Repository revision
repository tip
Select a revision to inspect and download versions of Galaxy utilities from this repository.

Repository data_manager_hisat2_index_builder
Owner: iuc
Synopsis: HISAT is a fast and sensitive spliced alignment program.
As part of HISAT, we have developed a new indexing scheme based on
the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the FM index, called
hierarchical indexing, that employs two types of indexes: (1)
one global FM index representing the whole genome, and (2) many
separate local FM indexes for small regions collectively covering
the genome. Our hierarchical index for the human genome (about 3
billion bp) includes ~48,000 local FM indexes, each representing a
genomic region of ~64,000bp. As the basis for non-gapped alignment,
the FM index is extremely fast with a low memory footprint, as
demonstrated by Bowtie. In addition, HISAT provides several alignment
strategies specifically designed for mapping different types of
RNA-seq reads. All these together, HISAT enables extremely fast and
sensitive alignment of reads, in particular those spanning two exons
or more. As a result, HISAT is much faster >50 times than TopHat2
with better alignment quality. Although it uses a large number of
indexes, the memory requirement of HISAT is still modest,
approximately 4.3 GB for human. HISAT uses the Bowtie2
implementation to handle most of the operations on the FM index.
In addition to spliced alignment, HISAT handles reads involving
indels and supports a paired-end alignment mode. Multiple processor
can be used simultaneously to achieve greater alignment speed.
HISAT outputs alignments in SAM format, enabling interoperation
with a large number of other tools (e.g. SAMtools, GATK) that use
SAM. HISAT is distributed under the GPLv3 license, and it runs on
the command line under Linux, Mac OS X and Windows.
Type: unrestricted
Revision: 7:d74c740bdb25
This revision can be installed: True
Times cloned / installed: 2576

Contents of this repository

Name Description Version Minimum Galaxy Version
builder 2.1.0 19.05

Name Version Data Tables
hisat2_index_builder 0.0.1 hisat2_indexes

Categories
Data Managers - Utilities for Managing Galaxy's built-in data cache