#set $gz = False
        #if $input_type_cond.input_type == 'single':
            #if $input_type_cond.input_read1.is_of_type("fastq.gz", "fastqsanger.gz"):
                ln -s '$input_type_cond.input_read1' input_single.gz &&
                #set $gz = True
            #else
                ln -s '$input_type_cond.input_read1' input_single.txt &&
            #end if
        #elif $input_type_cond.input_type == 'paired':
            #if $input_type_cond.input_read1.is_of_type("fastq.gz", "fastqsanger.gz"):
                ln -s '$input_type_cond.input_read1' input_read1.gz &&
                ln -s '$input_type_cond.input_read2' input_read2.gz &&
                #set $gz = True
            #else
                ln -s '$input_type_cond.input_read1' input_read1.txt &&
                ln -s '$input_type_cond.input_read2' input_read2.txt &&
            #end if
        #else  ## paired_collection
            #if $input_type_cond.input_readpair.forward.is_of_type("fastq.gz", "fastqsanger.gz"):
                ln -s '$input_type_cond.input_readpair.forward' input_read1.gz &&
                ln -s '$input_type_cond.input_readpair.reverse' input_read2.gz &&
                #set $gz = True
            #else
                ln -s '$input_type_cond.input_readpair.forward' input_read1.txt &&
                ln -s '$input_type_cond.input_readpair.reverse' input_read2.txt &&
            #end if
        #end if
    

    umi_tools extract
        
        
        ## fastq barcode extraction options:
        --extract-method='$extract_method_cond.extract_method'
        --bc-pattern='$input_type_cond.bc_pattern'
        #if $input_type_cond.input_type != 'single' and $input_type_cond.bc_pattern2 != ''
            --bc-pattern2='$input_type_cond.bc_pattern2'
        #end if
        #if $extract_method_cond.extract_method == 'string'
            $extract_method_cond.prime3
        #else if $extract_method_cond.filtered_out_bool
            #if $input_type_cond.input_type == 'single':
                --filtered-out='$filtered_out'
            #else if $input_type_cond.input_type == 'paired':
                --filtered-out='$filtered_out'
                --filtered-out2='$filtered_out_paired'
            #else
                --filtered-out='$filtered_out_paired_collection.forward'
                --filtered-out2='$filtered_out_paired_collection.reverse'
            #end if
        #end if
        $ignore_read_pair_suffixes
    
        #if $input_type_cond.input_type == 'single':
            #if $gz:
                --stdin=input_single.gz
                --stdout out.gz
            #else
                --stdin=input_single.txt
                --stdout '$out'
            #end if
        #else:
            #if $gz:
                --stdin=input_read1.gz
                --read2-in=input_read2.gz
                --stdout out1.gz
                --read2-out=out2.gz
            #else:
                --stdin=input_read1.txt
                --read2-in=input_read2.txt
                #if $input_type_cond.input_type == 'paired'
                    --stdout '$out'
                    --read2-out='$out2'
                #else
                    --stdout '$out_paired_collection.forward'
                    --read2-out='$out_paired_collection.reverse'
                #end if
            #end if
            $input_type_cond.reconcile_pairs
        #end if

        #if $whitelist
            --whitelist='$whitelist'
        #end if
        #if $blacklist
            --blacklist='$blacklist'
        #end if
        $error_correct_cell.value

        #if $quality.quality_selector =='true':
            #if str($quality.quality_filter_threshold) != ''
                --quality-filter-threshold '$quality.quality_filter_threshold'
            #end if
            #if str($quality.quality_filter_mask) != ''
                --quality-filter-mask '$quality.quality_filter_mask'
            #end if
            #if $input_type_cond.input_type != 'paired_collection'
                #set input=$input_type_cond.input_read1
            #else
                #set input=$input_type_cond.input_readpair.forward
            #end if
            --quality-encoding
            #if $input.ext.startswith("fastqillumina")
                phred64
            #else if $input.ext.startswith("fastqsolexa")
                solexa
            #else
                phred33
            #end if
        #end if
        
        #if $log:
            --log='$out_log'
        #end if
        --log2stderr
    
        #if $gz:
            #if $input_type_cond.input_type == 'single':
                && mv out.gz '$out'
            #else if $input_type_cond.input_type == 'paired' 
                && mv out1.gz '$out'
                && mv out2.gz '$out2'
            #else
                && mv out1.gz '$out_paired_collection.forward'
                && mv out2.gz '$out_paired_collection.reverse'
            #end if
        #end if