annotate [APliBio]Nebula tools suite/Nebula/MakeTSSdist/makeTSSdist_wrapper.sh @ 0:2ec3ba0e9e70 draft

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#
# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
# Contact: [e-mail], [e-mail]
# This software is distributed under the terms of the GNU General
# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.

#!/bin/bash

REG="NA"
CONTROLFILE="NA"

while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:p:" optionName; do
case "$optionName" in

f) CHIPFILE="$OPTARG";;
c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
l) STEP="$OPTARG";;
r) RIGHT="$OPTARG";;
o) OUTPUT="$OPTARG";;
u) OUTSTAT="$OPTARG";;
v) GENOME="$OPTARG";;
e) REG="$OPTARG";;
p) PDF="$OPTARG";;

esac
done

LOCAL_DIR=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`

if [ -r $REG ]; then
  perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CHIPFILE -reg $REG -o $OUTPUT.annotated >>/dev/null 2>>/dev/null
 else
  perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CHIPFILE -o $OUTPUT.annotated >>/dev/null 2>>/dev/null
fi

#########previous version:
if [ -r $CONTROLFILE ]; then
   perl $LOCAL_DIR/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o $CONTROLFILE.tmp >>/dev/null 2>>/dev/null
  if [ -r $REG ]; then
    perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CONTROLFILE.tmp -reg $REG -o $OUTPUT.control.annotated >>/dev/null 2>>/dev/null
  else
    perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CONTROLFILE.tmp -o $OUTPUT.control.annotated >>/dev/null 2>>/dev/null
  fi
  cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF >>/dev/null 2>>/dev/null
else
  cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF 2>>/dev/null >>/dev/null
fi
#########end previous version##############


#########bootstrap version:
#if [ -r $CONTROLFILE ]; then   
#  if [ -r $REG ]; then
#    perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CONTROLFILE -reg $REG -o $OUTPUT.control.annotated >> $LOGTMP 2>> $LOGTMP
#  else
#    perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CONTROLFILE -o $OUTPUT.control.annotated >> $LOGTMP 2>> $LOGTMP
#  fi
#  echo "3: cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist_bootstrap.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF $NUMBER_BOOTSTRAP" >> $LOGTMP
#  cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF $NUMBER_BOOTSTRAP>>$LOGTMP 2>>$LOGTMP
#else
#  echo "4:  cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF 2>>$LOGTMP" >>$LOGTMP
#  cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF 2>>$LOGTMP >>$LOGTMP
#fi

#exit
#########end bootstrap version##############


rm $OUTPUT.annotated*

if [ -r $CONTROLFILE ]; then
  rm $OUTPUT.control.annotated*
  #rm $CONTROLFILE.tmp
fi