_JAVA_OPTIONS=\${_JAVA_OPTIONS:-"-Xmx2048m -Xms256m -Djava.io.tmpdir=\${TMPDIR:-\${_GALAXY_JOB_TMPDIR}}"} &&
    export _JAVA_OPTIONS &&
    
    #if str( $input_type.input_type_selector ) == "se":
      #set fwd = $input_type.fastq
      #set rev = None
    #elif str( $input_type.input_type_selector ) == "pe":
      #set fwd = $input_type.fastq
      #set rev = $input_type.fastq2
    #else
      #set fwq = $input_type.fastq.forward
      #set rev = $input_type.fastq.reverse
    #end if

    #if $fwd.ext.endswith(".gz")
      gunzip -c '$fwd' > fwd.fastq &&
    #else
      ln -sf '$fwd' fwd.fastq &&
    #end if
    #if rev
      #if rev.ext.endswith(".gz")
        gunzip -c '$rev' > rev.fastq &&
      #else
        ln -sf '$rev' rev.fastq &&
      #end if
    #end if
   
    picard FastqToSam

    --FASTQ fwd.fastq
    #if rev
      --FASTQ2 rev.fastq
    #end if

    #if $fwd.ext.startswith("fastqillumina")
      --QUALITY_FORMAT "Illumina"
    #else if $fwd.ext.startswith("fastqsolexa")
      --QUALITY_FORMAT "Solexa"
    #else 
      --QUALITY_FORMAT "Standard"
    #end if
    --OUTPUT '${outFile}'
    --READ_GROUP_NAME '${read_group_name}'
    --SAMPLE_NAME '${sample_name}'

    #if str( $library_name ):
        --LIBRARY_NAME '${library_name}'
    #end if

    #if str( $platform_unit ):
        --PLATFORM_UNIT '${platform_unit}'
    #end if

    #if str( $platform ):
        --PLATFORM '${platform}'
    #end if

    #if str( $sequencing_center ):
        --SEQUENCING_CENTER '${sequencing_center}'
    #end if

    #if str( $predicted_insert_size ):
        --PREDICTED_INSERT_SIZE '${predicted_insert_size}'
    #end if

    #if str( $comment ):
        --COMMENT '${comment}'
    #end if

    #if str( $description ):
        --DESCRIPTION '${description}'
    #end if

    #if str( $run_date ):
        --RUN_DATE '${run_date}'
    #end if

    --MIN_Q '${min_q}'
    --MAX_Q '${max_q}'
    --STRIP_UNPAIRED_MATE_NUMBER '${strip_unpairied_mate_number}'
    --ALLOW_AND_IGNORE_EMPTY_LINES '${allow_and_ignore_empty_lines}'

    --SORT_ORDER coordinate
    --VALIDATION_STRINGENCY '${validation_stringency}'
    --QUIET true
    --VERBOSITY ERROR