prokka
--cpus \${GALAXY_SLOTS:-8}
--quiet ## to avoid non-error messages written to stderr
--outdir outdir --prefix prokka ## used in outputs section
#if $locustag
    --locustag '$locustag'
#end if
#if str($increment)
    --increment $increment
#end if
--gffver $gffver
#if $compliant.compliant_select == "no"
    #if $compliant.addgenes
        --addgenes
    #end if
    #if str($compliant.mincontig)
        --mincontig $compliant.mincontig
    #end if
#else
    --compliant
#end if
#if $centre
    --centre '$centre'
#end if
#if $genus
    --genus '$genus'
#end if
#if $species
    --species '$species'
#end if
#if $strain
    --strain '$strain'
#end if
#if $plasmid
    --plasmid '$plasmid'
#end if
--kingdom $kingdom.kingdom_select
#if str($kingdom.gcode)
    --gcode $kingdom.gcode
#end if
#if $usegenus
    --usegenus
#end if
#if $proteins
    --proteins '$proteins'
#end if
#if $metagenome
    --metagenome
#end if
#if $fast
    --fast
#end if
#if str($evalue)
    --evalue $evalue
#end if
#if $rfam
    --rfam
#end if
#if $norrna
    --norrna
#end if
#if $notrna
    --notrna
#end if
$input