Repository revision
repository tip
Select a revision to inspect and download versions of Galaxy utilities from this repository.

Repository mothur_cluster
Owner: iuc
Synopsis: Wrapper for mothur application: Cluster.
The mothur project seeks to offers a single piece of open-source, expandable software to fill the bioinformatics needs of the microbial ecology community.
We have incorporated the functionality of dotur, sons, treeclimber, s-libshuff, unifrac, and much more.
In addition to improving the flexibility of these algorithms, we have added a number of other features including calculators and visualization tools.
Content homepage:
Type: unrestricted
Revision: 5:3bb756df109c
This revision can be installed: True
Times cloned / installed: 1423

Repository README files - may contain important installation or license information

Galaxy wrappers for the Mothur metagenomics tools (

The Mothur Tool Suite repository:
- Provides Mothur wrappers for the Mothur tools
- Downloads and builds Mothur and all its dependencies on the Linux or Mac operating system

Installing Tools via the API:
This is a rather large tool suite, if you are having problems installing via the toolshed, try using the API instead
    - Install ephemeris: pip install ephemeris -U
    - Use ephemeris to install tools: shed_install -a <your admin API key> -t tools.yaml
    - (You can find a tools.yaml you can use in this repo as well)

Installing reference data from silva and greengenes:
    - There is a Galaxy datamanager for available for Mothur

 RDP reference file (modified for mothur):
   - 16S rRNA reference (RDP): A collection of 9,662 bacterial and 384 archaeal 16S rRNA gene sequences with an improved taxonomy compared to version 6.
   - 16S rRNA reference (PDS): The RDP reference with three sequences reversed and 119 mitochondrial 16S rRNA gene sequences added as members of the Rickettsiales
   - 28S rRNA reference (RDP): A collection of 8506 reference 28S rRNA gene sequences from the Fungi that were curated by the Kuske lab
 Silva reference:
  - Bacterial references (14,956 sequences)
  - Archaeal references (2,297 sequences)
  - Eukaryotic references (1,238 sequences)
  - Silva-based alignment of template file for chimera.slayer (5,181 sequences)
 Alignment database rRNA gene sequences:
  - greengenes reference alignment
  - SILVA (Silva reference)
 Secondary structure mapping files:
 Lane masks:
  greengenes-compatible mask:
     - - A Lane Masks that comes with the greengenes arb database
     - - A Lane Masks that comes with the greengenes arb database
     - - Pat Schloss's transcription of the mask from the Lane paper
  SILVA-compatible mask:
     - lane1349.silva.filter - Pat Schloss's transcription of the mask from the Lane paper
 Lookup Files for sff flow analysis using shhh.flows:

Contents of this repository

Name Description Version Minimum Galaxy Version
Assign sequences to OTUs (Operational Taxonomic Unit) 16.07

Metagenomics - Tools enabling the study of metagenomes