python '$__tool_directory__/unipept.py' 
      ## --url 'http://morty.ugent.be/api/v1' -g -M 1  
      --api=$unipept.api
      $unipept.equate_il $unipept.extra 
      #if $unipept.api in ['pept2lca', 'pept2taxa', 'peptinfo']:
        $unipept.names $unipept.allfields
      #end if
      #if $unipept.api in ['pept2go', 'pept2funct', 'peptinfo']:
        $unipept.domains
      #end if
      $strict
      #if str($peptide_src.fmt) == 'proteomic':
        #if $peptide_src.input.datatype.file_ext == 'fasta':
          --fasta="$peptide_src.input"
        #elif $peptide_src.input.datatype.file_ext == 'mzid':
          --mzid="$peptide_src.input"
        #elif $peptide_src.input.datatype.file_ext == 'pepxml':
          --pepxml="$peptide_src.input"
        #end if
      #elif str($peptide_src.fmt) == 'tabular':
        --tabular="$peptide_src.input_tsv"
        #set $col = int(str($peptide_src.column)) - 1
        --column=$col
      #elif str($peptide_src.fmt) == 'fasta':
        --fasta="$peptide_src.input_fasta"
      #elif str($peptide_src.fmt) == 'mzid':
        --mzid="$peptide_src.input_mzid"
      #elif str($peptide_src.fmt) == 'pepxml':
        --pepxml="$peptide_src.input_pepxml"
      #end if
      --peptide_match $peptide_match
      #if $peptide_match == 'report' and $unmatched_aa != 'default':
          --unmatched_aa $unmatched_aa
      #end if
      #if 'json' in str($selected_outputs).split(',') and str($unipept.api) in ['pept2lca', 'pept2taxa', 'peptinfo']:
        --json $output_json
      #end if
      #if 'ec_json' in str($selected_outputs).split(',') and str($unipept.api) in ['pept2ec', 'pept2funct', 'peptinfo']:
        --ec_json $output_ec_json
      #end if
      #if 'tsv' in str($selected_outputs).split(','):
        --tsv $output_tsv
      #end if
      #if 'csv' in str($selected_outputs).split(','):
        --csv $output_csv
      #end if
      #if 'ec_tsv' in str($selected_outputs).split(',') and str($unipept.api) in ['pept2ec', 'pept2funct', 'peptinfo']:
        --ec_tsv $output_ec_tsv
      #end if
      #if 'go_tsv' in str($selected_outputs).split(',') and str($unipept.api) in ['pept2go', 'pept2funct', 'peptinfo']:
        --go_tsv $output_go_tsv
      #end if
      #if 'ipr_tsv' in str($selected_outputs).split(',') and str($unipept.api) in ['pept2interpro', 'pept2funct', 'peptinfo']:
        --ipr_tsv $output_ipr_tsv
      #end if
      #if 'unmatched' in str($selected_outputs).split(','):
        --unmatched $output_unmatched
      #end if