#if $input_nhx is not None:
            ln -s '$input_nhx' input.nhx &&
        #end if
        ln -s '$input_file' input.$input_file.extension &&
        #set $input_file = 'input.%s' % $input_file.extension
    
        ln -s '$absrel_output' ${input_file}.aBSREL.json &&
        hyphy CPU=\${GALAXY_SLOTS:-4}   absrel
            --alignment ./$input_file
            
            #if $input_nhx:
                --tree input.nhx
            #end if
        
            --code '$gencodeid'
            
        #if $branch_cond.branch_sel == 'specify':
            --branches '$branch_cond.branch_label'
        #else:
            --branches $branch_cond.branch_sel
        #end if
        
            --output '$absrel_output'
            --multiple-hits $multiple_hits
            
        #if $srv_conditional.srv_enabled == 'true':
            --srv Yes
            #if $srv_conditional.syn_rates:
                --syn-rates $srv_conditional.syn_rates
            #end if
        #end if
    
            --blb $blb
            --kill-zero-lengths $kill_zero_lengths > absrel_stdout.md
        
        ; EC=\$? ; [[ -f errors.* ]] && cat errors.* >&2 ; exit \$EC