b
Binary file test-data/md_0_1.trr has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/md_0_1.xtc
b
Binary file test-data/md_0_1.xtc has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/md_0_1.xvg
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/md_0_1.xvg Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
@@ -0,0 +1,37 @@
+# This file was created Sat Nov  9 15:20:20 2019
+# Created by:
+#                      :-) GROMACS - gmx energy, 2019.1 (-:
+# 
+# Executable:   /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx
+# Data prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/gmx
+# Working dir:  /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs
+# Command line:
+#   gmx energy -f test-data/md_0_1.edr -o xvg5.xvg
+# gmx energy is part of G R O M A C S:
+#
+# Gromacs Runs One Microsecond At Cannonball Speeds
+#
+@    title "GROMACS Energies"
+@    xaxis  label "Time (ps)"
+@    yaxis  label "(kJ/mol), (K)"
+@TYPE xy
+@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
+@ legend on
+@ legend box on
+@ legend loctype view
+@ legend 0.78, 0.8
+@ legend length 2
+@ s0 legend "Potential"
+@ s1 legend "Total Energy"
+@ s2 legend "Temperature"
+    0.000000  -593300.312500  -497358.281250  300.761719
+    0.100000  -592522.125000  -497450.843750  298.032074
+    0.200000  -593496.500000  -497942.718750  299.544647
+    0.300000  -593921.062500  -497878.187500  301.077850
+    0.400000  -593262.062500  -497926.406250  298.860870
+    0.500000  -593674.437500  -498809.312500  297.385773
+    0.600000  -594222.062500  -498825.562500  299.051605
+    0.700000  -593496.625000  -498020.125000  299.302399
+    0.800000  -593813.875000  -498131.031250  299.949219
+    0.900000  -594351.437500  -498515.812500  300.428131
+    1.000000  -595232.000000  -499672.000000  299.564087
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/minim.mdp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/minim.mdp Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
@@ -0,0 +1,14 @@
+; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr
+integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
+emtol = 1000.0   ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm
+emstep      = 0.01      ; Energy step size
+nsteps = 50000    ; Maximum number of (minimization) steps to perform
+
+; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
+nstlist     = 1     ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
+cutoff-scheme   = Verlet
+ns_type     = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
+coulombtype     = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions
+rcoulomb     = 1.0 ; Short-range electrostatic cut-off
+rvdw     = 1.0 ; Short-range Van der Waals cut-off
+pbc         = xyz  ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/newbox.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/newbox.gro Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,2197 @@\n+LYSOZYME\n+ 2194\n+    1LYS      N    1   4.434   3.396   2.469\n+    1LYS     H1    2   4.510   3.450   2.431\n+    1LYS     H2    3   4.368   3.376   2.397\n+    1LYS     H3    4   4.390   3.448   2.542\n+    1LYS     CA    5   4.487   3.269   2.524\n+    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.451\n+    1LYS     CB    7   4.585   3.306   2.636\n+    1LYS    HB1    8   4.661   3.357   2.597\n+    1LYS    HB2    9   4.537   3.363   2.703\n+    1LYS     CG   10   4.643   3.187   2.711\n+    1LYS    HG1   11   4.574   3.151   2.773\n+    1LYS    HG2   12   4.668   3.116   2.644\n+    1LYS     CD   13   4.767   3.227   2.790\n+    1LYS    HD1   14   4.843   3.245   2.727\n+    1LYS    HD2   15   4.747   3.309   2.843\n+    1LYS     CE   16   4.804   3.113   2.883\n+    1LYS    HE1   17   4.739   3.108   2.959\n+    1LYS    HE2   18   4.804   3.026   2.834\n+    1LYS     NZ   19   4.940   3.139   2.937\n+    1LYS    HZ1   20   4.967   3.065   2.999\n+    1LYS    HZ2   21   5.006   3.144   2.861\n+    1LYS    HZ3   22   4.940   3.226   2.987\n+    1LYS      C   23   4.372   3.188   2.583\n+    1LYS      O   24   4.293   3.243   2.659\n+    2VAL      N   25   4.372   3.058   2.563\n+    2VAL      H   26   4.434   3.022   2.493\n+    2VAL     CA   27   4.288   2.962   2.634\n+    2VAL     HA   28   4.215   3.014   2.677\n+    2VAL     CB   29   4.212   2.865   2.544\n+    2VAL     HB   30   4.284   2.814   2.497\n+    2VAL    CG1   31   4.123   2.770   2.624\n+    2VAL   HG11   32   4.075   2.709   2.561\n+    2VAL   HG12   33   4.180   2.717   2.686\n+    2VAL   HG13   34   4.056   2.823   2.676\n+    2VAL    CG2   35   4.127   2.933   2.438\n+    2VAL   HG21   36   4.081   2.864   2.383\n+    2VAL   HG22   37   4.060   2.992   2.482\n+    2VAL   HG23   38   4.186   2.989   2.379\n+    2VAL      C   39   4.378   2.893   2.738\n+    2VAL      O   40   4.474   2.823   2.701\n+    3PHE      N   41   4.347   2.917   2.863\n+    3PHE      H   42   4.273   2.981   2.883\n+    3PHE     CA   43   4.417   2.852   2.975\n+    3PHE     HA   44   4.513   2.859   2.950\n+    3PHE     CB   45   4.395   2.925   3.108\n+    3PHE    HB1   46   4.303   2.964   3.109\n+    3PHE    HB2   47   4.404   2.860   3.183\n+    3PHE     CG   48   4.492   3.036   3.129\n+    3PHE    CD1   49   4.465   3.167   3.087\n+    3PHE    HD1   50   4.379   3.187   3.040\n+    3PHE    CD2   51   4.598   3.018   3.220\n+    3PHE    HD2   52   4.611   2.928   3.262\n+    3PHE    CE1   53   4.556   3.270   3.110\n+    3PHE    HE1   54   4.546   3.357   3.063\n+    3PHE    CE2   55   4.685   3.121   3.251\n+    3PHE    HE2   56   4.764   3.104   3.310\n+    3PHE     CZ   57   4.662   3.249   3.200\n+    3PHE     HZ   58   4.720   3.326   3.228\n+    3PHE      C   59   4.372   2.706   2.990\n+    3PHE      O   60   4.250   2.678   2.981\n+    4GLY      N   61   4.470   2.626   3.034\n+    4GLY      H   62   4.565   2.657   3.035\n+    4GLY     CA   63   4.435   2.490   3.080\n+    4GLY    HA1   64   4.360   2.454   3.024\n+    4GLY    HA2   65   4.514   2.430   3.073\n+    4GLY      C   66   4.390   2.504   3.225\n+    4GLY      O   67   4.428   2.602   3.289\n+    5ARG      N   68   4.303   2.416   3.270\n+    5ARG      H   69   4.269   2.346   3.207\n+    5ARG     CA   70   4.254   2.416   3.408\n+    5ARG     HA   71   4.196   2.496   3.415\n+    5ARG     CB   72   4.174   2.288   3.434\n+    5ARG    HB1   73   4.098   2.284   3.370\n+    5ARG    HB2   74   4.234   2.209   3.420\n+    5ARG     CG   75   4.119   2.282   3.575\n+    5ARG    HG1   76   4.195   2.279   3.640\n+    5ARG    HG2   77   4.063   2.363   3.592\n+    5ARG     CD   78   4.036   2.162   3.595\n+    5ARG    HD1   79   4.002   2.161   3.689\n+    5ARG    HD2   80   3.958   2.167   3.532\n+    5ARG     NE   81   4.104   2.037   3.571\n+    5ARG     HE   82   4.100   2.002   3.478\n+    5ARG     CZ   83   4.171   1.963   3.657\n+    5ARG    NH1   84   4.182   1.995   3.786\n+    5ARG   HH11   85   4.137   2.078   3.820\n+    5ARG   HH12   86   4.234   1.937   3.848\n+    5A'..b'43   4.667\n+  179HOH    HW1 2109   3.204   2.743   4.725\n+  179HOH    HW2 2110   3.122   2.825   4.609\n+  180HOH     OW 2111   4.971   2.084   3.696\n+  180HOH    HW1 2112   5.053   2.084   3.754\n+  180HOH    HW2 2113   4.971   2.003   3.638\n+  181HOH     OW 2114   2.148   2.689   4.077\n+  181HOH    HW1 2115   2.066   2.689   4.134\n+  181HOH    HW2 2116   2.148   2.770   4.019\n+  182HOH     OW 2117   2.935   4.024   3.432\n+  182HOH    HW1 2118   2.854   4.024   3.489\n+  182HOH    HW2 2119   2.935   3.942   3.374\n+  183HOH     OW 2120   3.177   2.708   3.000\n+  183HOH    HW1 2121   3.177   2.790   2.942\n+  183HOH    HW2 2122   3.177   2.627   2.942\n+  184HOH     OW 2123   3.212   4.343   5.179\n+  184HOH    HW1 2124   3.293   4.343   5.237\n+  184HOH    HW2 2125   3.130   4.343   5.237\n+  185HOH     OW 2126   3.165   5.031   4.492\n+  185HOH    HW1 2127   3.247   5.031   4.549\n+  185HOH    HW2 2128   3.165   5.113   4.434\n+  186HOH     OW 2129   4.295   4.473   4.351\n+  186HOH    HW1 2130   4.376   4.473   4.408\n+  186HOH    HW2 2131   4.295   4.392   4.293\n+  187HOH     OW 2132   2.855   3.704   3.525\n+  187HOH    HW1 2133   2.774   3.704   3.583\n+  187HOH    HW2 2134   2.855   3.786   3.467\n+  188HOH     OW 2135   2.377   2.729   4.393\n+  188HOH    HW1 2136   2.295   2.729   4.451\n+  188HOH    HW2 2137   2.377   2.648   4.335\n+  189HOH     OW 2138   2.809   3.964   2.202\n+  189HOH    HW1 2139   2.809   4.046   2.145\n+  189HOH    HW2 2140   2.809   3.883   2.145\n+  190HOH     OW 2141   2.628   5.068   2.422\n+  190HOH    HW1 2142   2.710   5.068   2.479\n+  190HOH    HW2 2143   2.547   5.068   2.479\n+  191HOH     OW 2144   2.518   2.612   4.225\n+  191HOH    HW1 2145   2.599   2.612   4.282\n+  191HOH    HW2 2146   2.518   2.694   4.167\n+  192HOH     OW 2147   2.633   5.797   2.959\n+  192HOH    HW1 2148   2.714   5.797   3.017\n+  192HOH    HW2 2149   2.633   5.715   2.901\n+  193HOH     OW 2150   2.397   4.292   3.243\n+  193HOH    HW1 2151   2.316   4.292   3.301\n+  193HOH    HW2 2152   2.397   4.374   3.185\n+  194HOH     OW 2153   3.718   5.639   3.352\n+  194HOH    HW1 2154   3.636   5.639   3.410\n+  194HOH    HW2 2155   3.718   5.558   3.294\n+  195HOH     OW 2156   3.846   2.548   2.756\n+  195HOH    HW1 2157   3.846   2.630   2.699\n+  195HOH    HW2 2158   3.846   2.467   2.699\n+  196HOH     OW 2159   3.259   5.643   3.928\n+  196HOH    HW1 2160   3.341   5.643   3.986\n+  196HOH    HW2 2161   3.178   5.643   3.986\n+  197HOH     OW 2162   4.955   3.380   3.031\n+  197HOH    HW1 2163   5.037   3.380   3.089\n+  197HOH    HW2 2164   4.955   3.462   2.973\n+  198HOH     OW 2165   2.145   4.348   3.044\n+  198HOH    HW1 2166   2.227   4.348   3.102\n+  198HOH    HW2 2167   2.145   4.266   2.987\n+  199HOH     OW 2168   2.566   2.521   3.084\n+  199HOH    HW1 2169   2.485   2.521   3.142\n+  199HOH    HW2 2170   2.566   2.603   3.026\n+  200HOH     OW 2171   3.651   4.968   2.381\n+  200HOH    HW1 2172   3.570   4.968   2.439\n+  200HOH    HW2 2173   3.651   4.886   2.323\n+  201HOH     OW 2174   3.487   4.759   4.823\n+  201HOH    HW1 2175   3.487   4.841   4.766\n+  201HOH    HW2 2176   3.487   4.678   4.766\n+  202HOH     OW 2177   3.377   3.680   5.273\n+  202HOH    HW1 2178   3.459   3.680   5.331\n+  202HOH    HW2 2179   3.295   3.680   5.331\n+  203HOH     OW 2180   2.156   3.283   4.168\n+  203HOH    HW1 2181   2.238   3.283   4.225\n+  203HOH    HW2 2182   2.156   3.365   4.110\n+  204HOH     OW 2183   2.867   3.537   3.182\n+  204HOH    HW1 2184   2.948   3.537   3.240\n+  204HOH    HW2 2185   2.867   3.455   3.124\n+  205HOH     OW 2186   3.608   4.758   2.431\n+  205HOH    HW1 2187   3.526   4.758   2.489\n+  205HOH    HW2 2188   3.608   4.839   2.373\n+  206HOH     OW 2189   4.624   2.125   4.667\n+  206HOH    HW1 2190   4.542   2.125   4.725\n+  206HOH    HW2 2191   4.624   2.044   4.609\n+  207HOH     OW 2192   5.274   3.546   4.471\n+  207HOH    HW1 2193   5.274   3.628   4.413\n+  207HOH    HW2 2194   5.274   3.465   4.413\n+   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/npt.cpt
b
Binary file test-data/npt.cpt has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/npt.edr
b
Binary file test-data/npt.edr has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/npt.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/npt.gro Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,38379 @@\n+LYSOZYME in water\n+38376\n+    1LYS      N    1   4.408   3.350   2.380  0.2673 -0.2389 -0.2411\n+    1LYS     H1    2   4.357   3.419   2.434 -2.0147 -3.2163  1.6987\n+    1LYS     H2    3   4.495   3.391   2.348  1.8056  0.2972  3.9647\n+    1LYS     H3    4   4.344   3.328   2.306  0.1919  1.7185 -0.8172\n+    1LYS     CA    5   4.451   3.234   2.460 -0.1814 -0.2864 -0.0670\n+    1LYS     HA    6   4.495   3.159   2.394 -0.9330 -0.3806 -0.4691\n+    1LYS     CB    7   4.551   3.281   2.565  0.1538 -0.6499 -0.2213\n+    1LYS    HB1    8   4.640   3.316   2.511  1.2282 -2.7628  0.0889\n+    1LYS    HB2    9   4.520   3.359   2.635 -0.3923 -1.0803  0.0156\n+    1LYS     CG   10   4.604   3.165   2.650 -0.5902 -0.7915  0.0569\n+    1LYS    HG1   11   4.520   3.134   2.712  0.0041 -0.3176  1.1209\n+    1LYS    HG2   12   4.625   3.080   2.585 -3.7650 -2.9660  1.6442\n+    1LYS     CD   13   4.734   3.179   2.730 -0.3604  0.0504 -0.4451\n+    1LYS    HD1   14   4.812   3.206   2.659 -1.4519  0.7539 -1.4277\n+    1LYS    HD2   15   4.724   3.268   2.791 -1.4094 -0.0837 -0.3945\n+    1LYS     CE   16   4.765   3.053   2.810 -0.0162  0.2836 -0.2114\n+    1LYS    HE1   17   4.694   3.036   2.892  0.2672  1.6909  0.3608\n+    1LYS    HE2   18   4.766   2.970   2.740  0.7349 -0.9581  1.2064\n+    1LYS     NZ   19   4.895   3.062   2.879  0.0455 -0.1023 -0.2723\n+    1LYS    HZ1   20   4.894   2.991   2.951  1.0000  0.2530  0.1086\n+    1LYS    HZ2   21   4.975   3.032   2.826  0.6308 -0.7796  0.9448\n+    1LYS    HZ3   22   4.913   3.152   2.922  0.7111  0.5100 -1.7730\n+    1LYS      C   23   4.325   3.170   2.517 -0.5645 -0.0792 -0.6703\n+    1LYS      O   24   4.226   3.236   2.549 -0.0598 -0.1994  1.2613\n+    2VAL      N   25   4.331   3.038   2.535  0.0240 -0.0274 -0.4489\n+    2VAL      H   26   4.420   2.998   2.510 -0.8414 -1.3266 -1.6119\n+    2VAL     CA   27   4.240   2.953   2.609  0.2149  0.2665  0.1264\n+    2VAL     HA   28   4.160   3.010   2.657 -0.6507 -1.0888  0.3432\n+    2VAL     CB   29   4.181   2.848   2.515 -0.2871  0.3076  0.3915\n+    2VAL     HB   30   4.253   2.767   2.498 -0.4883 -0.0324  1.1057\n+    2VAL    CG1   31   4.065   2.780   2.588 -0.2564  0.4922  0.6151\n+    2VAL   HG11   32   4.037   2.684   2.543  2.0462  0.4271 -0.8292\n+    2VAL   HG12   33   4.085   2.758   2.693 -0.9377 -0.1345  0.6214\n+    2VAL   HG13   34   3.985   2.853   2.581  2.6126  3.9598  1.0909\n+    2VAL    CG2   35   4.142   2.901   2.377 -1.3893 -0.3679  0.4355\n+    2VAL   HG21   36   4.077   2.844   2.311 -0.0228  1.5345 -2.7632\n+    2VAL   HG22   37   4.091   2.996   2.396 -1.1628 -0.2118  0.2568\n+    2VAL   HG23   38   4.237   2.911   2.325 -2.5287  0.3993 -1.6123\n+    2VAL      C   39   4.337   2.883   2.702 -0.0739  0.1915  0.3728\n+    2VAL      O   40   4.423   2.805   2.660  0.0168  0.5114 -0.0361\n+    3PHE      N   41   4.324   2.898   2.834  0.4011  0.3011  0.4101\n+    3PHE      H   42   4.247   2.956   2.866 -0.4593 -1.0557  0.8615\n+    3PHE     CA   43   4.407   2.826   2.928  0.1485 -0.1812  0.2640\n+    3PHE     HA   44   4.513   2.821   2.903  0.5097  1.3630  1.3490\n+    3PHE     CB   45   4.397   2.899   3.061 -0.4077  0.1099  0.0651\n+    3PHE    HB1   46   4.294   2.926   3.082 -0.0300  0.5989  1.4607\n+    3PHE    HB2   47   4.404   2.836   3.150 -3.4703  0.1153  0.4218\n+    3PHE     CG   48   4.497   3.011   3.081  0.4838 -0.6720  0.0844\n+    3PHE    CD1   49   4.463   3.134   3.023 -0.0940 -0.5337  0.6872\n+    3PHE    HD1   50   4.374   3.148   2.963  1.6637  1.6586 -1.6592\n+    3PHE    CD2   51   4.616   2.997   3.153  0.3845 -0.0950  0.3680\n+    3PHE    HD2   52   4.640   2.901   3.195  1.4596  0.5525  