Repository aresite2
Name: aresite2
Owner: rnateam
Synopsis: AREsite2 REST Interface
AREsite2 represents an update for AREsite, an on-line resource for the investigation of
AU-rich elements (ARE) in human and mouse mRNA 3’UTR sequences. The new updated and enhanced
version allows detailed investigation of AU, GU and U-rich elements (ARE, GRE, URE) in the
transcriptome of Homo sapiens, Mus musculus, Danio rerio, Caenorhabditis elegans and Drosophila melanogaster.
It contains information on genomic location, genic context, RNA secondary structure context and conservation
of annotated motifs. Improvements include annotation of motifs not only in 3’UTRs but in the whole gene
body including introns, additional genomes, and locally stable secondary structures from genome wide scans.
Furthermore, we include data from CLIP-Seq experiments in order to highlight motifs with validated protein
interaction.  Additionally, we provide a REST interface for experienced users to interact with the database
in an semi-automated manner. The database is publicly available at: http://rna.tbi.univie.ac.at/AREsite
Type: unrestricted
Revision: 2:a3ce813ed604
This revision can be installed: True
Times cloned / installed: 1221

Contents of this repository

Name Description Version Minimum Galaxy Version
AREsite2 REST Interface 0.1.2 any

Categories
RNA - Utilities for RNA
Data Source - Tools for retrieving data from external data sources
Sequence Analysis - Tools for performing Protein and DNA/RNA analysis