ln -s '${input_obj_file}' input.h5 &&

#if $copy_r.default:
ln -s '${copy_r.r_source}' r_source.h5 &&
#end if

#if $copy_x.default:
#for $i, $xs in enumerate($copy_x.xlayers):
  ln -s '${xs.x_source}' x_source_${i}.h5 &&
#end for
#end if

#if $copy_l.default:
#for $i, $ls in enumerate($copy_l.layer_sources):
  ln -s '${ls}' layer_source_${i}.h5 &&
#end for
#end if

#if $copy_o.default:
#for $i, $os in enumerate($copy_o.obs_sources):
  ln -s '${os}' obs_source_${i}.h5 &&
#end for
#end if

#if $copy_e.default:
#for $i, $es in enumerate($copy_e.embedding_sources):
  ln -s '${es}' embedding_source_${i}.h5 &&
#end for
#end if

#if $copy_u.default:
#for $i, $us in enumerate($copy_u.uns_sources):
  ln -s '${us}' uns_source_${i}.h5 &&
#end for
#end if

#if $cell_metadata:
  ln -s '${cell_metadata}' cell_metadata.tsv &&
#end if
python $operations