1.3091\n+    3PHE    CE1   53   4.552   3.242   3.036 -0.0893 -0.4264 -0.1459\n+    3PHE    HE1   54   4.529   3.337   2.991  2.1152  0.4609  0.4758\n+    3PHE    CE2   55   4.706   3.103   3.170  0.5168 -0.1509  0.0046\n+    3PHE    HE2   56   4.794   3.086   3.231  1.5562  0.8793 -1.1371\n+    3PHE     CZ   57   4.667   3'..b' 6.534   6.752   6.417  1.7065  1.2735  0.6150\n+12250SOL     OW38321   6.610   6.507   5.569 -0.2728 -0.1084 -0.1351\n+12250SOL    HW138322   6.517   6.517   5.533 -1.0857 -1.3245  1.5147\n+12250SOL    HW238323   6.675   6.508   5.493 -1.7304 -0.4547 -1.4407\n+12251SOL     OW38324   0.186   7.031   6.218 -0.6592  0.1133 -0.0367\n+12251SOL    HW138325   0.161   7.110   6.163  1.0967  0.9411  0.2712\n+12251SOL    HW238326   0.157   7.045   6.313  1.7475  1.6096  0.5887\n+12252SOL     OW38327   5.889   6.874   6.297  0.4970  0.3503  0.6455\n+12252SOL    HW138328   5.911   6.789   6.345  1.2298  0.6690  0.9050\n+12252SOL    HW238329   5.872   6.855   6.201 -2.5854 -0.5329  1.2610\n+12253SOL     OW38330   6.263   6.948   7.183  0.3513  0.0813  0.2792\n+12253SOL    HW138331   6.268   6.958   7.084 -0.7020 -1.8778 -0.0173\n+12253SOL    HW238332   6.174   6.981   7.216  0.6997  0.7326  0.5799\n+12254SOL     OW38333   0.087   5.675   6.743  0.5294 -0.6303  0.5136\n+12254SOL    HW138334   0.086   5.662   6.644  1.7224 -2.0435  0.6554\n+12254SOL    HW238335   0.142   5.756   6.765 -2.1682  1.5070 -0.0784\n+12255SOL     OW38336   5.982   5.966   5.990  0.6792  0.8327 -0.0442\n+12255SOL    HW138337   6.064   5.944   5.936 -0.0320 -0.3348 -0.6870\n+12255SOL    HW238338   5.950   5.883   6.037  0.8030  1.6439  1.5495\n+12256SOL     OW38339   5.920   5.931   6.681  0.3649 -0.8352 -0.8726\n+12256SOL    HW138340   5.861   5.859   6.646 -1.6541  0.4543 -0.2571\n+12256SOL    HW238341   5.912   6.012   6.624  1.5926 -0.6285 -0.7828\n+12257SOL     OW38342   6.474   7.176   6.127  0.3088 -0.0462  0.4559\n+12257SOL    HW138343   6.422   7.188   6.042  0.3146 -2.2977  0.0860\n+12257SOL    HW238344   6.416   7.133   6.196  0.9544 -0.2926  0.8559\n+12258SOL     OW38345   7.041   5.832   6.601 -0.2064  0.5007  1.0587\n+12258SOL    HW138346   7.031   5.744   6.647  4.5585 -0.4130  0.8280\n+12258SOL    HW238347   7.044   5.905   6.670 -1.8123  0.2866  1.4081\n+12259SOL     OW38348   6.801   5.545   6.492 -0.7350 -0.1021  0.1004\n+12259SOL    HW138349   6.774   5.449   6.480 -4.3535  0.7938 -0.0622\n+12259SOL    HW238350   6.869   5.551   6.565  1.2416 -2.9467 -1.3287\n+12260SOL     OW38351   6.427   6.776   5.886  0.3472 -0.0778  0.3187\n+12260SOL    HW138352   6.408   6.684   5.919  2.9787 -1.4486 -1.5641\n+12260SOL    HW238353   6.526   6.792   5.886  0.0183  2.4123 -0.3067\n+12261SOL     OW38354   6.486   7.169   6.761  0.5917  0.1406 -0.1300\n+12261SOL    HW138355   6.538   7.230   6.821  0.2500 -1.6364  2.1028\n+12261SOL    HW238356   6.549   7.107   6.714  0.7375  0.3900 -0.2676\n+12262SOL     OW38357   6.897   5.563   5.966  0.0143  0.2020 -0.8573\n+12262SOL    HW138358   6.857   5.545   5.876 -2.3214  0.4239  0.0732\n+12262SOL    HW238359   6.861   5.648   6.002 -1.7036 -1.4650  1.6365\n+12263SOL     OW38360   6.734   6.086   6.239 -0.3380 -0.2278  0.4357\n+12263SOL    HW138361   6.637   6.061   6.233 -0.7993  1.2854  1.0226\n+12263SOL    HW238362   6.765   6.076   6.334  0.2472 -1.2083  0.1568\n+12264SOL     OW38363   7.257   5.723   6.475 -0.4119 -0.1596  0.0997\n+12264SOL    HW138364   7.200   5.784   6.531  0.9150  1.0201  0.2114\n+12264SOL    HW238365   7.218   5.717   6.383 -1.5977 -0.6640  0.6141\n+12265SOL     OW38366   5.636   6.430   5.796  0.8169 -0.0958 -0.1490\n+12265SOL    HW138367   5.705   6.496   5.822  0.9752 -0.6747  0.9604\n+12265SOL    HW238368   5.617   6.369   5.873 -0.0086 -0.7444 -0.8397\n+12266CL      CL38369   0.046   2.908   1.329 -0.2298 -0.3149 -0.1369\n+12267CL      CL38370   1.513   2.405   3.178 -0.3140 -0.0194 -0.3672\n+12268CL      CL38371   1.503   7.246   4.172 -0.2315  0.0180  0.2176\n+12269CL      CL38372   1.523   6.364   5.741 -0.0948 -0.2998  0.2157\n+12270CL      CL38373   3.021   3.714   6.119  0.0026 -0.4095 -0.0198\n+12271CL      CL38374   2.756   4.105   1.673 -0.1828  0.2375 -0.1030\n+12272CL      CL38375   0.038   1.035   0.677 -0.1162 -0.0511 -0.4826\n+12273CL      CL38376   6.261   5.675   5.710 -0.4433 -0.0837 -0.0991\n+   7.25935   7.25935   7.25935\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/npt.mdp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/npt.mdp Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
@@ -0,0 +1,46 @@
+title = OPLS Lysozyme NPT equilibration 
+define = -DPOSRES ; position restrain the protein
+; Run parameters
+integrator = md ; leap-frog integrator
+nsteps = 500 ; 2 * 50000 = 100 ps
+dt     = 0.002 ; 2 fs
+; Output control
+nstxout = 50 ; save coordinates every 1.0 ps
+nstvout = 50 ; save velocities every 1.0 ps
+nstenergy = 50 ; save energies every 1.0 ps
+nstlog = 50 ; update log file every 1.0 ps
+nstxout-compressed  = 50      ; save compressed coordinates every 10.0 ps
+; Bond parameters
+continuation         = yes ; Restarting after NVT 
+constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints 
+constraints             = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
+lincs_iter             = 1     ; accuracy of LINCS
+lincs_order             = 4     ; also related to accuracy
+; Neighborsearching
+cutoff-scheme   = Verlet
+ns_type     = grid ; search neighboring grid cells
+nstlist     = 10     ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
+rcoulomb     = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
+rvdw     = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
+; Electrostatics
+coulombtype     = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
+pme_order     = 4     ; cubic interpolation
+fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT
+; Temperature coupling is on
+tcoupl = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
+tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
+tau_t = 0.1   0.1         ; time constant, in ps
+ref_t = 300    300         ; reference temperature, one for each group, in K
+; Pressure coupling is on
+pcoupl         = Parrinello-Rahman     ; Pressure coupling on in NPT
+pcoupltype         = isotropic             ; uniform scaling of box vectors
+tau_p         = 2.0             ; time constant, in ps
+ref_p         = 1.0             ; reference pressure, in bar
+compressibility     = 4.5e-5             ; isothermal compressibility of water, bar^-1
+refcoord_scaling    = com
+; Periodic boundary conditions
+pbc = xyz ; 3-D PBC
+; Dispersion correction
+DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme
+; Velocity generation
+gen_vel = no ; Velocity generation is off 
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/npt.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/npt.pdb Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,38382 @@\n+TITLE     LYSOZYME in water\n+REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX\n+CRYST1   72.593   72.593   72.593  90.00  90.00  90.00 P 1           1\n+MODEL        1\n+ATOM      1  N   LYS     1      44.080  33.500  23.800  1.00  0.00            \n+ATOM      2  H1  LYS     1      43.570  34.190  24.340  1.00  0.00            \n+ATOM      3  H2  LYS     1      44.950  33.910  23.480  1.00  0.00            \n+ATOM      4  H3  LYS     1      43.440  33.280  23.060  1.00  0.00            \n+ATOM      5  CA  LYS     1      44.510  32.340  24.600  1.00  0.00            \n+ATOM      6  HA  LYS     1      44.950  31.590  23.940  1.00  0.00            \n+ATOM      7  CB  LYS     1      45.510  32.810  25.650  1.00  0.00            \n+ATOM      8  HB1 LYS     1      46.400  33.160  25.110  1.00  0.00            \n+ATOM      9  HB2 LYS     1      45.200  33.590  26.350  1.00  0.00            \n+ATOM     10  CG  LYS     1      46.040  31.650  26.500  1.00  0.00            \n+ATOM     11  HG1 LYS     1      45.200  31.340  27.120  1.00  0.00            \n+ATOM     12  HG2 LYS     1      46.250  30.800  25.850  1.00  0.00            \n+ATOM     13  CD  LYS     1      47.340  31.790  27.300  1.00  0.00            \n+ATOM     14  HD1 LYS     1      48.120  32.060  26.590  1.00  0.00            \n+ATOM     15  HD2 LYS     1      47.240  32.680  27.910  1.00  0.00            \n+ATOM     16  CE  LYS     1      47.650  30.530  28.100  1.00  0.00            \n+ATOM     17  HE1 LYS     1      46.940  30.360  28.920  1.00  0.00            \n+ATOM     18  HE2 LYS     1      47.660  29.700  27.400  1.00  0.00            \n+ATOM     19  NZ  LYS     1      48.950  30.620  28.790  1.00  0.00            \n+ATOM     20  HZ1 LYS     1      48.940  29.910  29.510  1.00  0.00            \n+ATOM     21  HZ2 LYS     1      49.750  30.320  28.260  1.00  0.00            \n+ATOM     22  HZ3 LYS     1      49.130  31.520  29.220  1.00  0.00            \n+ATOM     23  C   LYS     1      43.250  31.700  25.170  1.00  0.00            \n+ATOM     24  O   LYS     1      42.260  32.360  25.490  1.00  0.00            \n+ATOM     25  N   VAL     2      43.310  30.380  25.350  1.00  0.00            \n+ATOM     26  H   VAL     2      44.200  29.980  25.100  1.00  0.00            \n+ATOM     27  CA  VAL     2      42.400  29.530  26.090  1.00  0.00            \n+ATOM     28  HA  VAL     2      41.600  30.100  26.570  1.00  0.00            \n+ATOM     29  CB  VAL     2      41.810  28.480  25.150  1.00  0.00            \n+ATOM     30  HB  VAL     2      42.530  27.670  24.980  1.00  0.00            \n+ATOM     31  CG1 VAL     2      40.650  27.800  25.880  1.00  0.00            \n+ATOM     32 1HG1 VAL     2      40.370  26.840  25.430  1.00  0.00            \n+ATOM     33 2HG1 VAL     2      40.850  27.580  26.930  1.00  0.00            \n+ATOM     34 3HG1 VAL     2      39.850  28.530  25.810  1.00  0.00            \n+ATOM     35  CG2 VAL     2      41.420  29.010  23.770  1.00  0.00            \n+ATOM     36 1HG2 VAL     2      40.770  28.440  23.110  1.00  0.00            \n+ATOM     37 2HG2 VAL     2      40.910  29.960  23.960  1.00  0.00            \n+ATOM     38 3HG2 VAL     2      42.370  29.110  23.250  1.00  0.00            \n+ATOM     39  C   VAL     2      43.370  28.830  27.020  1.00  0.00            \n+ATOM     40  O   VAL     2      44.230  28.050  26.600  1.00  0.00            \n+ATOM     41  N   PHE     3      43.240  28.980  28.340  1.00  0.00            \n+ATOM     42  H   PHE     3      42.470  29.560  28.660  1.00  0.00            \n+ATOM     43  CA  PHE     3      44.070  28.260  29.280  1.00  0.00            \n+ATOM     44  HA  PHE     3      45.130  28.210  29.030  1.00  0.00            \n+ATOM     45  CB  PHE     3      43.970  28.990  30.610  1.00  0.00            \n+ATOM     46  HB1 PHE     3      42.940  29.260  30.820  1.00  0.00            \n+ATOM     47  HB2 PHE     3      44.040  28.360  31.500  1.00  0.00            \n+ATOM     48  CG  PHE     3      44.970  30.110  30.810  1.00  0.0'..b'OW  SOL  2252      58.890  68.740  62.970  1.00  0.00            \n+ATOM  38328  HW1 SOL  2252      59.110  67.890  63.450  1.00  0.00            \n+ATOM  38329  HW2 SOL  2252      58.720  68.550  62.010  1.00  0.00            \n+ATOM  38330  OW  SOL  2253      62.630  69.480  71.830  1.00  0.00            \n+ATOM  38331  HW1 SOL  2253      62.680  69.580  70.840  1.00  0.00            \n+ATOM  38332  HW2 SOL  2253      61.740  69.810  72.160  1.00  0.00            \n+ATOM  38333  OW  SOL  2254       0.870  56.750  67.430  1.00  0.00            \n+ATOM  38334  HW1 SOL  2254       0.860  56.620  66.440  1.00  0.00            \n+ATOM  38335  HW2 SOL  2254       1.420  57.560  67.650  1.00  0.00            \n+ATOM  38336  OW  SOL  2255      59.820  59.660  59.900  1.00  0.00            \n+ATOM  38337  HW1 SOL  2255      60.640  59.440  59.360  1.00  0.00            \n+ATOM  38338  HW2 SOL  2255      59.500  58.830  60.370  1.00  0.00            \n+ATOM  38339  OW  SOL  2256      59.200  59.310  66.810  1.00  0.00            \n+ATOM  38340  HW1 SOL  2256      58.610  58.590  66.460  1.00  0.00            \n+ATOM  38341  HW2 SOL  2256      59.120  60.120  66.240  1.00  0.00            \n+ATOM  38342  OW  SOL  2257      64.740  71.760  61.270  1.00  0.00            \n+ATOM  38343  HW1 SOL  2257      64.220  71.880  60.420  1.00  0.00            \n+ATOM  38344  HW2 SOL  2257      64.160  71.330  61.960  1.00  0.00            \n+ATOM  38345  OW  SOL  2258      70.410  58.320  66.010  1.00  0.00            \n+ATOM  38346  HW1 SOL  2258      70.310  57.440  66.470  1.00  0.00            \n+ATOM  38347  HW2 SOL  2258      70.440  59.050  66.700  1.00  0.00            \n+ATOM  38348  OW  SOL  2259      68.010  55.450  64.920  1.00  0.00            \n+ATOM  38349  HW1 SOL  2259      67.740  54.490  64.800  1.00  0.00            \n+ATOM  38350  HW2 SOL  2259      68.690  55.510  65.650  1.00  0.00            \n+ATOM  38351  OW  SOL  2260      64.270  67.760  58.860  1.00  0.00            \n+ATOM  38352  HW1 SOL  2260      64.080  66.840  59.190  1.00  0.00            \n+ATOM  38353  HW2 SOL  2260      65.260  67.920  58.860  1.00  0.00            \n+ATOM  38354  OW  SOL  2261      64.860  71.690  67.610  1.00  0.00            \n+ATOM  38355  HW1 SOL  2261      65.380  72.300  68.210  1.00  0.00            \n+ATOM  38356  HW2 SOL  2261      65.490  71.070  67.140  1.00  0.00            \n+ATOM  38357  OW  SOL  2262      68.970  55.630  59.660  1.00  0.00            \n+ATOM  38358  HW1 SOL  2262      68.570  55.450  58.760  1.00  0.00            \n+ATOM  38359  HW2 SOL  2262      68.610  56.480  60.020  1.00  0.00            \n+ATOM  38360  OW  SOL  2263      67.340  60.860  62.390  1.00  0.00            \n+ATOM  38361  HW1 SOL  2263      66.370  60.610  62.330  1.00  0.00            \n+ATOM  38362  HW2 SOL  2263      67.650  60.760  63.340  1.00  0.00            \n+ATOM  38363  OW  SOL  2264      72.570  57.230  64.750  1.00  0.00            \n+ATOM  38364  HW1 SOL  2264      72.000  57.840  65.310  1.00  0.00            \n+ATOM  38365  HW2 SOL  2264      72.180  57.170  63.830  1.00  0.00            \n+ATOM  38366  OW  SOL  2265      56.360  64.300  57.960  1.00  0.00            \n+ATOM  38367  HW1 SOL  2265      57.050  64.960  58.220  1.00  0.00            \n+ATOM  38368  HW2 SOL  2265      56.170  63.690  58.730  1.00  0.00            \n+ATOM  38369  CL   CL  2266       0.460  29.080  13.290  1.00  0.00            \n+ATOM  38370  CL   CL  2267      15.130  24.050  31.780  1.00  0.00            \n+ATOM  38371  CL   CL  2268      15.030  72.460  41.720  1.00  0.00            \n+ATOM  38372  CL   CL  2269      15.230  63.640  57.410  1.00  0.00            \n+ATOM  38373  CL   CL  2270      30.210  37.140  61.190  1.00  0.00            \n+ATOM  38374  CL   CL  2271      27.560  41.050  16.730  1.00  0.00            \n+ATOM  38375  CL   CL  2272       0.380  10.350   6.770  1.00  0.00            \n+ATOM  38376  CL   CL  2273      62.610  56.750  57.100  1.00  0.00            \n+TER\n+ENDMDL\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/npt.tpr
b
Binary file test-data/npt.tpr has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/npt.trr
