#if $input_cond.library_type == "single"
    #for i, e in enumerate($input_cond.inS)
        cp '$e'
        #if $e.ext.endswith(".gz")
            input_${i}.fastq.gz &&
        #else
            input_${i}.fastq &&
        #end if
    #end for
#else
    #if $input_cond.paired_input.type == "separated"
        #if $input_cond.paired_input.in1.ext.endswith(".gz")
           cp '$input_cond.paired_input.in1' forward.fastq.gz &&
           cp '$input_cond.paired_input.in2' reverse.fastq.gz &&
        #else
           cp '$input_cond.paired_input.in1' forward.fastq &&
           cp '$input_cond.paired_input.in2' reverse.fastq &&
        #end if
    #else
        #for i, e in enumerate($input_cond.paired_input.inP)
            cp '$e'
            #if $e.ext.endswith(".gz")
                input_${i}.fastq.gz &&
            #else
                input_${i}.fastq &&
            #end if
        #end for
    #end if
#end if
runDisco.sh
    -n \${GALAXY_SLOTS:-4}
    -m \${DISCO_MAX_MEMORY:-4}
    -d .
    -o disco
    #if $input_cond.library_type == "single"
        -inS \$(find . -name "*fastq*" -print | tr '\n' ',' | sed 's/,$//')
    #else
        #if $input_cond.paired_input.type == "separated"
            #if $input_cond.paired_input.in1.ext.endswith(".gz") 
                -in1 forward.fastq.gz
                -in2 reverse.fastq.gz
            #else
                -in1 forward.fastq
                -in2 reverse.fastq
            #end if
        #else
            -inP \$(find . -name "*fastq*" -print | tr '\n' ',' | sed 's/,$//')
        #end if
    #end if
    $obg
    $osg
    -p '$first_assembly_iteration_params'
    -p2 '$second_assembly_iteration_params'
    -p3 '$third_assembly_iteration_params'