#if $input.format == 'loom'
     ln -s '$input.loom_file' input.loom;
     #else if $input.format == 'h5seurat'
     ln -s '$input.h5seurat_file' input.h5seurat;
     #else if $input.format == 'anndata'
     ## it complains when using links for AnnData...
     cp '$input.anndata_file' input.h5ad;
     #end if
   
    seurat-plot.R
    
    #if $input.format == "anndata"
        --input-object-file input.h5ad --input-format anndata
    #else if $input.format == "loom"
        --input-object-file input.loom --input-format loom
    #else if $input.format == "rds_seurat"
        --input-object-file '$input.rds_seurat_file' --input-format seurat
    #else if $input.format == "rds_sce"
        --input-object-file '$input.rds_sce_file' --input-format singlecellexperiment
    #else if $input.format == "h5seurat"
        --input-object-file input.h5seurat --input-format h5seurat
    #end if
   
    
    #if $plot_format == "png"
        --plot-out '$plot_out_png'
    #else if $plot_format == "pdf"
        --plot-out '$plot_out_pdf'
    #else if $plot_format == "eps"
        --plot-out '$plot_out_eps'
    #else if $plot_format == "ps"
        --plot-out '$plot_out_ps'
    #else if $plot_format == "jpg"
        --plot-out '$plot_out_jpg'
    #else if $plot_format == "tiff"
        --plot-out '$plot_out_tiff'
    #else if $plot_format == "svg"
        --plot-out '$plot_out_svg'
    #end if
   
    --plot-type '$plot_type.plot_type_selector'


    #if str($plot_type.plot_type_selector) == 'DimPlot':

    #if $plot_type.dims
    --dims '$plot_type.dims'
    #end if


    #if $plot_type.cells
    --cells '$plot_type.cells'
    #end if


    #if $plot_type.cols
    --cols '$plot_type.cols'
    #end if


    #if $plot_type.pt_size
    --pt-size '$plot_type.pt_size'
    #end if


    #if $plot_type.reduction
    --reduction '$plot_type.reduction'
    #end if


    #if $plot_type.group_by
    --group-by '$plot_type.group_by'
    #end if


    #if $plot_type.split_by
    --split-by '$plot_type.split_by'
    #end if


    #if $plot_type.shape_by
    --shape-by '$plot_type.shape_by'
    #end if


    #if $plot_type.order
    --order '$plot_type.order'
    #end if

        $plot_type.shuffle


    --seed '$plot_type.seed'

        $plot_type.label


    --label-size '$plot_type.label_size'


    --label-color '$plot_type.label_color'

        $plot_type.label_box

        $plot_type.repel


    #if $plot_type.cells_highlight
    --cells-highlight '$plot_type.cells_highlight'
    #end if


    #if $plot_type.cols_highlight
    --cols-highlight '$plot_type.cols_highlight'
    #end if


    #if $plot_type.sizes_highlight
    --sizes-highlight '$plot_type.sizes_highlight'
    #end if


    #if $plot_type.na_value
    --na-value '$plot_type.na_value'
    #end if


    #if $plot_type.ncol
    --ncol '$plot_type.ncol'
    #end if

    #elif str($plot_type.plot_type_selector) == 'DoHeatmap':

    #if $plot_type.features
    --features '$plot_type.features'
    #end if


    #if $plot_type.cells
    --cells '$plot_type.cells'
    #end if


    #if $plot_type.group_by
    --group-by '$plot_type.group_by'
    #end if

        $plot_type.group_bar


    #if $plot_type.group_colors
    --group-colors '$plot_type.group_colors'
    #end if


    #if $plot_type.disp_min
    --disp-min '$plot_type.disp_min'
    #end if


    #if $plot_type.disp_max
    --disp-max '$plot_type.disp_max'
    #end if


    --slot '$plot_type.slot'


    #if $plot_type.assay
    --assay '$plot_type.assay'
    #end if

        $plot_type.label


    #if $plot_type.size
    --size '$plot_type.size'
    #end if


    #if $plot_type.hjust
    --hjust '$plot_type.hjust'
    #end if


    #if $plot_type.angle
    --angle '$plot_type.angle'
    #end if

        $plot_type.raster

        $plot_type.draw_lines


    #if $plot_type.lines_width
    --lines-width '$plot_type.lines_width'
    #end if


    #if $plot_type.group_bar_height
    --group-bar-height '$plot_type.group_bar_height'
    #end if

        $plot_type.combine

    #elif str($plot_type.plot_type_selector) == 'RidgePlot':

    --features '$plot_type.features'


    #if $plot_type.cols_ridgeplot
    --cols-ridgeplot '$plot_type.cols_ridgeplot'
    #end if


