Repository revision
repository tip
Select a revision to inspect and download versions of Galaxy utilities from this repository.

Repository graphclust_fasta_to_gspan
Owner: rnateam
Synopsis: Second step of GraphClust
For each fragment of input sequence RNAshapes is used to create a set of structures. The default parameters for example consider for each input fragment again a window of size 40nt and 150nt with a window shift of 30%. This allows to consider local structures as well as global structures for a fragment. From each such RNAshape window we take the top 5 shreps (suboptimal structures for the top 5 shapes) within 20% of the mfe energy of that window and convert them into graphs. As shape level (abstraction level) we use 3 for short sequences and 5 for sequences >= 80nt. Please see also RNAshapes documentation for all these terms.
Type: unrestricted
Revision: 9:d2784e70dd19
This revision can be installed: True
Times cloned / installed: 1223

Contents of this repository

Name Description Version Minimum Galaxy Version
0.4 16.01

RNA - Utilities for RNA