b
Binary file test-data/npt.trr has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/npt.xtc
b
Binary file test-data/npt.xtc has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/nvt.cpt
b
Binary file test-data/nvt.cpt has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/nvt.edr
b
Binary file test-data/nvt.edr has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/nvt.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/nvt.gro Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,38379 @@\n+LYSOZYME in water\n+38376\n+    1LYS      N    1   4.414   3.401   2.453 -0.1245 -0.0474  0.2586\n+    1LYS     H1    2   4.480   3.471   2.424 -1.7482  1.7484  0.6963\n+    1LYS     H2    3   4.360   3.369   2.373  1.2229 -3.2424  0.4578\n+    1LYS     H3    4   4.360   3.447   2.524  1.0582 -0.7342  1.6378\n+    1LYS     CA    5   4.470   3.280   2.516 -0.0047 -0.2324 -0.1924\n+    1LYS     HA    6   4.518   3.227   2.434  0.4015 -1.3689  0.7569\n+    1LYS     CB    7   4.571   3.318   2.624  0.0554  0.2713 -0.4193\n+    1LYS    HB1    8   4.656   3.370   2.579  1.2827 -2.2577 -1.2165\n+    1LYS    HB2    9   4.530   3.386   2.698 -2.5593 -0.6513 -0.9218\n+    1LYS     CG   10   4.629   3.200   2.703 -0.1547  0.7908  0.5244\n+    1LYS    HG1   11   4.555   3.152   2.767  0.2325 -0.6000 -0.0319\n+    1LYS    HG2   12   4.645   3.120   2.631  0.4708 -0.2729  1.7931\n+    1LYS     CD   13   4.756   3.218   2.787 -0.0525 -0.0302  0.5523\n+    1LYS    HD1   14   4.838   3.216   2.715 -1.1456  1.3793 -0.7946\n+    1LYS    HD2   15   4.755   3.307   2.850 -0.3160  0.0084  0.4945\n+    1LYS     CE   16   4.779   3.095   2.874 -0.2235 -0.7092 -0.3413\n+    1LYS    HE1   17   4.721   3.085   2.966 -0.4480 -0.6077 -0.4718\n+    1LYS    HE2   18   4.751   2.999   2.831  0.7916 -1.0155 -0.3551\n+    1LYS     NZ   19   4.918   3.074   2.917 -0.1350  0.6325  0.0733\n+    1LYS    HZ1   20   4.918   2.997   2.983  1.5256  1.2201  0.8122\n+    1LYS    HZ2   21   4.975   3.041   2.840  0.1468 -0.3915  0.6956\n+    1LYS    HZ3   22   4.965   3.152   2.960 -0.7788 -0.6938  3.5038\n+    1LYS      C   23   4.354   3.196   2.569  0.0087 -0.0224  0.1719\n+    1LYS      O   24   4.259   3.259   2.616  0.0177  0.0708  0.0670\n+    2VAL      N   25   4.363   3.063   2.561 -0.1064 -0.0118 -0.1221\n+    2VAL      H   26   4.434   3.024   2.501 -0.2930  1.8672 -1.6788\n+    2VAL     CA   27   4.283   2.971   2.638  0.4698 -0.4814 -0.0790\n+    2VAL     HA   28   4.216   3.027   2.703  0.9998 -0.9382  0.8779\n+    2VAL     CB   29   4.204   2.870   2.555 -0.1650 -0.1450  0.1125\n+    2VAL     HB   30   4.279   2.817   2.497  1.2857  0.2990  1.5321\n+    2VAL    CG1   31   4.124   2.766   2.633 -0.1354 -0.5454 -0.3815\n+    2VAL   HG11   32   4.107   2.674   2.577 -1.6514 -0.6805  0.2518\n+    2VAL   HG12   33   4.184   2.722   2.713  1.0901 -0.5350 -1.2752\n+    2VAL   HG13   34   4.034   2.810   2.677  0.0989  0.0960 -0.5416\n+    2VAL    CG2   35   4.119   2.939   2.448  0.4678 -0.5282 -0.6567\n+    2VAL   HG21   36   4.053   2.867   2.401  1.1537 -2.2692  0.9490\n+    2VAL   HG22   37   4.063   3.027   2.481  1.6915 -0.3405  1.0716\n+    2VAL   HG23   38   4.168   2.983   2.362 -1.4954 -0.9957 -2.0889\n+    2VAL      C   39   4.384   2.901   2.729  0.4193 -0.4889 -0.0284\n+    2VAL      O   40   4.466   2.823   2.682  0.7041 -0.3222  0.1888\n+    3PHE      N   41   4.373   2.931   2.858  0.0323  0.4997 -0.2799\n+    3PHE      H   42   4.291   2.987   2.879 -0.1551  0.5609 -1.1538\n+    3PHE     CA   43   4.441   2.860   2.964  0.0286  0.0987 -0.5454\n+    3PHE     HA   44   4.547   2.852   2.942  0.2612  1.2032  0.0765\n+    3PHE     CB   45   4.429   2.933   3.098  0.0231 -0.2686 -0.3451\n+    3PHE    HB1   46   4.325   2.964   3.109  0.1691  0.3214 -0.6368\n+    3PHE    HB2   47   4.456   2.861   3.176 -2.9863 -1.9433 -0.7003\n+    3PHE     CG   48   4.516   3.054   3.120 -0.5309  0.1005 -0.1759\n+    3PHE    CD1   49   4.485   3.179   3.065  0.0236  0.2578 -0.1378\n+    3PHE    HD1   50   4.394   3.183   3.007  0.5847  2.0394 -0.9705\n+    3PHE    CD2   51   4.629   3.045   3.203 -0.3055  0.2147 -0.4689\n+    3PHE    HD2   52   4.649   2.948   3.247 -1.8630 -0.0414 -0.2471\n+    3PHE    CE1   53   4.566   3.291   3.085 -0.2488  0.3937  0.2120\n+    3PHE    HE1   54   4.552   3.385   3.034 -0.8507 -0.5038 -1.3251\n+    3PHE    CE2   55   4.709   3.156   3.231  0.1445 -0.2260  0.0278\n+    3PHE    HE2   56   4.797   3.155   3.293  0.2985 -0.2584 -0.1904\n+    3PHE     CZ   57   4.670   3'..b' 6.425   6.613   6.599 -1.0242  0.2185 -1.3474\n+12250SOL     OW38321   6.657   6.605   5.680  0.3901  0.0131 -0.3337\n+12250SOL    HW138322   6.633   6.659   5.599  1.3684  0.2384 -0.4807\n+12250SOL    HW238323   6.689   6.515   5.651  0.0465 -0.1673 -0.1570\n+12251SOL     OW38324   0.130   7.022   6.323 -0.6970  0.3793  0.3726\n+12251SOL    HW138325   0.070   7.025   6.243 -0.5860  0.7074  0.3000\n+12251SOL    HW238326   0.081   6.983   6.400 -0.8316  0.1371  0.1664\n+12252SOL     OW38327   5.803   7.014   6.256  0.8681  0.1038 -0.4046\n+12252SOL    HW138328   5.739   7.004   6.332  1.4817  2.5250  0.5358\n+12252SOL    HW238329   5.868   6.938   6.255  0.0248 -0.6408  0.6669\n+12253SOL     OW38330   6.328   6.949   0.001  0.1972  0.4320 -0.2740\n+12253SOL    HW138331   6.262   7.005  -0.049 -1.8563 -0.9533  0.7621\n+12253SOL    HW238332   6.312   6.958   0.100 -1.3131 -3.0889 -0.0559\n+12254SOL     OW38333   7.300   5.683   6.714  0.4791 -0.6901 -0.2548\n+12254SOL    HW138334   7.211   5.637   6.709  0.1350 -0.1306  0.5088\n+12254SOL    HW238335   7.310   5.744   6.635  0.8833 -1.9321 -1.2090\n+12255SOL     OW38336   5.959   5.962   6.015  0.3415  0.1915 -0.3612\n+12255SOL    HW138337   6.057   5.982   6.022  0.0066  2.3032 -0.9173\n+12255SOL    HW238338   5.923   5.941   6.106  1.0001  1.1962  0.1594\n+12256SOL     OW38339   6.082   6.039   6.890  0.3357  0.1814  0.2938\n+12256SOL    HW138340   6.112   5.960   6.943  0.7081  0.3525  0.3422\n+12256SOL    HW238341   6.026   6.008   6.813  0.8614 -0.1696  0.0454\n+12257SOL     OW38342   6.349   7.297   6.285  0.1509 -0.5373 -0.1490\n+12257SOL    HW138343   6.338   7.324   6.189  0.8201 -0.5969 -0.2474\n+12257SOL    HW238344   6.288   7.220   6.305 -0.5064 -0.0704 -0.3306\n+12258SOL     OW38345   6.993   5.869   6.615 -0.1606 -0.6358  0.1122\n+12258SOL    HW138346   6.986   5.770   6.630  1.9995 -0.6580  1.3854\n+12258SOL    HW238347   6.994   5.916   6.704 -0.2335  0.4563 -0.4484\n+12259SOL     OW38348   6.768   5.570   6.534  0.2539 -0.6929  0.0861\n+12259SOL    HW138349   6.758   5.472   6.518 -0.2914 -0.6407  0.1076\n+12259SOL    HW238350   6.843   5.585   6.599  0.1145 -1.1156  0.3492\n+12260SOL     OW38351   6.399   6.980   6.060 -0.1377  0.1280 -0.0719\n+12260SOL    HW138352   6.409   6.882   6.071  0.6528  0.1708 -0.3591\n+12260SOL    HW238353   6.445   7.028   6.135  0.0790  0.2873 -0.3029\n+12261SOL     OW38354   6.415   7.221   6.854 -0.0785  0.1304 -0.0085\n+12261SOL    HW138355   6.445   7.304   6.902 -1.3458 -0.3725  1.7852\n+12261SOL    HW238356   6.494   7.162   6.837  0.8138  1.5874 -1.1435\n+12262SOL     OW38357   7.079   5.424   5.840 -0.0092 -0.0703  0.6338\n+12262SOL    HW138358   7.075   5.331   5.803 -0.8219  0.6173 -1.1521\n+12262SOL    HW238359   6.986   5.460   5.849  0.3300  0.9183  0.3329\n+12263SOL     OW38360   6.774   6.147   6.184  0.2869 -0.0267 -0.0207\n+12263SOL    HW138361   6.679   6.119   6.173  0.5632 -0.7216 -0.8357\n+12263SOL    HW238362   6.818   6.089   6.253  0.6721 -1.2110 -1.2034\n+12264SOL     OW38363   7.235   5.877   6.502 -0.2037  0.0926  0.5223\n+12264SOL    HW138364   7.143   5.880   6.541 -0.2123 -0.7042  0.5772\n+12264SOL    HW238365   7.229   5.862   6.403 -0.1222 -0.8795  0.6546\n+12265SOL     OW38366   5.757   6.516   5.839 -0.2663 -0.5555 -0.4616\n+12265SOL    HW138367   5.852   6.543   5.827 -1.1659  3.7337  0.6551\n+12265SOL    HW238368   5.739   6.501   5.936 -0.8181 -1.1802 -0.6528\n+12266CL      CL38369   0.011   2.983   1.283  0.0958  0.7921  0.1589\n+12267CL      CL38370   1.624   2.346   3.356 -0.4632 -0.0375  0.0503\n+12268CL      CL38371   1.563   7.224   4.160 -0.2199  0.1409 -0.2564\n+12269CL      CL38372   1.475   6.421   5.828 -0.0800 -0.2095  0.2597\n+12270CL      CL38373   3.128   3.790   6.172 -0.1431  0.0850  0.4640\n+12271CL      CL38374   2.774   4.120   1.873 -0.2138 -0.2134 -0.0755\n+12272CL      CL38375   7.334   1.044   0.689  0.3876  0.0282  0.0509\n+12273CL      CL38376   6.342   5.664   5.947  0.1102  0.1942  0.1584\n+   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/nvt.mdp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/nvt.mdp Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
@@ -0,0 +1,43 @@
+title = OPLS Lysozyme NVT equilibration 
+define = -DPOSRES ; position restrain the protein
+; Run parameters
+integrator = md ; leap-frog integrator
+nsteps = 500 ; 2 * 50000 = 100 ps
+dt     = 0.002 ; 2 fs
+; Output control
+nstxout = 50 ; save coordinates every 1.0 ps
+nstvout = 50 ; save velocities every 1.0 ps
+nstenergy = 50 ; save energies every 1.0 ps
+nstlog = 50 ; update log file every 1.0 ps
+nstxout-compressed  = 50      ; save compressed coordinates every 10.0 ps
+; Bond parameters
+continuation         = no ; first dynamics run
+constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints 
+constraints             = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
+lincs_iter             = 1     ; accuracy of LINCS
+lincs_order             = 4     ; also related to accuracy
+; Neighborsearching
+cutoff-scheme   = Verlet
+ns_type     = grid ; search neighboring grid cells
+nstlist     = 10 ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
+rcoulomb     = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
+rvdw     = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
+; Electrostatics
+coulombtype     = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
+pme_order     = 4 ; cubic interpolation
+fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT
+; Temperature coupling is on
+tcoupl = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
+tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
+tau_t = 0.1   0.1           ; time constant, in ps
+ref_t = 300    300           ; reference temperature, one for each group, in K
+; Pressure coupling is off
+pcoupl = no  ; no pressure coupling in NVT
+; Periodic boundary conditions
+pbc = xyz     ; 3-D PBC
+; Dispersion correction
+DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme
+; Velocity generation
+gen_vel = yes ; assign velocities from Maxwell distribution
+gen_temp = 300 ; temperature for Maxwell distribution
+gen_seed = -1 ; generate a random seed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/nvt.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/nvt.pdb Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,38382 @@\n+TITLE     LYSOZYME in water\n+REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX\n+CRYST1   73.393   73.393   73.393  90.00  90.00  90.00 P 1           1\n+MODEL        1\n+ATOM      1  N   LYS     1      44.140  34.010  24.530  1.00  0.00            \n+ATOM      2  H1  LYS     1      44.800  34.710  24.240  1.00  0.00            \n+ATOM      3  H2  LYS     1      43.600  33.690  23.730  1.00  0.00            \n+ATOM      4  H3  LYS     1      43.600  34.470  25.240  1.00  0.00            \n+ATOM      5  CA  LYS     1      44.700  32.800  25.160  1.00  0.00            \n+ATOM      6  HA  LYS     1      45.180  32.270  24.340  1.00  0.00            \n+ATOM      7  CB  LYS     1      45.710  33.180  26.240  1.00  0.00            \n+ATOM      8  HB1 LYS     1      46.560  33.700  25.790  1.00  0.00            \n+ATOM      9  HB2 LYS     1      45.300  33.860  26.980  1.00  0.00            \n+ATOM     10  CG  LYS     1      46.290  32.000  27.030  1.00  0.00            \n+ATOM     11  HG1 LYS     1      45.550  31.520  27.670  1.00  0.00            \n+ATOM     12  HG2 LYS     1      46.450  31.200  26.310  1.00  0.00            \n+ATOM     13  CD  LYS     1      47.560  32.180  27.870  1.00  0.00            \n+ATOM     14  HD1 LYS     1      48.380  32.160  27.150  1.00  0.00            \n+ATOM     15  HD2 LYS     1      47.550  33.070  28.500  1.00  0.00            \n+ATOM     16  CE  LYS     1      47.790  30.950  28.740  1.00  0.00            \n+ATOM     17  HE1 LYS     1      47.210  30.850  29.660  1.00  0.00            \n+ATOM     18  HE2 LYS     1      47.510  29.990  28.310  1.00  0.00            \n+ATOM     19  NZ  LYS     1      49.180  30.740  29.170  1.00  0.00            \n+ATOM     20  HZ1 LYS     1      49.180  29.970  29.830  1.00  0.00            \n+ATOM     21  HZ2 LYS     1      49.750  30.410  28.400  1.00  0.00            \n+ATOM     22  HZ3 LYS     1      49.650  31.520  29.600  1.00  0.00            \n+ATOM     23  C   LYS     1      43.540  31.960  25.690  1.00  0.00            \n+ATOM     24  O   LYS     1      42.590  32.590  26.160  1.00  0.00            \n+ATOM     25  N   VAL     2      43.630  30.630  25.610  1.00  0.00            \n+ATOM     26  H   VAL     2      44.340  30.240  25.010  1.00  0.00            \n+ATOM     27  CA  VAL     2      42.830  29.710  26.380  1.00  0.00            \n+ATOM     28  HA  VAL     2      42.160  30.270  27.030  1.00  0.00            \n+ATOM     29  CB  VAL     2      42.040  28.700  25.550  1.00  0.00            \n+ATOM     30  HB  VAL     2      42.790  28.170  24.970  1.00  0.00            \n+ATOM     31  CG1 VAL     2      41.240  27.660  26.330  1.00  0.00            \n+ATOM     32 1HG1 VAL     2      41.070  26.740  25.770  1.00  0.00            \n+ATOM     33 2HG1 VAL     2      41.840  27.220  27.130  1.00  0.00            \n+ATOM     34 3HG1 VAL     2      40.340  28.100  26.770  1.00  0.00            \n+ATOM     35  CG2 VAL     2      41.190  29.390  24.480  1.00  0.00            \n+ATOM     36 1HG2 VAL     2      40.530  28.670  24.010  1.00  0.00            \n+ATOM     37 2HG2 VAL     2      40.630  30.270  24.810  1.00  0.00            \n+ATOM     38 3HG2 VAL     2      41.680  29.830  23.620  1.00  0.00            \n+ATOM     39  C   VAL     2      43.840  29.010  27.290  1.00  0.00            \n+ATOM     40  O   VAL     2      44.660  28.230  26.820  1.00  0.00            \n+ATOM     41  N   PHE     3      43.730  29.310  28.580  1.00  0.00            \n+ATOM     42  H   PHE     3      42.910  29.870  28.790  1.00  0.00            \n+ATOM     43  CA  PHE     3      44.410  28.600  29.640  1.00  0.00            \n+ATOM     44  HA  PHE     3      45.470  28.520  29.420  1.00  0.00            \n+ATOM     45  CB  PHE     3      44.290  29.330  30.980  1.00  0.00            \n+ATOM     46  HB1 PHE     3      43.250  29.640  31.090  1.00  0.00            \n+ATOM     47  HB2 PHE     3      44.560  28.610  31.760  1.00  0.00            \n+ATOM     48  CG  PHE     3      45.160  30.540  31.200  1.00  0.0'..b'OW  SOL  2252      58.030  70.140  62.560  1.00  0.00            \n+ATOM  38328  HW1 SOL  2252      57.390  70.040  63.320  1.00  0.00            \n+ATOM  