Repository revision
Select a revision to inspect and download versions of Galaxy utilities from this repository.

Repository meme_psp_gen
Name: meme_psp_gen
Owner: iuc
Synopsis: MEME psp-gen tool from the meme package
The MEME Suite supports motif-based analysis of DNA, RNA and protein sequences.  It provides motif
discovery algorithms using both probabilistic (MEME) and discrete models (MEME), which have complementary
strengths.  It also allows discovery of motifs with arbitrary insertions and deletions (GLAM2).  In
addition to motif discovery, the MEME Suite provides tools for scanning sequences for matches to motifs
(FIMO, MAST and GLAM2Scan), scanning for clusters of motifs (MCAST), comparing motifs to known motifs
(Tomtom), finding preferred spacings between motifs (SpaMo), predicting the biological roles of motifs
(GOMo), measuring the positional enrichment of sequences for known motifs (CentriMo), and analyzing
ChIP-seq and other large datasets (MEME-ChIP).  The MEME Suite is comprised of a collection of tools
that work together.
Content homepage:
Type: unrestricted
Revision: 1:793225b11202
This revision can be installed: True
Times cloned / installed: 347

Contents of this repository

Name Description Version Minimum Galaxy Version
- perform discriminative motif discovery 16.01

ChIP-seq - Tools for analyzing and manipulating ChIP-seq data.