#if $sets.mdp.mdpfile == "custom":
            ln -s '$sets.mdp.mdp_input' ./md.mdp &&
        #end if
        #if $sets.mdp.mdpfile == "default":
            ln -s '$md' ./md.mdp &&
        #end if

        ln -s '$gro_input' ./inp.gro &&
        ln -s '$top_input' ./top_input.top &&

        #if $inps.itp_in:
            ln -s '$inps.itp_in' ./posres.itp &&
        #end if

        #if $inps.cpt_in:
            ln -s '$inps.cpt_in' ./inp.cpt &&
        #end if

        #if $inps.ndx_in:
            ln -s '$inps.ndx_in' ./index.ndx &&
        #end if

        gmx grompp 
            -f ./md.mdp 
            -c ./inp.gro 
            #if $inps.cpt_in:
                -t ./inp.cpt
            #end if
            #if $inps.itp_in:
                -r ./inp.gro
            #end if
            #if $inps.ndx_in:
                -n ./index.ndx
            #end if
            -p ./top_input.top 
            -o outp.tpr -maxwarn '$mxw' &>> verbose.txt &&

        #if "\${GPU_AVAILABLE:-0}" == 1:
            gmx_gpu mdrun
                -ntmpi 1
                -nb gpu
                -pme gpu
        #else:
            gmx mdrun
        #end if
            -nt "\${GALAXY_SLOTS:-4}"
            -deffnm outp &>> verbose.txt

        #if $outps.str == 'pdb' or $outps.str == 'both'
            && gmx editconf -f outp.gro -o outp.pdb &>> verbose.txt
        #end if

        && cat md.mdp &>> verbose.txt