38329  HW2 SOL  2252      58.680  69.380  62.550  1.00  0.00            \n+ATOM  38330  OW  SOL  2253      63.280  69.490   0.010  1.00  0.00            \n+ATOM  38331  HW1 SOL  2253      62.620  70.050  -0.490  1.00  0.00            \n+ATOM  38332  HW2 SOL  2253      63.120  69.580   1.000  1.00  0.00            \n+ATOM  38333  OW  SOL  2254      73.000  56.830  67.140  1.00  0.00            \n+ATOM  38334  HW1 SOL  2254      72.110  56.370  67.090  1.00  0.00            \n+ATOM  38335  HW2 SOL  2254      73.100  57.440  66.350  1.00  0.00            \n+ATOM  38336  OW  SOL  2255      59.590  59.620  60.150  1.00  0.00            \n+ATOM  38337  HW1 SOL  2255      60.570  59.820  60.220  1.00  0.00            \n+ATOM  38338  HW2 SOL  2255      59.230  59.410  61.060  1.00  0.00            \n+ATOM  38339  OW  SOL  2256      60.820  60.390  68.900  1.00  0.00            \n+ATOM  38340  HW1 SOL  2256      61.120  59.600  69.430  1.00  0.00            \n+ATOM  38341  HW2 SOL  2256      60.260  60.080  68.130  1.00  0.00            \n+ATOM  38342  OW  SOL  2257      63.490  72.970  62.850  1.00  0.00            \n+ATOM  38343  HW1 SOL  2257      63.380  73.240  61.890  1.00  0.00            \n+ATOM  38344  HW2 SOL  2257      62.880  72.200  63.050  1.00  0.00            \n+ATOM  38345  OW  SOL  2258      69.930  58.690  66.150  1.00  0.00            \n+ATOM  38346  HW1 SOL  2258      69.860  57.700  66.300  1.00  0.00            \n+ATOM  38347  HW2 SOL  2258      69.940  59.160  67.040  1.00  0.00            \n+ATOM  38348  OW  SOL  2259      67.680  55.700  65.340  1.00  0.00            \n+ATOM  38349  HW1 SOL  2259      67.580  54.720  65.180  1.00  0.00            \n+ATOM  38350  HW2 SOL  2259      68.430  55.850  65.990  1.00  0.00            \n+ATOM  38351  OW  SOL  2260      63.990  69.800  60.600  1.00  0.00            \n+ATOM  38352  HW1 SOL  2260      64.090  68.820  60.710  1.00  0.00            \n+ATOM  38353  HW2 SOL  2260      64.450  70.280  61.350  1.00  0.00            \n+ATOM  38354  OW  SOL  2261      64.150  72.210  68.540  1.00  0.00            \n+ATOM  38355  HW1 SOL  2261      64.450  73.040  69.020  1.00  0.00            \n+ATOM  38356  HW2 SOL  2261      64.940  71.620  68.370  1.00  0.00            \n+ATOM  38357  OW  SOL  2262      70.790  54.240  58.400  1.00  0.00            \n+ATOM  38358  HW1 SOL  2262      70.750  53.310  58.030  1.00  0.00            \n+ATOM  38359  HW2 SOL  2262      69.860  54.600  58.490  1.00  0.00            \n+ATOM  38360  OW  SOL  2263      67.740  61.470  61.840  1.00  0.00            \n+ATOM  38361  HW1 SOL  2263      66.790  61.190  61.730  1.00  0.00            \n+ATOM  38362  HW2 SOL  2263      68.180  60.890  62.530  1.00  0.00            \n+ATOM  38363  OW  SOL  2264      72.350  58.770  65.020  1.00  0.00            \n+ATOM  38364  HW1 SOL  2264      71.430  58.800  65.410  1.00  0.00            \n+ATOM  38365  HW2 SOL  2264      72.290  58.620  64.030  1.00  0.00            \n+ATOM  38366  OW  SOL  2265      57.570  65.160  58.390  1.00  0.00            \n+ATOM  38367  HW1 SOL  2265      58.520  65.430  58.270  1.00  0.00            \n+ATOM  38368  HW2 SOL  2265      57.390  65.010  59.360  1.00  0.00            \n+ATOM  38369  CL   CL  2266       0.110  29.830  12.830  1.00  0.00            \n+ATOM  38370  CL   CL  2267      16.240  23.460  33.560  1.00  0.00            \n+ATOM  38371  CL   CL  2268      15.630  72.240  41.600  1.00  0.00            \n+ATOM  38372  CL   CL  2269      14.750  64.210  58.280  1.00  0.00            \n+ATOM  38373  CL   CL  2270      31.280  37.900  61.720  1.00  0.00            \n+ATOM  38374  CL   CL  2271      27.740  41.200  18.730  1.00  0.00            \n+ATOM  38375  CL   CL  2272      73.340  10.440   6.890  1.00  0.00            \n+ATOM  38376  CL   CL  2273      63.420  56.640  59.470  1.00  0.00            \n+TER\n+ENDMDL\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/nvt.tpr
b
Binary file test-data/nvt.tpr has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/nvt.trr
b
Binary file test-data/nvt.trr has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/nvt.xtc
b
Binary file test-data/nvt.xtc has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/posre_cl.itp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/posre_cl.itp Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
[
@@ -0,0 +1,12 @@
+; position restraints for CL of LYSOZYME in water
+
+[ position_restraints ]
+;  i funct       fcx        fcy        fcz
+38369    1        500        600        700
+38370    1        500        600        700
+38371    1        500        600        700
+38372    1        500        600        700
+38373    1        500        600        700
+38374    1        500        600        700
+38375    1        500        600        700
+38376    1        500        600        700
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/posres.itp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/posres.itp Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
[
b'@@ -0,0 +1,1008 @@\n+; In this topology include file, you will find position restraint\n+; entries for all the heavy atoms in your original pdb file.\n+; This means that all the protons which were added by pdb2gmx are\n+; not restrained.\n+\n+[ position_restraints ]\n+; atom  type      fx      fy      fz\n+     1     1  1000  1000  1000\n+     5     1  1000  1000  1000\n+     7     1  1000  1000  1000\n+    10     1  1000  1000  1000\n+    13     1  1000  1000  1000\n+    16     1  1000  1000  1000\n+    19     1  1000  1000  1000\n+    23     1  1000  1000  1000\n+    24     1  1000  1000  1000\n+    25     1  1000  1000  1000\n+    27     1  1000  1000  1000\n+    29     1  1000  1000  1000\n+    31     1  1000  1000  1000\n+    35     1  1000  1000  1000\n+    39     1  1000  1000  1000\n+    40     1  1000  1000  1000\n+    41     1  1000  1000  1000\n+    43     1  1000  1000  1000\n+    45     1  1000  1000  1000\n+    48     1  1000  1000  1000\n+    49     1  1000  1000  1000\n+    51     1  1000  1000  1000\n+    53     1  1000  1000  1000\n+    55     1  1000  1000  1000\n+    57     1  1000  1000  1000\n+    59     1  1000  1000  1000\n+    60     1  1000  1000  1000\n+    61     1  1000  1000  1000\n+    63     1  1000  1000  1000\n+    66     1  1000  1000  1000\n+    67     1  1000  1000  1000\n+    68     1  1000  1000  1000\n+    70     1  1000  1000  1000\n+    72     1  1000  1000  1000\n+    75     1  1000  1000  1000\n+    78     1  1000  1000  1000\n+    81     1  1000  1000  1000\n+    83     1  1000  1000  1000\n+    84     1  1000  1000  1000\n+    87     1  1000  1000  1000\n+    90     1  1000  1000  1000\n+    91     1  1000  1000  1000\n+    92     1  1000  1000  1000\n+    94     1  1000  1000  1000\n+    96     1  1000  1000  1000\n+    99     1  1000  1000  1000\n+   100     1  1000  1000  1000\n+   101     1  1000  1000  1000\n+   102     1  1000  1000  1000\n+   104     1  1000  1000  1000\n+   106     1  1000  1000  1000\n+   109     1  1000  1000  1000\n+   112     1  1000  1000  1000\n+   113     1  1000  1000  1000\n+   114     1  1000  1000  1000\n+   115     1  1000  1000  1000\n+   116     1  1000  1000  1000\n+   117     1  1000  1000  1000\n+   119     1  1000  1000  1000\n+   121     1  1000  1000  1000\n+   124     1  1000  1000  1000\n+   126     1  1000  1000  1000\n+   130     1  1000  1000  1000\n+   134     1  1000  1000  1000\n+   135     1  1000  1000  1000\n+   136     1  1000  1000  1000\n+   138     1  1000  1000  1000\n+   140     1  1000  1000  1000\n+   144     1  1000  1000  1000\n+   145     1  1000  1000  1000\n+   146     1  1000  1000  1000\n+   148     1  1000  1000  1000\n+   150     1  1000  1000  1000\n+   154     1  1000  1000  1000\n+   155     1  1000  1000  1000\n+   156     1  1000  1000  1000\n+   158     1  1000  1000  1000\n+   160     1  1000  1000  1000\n+   164     1  1000  1000  1000\n+   165     1  1000  1000  1000\n+   166     1  1000  1000  1000\n+   168     1  1000  1000  1000\n+   170     1  1000  1000  1000\n+   173     1  1000  1000  1000\n+   176     1  1000  1000  1000\n+   177     1  1000  1000  1000\n+   181     1  1000  1000  1000\n+   182     1  1000  1000  1000\n+   183     1  1000  1000  1000\n+   185     1  1000  1000  1000\n+   187     1  1000  1000  1000\n+   190     1  1000  1000  1000\n+   193     1  1000  1000  1000\n+   196     1  1000  1000  1000\n+   199     1  1000  1000  1000\n+   203     1  1000  1000  1000\n+   204     1  1000  1000  1000\n+   205     1  1000  1000  1000\n+   207     1  1000  1000  1000\n+   209     1  1000  1000  1000\n+   212     1  1000  1000  1000\n+   215     1  1000  1000  1000\n+   218     1  1000  1000  1000\n+   220     1  1000  1000  1000\n+   221     1  1000  1000  1000\n+   224     1  1000  1000  1000\n+   227     1  1000  1000  1000\n+   228     1  1000  1000  1000\n+   229     1  1000  1000  1000\n+   231     1  1000  1000  1000\n+   233     1  1000  1000  1000\n+   236     1  1000  1000  1000\n+   237     1  1000  1000  1000\n+   238     1  1000  1000  1000\n+   240     1  1000  1000  1000\n+   242     1  1000 '..b'  1711     1  1000  1000  1000\n+  1714     1  1000  1000  1000\n+  1716     1  1000  1000  1000\n+  1717     1  1000  1000  1000\n+  1720     1  1000  1000  1000\n+  1723     1  1000  1000  1000\n+  1724     1  1000  1000  1000\n+  1725     1  1000  1000  1000\n+  1727     1  1000  1000  1000\n+  1729     1  1000  1000  1000\n+  1732     1  1000  1000  1000\n+  1733     1  1000  1000  1000\n+  1734     1  1000  1000  1000\n+  1735     1  1000  1000  1000\n+  1737     1  1000  1000  1000\n+  1739     1  1000  1000  1000\n+  1742     1  1000  1000  1000\n+  1745     1  1000  1000  1000\n+  1748     1  1000  1000  1000\n+  1751     1  1000  1000  1000\n+  1755     1  1000  1000  1000\n+  1756     1  1000  1000  1000\n+  1757     1  1000  1000  1000\n+  1759     1  1000  1000  1000\n+  1762     1  1000  1000  1000\n+  1763     1  1000  1000  1000\n+  1764     1  1000  1000  1000\n+  1766     1  1000  1000  1000\n+  1768     1  1000  1000  1000\n+  1770     1  1000  1000  1000\n+  1772     1  1000  1000  1000\n+  1776     1  1000  1000  1000\n+  1777     1  1000  1000  1000\n+  1778     1  1000  1000  1000\n+  1780     1  1000  1000  1000\n+  1782     1  1000  1000  1000\n+  1785     1  1000  1000  1000\n+  1786     1  1000  1000  1000\n+  1787     1  1000  1000  1000\n+  1788     1  1000  1000  1000\n+  1789     1  1000  1000  1000\n+  1790     1  1000  1000  1000\n+  1792     1  1000  1000  1000\n+  1794     1  1000  1000  1000\n+  1796     1  1000  1000  1000\n+  1800     1  1000  1000  1000\n+  1804     1  1000  1000  1000\n+  1805     1  1000  1000  1000\n+  1806     1  1000  1000  1000\n+  1808     1  1000  1000  1000\n+  1810     1  1000  1000  1000\n+  1813     1  1000  1000  1000\n+  1816     1  1000  1000  1000\n+  1817     1  1000  1000  1000\n+  1818     1  1000  1000  1000\n+  1821     1  1000  1000  1000\n+  1822     1  1000  1000  1000\n+  1823     1  1000  1000  1000\n+  1825     1  1000  1000  1000\n+  1827     1  1000  1000  1000\n+  1831     1  1000  1000  1000\n+  1832     1  1000  1000  1000\n+  1833     1  1000  1000  1000\n+  1835     1  1000  1000  1000\n+  1837     1  1000  1000  1000\n+  1840     1  1000  1000  1000\n+  1841     1  1000  1000  1000\n+  1843     1  1000  1000  1000\n+  1844     1  1000  1000  1000\n+  1846     1  1000  1000  1000\n+  1847     1  1000  1000  1000\n+  1849     1  1000  1000  1000\n+  1851     1  1000  1000  1000\n+  1853     1  1000  1000  1000\n+  1855     1  1000  1000  1000\n+  1856     1  1000  1000  1000\n+  1857     1  1000  1000  1000\n+  1859     1  1000  1000  1000\n+  1861     1  1000  1000  1000\n+  1863     1  1000  1000  1000\n+  1866     1  1000  1000  1000\n+  1870     1  1000  1000  1000\n+  1874     1  1000  1000  1000\n+  1875     1  1000  1000  1000\n+  1876     1  1000  1000  1000\n+  1878     1  1000  1000  1000\n+  1880     1  1000  1000  1000\n+  1883     1  1000  1000  1000\n+  1886     1  1000  1000  1000\n+  1889     1  1000  1000  1000\n+  1891     1  1000  1000  1000\n+  1892     1  1000  1000  1000\n+  1895     1  1000  1000  1000\n+  1898     1  1000  1000  1000\n+  1899     1  1000  1000  1000\n+  1900     1  1000  1000  1000\n+  1902     1  1000  1000  1000\n+  1905     1  1000  1000  1000\n+  1906     1  1000  1000  1000\n+  1907     1  1000  1000  1000\n+  1909     1  1000  1000  1000\n+  1911     1  1000  1000  1000\n+  1914     1  1000  1000  1000\n+  1915     1  1000  1000  1000\n+  1916     1  1000  1000  1000\n+  1917     1  1000  1000  1000\n+  1919     1  1000  1000  1000\n+  1921     1  1000  1000  1000\n+  1924     1  1000  1000  1000\n+  1927     1  1000  1000  1000\n+  1930     1  1000  1000  1000\n+  1932     1  1000  1000  1000\n+  1933     1  1000  1000  1000\n+  1936     1  1000  1000  1000\n+  1939     1  1000  1000  1000\n+  1940     1  1000  1000  1000\n+  1941     1  1000  1000  1000\n+  1943     1  1000  1000  1000\n+  1945     1  1000  1000  1000\n+  1948     1  1000  1000  1000\n+  1950     1  1000  1000  1000\n+  1954     1  1000  1000  1000\n+  1958     1  1000  1000  1000\n+  1959     1  1000  1000  1000\n+  1960     1  1000  1000  1000\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/processed.