Repository package_samtools_1_2
Owner: iuc
Synopsis: Contains a tool dependency definition that downloads and installs version 1.2 of the SAMTools package.
samtools − Utilities for the Sequence Alignment/Map (SAM) format

Samtools is a set of utilities that manipulate alignments in the BAM format. It imports from and exports to the SAM (Sequence Alignment/Map) format, does sorting, merging and indexing, and allows to retrieve reads in any regions swiftly.

Samtools is designed to work on a stream. It regards an input file ‘-’ as the standard input (stdin) and an output file ‘-’ as the standard output (stdout). Several commands can thus be combined with Unix pipes. Samtools always output warning and error messages to the standard error output (stderr).

Samtools is also able to open a BAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server if the BAM file name starts with ‘ftp://’ or ‘http://’. Samtools checks the current working directory for the index file and will download the index upon absence. Samtools does not retrieve the entire alignment file unless it is asked to do so.

Repository-Maintainer: Bjoern Gruening
Content homepage: http://www.htslib.org/
Type: tool_dependency_definition
Revision: 1:f6ae3ba3f3c1
This revision can be installed: True
Times cloned / installed: 10922
Dependencies of this repository

Repository package_ncurses_5_9 revision 335ebf512407 owned by iuc (prior install required)
Repository package_zlib_1_2_8 revision 411985b46ae8 owned by iuc (prior install required)

Name Version Type
ncurses 5.9 package
samtools 1.2 package
zlib 1.2.8 package

Categories
Tool Dependency Packages - Repositories that contain third-party tool dependency package installation definitions