../Java/Python/mapperAnalyzer.py -i $formatType.inputFileName1
		#if $formatType.FormatInputFileName1 == 'bed':
			-f bed
		#elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'gff3':
			-f gff3	
		#elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'sam':
			-f sam
		#elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'bam':
			-f bam
		#elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'seqmap':
			-f seqmap
		#end if
			
		-q $formatType2.inputFileName2
		#if $formatType2.FormatInputFileName2 == 'fasta':
			-k fasta
		#elif $formatType2.FormatInputFileName2 == 'fastq':
			-k fastq	
		#end if
		

		#if $optionnumber.number == 'Yes':
			-n $optionnumber.numberVal
		#end if
		#if $optionsize.size == 'Yes':
			-s $optionsize.sizeVal
		#end if
		#if $optionidentity.identity == 'Yes':
			-d $optionidentity.identityVal
		#end if
		#if $optionmismatch.mismatch == 'Yes':
			-m $optionmismatch.mismatchVal
		#end if
		#if $optiongap.gap == 'Yes':
			-p $optiongap.gapVal
		#end if		
		#if $optiontitle.title == 'Yes':
			-t $optiontitle.titleVal
		#end if	
		#if $optionappend.append == 'Yes':
			-a $optionappend.appendfile
		#end if	
			
		$merge
		$remove
		$remain
		-o $outputFileGFF