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/processed.gro Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,2197 @@\n+LYSOZYME\n+ 2194\n+    1LYS      N    1   3.536   2.234  -1.198\n+    1LYS     H1    2   3.612   2.288  -1.236\n+    1LYS     H2    3   3.470   2.214  -1.270\n+    1LYS     H3    4   3.492   2.286  -1.125\n+    1LYS     CA    5   3.589   2.107  -1.143\n+    1LYS     HA    6   3.633   2.055  -1.216\n+    1LYS     CB    7   3.687   2.144  -1.031\n+    1LYS    HB1    8   3.763   2.195  -1.070\n+    1LYS    HB2    9   3.639   2.201  -0.964\n+    1LYS     CG   10   3.745   2.025  -0.956\n+    1LYS    HG1   11   3.676   1.989  -0.894\n+    1LYS    HG2   12   3.770   1.954  -1.023\n+    1LYS     CD   13   3.869   2.065  -0.877\n+    1LYS    HD1   14   3.945   2.083  -0.940\n+    1LYS    HD2   15   3.849   2.147  -0.824\n+    1LYS     CE   16   3.906   1.951  -0.784\n+    1LYS    HE1   17   3.841   1.946  -0.708\n+    1LYS    HE2   18   3.906   1.864  -0.833\n+    1LYS     NZ   19   4.042   1.977  -0.730\n+    1LYS    HZ1   20   4.069   1.903  -0.668\n+    1LYS    HZ2   21   4.108   1.982  -0.806\n+    1LYS    HZ3   22   4.042   2.064  -0.680\n+    1LYS      C   23   3.474   2.026  -1.084\n+    1LYS      O   24   3.395   2.081  -1.008\n+    2VAL      N   25   3.474   1.896  -1.104\n+    2VAL      H   26   3.536   1.860  -1.174\n+    2VAL     CA   27   3.390   1.800  -1.033\n+    2VAL     HA   28   3.317   1.852  -0.990\n+    2VAL     CB   29   3.314   1.703  -1.123\n+    2VAL     HB   30   3.386   1.652  -1.170\n+    2VAL    CG1   31   3.225   1.608  -1.043\n+    2VAL   HG11   32   3.177   1.547  -1.106\n+    2VAL   HG12   33   3.282   1.555  -0.981\n+    2VAL   HG13   34   3.158   1.661  -0.991\n+    2VAL    CG2   35   3.229   1.771  -1.229\n+    2VAL   HG21   36   3.183   1.702  -1.284\n+    2VAL   HG22   37   3.162   1.830  -1.185\n+    2VAL   HG23   38   3.288   1.827  -1.288\n+    2VAL      C   39   3.480   1.731  -0.929\n+    2VAL      O   40   3.576   1.661  -0.966\n+    3PHE      N   41   3.449   1.755  -0.804\n+    3PHE      H   42   3.375   1.819  -0.784\n+    3PHE     CA   43   3.519   1.690  -0.692\n+    3PHE     HA   44   3.615   1.697  -0.717\n+    3PHE     CB   45   3.497   1.763  -0.559\n+    3PHE    HB1   46   3.405   1.802  -0.558\n+    3PHE    HB2   47   3.506   1.698  -0.484\n+    3PHE     CG   48   3.594   1.874  -0.538\n+    3PHE    CD1   49   3.567   2.005  -0.580\n+    3PHE    HD1   50   3.481   2.025  -0.627\n+    3PHE    CD2   51   3.700   1.856  -0.447\n+    3PHE    HD2   52   3.713   1.766  -0.405\n+    3PHE    CE1   53   3.658   2.108  -0.557\n+    3PHE    HE1   54   3.648   2.195  -0.604\n+    3PHE    CE2   55   3.787   1.959  -0.416\n+    3PHE    HE2   56   3.866   1.942  -0.357\n+    3PHE     CZ   57   3.764   2.087  -0.467\n+    3PHE     HZ   58   3.822   2.164  -0.439\n+    3PHE      C   59   3.474   1.544  -0.677\n+    3PHE      O   60   3.352   1.516  -0.686\n+    4GLY      N   61   3.572   1.464  -0.633\n+    4GLY      H   62   3.667   1.495  -0.632\n+    4GLY     CA   63   3.537   1.328  -0.587\n+    4GLY    HA1   64   3.462   1.292  -0.643\n+    4GLY    HA2   65   3.616   1.268  -0.594\n+    4GLY      C   66   3.492   1.342  -0.442\n+    4GLY      O   67   3.530   1.440  -0.378\n+    5ARG      N   68   3.405   1.254  -0.397\n+    5ARG      H   69   3.371   1.184  -0.460\n+    5ARG     CA   70   3.356   1.254  -0.259\n+    5ARG     HA   71   3.298   1.334  -0.252\n+    5ARG     CB   72   3.276   1.126  -0.233\n+    5ARG    HB1   73   3.200   1.122  -0.297\n+    5ARG    HB2   74   3.336   1.047  -0.247\n+    5ARG     CG   75   3.221   1.120  -0.092\n+    5ARG    HG1   76   3.297   1.117  -0.027\n+    5ARG    HG2   77   3.165   1.201  -0.075\n+    5ARG     CD   78   3.138   1.000  -0.072\n+    5ARG    HD1   79   3.104   0.999   0.022\n+    5ARG    HD2   80   3.060   1.005  -0.135\n+    5ARG     NE   81   3.206   0.875  -0.096\n+    5ARG     HE   82   3.202   0.840  -0.189\n+    5ARG     CZ   83   3.273   0.801  -0.010\n+    5ARG    NH1   84   3.284   0.833   0.119\n+    5ARG   HH11   85   3.239   0.916   0.153\n+    5ARG   HH12   86   3.336   0.775   0.181\n+    5A'..b'81   1.000\n+  179HOH    HW1 2109   2.306   1.581   1.058\n+  179HOH    HW2 2110   2.224   1.663   0.942\n+  180HOH     OW 2111   4.073   0.922   0.029\n+  180HOH    HW1 2112   4.155   0.922   0.087\n+  180HOH    HW2 2113   4.073   0.841  -0.029\n+  181HOH     OW 2114   1.250   1.527   0.410\n+  181HOH    HW1 2115   1.168   1.527   0.467\n+  181HOH    HW2 2116   1.250   1.608   0.352\n+  182HOH     OW 2117   2.037   2.862  -0.235\n+  182HOH    HW1 2118   1.956   2.862  -0.178\n+  182HOH    HW2 2119   2.037   2.780  -0.293\n+  183HOH     OW 2120   2.279   1.546  -0.667\n+  183HOH    HW1 2121   2.279   1.628  -0.725\n+  183HOH    HW2 2122   2.279   1.465  -0.725\n+  184HOH     OW 2123   2.314   3.181   1.512\n+  184HOH    HW1 2124   2.395   3.181   1.570\n+  184HOH    HW2 2125   2.232   3.181   1.570\n+  185HOH     OW 2126   2.267   3.869   0.825\n+  185HOH    HW1 2127   2.349   3.869   0.882\n+  185HOH    HW2 2128   2.267   3.951   0.767\n+  186HOH     OW 2129   3.397   3.311   0.684\n+  186HOH    HW1 2130   3.478   3.311   0.741\n+  186HOH    HW2 2131   3.397   3.230   0.626\n+  187HOH     OW 2132   1.957   2.542  -0.142\n+  187HOH    HW1 2133   1.876   2.542  -0.084\n+  187HOH    HW2 2134   1.957   2.624  -0.200\n+  188HOH     OW 2135   1.479   1.567   0.726\n+  188HOH    HW1 2136   1.397   1.567   0.784\n+  188HOH    HW2 2137   1.479   1.486   0.668\n+  189HOH     OW 2138   1.911   2.802  -1.465\n+  189HOH    HW1 2139   1.911   2.884  -1.522\n+  189HOH    HW2 2140   1.911   2.721  -1.522\n+  190HOH     OW 2141   1.730   3.906  -1.245\n+  190HOH    HW1 2142   1.812   3.906  -1.188\n+  190HOH    HW2 2143   1.649   3.906  -1.188\n+  191HOH     OW 2144   1.620   1.450   0.558\n+  191HOH    HW1 2145   1.701   1.450   0.615\n+  191HOH    HW2 2146   1.620   1.532   0.500\n+  192HOH     OW 2147   1.735   4.635  -0.708\n+  192HOH    HW1 2148   1.816   4.635  -0.650\n+  192HOH    HW2 2149   1.735   4.553  -0.766\n+  193HOH     OW 2150   1.499   3.130  -0.424\n+  193HOH    HW1 2151   1.418   3.130  -0.366\n+  193HOH    HW2 2152   1.499   3.212  -0.482\n+  194HOH     OW 2153   2.820   4.477  -0.315\n+  194HOH    HW1 2154   2.738   4.477  -0.257\n+  194HOH    HW2 2155   2.820   4.396  -0.373\n+  195HOH     OW 2156   2.948   1.386  -0.911\n+  195HOH    HW1 2157   2.948   1.468  -0.968\n+  195HOH    HW2 2158   2.948   1.305  -0.968\n+  196HOH     OW 2159   2.361   4.481   0.261\n+  196HOH    HW1 2160   2.443   4.481   0.319\n+  196HOH    HW2 2161   2.280   4.481   0.319\n+  197HOH     OW 2162   4.057   2.218  -0.636\n+  197HOH    HW1 2163   4.139   2.218  -0.578\n+  197HOH    HW2 2164   4.057   2.300  -0.694\n+  198HOH     OW 2165   1.247   3.186  -0.623\n+  198HOH    HW1 2166   1.329   3.186  -0.565\n+  198HOH    HW2 2167   1.247   3.104  -0.680\n+  199HOH     OW 2168   1.668   1.359  -0.583\n+  199HOH    HW1 2169   1.587   1.359  -0.525\n+  199HOH    HW2 2170   1.668   1.441  -0.641\n+  200HOH     OW 2171   2.753   3.806  -1.286\n+  200HOH    HW1 2172   2.672   3.806  -1.228\n+  200HOH    HW2 2173   2.753   3.724  -1.344\n+  201HOH     OW 2174   2.589   3.597   1.156\n+  201HOH    HW1 2175   2.589   3.679   1.099\n+  201HOH    HW2 2176   2.589   3.516   1.099\n+  202HOH     OW 2177   2.479   2.518   1.606\n+  202HOH    HW1 2178   2.561   2.518   1.664\n+  202HOH    HW2 2179   2.397   2.518   1.664\n+  203HOH     OW 2180   1.258   2.121   0.501\n+  203HOH    HW1 2181   1.340   2.121   0.558\n+  203HOH    HW2 2182   1.258   2.203   0.443\n+  204HOH     OW 2183   1.969   2.375  -0.485\n+  204HOH    HW1 2184   2.050   2.375  -0.427\n+  204HOH    HW2 2185   1.969   2.293  -0.543\n+  205HOH     OW 2186   2.710   3.596  -1.236\n+  205HOH    HW1 2187   2.628   3.596  -1.178\n+  205HOH    HW2 2188   2.710   3.677  -1.294\n+  206HOH     OW 2189   3.726   0.963   1.000\n+  206HOH    HW1 2190   3.644   0.963   1.058\n+  206HOH    HW2 2191   3.726   0.882   0.942\n+  207HOH     OW 2192   4.376   2.384   0.804\n+  207HOH    HW1 2193   4.376   2.466   0.746\n+  207HOH    HW2 2194   4.376   2.303   0.746\n+   5.90620   6.84510   3.05170\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/solv.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/solv.gro Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,38395 @@\n+LYSOZYME\n+38392\n+    1LYS      N    1   4.434   3.396   2.469\n+    1LYS     H1    2   4.510   3.450   2.431\n+    1LYS     H2    3   4.368   3.376   2.397\n+    1LYS     H3    4   4.390   3.448   2.542\n+    1LYS     CA    5   4.487   3.269   2.524\n+    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.451\n+    1LYS     CB    7   4.585   3.306   2.636\n+    1LYS    HB1    8   4.661   3.357   2.597\n+    1LYS    HB2    9   4.537   3.363   2.703\n+    1LYS     CG   10   4.643   3.187   2.711\n+    1LYS    HG1   11   4.574   3.151   2.773\n+    1LYS    HG2   12   4.668   3.116   2.644\n+    1LYS     CD   13   4.767   3.227   2.790\n+    1LYS    HD1   14   4.843   3.245   2.727\n+    1LYS    HD2   15   4.747   3.309   2.843\n+    1LYS     CE   16   4.804   3.113   2.883\n+    1LYS    HE1   17   4.739   3.108   2.959\n+    1LYS    HE2   18   4.804   3.026   2.834\n+    1LYS     NZ   19   4.940   3.139   2.937\n+    1LYS    HZ1   20   4.967   3.065   2.999\n+    1LYS    HZ2   21   5.006   3.144   2.861\n+    1LYS    HZ3   22   4.940   3.226   2.987\n+    1LYS      C   23   4.372   3.188   2.583\n+    1LYS      O   24   4.293   3.243   2.659\n+    2VAL      N   25   4.372   3.058   2.563\n+    2VAL      H   26   4.434   3.022   2.493\n+    2VAL     CA   27   4.288   2.962   2.634\n+    2VAL     HA   28   4.215   3.014   2.677\n+    2VAL     CB   29   4.212   2.865   2.544\n+    2VAL     HB   30   4.284   2.814   2.497\n+    2VAL    CG1   31   4.123   2.770   2.624\n+    2VAL   HG11   32   4.075   2.709   2.561\n+    2VAL   HG12   33   4.180   2.717   2.686\n+    2VAL   HG13   34   4.056   2.823   2.676\n+    2VAL    CG2   35   4.127   2.933   2.438\n+    2VAL   HG21   36   4.081   2.864   2.383\n+    2VAL   HG22   37   4.060   2.992   2.482\n+    2VAL   HG23   38   4.186   2.989   2.379\n+    2VAL      C   39   4.378   2.893   2.738\n+    2VAL      O   40   4.474   2.823   2.701\n+    3PHE      N   41   4.347   2.917   2.863\n+    3PHE      H   42   4.273   2.981   2.883\n+    3PHE     CA   43   4.417   2.852   2.975\n+    3PHE     HA   44   4.513   2.859   2.950\n+    3PHE     CB   45   4.395   2.925   3.108\n+    3PHE    HB1   46   4.303   2.964   3.109\n+    3PHE    HB2   47   4.404   2.860   3.183\n+    3PHE     CG   48   4.492   3.036   3.129\n+    3PHE    CD1   49   4.465   3.167   3.087\n+    3PHE    HD1   50   4.379   3.187   3.040\n+    3PHE    CD2   51   4.598   3.018   3.220\n+    3PHE    HD2   52   4.611   2.928   3.262\n+    3PHE    CE1   53   4.556   3.270   3.110\n+    3PHE    HE1   54   4.546   3.357   3.063\n+    3PHE    CE2   55   4.685   3.121   3.251\n+    3PHE    HE2   56   4.764   3.104   3.310\n+    3PHE     CZ   57   4.662   3.249   3.200\n+    3PHE     HZ   58   4.720   3.326   3.228\n+    3PHE      C   59   4.372   2.706   2.990\n+    3PHE      O   60   4.250   2.678   2.981\n+    4GLY      N   61   4.470   2.626   3.034\n+    4GLY      H   62   4.565   2.657   3.035\n+    4GLY     CA   63   4.435   2.490   3.080\n+    4GLY    HA1   64   4.360   2.454   3.024\n+    4GLY    HA2   65   4.514   2.430   3.073\n+    4GLY      C   66   4.390   2.504   3.225\n+    4GLY      O   67   4.428   2.602   3.289\n+    5ARG      N   68   4.303   2.416   3.270\n+    5ARG      H   69   4.269   2.346   3.207\n+    5ARG     CA   70   4.254   2.416   3.408\n+    5ARG     HA   71   4.196   2.496   3.415\n+    5ARG     CB   72   4.174   2.288   3.434\n+    5ARG    HB1   73   4.098   2.284   3.370\n+    5ARG    HB2   74   4.234   2.209   3.420\n+    5ARG     CG   75   4.119   2.282   3.575\n+    5ARG    HG1   76   4.195   2.279   3.640\n+    5ARG    HG2   77   4.063   2.363   3.592\n+    5ARG     CD   78   4.036   2.162   3.595\n+    5ARG    HD1   79   4.002   2.161   3.689\n+    5ARG    HD2   80   3.958   2.167   3.532\n+    5ARG     NE   81   4.104   2.037   3.571\n+    5ARG     HE   82   4.100   2.002   3.478\n+    5ARG     CZ   83   4.171   1.963   3.657\n+    5ARG    NH1   84   4.182   1.995   3.786\n+    5ARG   HH11   85   4.137   2.078   3.820\n+    5ARG   HH12   86   4.234   1.937   3.848\n+    5'..b'42   6.984\n+12245SOL    HW138307   6.969   6.494   6.921\n+12245SOL    HW238308   7.122   6.454   6.960\n+12246SOL     OW38309   5.658   5.752   5.904\n+12246SOL    HW138310   5.641   5.835   5.850\n+12246SOL    HW238311   5.748   5.715   5.882\n+12247SOL     OW38312   6.769   6.921   5.705\n+12247SOL    HW138313   6.670   6.910   5.707\n+12247SOL    HW238314   6.803   6.936   5.798\n+12248SOL     OW38315   6.199   6.428   7.017\n+12248SOL    HW138316   6.255   6.509   7.000\n+12248SOL    HW238317   6.258   6.348   7.020\n+12249SOL     OW38318   7.079   7.353   6.545\n+12249SOL    HW138319   7.112   7.417   6.476\n+12249SOL    HW238320   7.145   7.347   6.620\n+12250SOL     OW38321   6.302   6.151   7.294\n+12250SOL    HW138322   6.321   6.216   7.368\n+12250SOL    HW238323   6.362   6.071   7.303\n+12251SOL     OW38324   5.976   7.327   7.146\n+12251SOL    HW138325   5.885   7.368   7.144\n+12251SOL    HW238326   5.969   7.233   7.178\n+12252SOL     OW38327   7.260   6.469   6.840\n+12252SOL    HW138328   7.233   6.380   6.803\n+12252SOL    HW238329   7.261   6.537   6.767\n+12253SOL     OW38330   6.811   5.911   6.035\n+12253SOL    HW138331   6.876   5.837   6.024\n+12253SOL    HW238332   6.831   5.961   6.119\n+12254SOL     OW38333   6.180   6.331   6.238\n+12254SOL    HW138334   6.230   6.416   6.219\n+12254SOL    HW238335   6.092   6.333   6.190\n+12255SOL     OW38336   7.316   6.520   7.103\n+12255SOL    HW138337   7.354   6.611   7.118\n+12255SOL    HW238338   7.308   6.503   7.004\n+12256SOL     OW38339   6.445   6.960   5.602\n+12256SOL    HW138340   6.399   6.975   5.690\n+12256SOL    HW238341   6.489   7.045   5.572\n+12257SOL     OW38342   6.445   6.542   6.447\n+12257SOL    HW138343   6.499   6.473   6.495\n+12257SOL    HW238344   6.413   6.611   6.513\n+12258SOL     OW38345   6.669   6.570   5.673\n+12258SOL    HW138346   6.646   6.623   5.591\n+12258SOL    HW238347   6.750   6.514   5.654\n+12259SOL     OW38348   7.447   7.155   6.437\n+12259SOL    HW138349   7.376   7.143   6.367\n+12259SOL    HW238350   7.448   7.076   6.497\n+12260SOL     OW38351   5.665   6.826   6.239\n+12260SOL    HW138352   5.664   6.779   6.327\n+12260SOL    HW238353   5.747   6.798   6.188\n+12261SOL     OW38354   6.258   6.977   7.210\n+12261SOL    HW138355   6.180   6.927   7.248\n+12261SOL    HW238356   6.255   7.072   7.241\n+12262SOL     OW38357   7.410   5.778   6.813\n+12262SOL    HW138358   7.406   5.688   6.857\n+12262SOL    HW238359   7.413   5.767   6.714\n+12263SOL     OW38360   6.014   6.010   6.106\n+12263SOL    HW138361   6.044   5.938   6.044\n+12263SOL    HW238362   5.975   5.970   6.189\n+12264SOL     OW38363   5.903   6.133   6.866\n+12264SOL    HW138364   5.941   6.074   6.938\n+12264SOL    HW238365   5.943   6.107   6.778\n+12265SOL     OW38366   6.398   7.172   6.273\n+12265SOL    HW138367   6.430   7.182   6.179\n+12265SOL    HW238368   6.319   7.110   6.275\n+12266SOL     OW38369   7.010   5.800   6.698\n+12266SOL    HW138370   7.062   5.735   6.753\n+12266SOL    HW238371   6.961   5.863   6.759\n+12267SOL     OW38372   6.587   5.620   6.740\n+12267SOL    HW138373   6.524   5.548   6.709\n+12267SOL    HW238374   6.680   5.584   6.740\n+12268SOL     OW38375   6.356   6.916   5.887\n+12268SOL    HW138376   6.310   6.829   5.904\n+12268SOL    HW238377   6.447   6.913   5.928\n+12269SOL     OW38378   6.204   7.153   6.870\n+12269SOL    HW138379   6.199   7.235   6.927\n+12269SOL    HW238380   6.293   7.150   6.825\n+12270SOL     OW38381   6.938   5.638   5.754\n+12270SOL    HW138382   6.973   5.597   5.670\n+12270SOL    HW238383   6.848   5.600   5.774\n+12271SOL     OW38384   6.886   6.039   6.277\n+12271SOL    HW138385   6.827   6.119   6.281\n+12271SOL    HW238386   6.901   6.004   6.370\n+12272SOL     OW38387   7.179   5.807   6.468\n+12272SOL    HW138388   7.095   5.806   6.522\n+12272SOL    HW238389   7.181   5.890   6.412\n+12273SOL     OW38390   5.625   6.663   5.886\n+12273SOL    HW138391   5.724   6.652   5.877\n+12273SOL    HW238392   5.585   6.577   5.918\n+   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/solv_ions.