#if $input_nhx is not None:
            ln -s '$input_nhx' input.nhx &&
        #end if
        ln -s '$input_file' input.$input_file.extension &&
        #set $input_file = 'input.%s' % $input_file.extension
    
        hyphy busted
            --alignment ./$input_file
            
            #if $input_nhx:
                --tree input.nhx
            #end if
        
    
            --code $gencodeid
            
        #if $branch_cond.branch_sel == 'specify':
            --branches '$branch_cond.branch_label'
        #else:
            --branches $branch_cond.branch_sel
        #end if
        
    
            --output '$busted_output'
            
        #if $advanced.srv_options == 'specify':
            --grid-size $advanced.grid_size
            --starting-points $advanced.starting_points
            --syn-rates $advanced.syn_rates
            --rates $advanced.rates
            --srv $advanced.srv
            #if $advanced.save_alternative_model:
                --save-fit alternative_model.nhx
            #end if
        #end if
    
        
        ; EC=\$? ; [[ -f errors.* ]] && cat errors.* >&2 ; exit \$EC