Repository viennarna_kinfold
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Synopsis: Wrapper for ViennaRNA application Kinfold.
RNA secondary structure prediction through energy minimization is the most used function in the package. There are three kinds of dynamic programming algorithms for structure prediction provided: the minimum free energy algorithm of (Zuker & Stiegler 1981) which yields a single optimal structure, the partition function algorithm of (McCaskill 1990) which calculates base pair probabilities in the thermodynamic ensemble, and the suboptimal folding algorithm of (Wuchty 1999) which generates all suboptimal structures within a given energy range of the optimal energy. For secondary structure comparison, the package contains several measures of distance (dissimilarities) using either string alignment or tree-editing (Shapiro & Zhang 1990). Finally, we provide an algorithm to design sequences with a predefined structure (inverse folding).
Type: unrestricted
Revision: 7:ef720d386200
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Name Description Version Minimum Galaxy Version
Simulates the stochastic folding kinetics of RNA sequences into secondary structures. 16.01

RNA - Utilities for RNA