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/solv_ions.gro Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,38379 @@\n+LYSOZYME in water\n+38376\n+    1LYS      N    1   4.434   3.396   2.469\n+    1LYS     H1    2   4.510   3.450   2.431\n+    1LYS     H2    3   4.368   3.376   2.397\n+    1LYS     H3    4   4.390   3.448   2.542\n+    1LYS     CA    5   4.487   3.269   2.524\n+    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.451\n+    1LYS     CB    7   4.585   3.306   2.636\n+    1LYS    HB1    8   4.661   3.357   2.597\n+    1LYS    HB2    9   4.537   3.363   2.703\n+    1LYS     CG   10   4.643   3.187   2.711\n+    1LYS    HG1   11   4.574   3.151   2.773\n+    1LYS    HG2   12   4.668   3.116   2.644\n+    1LYS     CD   13   4.767   3.227   2.790\n+    1LYS    HD1   14   4.843   3.245   2.727\n+    1LYS    HD2   15   4.747   3.309   2.843\n+    1LYS     CE   16   4.804   3.113   2.883\n+    1LYS    HE1   17   4.739   3.108   2.959\n+    1LYS    HE2   18   4.804   3.026   2.834\n+    1LYS     NZ   19   4.940   3.139   2.937\n+    1LYS    HZ1   20   4.967   3.065   2.999\n+    1LYS    HZ2   21   5.006   3.144   2.861\n+    1LYS    HZ3   22   4.940   3.226   2.987\n+    1LYS      C   23   4.372   3.188   2.583\n+    1LYS      O   24   4.293   3.243   2.659\n+    2VAL      N   25   4.372   3.058   2.563\n+    2VAL      H   26   4.434   3.022   2.493\n+    2VAL     CA   27   4.288   2.962   2.634\n+    2VAL     HA   28   4.215   3.014   2.677\n+    2VAL     CB   29   4.212   2.865   2.544\n+    2VAL     HB   30   4.284   2.814   2.497\n+    2VAL    CG1   31   4.123   2.770   2.624\n+    2VAL   HG11   32   4.075   2.709   2.561\n+    2VAL   HG12   33   4.180   2.717   2.686\n+    2VAL   HG13   34   4.056   2.823   2.676\n+    2VAL    CG2   35   4.127   2.933   2.438\n+    2VAL   HG21   36   4.081   2.864   2.383\n+    2VAL   HG22   37   4.060   2.992   2.482\n+    2VAL   HG23   38   4.186   2.989   2.379\n+    2VAL      C   39   4.378   2.893   2.738\n+    2VAL      O   40   4.474   2.823   2.701\n+    3PHE      N   41   4.347   2.917   2.863\n+    3PHE      H   42   4.273   2.981   2.883\n+    3PHE     CA   43   4.417   2.852   2.975\n+    3PHE     HA   44   4.513   2.859   2.950\n+    3PHE     CB   45   4.395   2.925   3.108\n+    3PHE    HB1   46   4.303   2.964   3.109\n+    3PHE    HB2   47   4.404   2.860   3.183\n+    3PHE     CG   48   4.492   3.036   3.129\n+    3PHE    CD1   49   4.465   3.167   3.087\n+    3PHE    HD1   50   4.379   3.187   3.040\n+    3PHE    CD2   51   4.598   3.018   3.220\n+    3PHE    HD2   52   4.611   2.928   3.262\n+    3PHE    CE1   53   4.556   3.270   3.110\n+    3PHE    HE1   54   4.546   3.357   3.063\n+    3PHE    CE2   55   4.685   3.121   3.251\n+    3PHE    HE2   56   4.764   3.104   3.310\n+    3PHE     CZ   57   4.662   3.249   3.200\n+    3PHE     HZ   58   4.720   3.326   3.228\n+    3PHE      C   59   4.372   2.706   2.990\n+    3PHE      O   60   4.250   2.678   2.981\n+    4GLY      N   61   4.470   2.626   3.034\n+    4GLY      H   62   4.565   2.657   3.035\n+    4GLY     CA   63   4.435   2.490   3.080\n+    4GLY    HA1   64   4.360   2.454   3.024\n+    4GLY    HA2   65   4.514   2.430   3.073\n+    4GLY      C   66   4.390   2.504   3.225\n+    4GLY      O   67   4.428   2.602   3.289\n+    5ARG      N   68   4.303   2.416   3.270\n+    5ARG      H   69   4.269   2.346   3.207\n+    5ARG     CA   70   4.254   2.416   3.408\n+    5ARG     HA   71   4.196   2.496   3.415\n+    5ARG     CB   72   4.174   2.288   3.434\n+    5ARG    HB1   73   4.098   2.284   3.370\n+    5ARG    HB2   74   4.234   2.209   3.420\n+    5ARG     CG   75   4.119   2.282   3.575\n+    5ARG    HG1   76   4.195   2.279   3.640\n+    5ARG    HG2   77   4.063   2.363   3.592\n+    5ARG     CD   78   4.036   2.162   3.595\n+    5ARG    HD1   79   4.002   2.161   3.689\n+    5ARG    HD2   80   3.958   2.167   3.532\n+    5ARG     NE   81   4.104   2.037   3.571\n+    5ARG     HE   82   4.100   2.002   3.478\n+    5ARG     CZ   83   4.171   1.963   3.657\n+    5ARG    NH1   84   4.182   1.995   3.786\n+    5ARG   HH11   85   4.137   2.078   3.820\n+    5ARG   HH12   86   4.234   1.937   3.8'..b'36   5.798\n+12240SOL     OW38291   6.199   6.428   7.017\n+12240SOL    HW138292   6.255   6.509   7.000\n+12240SOL    HW238293   6.258   6.348   7.020\n+12241SOL     OW38294   7.079   7.353   6.545\n+12241SOL    HW138295   7.112   7.417   6.476\n+12241SOL    HW238296   7.145   7.347   6.620\n+12242SOL     OW38297   6.302   6.151   7.294\n+12242SOL    HW138298   6.321   6.216   7.368\n+12242SOL    HW238299   6.362   6.071   7.303\n+12243SOL     OW38300   5.976   7.327   7.146\n+12243SOL    HW138301   5.885   7.368   7.144\n+12243SOL    HW238302   5.969   7.233   7.178\n+12244SOL     OW38303   7.260   6.469   6.840\n+12244SOL    HW138304   7.233   6.380   6.803\n+12244SOL    HW238305   7.261   6.537   6.767\n+12245SOL     OW38306   6.811   5.911   6.035\n+12245SOL    HW138307   6.876   5.837   6.024\n+12245SOL    HW238308   6.831   5.961   6.119\n+12246SOL     OW38309   6.180   6.331   6.238\n+12246SOL    HW138310   6.230   6.416   6.219\n+12246SOL    HW238311   6.092   6.333   6.190\n+12247SOL     OW38312   7.316   6.520   7.103\n+12247SOL    HW138313   7.354   6.611   7.118\n+12247SOL    HW238314   7.308   6.503   7.004\n+12248SOL     OW38315   6.445   6.960   5.602\n+12248SOL    HW138316   6.399   6.975   5.690\n+12248SOL    HW238317   6.489   7.045   5.572\n+12249SOL     OW38318   6.445   6.542   6.447\n+12249SOL    HW138319   6.499   6.473   6.495\n+12249SOL    HW238320   6.413   6.611   6.513\n+12250SOL     OW38321   6.669   6.570   5.673\n+12250SOL    HW138322   6.646   6.623   5.591\n+12250SOL    HW238323   6.750   6.514   5.654\n+12251SOL     OW38324   7.447   7.155   6.437\n+12251SOL    HW138325   7.376   7.143   6.367\n+12251SOL    HW238326   7.448   7.076   6.497\n+12252SOL     OW38327   5.665   6.826   6.239\n+12252SOL    HW138328   5.664   6.779   6.327\n+12252SOL    HW238329   5.747   6.798   6.188\n+12253SOL     OW38330   6.258   6.977   7.210\n+12253SOL    HW138331   6.180   6.927   7.248\n+12253SOL    HW238332   6.255   7.072   7.241\n+12254SOL     OW38333   7.410   5.778   6.813\n+12254SOL    HW138334   7.406   5.688   6.857\n+12254SOL    HW238335   7.413   5.767   6.714\n+12255SOL     OW38336   6.014   6.010   6.106\n+12255SOL    HW138337   6.044   5.938   6.044\n+12255SOL    HW238338   5.975   5.970   6.189\n+12256SOL     OW38339   5.903   6.133   6.866\n+12256SOL    HW138340   5.941   6.074   6.938\n+12256SOL    HW238341   5.943   6.107   6.778\n+12257SOL     OW38342   6.398   7.172   6.273\n+12257SOL    HW138343   6.430   7.182   6.179\n+12257SOL    HW238344   6.319   7.110   6.275\n+12258SOL     OW38345   7.010   5.800   6.698\n+12258SOL    HW138346   7.062   5.735   6.753\n+12258SOL    HW238347   6.961   5.863   6.759\n+12259SOL     OW38348   6.587   5.620   6.740\n+12259SOL    HW138349   6.524   5.548   6.709\n+12259SOL    HW238350   6.680   5.584   6.740\n+12260SOL     OW38351   6.356   6.916   5.887\n+12260SOL    HW138352   6.310   6.829   5.904\n+12260SOL    HW238353   6.447   6.913   5.928\n+12261SOL     OW38354   6.204   7.153   6.870\n+12261SOL    HW138355   6.199   7.235   6.927\n+12261SOL    HW238356   6.293   7.150   6.825\n+12262SOL     OW38357   6.938   5.638   5.754\n+12262SOL    HW138358   6.973   5.597   5.670\n+12262SOL    HW238359   6.848   5.600   5.774\n+12263SOL     OW38360   6.886   6.039   6.277\n+12263SOL    HW138361   6.827   6.119   6.281\n+12263SOL    HW238362   6.901   6.004   6.370\n+12264SOL     OW38363   7.179   5.807   6.468\n+12264SOL    HW138364   7.095   5.806   6.522\n+12264SOL    HW238365   7.181   5.890   6.412\n+12265SOL     OW38366   5.625   6.663   5.886\n+12265SOL    HW138367   5.724   6.652   5.877\n+12265SOL    HW238368   5.585   6.577   5.918\n+12266CL      CL38369   1.638   2.961   6.665\n+12267CL      CL38370   1.014   5.822   2.833\n+12268CL      CL38371   4.539   0.572   5.911\n+12269CL      CL38372   4.031   3.787   0.618\n+12270CL      CL38373   4.492   4.868   4.747\n+12271CL      CL38374   5.835   5.509   4.965\n+12272CL      CL38375   6.974   7.159   0.477\n+12273CL      CL38376   7.044   6.321   2.590\n+   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/top_output.top
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/top_output.top Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
[
b'@@ -0,0 +1,19416 @@\n+;\n+;\tFile \'topol.top\' was generated\n+;\tBy user: unknown (1000)\n+;\tOn host: simon-notebook\n+;\tAt date: Wed Aug 28 14:35:18 2019\n+;\n+;\tThis is a standalone topology file\n+;\n+;\tCreated by:\n+;\t                    :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:\n+;\t\n+;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx\n+;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/gmx\n+;\tWorking dir:  /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs\n+;\tCommand line:\n+;\t  gmx pdb2gmx -f test-data/1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh\n+;\tForce field was read from the standard GROMACS share directory.\n+;\n+\n+; Include forcefield parameters\n+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"\n+\n+[ moleculetype ]\n+; Name            nrexcl\n+Protein_chain_A     3\n+\n+[ atoms ]\n+;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB\n+; residue   1 LYS rtp LYSH q +2.0\n+     1   opls_287      1    LYS      N      1       -0.3    14.0027\n+     2   opls_290      1    LYS     H1      1       0.33      1.008\n+     3   opls_290      1    LYS     H2      1       0.33      1.008\n+     4   opls_290      1    LYS     H3      1       0.33      1.008\n+     5  opls_293B      1    LYS     CA      1       0.25     12.011\n+     6   opls_140      1    LYS     HA      1       0.06      1.008\n+     7   opls_136      1    LYS     CB      2      -0.12     12.011\n+     8   opls_140      1    LYS    HB1      2       0.06      1.008\n+     9   opls_140      1    LYS    HB2      2       0.06      1.008\n+    10   opls_136      1    LYS     CG      3      -0.12     12.011\n+    11   opls_140      1    LYS    HG1      3       0.06      1.008\n+    12   opls_140      1    LYS    HG2      3       0.06      1.008\n+    13   opls_136      1    LYS     CD      4      -0.12     12.011\n+    14   opls_140      1    LYS    HD1      4       0.06      1.008\n+    15   opls_140      1    LYS    HD2      4       0.06      1.008\n+    16   opls_292      1    LYS     CE      5       0.19     12.011\n+    17   opls_140      1    LYS    HE1      5       0.06      1.008\n+    18   opls_140      1    LYS    HE2      5       0.06      1.008\n+    19   opls_287      1    LYS     NZ      6       -0.3    14.0067\n+    20   opls_290      1    LYS    HZ1      6       0.33      1.008\n+    21   opls_290      1    LYS    HZ2      6       0.33      1.008\n+    22   opls_290      1    LYS    HZ3      6       0.33      1.008\n+    23   opls_235      1    LYS      C      7        0.5     12.011\n+    24   opls_236      1    LYS      O      7       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n+; residue   2 VAL rtp VAL  q  0.0\n+    25   opls_238      2    VAL      N      8       -0.5    14.0067\n+    26   opls_241      2    VAL      H      8        0.3      1.008\n+    27  opls_224B      2    VAL     CA      8       0.14     12.011\n+    28   opls_140      2    VAL     HA      8       0.06      1.008\n+    29   opls_137      2    VAL     CB      9      -0.06     12.011\n+    30   opls_140      2    VAL     HB      9       0.06      1.008\n+    31   opls_135      2    VAL    CG1     10      -0.18     12.011\n+    32   opls_140      2    VAL   HG11     10       0.06      1.008\n+    33   opls_140      2    VAL   HG12     10       0.06      1.008\n+    34   opls_140      2    VAL   HG13     10       0.06      1.008\n+    35   opls_135      2    VAL    CG2     11      -0.18     12.011\n+    36   opls_140      2    VAL   HG21     11       0.06      1.008\n+    37   opls_140      2    VAL   HG22     11       0.06      1.008\n+    38   opls_140      2    VAL   HG23     11       0.06      1.008\n+    39   opls_235      2    VAL      C     12        0.5     12.011\n+    40   opls_236      2    VAL      O     12       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n+; residue   3 PHE rtp PHE  q  0.0\n+    41   opls_238      3    PHE      N     13       -0.5    14.0067\n+    42   opls_241      3    PHE      H     13        0.3      1.008\n+    43  opls_224B      3    PHE     CA     13       0.14     12.011\n+  '..b'000  1000\n+  1737     1  1000  1000  1000\n+  1739     1  1000  1000  1000\n+  1742     1  1000  1000  1000\n+  1745     1  1000  1000  1000\n+  1748     1  1000  1000  1000\n+  1751     1  1000  1000  1000\n+  1755     1  1000  1000  1000\n+  1756     1  1000  1000  1000\n+  1757     1  1000  1000  1000\n+  1759     1  1000  1000  1000\n+  1762     1  1000  1000  1000\n+  1763     1  1000  1000  1000\n+  1764     1  1000  1000  1000\n+  1766     1  1000  1000  1000\n+  1768     1  1000  1000  1000\n+  1770     1  1000  1000  1000\n+  1772     1  1000  1000  1000\n+  1776     1  1000  1000  1000\n+  1777     1  1000  1000  1000\n+  1778     1  1000  1000  1000\n+  1780     1  1000  1000  1000\n+  1782     1  1000  1000  1000\n+  1785     1  1000  1000  1000\n+  1786     1  1000  1000  1000\n+  1787     1  1000  1000  1000\n+  1788     1  1000  1000  1000\n+  1789     1  1000  1000  1000\n+  1790     1  1000  1000  1000\n+  1792     1  1000  1000  1000\n+  1794     1  1000  1000  1000\n+  1796     1  1000  1000  1000\n+  1800     1  1000  1000  1000\n+  1804     1  1000  1000  1000\n+  1805     1  1000  1000  1000\n+  1806     1  1000  1000  1000\n+  1808     1  1000  1000  1000\n+  1810     1  1000  1000  1000\n+  1813     1  1000  1000  1000\n+  1816     1  1000  1000  1000\n+  1817     1  1000  1000  1000\n+  1818     1  1000  1000  1000\n+  1821     1  1000  1000  1000\n+  1822     1  1000  1000  1000\n+  1823     1  1000  1000  1000\n+  1825     1  1000  1000  1000\n+  1827     1  1000  1000  1000\n+  1831     1  1000  1000  1000\n+  1832     1  1000  1000  1000\n+  1833     1  1000  1000  1000\n+  1835     1  1000  1000  1000\n+  1837     1  1000  1000  1000\n+  1840     1  1000  1000  1000\n+  1841     1  1000  1000  1000\n+  1843     1  1000  1000  1000\n+  1844     1  1000  1000  1000\n+  1846     1  1000  1000  1000\n+  1847     1  1000  1000  1000\n+  1849     1  1000  1000  1000\n+  1851     1  1000  1000  1000\n+  1853     1  1000  1000  1000\n+  1855     1  1000  1000  1000\n+  1856     1  1000  1000  1000\n+  1857     1  1000  1000  1000\n+  1859     1  1000  1000  1000\n+  1861     1  1000  1000  1000\n+  1863     1  1000  1000  1000\n+  1866     1  1000  1000  1000\n+  1870     1  1000  1000  1000\n+  1874     1  1000  1000  1000\n+  1875     1  1000  1000  1000\n+  1876     1  1000  1000  1000\n+  1878     1  1000  1000  1000\n+  1880     1  1000  1000  1000\n+  1883     1  1000  1000  1000\n+  1886     1  1000  1000  1000\n+  1889     1  1000  1000  1000\n+  1891     1  1000  1000  1000\n+  1892     1  1000  1000  1000\n+  1895     1  1000  1000  1000\n+  1898     1  1000  1000  1000\n+  1899     1  1000  1000  1000\n+  1900     1  1000  1000  1000\n+  1902     1  1000  1000  1000\n+  1905     1  1000  1000  1000\n+  1906     1  1000  1000  1000\n+  1907     1  1000  1000  1000\n+  1909     1  1000  1000  1000\n+  1911     1  1000  1000  1000\n+  1914     1  1000  1000  1000\n+  1915     1  1000  1000  1000\n+  1916     1  1000  1000  1000\n+  1917     1  1000  1000  1000\n+  1919     1  1000  1000  1000\n+  1921     1  1000  1000  1000\n+  1924     1  1000  1000  1000\n+  1927     1  1000  1000  1000\n+  1930     1  1000  1000  1000\n+  1932     1  1000  1000  1000\n+  1933     1  1000  1000  1000\n+  1936     1  1000  1000  1000\n+  1939     1  1000  1000  1000\n+  1940     1  1000  1000  1000\n+  1941     1  1000  1000  1000\n+  1943     1  1000  1000  1000\n+  1945     1  1000  1000  1000\n+  1948     1  1000  1000  1000\n+  1950     1  1000  1000  1000\n+  1954     1  1000  1000  1000\n+  1958     1  1000  1000  1000\n+  1959     1  1000  1000  1000\n+  1960     1  1000  1000  1000\n+#endif\n+\n+; Include water topology\n+#include "oplsaa.ff/spce.itp"\n+\n+#ifdef POSRES_WATER\n+; Position restraint for each water oxygen\n+[ position_restraints ]\n+;  i funct       fcx        fcy        fcz\n+   1    1       1000       1000       1000\n+#endif\n+\n+; Include topology for ions\n+#include "oplsaa.ff/ions.itp"\n+\n+[ system ]\n+; Name\n+LYSOZYME\n+\n+[ molecules ]\n+; Compound        #mols\n+Protein_chain_A     1\n+SOL                78\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/topol.top
