ln -s '${input_obj_file}' input.h5 &&
PYTHONIOENCODING=utf-8 scanpy-run-pca
#if $n_pcs
    --n-comps '${n_pcs}'
#end if    
#if $run_mode.chunked
    --chunked
    --chunk-size '${run_mode.chunk_size}'
#else
    ${run_mode.zero_center}
    #if $run_mode.svd_solver
        --svd-solver '${run_mode.svd_solver}'
    #end if
    #if $run_mode.random_seed is not None
        --random-state '${run_mode.random_seed}'
    #end if
#end if
#if $extra_outputs and "embeddings" in str($extra_outputs).split(','):
    --export-embedding embeddings.tsv
#end if
    
    --input-format '${input_format}' input.h5
  
    
#if str($output_format).startswith('anndata')
    --show-obj stdout --output-format anndata output.h5
#else
    --show-obj stdout --output-format loom output.h5
#end if