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0
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16 #::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt:::::z;z:::::::::::::::::::::::::13
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20 #:::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@Ez::::::
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21 #::::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BE5EBB@@@@@@@@@@@@@@@EEE:::::
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22 #:::::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E1::35@@@@@@@@@@ME3MMME2::::::
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23 #:::::::::::::::?@@@@@@@@@@@@@@@@@@M@@@@@@@EE:::::3SB@@BBESEEt::::::::::::
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25 #:::::::::::::::::3@E@@@EE5EESE5EESE@@@@@@@Et::::::::::::tz:::::::::::::::
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26 #:::::::::::::::::J@E$@EEE5133555SE@@@@@@@@Et:::::::::::::::::::::::::::::
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33 #:::::::::::::::::::::::::Q@@@@@@@@@@@@@@@@EE3EE;:::::zzzz::::::::::::::::
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34 #:::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@NN@@@@@@Ez:::::::::::::::
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38 #::::::::::::::::::::::::::::::3Q@@@@@@@BEEEEEt:::::::::::::;zz@@@EE::::::
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39 #::::::::::::::::::::::::::::::::75B@@@@@EEEtt;:::::::::;zz@@@@BEEEtz:::::
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40 #::::::::::::::::::::::::::::::::::::?9@@@@@@@@@@@E2Ezg@@@@@B@@@EEEE1t::::
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41 #:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@EEEEEEEzzz::
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42 #::::::::::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE5ttttt
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43 #:::::::::::::::::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEEEEEtzt
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44 #::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@EEEEEEEEEEEE@@@
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45 #::::::::::::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE3EEEE@@@@@@@
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46 #:::::::::::::::::::::;;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEt33@@@@@@@@@@
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47 #:::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@@@@@EEEtg@@@@@@@@@@@@
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48 #::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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49 #:::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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50 #::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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51 #
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52 # Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
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53 # Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
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54 # Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr
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55 # This software is distributed under the terms of the GNU General
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56 # Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
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57
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58 #!/bin/bash
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59
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60 while getopts "f:n:m:v:o:z:p:i:x:y:" optionName; do
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61 case "$optionName" in
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62
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63 f) inputfile="$OPTARG";;
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64 n) NUMBER="$OPTARG";;
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65 m) minW="$OPTARG";;
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66 v) maxW="$OPTARG";;
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67 o) LOG="$OPTARG";;
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68 z) MODE="$OPTARG";;
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69 p) PROCOUT="$OPTARG";;
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70 i) OUTPNG="$OPTARG";;
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71 x) NAME="$OPTARG";;
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72 y) SHARED_PATH="$OPTARG";;
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73 esac
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74 done
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75
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76
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77 CHIPMUNK_BIN_DIR=$SHARED_PATH/shared/jars/ChIPMunk
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78 LOCAL_DIR=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
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79
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80 motifs="$minW:$maxW"
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81 fastaFiles=$LOG.1.txt
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82 for (( c=2; c<=$NUMBER; c++ ))
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83 do
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84 motifs="$motifs,$minW:$maxW"
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85 done
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86
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87 ruby $CHIPMUNK_BIN_DIR/run_chiphorde.rb $LOG $motifs $MODE yes 1.0 s:$inputfile 100 10 1 4 >> /dev/null 2>> /dev/null
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88
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89 cp $LOG\_chiphorde.log $LOG
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90 rm $LOG\_chiphorde.log
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91
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92 perl $LOCAL_DIR/parseChipmunkOutput.pl -f $LOG -o $PROCOUT >$OUTPNG.tmp.log.tmp.tmp
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93 CN=( $( cat $OUTPNG.tmp.log.tmp.tmp))
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94 rm $OUTPNG.tmp.log.tmp.tmp
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95
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96 mv $LOG\_0.xml.png $LOG.0.xml.png
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97 myPng=$LOG.0.xml.png
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|
98 for (( c=1; c<$CN; c++ ))
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|
99 do
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100 mv $LOG\_$c.xml.png $LOG.$c.xml.png
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101 myPng="$myPng $LOG.$c.xml.png"
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102 done
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103
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|
104 montage -tile 1x$CN -mode Concatenate $myPng $OUTPNG.png 2>/dev/null
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105
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|
106 mv $OUTPNG.png $OUTPNG
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107
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108 for (( c=0; c<$CN; c++ ))
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109 do
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110 rm $LOG\_$c\_occurrences.txt
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111 rm $LOG\_$c.xml
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|
112 rm $LOG.$c.xml.png
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113 done
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