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/topol.top Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
[
b'@@ -0,0 +1,18409 @@\n+;\n+;\tFile \'topol.top\' was generated\n+;\tBy user: unknown (1000)\n+;\tOn host: simon-notebook\n+;\tAt date: Wed Aug 28 14:35:18 2019\n+;\n+;\tThis is a standalone topology file\n+;\n+;\tCreated by:\n+;\t                    :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:\n+;\t\n+;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx\n+;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/gmx\n+;\tWorking dir:  /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs\n+;\tCommand line:\n+;\t  gmx pdb2gmx -f test-data/1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh\n+;\tForce field was read from the standard GROMACS share directory.\n+;\n+\n+; Include forcefield parameters\n+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"\n+\n+[ moleculetype ]\n+; Name            nrexcl\n+Protein_chain_A     3\n+\n+[ atoms ]\n+;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB\n+; residue   1 LYS rtp LYSH q +2.0\n+     1   opls_287      1    LYS      N      1       -0.3    14.0027\n+     2   opls_290      1    LYS     H1      1       0.33      1.008\n+     3   opls_290      1    LYS     H2      1       0.33      1.008\n+     4   opls_290      1    LYS     H3      1       0.33      1.008\n+     5  opls_293B      1    LYS     CA      1       0.25     12.011\n+     6   opls_140      1    LYS     HA      1       0.06      1.008\n+     7   opls_136      1    LYS     CB      2      -0.12     12.011\n+     8   opls_140      1    LYS    HB1      2       0.06      1.008\n+     9   opls_140      1    LYS    HB2      2       0.06      1.008\n+    10   opls_136      1    LYS     CG      3      -0.12     12.011\n+    11   opls_140      1    LYS    HG1      3       0.06      1.008\n+    12   opls_140      1    LYS    HG2      3       0.06      1.008\n+    13   opls_136      1    LYS     CD      4      -0.12     12.011\n+    14   opls_140      1    LYS    HD1      4       0.06      1.008\n+    15   opls_140      1    LYS    HD2      4       0.06      1.008\n+    16   opls_292      1    LYS     CE      5       0.19     12.011\n+    17   opls_140      1    LYS    HE1      5       0.06      1.008\n+    18   opls_140      1    LYS    HE2      5       0.06      1.008\n+    19   opls_287      1    LYS     NZ      6       -0.3    14.0067\n+    20   opls_290      1    LYS    HZ1      6       0.33      1.008\n+    21   opls_290      1    LYS    HZ2      6       0.33      1.008\n+    22   opls_290      1    LYS    HZ3      6       0.33      1.008\n+    23   opls_235      1    LYS      C      7        0.5     12.011\n+    24   opls_236      1    LYS      O      7       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n+; residue   2 VAL rtp VAL  q  0.0\n+    25   opls_238      2    VAL      N      8       -0.5    14.0067\n+    26   opls_241      2    VAL      H      8        0.3      1.008\n+    27  opls_224B      2    VAL     CA      8       0.14     12.011\n+    28   opls_140      2    VAL     HA      8       0.06      1.008\n+    29   opls_137      2    VAL     CB      9      -0.06     12.011\n+    30   opls_140      2    VAL     HB      9       0.06      1.008\n+    31   opls_135      2    VAL    CG1     10      -0.18     12.011\n+    32   opls_140      2    VAL   HG11     10       0.06      1.008\n+    33   opls_140      2    VAL   HG12     10       0.06      1.008\n+    34   opls_140      2    VAL   HG13     10       0.06      1.008\n+    35   opls_135      2    VAL    CG2     11      -0.18     12.011\n+    36   opls_140      2    VAL   HG21     11       0.06      1.008\n+    37   opls_140      2    VAL   HG22     11       0.06      1.008\n+    38   opls_140      2    VAL   HG23     11       0.06      1.008\n+    39   opls_235      2    VAL      C     12        0.5     12.011\n+    40   opls_236      2    VAL      O     12       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n+; residue   3 PHE rtp PHE  q  0.0\n+    41   opls_238      3    PHE      N     13       -0.5    14.0067\n+    42   opls_241      3    PHE      H     13        0.3      1.008\n+    43  opls_224B      3    PHE     CA     13       0.14     12.011\n+  '..b'_Z_N_X_Y\n+ 1652  1659  1655  1656     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1654  1653  1649  1657     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1655  1657  1659  1660     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1658  1657  1653  1659     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1661  1665  1663  1664     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1665  1687  1685  1686     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1673  1678  1676  1677     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1676  1679  1678  1682     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1678  1680  1679  1681     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1678  1683  1682  1684     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1685  1689  1687  1688     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1689  1701  1699  1700     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1691  1696  1694  1695     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1694  1697  1696  1698     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1699  1703  1701  1702     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1703  1725  1723  1724     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1711  1716  1714  1715     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1714  1717  1716  1720     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1716  1718  1717  1719     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1716  1721  1720  1722     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1723  1727  1725  1726     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1727  1735  1733  1734     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1733  1737  1735  1736     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1737  1757  1755  1756     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1755  1759  1757  1758     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1759  1764  1762  1763     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1762  1766  1764  1765     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1766  1778  1776  1777     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1776  1780  1778  1779     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1780  1790  1788  1789     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1782  1786  1785  1787     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1788  1792  1790  1791     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1792  1806  1804  1805     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1804  1808  1806  1807     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1808  1823  1821  1822     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1813  1818  1816  1817     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1816  1819  1818  1820     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1821  1825  1823  1824     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1825  1833  1831  1832     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1831  1835  1833  1834     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1835  1857  1855  1856     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1837  1840  1843  1841     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1840  1844  1841  1842     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1841  1846  1844  1845     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1846  1853  1849  1850     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1848  1847  1843  1851     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1849  1851  1853  1854     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1852  1851  1847  1853     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1855  1859  1857  1858     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1859  1876  1874  1875     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1874  1878  1876  1877     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1878  1900  1898  1899     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1886  1891  1889  1890     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1889  1892  1891  1895     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1891  1893  1892  1894     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1891  1896  1895  1897     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1898  1902  1900  1901     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1902  1907  1905  1906     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1905  1909  1907  1908     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1909  1917  1915  1916     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1915  1919  1917  1918     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1919  1941  1939  1940     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1927  1932  1930  1931     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1930  1933  1932  1936     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1932  1934  1933  1935     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1932  1937  1936  1938     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1939  1943  1941  1942     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1943  1959  1958  1960     1    improper_O_C_X_Y\n+\n+; Include Position restraint file\n+#ifdef POSRES\n+#include "posres.itp"\n+#endif\n+\n+; Include water topology\n+#include "oplsaa.ff/spce.itp"\n+\n+#ifdef POSRES_WATER\n+; Position restraint for each water oxygen\n+[ position_restraints ]\n+;  i funct       fcx        fcy        fcz\n+   1    1       1000       1000       1000\n+#endif\n+\n+; Include topology for ions\n+#include "oplsaa.ff/ions.itp"\n+\n+[ system ]\n+; Name\n+LYSOZYME\n+\n+[ molecules ]\n+; Compound        #mols\n+Protein_chain_A     1\n+SOL                78\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/topol_solv.top
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/topol_solv.top Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
[
b'@@ -0,0 +1,18411 @@\n+;\n+;\tFile \'topol.top\' was generated\n+;\tBy user: unknown (1000)\n+;\tOn host: simon-notebook\n+;\tAt date: Wed Aug 28 14:35:18 2019\n+;\n+;\tThis is a standalone topology file\n+;\n+;\tCreated by:\n+;\t                    :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:\n+;\t\n+;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx\n+;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/gmx\n+;\tWorking dir:  /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs\n+;\tCommand line:\n+;\t  gmx pdb2gmx -f test-data/1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh\n+;\tForce field was read from the standard GROMACS share directory.\n+;\n+\n+; Include forcefield parameters\n+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"\n+\n+[ moleculetype ]\n+; Name            nrexcl\n+Protein_chain_A     3\n+\n+[ atoms ]\n+;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB\n+; residue   1 LYS rtp LYSH q +2.0\n+     1   opls_287      1    LYS      N      1       -0.3    14.0027\n+     2   opls_290      1    LYS     H1      1       0.33      1.008\n+     3   opls_290      1    LYS     H2      1       0.33      1.008\n+     4   opls_290      1    LYS     H3      1       0.33      1.008\n+     5  opls_293B      1    LYS     CA      1       0.25     12.011\n+     6   opls_140      1    LYS     HA      1       0.06      1.008\n+     7   opls_136      1    LYS     CB      2      -0.12     12.011\n+     8   opls_140      1    LYS    HB1      2       0.06      1.008\n+     9   opls_140      1    LYS    HB2      2       0.06      1.008\n+    10   opls_136      1    LYS     CG      3      -0.12     12.011\n+    11   opls_140      1    LYS    HG1      3       0.06      1.008\n+    12   opls_140      1    LYS    HG2      3       0.06      1.008\n+    13   opls_136      1    LYS     CD      4      -0.12     12.011\n+    14   opls_140      1    LYS    HD1      4       0.06      1.008\n+    15   opls_140      1    LYS    HD2      4       0.06      1.008\n+    16   opls_292      1    LYS     CE      5       0.19     12.011\n+    17   opls_140      1    LYS    HE1      5       0.06      1.008\n+    18   opls_140      1    LYS    HE2      5       0.06      1.008\n+    19   opls_287      1    LYS     NZ      6       -0.3    14.0067\n+    20   opls_290      1    LYS    HZ1      6       0.33      1.008\n+    21   opls_290      1    LYS    HZ2      6       0.33      1.008\n+    22   opls_290      1    LYS    HZ3      6       0.33      1.008\n+    23   opls_235      1    LYS      C      7        0.5     12.011\n+    24   opls_236      1    LYS      O      7       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n+; residue   2 VAL rtp VAL  q  0.0\n+    25   opls_238      2    VAL      N      8       -0.5    14.0067\n+    26   opls_241      2    VAL      H      8        0.3      1.008\n+    27  opls_224B      2    VAL     CA      8       0.14     12.011\n+    28   opls_140      2    VAL     HA      8       0.06      1.008\n+    29   opls_137      2    VAL     CB      9      -0.06     12.011\n+    30   opls_140      2    VAL     HB      9       0.06      1.008\n+    31   opls_135      2    VAL    CG1     10      -0.18     12.011\n+    32   opls_140      2    VAL   HG11     10       0.06      1.008\n+    33   opls_140      2    VAL   HG12     10       0.06      1.008\n+    34   opls_140      2    VAL   HG13     10       0.06      1.008\n+    35   opls_135      2    VAL    CG2     11      -0.18     