    #if $plot_type.idents
    --idents '$plot_type.idents'
    #end if

        $plot_type.sort


    #if $plot_type.assay
    --assay '$plot_type.assay'
    #end if


    #if $plot_type.group_by
    --group-by '$plot_type.group_by'
    #end if

        $plot_type.same_y_lims

        $plot_type.log


    #if $plot_type.ncol
    --ncol '$plot_type.ncol'
    #end if


    #if $plot_type.slot
    --slot '$plot_type.slot'
    #end if

        $plot_type.stack


    #if $plot_type.fill_by
    --fill-by '$plot_type.fill_by'
    #end if

    #elif str($plot_type.plot_type_selector) == 'FeaturePlot':

    --features '$plot_type.features'


    #if $plot_type.dims
    --dims '$plot_type.dims'
    #end if


    #if $plot_type.cells
    --cells '$plot_type.cells'
    #end if


    #if $plot_type.cols_feature_plot
    --cols-feature-plot '$plot_type.cols_feature_plot'
    #end if


    #if $plot_type.pt_size
    --pt-size '$plot_type.pt_size'
    #end if

        $plot_type.order


    #if $plot_type.min_cutoff
    --min-cutoff '$plot_type.min_cutoff'
    #end if


    #if $plot_type.max_cutoff
    --max-cutoff '$plot_type.max_cutoff'
    #end if


    #if $plot_type.reduction
    --reduction '$plot_type.reduction'
    #end if


    #if $plot_type.split_by
    --split-by '$plot_type.split_by'
    #end if


    --keep-scale '$plot_type.keep_scale'


    #if $plot_type.shape_by
    --shape-by '$plot_type.shape_by'
    #end if


    #if $plot_type.slot
    --slot '$plot_type.slot'
    #end if

        $plot_type.blend


    #if $plot_type.blend_threshold
    --blend-threshold '$plot_type.blend_threshold'
    #end if

        $plot_type.label


    #if $plot_type.label_size
    --label-size '$plot_type.label_size'
    #end if

        $plot_type.repel


    #if $plot_type.ncol
    --ncol '$plot_type.ncol'
    #end if

        $plot_type.coord_fixed

        $plot_type.by_col

    #elif str($plot_type.plot_type_selector) == 'VlnPlot':

    --features '$plot_type.features'


    #if $plot_type.cols
    --cols '$plot_type.cols'
    #end if


    #if $plot_type.pt_size
    --pt-size '$plot_type.pt_size'
    #end if


    #if $plot_type.idents
    --idents '$plot_type.idents'
    #end if

        $plot_type.sort


    #if $plot_type.assay
    --assay '$plot_type.assay'
    #end if


    #if $plot_type.group_by
    --group-by '$plot_type.group_by'
    #end if


    #if $plot_type.split_by
    --split-by '$plot_type.split_by'
    #end if


    #if $plot_type.adjust
    --adjust '$plot_type.adjust'
    #end if

        $plot_type.same_y_lims

        $plot_type.log


    #if $plot_type.ncol
    --ncol '$plot_type.ncol'
    #end if


    #if $plot_type.slot
    --slot '$plot_type.slot'
    #end if

        $plot_type.split_plot

        $plot_type.stack


    #if $plot_type.fill_by
    --fill-by '$plot_type.fill_by'
    #end if

        $plot_type.flip

    #elif str($plot_type.plot_type_selector) == 'DotPlot':

    #if $plot_type.assay
    --assay '$plot_type.assay'
    #end if


    --features '$plot_type.features'


    #if $plot_type.cols_dot_plot
    --cols-dot-plot '$plot_type.cols_dot_plot'
    #end if


    #if $plot_type.col_min
    --col-min '$plot_type.col_min'
    #end if


    #if $plot_type.col_max
    --col-max '$plot_type.col_max'
    #end if


    #if $plot_type.dot_min
    --dot-min '$plot_type.dot_min'
    #end if


    #if $plot_type.dot_scale
    --dot-scale '$plot_type.dot_scale'
    #end if


    #if $plot_type.idents
    --idents '$plot_type.idents'
    #end if


    #if $plot_type.group_by
    --group-by '$plot_type.group_by'
    #end if


    #if $plot_type.split_by
    --split-by '$plot_type.split_by'
    #end if

        $plot_type.cluster_idents

        $plot_type.scale


    #if $plot_type.scale_by
    --scale-by '$plot_type.scale_by'
    #end if

    #end if


    #if $enable_output_rds_file
    --output-rds-file '$output_rds_file'
    #end if


    --plot-format '$plot_format'


    --units '$units'


    --dpi '$dpi'

    $limitsize


    #if $bg
    --bg '$bg'
    #end if