emapper.py
        --no_annot  ## only search, i.e. no annotation
        
        --data_dir '$eggnog_data.fields.path'
    
        
        -m '$ortho_method.m'
        #if $ortho_method.m in ['diamond', 'mmseqs', 'cache']:
            -i '$ortho_method.input'
            --itype '$ortho_method.input_trans.itype'
            #if $ortho_method.input_trans.itype in ['CDS', 'genome', 'metagenome']:
                $ortho_method.input_trans.translate
            #end if
            #if $ortho_method.input_trans.itype in ['genome', 'metagenome']:
                --genepred $ortho_method.input_trans.genepred
            #end if
        #elif $ortho_method.m == "no_search"
            --annotate_hits_table annotate_hits_table.tsv
        #end if
        
        #if $ortho_method.m == 'cache'
            --cache '$ortho_method.cache'
        #end if
        #if $ortho_method.m == 'no_search'
            --annotate_hits_table annotate_hits_table.tsv
        #end if

        #if $ortho_method.m in ['diamond', 'mmseqs']:
            ## Diamond option
            #if $ortho_method.m == "diamond":
                --matrix '$ortho_method.matrix_gapcosts.matrix'
                $ortho_method.matrix_gapcosts.gap_costs
                --sensmode $ortho_method.sensmode
                $ortho_method.dmnd_iterate
                $ortho_method.dmnd_ignore_warnings
            #elif $ortho_method.m == "mmseqs":
                --start_sens $ortho_method.start_sens
                --sens_steps $ortho_method.sens_steps
                --final_sens $ortho_method.final_sens
            #end if

            ## Common options for search filtering (applies to diamond and mmseqs only)
            #if str($ortho_method.query_cover):
                --query_cover $ortho_method.query_cover
            #end if
            #if str($ortho_method.subject_cover):
                --subject_cover $ortho_method.subject_cover
            #end if
            #if str($ortho_method.pident):
                --pident $ortho_method.pident
            #end if
            #if str($ortho_method.evalue):
                --evalue $ortho_method.evalue
            #end if
            #if str($ortho_method.score):
                --score $ortho_method.score
            #end if
        #end if
    

        $output_options.no_file_comments
        --output='results'
        --cpu "\${GALAXY_SLOTS:-4}"
        --scratch_dir \${TEMP:-\$_GALAXY_JOB_TMP_DIR}
        --temp_dir \${TEMP:-\$_GALAXY_JOB_TMP_DIR}