12.011\n+    36   opls_140      2    VAL   HG21     11       0.06      1.008\n+    37   opls_140      2    VAL   HG22     11       0.06      1.008\n+    38   opls_140      2    VAL   HG23     11       0.06      1.008\n+    39   opls_235      2    VAL      C     12        0.5     12.011\n+    40   opls_236      2    VAL      O     12       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n+; residue   3 PHE rtp PHE  q  0.0\n+    41   opls_238      3    PHE      N     13       -0.5    14.0067\n+    42   opls_241      3    PHE      H     13        0.3      1.008\n+    43  opls_224B      3    PHE     CA     13       0.14     12.011\n+  '..b'per_Z_CA_X_Y\n+ 1654  1653  1649  1657     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1655  1657  1659  1660     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1658  1657  1653  1659     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1661  1665  1663  1664     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1665  1687  1685  1686     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1673  1678  1676  1677     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1676  1679  1678  1682     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1678  1680  1679  1681     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1678  1683  1682  1684     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1685  1689  1687  1688     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1689  1701  1699  1700     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1691  1696  1694  1695     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1694  1697  1696  1698     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1699  1703  1701  1702     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1703  1725  1723  1724     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1711  1716  1714  1715     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1714  1717  1716  1720     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1716  1718  1717  1719     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1716  1721  1720  1722     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1723  1727  1725  1726     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1727  1735  1733  1734     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1733  1737  1735  1736     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1737  1757  1755  1756     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1755  1759  1757  1758     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1759  1764  1762  1763     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1762  1766  1764  1765     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1766  1778  1776  1777     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1776  1780  1778  1779     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1780  1790  1788  1789     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1782  1786  1785  1787     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1788  1792  1790  1791     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1792  1806  1804  1805     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1804  1808  1806  1807     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1808  1823  1821  1822     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1813  1818  1816  1817     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1816  1819  1818  1820     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1821  1825  1823  1824     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1825  1833  1831  1832     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1831  1835  1833  1834     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1835  1857  1855  1856     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1837  1840  1843  1841     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1840  1844  1841  1842     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1841  1846  1844  1845     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1846  1853  1849  1850     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1848  1847  1843  1851     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1849  1851  1853  1854     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1852  1851  1847  1853     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1855  1859  1857  1858     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1859  1876  1874  1875     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1874  1878  1876  1877     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1878  1900  1898  1899     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1886  1891  1889  1890     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1889  1892  1891  1895     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1891  1893  1892  1894     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1891  1896  1895  1897     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1898  1902  1900  1901     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1902  1907  1905  1906     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1905  1909  1907  1908     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1909  1917  1915  1916     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1915  1919  1917  1918     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1919  1941  1939  1940     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1927  1932  1930  1931     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1930  1933  1932  1936     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1932  1934  1933  1935     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1932  1937  1936  1938     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1939  1943  1941  1942     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1943  1959  1958  1960     1    improper_O_C_X_Y\n+\n+; Include Position restraint file\n+#ifdef POSRES\n+#include "posres.itp"\n+#endif\n+\n+; Include water topology\n+#include "oplsaa.ff/spce.itp"\n+\n+#ifdef POSRES_WATER\n+; Position restraint for each water oxygen\n+[ position_restraints ]\n+;  i funct       fcx        fcy        fcz\n+   1    1       1000       1000       1000\n+#endif\n+\n+; Include topology for ions\n+#include "oplsaa.ff/ions.itp"\n+\n+[ system ]\n+; Name\n+LYSOZYME in water\n+\n+[ molecules ]\n+; Compound        #mols\n+Protein_chain_A     1\n+SOL                78\n+SOL         12058\n+CL               8\n'
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/trjcat.xtc
b
Binary file test-data/trjcat.xtc has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 test-data/trjconv.xtc
b
Binary file test-data/trjconv.xtc has changed
b
diff -r 000000000000 -r bb0053c4e4f2 trj.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/trj.xml Tue Jan 21 07:29:43 2020 -0500
[
b'@@ -0,0 +1,177 @@\n+<tool id="gmx_trj" name="Modify/convert GROMACS trajectories" version="@VERSION@">\n+    <description>using trjconv and trjcat</description>\n+    <macros>\n+        <import>macros.xml</import>\n+    </macros>\n+\n+    <expand macro="requirements" />\n+\n+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[\n+\n+    #if $trj.trj_op == \'trjcat\':\n+        mkdir trajs &&\n+        #for $value, $file in enumerate($trj_input):\n+            ln -s \'$file\' trajs/traj_${value}.${file.ext} &&\n+        #end for\n+\n+        gmx trjcat\n+            -f trajs/traj* ## here we assume that they all have the same ext, probably reasonable\n+            $trj.cat\n+            -e \'$time.e\'\n+\n+    #elif $trj.trj_op == \'trjconv\':\n+        ln -s \'$ndx_input\' ./index.ndx &&\n+        ln -s \'$str_input\' ./str.${str_input.ext} &&\n+        ln -s \'$trj_input\' ./traj.${trj_input.ext} &&\n+        #if $trj.center:\n+            echo \'$trj.index_center $trj.index_output\' | gmx trjconv\n+        #else\n+            echo \'$trj.index_output\' | gmx trjconv\n+        #end if\n+            -f ./traj.${trj_input.ext}\n+            -s ./str.${str_input.ext}\n+            -n ./index.ndx\n+            $trj.center\n+            -pbc $trj.pbc\n+            -ur $trj.ur\n+            -boxcenter $trj.boxcenter\n+            #if $time.e != -1:\n+                -e \'$time.e\'\n+            #end if\n+\n+    #end if\n+\n+    -b \'$time.b\'\n+    -dt \'$time.dt\'\n+    -o ./output.${output_format} &&\n+      \n+    mv ./output.${output_format} \'$output\'\n+\n+    ]]></command>\n+\n+    <inputs>\n+        <conditional name="trj">\n+            <param name="trj_op" type="select" label="Modify a trajectory or concatenate multiple trajectories?">\n+                <option value="trjconv">Modify (trjconv)</option>\n+                <option value="trjcat">Concatenate (trjcat)</option>\n+            </param>\n+            <when value="trjconv">\n+                <param name="trj_input" type="data" format=\'xtc,trr\' label="Input trajectory" help="In XTC or TRR format."/>\n+                <param name="str_input" type="data" format=\'pdb,gro,tpr\' label="Input structure" help="In PDB, GRO or TPR format."/>\n+                <param name="ndx_input" type="data" format=\'ndx\' label="Index (NDX) file" help="In NDX format."/>\n+                <param name="index_output" type="text" label="Index of group to save in the output" help="Index of group to save in the output - i.e. the group\'s position in the ndx file (using zero-based numbering, so the first group has index 0).">\n+                    <validator type="regex" message="Only numeric values allowed">^[0-9]*$</validator>\n+                </param>\n+                <param name="center" type="boolean" label="Center system in box" truevalue="-center" falsevalue=""/>\n+                <param name="index_center" type="text" label="Index of group for centering" optional="true" help="Index of group for centering - i.e. the group\'s position in the ndx file (using zero-based numbering, so the first group has index 0). Leave blank if centering is not required.">\n+                    <validator type="regex" message="Only numeric values allowed">^[0-9]*$</validator>\n+                </param>\n+                <param name="pbc" type="select" label="PBC treatment" >\n+                    <option value="none">none</option>\n+                    <option value="mol">mol</option>\n+                    <option value="res">res</option>\n+                    <option value="atom">atom</option>\n+                    <option value="nojump">nojump</option>\n+                    <option value="cluster">cluster</option>\n+                    <option value="whole">whole</option>\n+                </param>\n+                <param name="ur" type="select" label="Unit cell representation" >\n+                    <option value="rect">rect</option>\n+                    <option value="tric" selected="true">tric</option>\n+                    <option value="zero">zero</option>\n+                </param>\n+                <param nam'..b'ment" >\n+                    <option value="rect">rect</option>\n+                    <option value="tric">tric</option>\n+                    <option value="compact">compact</option>\n+                </param>\n+            </when>\n+            <when value="trjcat">\n+                <param name="trj_input" type="data" format=\'xtc,trr\' label="Input trajectories" help="In XTC or TRR format, but please do not mix the two. Please note this tool does not currently take order into account when concatenating." multiple="true"/>\n+                <param name="cat" type="boolean" label="Do not discard double time frames" truevalue="-cat" falsevalue="-nocat"/>\n+            </when>\n+        </conditional>\n+        <param name="output_format" type="select" label="Output format" >\n+            <option value="xtc">XTC</option>\n+            <option value="trr">TRR</option>\n+            <option value="pdb">PDB</option>\n+            <option value="gro">GRO</option>\n+        </param>\n+        <section title="Time" name=\'time\' expanded="true">\n+            <param name="b" type="integer" label="Start time" help="Time (ps) of first frame to read from trajectory" value="0" min="0"/>\n+            <param name="e" type="integer" label="End time" help="Time (ps) of last frame to read from trajectory" value="-1"  min="-1"/> <!-- stupidly this has different default values for trjconv and trjcat -->\n+            <param name="dt" type="integer" label="Write frames at this time interval (ps)" help="Only write frame when t is exactly divisible by this value. Leave as 0 to record all frames." value="0"  min="0"/>\n+        </section>\n+        <expand macro="log" />\n+    </inputs>\n+    <outputs>\n+        <data name="output" format="xtc">\n+            <change_format>\n+                <when input="output_format" value="trr" format="trr"/>\n+                <when input="output_format" value="xtc" format="xtc"/>\n+                <when input="output_format" value="gro" format="dcd"/>\n+                <when input="output_format" value="pdb" format="pdb"/>\n+            </change_format>\n+        </data>\n+    </outputs> \n+    <tests>\n+        <test>\n+            <!-- gmx trjcat -f npt.xtc nvt.xtc -cat -o test.xtc -->\n+            <param name="trj_op" value="trjcat" />\n+            <param name="trj_input" value="npt.xtc,nvt.xtc" />\n+            <param name="b" value="0" />\n+            <param name="e" value="-1" />\n+            <param name="dt" value="0" />\n+            <param name="cat" value="true" />\n+            <output name="output" file="trjcat.xtc" ftype="xtc"/>\n+        </test>\n+        <test>\n+            <!-- echo \'1 1\' | gmx trjconv -f npt.xtc -s npt.tpr -n -center -pbc mol -ur compact -o npt_c.xtc -->\n+            <param name="trj_op" value="trjconv" />\n+            <param name="trj_input" value="npt.xtc" />\n+            <param name="str_input" value="npt.tpr" ftype="tpr"/>\n+            <param name="ndx_input" value="index.ndx" />\n+            <param name="b" value="0" />\n+            <param name="e" value="-1" />\n+            <param name="dt" value="0" />\n+            <param name="index_output" value="1" />\n+            <param name="index_center" value="1" />\n+            <param name="center" value="true" />\n+            <param name="pbc" value="mol" />\n+            <param name="ur" value="compact" />\n+            <param name="ur" value="tric" />\n+            <output name="output" file="trjconv.xtc" ftype="xtc"/>\n+        </test>\n+    </tests>\n+    <help><![CDATA[\n+\n+.. class:: infomark\n+\n+**What it does**\n+\n+This tool allows manipulation of GROMACS trajectories, drawing on the trjcat and trjconv commands.\n+\n+_____\n+\n+\n+.. class:: infomark\n+\n+**Input**\n+\n+       - One or more trajectory file (XTC or TRR)\n+       - Structure file (optional)\n+       - Various options can be set\n+\n+_____\n+\n+        \n+.. class:: infomark\n+\n+**Output**\n+\n+       - GROMACS trajectory or structure file (XTC, TRR, PDB, GRO)\n+\n+\n+    ]]></help>\n+    <expand macro="citations" />\n+</tool>\n'