ln -s '${input_obj_file}' input.h5 &&
PYTHONIOENCODING=utf-8 scanpy-cli plot paga
#if $use_key
    --use-key '${use_key}'
#end if
    --layout ${layout}
    --legend-loc '${legend_loc}'
#if $basis
    --basis ${basis}
#end if
#if $settings.default == "false"
    --threshold ${settings.threshold}
    #if $settings.root
        --root ${settings.root}
    #end if
        ${settings.single_component}
    #if $settings.solid_edges
        --solid-edges ${settings.solid_edges}
    #end if
    #if $settings.color
        --color '${settings.color}'
    #end if
    #if $settings.node_size
        --node-size-scale ${settings.node_size}
    #end if
    #if $settings.node_font
        --fontsize ${settings.node_font}
    #end if
    #if $settings.edge_width
        --edge-width-scale ${settings.edge_width}
    #end if
#end if
    #if str($output_format).startswith('anndata')
        --show-obj stdout --output-format anndata --output-obj output.h5
    #else
        --show-obj stdout --output-format loom --output-obj output.h5
    #end if
    
    --input-format '${input_format}' input.h5
  
    
#if $fig_title
    --title '${fig_title}'
#end if
    --fig-size '${fig_size}'
    --fig-dpi ${fig_dpi}
    --fig-fontsize ${fig_fontsize}
    ${fig_frame}
    ./output.png